No.

Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA

ACARA II
KLASIFIKASI NUMERIK FENETIK PADA STRAIN KHAMIR

Nama : Adinda Ayu Chyntia Dewi

NIM : 16 / 396883 / BI / 09641

Golongan : Selasa (LAB. Anatomi Hewan)

Asisten : Suci Aulia Ratu Fajrin

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

FAKULTAS BIOLOGI

UNIVERSITAS GADJAH MADA

YOGYAKARTA

2018
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

ACARA II

KLASIFIKASI NUMERIK FENETIK PADA STRAIN KHAMIR

I. PENDAHULUAN
a. Latar Belakang
Mikroorganisme merupakan suatu organisme yang berukuran sangat kecil
dan pada umumnya tidak dapat dilihat oleh mata telanjang, sehingga untuk
mengamatinya diperlukan suatu alat bantu berupa mikroskop. Mikroorganisme
atau mikrobia memiliki cakupan yang sangat luas dan terdiri dari berbagai macam
kelompok serta jenis, sehingga diperlukanlah suatu usaha atau cara dalam
melakukan pengelompokan dan pengklasifikasiannya (Sembiring, 2003).
Salah satu jenis mikroorganisme yang sering dipelajari adalah khamir.
Khamir merupakan mikroorganisme anggota Kingdom Fungi yang bersifat
Uniseluler. Khamir bukan merupakan kelompok taksonomi yang resmi, sehingga
anggota-anggota dari khamir tersebar ke dalam filum Ascomycota, dan
Basidiomycota. Khamir juga disebut sebagai ragi, yang mempunyai peranan
penting dalam industri makanan, namun penggunaan khamir juga dapat
menyebabkan kerusakan pada makanan. Khamir dapat dimanfaatkan untuk
produksi anggur, roti, tape, dan bir. Sifat khamir secara mikroskopik maupun
makroskopik dapat digunakan sebagai dasar identifikasi dan klasifikasi.
Pengamatan pada spora khamir dilakukan secara mikroskopik, sedangkan
karakterisasi secara makroskopik dapat berupa pengamatan karakter fisiologis
seperti hasil hidrolisis amilum (Waluyo, 2005).

Untuk mengetahui jenis mikrobia (Khamir) diperlukan suatu ilmu khusus

yang mempelajari keanekaragaman mikroba dan hubungan antar sesamanya, baik
hubungan yang bersifat kemiripan (fenetik) maupun yang bersifat kekerabatan
(filogenetis) atau yang biasa disebut dengan Sistematika Mikrobia. Cakupan
kajian dalam sistematika meliputi klasifikasi, tata nama, dan identifikasi.
Klasifikasi merupakan suatu alat untuk mengelompokkan organisme ke dalam
suatu kelompok (takson) berdasarkan hubungan kemiripan ataupun kekerabatan.
Klasifikasi biologis merupakan salah satu prosedur ilmiah yang dapat digunakan
untuk mengelompokkan mikrorganisme ke dalam kelompok atau sub kelompok
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

yang hierarki berdasarkan kesamaan dan perbedaan organisme tersebut (Expert,

2017).
Mengingat pentingnya tekink klasifikasi mikrobia maka diperlukan suatu
penelitian untuk melakukan klasifikasi berdasarkan metode klasifikasi numeric
fenetik pada strain khamir.

b. Tujuan
Praktikum kali ini bertujuan untuk mengetahui kemiripan 6 strain khamir
berdasarkan klasifikasi numerik fenetik, dan untuk mengetahui perbandingan
dendogram hasil klasifikasi dengan menggunakan indeks similaritas Simple
matching coefficient (Ssm) dan Jaccard Coefficient (Sj) serta untuk mengetahui
koefisien korelasi metode Simple matching coefficient (Ssm) dan Jaccard
Coefficient (Sj).

