TROUBLESHOOTING

PEMERIKSAAN LAB PCR

Prof. Dr. Aryati, dr., MS, SpPK(K)

Ketua Umum Pengurus Pusat Minggu, 10 Mei 2020
Perhimpunan Dokter Spesialis Patologi Klinik (PDS PatKLIn)
2
STRUKTUR CORONAVIRUS

3
 STRUKTUR CORONAVIRUS
Ordo : Nidovirales
Family : Coronaviridae
Genus : Beta coronavirus
Subgenus: Sarbecovirus

Coronavirus yang menginfeksi

manusia:
 HKU1 (Beta Coronavirus)
 OC43 (Beta Coronavirus)
 229E (Alpha Coronavirus)
 NL63 (Alpha Coronavirus)
 SARS-CoV
 MERS-CoV
 SARS-CoV-2

1Kannan et al, 2020. COVID-19 (Novel Coronavirus 2019) – recent trends. European Review for
Medical and Pharmacological Sciences. 2020; 24: 2006-2011
2Guan et al. doi: 10.1056/NEJMoa2002032 4
 TARGET GEN RT-PCR SARS-COV-2
VIRUS SARS-CoV-2:
• Single-stranded positive sense RNA
• Genome length ∼30,000
nucleotides
• Genom mengkode 27 protein
termasuk RNA-dependent RNA
polymerase (RdRP) dan 4 protein
struktural. Nama Alat Target Gene
CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV)
N1, N2
Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel 1
Similaritas dengan:
Xpert® Xpress SARS-CoV-22 E dan N2
SARS-CoV : ~80%
Abbott RealTime SARS-CoV-23 RdRP dan N
MERS-CoV : ~50%
STANDARD M nCoV Real-Time Detection kit4 Orf1ab (RdRp) dan E
Bat Coronavirus RaTG13 : ~90%
QIAstat-Dx® Respiratory SARS-CoV25 Orf1b poly gen (RdRp) dan E
Cobas SARS-CoV-26 Orf1a/b dan E
Udugama et al, 2020. doi: 10.1021/acsnano.0c02624
5
Real-time RT PCR SARS-CoV-2

6
Wiendra W, 2020. Strategi Percepatan Diagnosis COVID-19 di Indonesia 7
Wiendra W., 2020. Strategi Percepatan Diagnosis COVID-19 di Indonesia 8
Wiendra W, 2020. Strategi Percepatan Diagnosis COVID-19 di Indonesia 9
FAKTOR YANG PERLU DIPERHATIKAN PADA PCR COVID-19
1. Waktu pengambilan sampel
2. Jenis spesimen (nasofaring /orofaring swab, sputum, BAL)  tingkat positivitas berbeda
3. Persyaratan laboratorium yang dapat mengerjakan PCR (sesuai SE
HK.02.01/MENKES/234/2020)
4. Ketersediaan APD, Swab & VTM, Reagen Ekstraksi dan PCR
5. Kompetensi SDM dalam (1). Pengambilan sampel; (2) Ekstraksi; (3) PCR
6. Perbedaan proses ekstraksi: manual/otomatis
7. Perbedaan alat PCR: open/closed system
8. Perbedaan target gen  Interpretasi dan keseragaman pelaporan hasil

10
 LANGKAH PENGERJAAN
1. Persyaratan Sarana Prasana 4. Analitik
• BSL-2 • Open / closed system

2. APD 5. Pasca Analitik

• APD Level 3 • Pelaporan hasil
• Interpretasi hasil
3. Pre Analitik
• Pengisian formulir
• Pemilihan spesimen
• Swab/VTM
• Penyimpanan spesimen
• Pengepakan & transportasi spesimen
11
 BIOSAFETY LEVEL 2  UNTUK PCR OPEN SYSTEM

SE No. HK.02.01/MENKES/234/2020 WHO 2004. Laboratory Biosafety Manual 3rd Edition 12

