Biomedical importance

Water is the predominant chemical component of living organisms. Its unique physical properties, which
include the ability to solvate a wide range of organic and
inorganic molecules, derive from water’s dipolar structure and exceptional capacity for forming hydrogen
bonds. The manner in which water interacts with a solvated biomolecule influences the structure of each.
An
excellent nucleophile, water is a reactant or product in
many metabolic reactions. Water has a slight propensity
to dissociate into hydroxide ions and protons. The
acidity of aqueous solutions is generally reported using
the logarithmic pH scale. Bicarbonate and other buffers
normally maintain the pH of extracellular fluid between 7.35 and 7.45. Suspected disturbances of acidbase
balance are verified by measuring the pH of arterial blood and the CO2 content of venous blood. Causes
of acidosis (blood pH < 7.35) include diabetic ketosis
and lactic acidosis. Alkalosis (pH > 7.45) may, for example, follow vomiting of acidic gastric contents.
Regulation of water balance depends upon hypothalamic
mechanisms that control thirst, on antidiuretic hormone (ADH), on retention or excretion of water by the
kidneys, and on evaporative loss. Nephrogenic diabetes
insipidus, which involves the inability to concentrate
urine or adjust to subtle changes in extracellular fluid
osmolarity, results from the unresponsiveness of renal
tubular osmoreceptors to ADH.

Pentingnya biomedis

Air adalah komponen kimia utama organisme hidup. Sifat fisiknya yang unik, yang mencakup
kemampuan untuk melarutkan berbagai macam organik dan

molekul anorganik, berasal dari struktur dipolar air dan kapasitas luar biasa untuk membentuk hidrogen

obligasi. Cara air berinteraksi dengan biomolekul terlarut mempengaruhi struktur masing-masing. Sebuah

nukleofil yang sangat baik, air adalah reaktan atau produk dalam

banyak reaksi metabolisme. Air memiliki sedikit kecenderungan

untuk berdisosiasi menjadi ion hidroksida dan proton. Itu

keasaman larutan berair umumnya dilaporkan menggunakan

skala pH logaritmik. Bikarbonat dan buffer lainnya

normalnya mempertahankan pH cairan ekstraseluler antara 7.35 dan 7.45. Gangguan yang diduga dari
keseimbangan asam-basa diverifikasi dengan mengukur pH darah arteri dan kandungan CO2 dari darah
vena. Penyebab

asidosis (pH darah <7,35) termasuk ketosis diabetikum

dan asidosis laktat. Alkalosis (pH> 7,45) dapat, misalnya, mengikuti muntah isi lambung yang asam.
Pengaturan keseimbangan air tergantung pada hipotalamus

mekanisme yang mengontrol rasa haus, pada hormon antidiuretik (ADH), pada retensi atau ekskresi air
oleh

ginjal, dan kehilangan penguapan. Diabetes nefrogenik

insipidus, yang melibatkan ketidakmampuan untuk berkonsentrasi

urin atau sesuaikan dengan perubahan halus dalam cairan ekstraseluler

osmolaritas, hasil dari tidak responsifnya ginjal

osmoreseptor tubular untuk ADH.

WATER IS AN IDEAL BIOLOGIC SOLVENT

Water Molecules Form Dipoles

AIR ADALAH PELARUT BIOLOGI IDEAL

Molekul Air Membentuk Dipol

A water molecule is an irregular, slightly skewed tetrahedron with oxygen at its center (Figure 2–1). The
two
hydrogens and the unshared electrons of the remaining
two sp3-hybridized orbitals occupy the corners of the
tetrahedron. The 105-degree angle between the hydrogens differs slightly from the ideal tetrahedral angle,
109.5 degrees. Ammonia is also tetrahedral, with a 107-
degree angle between its hydrogens. Water is a dipole,
a molecule with electrical charge distributed asymmetrically about its structure. The strongly
electronegative
oxygen atom pulls electrons away from the hydrogen
nuclei, leaving them with a partial positive charge,
while its two unshared electron pairs constitute a region
of local negative charge.
Water, a strong dipole, has a high dielectric constant. As described quantitatively by Coulomb’s law,
the strength of interaction F between oppositely
charged particles is inversely proportionate to the dielectric constant ε of the surrounding medium. The
dielectric constant for a vacuum is unity; for hexane it is
1.9; for ethanol it is 24.3; and for water it is 78.5.
Water therefore greatly decreases the force of attraction
between charged and polar species relative to water-free
environments with lower dielectric constants. Its strong
dipole and high dielectric constant enable water to dissolve large quantities of charged compounds such as
salts.