II. METODE
a. Alat dan Bahan
Dalam praktikum kali ini dibutuhkan beberapa alat dalam pelaksanaannya,
antara lain tabung reaksi, cawan petri, pipet tetes, tabel OTU, dan gambar
morfologi koloni spora serta sel khamir strain A,B,C,D,E,F.
Selain alat dibutuhkan beberapa bahan dalam praktikum antara lain starain
khamir A,B,C,D,E,F yang telah dibiakkan pada berbagai media kultur (agar
miring, medium YMA plate, wickerham medium, dan irisan wortel)
b. Cara Kerja
Karakterisasi khamir Strain A, Strain B, Strain C, Strain D, Strain E, dan
Strain F dilakukan secara fenotipik dengan cara membandingkan karakter yang
tampak antara lain karakter fisiologi, pengamatan morfologi sel dan spora, serta
pengamatan morfologi koloni strain khamir.
Berikutnya dilakukan uji morfologi sel khamir dengan mengamati foto
preparat yang ditampilkan pada layar monitor, kemudian ditentukan bentuk sel,
tipe pertunasan, dan bentuk spora yang tampak pada gambar tersebut. Pada
medium YMEA miring diamati Morfologi koloni dan warna koloni yang tumbuh
pada medium tersebut, selanjutnya pada medium YMEA plate diamati morfologi
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

koloni yang terdiri atas bentuk pertumbuhan, bentuk tepi, profil pertumbuhan, dan
permukaan koloni.
Pada karakter fisiologi dilakukan uji fermentasi karbohidrat, strain khamir
dikultur pada medium whickerham cair lalu diamati adanya gas maupun
perubahan warna pada medium tersebut. Berikutnya dilihat ada tidaknya endapan
dan lapisan yang terbentuk pada medium cair tersebut. Strain khamir
ditumbuhkan pada media wortel kemudian diamati ketebalan pertumbuhannya.
Selanjutnya strain bakteri yang telah diisolasi pada medium YMEA di inkubasi
pada suhu 00C dan 370C kemudian diamati apakah srain khamir dapat tumbuh
pada kondisi tersebut atau tidak. Terakhir produksi ester, strain kamir diinokulasi
pada medium YME agar miring secara goresan lalu diinkubasi .selama tiga hari,
setelah tiga hari diamati perubahan medium jika berbau harum maka bateri
mampu menghasilkan ester
Karakter yang telah diketahui sebelumnya kemudian dicatat dan ditata
pada tabel nxt. Data yang diperoleh kemudian digunakan untuk menghitung nilai
indeks similaritas dengan dua cara yaitu Simple Maching Coeficient (Ssm) dan
Jaccard Coeficient (Sj), yang kemudian dibuat menjadi sebuah matriks
similaritas. Matrik similaritas yang didapatkan kemudian akan digunakan sebagai
dasar mengkonstruksi dendogram. Berikut rumus untuk mencari nilai similaritas
dari metode simple matching coefficient (Ssm) dan Jaccard coefficient (Sj) yang
masing masingnya memiliki rumus sebagai berikut :

(Dunn & Everitt, 2012)

keterangan :
a : jumlah karakter yang bernilai positif (+) pada kedua strain
b: jumlah karakter yang bernilai (+)pada strain pertama dan (-) pada strain
kedua
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

c : jumlah karakter yang bernilai (-) pada strain pertama dan (+) pada
strain kedua
d : jumlah karakter yang bernilai negatif (-) pada kedua strain.

Dendogram merupakan penyajian hasil analisis pengklasteran , dimana

hasil dari penggabungan strain membentuk garis yang saling dihubungkan dan
ditentukan jumlah spesies dari strain yang digunakan dengan cara menarik garis
pada tingkat kemiripan 70%, dimana strain yang berada diatas tingkat kemiripan
70% akan dianggap satu spesies berdasarkan karakter fenetiknya.

Tabel korelasi-kofenetik kemudian dicari dan digunakan untuk

mengevaluasi hasil yang diperoleh dari tingkat kemiripan dendogram (Y)
dibandingakn dengan matrik indeks similaritas (X) apakah dapat diterima atau
telah sesuai. Berikut rumus untuk mencari koefisien korelasi nilai similaritas
dibandingkan dengan similaritas dendogram:

(Dunn & Everitt, 2012)

Keterangan:
r : Koefisien-korelasi
X : Nilai dari matriks indeks similaritas
Y : Tingkat kemiripan yang didapat dari dendogram.
(Nilai r yang diperoleh diterima bila lebih besar atau sama dengan 60%.)

III. HASIL
Setelah dilakukan langkah-langkah sesuai dengan prosedur kerja, maka
diperoleh hasil berupa matriks n x t, matriks indeks similaritas Simple matching
coefficient dan Jaccard coefficient, clustering analysis Simple matching
coefficient dan Jaccard coefficient , dendogram, matriks turunan Simple matching
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

coefficient dan Jaccard coefficient, dan korelasi kofenetik (r) dari Simple
matching coefficient dan Jaccard coefficient.
a. Tabel 1. Matriks n x t.