BIOLOGICAL SAFETY CABINET II  UNTUK PCR CLOSED SYSTEM
BSC IIA

Minimal untuk PCR

closed system
WHO 2004. Laboratory Biosafety Manual 3rd Edition 13
 APD LEVEL 3 LANGKAH PEMASANGAN APD:

1. Mengganti baju dengan baju kerja

2. Menggunakan pelindung sepatu (shoe
cover)
3. Memakai sarung tangan dalam
4. Mengenakan jubah (gown) lengan panjang
dan sekali pakai yang terbuat dari kain
yang telah teruji ketahanannya.
5. Memakai respirator partikulat seperti N95
sertifikasi NIOSH, EU FFP2 atau setara.
Ketika mengenakan respirator partikulat
disposable, periksa selalu kerapatannya (fit
test)
6. Memakai pelindung mata (yaitu kacamata
google)
7. Menggunakan headcap (pelindung kepala),
bila diperlukan menggunakan face shield
8. Memakai sarung tangan luar, diusahakan
menutupi lengan gaun
Gugus Tugas Percepatan Penanganan Covid-19. Standar PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan
APD untuk Penanganan Covid-19 di Indonesia PCR SARS-CoV-2. 14
15
16
PREANALITIK

17
 VIRUS TRANSPOR MEDIA (VTM) ATAU UNIVERSAL TRANSPOR MEDIA (UTM)
Swab yang digunakan:
Dakron atau flocked swab, viscous, rayon
TIDAK BOLEH:
Calcium alginat, swab kapas dengan tangkai kayu
1. Dapat digunakan dengan beberapa merk
komersil yang sudah siap pakai atau dengan
mencampur beberapa bahan (Hanks BBS;
antifungal dan antibiotik dengan komposisi
tertentu) untuk disatukan dalam 1 wadah steril
2. Simpan dalam suhu -20o C. Dalam kondisi
beku, VTM berwarna kuning
3. Jika akan digunakan, dicairkan terlebih dahulu
4. Hindari beku cair berulang (freeze-thaw), yang
menyebabkan VTM rusak
Catatan:
Perhatikan suhu penyimpanan VTM yang benar
(sesuai jenis VTM yang digunakan)
Beberapa VTM harus disimpan pada suhu 2 -
30ºC, jg ada yg pada suhu kamar. Baca insert kit.
PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2. 18
PEMILIHAN JENIS SPESIMEN

https://jamanetwork.com/on 04/01/2020 19
 TATA CARA PENGAMBILAN SPESIMEN

Swab Nasofaring Swab Orofaring Sputum

1. Pastikan tidak ada obstruksi (hambatan Lakukan swab pada a) Pasien berkumur terlebih dahulu
pada lubang hidung). dengan air, kemudian pasien
lokasi yang diduga
2. Masukkan secara perlahan swab ke dalam diminta mengeluarkan dahaknya
hidung, pastikan posisi swab pada septum terdapat koplik dengan cara batuk yang dalam.
bawah hidung, secara perlahan-lahan ke spot/bercak koplik b) Sputum ditampung pada wadah
steril yang anti bocor.
bagian nasofaring. (biasanya belakang
Catatan: Tidak disarankan
3. Swab kemudian dilakukan gerak memutar faring) dan hindarkan pengambilan sampel sputum dengan
secara perlahan. Dengan swab yg sama,
lakukan tindakan yang sama pada lubang
menyentuh bagian cara induksi karena dapat
menimbulkan risiko infeksi tambahan
hidung yang lain, sehingga diperoleh lidah bagi petugas kesehatan
spesimen swab nasopharyng dari ke dua
lubang hidung PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2. 20
TATA CARA PENGAMBILAN SPESIMEN

1. Kemudian masukkan sesegera mungkin ke
dalam cryotube yang berisi VTM
2. Putuskan tangkai plastik di daerah mulut
cryotube agar cryotube dapat ditutup
dengan rapat.
1. Pastikan label kode spesimen sesuai dengan
kode yang ada di formulir/Kuesioner.
2. Cryotube kemudian dililit parafilm dan
masukkan ke dalam Plastik Klip. Jika ada lebih
dari 1 pasien, maka Plastik Klip
dibedakan/terpisah. Untuk menghindari
kontaminasi silang.

