MAKALAH BIOLOGI MOLEKULER

DNA, Gen, Genom

(Genom)

DOSEN PENGAMPUH:

Dr. Yermia Mokosuli, S. Si, M. Si

Dr. Emma Moko, M. Si

DISUSUN OLEH:

Novita Slamet (19 507 042)

Winda Pobela (19 507 031)

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS NEGERI MANADO

2020

1
 KATA PENGANTAR

Puji dan syukur mari kita panjatkan atas kehadirat Tuhan Yang Maha Esa karena atas
berkat limpahan rahmat dan karunia-Nya akhirnya makalah Biologi Molekuler yang berjudul
“DNA, Gen, Genom” materi terkhususkan pada Genom ini dapat terselesaikan. Penulisan
makalah ini dilakukan guna memenuhi tugas dari dosen yang telah diberikan. Penulis selaku
penyusun makalah ini mengucapkan terima kasih kepada Dosen Pembimbing mata kuliah
Biologi Molekuler. Dan kepada semua pihak yang telah banyak membantu penulis dalam
menyusun tugas makalah ini, sehingga makalah ini dapat terselesaikan dengan baik.

Kami menyadari bahwa meskipun makalah ini telah disusun dengan baik dan teliti tetapi
di dalam makalah ini masih banyak terdapat kekurangan baik dari segi tulisan maupun isi. Oleh
karena itu, Kami sangat mengharapkan adanya saran dan kritik dari semua pihak demi
kesempurnaan makalah ini. Dan semoga makalah ini dapat bermanfaat bagi para pembaca
makalah ini.

Purworejo, 23 Maret 2021

Penulis

2
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR.......................................................................................................................................2
DAFTAR ISI...................................................................................................................................................3
BAB I............................................................................................................................................................4
PENDAHULUAN...........................................................................................................................................4
1.1    Latar Belakang.................................................................................................................................4
1.2      Rumusan Masalah.........................................................................................................................5
1.3      Tujuan Penulisan...........................................................................................................................5
BAB II...........................................................................................................................................................6
PEMBAHASAN.............................................................................................................................................6
2.1    Pengertian Genom..........................................................................................................................6
2.1.1   Organisasi genom.........................................................................................................................8
2.1.2   Ukuran genom, jumlah gen, dan densitas gen..............................................................................8
2.1.3   Struktur gen................................................................................................................................15
2.2    Struktur Kromosom.......................................................................................................................16
2.2.1   Bagian-bagian kromosom...........................................................................................................18
2.2.2   Jenis sentromer...........................................................................................................................19
2.2.3   Struktur sentromer.....................................................................................................................19
2.3    Genom Prokariotik dan Eukariotik................................................................................................22
2.3.2  Genom Prokariot.........................................................................................................................28
BAB III........................................................................................................................................................31
PENUTUP...................................................................................................................................................31
3.1     Kesimpulan...................................................................................................................................31
3.2       Saran..........................................................................................................................................31
DAFTAR PUSTAKA......................................................................................................................................32

3
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1    Latar Belakang

Analisis hasil percobaan persilangan yang dilakukan oleh Mendel telah

memberikan pemahaman bahwa satuan-satuan herediter yang mengatur
pemunculan sifat atau fenotipe individu bersifat diskrit (terpisah satu sama
lain). Sebagai contoh, sifat tinggi tanaman kacang ercis diatur oleh pasangan
gen D dan d, sedangkan bentuk bijinya diatur oleh pasangan gen W dan w.
Demikian pula, sejumlah sifat lainnya diatur oleh pasangan-pasangan gen
tersendiri. Jadi, masing-masing pasangan gen tersebut merupakan satuan-satuan
herediter yang terpisah satu sama lain
Meskipun demikian, ketika itu belum dapat diungkapkan mekanisme
transmisi gen dari satu generasi ke generasi berikutnya. Dalam hukum Mendel
I(segregasi) hanya disebutkan bahwa tiap pasangan gen akan dipisahkan ke
dalam gamet-gamet yang terbentuk. Selanjutnya, rekombinasi gen akan
berlangsung pada saat terjadi penggabungan gamet jantan dengan gamet betina
melalui perkawinan. Begitu juga, hukum Mendel II (pemilihan bebas) hanya
mengemukakan bahwa segregasi pasangan gen yang satu tidak bergantung
kepada segregasi pasangan gen lainnya.

Beberapa tahun kemudian barulah diketahui bahwa gen terdapat di dalam

struktur intranukeus yang dinamakan kromosom (chromo=warna ;
soma=badan). Salah satu kelompok peneliti, T.H. Morgan dan koleganya,
melalui studi pada lalat buah Drosophila melanogaster mengajukan konsep
bahwa gen merupakan satuan-satuan diskrit (terpisah satu sama lain) di dalam
kromosom.

4
 Oleh karena gen terdapat di dalam kromosom, maka untuk mempelajari
mekanisme transmisi gen perlu dilakukan pengamatan terhadap perilaku
kromosom, khususnya selama berlangsungnya pembelahan  sel.

