SINTESIS PROTEIN

LTM Biologi Molekuler – Biologi Molekuler 3

Jenny Azzahra – 1806199562 – Teknik Kimia – FG03, HG01
Departemen Teknik Kimia - Fakultas Teknik – Universitas Indonesia

I. ABSTRAK
Sintesis protein adalah prosedur biologis yang dilakukan oleh sel-sel hidup untuk
membuat protein. Seringkali, protein tersebut digunakan untuk menunjukkan terjemahan, yang
sebaliknya merupakan bagian utama dalam proses sintesis protein. Proses itu sendiri dimulai
dengan produksi asam amino yang berbeda, yang berasal dari beberapa sumber makanan
yang berbeda pula. Ketika dipelajari secara rinci, sintesis protein sangat kompleks. Namun,
secara garis besar sintesis protein terbagi menjadi 2 tahap, transkripsi dan translasi. Dimana
proses dari masing-masing transkripsi dan translasi terbagi lagi menjadi : inisiasi, elongasi,
dan terminasi. Setiap sel prokariotik dan sel eukariotik menjalankan proses sintesis protein
dengan ciri khas masing-masing. Sintesis protein juga dapat dilakukan di luar sel, yaitu sintesis
protein in vitro. Selain itu juga, sintesis protein dapat dilakukan secara sintetik.

Kata kunci : Protein, Sintesis Protein, Transkripsi, Translasi, Inisiasi, Elongasi, Terminasi, Sel
Prokariotik, Sel Eukariotik, In Vitro, Sintetik.

II. OUTLINE
1. Sintesis Protein Secara Umum
1.1 Transkripsi
1.1.1 Inisiasi
1.1.2 Elongasi
1.1.3 Terminasi
1.2 Translasi
1.2.1 Inisiasi
1.2.2 Elongasi
1.2.3 Terminasi
2. Sistesis Protein Pada Sel Prokariotik
3. Sintesis Protein Pada Sel Eukariotik
4. Sintesis Protein In Vitro
5. Sintesis Protein Sintetik.

III. ISI / PEMBAHASAN

3.1. Sintesis Protein Secara Umum

Sintesis protein merupakan proses pembentukan kembali protein selular untuk
mengembalikan jumlah protein yang hilang akibat degradasi atau pemindahan. DNA
merupakan bahan dasar dalam mengsintesis protein. Di dalam DNA, terdapat gen yang
merupakan susunan dari monomer-monomer berupa nukleotida spesifik sebagai kode protein
spesifik. Kode-kode ini nantinya akan disintesis oleh enzim dan nukleotida. Setiap protein yang
terbentuk merupakan hasil dari pembacaan kode-kode gen yang spesifik tersebut.

Sintesis protein dilakukan dalam dua tahapan, yakni tahap transkripsi dan tahap
translasi. Pada tahap transkripsi, DNA diubah menjadi mRNA oleh enzim, yang dikenal
sebagai RNA polimerase, di dalam nukleus. mRNA kemudian diekspor dari nukleus ke
sitoplasma sel untuk ditranslasi (diterjemahkan). mRNA dibaca oleh ribosom dalam sitoplasma
dan urutan nukleotida mRNA digunakan untuk menentukan urutan asam amino. Asam amino
bergabung bersama oleh ikatan peptida untuk membentuk rantai polipeptida.
3.1.1. Transkripsi
Transkripsi adalah sintesis RNA dibawah arahan DNA. Kedua asam nukleat
menggunakan bahasa yang sama, dan informasi hanya ditranskripsi, atau disalin, dari satu
molekul menjadi molekul lain. Selain menjadi cetakan untuk sintesis untai komplementer
baru saat replikasi DNA, untai DNA juga bisa berperan sebagai cetakan untuk merakit
sekuens nukleotida RNA komplementer. Untuk gen pengode protein, molekul RNA yang
dihasilkan merupakan transkrip akurat dari instruksi pembangun protein yang dikandung
oleh gen. molekul RNA transkrip bisa dikirimkan dalam banyak salinan. Tipe molekul RNA
ini disebut RNA duta (messenger RNA, mRNA) karena mengandung pesan genetik
dari DNA ke mekanisme penyintesis protein sel.

Transkripsi menghasilkan 3 macam RNA yaitu mRNA, tRNA, dan rRNA.