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2. 21

PENYIMPANAN SPESIMEN
1. Untuk pemeriksaan metode TCM:
 Disimpan pada suhu ruang (15-30⁰C) spesimen stabil hingga 8 jam
 Disimpan pada lemari es (2-8⁰C) spesimen stabil hingga 7 hari
2. Untuk pemeriksaan metode PCR:
 Disimpan dalam suhu 2-8oC dan segera dikirimkan ke laboratorium
rujukan (dengan menggunakan ice pack).
 Disimpan pada freezer ≤ -70⁰C, maka spesimen harus dikirimkan
menggunakan dry ice.

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2. 22

 PENGEPAKAN SPESIMEN

CARA PENGEPAKAN SPESIMEN:

a) Dilakukan tatalaksana sebagai UN3373, a) Masukkan cryotube berisi
"Substansi Biologis, Kategori B", ketika akan spesimen ke dalam plastik klip
diangkut/ditransportasikan dengan tujuan per spesimen. Jika menggunakan
diagnostik atau investigasi. pot maka setiap pot dapat diisi
b) Semua spesimen harus dikemas untuk mencegah
beberapa cryotube
kerusakan dan tumpahan, dengan menggunakan
b) Demikian juga untuk swab, harus
tiga lapis (Three Layer Pacakging) sesuai dengan
pedoman dari WHO dan International Air dikirim dalam plastik klip secara
Transport Association (IATA). terpisah (per pasien/spesimen)

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2. 23

 c) Seluruh spesimen dimasukkan ke dalam cool box
berisi ice pack yang terlebih dahulu dibekukan.
PENGEPAKAN SPESIMEN Suhu pengiriman dijaga 2-8° C
d) Ice packs sebaiknya ditempatkan pada sisi kiri
kanan (ditambahkan juga bagian atas bawah jika
memungkinkan).
e) Harus dapat dipastikan bahwa spesimen terjaga
kondisi suhunya tetap dingin saat diterima di
laboratorium pemeriksa
f) Jangan lupa masukkan juga formulir kuisioner yang
telah diisi dan diberi label kedalam cool box
dengan terlebih dahulu dimasukkan dalam wadah
plastik
g) Ke dalam cool box juga bisa dimasukkan kertas
pengganjal (bisa berupa kertas koran yang
diremas remas), kemudian ditutup
h) Tutup cool box dengan selotip dan beri label pada
sisi kanan dan atau kiri cool box, yang ditujukan ke
laboratorium pemeriksa
PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2. 24
WAKTU PENGAMBILAN SPESIMEN
Laboratorium pemeriksa
Kasus Waktu pengambilan

Hari ke-1 dan hari ke-2 serta bila

PDP
ada perburukan Sesuai Lampiran 19
Pedoman Pencegahan dan
Hari ke-1 dan hari ke-2 serta bila
ODP Pengendalian Coronavirus
ada perburukan
Disease (COVID-19)
Hari ke-1 dan hari ke-14 serta bila Kemenkes revisi 04
OTG
ada perburukan

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2. 25

ANALITIK

26
GENERAL MOLECULAR BIOLOGY ADVICE
1. Use powder-free gloves to avoid assay inhibition
2. Correct pipetting technique is paramount to reducing contamination. Incorrect
pipetting can result in splashing when dispensing liquids and the creation of aerosols.
3. Centrifuge tubes before opening, and open them carefully to avoid splashing.
4. Close tubes immediately after use to avoid the introduction of contaminants.
5. When performing multiple reactions, prepare one mastermix containing common
reagents (e.g. water, dNTPs, buffer, primers and enzyme) to minimize the number of
reagent transfers and reduce the threat of contamination
6. Use of a Hot Start enzyme may help to reduce the production of non-specific
products
7. Protect reagents containing fluorescent probes from light in order to avoid
degradation

