PERTEMUAN KE-5

LEMBAR KERJA KELOMPOK (LKK) 4

(Kelas B)

Nama Kelompok : Kelompok 4

Anggota Kelompok : Firda Amelia Yuniar (2224190052)
Patwa Nurmakah (2224190024)
Siti Eliyana (2224190020)
Syifa Aulia Zulfah (2224190091)
Syifa Nurrohmah (2224190054)
Topik : Isolasi DNA Metode Fenol-Kloroform

A. Perumusan masalah/ topik:

Penelitian yang dilakukan untuk mengkaji dan mempertahankan
keragaman genetik suatu populasi sangat penting dalam konservasi. Dengan
studi keragaman genetik, maka informasi tentang keragaman antar individu di
dalam dan antar populasi, terutama pada spesies-spesies yang terancam punah
dapat diketahui.
Keterbatasan penanda morfologi mendorong perkembangan penanda lain
yang dapat langsung mengakses ke bagian material yang mengendalikan
karakter atau ciri suatu individu, yaitu yang dikenal dengan penanda molekuler
DNA. Perkembangan teknik molekuler sekarang ini seperti penemuan teknik
PCR (Polymerase Chain Reaction) yang mampu mengamplifikasi untai DNA
hingga mencapai konsentrasi tertentu, penggunaan untai DNA lestari
(conserved) sebagai penanda dalam proses PCR, penemuan lokus mikrosatelit
yang hipervariable, dan penemuan metode sekuensing DNA, telah
menyebabkan ilmu genetik molekuler mempunyai pengaruh yang sangat besar
dalam studi biologi suatu populasi. Terobosan-terobosan ini bersamaan dengan
berkembangnya teknik pemodelan matematika melalui program-program
komputer, telah mempermudah para peneliti untuk mendapatkan data genetik
suatu populasi yang sangat berguna dalam merancang program konservasi
suatu spesies tertentu. Salah satu DNA marker yang sering digunakan adalah
mikrosatelit. DNA mikrosatelit merupakan pilihan yang tepat untuk memberi
informasi genetik sehingga dapat dilakukan analisa struktur populasi. DNA
mikrosatelit sendiri merupakan daerah yang memiliki polimorfisme yang
sangat tinggi.
Tahap paling awal yang digunakan dalam prosedur genetika populasi
dengan menggunakan DNA mikrosatelit adalah memisahkan/ memurnikan
DNA genom dari campuran senyawa yang terkandung dalam sel penyusun
jaringan suatu organisme. Tahap ini merupakan tahap yang paling penting dan
 menentukan keberhasilan penelitian genetika populasi. Salah satu metode yang
digunakan pada teknik ini adalah metode pelarut organik dengan larutan fenol-
kloroform. Pada teknik ini juga digunakan alkohol absolut yaitu di tahap
presipitasi DNA.

a. Diskusikan dengan teman-teman satu kelompok beberapa

permasalahan di bawah ini!
1. Menurut Anda, teknik apakah yang digunakan pada tahap awal prosedur
penelitian genetika populasi ini?
Jawaban: Teknik yang digunakan pada tahap prosedur genetika populasi
yang menggunakan DNA mikrosatelit adalah isolasi DNA dengan
metode fenol-kloroform. Isolasi DNA merupakan tahap awal dalam
penelitian genetika populasi untuk dijadikan sebagai penanda dalam
mempelajari struktur genetika pada suatu populasi (Anggraeni et al.
2009). Pada teknik ini, bahan fenol kloroform adalah bahan yang paling
sering digunakan pada saat tahap ektraksi DNA karena cepat dan mudah.
Secara umum, tahap isolasi DNA dibagi menjadi empat tahap, yaitu
tahap isolasi sel, ekstraksi DNA, purifikasi, dan presipitasi (Faatih,
2009). Secara singkat, proses ini diawali dengan memurnikan sampel
menggunakan fenol dan kloroform, Kemudian DNA dari sampel tersebut
diendapkan. Endapan itu kemudian dimurnikan dengan menambahkan
etanol, setelah itu disentrifugasi agar lapisan-lapisan dari endapan
tersebut terlihat (Sumantri, 2008).
2. Bahan-bahan apa sajakah yang digunakan pada teknik ini?
3. Peralatan apa sajakah yang digunakan pada teknik ini?
4. Bagaimanakah langkah-langkah kerja dari teknik ini?
5. Mengapa pada teknik ini digunakan alat sentrifus?

b. Berdasarkan hasil diskusi kelompok saat membahas permasalahan di

atas, tentukanlah topik yang dibahas pada LKK ini!

B. Penentuan Kebutuhan Informasi:

Berdasarkan hasil diskusi kelompok, tentukan informasi apa sajakah yang
perlu ditemukan/ dicari untuk menyelesaikan permasalahan di atas?

C. Pemilihan Sumber Informasi:

1. Lakukan penelusuran literatur pendukung dengan menggunakan browser
(perambah) seperti google atau chrome khususnya google scholar untuk
mendapatkan artikel publikasi ilmiah yang mengandung informasi yang
dibutuhkan! Baca dan pahamilah isi beberapa artikel tersebut kemudian
diskusikan dalam kelompok!
2. Kemudian, pilihlah dua artikel yang dianggap paling bisa membantu
memenuhi informasi yang dibutuhkan tersebut!
3. Lakukan analisis secara kelompok terhadap informasi yang telah diperoleh
dari dua artikel yang telah dibaca!

D. Mengelola dan Mengintegrasikan Informasi:

 Lakukan interpretasi terhadap informasi yang telah diperoleh, buatlah
ringkasan dan kesimpulan.

Teknik yang digunakan pada tahap prosedur genetika populasi yang

menggunakan DNA mikrosatelit adalah isolasi DNA dengan metode fenol-
kloroform. Pada teknik ini, bahan fenol kloroform adalah bahan yang paling
sering digunakan pada saat tahap ektraksi DNA karena cepat dan mudah.

E. Pengevaluasian informasi:
Diskusikan secara berkelompok untuk mengevaluasi apakah semua informasi
yang telah diperoleh dan diringkas telah tepat, berkualitas, dan relevan dengan
topik pembahasan/ masalah.

F. Mencipta dan Mengkomunikasikan informasi:

1. Susunlah laporan praktikum sebagai hasil rangkuman dan evaluasi terhadap
informasi yang telah diperoleh.
2. Buatlah PPT sebagai sarana untuk membantu mempresentasikan laporan
praktikum yang telah disusun.

Daftar Pustaka
Anggraeni, N., Ellis D.A., Dyah P., Farajallah, dan Joko P. 2009. Analisis DNA
Mikrosatelit untuk Identifikasi Paternitas pada Beruk (Macaca nemestrina)
di Penangkaran Pusat Studi Satwa Primata IPB. Jurnal Primatologi
Indonesia, 6(2), 32-39.
Faatih, Mukhlisul. 2009. Isolasi dan Digesti DNA Kromosom. Jurnal Penelitian
Sains dan Teknologi, 10(1), 61-67.
Sumantri, C., A. Farajallah, U. Fauzi, dan J.F. Salamena. 2008. Keragaman
Genetik DNA Mikrosatelit dan Hubungannya dengan Performa Bobot
Badan pada Domba Lokal. Media Peternakan, 31(1), 1-13.