- mRNA (messenger RNA) fungsinya membawa informasi DNA dari inti sel ke ribosom.
Pesan-pesan ini berupa triplet basa yang ada pada mRNA yang disebut kodon. Kodon
pada mRNA merupakan komplemen dari kodogen (agen pengode), yaitu urutan basa-
basa nitrogen pada DNA yang dipakai sebagai pola cetakan. Peristiwa pembentukan
mRNA oleh DNA di dalam inti sel, disebut transkripsi.
- tRNA (RNA transfer) fungsinya mengenali kodon dan menerjemahkan menjadi asam
amino di ribosom. Peran tRNA ini dikenal dengan nama translasi (penerjemahan).
Urutan basa nitrogen pada tRNA disebut antikodon. Bentuk tRNA seperti daun
semanggi dengan 4 ujung yang penting, yaitu:
1) Ujung pengenal kodon yang berupa triplet basa yang disebut antikodon.
2) Ujung perangkai asam amino yang berfungsi mengikat asam amino.
3) Ujung pengenal enzim yang membantu mengikat asam amino.
4) Ujung pengenal ribosom.
- rRNA (RNA Ribosom) fungsinya sebagai tempat pembentukan protein. rRNA terdiri
dari 2 sub unit, yaitu:
1) Sub unit kecil yang berperan dalam mengikat mRNA.
2) Sub unit besar yang berperan untuk mengikat tRNA yang sesuai.

Transkripsi terjadi di dalam sitoplasma dan diawali dengan membukanya rantai ganda
DNA melalui kerja enzim RNA polimerase. Sebuah rantai tunggal berfungsi sebagai rantai
cetakan atau rantai sense, rantai yang lain dari pasangan DNA ini disebut rantai anti
sense. Tidak seperti halnya pada replikasi yang terjadi pada semua DNA, transkripsi ini
hanya terjadi pada segmen DNA yang mengandung kelompok gen tertentu saja. Oleh
karena itu, nukleotida nukleotida pada rantai sense yang akan ditranskripsi menjadi
molekul RNA dikenal sebagai unit transkripsi.Transkripsi meliputi 3 tahapan, yaitu tahapan
inisiasi, elongasi, dan terminasi.
 Gambar 1. Proses Transkripsi secara keseluruhan

Sumber : seputarilmu.com/sintesis-protein

3.1.1.1 Inisiasi (Permulaan)

Jika pada proses replikasi dikenal daerah pangkal replikasi, pada transkripsi ini
dikenal promoter, yaitu daerah DNA sebagai tempat melekatnya RNA polimerase untuk
memulai transkripsi. RNA polymerase melekat atau berikatan dengan promoter, setelah
promoter berikatan dengan kumpulan protein yang disebut faktor transkripsi. Kumpulan
antara promoter, RNA polimerase, dan faktor transkripsi ini disebut kompleks inisiasi
transkripsi. Selanjutnya, RNA polymerase membuka rantai ganda DNA.

3.1.1.2 Elongasi (Pemanjangan)

Setelah membuka pilinan rantai ganda DNA, RNA polimerase ini kemudian
menyusun untaian nukleotida-nukleotida RNA dengan arah 5´ ke 3´. Pada tahap elongasi
ini, RNA mengalami pertumbuhan memanjang seiring dengan pembentukan pasangan
basa nitrogen DNA. Pembentukan RNA analog dengan pembentukan pasangan basa
nitrogen pada replikasi. Pada RNA tidak terdapat basa pirimidin timin (T), melainkan urasil
(U). Oleh karena itu, RNA akan membentuk pasangan basa urasil dengan adenin pada
rantai DNA. Tiga macam basa yang lain, yaitu adenin, guanin, dan sitosin dari DNA akan
berpasangan dengan basa komplemennya masing-masing sesuai dengan pengaturan
pemasangan basa. Adenin berpasangan dengan urasil dan guanin dengan sitosin.

3.1.1.3 Terminasi (Pengakhiran)

Penyusunan untaian nukleotida tRNA yang telah dimulai dari daerah promoter
berakhir di daerah terminator. Setelah transkripsi selesai, rantai DNA menyatu kembali
seperti semula dan RNA polymerase segera terlepas dari DNA. Akhirnya, RNA terlepas
dan terbentuklah mRNA yang baru. Pada sel prokariotik, RNA hasil transkripsi dari DNA,
langsung berperan sebagai mRNA. Sementara itu, RNA hasil transkripsi gen pengkode
 protein pada sel eukariotik, akan menjadi mRNA yang fungsional (aktif) setelah melalui
proses tertentu terlebih dahulu. Dengan demikian, pada rantai tunggal mRNA terdapat
beberapa urut-urutan basa nitrogen yang merupakan komplemen (pasangan) dari pesan
genetik (urutan basa nitrogen) DNA. Setiap tiga macam urutan basa nitrogen pada
nukleotida mRNA hasil transkripsi ini disebut sebagai triplet atau kodon.