Molekul air adalah tetrahedron yang tidak beraturan, sedikit miring dengan oksigen di pusatnya (Gambar
2-1). Keduanya

hidrogen dan elektron yang tidak dibagi dari yang tersisa

dua orbital sp3-hibridisasi menempati sudut

segi empat. Sudut 105 derajat antara hidrogen berbeda sedikit dari sudut tetrahedral yang ideal,

109,5 derajat. Amonia juga tetrahedral, dengan 107-

sudut derajat antara hidrogennya. Air adalah dipol,

sebuah molekul dengan muatan listrik didistribusikan secara asimetris tentang strukturnya. Sangat
elektronegatif

atom oksigen menarik elektron menjauh dari hidrogen

inti, meninggalkan mereka dengan muatan positif parsial,

sementara dua pasangan elektronnya yang tidak dibagi membentuk suatu daerah

muatan negatif lokal.

Air, dipol yang kuat, memiliki konstanta dielektrik yang tinggi. Seperti yang dijelaskan secara kuantitatif
oleh hukum Coulomb,

kekuatan interaksi F antara sebaliknya

Partikel bermuatan berbanding terbalik dengan konstanta dielektrik ε dari media sekitarnya. Konstanta
dielektrik untuk ruang hampa adalah kesatuan; untuk hexane itu

1.9; untuk etanol 24,3; dan untuk air 78,5.

Air karenanya sangat mengurangi kekuatan tarik-menarik

antara spesies bermuatan dan kutub relatif bebas air

lingkungan dengan konstanta dielektrik yang lebih rendah. Itu kuat

dipol dan konstanta dielektrik tinggi memungkinkan air untuk melarutkan sejumlah besar senyawa
bermuatan seperti

garam

Water Molecules Form Hydrogen Bonds

Molekul Air Membentuk Ikatan Hidrogen

An unshielded hydrogen nucleus covalently bound to

an electron-withdrawing oxygen or nitrogen atom can
interact with an unshared electron pair on another oxygen or nitrogen atom to form a hydrogen bond.
Since
water molecules contain both of these features, hydrogen bonding favors the self-association of water
molecules into ordered arrays (Figure 2–2). Hydrogen bonding profoundly influences the physical
properties of
water and accounts for its exceptionally high viscosity,
surface tension, and boiling point. On average, each
molecule in liquid water associates through hydrogen
bonds with 3.5 others. These bonds are both relatively
weak and transient, with a half-life of about one microsecond. Rupture of a hydrogen bond in liquid water
requires only about 4.5 kcal/mol, less than 5% of the
energy required to rupture a covalent O H bond.
Hydrogen bonding enables water to dissolve many
organic biomolecules that contain functional groups
which can participate in hydrogen bonding. The oxygen atoms of aldehydes, ketones, and amides provide
pairs of electrons that can serve as hydrogen acceptors.
Alcohols and amines can serve both as hydrogen acceptors and as donors of unshielded hydrogen atoms
for
formation of hydrogen bonds (Figure 2–3).

Inti hidrogen yang tidak terlindung secara kovalen terikat

oksigen atau atom nitrogen yang dapat menarik elektron

berinteraksi dengan pasangan elektron yang tidak dibagi pada atom oksigen atau nitrogen lain untuk
membentuk ikatan hidrogen. Sejak

molekul air mengandung kedua fitur ini, ikatan hidrogen mendukung pengikatan diri molekul air ke dalam
susunan yang teratur (Gambar 2–2). Ikatan hidrogen sangat mempengaruhi sifat fisik

air dan menyumbang viskositas yang sangat tinggi,

tegangan permukaan, dan titik didih. Rata-rata, masing-masing

molekul dalam air cair berasosiasi melalui hidrogen

obligasi dengan 3,5 lainnya. Obligasi ini keduanya relatif

lemah dan sementara, dengan waktu paruh sekitar satu mikrodetik. Pecahnya ikatan hidrogen dalam air
cair

hanya membutuhkan sekitar 4,5 kkal / mol, kurang dari 5% dari

energi yang dibutuhkan untuk memutus ikatan OHH kovalen.

Ikatan hidrogen memungkinkan air larut banyak

biomolekul organik yang mengandung gugus fungsional

yang dapat berpartisipasi dalam ikatan hidrogen. Atom oksigen dari aldehida, keton, dan amida
menyediakan

pasang elektron yang dapat berfungsi sebagai akseptor hidrogen.

Alkohol dan amina dapat berfungsi baik sebagai akseptor hidrogen maupun sebagai donor atom hidrogen
tanpa pelindung

pembentukan ikatan hidrogen (Gambar 2–3).

Figure 2–1. The water molecule has tetrahedral

INTERACTION WITH WATER INFLUENCES

THE STRUCTURE OF BIOMOLECULES

INTERAKSI DENGAN PENGARUH AIR

STRUKTUR BIOMOLEKUL

Covalent & Noncovalent Bonds Stabilize

Biologic Molecules
The covalent bond is the strongest force that holds
molecules together (Table 2–1). Noncovalent forces,
while of lesser magnitude, make significant contributions to the structure, stability, and functional
competence of macromolecules in living cells. These forces,
which can be either attractive or repulsive, involve interactions both within the biomolecule and between
it
and the water that forms the principal component of
the surrounding environment.

