Anda di halaman 1dari 23

BAB I

PENDAHULUAN

A. Tujuan
Tujuan dari praktikum ini adalah melakukan klasifikasi terhadap enam
strain bakteri yang belum diketahui dengan metode taksonomi numerik sehingga
diketahui hubungan kekerabatan diantara strain-strain bakteri tersebut.

B. Tinjauan Pustaka
Sistematika mikrobia merupakan ilmu yang mempelajari keanekaragaman
mikrobia dan hubungan antar sesamanya, baik hubungan yang bersifat kemiripan
(fenetik) maupun yang bersifat kekerabatan (filogenetis). Cakupan kajian dalam
sistematika meliputi klasifikasi, tata nama, dan identifikasi. Klasifikasi merupakan
suatu alat untuk mengelompokkan organisme ke dalam suatu kelompok (takson)
berdasarkan hubungan kemiripan ataupun kekerabatan. Identifikasi adalah proses
dan hasil penentuan apakah suatu organisme yang belum dikenal merupakan
anggota kelompok yang sudah diketahui sebelumnya atau bukan. Sedangkan tata-
nama ialah, cara pemberian nama ilmiah makhluk hidup berdasarkan kode tata
nama. Untuk dapat mengidentifikasi dan mengklasifikasi mikroorganisme,
pertama-tama kita harus mempelajari karakteristik mikroorganisme tersebut
(Pelczar et al., 1993).
Prosedur dalam identifikasi, yaitu pertama-tama kita harus menentukan
apakah suatu organisme yang belum dikenal termasuk dalam kelompok besar dari
mikroorganisme atau tidak; kedua yang harus dilakukan adalah memurnikan
kultur dari mikroorganisme tersebut; ketiga adalah menentukan tipe pertumbuhan
dari organisme tersebut; keempat adalah mempelajari kultur murni tersebut
(Frobisher, 1962).
Terdapat tiga macam cara klasifikasi yaitu : klasifikasi artifisial, klasifikasi
fenetik, dan klasifikasi filogenetik. Salah satu penerapan klasifikasi fenetik adalah
pada taksonomi numerik (numerical taxonomy) (Boone and Castenholz, 2001).
Taksonomi numerik merupakan suatu kajian kekerabatan taxa dengan
mengaplikasikan nilai similaritas setiap karakter sehingga dapat dibuat tingkatan
kategori berdasarkan derajat atau indeks similaritas. Dalam sistem taksonomi ini
digunakan sebanyak-banyaknya sifat (minimal 50 sifat) dari organisme-organisme
yang akan dikelompokkan kemudian dicari index similaritas (IS) dari satu
organisme terhadap organisme lain dalam daftar organisme yang akan
dikelompokkan (disebut OTUs). Ada dua macam Koefisien Asosiasi yaitu Simple
Matching Coefisient (SSM) dan Jaccard Coeficient (SJ). Pada SJ tidak
memperhatikan sifat yang sama-sama tidak dimiliki (negatif). Sedangkan pada
SSM semua sifat yang ada dilihat dan digunakan. Adapun dalam pengklasifikasian
suatu bakteri , kriteria yang dipakai antara lain adalah karakter morfologi yang
meliputi ukuran, bentuk, sifat pengecatan dan lain-lain. Karakter kultur dan
karakter koloni, meliputi bentuk koloni, elevasi, translucency dan warna.
Karakteristik biokimia, meliputi fermentasi, hidrolisis, produksi indol, reduksi dan
produksi enzim spesifik. Karakter fisiologi meliputi range suhu pertumbuhan, pH
dan lain-lain (Sulia and Shantharam, 1998).
Setelah IS dari masing-masing OTU diketahui, disusun matriks IS antar
OTU dengan menyusun IS dari yang terbesar hingga yang terkecil. Kemudian dari
matriks IS tersebut, akan diperoleh dendogram. Metode yang umum dalam
pembuatan dendogram adalah average linkage clustering (=UPGMA; unwieghted
pair-group method using arithmetic averages) yaitu suatu klaster akan
menggabung ke klaster tertentu pada suatu nilai yang dihitung tersendiri, yaitu
rerata nilai-nilai IS anggota klaster tersebut
Dari hasil yang diperoleh dapat dilihat hubungan kekerabatan antar
bakteri. Namun hubungan kekerabatan ini bersifat fenetis, sehingga bakteri-
bakteri yang memiliki tingkat similaritas tinggi belum tentu memiliki hubungan
filogenetis yang dekat (Sembiring, 2003).
BAB II
METODE