1.2      Rumusan Masalah

1.      Apa itu genom?

2.      Bagaimana struktur daripada kromosom?
3.      Apakah  perbedaan dari genom eukariotik dan prokariotik?

1.3      Tujuan Penulisan

1.        Kita dapat mengetahui tentang genom

2.        Kita dapat mengetahui bagaimana struktur daripada kromosom
3.        Kita dapat mengetahui perbedaan dari genom eukariotik dan prokariotik

5
 BAB II

PEMBAHASAN

2.1    Pengertian Genom

Genom (Ing. genome), dalam genetika dan biologi molekular modern,

adalah keseluruhan informasi genetik yang dimiliki suatu sel atau organisme,
atau khususnya keseluruhan asam nukleat yang memuat informasi tersebut.
Secara fisik, genom dapat terbagi menjadi molekul-molekul asam nukleat yang
berbeda (sebagai kromosom atau plasmid), sementara secara fungsi, genom
dapat terbagi menjadi gen-gen. Istilah genom diperkenalkan oleh Hans Winkler
dari Universitas Hamburg, Jerman, pada tahun 1920, mungkin sebagai
gabungan dari kata gen dan kromosom atau dimaksudkan untuk menyatakan
kumpulan gen.
Genom adalah gugus atau himpunan gen lengkap dari suatu organisme
yang mengendalikan keseluruhan metabolisme sehingga organisme tersebut
dapat hidup dengan sempurna. Genom terdiri dari satu set lengkap kromosom
yang  diturunkan dari tetuanya. Banyaknya gen yang terdapat dalam suatu
genom berbeda antar organisme. Semakin rumit suatu organisme, semakin
banyak gen yang dikandung di dalam genomnya.  Istilah genom dipakai untuk
menunjukkan keseluruhan kode genetik pada kromosom yang ada pada suatu
organi sme. Baru pada tahun 1944 diketah ui, materi dari kode genetik itu
adalah DNA yang ada pada setiap organisme.

Sekarang ini istilah genom telah dikenal luas mas yarakat. Tidak semua
rangkaian DNA itu mengkode suatu gen, kebanyakan justru bagian yang tak
berfungsi apaapa atau yang biasa d ikenal dengan DNA sampah ( junk DNA ).
Genom eukariot lebih komplek dibandingkan dengan genom   prokariot. Selain
itu genom tana man diketahui memiliki kompleksitas lebih tinggi dibanding
dengan genom eukariot lainnya. Gen-gen  tersebut mengandung info rmasi
untuk semua protein yang diperlukan dalam kehidupan suatu organisme.
Protein-protein ini berfu ngsi antara lain memberi bentuk organisme, membantu
tubuh memproses makanan, menentukan bagaimana organisme bertingkah laku
ataupun beradaptasi terhadap lingkungan hidupnya. 

6
 DNA terdiri dari empat struktur kimia yang hampir sama susunannya,
dinama kan nukleotida, yaitu  Adenin (A),  Timin (T),  Sitosin (C) dan  Guanin
(G). Empat basa ini diulang-ulang ribuan samp ai jutaan  kali jumlahnya dalam
genom, mulai dari organisme sederhana bersel  tunggal seperti bakteri sampai
yang kompleks dengan sel ba nyak seperti tanaman, hewan dan manusia.  
Sebagai perbandingan, genom  Eschericia coli,  sang bakteri dalam usus perut
kita,  berukuran 4,5 juta basa,  Arabidopsis berjumlah 150 juta basa, tanaman
padi berjumlah 453 juta basa, sedangkan manusia memiliki genom sebesar tiga
miliar basa. Urutan (sekuen) DNA yang tersusun dari empat nukleotida ini
sangatlah penting, karena sekuen  ini me landasi perbedaan da ri setiap
makhluk hidup. Bahkan menentukan spesies suatu organisme.  Dalam sel
tumbuhan terdapat tiga je ni s genom yaitu genom inti sel, genom kloroplas dan
genom mitokondria. Ukuran  genom yang tersimpan dalam inti sel akan lebih 
besar daripada inti sel itu sendi ri. Ukuran inti sel tumbuhan berkisar 3-10 m
dengan kandungan DNA sekitar 10 11 pasang basa.  Organ mitokondria dan
kloroplas juga mengandung bahan gentik ya ng penting tetapi biasanya dalam
jumlah gen yang sangat kecil  dan bersifat  pewarisan maternal.  Informasi
dalam DNA harus terorganisasi dengan cara te rtentu supaya dapat disimpan
dalam organel dan tetap bisa dimanfaatkan sebagai sumber informasi.

Setiap organisme memiliki genom yang mengandung informasi biologis

yang diperlukan untuk membangun tubuhnya dan mempertahankan hidupnya
serta diwariskan ke generasi berikutnya. Dengan sejumlah interaksi kompleks,
urutan nukleotida komponen penyusun asam nukleat digunakan untuk membuat
semua protein pada suatu organisme pada waktu dan tempat yang sesuai.
Protein ini menjadi komponen pembentuk tubuh organisme atau memiliki
kemampuan membuat komponen pembentuk tubuh tersebut atau mendorong
reaksi metabolisme yang diperlukan untuk hidup. Kebanyakan genom,
termasuk milik manusia dan makhluk hidup bersel lainnya, terbuat dari DNA
(asam deoksiribonukleat), namun sejumlah virus memiliki genom RNA (asam
ribonukleat).

Kajian yang mempelajari genom dikenal sebagai genomika (genomics).

Saat ini, urutan nukleotida pada genom sejumlah organisme telah dipetakan
seluruhnya dengan teknik sekuensing DNA dalam berbagai proyek genom,
misalnya Proyek Genom Manusia yang diselesaikan pada tahun 2003.
7
Perbandingan genom organisme dapat memberikan informasi mengenai
karakteristik organisme tersebut, evolusinya, dan berbagai proses biologis.

