Lintasan Metabolisme dan

Bioenergetik

Woro Anindito Sri Tunjung

Fakultas Biologi UGM
 Today - Outline
 Energy & Metabolism
 Enzymes
 Case study
Total metabolic rate: amount of energy expended at rest
with no digestion occurring (12 hours fasting)

http://physicscentral.com/explore/action/images/alive-img1.gif
 The Energy of Life
 Sel hidup melakukan ribuan reaksi kimia yang
berbeda

 Metabolisme
 Merupakan keseluruhan reaksi kimia dalam suatu
organisme
 Timbul dari interaksi antar berbagai molekul

 Metabolisme suatu organisme mengubah

material dan energi dan mengikuti hukum
termodinamika
 Reaksi yang menggabungkan beberapa molekul kecil
membentuk molekul yang lebih komplek disebut
ANABOLISME

 Reaksi yang memecah senyawa yang besar menjadi sub

unit yang lebih sederhana atau lebih kecil disebut
KATABOLISME
 Lintasan Metabolisme
 Lintasan biokimiawi adalah organisasi berbagai unit yang
terlibat dalam metabolisme

 Lintasan metabolisme memiliki banyak tahapan yang

bermula dari suatu molekul spesifik dan berakhir dengan
suatu produk . Setiap reaksi dikatalisis oleh suatu ensim
tertentu

Enzyme 1 Enzyme 2 Enzyme 3

A B C D
Reaction 1 Reaction 2 Reaction 3
Starting Product
molecule
METABOLISME (lanjt.)
● Katabolisme:
Tahap pemecahan nutrien organik (karbohidrat,
lipid dan protein) yang datang baik dari lingkungan
maupun timbunan nutrien sel itu sendiri dipecah
menjadi senyawa yang lebih kecil  untuk
mendapatkan tenaga berupa ATP

● Anabolisme:
Tahap pembentukan/biosintesis, yaitu biosintesis
komponen sel seperti asam nukleat, protein,
polisakarida dan lipid dari prekursornya. Proses ini
membutuhkan tenaga berupa ATP.
Pola lintasan metabolisme
Ada 3 tipe jalur non linear pada metabolisme:
1. Katabolisme polanya menyatu atau konvergen
2. Anabolisme, polanya menyebar atau divergen
3. Membentuk siklus atau melingkar.
JALUR KATABOLISME
Jalur katabolisme ada 3 tahap:

● Tahap I
Makromolekul (karbohidrat, lipid dan protein) dipecah
menjadi building blocknya

● Tahap II
Senyawa yang terbentuk pada tahap I dipecah lagi
menjadi senyawa yang lebih sederhana (senyawa dengan
3 karbon) kemudian diubah menjadi unit 2 karbon (asetil-
CoA). Demikian juga asam amino dan asam lemak. Jadi,
asetil-CoA merupakan produk pemecahan tahap II pada
katabolisme

● Tahap III
Gugus asetil dari asetil-CoA dipakai sebagai bahan dasar
untuk siklus asam trikarboksilat (TCA cycle/siklus
Krebs/siklus asam sitrat). Siklus ini merupakan jalur
dimana semua nutrien penghasil energi dioksidasi
menjadi CO2, H2O dan amonia sebagai hasil akhir
 Stages of Metabolism

Copyright © 2005 by Pearson Education, Inc.

Publishing as Benjamin Cummings

10
 Life requires the use of energy to do work.
 Energy use is governed by physical laws
“laws of thermodynamics”
 1st law: energy can’t be created or
destroyed, only converted from one form to
another.
Cells convert energy to different forms
 What sort of work?

 Just a few examples:

 Move objects (such as proteins)
 Heat up surroundings (especially brown
adipose tissue, skeletal muscle)
 Chemical reactions (break down sugar, build
macromolecules
 Move substances against a
concentration/electrochemical gradient)
All lifeforms (cells!) must harness
energy from sun or molecules
What type of energy is being converted here?
 Bioenergetik:
Salah satu bidang ilmu biokimia yang mempelajari
tentang pemindahan dan penggunaan tenaga oleh sel
hidup

ilmu yang mempelajari bagaimana suatu organisme

mengatur sumber energi mereka melalui lintasan
metabolisme
 Energi
 Energi adalah kapasitas untuk melakukan
pekerjaan atau kemampuan untuk membuat
perubahan.

 Semua perubahan di alam ini memerlukan energi

 Energi terdapat dalam dua bentuk:

 Energi potensial adalah energi simpanan. (tidak
ada perubahan)
 Energi kinetik adalah yang menyebabkan
perubahan.
 Bentuk Energi On the platform, a diver Diving converts potential
has more potential energy. energy to kinetic energy.

 Energi kinetik adalah energi

yang dihubungkan /
diasosiasikan dengan gerak

 Energi potensial
 Energi yang tersimpan

 Termasuk di dalam energi

kimiawi yang tersimpan
dalam molekul

 Energi dapat diubah dari

bentuk yang satu ke yang
lainnya
In the water, a diver has
less potential energy.
 Do all organisms obtain energy
from organic molecules? No!
 Plants and cyanobacteria covert solar energy into chemical
energy in specialized structures (such as chloroplasts).
 BUT – The rest of the plant (anything that isn’t green!) uses
“normal” metabolic processes.
 Energy use is governed by
physical laws “laws of
thermodynamics” Some energy can’t
be used to do work
(e.g. heat released
from friction)
 2nd law: entropy (disorder)
always increases. Why?
 Second Law of Thermodynamics
 Disorder (entropy) di alam akan selalu bertambah.

 Transformasi energi secara spontan akan mengubah

 Lebih teratur menjadi tidak teratur
 tidak stabil ke lebih stabil

 Perubahan yang spontan yang tidak memerlukan energi dari

luar akan meningkatkan entropi atau ketidakteraturan di
alam.
 Heat co2
+H O2

For example, disorder is added to the cheetah’ssurroundings in the form of heat and
the small molecules that are the by-products of metabolism.

• Dalam setiap proses konversi , ada sejumlah

energi yang tidak dapat digunakan dan akan
dilepaskan ke lingkungan sebagai panas
 How do the laws of
thermodynamics relate to
understanding a cell?

 Cells harness energy to:

 Do work
 Be more ordered than their environment
 Video: ATP synthase:
https://www.youtube.com/watch?v=PjdPT
Y1wHdQ
ATP synthase: Converts
potential energy (proton
gradient) to kinetic energy
(rotation of molecule) to
potential energy that cell can
use (ATP).
 Molecules have energy

Vibration, movement (kinetic energy!)

chemical bonds (potential energy!)
Video: Hydrogen balloon
 Tenaga Bebas
 Tenaga bebas adalah bagian dari suatu sistem energi
yang dapat digunakan untuk reaksi

 Tenaga bebas juga merupakan jumlah energi yang

tersedia untuk memutus dan selanjutnya membentuk
suatu ikatan kimia

 Gibbs’ free energy (G) – di dalam sel adalah jumlah

energi yang yang terkandung dalam ikatan kimia suatu
molekul (T&P constant)
 Perubahan dalam energi bebas ΔG

 Endergonik – jika reaksi membutuhkan input

energi
 Exergonik – jika reaksi melepaskan energi
bebas
Gibbs free energy, G (kJ/mol or kcal/mol)

Energy available to do “useful” work

ΔG (delta = difference): Gproducts – Greactants

 Useful to measure a change in free energy
between different states

 Would a negative or positive ΔG be

spontaneous (occur on its own)?
 Exergonic reactions
 Reactants memiliki energi bebas lebih dari produk
 Melibatkan pelepasan energi shg meningkatkan entropi
 spontan

Reactants

Amount of
energy
released
Free energy

(∆G <0)
Energy
Products

Progress of the reaction

(a) Exergonic reaction: energy released

 Endergonic Reactions
 Reactants memiliki energi bebas lebih rendah dr
produk
 Memerlukan energi input shg mengurangi entropi
 Tidak spontan
Products

Amount of
energy
Free energy

released
(∆G>0)
Energy
Reactants

Progress of the reaction

(b) Endergonic reaction: energy required

Important differences!
Lots of energy in C- Example: Gasoline Engine
H bonds.

EA: Energy of
Activation (an
“energy barrier”)

Amount of energy
needed to stress
bonds so that they
can be rearranged

Spark plugs provide

EA to ignite octane in
gasoline (lots of
energy in C-H
bonds) Octane (C8H18 ) + O2  H2O + CO2 +
movement of pistons + heat
 How does this relate to biology?
EA: Energy of
Activation

EA: The energy

needed to stress
existing bonds until
they break (an
“energy barrier”)

Enzymes (instead of
a spark) provide EA
for chemical
reactions.

We “burn” sugar! C6H12O6 + 6 O2  6 H2O + 6 CO2

+ energy (heat and ATP)
 Gibbs free energy example:
sucrose breakdown
ΔG (delta = difference): Gproducts – Greactants
 Assumes constant concentration, pH, temp.

Example: sucrose  glucose + fructose

ΔG = -5.5 kcal/mole

 Reaction is energetically favorable, but sucrose

doesn’t break apart when placed in water – WHY?

 It takes energy to destabilize bonds!

 Enzymes lower EA

Why don’t exergonic reactions

always start on their own?
Biological Example: sucrase (see fig 6.10)

Active Site
 Question to think about

 A reaction has a ∆G of -200kcal/mol.

What does this mean? Sketch a free
energy diagram for this reaction,
assuming no activation energy barrier.
Compare with your neighbor.

 You add an enzyme that speeds up this

reaction. Does the value of ∆G change?
Discuss with your neighbor.
Metabolism is complicated! Many
intermediate steps, many enzymes
catalyzing reactions.
 Cellular metabolism
 Process of extracting energy from food
 Compounds are broken down, energy is
released

Why do you
think this
happens over
many steps?
 Extracting energy
 Metabolism is controlled tightly; many steps allows for
capturing energy in high-energy bonds or free
electrons, rather than releasing it all as heat.
 Cellular respiration
C6H12O6 + 6O2 6CO2 + 6H2O + energy
In eukaryotes, most of the energy generation occurs in
mitochondria
Mitochondria in kidney cell

Powerhouse of
the Cell
Which cells have the most
mitochondria?

Heart muscle has 5000 mitochondria

 Activated carriers

 Energy is captured during catabolism and

converted to other forms: high energy
bonds (ATP) or electrons (NADH)

 Chemical bonds have potential energy!

Empat fungsi penting senyawa ATP dalam metabolisme:

1. Menyediakan energi yang diperlukan dalam reaksi biosintesis

2. Sebagai sumber energi untuk gerakan kontraksi sel otot
(hewan, manusia)
3. Berperan dalam proses transportasi nutrien melalui sistem
membran, terutama dalam menghadapi perbedaan
konsentrasi (transpot aktif)
4. Digunakan dalam proses transfer informasi genetik, yakni
metabolisme asam nukleat

Selain ATP, senyawa NADH dan NADPH juga

merupakan senyawa pembawa energi dalam bentuk
agen pereduksi, yakni dengan cara pemindahan
atom H atau elektron.