A. Alat dan Bahan


Alat-alat yang digunakan dalam percobaan ini antara lain: Mikroskop,
tabung reaksi, petridish, gelas benda, lemari es, jarum ose, lampu spiritus, tabung
Durham, propipet, pipet gondok, dan pipet tetes.
Bahan-bahan yang digunakan dalam percobaan ini, antara lain : kultur –
kultur bakteri yang belum diketahui yairtu strain bakteri A, B, C, D, E, dan F.
Sedangkan media yang digunakan adalah sebagai berikut:
Morfologi koloni bakteri :
Bahan : Kultur bakteri, medium nutrien agar miring, nutrien agar tegak,
nutrien cair, dan medium nutrien agar plate.
1. Morfologi sel :
Bahan : Kultur bakteri,cat methylen blue,cat Gram ( Gram A, B, C, D ),
alkohol 96%.
Pengujian sifat biokimiawi :
 Hidrolisis pati :
Bahan : Strain bakteri, media pati agar dalam plate, larutan JKJ.
 Fermentasi Karbohidrat :
Bahan : kultur bakteri, medium glukosa cair, laktosa cair, sukrosa cair,
dan indikator Phenol red.
Peruraian protein :
 Pembentukan indol :
Bahan : kultur bakteri, medium tripton cair, reagen erlich ether.
 Peptonisasi dan fermentasi susu :
Bahan : kultur bakteri, medium Bromo Cresol Purple Milk ( BCPM ).
 Hidrolisis kasein:
Bahan : kultur bakteri, susu skim, media susu agar.
 Pencairan gelatin :
Bahan : kultur bakteri, medium gelatin tegak.
Reduksi berbagai substansi :
 Reduksi nitrat :
Bahan : kultur bakteri, medium nitrat cair, larutan asam sulfanilat ( A ),
dan larutan naftilamin ( B ).
 Reduksi hidrogen peroksida :
Bahan : kultur bakteri dalam agar miring, larutan H2O2 30 %.
 Redusi methylen blue :
Bahan : kultur bakteri dalam medium nutrien cair, larutan methylen blue
( 1 : 20.000)

Cara Kerja
Pengamatan morfologi koloni bakteri
a. Dibuat kultur ke 6 strain bakteri pada medium nutrien plate agar secara
spread plate lalu diinkubasikan. Setelah tumbuh diamati pertumbuhan
koloni dan bentuk koloni ( punctiform, circular, filamentous, irregular,
curled, ameboid, myceloid, atau rhizoid ); elevasi ( flat, effuse, raised,
convex, umbonate ); bentuk tepi koloni ( entire, undulate, lobate, crenate,
erose, ciliate, fimbrinate ); struktur dalam ( transparan, transcluent,
opaque, smooth, finely granular, coarsely granular, wavy interlaced ).
b. Dibuat kultur ke 6 strain bakteri pada medium nutrien agar tegak.
Diinkubasikan lalu diamati pertumbuhannya ( merata, tidak merata );
bentuk pertumbuhan pada tusukan ( filliform, echinulate, beaded,
arrborescent, rhizoid, villous ).
c. Dibuat kultur ke 6 strain bakteri pada medium nutrien agar miring.
Diinkubasikan lalu diamati pertumbuhannya ( tipis, sedang, lebat ); bentuk
pertumbuhan ( filiform, echinulate, effuse, beaded, spreading, plumose,
rhizoid, arrborescent ); kilat ( mengkilat, tidak mengkilat ).
d. Dibuat kultur ke 6 strain bakteri pada medium nutrien cair, diinkubasikan
lalu diamati pertumbuhannya ( keruh merata, flocculant, sediment ).
Pengamatan morfologi sel
a. Gelas benda dibersihkan dengan alkohol lalu diganggang dengan
lampu spiritus,. Diambil satu ose kultur bakteri lalu diratakan di atas gelas
benda dan dikering anginkan. Kemudian difiksasi di atas nyala lampu
spiritus. Setelah dingin ditetesi dengan cat methylen blue dan diamkan
selama 2 – 5 menit. Dicuci dengan air mengalir lalu dikering anginkan dan
diamati dengan perbesaran 1000 x. catat bentuk sel, rangkaian sel, serta
ukuran sel.
b. Gelas benda dibersihkan dengan alkohol lalu diganggang di atas lampu
spiritus. Diambil 1 ose kultur bakteri, ratakan di atas gelas benda lalu
dikering anginkan. Difiksasi di atas nyala lampu spiritus. Setelah dingin
ditetesi dengan cat gram A dan dibiarkan selama 1 menit, dicuci dengan
air mengalir dan dikering anginkan. Selanjutnya ditetesi dengan cat gram
B dibiarkan selama 1 menit lalu dicuci dengan air mengalir dan dikering
anginkan. Kemudian ditetesi dengan cat gram C selama 30 detik lalu
dicuci dan dikeringanginkan. Akhirnya dicuci dengan cat gram D
dibiarkan selam 1 – 2 menit, dicuci dan dikering anginkan. Diamati di
bawah mikroskop dengan perbesaran 1000x. catat sifat pengecatan gram.
Jika sel berwarna merah berarti bersifat gram negatif, sedangkan apabila
sel berwarna ungu kebiruan berarti bersifat gram positif. Amati pula
adanya spora.