2.1.1   Organisasi genom

DNA unting ganda (double stranded, "ds") merupakan komponen

pembentuk genom kebanyakan organisme dan semua sel. Namun demikian,
virus RNA memiliki genom RNA ds atau unting tunggal (single stranded, "ss").
Secara umum, setiap molekul asam nukleat genom dapat disebut sebagai
kromosom. Genom prokariota (organisme tanpa inti sel, contohnya bakteri)
biasanya berupa molekul tunggal dsDNA sirkular, walaupun dapat pula
terdapat DNA ekstrakromosom berbentuk plasmid sirkular yang menyandikan
produk gen yang menguntungkan namun tidak esensial. Sementara itu, genom
eukariota (organisme berinti sel, contohnya manusia) biasanya berupa sejumlah
molekul dsDNA linear. Istilah genom inti (nuclear genome) pada eukariota
mengacu pada informasi genetik berupa kromosom, dan kadang kala juga
fragmen DNA ekstrakromosom, di dalam inti sel. Genom ekstranuklear sel
eukariotik mencakup genom mitokondria dan kloroplas, yang berupa molekul
dsDNA sirkular seperti pada prokariota.
Kebanyakan prokariota memiliki satu kromosom saja. Karena itu,
prokariota umumnya mengandung satu salinan setiap gen dan dengan demikian
bersifat haploid. Sementara itu, eukariota umumnya memiliki dua salinan setiap
gen dan secara genetik bersifat diploid. Ada pula organisme (misalnya,
tumbuhan) yang memiliki lebih dari dua set kromosom dalam inti setiap sel
tubuhnya, atau disebut bersifat poliploid.

2.1.2   Ukuran genom, jumlah gen, dan densitas gen

Secara umum, terdapat perbedaan ukuran genom, jumlah gen, dan

densitas gen antara prokariota dan eukariota. Prokariota memiliki genom yang
lebih kecil dengan jumlah gen lebih sedikit dan densitas gen lebih besar bila
dibandingkan dengan eukariota. Bakteria dan arkea umumnya memiliki genom
berukuran sekitar 1–6 juta pasangan basa (Mb) yang mengandung 1.500–7.500
gen. Misalnya, genom bakteri Escherichia coli berukuran 4,6 Mb dan

8
mengandung sekitar 4.300 gen. Sebaliknya, eukariota memiliki genom lebih
besar dengan jumlah gen lebih banyak. Genom khamir bersel tunggal
Saccharomyces cerevisiae (tergolong fungi), misalnya, berukuran sekitar 12
Mb, sedangkan kebanyakan tumbuhan dan hewan multisel memiliki genom
lebih dari 100 Mb. Sementara itu, jumlah gen dalam genom eukariota dapat
mencapai 5.000 pada fungi bersel tunggal sampai dengan 40.000 pada makhluk
multiselular. Selain itu, eukariota secara umum memiliki jumlah gen yang lebih
sedikit per pasangan basa dibandingkan dengan prokariota, yaitu densitas
gennya lebih rendah. Misalnya, manusia memiliki genom dengan ukuran
ratusan sampai ribuan kali lebih besar daripada bakteri, tetapi jumlah gennya
hanya 5 sampai 15 kali lebih banyak.

Ukuran genom dan perkiraan jumlah gen

Jumla
Dens h
Ukuran itas krom
Jenis genom Jum gen osom Kete
organ (pasangan lah (gen/ haploi rang
isme Organisme basa) gen Mb) d an

Geno
m
(ssR
NA)
yang
perta
ma
disek
uensi
ng,
1976
Virus Bakteriofag MS2 3.569 3,6 kb 4 1.121 1 .

Virus Bakteriofag Φ- 5.386 5,4 kb 11 2.042 1 Geno

X174 m

9
 Ukuran genom dan perkiraan jumlah gen

Jumla
Dens h
Ukuran itas krom
Jenis genom Jum gen osom Kete
organ (pasangan lah (gen/ haploi rang
isme Organisme basa) gen Mb) d an

ssD
NA
yang
perta
ma
disek
uensi
ng,
1977
.

Geno
m
virus
terbe
sar
yang
diket
ahui
1.259.19 saat
Virus Megavirus 7 1,3 Mb 1.120 890 1 ini.

Bakteria Mycoplasma 580.070 580 kb 470 810 1 Geno

genitalium m
bakte
ri
nonsi
mbio
tik
yang

10
 Ukuran genom dan perkiraan jumlah gen

Jumla
Dens h
Ukuran itas krom
Jenis genom Jum gen osom Kete
organ (pasangan lah (gen/ haploi rang
isme Organisme basa) gen Mb) d an

terke
cil.

Geno
m
orga
nism
e
selul
ar
yang
perta
ma
disek
uensi
Haemophilus 1.830.13 ng,
Bakteria influenzae Rd 7 1,8 Mb 1.703 930 1 1995

Escherichia 4.639.22
Bakteria coli K-12 1 4,6 Mb 4.288 924 1

Bakteria Sorangium 13.033.7 13 Mb 9.367 721 1 Geno

cellulosum 79 m
bakte
ria
terbe
sar
yang
diket
ahui

11
 Ukuran genom dan perkiraan jumlah gen

Jumla
Dens h
Ukuran itas krom
Jenis genom Jum gen osom Kete
organ (pasangan lah (gen/ haploi rang
isme Organisme basa) gen Mb) d an

saat
ini.

Geno
m
selul
ar
nonsi
mbio
tik
yang
Nanoarchaeum terke
Arkea equitans 490.885 490 kb 552 1.125 1 cil.

Geno
m
arkea
yang
perta
ma
Methanocaldococ disek
cus uensi
jannaschii(sebelu ng,
mnya Methanococ 1.664.97 1996
Arkea cus jannaschii) 6 1,7 Mb 1.738 1.044 1 .

Eukariot Encephalitozoon 2.900.00 2,9 Mb 1.997 689 11 Geno

a cuniculi (fungi) 0 m
euka
riota

12
 Ukuran genom dan perkiraan jumlah gen

Jumla
Dens h
Ukuran itas krom
Jenis genom Jum gen osom Kete
organ (pasangan lah (gen/ haploi rang
isme Organisme basa) gen Mb) d an

terke
cil
yang
diket
ahui
saat
ini.