Obligasi Covalent & Noncovalent Menstabilkan

Molekul Biologis

Ikatan kovalen adalah kekuatan terkuat yang dimiliki

molekul bersama (Tabel 2-1). Pasukan nonkovalen,

sementara besarnya kurang, membuat kontribusi signifikan terhadap struktur, stabilitas, dan kompetensi
fungsional makromolekul dalam sel hidup. Kekuatan-kekuatan ini,

yang bisa menarik atau menjijikkan, melibatkan interaksi baik di dalam biomolekul maupun di antaranya

dan air yang membentuk komponen utama

lingkungan sekitar.

Biomolecules Fold to Position Polar &

Charged Groups on Their Surfaces

Biomolekul Lipat ke Posisi Polar &

Grup yang Dibebankan di Permukaannya

WATER IS AN EXCELLENT NUCLEOPHILE

Metabolic reactions often involve the attack by lone
pairs of electrons on electron-rich molecules termed
nucleophiles on electron-poor atoms called electrophiles. Nucleophiles and electrophiles do not
necessarily possess a formal negative or positive charge.
Water, whose two lone pairs of sp3 electrons bear a partial negative charge, is an excellent nucleophile.
Other
nucleophiles of biologic importance include the oxygen
atoms of phosphates, alcohols, and carboxylic acids; the
sulfur of thiols; the nitrogen of amines; and the imidazole ring of histidine. Common electrophiles include
the carbonyl carbons in amides, esters, aldehydes, and
ketones and the phosphorus atoms of phosphoesters.
Nucleophilic attack by water generally results in the
cleavage of the amide, glycoside, or ester bonds that
hold biopolymers together. This process is termed hydrolysis. Conversely, when monomer units are joined
together to form biopolymers such as proteins or glycogen, water is a product, as shown below for the
formation of a peptide bond between two amino acids.

AIR ADALAH NUCLEOPHILE YANG SANGAT BAIK

Reaksi metabolik sering melibatkan serangan sendirian

pasangan elektron pada molekul kaya elektron disebut

nukleofil pada atom miskin-elektron yang disebut elektrofil. Nukleofil dan elektrofil tidak harus memiliki
muatan formal atau negatif yang formal.
Air, yang memiliki dua pasangan elektron sp3 menanggung muatan negatif parsial, adalah nukleofil yang
sangat baik. Lain

nukleofil yang penting secara biologis termasuk oksigen

atom fosfat, alkohol, dan asam karboksilat; itu

belerang tiol; nitrogen amina; dan cincin imidazol histidin. Elektrofil yang umum termasuk

karbon karbonil dalam amida, ester, aldehida, dan

keton dan atom fosfor dari fosfoester.

Serangan nukleofilik oleh air umumnya menghasilkan

pembelahan ikatan amida, glikosida, atau ester itu

menyatukan biopolimer bersama. Proses ini disebut hidrolisis. Sebaliknya, ketika unit monomer
bergabung

bersama-sama untuk membentuk biopolimer seperti protein atau glikogen, air adalah produk, seperti yang
ditunjukkan di bawah ini untuk pembentukan ikatan peptida antara dua asam amino.

While hydrolysis is a thermodynamically favored reaction, the amide and phosphoester bonds of
polypeptides and oligonucleotides are stable in the aqueous environment of the cell. This seemingly
paradoxic

behavior reflects the fact that the thermodynamics governing the equilibrium of a reaction do not
determine

the rate at which it will take place. In the cell, protein

catalysts called enzymes are used to accelerate the rate

of hydrolytic reactions when needed. Proteases catalyze

the hydrolysis of proteins into their component amino

acids, while nucleases catalyze the hydrolysis of the

phosphoester bonds in DNA and RNA. Careful control

of the activities of these enzymes is required to ensure

that they act only on appropriate target molecules.

Sementara hidrolisis adalah reaksi termodinamik yang disukai, ikatan amida dan fosfoester dari
polipeptida dan oligonukleotida stabil di lingkungan berair sel. Ini sepertinya paradoks

perilaku mencerminkan fakta bahwa termodinamika yang mengatur keseimbangan reaksi tidak
menentukan

tingkat di mana itu akan terjadi. Di dalam sel, protein

Katalis yang disebut enzim digunakan untuk mempercepat laju

reaksi hidrolitik saat dibutuhkan. Protease mengkatalisasi

hidrolisis protein menjadi amino komponennya

asam, sedangkan nukleasi mengkatalisis hidrolisis

ikatan fosfoester dalam DNA dan RNA. Kontrol yang cermat

dari aktivitas enzim ini diperlukan untuk memastikan

bahwa mereka hanya bertindak pada molekul target yang tepat.

Source : Harper’s Illustrated Biochemistry, Twenty-Sixth Edition

Copyright © 2003 by The McGraw-Hill Companies, Inc. All rights reserved. Printed in the United States
of America