LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI PANGAN

FAKULTAS TEKNOLOGI PERTANIAN

UNIVERSITAS KATOLIK SOEGIJAPRANATA
SEMARANG
ISOLASI DNA DAN PENGECEKAN KUALITAS DNA
Kelompok: 33
Sheila Ratna M. 18.I1.0141
Ancilla Maywandira 18.I1.0143
Kennard Darren F. E. R. 18.I1.0144
Abstrak
DNA atau deoxyribonucleic acid memiliki peran untuk memberikan informasi genetika makhluk
hidup. Untuk mengetahui informasi tersebut dapat dilakukan isolasi DNA. Isolasi DNA terdiri dari
lima tahap yaitu, penghancuran, pelisisan, ekstraksi, purifikasi, dan presipitasi. Penelitian ini
bertujuan untuk mengetahui cara mengekstraksi, memurnikan, dan mengisolasi DNA, serta untuk
mengetahui bentuk DNA pada sel hewan maupun sel tumbuhan. Bahan yang digunakan pada
praktikum ini adalah buah pepaya dan daging ayam. Sampel dihancurkan lalu dimasukkan ke
dalam larutan sabun dan garam kemudian disaring, lalu filtratnya dimasukan secara perlahan ke
dalam alkohol. Prinsip utama isolasi DNA adalah penghancuran dinding sel (lisis), presipitasi, dan
pemurnian. Hasil pengamatan didapatkan kalau DNA pepaya berwarna putih kekuningan dengan
bentuk serabut dan jumlah yang banyak, sedangkan DNA ayam berwarna putih dengan bentuk
serabut dan jumlah yang sangat banyak. Kandungan air yang lebih tinggi pada tumbuhan
dibanding hewan berpengaruh pada jumlah DNA. Bentuk DNA hewan yang berasal dari
mitokondria dan nukelus berbentuk linear, sedangkan DNA tumbuhan yang berasal dari
mitokondria dan kloroplas memiliki bentuk sirkular atau bulat.
Kata kunci : DNA, isolasi DNA, tumbuhan, hewan

1. TINJAUAN PUSTAKA Jaringan yang dapat digunakan dalam isolasi

DNA atau deoxyribonucleic acid memiliki
peran untuk mengkode informasi dalam proses
metabolisme makhluk hidup (Yuwono, 2005).
Dalam mengetahui informasi genetik DNA
dapat dilakukan isolasi DNA. Isolasi DNA
melalui 5 tahap, yaitu penghancuran jaringan,
pelisisan dinding sel, pengekstraksian dalam
larutan, purifikasi, dan presipitasi (Suryo,
2004). Salah satu metode yang umum
digunakan adalah CTAB atau Cetyl Trimethyl
Ammonium Bromide khususnya pada tanaman
(Syafaruddin et al., 2011). Prinsip utama dalam
isolasi DNA terdiri dari 3 prinsip utama, yaitu
penghancuran dinding sel (lisis), presipitasi
(pengendapan), dan pemurnian DNA (Dolphin,
2008). Lisis bertujuan untuk merusak membran
dan dinding sel (Murtiyaningsih, 2017).
Presipitasi bertujuan untuk melarutkan lemak
dan residu organik yang bersifat hidrofobik
menggunakan pelarut organik (Kimball, 1992).
Pemurnian bertujuan untuk menghilangkan
RNA dengan menambahkan RNAse (Sambrook
et al., 1989).
DNA adalah tanaman, hewan, atau bakteri yang
dapat menyebabkan degradasi (Ardiana, 2009).
Sampel yang digunakan dalam penelitian ini
memiliki tingkat kandungan air yang berbeda.
Buah pepaya memiliki kandungan air 86,70%
(Puspitasari et al., 2019) sedangkan daging
ayam mengandung 65-70% air (Afrianti et al.,
2013). Jumlah DNA yang terisolasi sangat
dipengaruhi oleh kandungan air, karena semakin
tinggi kadar air sel yang terlarut akan semakin
sedikit, dan DNA yang terpresipitasi akan
semakin sedikit (Yuwono, 2005). Faktor lain
yang menyebabkan DNA buah lebih sedikit
dibanding DNA daging karena DNA tumbuhan
terisolasi dari bagian organel sel, seperti
nukleus, mitokondria, dan kloroplas, serta
diselubungi dinding sel. Sedangkan untuk DNA
hewan diperoleh dari bagiian nukelus dan
mitokondria (Suryo, 2004). Oleh karena alasan
tersebut DNA buah lebih sedikit dibanding
DNA daging karena DNA daging yang banyak
terdapat di mitokondria lebih mudah diisolasi.
(Nengah, 2010). Untuk mengisolasi DNA lebih