Geno
m
euka
riota
yang
perta
ma
disek
uensi
ng,
Eukariot Saccharomyces 12.068.0 1996
a cerevisiae (fungi) 00 12 Mb 5.885 486 16 .

Eukariot Caenorhabditis 97.000.0 97 Mb 19.099 197 6 Geno

a elegans(nematoda) 00 m
hewa
n
multi
selul
ar
yang
perta

13
 Ukuran genom dan perkiraan jumlah gen

Jumla
Dens h
Ukuran itas krom
Jenis genom Jum gen osom Kete
organ (pasangan lah (gen/ haploi rang
isme Organisme basa) gen Mb) d an

ma
disek
uensi
ng,
1998

Geno
m
tumb
uhan
yang
perta
ma
disek
uensi
Arabidopsis ng,
Eukariot thaliana (tumbuha 125.000. 2000
a n berbunga) 000 125 Mb 25.498 204 5 .

Drosophila
Eukariot melanogaster (lala 180.000.
a t buah) 000 180 Mb 13.600 76 4

Eukariot Populus 410.000. 410 Mb 45.555 111 19 Geno

a trichocarpa 000 m
tumb
uhan
berk
ayu
yang

14
 Ukuran genom dan perkiraan jumlah gen

Jumla
Dens h
Ukuran itas krom
Jenis genom Jum gen osom Kete
organ (pasangan lah (gen/ haploi rang
isme Organisme basa) gen Mb) d an

perta
ma
disek
uensi
ng.

Eukariot Oryza 430.000.

a sativa (padi) 000 430 Mb 45.000 105 12

Eukariot Mus 2.493.00

a musculus (mencit) 0.000 2,5 Gb 22.011 8,8 23

Hasil 
Proy
ek
Geno
m
Eukariot Homo 3.200.00 Man
a sapiens (manusia) 0.000 3,2 Gb 20.500 6,4 23 usia.

2.1.3   Struktur gen

Gen merupakan fragment DNA yang da pat ditranskripsikan menjadi

RNA dan diterjemahkan menjadiprotein, yang selanjutnya mampu
mempengaruhiproses fisiologi tanaman maupun fenotipenya. Pada dasarnya
gen tersusun oleh empat komponen:

1.      Regulator. Merupakan bagian dari gen ya ng berperan dalam pola aktivasi

suatu gen (pada rangkaian fisiologis apa,  kondisi apa, fase perke mbangan apa,
15
atau pada organ apa). Regulator terdapat pada awal sebuah gen mendahului
promotor. Regulator terdiri dari tiga elemen responsif yaitu HSE (Heat Shock
response Element), GRE (Glucocorticoid Response Element) dan SRE ( Serum
Response Element).

2.      Promotor.  Merupakan bagian dari gen  yang berperan dalam penentuan

utas yang akan dikode untuk dit raskripsikan dan kapan titik awal transkripsi
akan dilakukan. Letak promotor berada sebelum  titik awal transkripsi,
sehingga  jarak dari titik inisiasi dinotasikan de ngan tanda '-', atau disebut
arah  downstream. Promotor yang paling umum terdapat  da lam gen tanaman
adalah TATA box. Selain TATA box (TATAAA, 10 bp), jenis   promotor
lainnya adalah CAAT box (GGCCAATCT, 22 bp),  GC box (GGGCGG,
20bp),  Octamer (ATTTGCAT, 20 bp), kB (GGGACTTTCC, 10 bp) dan ATF
(GTGACGT, 20 bp).

3.      Transcribed  Region.  Merupakan bagian gen ya ng akan ditranskripsikan

menjadi RNA. Bagian ini dimulai dari titik awal transkripsi (start site) hingga
titik akhir transkripsi (termination site). Notasi mulai  start site  adalah `+' atau 
uptream.  Dalam bagian ini terdapat bagian ya ng akan dibawa keluar dari inti
sel yang disebut exon, dan bagian yang akan tetap ditinggalkan di dalam i nti
sel, yang disebut  intron. Pada bagian  exon mRNA, terdapat bagian yang akan
diterjemahkan menjadi rantai asam amino (Open Reading Frame/ORF) dan
bagian yang tidak diterjemahkan (Un-translated Region/UTR).

4.      Terminator. Merupakan bagian sekuens DNA dari suatu gen yang

memberi tanda kepada enzim penyus un RNA (RNApolymerase) untuk
menghentikan proses pemanjangan rantai RNA.

2.2    Struktur Kromosom

Ukuran kromosom bervariasi dari satu spesies ke spesies yang lainnya.

Panjang kromosom berkisar antara 0,2 sampai dengan 50 µ, dan berdiameter
0,2 sampai dengan 20 µ.

Kromosom merupakan suatu struktur makromolekul yang berisi DNA di

mana informasi genetik dalam sel disimpan. Kata kromosom berasal dari kata
16
khroma yang berarti warna dan soma yang berarti badan Kromosom.
Kromosom  terdiri atas dua bagian, yaitu bagian pertama disebut sentromer/
kinekthor yang merupakan pusat kromosom berbentuk bulat dan bagian kedua
disebut lengan kromosom yang mengandung kromonema & gen berjumlah dua
buah (sepasang).

Jadi jika dilihat secara morfologi kromosom dibagi menjadi dua bagian
yaitu Sentromer (bagian yang membagi kromosom menjadi dua bagian). Dan
Lengan Kromosom (badan kromosom yang mengandung kromonema dan gen.  
Jadi berdasarkan panjang lengan dan letak sentromer kromosom dibedakan
menjadi empat macam:

a.       Metasentrik        : Sentromer terletak ditengah-tengah, sehingga kedua

lengan sama panjang

b.      Sub metasentrik : sentromer terletak agak jauh dari ujung

c.       Akrosentrik        : sentromer terletak dekat ujung

d.      Telosentrik         : sentromer terletak di ujung

2.2.1   Bagian-bagian kromosom

17
a.  Sentrometer merupakan bagian kromosom yang menyempit dan berwarna
terang

b.  Kinotokor merupakan tonjolan dekat sentromer yang berfungsi untuk

melekat pada benang spindel.

c.  Lengan kromosom merupakan badan yang terbagi oleh sentromer , lengan

kromosom terbagi atas selaput , mertiks, dan kromonemata.

d.  Kromatid merupakan hasil duplikasi dari kromosom

e.  Kromonemata, pita berbentuk spiral dalam kromosom

f.  Kromomer merupakan bahan protein yang mengendap di dalam

kromonemata.

18
g.  Sentromer merupakan kromonemata yang berbentuk lurus.

h.  Lekukan kedua pangkal dari kromonemata , fungsi lekukan kedua adalah

tempat terbentuknya nukleus.

i.  Telomer merupakan bagian dari ujung krmosom yang menghalangi

bersambungnya kromosom yang satu dengan kromosom yang lainnya.

j.  Satelit merupakan tambahan pada ujung kromosom.

2.2.2   Jenis sentromer

Kromosom metafase mengandung 2 kromosom hasil pembelahan yang

menyatu pada bagian sentromer. Bentuk kromosom metafase pada tahap siklus
sel setelah replikasi DNA sudah berlangsung dan masing-masing berisi dua
salinan dari molekul DNA kromosomal. Kedua salinan tersimpan di sentromer,
yang memiliki suatu posisi spesifik di dalam masing-masing kromosom.
Sentromer memiliki karakteristik khusus yaitu mengandung banyak sekuens
berulang. Fungsi sentromer terutama pada pembelahan sel. Pada sel yang
sedang membelah di daerah sentromer terbentuk struktur kinetokor yang
merupakan tempat melekatnya serabut spindel yang memanjang sampai ke
kutub inti sel. Serabut spindel berperan menarik anak kromatid ke kedua anak
inti sel yang terbentuk

2.2.3   Struktur sentromer

Bagian ujung kromosom disebut telomer. Telomer tersusun dari urutan

basa nukleotida tertentu yang berulang-ulang ratusan hingga ribuan kali.
Telomer penting karena mereka menandai akhir dari kromosom-kromosom,
oleh karena itu memungkinkan sel itu untuk membedakan bagian akhir yang riil
dari satu akhir tidak alami yang disebabkan oleh kerusakan kromosom, satu
kebutuhan penting karena sel itu harus memperbaiki yang terakhir tetapi bukan
pembentuk. Pada manusia, urutan basa nukleotida telomer adalah TTAGGG.
Selain nukleotida yang menyusun untai DNA telomer, terdapat pula berbagai

19
protein yang bersama-sama menjalankan fungsi telomer. Untuk memelihara
telomer, diperlukan enzim khusus yang disebut telomerase.

Telomer berfungsi menandai ujung-ujung kromosom sehingga sel dapat

membedakan ujung kromosom yang sesungguhnya dan ujung kromosom yang
terbentuk akibat patahan kromosom. Hal ini penting karena sel harus
memperbaiki kromosom yang patah. Karakteristik telomer adalah memiliki
beratus-ratus salinan dari motif berulang 5’-TTAGGG-3’ pada manusia dengan
sedikit pemanjangan pada ujung 3’. Terdapat 2 protein khusus yang terikat pada
telomer, yaitu TRF1 dan TRF2. TRF1 membantu meregulasi panjang telomer
dan TRF2 membantu pemanjangan untai tunggal. Bila TRF2 tidak aktif maka
tidak ada pemanjangan dan kedua untai polinukleotida bergabung. Protein
lainnya memediasi aktivitas enzimatik yang mempertahankan panjang setiap
telomer selama replikasi DNA. Aktivitas ini penting bagi kromosom survival
dan berhubungan dengan penuaan dan kematian.

Tabel Jumlah kromosom pada beberapa organisme

Nama organisme Jumlah kromosom

1. Drosophila melanogaster  (lalat

buah) 8 (n  = 4)

2. Lumbricus terestris  (cacing tanah) 36 (n  = 18)

3. Felis domesticus  (kucing) 38 (n  = 19)

4. Mus musculus  (tikus) 40 (n  = 20)

5. Pongo pygmaeus  (kera) 42 (n  = 21)

6. Cavia coubaya  (marmut) 64 (n  = 32)

7. Columba livia  (merpati) 80 (n  =40)

20
8. Oryctologus cuniculus  (kelinci) 44 (n  = 22)

9. Rana pipiens  (katak) 26 (n  = 13)

10. Apis melifica  (lebah madu) 32 dan 16 (n  = 16 dan 

11. Culex pipiens  (nyamuk) 6 (n  = 3)

12. Musca domestica  (lalat rumah) 12 (n  = 6)

13. Homo sapiens  (manusia) 46 (n  = 23)

14. Brassica oleracea  (kubis) 18 (n  = 9)

15. Solanum lycopersicum  (tomat) 24 (n  = 12)

16. Solanum tuberosum  (kentang)17.

Zea mays(jagung) 48 (n  = 24)20 (n  = 10)

18. Oryza sativa  (padi) 24 (n  = 12)

19. Nicotiana tobacum  (tembakau) 48 (n  = 24)

20. Carica papaya  (pepaya) 18 (n  = 9)

21. Helianthus annus  (bunga

matahari) 34 (n  = 17)

22. Saccharum officinarum  (tebu) 86 n  = 43)

21
 Berdasarkan tabel tersebut menunjukkan bahwa jumlah kromosom tidak
ada hubungannya dengan tingkat atau derajat individu. Makhluk hidup yang
diploid (2n) akan menghasilkan sel yang haploid (n) pada sel kelaminnya. Hal
ini mengakibatkan zigot yang terbentuk pada peristiwa fertilisasi (pembuahan)
bersifat diploid.

2.3    Genom Prokariotik dan Eukariotik

Terdapat dua kelompok organisme yaitu Eukariot dan Prokariot. Eukariot

merupakan kelompok yang memiliki sel dengan kompartemen yangdikelilingi
membrane (membrane-bound compartments) termasuk nukleus, organel-
organel seperti mitokondria, kloroplas dan lain-lain. Termasuk ke dalam
eukariot adalah hewan, tanaman, fungi dan protozoa.
Sedangkan Prokariot merupakan kelompok yang selnya tidak memiliki
kompartemen internal. Terdapat dua kelompok dalam prokariot yang dibedakan
berbdasarkan karakteristik gentik dan biokimia yaitu:

·         Bakteri : termasuk didalam kelompok ini adalah prokariota umum seperti

bakteri gram negative (misalnya E. coli), bakteri gram positif (misal Bacillus
subtilis), tcyanobacteria (misal Anabaena).

·         Archaea: belum dipelajari secara luas dan intensif dan ditemukan pada
lingkungan ekstrim seperti pada sumber air panas, kolam-kolam air asin atau
dasar danau anaerobik.

Eukariot dan prokariot memliki tipe genom yang berbeda. Gambar berikut
menunjukkan perbedaan struktur sel eukariot dan prokariot.

22
2.3.1  Genom Eukariot

Genom manusia merupakan model yang baik bagi genom eukariot secara
umum. Genom nuclear eukariotik memiliki molekul DNA linear yang terdapat
di dalam kromosom. Semua eukariot juga memiliki genom yang lebih kecil
yang berbentuk sirkular yaitu genom mitokondria. Pada tumbuhan, terdapat
genom lain yaitu genom kloroplas.

Walaupun struktur dasar eukariot mirip tetapi satu hal penting yang
sangat berbeda adalah ukuran genom. Genom eukariot yang terkecil berukuran
kurang dari 10Mb panjangnya. Sedangkan genom yang terbesar berukuran lebih
dari 100 000 Mb. Variasi ukuran genom dapat dilihat pada tabel di bawah ini.

Tabel 1 Ukuran genom eukariot

Spesies Ukuran genom (Mb)

Fungi

Saccharomyces cerevisiae 12.1

Aspergillus nidulans 25.4

Protozoa

23
Tetrahymena pyriformis 190

Invertebrates

Caenorhabditis elegans 97

Drosophila melanogaster 180

Bombyx mori (silkworm) 490

Strongylocentrotus purpuratus (sea
urchin) 845

Locusta migratoria (locust) 5000

Vertebrates

Takifugu rubripes (pufferfish) 400

Homo sapiens 3200

Mus musculus (mouse) 3300

Plants

Arabidopsis thaliana (vetch) 125

Oryza sativa (rice) 430

Zea mays (maize) 2500

Pisum sativum (pea) 4800

Triticum aestivum (wheat) 16 000

Fritillaria assyriaca (fritillary) 120 000

Seperti terlihat pada tabel, ukuran genom bervariasi dan berhubungan

dengan kekompleksan organisme. Eukariot yang lebih sederhana seperti fungi
memiliki genom yang paling kecil, dan eukariot yang lebih tinggi seperti
vertebrata dan tanaman berbunga memiliki genome yang lebih besar. Hal ini
24
mungkin terlihat masuk akal, karena kompleksitas organism diharapkan
berhubungan dengan jumlah gen dalam genom – eukariot yang lebih tinggi
memerlukan genom yang lebih besar untuk mengakomodasi gen ekstra. Tetapi
korelasi ini jauh dari sempurna, jika korelasinya baik, maka genom nuklear
yeast S. cerevisiae, yang berukuran 12 Mb adalah 0.004 kali ukuran genom
nuklear manusia, akan mengandung 0.004 × 35 000 gen yaitu hanya 140.
Padahal kenyataannya genom S. cerevisiae mengandung 5800 gen.

Tidak adanya korelasi antara kompleksitas suatu organism dengan ukuran

genomnya, disebut sebagai C-value paradox. Jawabannya sederhana yaitu:
tempat disiapkan di genom organisme yang kurang kompleks karena gen terpak
bersama. Genom S. cerevisiae yang sekuensnya selesai dikerjakan tahun 1996
menggambarkan hal ini seperti terlihat pada gambar di bawah ini.

Pada gambar di atas, segmen 50-kb dari genom manusia dibandingkan

dengan segmen 50-kb genom yeast. Segmen genom yeast yang berasal dari
kromosom III memiliki karakteristik sebagai berikut:

1.      Memiliki lebih banyak gen dibandingkan segmen pada manusia. Daerah

pada kromosom III yeast ini mengandung 26 gen yang mengkode protein dan

25
dua yang mengkode transfer RNA (tRNA), molekul non-coding RNA terlibat
dalam pembacaan kode genetic selama proses sintesis protein.

2.      Relatif sedikit gen yeast yang discontinuous. Pada segmen kromosom III
ini, tidak ada gen yang discontinuous. Dalam keseluruhan genom yeast hanya
terdapat 239 introns, dibandingkan dengan lebih dari 300 000 pada genom
manusia.