https://www.who.int/malaria/areas/diagnosis/molecular-testing-dos-
donts/en/#General%20molecular%20biology%20advice
27
 FAKTOR PENTING KEBERHASILAN
PURIFIKASI ASAM NUKLEAT
1. Pengrusakan sel atau jaringan CATATAN:
yang efektif • RNA merupakan molekul yang tidak stabil
2. Denaturasi kompleks dengan waktu paruh sangat pendek ketika
nucleoprotein sudah diekstraksi
• Ketidakstabilan RNA disebabkan oleh RNase
3. Inaktivasi nuklease (RNase atau
DNase) yang banyak terdapat di darah, jaringan,
bakteri, fungi, maupun lingkungan
4. Bebas dari kontaminasi (target • Ekstraksi RNA memerlukan teknik
asam nukleat harus bebas dari laboratorium yang baik dan bebas RNase
kontaminasi protein, karbohidrat, (RNase tahan terhadap panas)
lipid atau asam nukleat lain)

Tan & Yiap, 2009. doi:10.1155/2009/574398

 OPEN SYSTEM CLOSED SYSTEM
 Ekstraksi manual  hati-hati  Ekstraksi otomatis atau ekstraksi di
aerosol  perlu BSL-2 dalam cartridge (contoh: TCM
 Pengerjaan menggunakan BSC 2A GeneXpert) tetap memerlukan
dalam ruangan bertekanan negatif BSC2A dalam menuangkan sampel
/ Biological Safety Level 2  Sesuaikan dengan jumlah
 Pemilihan alat PCR harus pemeriksaan, misal: Abbot M2000
menyesuaikan reagen yang kemampuan efektif sekali running:
digunakan 22; 46; 72; 94

29
OPEN SYSTEM
1. Ekstraksi manual butuh waktu dan ketrampilan analis/ teknisi
laboratorium/ dokter laboratorium
2. Harus “matching” antara reagen PCR dengan alat PCR
3. Perhatikan target gen → pewarna DNA → panjang gelombang
→ Optimasi butuh waktu harian -2 minggu
4. Membutuhkan ketrampilan tangan analis/petugas dengan CV
yang teliti karena banyak melakukan pengerjaan mikropipeting
(1-10µL)
5. Membutuhkan ketelitian, kehati-hatian dan ketrampilan baik

PENTING: BACA KIT INSERT DENGAN SEKSAMA

30
CONTOH FLUORESCENCE CHANNEL SETIAP TARGET GEN

FLUORESCENCE CHANNEL TARGET GEN

FAM ORF1ab
HEX/VIC/JOE Gen N
Cal Red 610 / ROX / TEXAS RED Gen E
Cy5 IC

Liferiver Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real Time Multiplex RT-PCR Kit 31

 KEMUNGKINAN PENYEBAB FALSE RESULT
FALSE POSITIVE FALSE NEGATIVE INCONCLUSIVE / INVALID
PRESUMPTIVE
1. Kontaminasi oleh 1. Teknik pengambilan 1. Terinfeksi human 1. Adanya inhibitor
positive control saat sampel swab coronavirus lain (?) PCR
pembuatan master 2. Degradasi RNA virus 2. Mutasi pada salah
mix selama satu target gen
2. Cross-contamination penyimpanan/
/carry over transportasi
3. Kontaminasi dari 3. Ektraksi RNA yang
lingkungan tidak sempurna
(peralatan, 4. Kadar RNA di
permukaan, bawah deteksi alat
aeorosol) (LoD)
5. Mutasi pada target
gen

32
KONTAMINASI
Merupakan penyebab false-positive PCR
Dapat berasal dari1:
 Penanganan spesimen yang kurang tepat, bahan kontrol, amplikon
 Aerosol (aerosol dari pipet dapat menghasil 106 produk amplifikasi; sebagai
perbandingan, reaksi PCR secara umum dapat menghasilkan 109 target sequence2)
 Berbagai permukaan di laboratorium, saluran, dan peralatan
 Suplai dan reagen
 Petugas laboratorium
 Kecelakaan laboratorium

1Principles
of Good Molecular Biology Testing Practice aphl.org
2Rachel Lee, 2015. Molecular Laboratory Design
33
Setting laboratorium molekular yang benar dapat meminimalkan risiko kontaminasi:

Alternatif menggunakan 2 area:

1. Area preparasi reagen,
spesimen dan target loading –
menggunakan laminar-flow
hoods
2. Area amplifikasi dan deteksi
produk

Rachel Lee, 2015. Molecular Laboratory Design 34

TINDAKAN PENCEGAHAN KONTAMINASI LINGKUNGAN
1. Penggunaan dan pelepasan APD yang tepat
2. Gunakan sarung tangan disposabel, harus sering diganti
3. Ganti gaun/jas lab setiap berpindah area kerja (set APD lengkap harus
didedikasikan untuk setiap area kerja dan tidak boleh dipindah-pindah)
4. Gunakan positive displacement pipette dan aeorosol barrier tips disposable
5. Dekontaminasi area kerja setiap mulai dan selesai kerja, atau setiap sebelum
pengerjaan baru menggunakan sodium hypochlorite 10% diikuti dengan
alkohol 70%. Dekontaminasi BSC dapat ditambah dengan sinar UV ketika
sedang tidak digunakan. Inaktivasi enzimatik (mis. Uracil-N-glycosylase dapat
digunakan untuk mendegradasi amplikon yang tidak diinginkan)
6. Dekontaminasi pipet, peralatan, gagang pintu setiap selesai digunakan
7. Lakukan swab tes permukaan laboratorium rutin setiap bulan untuk mendeteksi
dan mengidentifikasi sumber kontaminasi
Principles of Good Molecular Biology Testing Practice aphl.org 35
TINDAKAN PENCEGAHAN KONTAMINASI ANALITIK
1. Gunakan nuclease-free atau autoclaved water
2. Pengerjaan dilakukan di BSL2 (minimal)
3. Simpan semua reagen dalam aliquot untuk meminimalisir resiko terpapar
kontaminasi
4. Gunakan pre-packaged master-mix
5. Tempatkan negative control (water) di setiap 5-8 sampel untuk mendeteksi
carryover/ cross contamination  apabila positif menandakan adanya
carryover, kemungkinan karena masalah pemipetan
6. Tempatkan no template control (NTC) yang tidak mengandung target asam
nukleat  apabil POSITIF menandakan adanya kontaminasi pada area
preparasi reagen

Principles of Good Molecular Biology Testing Practice aphl.org 36

APA SAJA PENYEBAB HASIL POSITIF NTC?
1. Kontaminasi pipet atau reagen saat preparasi atau assay set-up
2. Carry over / cross contamination dari tabung lain
3. Kontaminasi permukaan laboratorium oleh template atau amplikon
4. Produksi aerosol ketika pemipetan, tabung pecah atau bocor
5. Prosedur pembersihan yang tidak adekuat
6. Ketidakpatuhan petugas terhadap uni-directional workflow
7. Perpindahan reagen, jas lab, pulpen, kertas, dll dari area kotor ke area bersih