IV. KARAKTER STRAIN (OTU)

A B C D E F

Morfologi Koloni AGAR MIRING

Bentuk Pertumbuhan

Echinulate + - - - - -

Filiform - + + - - +

Bedded - - - + - -

Efuse - - - - + -

Warna

Putih - + - + - -

Creme + - + - + +

Morfologi Koloni MEDIUM PLATE

Bentuk Pertumbuhan

Circuler + - - + + +

Irreguler - + + - - -

Bentuk Tepi

Entire + - - + + +

Lobate - + + - - -

Profile

Smooth + - - - + -

Flat Extended - + + + - +

Permukaan Koloni

Radial Striation - - - - - +

Radial Valley - - + - + -

Central Striation + + - + - -

Morfologi Sel

Bentuk Sel
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

Oval + - - - + -

Silindris - + + - - -

Lemon-Shape - - - + - -

Spherical - - - - - +

Tipe Pertunasan

Monopolar + - - + + -

Multilateral - + - - - -

Bipolar - - + - - -

Random - - - - - +

Morfologi Spora

Bentuk Spora

Ovoidal + + + + - -

Spheroidal - - - - + +

Karakter Fisiologi Whickerham Medium

Uji Fermentasi

Perubahan Warna + - + + - +

Adanya Gas + - + + + -

Kekeruhan + - + + - +

Medium Cair

Endapan + - + + + +

Lapisan - - - - - +

Pertumbuhan Irisan Wortel

Tebal + - - - + -

Tipis - - - + - -

Sedang - + + - - +

Pertumbuhan dalam
Berbagai Suhu

0 OC - - + - - -

37 oC + + + + + -

Produksi ester - - + + + +
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

b. Matriks Indeks Similaritas Simple matching coefficient dan Jaccard

coefficient
1. Tabel 2. Simple Matching Coefficient

 Ssm A B C D E F
A            
B 66,67%          
C 69,44% 58,33%        
D 75,00% 61,11% 58,33%      
E 83,33% 52,78% 36,11% 44,44%    
F 63,89% 50,00% 41,67% 55,55% 55,55%  

2. Tabel 3. Jaccard Coefficient

 Sj A B C D E F
A            
B 14,29%          
C 31,25% 28,57%        
D 35,71% 30,00% 34,78%      
E 53,85% 26,09% 17,86% 23,08%    
F 23,53% 18,18% 19,23% 30,43% 33,33%  

c. Clustering Analysis Simple matching coefficient dan Jaccard Coefficient

1. Tabel 4. Clustering Analysis Simple matching coefficient

 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

2. Tabel 5. Clustering Analysis Jaccard Coefficient

d. Dendogram Simple matching coefficient dan Jaccard Coefficient

 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

Gambar 1. Dendogram Simple matching coefficient

Gambar 2. Dendogram Jaccard Coefficient

e. Matriks Turunan Ssm dan Sj
1. Tabel 6. Matriks Turunan Ssm

2. Tabel 7. Matriks Turunan Sj

 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

f. Koefisien korelasi Ssm dan Sj

Tabel 8. Perhitungan nilai R Ssm

Tabel 8. Perhitungan nilai R Sj

 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

Didapatkan nilai koefisien korelasi dengan menggunakan metode Ssm

dan Sj sebagai berikut:
 r (koefisien korelasi) Ssm = 66,29 % (diterima)
 r (koefisien korelasi) Sj = 69,48 % (diterima)
(Nilai koefisien korelasi diterima bila bernilai ≥60%)

IV. PEMBAHASAN
Praktikum kali ini bertujuan untuk mengetahui kemiripan 6 strain khamir
berdasarkan klasifikasi numerik fenetik, dan untuk mengetahui perbandingan
dendogram hasil klasifikasi dengan menggunakan indeks similaritas Simple
matching coefficient (Ssm) dan Jaccard Coefficient (Sj) serta untuk mengetahui
koefisien korelasi metode Simple matching coefficient (Ssm) dan Jaccard
Coefficient (Sj).
Pada praktikum kali ini klasifikasi terhadap khamir digunakan klasifikasi
numerik fenetik. Taksonomi numerik (numerical taxonomy), adalah taksonomi
yang dikelompokkan berdasarkan pada informasi sifat suatu organisme yang
dikonversikan ke dalam bentuk yang sesuai untuk analisis numerik dan
dibandingkan menggunakan komputer, ada atau tidaknya sekurang kurangnya 50
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

