Soal Ujian Biologi Molekuler MKDU PPDS

26 Oktober 2020

Nama : dr. Reza

NIM : 2007601040006
Prodi : Pulmonologi dan Kedokteran Respirasi

1. Jelaskan struktur kimia nukleotida sebagai penyusun asam nukleat

Asam nukleat dinamai demikian karena keberadaan umumnya di dalam inti (nukleus) sel.

Asam nukleat merupakan biopolimer, dan monomer penyusunnya adalah nukleotida. Setiap

nukleotida terdiri dari tiga komponen, yaitu sebuah basa nitrogen heterosiklik (purin atau

pirimidin), sebuah gula pentosa, dan sebuah gugus fosfat. Jenis asam nukleat dibedakan oleh jenis

gula yang terdapat pada rantai asam nukleat tersebut (misalnya, DNA atau asam

deoksiribonukleat mengandung 2-deoksiribosa). Selain itu, basa nitrogen yang ditemukan pada

kedua jenis asam nukleat tersebut memiliki perbedaan: adenina, sitosina, dan guanina dapat

ditemukan pada RNA maupun DNA, sedangkan timina dapat ditemukan hanya pada DNA dan

urasil dapat ditemukan hanya pada RNA.

Nukleotida yang merupakan monomer asam nukleat (building block) memiliki banyak

fungsi dalam metabolisme selular. Sebagai konstituen asam nukleat, deoxyribonucleic acid

(DNA) dan ribonucleic acid (RNA), nukleotida berfungsi sebagai gudang informasi genetik.

Struktur protein dan metabolisme biomolekul dan komponen selular lainnya merupakan produk

informasi yang sudah terprogram dalam nukleotida.

RNA juga terdiri atas nukleotida yang memiliki banyak fungsi. Ribosomal RNA (rRNA)

adalah komponen ribosom yang bertanggungjawab pada sintesis protein. Massenger RNA

(mRNA) merupakan intermediet yang membawa informasi genetik dari suatu gen ke ribosom.

Transfer RNA (tRNA) adalah molekul yang menerjemahkan informasi pada mRNA untuk

menentukan asam amino spesifik. Selain gudang genetik, nukleotida juga merupakan bagian dari
koenzim, donor gugus fosforil (ATP dan GTP), donor gula (UDP dan GDP-gula) atau donor lipid

(CDP-asilgliserol).

Bentuk energi pada metabolisme tubuh tergantung pada adanya transfer gugus fosforil. 2.

Nukleotida dan Nukleosida Nukleotida memiliki tiga karakteristik komponen yaitu basa nitrogen

heterosiklik, gula pentosa dan gugus fosfat. Molekul nukleotida yang gugus fosfatnya mengalami

hidrolisis dinamakan dengan nukleosida. Basa dan gula pentosa penyusun nukleotida merupakan

bentuk senyawa heterosiklik.

Struktur nukleotida dan nukleosida dapat dilihat pada gambar di bawah ini.

Basa nitrogen heterosiklik yang menyusun nukleotida yaitu purin dan pirimidin. Ada
empat basa nitrogen yang merupakan unit pembentuk DNA yaitu adenin (A), guanin (G),
sitosin (C) dan timin (T). Sedangkan pembentuk RNA yaitu adenin (A), guanin (G),
sitosin (C) dan urasil (U). Adenin dan guanin merupakan basa nitrogen jenis purin
sedangkan sitosin, timin dan urasil adalah derivat pirimidin.
Penyusun DNA dan RNA Gula pentosa penyusun nukleotida memiliki bentuk furanosa.
Dalam nukleotida penomoran atom karbon pada gula pentosa menggunakan tanda prime .
Gula pentosa penyusun asam nukleat yaitu 2-deoxy-D-ribosa dan D-ribosa. Basa nitrogen
heterosiklik terikat secara kovalen dengan pentosa dalam ikatan N-β-glikosil. Ikatan N-β-
glikosil terjadi antara karbon 1’ pada pentosa dengan nitrogen nomor 1 pada pirimidin
dan nitrogen nomor 9 pada purin. Gugus fosfat terikat pada karbon 5’ gula pentosa
melalui mekanisme esterifikasi sehingga dinamakan ikatan fosfoester
Perhatikan Struktur Gula Pentosa
2. Jelaskan proses yang terjadi dalam inti sel hingga terbentuk protein fungsional sesuai
dogma sentral

inti sel memiliki peran yang sangat penting di dalam kerja sel. Sebab, di bagian inilah sel
menyimpan meteri genetiknya. Inti sel juga berperan dalam aktivitas sel yang krusial
seperti sintesis protein dan pembelahan sel.

Sel merupakan unit terkecil dari kehidupan. Semua makhluk hidup disusun oleh unit-unit yang
replication
mempunyai struktur dasar yang disebut sel. Berdasarkan susunan selnya makhluk hidup terdiri
dari makhluk uniseluler misalnya bakteri, protozoa dan ragi dan makhluk multiseluler seperti
hewan dan tumbuhan. Makhluk multiseluler umumnya terdiri dari jutaan/milyaran sel dan
memliki tingkatan (hirarki) pengorganisasian sel yaitu sel, jaringan, organ dan sistem organ
transcription translation
processin g
 Gambar. Skema sel eukariot

Gambar 4. Skema sel bakteri (prokariot).

Proses Pembuatan Protein

Pada dasarnya, sel menggunakan informasi genetik (gen) yang terdapat di DNA untuk membuat
protein, proses pembuatan protein atau sintesis protein ini dibagi menjadi tiga langkah, yaitu
transkripsi, translasi dan pelipatan protein

1. Transkripsi
Transkripsi merupakan proses pembentukan RNA dari salah satu Pita Cetakan DNA
(DNA Sense). Pada tahap ini akan menghasilkan 3 jenis yaitu mRNA, tRNA, dan rRNA.

