BIOLOGI SEL

PROTEIN DAN
SINTESIS PROTEIN

Prepared by Surya Amal, S.Si, M.Kes, Apt

 Form Energy production

Waste management Manufacturing

Oxidation
Central
processing
Project management Data Managemen

Communicatio
Form
Data processing
Data storage
Packing

Data retrieval
Shipping

Manufacturing
Transportation

Packing Machine shop

What are Cells Made of ?

 Membran (Membranes) --- lipid

 Protein (Proteins)
 Karbohidrat (Carbohydrates) --- gula
 Kofaktor (Cofactors) ---- vitamin
 Asam Nukleat (Nucleic acids)
Central Dogma of Molecular Biology

 Manusia mempunyai sekitar 30.000 gen.

 Tiap sel memiliki set lengkap dari gen-gen

(manusia), tetapi setiap sel hanya membuat
protein spesifik. Mengapa ?

 Implikasi pada rekayasa jaringan (tissue

engineering)
How is a Cell Assembled ?

 Harus ada “informasi” yang menentukan

perakitan bagian-bagian sel. – informasi
genetik --
 DNA mengandung informasi yang diperlukan
untuk membangun sel.
 Mekanisme yang DNA timbulkan terhadap
sel dan organisme merupakan inti dari
‘dogma sentral’ biologi.
Central Dogma of Biology

DNA RNA PROTEIN

Data Strorage Readout Execution
What are Proteins ?

 Protein adalah polimer asam-asam amino

 Tiap protein mempunyai sebuah sekuens
(urutan) asam-asam amino yang khas.
 Sekuens asam-asam amino tersebut
menspesifikasikan bentuk dan fungsi protein.
Primary structure of proteins
The Amino Acids
Types of Proteins

1) Enzim (Enzymes) – Katalisator reaksi-reaksi biokimia di dalam

sel.
2) Struktural (Structural) – kolagen, elastin, keratin, dsb.
3) Pergerakan (Motility) – aktin, miosin, tubulin, dsb.
4) Pengatur (Regulatory) – Pengatur ekspresi gen (replikasi DNA,
transkripsi, translasi)
5) Nutrisi dan penyimpanan (Nutrient and Storage) – ovalbumin,
kasein, etc.
6) Hormonal (Hormonal) – insulin, nerve growth factor (NGF), etc.
7) Reseptor (Receptors) – hormon and neurotransmiter
8) Pengangkut (Transport) – membawa molekul-molekul kecil dan
besi.
9) Pertahanan (Defence) -- imunoglobin dan antibodi
What is DNA ?

 DNA adalah deoxyribonucleic acid

 DNA merupakan polimer nukleotida
 Makromolekul ini mengkode informasi yang
diperlukan untuk membangun komponen sel.
 Hal ini memungkinkan penyimpanan, replikasi
dan pelaksanaan (execution) informasi seluler.
 DNA –Position in the cell

DNA double
Nucleu helix
s

Chromosome
s
How Does DNA Specify the Sequence of a Protein ?

 Sekuens (urutan) DNA harus diterjemahkan untuk

membuat protein.
 Pengkodean (penerjemahan) ini membutuhkan
kreasi dari cetakan RNA (RNA template).
 Kreasi dari duta RNA (messenger RNA, mRNA)
disebut transkripsi (transcription).
 Pembentukan protein dari mRNA disebut translasi
(translation).
There are some differences between DNA and RNA

DNA RNA
Deoxyribose Sugar Ribose

A, T, C, G Nitrogen bases U, A, G, C
Double Double or Single
Single Strand
Nucleus Location Anywhere in
cell
URACIL (U)
base with a single-ring structure

phosphate
group

sugar (ribose)
Nukleotides

 Sugar
 Phosphate
 Base

 Adenine and
guanine are
purines
 Thymine and
Cytosine are
pyrimidines
Transcription

 Adalah sintesis RNA dibawah arahan DNA

 Kedua asam nukleat menggunakan bahasa yang sama,
dan informasi hanya ditransfer, atau disalin dari satu
molekul menjadi molekul lain.
 Tipe molekul RNA ini disebut RNA duta (messenger
RNA, mRNA) – karena mengandung pesan-pesan
genetik dari DNA ke mekanisme penyintesis protein sel.
Points about transcriptions

 Membutuhkan polimerase RNA (RNA Polymerase)

 Mengkode untuk 20 asam mino
 Kodon (codons) : Beberapa seri dari pasangan
triplet basa (triplet base)
 64 Kodon, 60 asam amino, lainnya untuk awal/akhir
 Intron (introns) = Tidak mengkode (non-coding)
 Ekson (Ekson) = menyandi untuk RNA
 Unit transkripsi pada sebuah untaian DNA

exon intron exon intron exon

Transkripsi kedalam pre-mRNA

poly-A
cap tail
5’ 3’

(dipotong keluar) (dipotong keluar)

5’ 3’
mature mRNA transcript
 transcribed DNA DNA to be
winds up again transcribed
sugar-phosphate backbone of one strand
unwinds
of nucleotides in a DNA double helix

Newly forming The DNA

RNA transcript template at the
assembly site

sugar-phosphate part of the

backbone of sequence of
the other strand base pairs in DNA
of nucleotides

5’ 3’

RNA polymerase
The triplet code
Translation

 Adalah sintesis polipeptida, yang terjadi di

bawah arahan mRNA.
 Selama tahap ini, terjadi perubahan bahasa.
 Sel harus menerjemahkan atau mentranslasi
sekuens (urutan) basa molekul mRNA
menjadi sekuens asam amino polipeptida.
 Tempat translasi adalah ribosom.
Translation

 Sintesis protein dalam sitoplasma

 Komponen-komponen yang terlibat :

1. mRNA / RNA duta (kodon)
2. tRNA / RNA transport (antikodon)
3. rRNA / RNA ribosom
4. ribosom
5. asam amino
 Binding site for mRNA

P
(first
binding
site for A
tRNA) (second
binding
site for
tRNA)
 Translation in the ribosome

Initiation

Large
subunit
P A
(peptidyl) (aminoasyl)

Site Site

mRNA

A U G C U A C U U C G
Small subunit
 Sebuah ribosom mengandung dua tempat
kedudukan (sites) dimana tRNA dapat
Elongation berikatan dengan mRNA.
Ikatan peptida
aa3
aa1 aa2

3-tRNA

1-tRNA 2-tRNA G A A
antikodon
U A C G A U
Ikatan A U G C U A C U U C G A
hidrogen codon mRNA
 aa1 Ikatan peptida
aa3
aa2

1-tRNA

3-tRNA
U A C
(leaves)
2-tRNA G A A

G A U
A U G C U A C U U C G A
mRNA

Ribosomes move over one codon

 Ikatan peptida
aa1 aa4

aa2 aa3

4-tRNA

2-tRNA 3-tRNA G C U

G A U G A A
A U G C U A C U U C G A A C U
mRNA
 Ikatan peptida
aa1 aa4
aa2

aa3

2-tRNA
4-tRNA
G A U
(leaves) 3-tRNA G C U

G A A
A U G C U A C U U C G A A C U
mRNA

Ribosomes move over one codon

 Ikatan peptida aa5
aa1
aa2
aa4
aa3

5-tRNA

U G A
3-tRNA 4-tRNA

G A A G C U
G C U A C U U C G A A C U
mRNA
 aa1 Ikatan peptida aa5
aa2
aa3
aa4

5-tRNA

3-tRNA U G A
G A A 4-tRNA

G C U
G C U A C U U C G A A C U
mRNA

Ribosomes move over one codon

 aa5
aa4 aa199
Termination
aa200
aa3 primary
structure
aa2 of a protein

aa1
terminator
200-tRNA
or stop
codon

A C U C A U G U U U A G
mRNA
 End Product

 Produk akhir dari sintesis protein adalah

struktur primer sebuah protein.

 Sebuah untaian asam amino yang saling berikatan

melalui ikatan peptida
aa5
aa3 aa4
aa2 aa199

aa1 aa200
Overview: the roles of transcription and translation in the flow of genetic information
A summary of transcription and translation in a eukaryotic cell