3.1.2. Translasi
Translasi adalah sintesis polipeptida yang terjadi dibawah arahan mRNA. Selama
tahap ini terjadi perubahan bahasa. Sel harus menerjemahkan alias menstranslasikan
sekuens basa molekul mRNA menjadi sekuens asam amino polipeptida. Tempat terjadinya
translasi adalah ribosom, partikel-partikel kompleks yang memfasilitasi penautan teratur
asam amino menjadi rantai polipetida. Translasi merupakan proses penerjemahan
beberapa triplet atau kodon dari mRNA menjadi asam amino-asam amino yang akhirnya
membentuk protein. Urutan basa nitrogen yang berbeda pada setiap triplet, akan
diterjemahkan menjadi asam amino yang berbeda. Misalnya, asam amino fenilalanin
diterjemahkan dari triplet UUU (terdiri dari 3 basa urasil), asam amino triptofan (UGG),
asam amino glisin (GGC), dan asam amino serin UCA. Sebanyak 20 macam asam amino
yang diperlukan untuk pembentukan protein merupakan hasil terjemahan triplet dari
mRNA. Selanjutnya, dari beberapa asam amino (puluhan, ratusan, atau ribuan) tersebut
dihasilkan rantai polipeptida spesifik dan akan membentuk protein spesifik pula.

Langkah-langkah pada proses translasi adalah sebagai berikut:

3.1.2.1. Inisiasi

Gambar 2. Proses Inisiasi Translasi

Sumber : seputarilmu.com/sintesis-protein

Ribosom sub unit kecil mengikatkan diri pada mRNA yang telah membawa sandi
bagi asam amino yang akan dibuat, serta mengikat pada bagian inisiator tRNA.
Selanjutnya, molekul besar ribosom juga ikut terikat bersama ketiga molekul tersebut
membentuk kompleks inisiasi. Molekul-molekul tRNA mengikat dan memindahkan asam
amino dari sitoplasma menuju ribosom dengan menggunakan 4nergy GTP dan enzim.
Bagian ujung tRNA yang satu membawa antikodon, berupa triplet basa nitrogen.
Sementara, ujung yang lain membawa satu jenis asam amino dari sitoplasma. Kemudian,
asam amino tertentu tersebut diaktifkan oleh tRNA tertentu pula dengan menghubungkan
antikodon dan kodon (pengode asam amino) pada mRNA. Kodon pemula pada proses
translasi adalah AUG, yang akan mengkode pembentukan asam amino metionin. Oleh
karena itu, antikodon tRNA yang akan berpasangan dengan kodon pemula adalah UAC.
tRNA tersebut membawa asam amino metionin pada sisi pembawa asam aminonya.
 3.1.2.2. Elongasi

Gambar 3. Proses Elongasi Translasi

Sumber : seputarilmu.com/sintesis-protein

Tahap pengaktifan asam amino terjadi kodon demi kodon sehingga dihasilkan
asam amino satu demi satu. Asam-asam amino yang telah diaktifkan oleh kerja tRNA
sebelumnya, dihubungkan melalui ikatan peptida membentuk polipeptida pada ujung tRNA
pembawa asam amino. Misalnya, tRNA membawa asam amino fenilalanin, maka
anticodon berupa AAA kemudian berhubungan dengan kodon mRNA UUU. Fenilalanin
tersebut dihubungkan dengan metionin membentuk peptida. Melalui proses elongasi,
rantai polipeptida yang sedang tumbuh tersebut semakin panjang akibat penambahan
asam amino.

3.1.2.3. Terminasi

Gambar 4. Proses Terminasi Translasi

Sumber : seputarilmu.com/sintesis-protein

Proses translasi berhenti setelah antikodon yang dibawa tRNA bertemu dengan
kodon UAA, UAG, atau UGA. Dengan demikian, rantai polipeptida yang telah terbentuk
akan dilepaskan dari ribosom dan diolah membentuk protein fungsional. Ribosom
sekarang siap untuk mengulangi sintesis beberapa kali lagi.

3.2. Sintesis Protein Pada Sel Prokariotik

Tahapan sintesis protein pada sel prokariotik tidak terputus dan bersambung, artinya
tahap translasi dapat dilakukan meskipun tahap transkripsi belum selesai. Hal ini
dikarenakan sel prokariotik tidak memiliki inti sel sehingga tahap transkripsi dan translasi
dilakukan di sitoplasma.