Tahap ini dapat berlangsung di dalam sitoplasma dengan diawali proses pembukaan rantai ganda
yang dimiliki oleh DNA dengan bantuan enzim RNA polimerase. Pada tahap ini, ada rantai
tunggal yang bertugas sebagai rantai sense, sedangkan rantai lain yang berasal dari pasangan
DNA dinamakan rantai anti sense.

Tahap transkripsi sendiri dibagi menjadi 3: tahap inisiasi, elongasi dan terminasi.
Inisiasi
RNA polimerase terikat pada untaian DNA, yang disebut promoter, yang ditemukan didekat
awal dari suatu gen. Setiap gen mempunyai promoternya tersendiri. Setelah terikat, RNA
polimerase memisahkan untaian ganda DNA, menyediakan template atau cetakan untaian
tunggal yang siap untuk ditranskripsi.

Elongasi
Satu untaian DNA, untaian cetakan, bertindak sebagai cetakan untuk digunakan oleh enzim RNA
polimerase. Sambil ‘membaca’ cetakan ini, RNA polimerase membentuk molekul RNA keluar
dari nukleotida, membuat sebuah rantai yang tumbuh dari 5′ ke 3′. RNA transkripsi membawa
informasi yang sama dari untaian DNA non-template (coding).

Terminasi
Urutan ini memberikan sinyal bahwa transkripsi RNA telah selesai. Setelah ditranskripsi, RNA
polimerase melepaskan hasil transkripsi RNA.

2. Translasi
Translasi merupakan proses urutan nukleotida dalam mRNA yang diterjemahkan ke dalam
urutan asam amino dari rantai polipeptida. Selama proses ini, sel ‘membaca’ informasi pada
messenger RNA (mRNA) dan menggunakannya untuk membuat sebuah protein. Ada setidaknya
20 macam jenis asam amino yang dibutuhkan untuk dapat membentuk protein yang berasal dari
terjemahan kodon mRNA. Pada sebuah mRNA, instruksi untuk membuat polipeptida adalah
RNA nukleotida (Adenine, Uracil, Cytosine, Guanine) yang dibaca dalam kelompok tiga
nukleotida, kelompok tiga ini disebut kodon. Selanjutnya, beberapa dari asam amino tersebut
akan menghasilkan rantai polipeptida yang spesifik dan nantinya akan membentuk protein yang
spesifik pula.
Proses translasi sendiri terbagi atas 3 tahap:

Tahap awal atau inisiasi Pada tahap ini ribosom merakit di sekitar mRNA untuk dibaca dan
tRNA pertama yang membawa asam amino metionin (yang cocok dengan start kodon, AUG).
Bagian ini diperlukan agar tahap translasi bisa dimulai.
Elongasi atau Memperpanjang Rantai
Ini adalah tahap di mana rantai asam amino diperpanjang. Disini mRNA dibaca satu kodon
sekali, dan asam amino yang sesuai dengan kodon ditambahkan ke rantai protein. Selama
elongasi, tRNA bergerak melewati situs A, P, dan E dari ribosom. Proses ini diulang terus-
menerus saat kodon baru dibaca dan asam amino baru ditambahkan ke rantai.

Terminasi
Ini adalah tahap dimana rantai polipeptida dilepaskan. Proses ini dimulai ketika stop kodon
(UAG, UAA atau UGA) memasuki ribosom, membuat rantai polipeptida terpisah dari tRNA dan
lepas keluar dari ribosom.

3. Pelipatan Protein
Rantai polipeptida yang baru disintesis tidak berfungsi sampai mengalami modifikasi struktur
tertentu seperti penambahan karbohidrat ekor (glikosilasi), lipid, kelompok prostetik, dll., Agar
menjadi fungsional, dilakukan dengan modifikasi pasca-translasi dan pelipatan protein.
Pelipatan protein dibagi ke dalam empat tingkat, yakni tingkat primer (rantai polipeptida linier);
tingkat menengah (α-heliks dan β-lipit lembar); tingkat tersier (bentuk berserat dan bundar); dan
tingkat Kuarter (protein kompleks dengan dua atau lebih subunit.

3. Jelaskan Perbedaan Struktur DNA dan RNA?

Struktur DNA dan RNA

DNA RNA
4. Jelaskan Prinsip Pemeriksaan PCR untuk identifikasi virus

Tes PCR (polymerase chain reaction) adalah pemeriksaan molekular yang dilakukan
dengan metode amplifikasi atau memperbanyak materi genetik virus atau bakteri. Tes PCR
sering dilakukan untuk mendeteksi keberadaan virus atau bakteri yang menyebabkan penyakit
tertentu.
Prinsip Komponen- komponen yang diperlukan pada proses PCR adalah templat DNA,
sepasang primer, yaitu suatu oligonukleotida pendek yang mempunyai urutan nukleotida yang
komplementer dengan urutan nukleotida DNA templat; dNTPs (Deoxynucleotide triphosphates);
buffer PCR; magnesium klorida (MgCl2 ) dan enzim polimerase DNA.
Proses PCR melibatkan beberapa tahap yaitu:
(1) pra-denaturasi DNA templat;
(2) denaturasi DNA templat;
(3) penempelan primer pada templat (annealing);
(4) pemanjangan primer (extension) dan
(5) pemantapan (postextension).
Tahap (2) sampai dengan (4) merupakan tahapan berulang (siklus), di mana pada
setiap siklus terjadi duplikasi jumlah DNA.PCR adalah suatu teknik yang melibatkan
beberapa tahap yang berulang (siklus) dan pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah
target DNA untai ganda. Perhatikan gambar bagan Prinsip Pemeriksaan PCR untuk
identifikasi virus