Principles of Good Molecular Biology Testing Practice aphl.org 37

INHIBITOR PCR

Hedman & Radstrom, 2013.DOI 10.1007/978-1-60327-353-4_2 38

Hedman & Radstrom, 2013.DOI 10.1007/978-1-60327-353-4_2 39
PASCA ANALITIK

40
 INTERPRETASI DAN PELAPORAN
Interpretasi dan pelaporan TCM
Interpretasi hasil
N2 E SPC Pelaporan Tindak lanjut
SARS-CoV-2 SARS-CoV-2
+ + ± Pelaporan sesuai alur Balitbangkes
terdeteksi positif
SARS-CoV-2 SARS-CoV-2
+ - ± Pelaporan sesuai alur Balitbangkes
terdeteksi positif
Spesimen perlu diperiksa ulang di
Laboratorium pemeriksa COVID-19 yang
Presumptive positive Hasil belum dapat telah ditetapkan oleh Kementerian
- + ±
SARS-CoV-2 disimpulkan Kesehatan RI dengan menggunakan metode
RTPCR dengan target gen spesifik (N1, N2,
ORF 1 ab, RdRp)
SARS-CoV-2 tidak SARS-CoV-2
- - + Bukan SARS-CoV-2
terdeteksi negatif
- - - Hasil invalid Invalid Diulang menggunakan spesimen baru
41
Interpretasi dan pelaporan PCR 1
2019
2019
nCoV- RnP Interpretasi hasil Pelaporan Tindak lanjut
nCoV-N2
N1
SARS-CoV-2 SARS-CoV-2
+ + ± Pelaporan sesuai alur Balitbangkes
terdeteksi positif
Spesimen perlu diperiksa ulang di
Laboratorium pemeriksa COVID-19 yang
Hasil belum
Hanya 1 yang Hasil belum dapat telah ditetapkan oleh Kementerian
± dapat
positif disimpulkan Kesehatan RI dengan menggunakan
disimpulkan
metode RTPCR dengan target gen
spesifik (N1, N2, ORF 1 ab, RdRp)
SARS-CoV-2 SARS-CoV-2
- - + Bukan SARS-CoV-2
tidak terdeteksi negatif
Ulangi ekstraksi RNA dan RTPCR, bila
- - - Hasil invalid Invalid hasil masih invalid, disarankan untuk
meminta spesimen yang baru dari pasien

42
Interpretasi dan pelaporan PCR 2
ORF 1
RdRp E Interpretasi hasil Pelaporan Tindak lanjut
a/b/ab
SARS-CoV-2
+ + + SARS-CoV-2 positif Pelaporan sesuai alur Balitbangkes
terdeteksi
SARS-CoV-2
+ + SARS-CoV-2 positif Pelaporan sesuai alur Balitbangkes
terdeteksi
SARS-CoV-2
+ + SARS-CoV-2 positif Pelaporan sesuai alur Balitbangkes
terdeteksi
Spesimen perlu diperiksa ulang di
Laboratorium pemeriksa COVID-19 yang telah
Presumptive Hasil belum dapat
- + ditetapkan oleh Kementerian Kesehatan RI
(inconclusive) disimpulkan
dengan menggunakan metode RTPCR dengan
target gen spesifik (N1, N2, ORF 1 ab, RdRp)
Spesimen perlu diperiksa ulang di
Laboratorium pemeriksa COVID-19 yang telah
Presumptive Hasil belum dapat
- + ditetapkan oleh Kementerian Kesehatan RI
(inconclusive) disimpulkan
dengan menggunakan metode RTPCR dengan
target gen spesifik (N1, N2, ORF 1 ab, RdRp)
SARS-CoV-2 tidak SARS-CoV-2
- - - Bukan SARS-CoV-2
terdeteksi negatif
43
CONTOH PELAPORAN PCR COVID-19
Nama pasien : Umur :
Alamat pasien : Telepon :
Dokter pengirim : No. registrasi :
Instansi pengirim : Waktu registrasi:

JENIS PEMERIKSAAN HASIL NILAI NORMAL

PCR SARS-CoV-2 Negatif

*CN (Cycle Number) atau CT (Cycle Threshold) value dapat digunakan untuk pemantauan
penderita di ruangan yang dilakukan PCR serial

44
 BEBERAPA PUBLIKASI TENTANG SENSITIVITAS
TARGET GEN SARS-CoV-2
 Lim et al, 2020:
 Titer virus yang rendah tidak dapat terdeteksi oleh gen confirmatory RdRP
 Gen N 7 – 43 kali lipat lebih sensitif dibandingkan RdRP (berdasarkan CT Value)
 CT value N gene lebih rendah dibandingkan RdRP dan lebih reprodusibel