3.2.1. Transkripsi pada Sel Prokariotik

 Gambar 5. Proses Transkripsi pada Sel Prokariotik
Sumber : Lehninger,Albert L. Principle of biochemistry ed.5th.

Transkripsi merupakan tahap pembentukan mRNA dari untai DNA template (sense).
DNA yang tidak ditranskripsi disebut antisense. Transkripsi pada sel prokariotik
berlangsung di sitoplasma. Sel prokariotik hanya memerlukan satu enzim RNA polimerase
untuk melakukan transkripsi. Pada tahap Inisiasi, RNA Polimerase menempel pada
promotor. Tahap Elongasi, RNA polimerase membuka untai double helix DNA dan
bergerak di sepanjang DNA untuk membentuk mRNA dari arah 3’-5’. Basa nukleotida yang
dibawa mRNA komplementer dengan basa nukeotida pada DNA template. Pada tahap
Terminasi, Saat RNA Polimerase mencapai terminator, proses transkripsi berhenti dan
mRNA yang membawa kodon bergerak menuju ribosom.

3.2.2. Pre-Translasi pada Sel Prokariotik

Pada tahap pre-translasi ini terdapat proses yaitu proses aktivasi asam amino. Pada tahap
ini, proses aktivasi asam amino terjadi pada sitosol , bukan berlangsung pada ribosom.
Proses aktivasi asam amino merupakan proses dimana terjadi ikatan antara tRNA dengan
asam amino spesifiknya. Ada sekitar 20 jenis asam amino yang berikatan ester dengan
tRNA spesifiknya dengan memanfaatkan energy ATP dan dikatalis oleh enzim pengaktif
yang memerlukan Mg2+ sebagai kofaktor.Dalam ikatan ini, masing-masing spesifik bagi
satu asam amino dan tRNAnya.Hasil dari aktivasi asam amino ini dinamakan amino-tRNA
sintetase.
Asam amino + tRNA + ATP amino-tRNA sintetase +AMP + PPi
Sebenarnya, proses aktivasi asam amino ini dibagi menjadi 2 tahap. Pada tahap pertama,
terjadi reaksi antara asam amino dengan ATP menghasilkan senyawa 5’-aminoasil adenilat
dengan pelapasan piropfosfat (PPi). Pada tahap ini, gugus karboksil pada asam amino
terikat oleh ikatan anhidrida dengan gugus 5’-fosfat AMP.Pada tahap kedua, aminoasil
adenilat berikatan dengan tRNA yang pada lengan asam amino telah berikatan dengan
AMP pada sebelumnya.Reaksi tRNA dengan aminoasil adenilat ini menghasilkan
aminoasil-tRNA dengan melepaskan AMP.

3.2.3. Translasi pada Prokariotik

3.2.3.1. Inisiasi
Inisiasi adalah proses awal terjadinya translasi. Pada inisiasi, terjadi proses
penggabungan antara mRNA, insiator tRNA, dan small&large sub-unit ribosomal
bergabung satu dengan lainnya membentuk kompleks.
Tahapan dari inisiasi pada prokariotik adalah sebagai berikut:
a. Inisiasi pada bakteri dimulai ketika 30s atau small subunit ribosomal mengikat pada sisi
yang berdekatan dengan ujung 5’ dari MRNA.
b. Proses tersebut dibantu oleh a Shine-Dalgarno sequence yang terdapat pada MRNA,
dimana Shine-Dalgarno sequence merupakan komplemen dari komponen small subunit
ribosomal yang disebut dengan 16s. Shine-Dalgarno sequencemerupakan sebuah urutan
dalam MRNA yang terdiri dari 9 nukleotida.
c. Selain itu proses tersebut juga dibantu oleh intiation factor 3. Sehingga setelah tahapan
ini telah diketahui tempat dimulainya elongasi beserta kodon start pada mRNAyaitu AUG.
d. Setelah 30s sub-unit, IF 3, dan mRNA membentuk kompleks, intiation factor 2 berikatan
dengan kompleks tersebut dan mempromosikan tRNA beserta n-formyl methionine kepada
kompleks tersebut.
e. IF 2 dan IF 3 menghidrolisasikan GTP sebagai sumber energi untuk mempromosikan
penggabungan mRNA, tRNA, dan ribosomal subunit sehingga kemudian dapat bergabung
large subunit ribosomal ke dalam kompleks.
f. Inisiasi akan lengkap ketika large subunit ribosomal atau 50s bergabung dan IF 2 beserta
IF 3 dilepaskan. Sedangkan IF 1 masih digunakan hingga proses translasi selesai guna
untuk mendisosiasikan kompleks tersebut.