1
sulit karena perlu proses penghancuran dinding
sel agar isi sel dapat terlepas dari ekstrak asam
nukleat (Hapsari, 2015). DNA dari buah pepaya
yang terisolasi akan berwujud benang-benang
putih (Elrod, 2007). Setelah ditambahkan
alkohol akan terlihat gumpalan putih yang
merupakan DNA (Hapsari, 2015).
Bentuk DNA dari sel tumbuhan dan hewan
berbeda. Perbedaan bentuk ini dipengaruhi
darimana DNA tersebut terisolasi. Pada
tumbuhan DNA berasal dari mitokondria dan
kloroplas akan menghasilkan bentuk yang
sirkular dan tidak memiliki ikatan kuat dengan
protein histon. Untuk DNA hewan berasal dari
mitokondria dan nukleus, DNA ini memiliki
bentuk linear dan memiliki ikatan sangat kuat
dengan protein histon (Suryo, 2004).
2. TUJUAN PRAKTIKUM
Praktikum ini bertujuan untuk mengetahui cara
mengekstraksi, memurnikan, dan mengisolasi
DNA. Selain itu praktikum ini juga bertujuan
untuk mengetahui bentuk DNA pada sel hewan
maupun sel tumbuhan.
3. METODE PRAKTIKUM
3.1. Materi
3.1.1. Alat
Alat yang digunakan pada praktikum ini adalah
wadah, saringan, sendok, pisau, dan blender.
3.1.2. Bahan
Bahan yang digunakan pada praktikum ini
adalah 2 sendok makan sabun cuci piring, 1
sendok makan garam, 10 ml alkohol 70%, 100
ml air, 20 gram daging buah pepaya dan 20
gram daging ayam.
3.2. Metode
Pertama-tama sebanyak 100 ml air dimasukkan
ke dalam wadah lalu ditambahkan 1 sendok
makan garam dan diaduk hingga larut.
Kemudian sebanyak 2 sendok makan sabun
cuci piring ditambahkan ke dalam larutan
garam lalu diaduk tapi jangan sampai berbusa.
Siapkan sampel pepaya dengan memotong 20
gram pepaya lalu dihaluskan dengan blender.
2
Setelah itu larutan sabun dan garam
dicampurkan ke dalam sampel pepaya dan
diaduk. Kemudian campuran disaring, dan
ambil sebanyak 1 sendok makan makan filtrat.
Siapkan 10 ml alkohol ke dalam piring datar
lalu filtrat dimasukkan ke dalam alkohol secara
perlahan, lalu bentuk DNA diamati. Untuk
sampel daging ikuti langkah yang sama dari
awal.
4. HASIL PENGAMATAN
Pada Tabel 1., dapat dilihat hasil dari percobaan
isolasi DNA. Untuk DNA dari pepaya didapati
warna putih kekuningan dengan bentuk serabut
serta jumlah yang banyak. Lalu pada sampel
ayam didapatkan hasil DNA dengan warna
putih, bentuk serabut, serta jumlah yang sangat
banyak.
5. PEMBAHASAN
DNA atau deoxyribonucleic acid merupakan
suatu materi genetik yang tersusun atas basa
nitrogen, gula, dan fosfat yang tergabung
membentuk nukleotida. DNA berperan untuk
mengkode informasi dalam proses metabolisme
makhluk hidup (Yuwono, 2005). Untuk
mengetahui informasi genetik pada DNA dapat
dilakukan teknik isolasi DNA. Menurut Suryo
(2004) teknik isolasi DNA dapat dilakukan
melalui 5 tahapan yaitu tahap penghancuran
jaringan, pelisisan, ekstraksi dalam larutan,
purifikasi, dan presipitasi. Metode CTAB atau
Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide
menggunakan pelarut organik alkohol dan
deterjen. Metode ini merupakan metode umum
yang digunakan saat mengekstraksi DNA
khususnya tanaman karena mengandung banyak
senyawa polifenol dan polisakarida
(Syafaruddin et al., 2011).
Berdasarkan Dolphin (2008), prinsip utama dari
isolasi DNA adalah penghancuran dinding sel
(lisis), presipitasi (pengendapan), dan
pemurnian DNA. Lisis atau penghancuran
dinding ini bertujuan untuk merusak membran
dan dinding sel (Murtiyaningsih, 2017). Lalu
presipitasi atau pengendapan bertujuan untuk
memisahkan DNA dari kontaminan
(Syafaruddin & Santoso, 2011). Presipitasi
biasanya menggunakan bantuan alkohol yang
merupakan pelarut organik yang dapat
melarutkan lemak dan residu organik lainnya
yang memiliki sifat hidrofobik (Kimball, 1992).
Prinsip selanjutnya adalah pemurnian yang
bertujuan untuk menghilangkan RNA dengan