 Chu et al: Gen N 10X lipat lebih sensitif dibandingkan gen RdRP

Lim et al, 2020. https://doi.org/10.20944/preprints202002.0424.v1

Chu et al, 2020. https://doi.org/10.1093/clinchem/hvaa029

45
REKOMENDASI FDA UNTUK UJI VALIDASI PEMERIKSAAN MOLEKULAR
1. Limit of Detection
• FDA defines LoD as the lowest concentration at which 19/20 replicates are positive
• FDA recommends that developers test a dilution series of three replicates per concentration with
inactivated virus on actual patient specimen, and then confirm the final concentration with 20 replicates
2.Clinical Evaluation
• FDA recommends that developers use positive clinical samples for clinical validation
• And confirm performance of their assay by testing a minimum of 30 positive specimens and 30 negative
3. Inclusivity
• Developers should document the results of an in silico analysis indicating the percent identity matches
against publicly available SARS-CoV-2 sequences
4. Cross Reactivity
• FDA recommends cross-reactivity wet testing on common respiratory flora and other viral pathogens at
concentrations of 106 CFU/ml or higher for bacteria and 105 pfu/ml or higher for viruses
• FDA defines in silico cross-reactivity as greater than 80% homology between one of the primers/probes
and any sequence present in the targeted microorganism

FDA, 4 Mei 2020.Policy for Coronavirus Disease-2019 Tests During the Public Health Emergency (Revised) 46
 Estimated Variation Over Time in Diagnostic Tests for Detection of
SARS-CoV-2 Infection Relative to Symptom Onset
bMore likely to register a negative than a
positive result by PCR of a nasopharyngeal
swab

aDetectiononly occurs if patients are

followed up proactively from the time of
exposure

Sethuraman et al, 2020. doi:10.1001/jama.2020.8259

47
TAKE HOME MESSAGE
1. Perlu mencermati dan hati-hati dalam semua proses pre-analitik
2. Dalam proses analitik (terutama open system), perhatikan ekstraksi,
optimasi (matching) reagen PCR dan perhatikan target gen
3. Interpretasi tergantung target gen dan internal control
4. Waspada kontaminasi
5. Baca kit insert dengan teliti dan seksama

48
 Berbagai Panduan COVID-19 oleh PDS PatKLIn
TANGGAL PANDUAN
7 Maret 2020 Manajemen Spesimen Dan Diagnosis Laboratorium Kasus
Suspek 2019-nCoV
7 Maret 2020 Pencegahan Dan Pengendalian Infeksi Pada Suspek Infeksi
2019-nCoV
19 Maret 2020 Press Release Kewaspadaan Tes Cepat (Rapid Test)
COVID-19 Igm/Igg Berbasis Serologi
21 Maret 2020 Alur Pemeriksaan Rapid Test Sars-Cov-2 (COVID-19)
Usulan PDS Patklin
25 Maret 2020 Panduan Tatalaksana Pemeriksaan Rapid Test Antibody
Sars-cov-2 Metode Imunokromatografi
20 April 2020 Daftar Rapid Test Serologi COVID-19 Yang Sudah
Terdaftar di FDA Negara
21 April 2020 Revisi Panduan Pemeriksaan Rapid Test Antibodi Metode
Imunokromatografi
22 April 2020 Panduan Tatalaksana Pemeriksaan Tes Cepat Molekuler
(TCM) dan Polymerase Chain Reaction (PCR) SARS-CoV-2 49
1. Email : infokompdspatklin2019@gmail.com
2. Facebook : infokompdspatklin2019@gmail.com
3. Website : www.pdspatklin.or.id
4. Youtube : PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik
5. Instagram : DOKTER PATOLOGI KLINIK
6. Twitter : www.twitter.com/patologi_klinik

50
TERIMA KASIH

51