Gambar 6. Proses Inisiasi pada sel prokariotik

Sumber : http://www.mun.ca

3.2.3.2. Elongasi
Elongasi pada prokariotik terdiri dari 3 tahapan, yaitu pengikatan aminoasil,
pembentukan ikatan peptida, dan translokasi. Namun yang membedakan disini adalah
faktor pemanjangan pada sel prokariotik. Pada sel prokariotik faktor pemanjangan adalah
EF-G yang menggantikan EF-Tu dan EF-Ts pada proses translokasi pada sel prokariotik.
Faktor pemanjangan EF-G ini berperan penting pada proses translokasi yang terjadi pada
tahapan dari elongasi prokariotik.
 Gambar 7. Proses elongasi pada prokatiotik
Sumber: http://www.mun.ca

a. Pengikatan Aminoasil
Pengikatan aminoasil–tRNA pada sisi A yang ada di ribosom yang dilakukan oleh
faktor pemanjangan Tu dengan menggunakan GTP dan menghasilkan kompleks
aminoasil-tRNA-Tu-GTP. Bersamaan dengan itu, GTP terhidrolisis menghasilkan Tu-
GDP. Kompleks Tu-GDP dapat dibentuk kembali dengan faktor Ts menghasilkan Tu-GTP

b. Pembentukan Ikatan Peptida

Pemindahan gugus asil-N-formilmetonin pemula dari tRNAnya ke gugus asam amino
yang baru memasuki tempat A. Tahap ini dikatalisis oleh peptidil transferase dengan
terbentuk dipeptidil-tRNA pada tempat A dan tRNAfmet menjadi kosong pada tempat P.

c. Translokasi
Translokasi meupakan proses pergerakan ribosom dipeptidil-tRNA dari tempat A ke
tempat P dan menyebabkan pelepasan tRNAfmet ke E-site dan tempat A menjadi
kosong. Proses ini memerlukan faktor pemanjangan G (translokase) dan juga hidrolisis
dua molekul GTP lainnya secara bersamaan yang menghasilkan GDP dan Pi. Hidrolisis
GTP memberikan energy untuk translokasi yaitu untuk menggerakkan ribosom ke kodon
berikutnya untuk proses elongasi selanjutnya.

3.2.3.3. Terminasi
Translasi diakhiri dengan proses terminasi yaitu proses dimana ketiga kodon
terminasi (UAA,UGA,UAG) yang ada pada mRNA mencapai sisi A pada ribosom.
Tahapan dari proses terminasi adalah sebagai berikut:
a. Terminasi terjadi ketika kodon stop muncul pada sisi A ribosom. Mengingat tRNA tidak
berinterkasi dengan kodon stop, maka releasefactor mengikat pada sisi A.
b. Pengikatan releasefactorpada sisi A menyebabkan pembelahan ikatan polipeptida dari
TRNA, untuk melengkapi proses sintesis polipeptida.
 c. Kemudian polipeptida dilepaskan dan disusul oleh pelepasan tRNA adari mRNA.
d. Langkah terakhir adalah kedua subunit ribosom berserta mRNA terdisosiasi satu dan
lainnya.

Gambar 8. Proses Terminasi pada sel prokariotik

Sumber : http://www.mun.ca

3.3. Sintesis Protein Pada Sel Eukariotik

Pada sel eukariotik, transkripsi terjadi di inti sel dan translasi terjadi di sitoplasma
tepatnya di ribosom. Selain itu, dalam tahap transkripsi terdapat pemrosesan mRNA
sebelum keluar ke sitoplasma.

3.3.1. Transkripsi pada Sel Eukariotik

Transkripsi merupakan tahap pembentukan mRNA berdasatkan kode genetik ada
DNA template. Transkripsi pada sel eukariotik melibatkan tiga enzim RNA Polimerase.
Pada tahap Inisiasi. RNA Polimerase dan faktor transkripsi (TFs) menempel pada
promotor. TFs berperan membuka rantai DNA. Tahap Elongasi, RNA polimerase membuka
untai double helix DNA dan bergerak di sepanjang DNA untuk membentuk mRNA dari arah
3’-5’. Basa nukleotida yang dibawa mRNA komplementer dengan basa nukeotida pada
DNA template. Pada tahap Terminasi, Saat RNA Polimerase mencapai terminator, proses
transkripsi berhenti dan mRNA yang membawa kodon bergerak menuju ribosom.
 Gambar 9. Transkripsi pada sel eukariotik
Sumber : Lehninger,Albert L. Principle of biochemistry ed.5th.

3.3.2. Pre-Translasi pada Eukariotik

Pada pre-translasi eukariotik diawali dengan proses pre-translasi yang sama
dengan pada pre- translasi pada prokariotik yang telah dijelaskan diatas. Namun, terdapat
proses pre-translasi lanjutan pada eukariotik yaitu sebagai berikut :

3.3.2.1. RNA Splicing

RNA splicing adalah proses yang membuang intron dan menghubungkan
ekson pada transkrip utama. Intron biasanya mengandung sinyal yang jelas untuk splicing
(contoh beta globin gene). Kebanyakan dari sinyal intron dimulai dari sekuen GU dan
diakhiri dengan sekuen AG (pada arah 5’ ke 3’). Mereka disebut sebagai splice donor dan
splice acceptor. Bagaimanapun juga, kedua sekuen itu tidak mencukupi untuk
memunculkan sebuah intron. Sekuen penting lainnya yaitu branch site yang berlokasi
pada 20-50 bases upstream dari daerah akseptor. Konsensi sekuennya yaitu
“CU(A/G)A(C/U)”, dimana A ditemukan dalam semua gen.
Pada RNA Splicing yang memegang peranan penting adalah adenin. Mekanisme dari RNA
Splicing adalah sebagai berikut
a. Proses pengikatan U1 snRNP pada 5 prime splice site.
b. Proses pengukatan U1 snRNP pada branch site.
c. Kemudian trimer yang terdiri dari U4, U6, dan U5 snRNPs mengikat pada bagian intron.
d. Kemudian ujung kelima dari intron tersebut terputus. Ujung kelima yang terputus
tersebut kemudian terikat pada branch siteyang membentuk sebuah struktur yang disebut
lariat
e. Pada saat yang bersamaan dengan langkah 4, U1 dan U4 snRNPs dilepaskan.
Sedangkan U6 dan U5 snRNPs berganti posisi.
f. Kemudian ujung tiga dari intron dipotong dan kemudian ekson bergabung satu sama
lainnya. Latiat terlepas bersamaan dengan spliceosome yang masih tersedia.
Dalam tahapan ini, sebuah pre-mRNA dapat dijadikan mRNA yang berbeda-beda. Hal
tersebut dikarenakan ketika intron hilang, tidak menutupkan bahwa ketika proses
penggabungan ekson terdapat urutan yang tertukar antara masing-masing eksonnya
(reshuffling), atau terdapat bagian ekson yang terduplikasi, bahkan dapat juga terjadi
bagian ekson yang hilang (loss). Hal inilah sering menyebabkan terjadinya peristiwa
mutasi.
g. Spliceosome yang terdiri dari U2, U6, dan U5 kemudian akan terdisosiasi dari lariat dan
lariat akan terdegradasi.
 h. Sehingga pada akhir tahapan hanya terdapat 2 ekson yang terikat satu sama lain
dengan ikatan kovalen dan intronnya telah terbuang

3.3.2.2. Poliadenilasi
Poliodenilasi adalah mekanisme dimana kebanyakan molekul RNA messenger
diterminasi pada ujung 3’. Tambahan transkripsi lanjut dari Poly (A) sampai ujung 3’ dari
mRNA adalah proses biologi penting yang ditemukan dalam bakteri sampai manusia.
Poliadenilasi diinisiasi oleh pembelahan dari mRNA yang telah dicetak pada sisi adenilasi
awal. Poliadenilasi diawali denga protein A350 kDA kompleks yang terdiri dari 3 atau 4
polipeptida berbeda, membentuk kompleks yang tidak stabil dengan sekuen AAUAAA. Ini
merupakan sinyal terjadinya poliadenilasi, setelah itu poliadenilasi dilanjutkan dengan
pemotongan prekursor mRNA pada bagian yang nantinya akan menjadi mRNA yang
matang, kemudian bagian ujung 3’ yang terbuka ditambahkan polyA sampai dengan 150-
200 A. Bagian mRNA yang disintesis setelah sisi poliadenilasi selanjutnya akan digredasi.

3.3.2.3. Capping
Pada mRNA eukariot, ujung ke 5 dari pre-mRNA tersebut akan mengalami
metilasi atau penambahan gugus metil. Struktur ini dikenal sebagai tudung mRNA (mRNA
cap). Tudung tersebut merupakan molekul 7-metilguanosin (m7G). Tudung ini berfungsi
untuk melindung mRNA dari degradasi, meningkatkan efisiensi translasi, dan
meningkatkan proses pengangkutan mRNA dari nukleu menuju sitoplasma. Proses
pembentukan tudung adalah sebagai berikut.
a. Enzim RNA trifosfatase bertugas untuk memotong gugus fosfat pada ujung pre-mRNA
b. Kemudian ditambahkan GMP (guanosin monofosfat) oleh enzim guanilil transferase
c. Kemudian enzim guanilil transferase mengalami metilasi pada nukleotida ujung tudung
tersebut. Ikatan yang terbentuk antara tudung dengan mRNA adalah ikatan trifosfat.

3.3.3. Translasi pada Eukariotik

3.3.3.1. Inisiasi
Proses inisiasi dimulai mRNA dan tRNA inisiator berikatan dengan ribosom
subunit kecil. Molekul dari tRNA inisiator merupakan molekul yang membawa asam amino
pertama dan merupakan komplemen dari kodon start (AUG). Molekul tRNA ini biasanya
membawa asam amino metionin. Antikodon pada tRNA inisiator itu merupakan UAC
karena pasangan dari setiap basa nitrogennya. Setelah terjadi proses pengikatan dengan
ribosom subunit kecil, ribosom subunit kecil ini berikatan dengan ribosom subunit besar
dan fase inisiasi selesai ketika terbentuknya ribosom yang fungsional. Penjelasan tahapan
inisiasi yang lebih jelas pada proses eukariotik adalah sebagai berikut:
 Gambar 10. Proses Inisiasi pada sel eukariotik
Sumber : seputarilmu.com

3.3.3.2. Elongasi
Pada proses elongasi, kodon mRNA dan tRNA start yang telah membawa
asam amino pertama yaitu metionin, setelah itu bergesar ke daerah P dan A yang kosong.
Kemudian tRNA akan membawa asam amino untuk mengisi daerah P dan A yang kosong
tersebut dan juga membawa antikodon yang komplementer dengan kodon mRNA. Ikatan
yang terbentuk setelah asam amino muncul yaitu ikatan peptida dengan bantuan enzim
Peptidyl transferase. Proses ini terus berlanjut sampai kodon stop.
Tahapannya adalah sebagai berikut,
a. Faktor elongasi eEf-1a akan mengirim aminoasil-tRNA pada sisi A dari ribosom. Faktor
elongasi ini akan mengkatalis pembentukan ikatan peptida diantara asam amino pada sisi
P dan sisi A. Sementara eef-1b akan mengkatalis proses perubahan GTD menjadi ikatan
GDP.
b. Kemudian eEf-2 akan mendorong peptidyl-tRNA menuju sisi P dan deacylated-tRNA
menuju sisi E. Sehingga sisi A akan kosong untuk tahapan berikutnya.
 Gambar 11. Proses Elongasi pada sel eukariotik
Sumber : seputarilmu.com

3.3.3.3. Terminasi
Translasi diakhiri dengan proses terminasi yaitu proses dimana ketiga kodon
terminasi (UAA,UGA,UAG) yang ada pada mRNA mencapai sisi A pada ribosom. Dimana
pada tahap terminasi ini kodon stop tidak berikatan dengan tRNA melainkan dengan
release factor. Faktor pelepas menghentikan translasi dan menghidrolisis ikatan antar
asam amino terakhir pada rantai polipeptida baru dan tRNAnya. Proses terminasi ditandai
dengan terlepasnya mRNA, tRNA dari sisi P dan rantai polipeptida yang telah terbentuk
lepas dari ribosom.

Gambar 12. Proses Terminasi pada sel eukariotik

Sumber : seputarilmu.com
3.4. Sintesis Protein Secara In Vitro
Sintesis protein in vitro adalah sebuah teknik yang memungkinkan kita untuk
menghasilkan sejumlah kecil dari protein fungsional.

3.4.1. Transkripsi in vitro

Template DNA untuk transkripsi in vitro dapat berupa sebuah plasmid sirkuler. Meski
begitu, DNA harus mengandung deretan promoter dari gen yang akan ditranskripsikan.
RNA polimerase menggunakan deretan DNA yang spesifik untuk mengidentifikasi dan
mengikat daerah promoter dalam gen unuk menginisiasi transkripsi. RNA polimerase pada
tertentu hanya memiliki satu subunit, sedangkan RNA polimerase yang lain yang berasal
dari bakteri dan sel eukariotik adalah enzim multi-subunit yang membutuhkan protein
factors tambahan untuk transkripsi yang berlangsung secara efisien. Monomer RNA
polimerase kecil dari bakteriofag dapat menjalankan proses transkripsi, termasuk terminasi
dan melepaskan transkrip dari templat DNA, tanpa dibantu oleh protein factors.