Pengujian sifat biokimiawi


a. Hidrolisis pati :
Biakan bakteri diinokulasikan secara goresan pada medium pati agar lalu
diinkubasikan. Setelah itu dituangi dengan larutan JKJ dan dibiarkan
beberapa menit. Amati adanya zona jernih di sekitar koloni bakteri. Jika
terbentuk zona jernih berarti positif dalam menghidrolisis pati, bila tidak
terbentuk zona jernih berarti negatif terhadap hidrolisis pati.
b. Fermentasi karbohidrat :
Masing-masing medium diinokulasi dengan biakan bakteri lalu
diinkubasikan selama 24 – 48 jam. Diamati perubahan warna medium dan
adanya gas yang timbul. Perubahan warna kuning menunjukan fermentasi
positif dengan menghasilkan asam.
c. Pembentukan Indol :
Media diinokulasi dengan kultur bakteri lalu diinkubasikan selama 2 – 4
hari. Ditambahkan ether ke dalam kultur tripton cair lalu digojog agar
ether tercampur dengan medium. dibiarkan selama 2 menit maka lapisan
ether akan terbentuk pada bagian atas. Detelah itu diteteskan reagen Erlich
ke dalam lapisan ether. Terjadinya warna merah menunjukkan hasil positif
untuk pembentukan indol.

d. Peptonisasi dan pembentukan susu :


Medium diinokulasikan dengan bakteri dan diinkubasikan selama 48 – 72
jam. Diamati hasil perubahan. Jika medium berwarna ungu terang berarti
terjadi peptonisasi sedang bila terjadi penggumpalan susu dan medium
berwarna putih berarti terjadi fermentasi.
e. Hidrolisa kasein :
Pipet sebanyak 1 ml suspensi susu skim steril dan teteskan ke dalam
petridish steril. Tuangkan medium susu agar yang telah dicairkan ke dalam
petridish lalu dicampurkan sampai merata dengan menggoyang petridish.
Setelah padat diinokulasikan dengan kultur bakteri secara goresan lalu
diinkubasi selama 4 hari. Adanya zona jernih di sekitar koloni
menunjukkan hasil positif terhadap hidrolisa kasein.

f. Pencairan gelatin :
Medium gelatin tegak diinokulasikan lalu diinkubasi selama 2 hari.
Selanjutnya medium dimasukkan ke dalam kulkas selama 1 jam. Jika
medium tidak dapat memadat berarti hasilnya positif terhadap pencairan
gelatin.

g. Reduksi nitrat :
Medium nitrat cair diinokulasikan dan diinkubasikan selama 2 – 3 hari.
Selanjutnya ditambahkan 1 tetes larutan A dan 1 tetes larutan B.
Terjadinya perubahan warna menjadi merah menunjukkan adanya nitrit
yang berarti telah terjadi reduksi nitrat.
h. Reduksi hidrogen peroksida :
Diambil kultur bakteri dengan ose lalu diletakkan di atas gelas benda,
tetesi dengan larutan H2O2 dan diamati terjadinya gelembung udara.
Adanya gelembung menunjukkan hasil positif bagi reduksi H2O2 .
i. Reduksi methylen blue :
Tambahkan 1 ml larutan methylen blue ( 1 : 20.000 ) ke dalam kultur cair
lalu didiamkan dan diamati setiap 3 menit. Hilangnya warna biru
menunjukkan hasil positif bagi reduksi methylen blue.