3.      Terdapat lebih sedikit genome-wide repeats. Bagian kromosom III ini

mengandung elemen sebuah repeat tunggal long terminal (LTR) element,
disebut Ty2, dan empat truncated LTR elements disebut delta sequences.
Kelima genome-wide repeats membentuk 13.5% dari segmen 50-kb, tetapi
gambaran ini tidak secara keseluruhan khas pada genom yeast secara
keseluruhan. Ketika ke-16 kromosom yeast dipertimbangkan, jumlah total
sekuens yang diambil oleh genome-wide repeats hanya 3.4% dari total. Pada
manusia, genome-wide repeats membentuk 44% genom.

Gambaran yang muncul adalah bahwa organisasi genetik pada genom

yeast lebih ekonomis dibandingkan pada manusia. Gen-gen lebih
kompak/padat, memiliki lebih sedikit intron dan ruang antara gen relative
pendek, dengan jauh lebih sedikit ruang yang diambil oleh genome-wide
repeats dan sekuens-sekuens non-coding.

Hipotesis bahwa organism yang lebih komples mengandung genom yang

kurang kompak juga terdapat pada spesies-spesies lain yang diteliti. Gambar
diatas juga menunjukkan segmen 50 kb genom dari lalat buah. Jika kita
sependapat bahwa lalat buah lebih kompleks daripada sel yeast tetapi kurang
kompleks dibandingkan genom manusia, maka kita akan menduga bahwa
organisasi genom lalat buah akan berada di antara yeast dan manusia. Pada
gambar, segmen 50 kb genom lalat buah memiliki 11 gen, lebih dari gen pada
segmen manusia, tetapi kurang dari gen pada lalat buah. Semua gen ini
discontinuous. Hal ini sesuai ketika keseluruhan sekuens genom dari 3
organisme dibandingkan (Tabel 2). Densitas gen pada genom lalat buah adalah
intermediet antara densitas genom pada yeast dan manusia. Rata-rata gen lalat
buah memiliki lebih banyak intron daripada rata-rata gen yeast tetapi tetap tiga
kali lebih sedikit dibandingkan rata-rata gen manusia.

26
Tabel 2 Kekompakan genom yeast, lalat buah dan manusia

Lalat
Karakteristik Yeast buah Manusia

Kepadatan gen (rata-rata jumlah

per Mb) 479 76 11

Intron per gen (rata-rata) 0.04 3 9

Jumlah genom yang diambil

dengan genom yang di ulangi
(genome-wide repeats) 3.40% 12% 44%

Perbandingan antara genom yeast, lalat buah dan manusia dapat juga
dilihat dari genome-wide repeats. Hal ini membentuk 3.4% dari genom yeast,
12% genom lalat buah dan 44% genom manusia. Genome-wide repeats
memainkan peranan penting dalam menentukan kekompakan sebuah genom.
Hanya sedikit daerah-daerah pada genom jagung yang telah disekuen, tetapi
hasil telah diperoleh yang menunjukkan genom didominasi oleh elemen
repetitive. Gambar 2.2D menunjukkan sebuah segmen 50-kb satu anggota dari
family gen yang mengkode enzim alcohol dehydrogenase. Gen ini adalah satu-
satunya gen dalam daerah 50-kb ini. Walaupun ada gen kedua yang tidak
diketahui fungsinya kira-kira 100kb sebelum ujung akhir sekuens yang
ditunjukkan disini. Karakteristik dominan segmen genom ini adalah genome
segment is the genome-wide repeats. Mayoritas adalah elemen LTR yang terdiri
dari bagian non-coding dan diperkirakan membentuk kira-kira 50% genom
jagung. Satu atau lebih famili dari genome-wide repeats telah mengalami
proliferasi pada genom spesies tertentu.

Jadi ukuran genom tidak meningkat dengan semakin kompleksnya

organism tetapi organism yang sama dapat berbeda dalam ukuran genomnya.
Contohnya pada Amoeba dubia yang merupakan protozoa, diduga memiliki
genom 100–500 kb, sama dengan protozoa lain seperti Tetrahymena pyriformis

27
(seperti terlihat pada Tabel 1). Tetapi kenyataannya genom Amoeba lebih dari
200 000 Mb. Sama halnya kita menduga jangkrik memiliki genom yang sama
dengan insekta lain, tetapi jangkrik memiliki genom berukuran 2000 Mb,
yangmana 11 kali lebih besar dari genom lalat buah.

2.3.2  Genom Prokariot

Genom prokariot berbeda dengan genom eukariot. Terdapat beberapa

overlap dalam ukuran antara genom prokariotik terbesar dengan prokariotik
terkecil. Tetapi secara keseluruhan prokarotik genom berukuran lebih kecil.
Misalnya genom E. coli K12 adalah 4639 kb, hanya 2/5 dari genom yeast dan
hanya memiliki 4405 gen. Organisasi fisik genom juga berbeda antara eukariot
dengan prokariot. Pandangan tradisional adalah bahwa seluruh prokariot
memiliki satu molekul DNA sirkular . Selain ‘kromosom’ tunggal ini, prokariot
juga dapat memiliki gen tambahan yang independen, sirkular yang disebut
plasmid.

Gen yang dibawa oleh plasmid berguna, karena mengkode sifat-sifat

ketahanan terhadap antibiotik atau kemampuan untuk memanfaatkan komponen
kompleks seperti toluene sebagai sumber karbon. Tetapi prokariot dapat
bertahan secara efektif tanpa plasmid. Prokariot menunjukkan keragaman
dalam organisasi genom. E. coli memiliki genom unipartite, tetapi prokariot
lainnya lebih kompleks. Misalnya Borrelia burgdorferi B31, memiliki
kromosom linier 911 kb, membawa 853 gen, dilengkapi dengan 17 atau 18
molekul linier dan sirkuler, yang keseluruhannya menyumbangkan 533 kb dan

28
paling tidak 430 gen. Genom multipartite dikenal pada banyak bacteria dan
arkaea.

Genom prokariotik lebih kompak dibandingkan genom yeast dal eukariot

tingkat bawah lainnya. Seperti terlihat pada Gambar 2.2E yang memperlihatkan
segmen 50-kb genom E. coli K12. Terlihat bahwa terdapat lebih banyak gen
dan kurang ada ruang diantaranya, dengan 43 gen mengambil tempat 85.9%
segmen. Beberapa gen terlihat tidak memiliki ruang diantaranya, thrA dan thrB,
misalnya dipisahkan dengan sebuah nukleotida tunggal, dan thrC mulai pada
nukeotida segera sesudah nukleotida terakhir pada thrB. Ketiga gen ini adalah
contoh dari operon, sebuah kelompok gen yang terlibat dalam sebuah lintasan
biokimia (dalam hal ini sintesis asam amino threonine) dan diekspresikan
bersama-sama dengan yang lainnya. Operon digunakan sebagai model untuk
memahami bagaimana ekspresi gen diatur. Secara umum, gen prokariot lebih
pendek dibandingkan eukariot, rata-rata panjang sebauh gen bakteri berkisar
2/3 gen eukariot, bahkan setelah intron dihilangkan dari eukariot. Gen bakteri
sedikit lebih panjang dibandingkan gen arkaea.

Dua karakteristik genom prokariot yang dapat dilihat dari Gambar 2.2E
adalah, pertama, tidak ada intron pada gen pada segmen dari genom E. coli ini.
Bahkan E. coli tidak memiliki gen discontinuous. Karakteristik kedua adalah
infrequency of repetitive sequences. Genom prokariot tidak memiliki apapun
yang ekivalen terhadap high-copy-number genome-wide repeat families yang
ditemukan pada genom eukariot. Mereka memiliki sekuen tertentu yang
mungkin berulang di dalam genom. Contohnya adalah insertion sequences IS1
dan IS186yang dapat dilihat pada segmen 50-kb pada Gambar 2.2E. Terdapat
contoh transposable elements, yaitu sekuen yang dapat berpindah sekeliling
genom. Posisi elemen IS1dan IS186 yang ditunjukkan pada Gambar 2.2E
merujuk pada isolate E. coli tertentu. Jika isolate berbeda yang diperiksa, maka
sekuen IS dapat berbeda posisi atau dapat pula absen dari genom. Sebagian
besar genom prokariot lainnya memiliki sangat sedikit sekuen berulang/repeat
sequences – secara virtual tidak terdapat pada genom 1.64 Mb dari
Campylobacter jejuni NCTC11168 – tetapi terdapat perkecualian, pada bakteri
meningitis Neisseria meningitidis Z2491, yang memiliki lebih dari 3700 copi
dari15 tipe berbeda repeat sequence, secara kolektif membentuk hamper 11%
dari genom 2.18 Mb.
29
30
 BAB III

PENUTUP

3.1     Kesimpulan

          Dari makalah diatas dapat disimpulkan bahwa genom merupakan gugus
atau himpunan gen lengkap dari suatu organisme yang mengendalikan
keseluruhan metabolisme sehingga organisme tersebut dapat hidup dengan
sempurna. Genom terdiri dari satu set lengkap kromosom yang  diturunkan dari
tetuanya. Banyaknya gen yang terdapat dalam suatu genom berbeda antar
organisme. Diketahui juga bahwa bagian-bagian pada kromosom adalah
sebagai berikut, sentromer, kinotor, lengan kromosom, kromatid, kromonemata,
kromomer, sentromer, tekomer, lekukan pangkal dari kromonemata dan satelit.
Selain itu dapat disimpulkan juga bahwa terdapat banyakk perbedaan antara
genom pada prokariot dan eukariot salah satunya yaitu ukurannya.

3.2       Saran

Setelah membaca makalah “Genom, Struktur Kromosom dan Genom

Eukariot dan Prokariot” kiranya mahasiswa dapat menerapkan hal hal untuk
menjadi pribadi yang teguh sehingga dapat menyelesaikan masalahnya dengan
baik.

31
 DAFTAR PUSTAKA

Darmawan. A. 2012. Organisasi Genom.

http://taniyoook.blogspot.com/ diakses pada 23 Maret 2021 pukul 20.31
WITA.
Anonim. 2014. Pengertian Macam Bentuk Kromosom Berdasarkan
Sentromernya. http://smakita.net/ diakses pada 23 Maret 2021 pukul
20.31 WITA.
Campbell Reece-Mitchell. 1999. Biologi Jilid 2. Jakarta: Erlangga.

Mayr, Ernst., 2010. Evolusi: Dari Teori ke Fakta. Bogor: Grafika Mardi Yuana

Triwibowo Yunano, 2002. Biologi Molekular. Penerbit Erlangga.

Widodo. 2002. Perkembangan Teori Evolusi dan Darwinisme. Makalah disajikan

dalam Seminar Nasional Teori Evolusi. Malang: Universitas Negeri Malang.

Wulandari. 2005. Evolusi Mitokondria dan Pemanfaatannya dalam penelusuran

Kekerabatan dan Evolusi Organisme.( E mail tyas@ coffe_cat.net) (online)
diakses 23 Maret 2021 pukul 20.31 WITA.

32