3.4.2. Translasi in vitro

Translasi in vitro melibatkan banyak komponen kompleks untuk disuplai sebaga
molekul-molekul yang dimurnikan. Seluruh ekstrak sel membantu dalam membaca kode
dari mRNA matang dan menghasilkan polipeptida in vitro dalam proses translasi. Untuk
meningkatkan protein yang dihasilkan, ekstrak sel diberi asam amino dan energi untuk
menjadi energy dalam proses sintesis in vitro. Ketika kondisi lingkungannya optimal,
protein fungsional dapat disintesis dalam jumlah yang diperlukan dalam waktu kurang lebih
satu jam. Hal yang dibutuhkan hanyalah sebuah inkubator dalam untuk menjaga aktivitas
optimal dari enzim. Bergantung pada sistemnya, protein yang telah ditranslasikan dapat
lebih jauh diproses kembali untuk menyusun ulang protein melalui proses in vitro ini. Hal ini
melibatkan pelipatan protein, pemrosesan asam amino dan modifikasi pasca transisional
yang lainnya yang meregulasi protein tersebut.

3.5. Sintesis Protein Secara Sintetik

Di alam, pembentukan gugus peptide terjadi melalui transfer/perpindahan gugus C-
terminal acyl dari rantai peptide yang baru lahir kepada gugus α-amino dari aminoacyl-
tRNA. Gugus C-terminal acyl teraktivasi hanya sebagai ester dengan tRNA, dan
transfernya dibantu, dalam jumlah yang besar, oleh reaktan-reaktan yang terletak dekat
dengan ribosom. Metode ligase peptida sangat membantu dalam menggabungkan peptide
sintetik menjadi protein. Peptida-peptida ini dapat diproteksi atau tidak, dan penggabungan
dapat terjadi dalam larutan encer maupun organik. Metode ligasi peptida berlangsung
dalam tiga tahapan. Pada awalnya, peptide dihubungkan dengan reaksi kimia yang lebih
cepat daripada transfer acyl intermolekuler menjadi gugus amin dan menggunakan gugus
fungsi tertentu. Pada tahap terakhir, pelepasan bagian tangkapan (release of capture
moiety) baik secara reaksi kimia yang berlainan, maupun secara spontan.
IV. KESIMPULAN

Sintesis Protein adalah proses pencetakan protein dalam sel khususnya ribosom.
Protein sendiri adalah senyawa organic yang terdapat pada organism hidup. Mereka
sangat penting di hampir semua fungsi sel, meskipun protein spesifik yang terlibat dalam
fungsi tertentu. Sintesis protein adalah proses pembentukan protein dari monomer peptide
yang diatur susunannya oleh kode genetic. Sintesis protein dimulai dari anak inti sel,
sitoplasma dan ribosom. Sintesis protein adalah prosedur biologis yang dilakukan oleh sel-
sel hidup untuk membuat protein. Seringkali, protein tersebut digunakan untuk
menunjukkan terjemahan, yang sebaliknya merupakan bagian utama dalam proses
sintesis protein. Proses itu sendiri dimulai dengan produksi asam amino yang berbeda,
yang berasal dari beberapa sumber makanan yang berbeda pula. Ketika dipelajari secara
rinci, sintesis protein sangat kompleks. Namun, secara garis besar sintesis protein terbagi
menjadi 2 tahap, transkripsi dan translasi. Dimana proses dari masing-masing transkripsi
dan translasi terbagi lagi menjadi : inisiasi, elongasi, dan terminasi. Setiap sel prokariotik
dan sel eukariotik menjalankan proses sintesis protein dengan ciri khas masing-masing.
Sintesis protein juga dapat dilakukan di luar sel, yaitu sintesis protein in vitro. Selain itu
juga, sintesis protein dapat dilakukan secara sintetik.

V. DAFTAR PUSTAKA

 Lehninger,Albert L. Principle of biochemistry ed.5th.

 Ball, D., Hill, J. and Scott, R. (n.d.). The Basics of General, Organic, and Biological Chemistry.
 Nelson, D., Cox, M. and Lehninger, A. (2017). Principles of Biochemistry. Basingstoke:
Macmillan Higher Education.
 Trueorigin.org. (2019). ATP: The Perfect Energy Currency for the Cell. [online] Available at:
https://www.trueorigin.org/atp.php [Accessed 19 Feb. 2020].
 Freeman. (2004). The Science of Biology, 4th Edition, by Sinauer Associates
(www.sinauer.com) and (www.whfreeman.com).
 Lubert, Styer. (2000). Biokomia. Vol I. Edisi 4. Jakarta: Penerbit Buku Kedokteran EGC.