Klasifikasi numerik – fenetik :


Tahapan cara kerja yang dilakukan adalah sebagai berikut :

a. Strain mikrobia ( n ) yang akan diklasifikasikan dikoleksi kemudian


ditentukan karakter fenotipiknya dalam jumlah besar ( t ), yang mencakup
sifat biokimiawi, morfologis, nutritional, dan fisiologis. Data yang
diperoleh disusun dalam suatu matriks n x t.
b. Strain mikrobia diklasifikasikan berdasarkan nilai similaritas dan
dissimilaritas yang dihitung dari data n x t.
c. Strain yang mirip dimasukkan dalam satu kelompok dengan menggunakan
algoritma pengklasteran. Algoritma pengklasteran yang digunakan adalah
UPGMA (Unweight Pair Group Method with Arithmatic Averages)
d. Kelompok yang dibentuk secara numerik kemudian dipelajari dan karakter
yang bersifat membedakan dipilih diantara data dalam matriks untuk
selanjutnya digunakan identifikasi.
e. Setelah dilakukan uji pengklusteran, hasilnya diringkas dalam bentuk
dendrogram.
f. Dilakukan uji analisis korelasi kofenetik antara keenam strain bakteri
dengan melakukan pengujian antara hasil Indeks Matriks Similaritas Ssm
dan Sj yang diturunkan dari tabel (x) dengan Indeks Similaritas yang
diturunkan dari dendrogram (y).
BAB III
HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Hasil
Tabel 1. Tabel nxt
Operational Taxonomy Unit (t)
Unit Karakter (n) Strain
A B C D E F
Bentuk koloni
1. Punctiform - - - - - -
2. Circular + - + + + -
3. Filamentous - - - - - -
4. Irregular - + - - - +
5. Curled - - - - - -
6. Ameboid - - - - - -
7. Myceloid - - - - - -
8. Rhizoid - - - - - -
Elevasi
9. Flat - - - - - -
10. Effuse - - - - + +
11. Raised - + + - - -
12. Convex + - - + - -
13. Umbonate - - - - - -
Bentuk Tepi Koloni
14. Entire - - - + - -
15. Undulate + - - - - +
16. Lobate - - - - - -
17. Crenate - + + - + -
18. Erose - - - - - -
19. Ciliate - - - - - -
20. Fimbriate - - - - - -
Struktur Dalam
21. Transparan - - - - - -
22. Translucent - - - - - -
23. Opaque - + - + - -
24. Smooth - - - - - -
25. Finely Granular - - - - + +
26. Coarsly Granular + - - - - -
27. Wavy enterlaced - - + - - -
Warna Koloni
28. Krem - + + + + +
29. Kuning - - - - - -
30. Merah + - - - - -
Bentuk Pertumbuhan pada
Tusukan
31. Filiform - - - - - -
32. Echinulate - - - - - -
33. Beaded - + + + - +
34. Arbosescent - - - - - -
35. Rhizoid - - - - + -
36. Villous + - - - - -
Pertumbuhan pada Medium
Miring
37. Tipis - - - - + -
38. Sedang - - + - - +
39. Tebal + + - + - -
Bentuk Pertumbuhan pada
Medium Miring
40. Filiform - - - - - -
41. Echinulate - - + - - -
42. Effuse - - - - - -
43. Beaded + - - + + +
44. Spreading - + - - - -
45. Plumose - - - - - -
46. Rhizoid - - - - - -
47. Arborescent - - - - - -
Kilat Permukaan
48. Mengkilat + - - - + +
49. Tidak mengkilat - + + + - -
Dari tabel n x t diatas dapat disusun suatu matriks similaritas (IS) berdasarkan
metode SM dan Jaccard Coeficient (SJ). Adapun hasil matriks similaritas SSM
adalah sebagai berikut :
Tabel 2. Matriks Similaratas SSM (unsorted)
A B C D E F
A 100
B 65,88 100
C 63,53 81,18 100
D 74,12 81,18 78,82 100
E 74,12 75,29 75,29 72,94 100
F 72,94 71,76 64,71 67,06 75,29 100

Tabel 3. Matriks Similaritas SSM (sorted)


B D C E F A
B 100
D 81,18 100
C 8,18 78,82 100
E 75,29 72,94 75,29 100
F 71,76 71,76 64,71 75,29 100
A 65,88 74,12 63,53 74,12 72,94 100

Setelah pembuatan tabel similaritas, dilanjutkan dengan analisis algoritma


pengklasteran average lingkage (UPGMA), untuk membuat dendrogram. Analisis
algoritma pengklasteran dapat dilihat pada tabel berikut:

Tabel 4. Clustering Analysis SSM

Sim (%) B D C E F A
100 B D C E F A
90 B D C E F A
81,18 {(B,D) (C)} E F A
80 {(B,D) (C)} E F A
75,29 {(B,D) (C)} (E,F) A
73,53 {(B,D) (C)} {(E,F)(A)}
70,06 [{(B,D) (C)} {(E,F)(A)}]
70 [{(B,D) (C)} {(E,F)(A)}]
60 [{(B,D) (C)} {(E,F)(A)}]
50 [{(B,D) (C)} {(E,F)(A)}]
40 [{(B,D) (C)} {(E,F)(A)}]
30 [{(B,D) (C)} {(E,F)(A)}]
20 [{(B,D) (C)} {(E,F)(A)}]
10 [{(B,D) (C)} {(E,F)(A)}]

Dari tabel analisis algoritma pengklasteran tersebut dapat dibuat dendrogram


sebagai berikut:

60 70 80 90 100

75,29 81,18
73,53

70,06

Gambar 1. Dendrogram untuk nilai similaritas SSM

Sedangkan hasil matriks similaritas SJ adalah sebagai berikut :

Tabel 5. Matriks Similaratas SJ (unsorted)


A B C D E F
A 100
B 29,27 100
C 22,5 44,83 100
D 42,11 48,39 40 100
E 43,59 40 36,36 36,11 100
F 42,5 35,14 21,05 28,21 43,24 100

Tabel 6. Matriks Similaritas SJ (sorted)


B D C E A F
B 100
D 48,39 100
C 44,83 40 100
E 40 36,11 36,36 100
A 29,27 42,11 22,5 43,59 100
F 35,14 28,21 42,5 43,24 42,5 100

Setelah pembuatan tabel similaritas, dilanjutkan dengan analisis algoritma


pengklasteran average lingkage (UPGMA), untuk membuat dendrogram. Analisis
algoritma pengklasteran dapat dilihat pada tabel berikut:

Tabel 7. Clustering Analysis SJ

Sim (%) B D C E A F
100 B D C E A F
90 B D C E A F
80 B D C E A F
70 B D C E A F
60 B D C E A F
50 B D C E A F
48,39 (B,D) C E A F
43,59 (B,D) C (E,A) F
42,87 (B,D) C {(E,A) (F)}
42,42 {(B,D) (C)} {(E,A) (F)}
32,31 [{(B,D) (C)} {(E,A) (F)}]
30 [{(B,D) (C)} {(E,A) (F)}]
20 [{(B,D) (C)} {(E,A) (F)}]
10 [{(B,D) (C)} {(E,A) (F)}]

Dari tabel analisis algoritma pengklasteran tersebut dapat dibuat dendrogram


sebagai berikut:
B

30 40 50 60 70 80 90 100
48,39

42,42 43,59

32,31 42,87

Gambar 2. Dendrogram untuk nilai similaritas SJ

Dendrogram menghasilkan nilai similaritas yang berbeda dari nilai


similaritas yang digunakan untuk membuatnya ( SSM atau SJ ) sehingga perlu
dilakukan uji korelasi kofenetik untuk mengetahui apakah perbedaan tersebut
masih dapat diterima. Dari perhitungan diperoleh nilai r untuk similaritas SSM
adalah 60,84 % dan nilai r untuk similaritas SJ adalah 58,59 %. Dari hasil tersebut
dapat disimpulkan bahwa dendogram nilai similaritas SSM dapat diterima,
sedangkan dendogram nilai similaritas SJ ditolak, karena nilai r < 60%.

B. Pembahasan
Pada percobaan ini, dilakukan karakterisasi dan identifikasi terhadap enam
strain mikrobia yang belum diketahui, dengan menggunakan berbagai karakter uji
yang meliputi sifat morfologi, baik koloni maupun sel, dan pengujian sifat
biokimia. Data yang didapat kemudian disajikan dalam bentuk numerik dengan
memberikan nilai positif atau negatif. Dalam prosedur taksonomi numerik, hanya
data numerik yang bisa diolah untuk mendapatkan hasil klasifikasi yang
diharapkan.
Jumlah unit karakter yang digunakan adalah sebanyak 85 karakter. Jumlah
karakter ini memenuhi karakter uji minimal yang disyaratkan, yaitu sejumlah 50
karakter. Semakin tinggi nilai similaritas antara kedua strain, maka bisa dikatakan
kedua strain tersebut memiliki banyak kemiripan, sehingga nilai indeks similaritas
antar kedua strain dapat digunakan untuk memasukkan bakteri ke dalam suatu
kelompok tertentu. Berdasarkan konsep taksospesies, suatu individu termasuk ke
dalam jenis spesies yang sama jika memiliki indeks similaritas lebih dari 70%.
Data yang diperoleh dari karakterisasi tersebut dianalisis lebih lanjut untuk
mencari Indeks Similaritas (IS) antara keenam strain mikrobia tersebut.
Digunakan dua macam koefisien indeks similaritas yaitu Simple Matching
Coeficient (SSM) dan Jaccard Coeficient (SJ). Pada SSM semua sifat baik bernilai
double positif, berbeda, maupun double negatif digunakan. Sedangkan pada SJ
nilai yang double negatif pada dua strain yang dibandingkan tidak digunakan.
Setelah diperoleh indeks similaritas melalui SSM dan SJ, kemudian
dilakukan analisis klastering. Prinsip dari analisis klastering adalah untuk mencari
similaritas dengan nilai tinggi yang mengindikasikan pasangan yang paling sama
dari OTU (Operational Taxonomic Unit). Metode yang paling umum digunakan
adalah Unweighted Pair Group Method With Averages (UPGMA) atau yang lebih
dikenal dengan nama algoritma average linkage . Untuk menunjukkan hasil
analisis klastering, hasil divisualisasikan kedalam bentuk dendrogram. Setelah
didapat dendrogram, kemudian dibuat analisis korelasi kofenetik. Analisis ini
bertujuan untuk menunjukkan keeratan hubungan kesamaan (fenetik) antar strain
mikrobia yang diuji. Nilai korelasi kofenetik baik pada SSM dan SJ yang melebihi
60 % menunjukkan bahwa uji yang dilakukan terhadap keenam strain bakteri
tersebut dapat diterima atau dipercaya, sehingga kelompok yang dibentuk
memiliki kedekatan yang dapat diterima.
Dari hasil dendrogram terlihat bahwa terdapat perbedaan dalam klasifikasi
OTU antara koefisien SSM dan SJ. Pada dendogram SSM strain B, D, dan E
mengelompok menjadi satu pada similaritas 81,18%. Starain E dan F
berkelompok pada similaritas 75,29% dan keduanya akan berkelompok dengan
strain A pada 73,53%. Semua strain akan menyatu pada tingkat similaritas
70,06%. Hal tersebut menunjukkan bahwa keenam strain bakteri yang diuji
memiliki tingkat similaritas yang cukup tinggi. Bahkan dapat dikatakan bahwa
keenam strain bakteri tersebut masuk ke dalam satu spesies, karena tingkat
kesamaannya lebih dari 70%. Hasil analisis kofenetik korelasi pada dendogram
untuk nilai similaritas SSM menunjukkan bahwa hasil dendogram tersebut dapat
diterima. Karena nilai r yang didapatkan lebih dari 60% yaitu 60,84%. Pada hasil
dendogram untuk similaritas SJ menunjukkan hasil yang agak berbeda. Pada
dendogram SJ strain B menyatu terlebih dahulu dengan strain D pada similaritas
48,39%, selanjutnya keduanya baru menyatu dengan strain C pada similaritas
42,42%. Strain E dan A mengelompok pada similaritas 43,59%, dan selanjutnya
keduanya menyatu dengan strain F pada similaritas 42,87%. Keenam strain akan
bergabung pada similaritas 32,31%. Dari hasil tersebut dapat disimpulakan bahwa
analisis menggunakan SJ akan memeperlihatkan bahwa keenam strain bakteri
yang diuji merupakan enam spesies berbeda, karena memiliki tingkat kemiripan
yang rendah. Hal tersebut dapat dilihat dari tingkat similaritas antar strain yang
tidak mencapai nilai 70%. Hasil analisis kofenetik korelasi pada dendogram S J
menunjukkan bahwa dendogram tersebut tidak diterima. Karena nailai r yang
didapat kurang dari 60% yaitu 58,59%.
Oleh karena nilai analisis kofenetik korelasi dendogram SSM lebih besar
daripada dendogram SJ maka yang lebih bisa dipercaya adalah hasil klasifikasi
menggunakan SSM. Tapi perlu diingat bahwa hasil perhitungan SSM dan SJ ini hanya
mendekati kebenaran, hal ini karena ada kemungkinan bahwa pada pengamatan
karakter didapat data yang tidak akurat dikarenakan adanya ketidaktelitian dalam
pengamatan ataupun memang karena batasan untuk memberikan nilai positif atau
negatif pada suatu karakter untuk suatu strain bakteri sangatlah tipis dan hanya
mengandalkan pengamatan visual saja, sehingga kemungkinan terdapat kekeliruan
dalam memutuskan sifat positif atau negatif dari karakter yang diamati.

BAB IV
KESIMPULAN

Dari hasil percobaan yang telah dilakukan dapat diketahui bahwa pada
klasifikasi menggunakan koefesien indeks similaritas SSM, keenam strain bakteri
yang digunakan termasuk ke dalam satu spesies karena memiliki tingkat
kesaaman lebih dari 70% yaitu 70,06%. Sedangkan pada klasifikasi menggunakan
koefesien indeks similaritas SJ, keenam strain bakteri merupakan spesies yang
berbeda-beda karena tingkat kesamaan antar keenam bakteri tersebut kurang dari
70% yaitu 32,31%. Selain itu dapat diketahui pula bahwa koefisien similaritas
Simple matching mempunyai tingkat kepercayaan yang lebih tinggi (= lebih
akurat) dibandingkan similaritas Jaccard dalam mengklasifikasikan strain bakteri.
Hal tersebut dapat dilihat dari hasil analisis kofenetik korelasi pada dendogram
SSM yang memiliki nilai lebih dari 60% yaitu 60,84%, yang menunjukkan bahwa
dendogram tersebut dapat diterima.

BAB V
DAFTAR PUSTAKA

Boone, R.D, and Castenholz, W.R. 2001. Bergey’s Manual of Systematic


Bacteriology. 2nd ed. Voll springer-Verlag. New York.
Frobisher, M. 1962. Fundamental of Microbiology. 6th Edition. W.B. Saunders
Company. London, pp.243-251.
Pelczar, M. J., E. C. S. Chan and N.R. Krieg. 1993. Microbiology. 5th Edition.
Tata McGraw-Hill. New Delhi, pp. 37-39, 41-42.
Sembiring, L. 2003. Petunjuk Praktikum Sistematik Mikrobia. Laboratorium
Mikrobiologi, UGM, Yogyakarta, hal. 1-6.
Sulia, S.B, and S. Shantharam. 1997. General Microbiology. Science Pub Inc.
USA, pp. 22 – 23.

BAB VI
LAMPIRAN

A. Perhitungan dengan SSM


Indeks Similaritas
(a + d)
Ssm = x100
(a + b + c + d)

Keterangan
a =Jumlah karakter yang ( + ) untuk kedua strain
b =Jumlah karakter yang ( + ) untuk strain pertama dan ( - ) bagi strain
kedua
c =Jumlah karakter yang ( - ) untuk strain pertama dan ( + ) bagi strain
kedua
d =Jumlah karakter yang ( - ) untuk kedua strain
a b+c d
AB 12 29 44
AC 9 31 45
AD 16 22 47
AE 17 22 46
AF 17 23 45
BC 13 16 56
BD 15 16 54
BE 14 21 50
BF 13 24 48
CD 12 18 55
CE 12 21 52
CF 8 30 47
DE 13 23 49
DF 11 28 46
EF 16 21 48
12 + 44
A−B = x100 = 65 ,58
85
9 + 45
A −C = x100 = 63,53
85
16 + 47
A−D = x100 = 74 ,12
85
17 + 46
A−E = x100 = 74 ,12
85
17 + 45
A−F = x100 = 72 ,94
85
13 + 56
B −C = x100 = 81,18
85
15 + 54
B −D = x100 = 81,18
85
14 + 50
B −E = x100 = 75 ,29
85
13 + 48
B −F = x100 = 71,76
85
12 + 55
C −D = x100 = 78 ,82
85
12 + 52
C −E = x100 = 75 ,29
85
8 + 47
C −F = x100 = 64 ,71
85
13 + 49
D −E = x100 = 72 ,94
85
11 + 46
D −F = x100 = 67 ,06
85
14 + 48
E −F = x100 = 75,29
85
Dengan perhitungan analisis kofenetik korelasi sebagai berikut
Tabel 8. Analisis kofenetik korelasi SSM

SSM x y x2 y2 xy
AB 65,88 70,06 4340,17 4908,40 4615,55
AC 63,53 70,06 4036,06 4908,40 4450,91
AD 74,12 70,06 5493,77 4908,40 5192,85
AE 74,12 73,53 5493,77 5406,66 5450,85
AF 72,94 73,53 5320,24 5406,66 5363,28
BC 81,18 81,18 6590,19 6590,19 6590,19
BD 81,18 81,18 6590,19 6590,19 6590,19
BE 75,29 70,06 5668,58 4908,40 5274,82
BF 71,76 70,06 5149,50 4908,40 5027,51
CD 78,82 81,18 6212,59 6590,19 6398,61
CE 75,29 70,06 5668,58 4908,40 5274,82
CF 64,71 70,06 4187,38 4908,40 4533,58
DE 72,94 70,06 5320,24 4908,40 5110,18
DF 67,06 70,06 4497,04 4908,40 4698,22
EF 75,29 75,29 5668,58 5668,58 5668,58
∑ 1094,11 1096,43 80236,88 80428,07 80239,33

n ∑ XY − ∑ X × ∑Y
r=
(n∑X 2
− (∑X )
2
) + (n∑Y 2
− ( ∑Y )
2
) ×100 %
r=
(15 × 80239 ,33 ) − (1094 ,11 ×1096 ,43 )
(15 ×80236 ,88 − (1094 ,11) 2 ) + (15 ×80428 ,07 − (1096 ,43 ) 2 ) ×100 %
3974 ,9227
r= ×100 %
( 6476 ,5079 ) + ( 4262 ,3051 )
r = 0,37014544 ×100 %
r = 0,6084 ×100 %
r = 60 ,84 %

B. Perhitungan dengan SJ
Indeks Similaritas
a
Ssm = x100
(a + b + c)

Keterangan
a =Jumlah karakter yang ( + ) untuk kedua strain
b =Jumlah karakter yang ( + ) untuk strain pertama dan ( - ) bagi strain
kedua
c =Jumlah karakter yang ( - ) untuk strain pertama dan ( + ) bagi strain
kedua
12
A−B = x100 = 29 ,27
41
9
A −C = x100 = 22 ,5
40
16
A−D = x100 = 42 ,11
38
17
A−E = x100 = 43,59
39
17
A−F = x100 = 42 ,5
40
13
B −C = x100 = 44 ,83
29
15
B −D = x100 = 48 ,39
31
14
B −E = x100 = 40
35
13
B −F = x100 = 35 ,14
37
12
C −D = x100 = 40
30
12
C −E = x100 = 36 ,36
33
8
C −F = x100 = 21,05
38
13
D −E = x100 = 36 ,11
36
11
D −F = x100 = 28 ,21
39

Tabel 9. Analisis kofenetik korelasi SJ

SJ x y x2 y2 xy
AB 29,27 32,31 856,73 1043,94 945,71
AC 22,5 32,31 506,25 1043,94 726,98
AD 42,11 32,31 1773,25 1043,94 1360,57
AE 43,59 43,59 1900,09 1900,09 1900,09
AF 42,5 42,87 1806,25 1837,84 1821,98
BC 44,83 42,42 2009,73 1799,46 1901,69
BD 48,39 48,39 2341,59 2341,59 2341,59
BE 40 32,31 1600 1043,94 1292,4
BF 35,14 32,31 1234,82 1043,94 1135,37
CD 40 42,42 1600 1799,46 1696,8
CE 36,36 32,31 1322,05 1043,94 1174,79
CF 21,05 32,31 443,10 1043,94 680,13
DE 36,11 32,31 1303,93 1043,94 1166,71
DF 28,21 32,31 795,80 1043,94 911,47
EF 43,24 42,87 1869,70 1837,84 1853,70
∑ 553,3 1096,43 21363,29 20911,74 20909,98

n∑ XY − ∑ X × ∑Y
r=
(n ∑ X 2
− (∑ X )
2
) + (n∑Y 2
− ( ∑Y )
2
) ×100 %
r=
(15 × 20909 ,98 ) − ( 553 ,3 × 553 ,35 )
(15 × 21363 ,29 − ( 553 ,3) 2 ) + (15 × 20911 ,74 − ( 553 ,35 ) 2 ) ×100 %
7481 ,145
r= ×100 %
(14308 ,46 ) + ( 7479 ,8775 )
r = 0,343355476 ×100 %
r = 0,5859 ×100 %
r = 58 ,59 %
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA

KARAKTERISASI DAN KLASIFIKASI BAKTERI


DENGAN METODE TAKSONOMI NUMERIK -
FENETIK

Disusun oleh :

Nama : Winda Adipuri Ramadaningrum


NIM : 06/198169/BI/07875
Gol./Kel. :I/7
Asisten : Husni Mubarok

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI
FAKULTAS BIOLOGI
UNIVERSITAS GADJAH MADA
YOGYAKARTA
2008