(sebaiknya beberapa ratus) karakater yang dapat dibandingkan, karakter tersebut di

antaranya adalah karakter morfologi, biokimiawi, dan fisiologi (Pelczar et al., 2010)
Klasifikasi numerik fenetik memiliki prosedur yang sangat berbeda
dengan klasifikasi yang berlaku pada umumnya, karena klasfikiasi numerik
fenetik hanya menitik beratkan pada karakter morfologi, sifat perilaku organisme
maupun karakter atau proses biokimiawi organisme tersebut. Namun prosedur
klasifikasi numerik fenetik sangat signifikan bila digunakan untuk klasifikasi
mikroorganisme, terutama bakteri. Tujuan dari klasifikasi ini yaitu untuk
memperoleh suatu klasifikasi yang bersifat lebih teliti, reproducible, dan padat
informasi, sehingga dapat dikatakan bahwa taksonomi numerik merupakan cara
sistem klasifikasi terbaik, serta untuk mengetahui kemiripan sifat antar strain
mikroorganisme yang sedang diteliti berdasarkan karakter fenetiknya (morfologi
sel, morfologi koloni, biokimiawi) (Priest & Goodfellow, 2012).
Dalam klasifikasi numeric fenetik biasanya digunakan suatu metode untuk
mengetahui nilai similaritas antar strain mikrobia (OTU). Metode yang sering
digunakan yaitu metode Simple Matching Coeficient (Ssm) dan Jaccard
Coeficient (Sj). Simple Matching Coefficient merupakan metode untuk mencari
nilai similaritas dari OTU berdasarkan perbandingan jumlah sifat sama terhadap
total sifat yang dimiliki, sedangkan Jaccard Coeffiecient merupakan metode untuk
mencari nilai similaritas antar OTU dengan menggunakan perbandingan jumlah
karakter positif pada kedua strain terhadap total karakter yang dikurangi dengan
karakter negatif di kedua strain (Priest & Austin, 2009).
Pada metode Sj memiliki kelebihan yaitu data yang dihasilkan lebih akurat,
dibandingkan data Ssm karena tidak menggunakan sifat yang sama-sama tidak
dimiliki bakteri, sehingga perhitungan similaritas hanya didasarkan sifat yang
sama sama dimiliki, atau sifat yang dimiliki salah satu strain namun tidak dimiliki
strain lain, akan tetapi Metode Sj ini memiliki cara perhitungan yang lebih rumit
dibandingkan dengan menggunakan metode Ssm (Dunn & Everitt, 2012).
Berdasarkan hasil pengamatan morfologi koloni khamir didapatkan hasil
morfologi koloni pada medium YME agar miring Strain A berbentuk echinulate,
Strain B,C dan F berbentuk filiform, Strain D berbentuk bedded, dan Strain E
berbentuk effuse. Warna koloni pada strain A,C,E,F berwarna cream, sedangkan
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