menambahkan RNAse yang bekerja dengan
memotong ikatan fosfodiester antara 5’-ribosa
dari nukleotida dan gugus fosfat yang
menempel pada 3'-ribosa, kemudian 3’-ribosa
akan dihidrolisis sehingga membentuk 3'-
nukleosida fosfat (Sambrook et al., 1989).
Pada praktikum isolasi DNA dan pengecekan
kualitas DNA bahan yang digunakan yaitu buah
pepaya sebagai sel tumbuhan dan daging ayam
sebagai sel hewan. Praktikum ini diawali
dengan Penambahan air sebanyak 100 ml ke
dalam wadah dan ditambahkan 1 sendok makan
garam, lalu diaduk. Garam atau NaCl yang
digunakan berfungsi sebagai buffer, menurut
Hapsari (2015) garam berfungsi untuk
membentuk kumpulan DNA melalui
kandungan ion Na+ yang membentuk ikatan
dengan kutub negatif pada ikatan fosfat DNA.
Selain itu garam dapat memisahkan
polisakarida pada dinding sel sehingga
meminimalkan kontaminasi. Yulianti (2006),
juga menambahkan kalau NaCl, dapat membuat
bentuk struktur dari molekul DNA terjaga serta
mengurangi jumlah air pada saat fase fenol
berlangsung, dan memfasilitasi deproteinisasi.
NaCl juga memiliki peran dalam menjaga asam
nukleat tetap berada dalam medium isotonik.
Selanjutnya ditambahkan 2 sendok makan
sabun cuci piring lalu diaduk namun jangan
sampai berbusa. Tujuan penggunaan sabun cuci
piring adalah untuk merusak membran dan
dinding sel karena sabun cuci piring dapat
membentuk senyawa lipid-protein-detergent
kompleks melalui ikatan pada sisi hidrofobik
(Mardiyyaningsih, 2013). Menurut Jamilah
(2005) sabun cuci piring cair efektif digunakan
pada isolasi DNA sebab mengandung
konsentrasi lauryl sulfat yang tinggi sebagai
pengganti EDTA. Kemudian buah dan daging
dipotong kecil-kecil dan dihancurkan
menggunakan blender atau dilumatkan.
Penghancuran berfungsi untuk merusak
membran dan mengeluarkan isi dari sel, selain
itu penghancuran digunakan untuk memperluas
permukaan sampel agar isolasi DNA lebih
mudah dilakukan. Lalu campuran disaring
untuk memisahkan antara cairan dengan sisa
3
bagian jaringan (padatan) yang tidak diperlukan.
Selanjutnya dimasukkan alkohol 70% ke dalam
wadah dan dimasukkan filtrat secara perlahan ke
dalam wadah lalu diamati bentuk DNAnya.
Alkohol 70% berfungsi untuk mengikat strand
DNA sehingga akan dihasilkan benang putih di
atas filtrat (Hapsari, 2015). Penambahan alkohol
sebaiknya dilakukan pada keadaan dingin
dikarenakan pada temperatur rendah dapat
menurunkan aktivitas molekul air sehingga
proses presipitasi (pengendapan) DNA akan
lebih sempurna.
Pada saat proses isolasi DNA digunakan
jaringan tanaman atau hewan ataupun bakteri
yang dapat menyebabkan degradasi saat
dilakukan DNA. Sampel ayam digunakan
karena jaringan hewan lebih banyak terkandung
protein. Sedangkan sampel pepaya digunakan
karena jaringan tumbuhan didalamnya memiliki
kandungan protein, karbohidrat, dan polifenol
(Ardiana, 2009).
Perbedaan dari DNA buah pepaya dan daging
ayam terletak pada warna dan jumlah DNA.
Buah pepaya memiliki DNA yang berjumlah
banyak, sedangkan daging ayam memiliki
jumlah DNA yang sangat banyak. Jumlah DNA
pada buah maupun hewan dapat dipengaruhi
oleh jumlah kadar air bahan, buah pepaya
memiliki kandungan kadar air sebanyak 86,70%
(Puspitasari et al., (2019), sedangkan pada
daging ayam mengandung kadar air sebanyak
65-70% (Afrianti et al., 2013). Menurut
Yuwono (2005), kadar air yang semakin tinggi
pada bahan dapat menyebabkan sel yang terlarut
pada ekstrak akan semakin sedikit, maka hanya
sedikit jumlah DNA yang dapat terpresipitasi.
Selain itu jumlah DNA buah yang lebih sedikit
dibandingkan DNA daging, dikarenakan DNA
tumbuhan umumnya diisolasi dari bagian
organel sel seperti nukleus, mitokondria, dan
kloroplas serta terdapat dinding sel. Sedangkan
pada daging DNA diperoleh dari bagian nukleus
dan mitokondria (Suryo, 2004). Sehingga
diperoleh DNA yang lebih banyak pada isolasi
DNA daging sebab pada molekul DNA di
mitokondria banyak mengandung banyak
salinan DNA sehingga akan lebih mudah
diisolasi dan menghasilkan jumlah yang lebih
banyak (Nengah, 2010). Isolasi DNA pada
tumbuhan lebih sulit dikarenakan memerlukan
proses destruksi dinding sel sehingga isi sel
dapat terlepas dan terpisah dari ekstrak asam  Tahapan isolasi DNA adalah
nukleat (Hapsari, 2015). penghancuran jaringan, pelisisan,
ekstraksi dalam larutan, purifikasi, dan
Selain itu juga terdapat perbedaan pada warna presipitasi
DNA pepaya dengan DNA daging ayam. Pada  Prinsip utama isolasi DNA adalah
buah pepaya diperoleh DNA dengan warna penghancuran (lisis), presipitasi
putih kekuningan, sedangkan pada daging ayam (pengendapan), dan pemurnian DNA
diperoleh DNA berwarna putih. Hasil pada  Proses penghancuran jaringan adalah
DNA buah pepaya tidak sesuai dengan teori dengan melumatkan sampel
menurut Elrod et al., (2007) bahwa pada isolasi  Presipitasi dibantu dengan larutan
DNA buah pepaya akan diperoleh filtrat atau organik
benang-benang yang berwarna putih akibat  Pemurnian dilakukan untuk
pengikatan strand DNA oleh alkohol. menghilangkan RNA dengan
Kesalahan ini dapat dipengaruhi oleh cairan menambahkan RNAse
dari buah pepaya yang berwarna kuning-oranye  Semakin banyak kandungan air maka sel
yang mungkin dikarenakan tidak melewati yang terlarut pada ekstrak akan semakin
tahap pemurnian. Setelah larutan diberi sedikit, maka hanya sedikit jumlah DNA
penambahan alkohol akan terlihat gumpalan yang dapat terpresipitasi
berwarna putih yang berupa DNA yang disebut 
dengan presipitasi (Hapsari, 2015). Semarang, 1 Juli 2021
Praktikan Asisten Praktikum,
Pada hasil pengamatan didapatkan kedua
bentuk dari DNA pepaya dan ayam adalah Kelompok 33:
berserabut. Untuk hasil pengamatan DNA ayam Sheila Ratna 18.I1.0141 Tan, Setya L. W.
sudah benar, akan tetapi hasil pengamatan buah Ancilla M. 18.I1.0143
pepaya tidak sesuai dengan teori Suryo (2004), Kennard D. 18.I1.0144
bahwa DNA yang berasal dari nukleus
memiliki bentuk linear dan berikatan sangat 7. DAFTAR PUSTAKA
kuat dengan protein histon, di sisi lain DNA
yang ada pada mitokondria dan kloroplas Afrianti, M., Dwiloka, B., & Setiani, B. E.
berbentuk sirkular atau bulat dan tidak (2013). Total bakteri, pH, dan kadar air
berikatan kuat dengan protein histon. Sehingga daging ayam broiler setelah direndam
hasil yang tepat seharusnya pepaya memiliki dengan ekstrak daun senduduk
DNA berbentuk bulat dan berbeda dari DNA (Melastoma malabathricum L.) selama
hewan. Perbedaan yang diperoleh pada DNA masa simpan. Jurnal Pangan dan gizi,
buah pepaya dan daging ayam disebabkan 4(1).
karena kategori sel yang berbeda. Buah pepaya
termasuk ke dalam sel tumbuhan, sedangkan Alberts, B., B. Dennis, L. Julian, R. Martin, R.
daging ayam termasuk sel hewan. Kesalahan Keith, & D. W. James. (1994). Biologi
tersebut dapat terjadi karena pada saat Molekuler Sel Edisi Kedua Mengenai
dilakukan pengamatan hasil yang didapat Sel. Gramedia Pustaka Utama. Jakarta
kurang maksimal, dan juga dapat terjadi
kesalahan persepsi karena bentuk DNA yang Ardiana, D. W. (2009). Teknik isolasi DNA
muncul terlalu kecil dan tidak terlalu jelas. genom tanaman pepaya dan jeruk
dengan menggunakan modifikasi bufer
6. KESIMPULAN CTAB. Buletin Teknik Pertanian, 14(1),
12-16.
 Isolasi DNA adalah proses pemisahan
protein, karbohidrat, dan lemak dari Elrod, Susan L. dan Stansfield, William D.
asam nukleat (2007). Genetika Edisi Keempat.
 Isolasi DNA bertujuan untuk Jakarta: Penerbit Erlangga.
mengetahui informasi genetik pada
DNA

4
Hapsari, A. I. (2015). Isolasi DNA Tanaman Yulianti, E. (2006). Pengembangan Teknik
Bayam (Amaranthus Sp.) dan Ikan Lele Isolasi DNA Tumbuhan Menggunakan
(Clarias Sp.) sebagai Kajian dalam Detergen Komersial. In Seminar
Biologi Molekuler. Didaktika Vol 13 Nasional MIPA.
No 2.
Yuwono. (2005). Biologi Molekular. Jakarta :
Erlangga.

Mardiyyaningsih, A, N. (2013). Teknik Isolasi

DNA Sel Hati Ayam Secara
Tradisional. Jurnal PMIPA.

Murtiyaningsih, H. (2017). Isolasi DNA genom

dan identifikasi kekerabatan genetik
nanas menggunakan RAPD (Random
Amplified Polimorfic DNA). Agritrop:
Jurnal Ilmu-Ilmu Pertanian (Journal of
Agricultural Science), 15(1).

Nengah, W.I. (2010). Genom Mitokondria

Mitochondiral Genome. Jurnal
Veteriner Vol 2 (4).

Puspitasari, F. A., Karyantina, M., & Widanti,

Y. A. (2019). Karakteristik Fruit
Leather Dengan Variasi Rasio Buah
Naga Merah (Hylocereus polyrhizus)–
Pepaya (Carica papaya L.) dan Suhu
Pengeringan. JITIPARI (Jurnal Ilmiah
Teknologi dan Industri Pangan
UNISRI), 4(1).

Sambrook, J., Fritsch, E. F., & Maniatis, T.

(1989). Molecular cloning: a laboratory
manual (No. Ed. 2). Cold spring harbor
laboratory press.

Suryo. (2004). Genetika Sastra 1. Universitas

Gajah Mada. Yogyakarta.

Syafaruddin, S., & Santoso, T. J. (2020).

Optimasi teknik isolasi dan purifikasi
DNA yang efisien dan efektif pada
kemiri sunan (Reutalis trisperma
(Blanco) Airy Shaw). Jurnal Penelitian
Tanaman Industri, 17(1), 11-17.

Syafaruddin, S., Randriani, E., & Santoso, T. J.

(2011). Efektivitas dan efisiensi teknik
isolasi dan purifikasi DNA pada jambu
mete. Journal of Industrial and
Beverage Crops, 2(2), 141601.

5
 8. LAMPIRAN

8.1. Hasil Pengamatan

Tabel 1. Hasil Isolasi DNA

Sampel Sebelum Sesudah Keterangan

Warna: putih
kekuningan
Pepaya
Bentuk: serabut
Jumlah: banyak

Warna: putih
Daging
Bentuk: serabut
ayam
Jumlah: sangat banyak

6
8.2. Laporan Sementara

LAPORAN SEMENTARA
PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI PANGAN 2021
FTP UNIKA SOEGIJAPRANATA

Judul Praktikum : Isolasi DNA dan Pengecekan Kualitas DNA

Kelompok : 33
Anggota : Sheila Ratna Mustafiah (18.I1.0141), Ancilla Maywandira
(18.I1.0143), Kennard Darren Farrell Ezekiel Rachman (18.I1.0144)
Asisten Praktikum : Christian Nathaniel H. D. dan Tan, Setya Laras Wahyuning
 
A. Ringkasan Materi Praktikum
Praktikum ini bertujuan untuk mengetahui cara mengekstraksi, memurnikan, dan mengisolasi
DNA. Selain itu praktikum ini juga bertujuan untuk mengetahui bentuk DNA pada sel hewan
maupun sel tumbuhan. Alat yang digunakan pada praktikum ini adalah wadah, saringan,
sendok, pisau, dan blender. Bahan yang digunakan pada praktikum ini adalah 2 sdm sabun
cuci piring, 1 sdm garam, 10ml alkohol 70%, 100ml air, dan 20gram sampel buah, serta
20gram sampel daging.

DNA merupakan asam nukelat yang mengandung meteri genetik dan memiliki fungsi untuk
mengatur perkembangan biologis dari seluruh kehidupan secara seluler. Untuk mengisolasi
DNA terdiri dari 5 tahap yaitu, penghancuran jaringan, pelisisan dinding dan membran sel,
pengektraksian dalam larutan, purifikasi, dan presipitasi. Pada praktikum ini pertama-tama
dimasukkan 100ml air ke dalam wadah dan ditambahkan 1 sdm garam lalu diaduk, kemudian
ditambahkan 2 sdm sabun cuci piring lalu diaduk hingga homogen dan jangan sampai
berbusa. Kemudian sampel (buah dan daging), dikupas dan dipotong menjadi kecil-kecil dan
dilumatkan atau dihaluskan dengan blender. Kemudian campurkan larutan sabun dan garam
kedalam sampel lalu diaduk. Setelah itu campuran disaring dan diambil sekitar 1 sdm ke
gelas kecil dan ditambahkan ke dalam 10ml alkohol 70%. Setelah itu amati bentuk DNAnya

B. Poin Pembahasan Laporan Resmi 

1. Jelaskan fungsi bahan dan metode yang digunakan
2. Jelaskan prinsip dan tahapan isolasi DNA
3. Jelaskan hasil Pengamatan
4. Perbedaan DNA sel hewan dan tumbuhan

7
8.4. Foto
8.4.1. Foto Saat Kelas

8.4.2. Foto Saat Presentasi