Strain B,D berwarna putih. Selanjutnya diamati morfologi koloni pada media
YME plate didapatkan hasil pada strain A,D,E,F memiliki bentuk pertumbuhan
circuler, sedangkan pada strain B dan C berbentuk irregular.Bentuk tepi koloni
khamir Strain A,D,E,F Entire, sedangkan pada strain B dan C lobate. Profil
Koloni khamir pada strain A dan D Smooth, sedangkan pada strain B,C,D,E flat
extended. Permukaan koloni pada strain A,B,D adalah central striation, strain C
dan D radial valley, dan pada strain F radial striation.
Berdasarkan pengamatan terhadap morfologi sel khamir diperoleh hasil
pengamatan terhadap bentuk sel khamir pada strain A dan E berbentuk oval, strain
B dan C berbentuk silindris, strain D berbentuk lemon-shape, terakhir strain F
berbentuk spherical. Pada pengamatan tipe pertunasan pada sel khamir diperoleh
hasil strain A,D,E bertipe monopolar, strain B bertipe multilateral, strain C bertipe
bipolar dan strain F bertipe random. Berdasarkan pengamatan morfologi spora
diperoleh bentuk spora pada Strain A,B,C,D diperoleh bentuk ovoidal, sedangkan
pada Strain E dan F berbentuk spheroidal.
Berdasarkan hasil clustering didapatkan dua hasil yaitu, pertama
menggunakan metode Ssm dan kedua menggunakan metode Sj. Pada proses
Clustering menggunakan metode Ssm didapatkan merupakan satu spesies yang
sama (>70% merupakan satu spesies). Kemudian dilanjutkan dengan Selanjutnya
hasil clustering menggunakan metode Sj ke-6 Strain memiliki kemiripan sifat
tertinggi pada taraf 23,9%. Selanjutnya pada taraf 29,62% Strain C mulai lepas
dan memiliki karakter yang berbeda dari ke-5 starin yang lainnya. Berikutnya
strain bakteri terbagi menjadi tiga kelompok yang berbeda pada taraf 30% dimana
terbentuk kelompok 1 yaitu strain C, kelompok 2 yaitu strain (B,D) (E,A) dan
kelompok 3 merupakan strain F. Pada taraf 40% Strain (B,D) berpisah dengan
strain (E,A) dan terbentuklah 4 kelompok strain yang berbeda. Dan terbentuk 5
strain pada tingkat 50% hingga 46,67% dimana strain (B,D) berpisah karena
karakter keduanya telah berbeda pada taraf ini. Seluruh karakter strain dikatakan
sangat berbeda pada taraf similaritas 60% dimana strain (E,A) masih memiliki
kemiripan atau dianggap dalam satu kelompok pada taraf 51,43%.
Berdasarkan hasil dari perhitungan koefisien korelasi (r) didapatkan bahwa
pada metode Ssm memiliki nilai r (koefisien korelasi) 87,80 % dan pada metode
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman

Sj nilai r (koefisien korelasi) 82,98 %. Hal ini menandakan bahwa kedua nilai
koefisien korelasi diterima karena, bernilai ≥60%. Diterima maksudnya adalah
dapat dipercaya atau dipertanggung jawabkan kebenarannya atau data bersifat
valid walaupun karakter yang didapat kurang dari 50 karakter. Hal ini
menunjukkan bahwa hasil perhitungan dengan metode Ssm tingkat validasi
datanya lebih tinggi dibandingkan dengan metode Sj.

V. Kesimpulan
Berdasarkan hasil dan pembahasan didapatkan kesimpulan yang
menjawab dari tujuan penelitian yaitu bahwa berdasarkan hasil dendogram yang
didapat dengan metode Ssm menunjukkan adanya 5 spesies berbeda dimana E
dan F merupakan satu spesies yang sama, sedangkan dengan Sj menunjukkan
adanya 6 spesies yang berbeda. Koefisien korelasi Ssm (r) bernilai 87,80%
sedangkan koefisien korelasi (r) Sj adalah 82,98%. Hasil koefisien korelasi
menunjukkan bahwa metode Sj lebih rendah keakuratan datanya dibandingkan
metode Ssm.

VI. Daftar Pustaka

Dunn, G., & Everitt, B. S. 2012. An introduction to mathematical taxonomy.

Courier Corporation. USA. pp. 27-28.
Dwijoseputro,D. 2005. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Jakarta :Djambatan. Hal 20-21
Expert,D.2017. The General Science Compendium for IAS Prelims General
Studies CSAT. Disha Publications. USA. pp.C-2
Pelczar J. Michaeal, Jr. E.C.S Chan. 2010. Dasar-dasar Mikrobiologi.  UI Press.
Jakarta. Hal 45-46
Priest, F & B. Austin. 2009 . Modern Bacterial Taxonomy Second Edition.
Champman dan Hall. London. Page 54-55
Priest, F., & Goodfellow, M. 2012. Applied microbial systematics. Springer
Science & Business Media. Netherlands. pp. 5
Sembiring, L. 2003. Petunjuk Praktikum Sistematik mikrobia. Laboratorium
Mikrobiologi, UGM, Yogyakarta
Waluyo. 2008. Teknik Dan Metode Dasar Dalam Mikrobiologi. Malang : UMM
Press
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-xx
BORANG Berlaku sejak 1 Jul 2010
LAPORAN PRAKTIKUM Revisi 1
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman