Nama : Muhammad Luthfi

Kelas : D3-2B

Nim : P17334120046

LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

ISOLASI DNA METODE BOILING
1. Hari, tanggal : Rabu, 18 Agustus 2021
2. Jenis : Isolasi DNA metode Boiling
3. Metode : Metode Boilling
4. Tujuan : Untuk mengisolasi suatu DNA pada sampel
5. Prinsip :
Melakukan ektraksi DNA pemanasan tinggi, untuk mendapatkan DNA dari sel bakteri E-
Coli. Melisiskan selselnya, mengondisikan yang ada itu Dna atau RNA, dan proses pemurnian.
6. Dasar Teori :
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk
mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA terdapat
pada nukleus, mitokondria, dan kloroplas. Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus
berbentuk linier dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA
mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon.
Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada (ekstrasi atau
lisis), biasanya dilakukan dengan homogenasi dan penambahan buffer ekstraksi atau
buffer lisi untuk mencegah DNA rusak. Isolasi DNA juga berfungsi sebagai media
pembelajaran genetik, dapat mengetahui kelainan genetik yang di derita, dapat
mengetahui agen penyebab penyakit infeksi, dan lain-lain.
Ada dua hal yang terlibat dalam pemurnian DNA, yaitu isolasi DNA rekombinan
seperti plasmid atau bakteriofag dan isolasi DNA kromosom atau genom dari organisme
prokariotik atau eukariotik. Agar pemurnian asam nukleat ini berhasil ada empat langkah
penting yang harus diperhatikan, yaitu efektif dari gangguan sel atau jaringan; denaturasi
kompleks nukleoprotein; inaktivasi nuklease, misalnya RNAse untuk ekstraksi RNA atau
DNAse untuk ekstraksi DNA; bebas dari kontaminasi biologi dan kimiawi. Asam nukleat
yang akan diisolasi harus terbebas dari kontaminan termasuk protein, karbohidrat, lipid
atau misalnya asam nukleat lain, misalnya DNA bebas dari RNA atau sebaliknya.
 Pada isolasi DNA metode boiling, suhu tinggi setelah proses pelisisan sel akan
mendenaturasi protein dan DNA, namun tidak sanggup memisahkan kedua untai DNA
pada struktur dobel heliks sirkular plasmid. Metode boiling merupakan salah satu metode
ekstraksi DNA sederhana dengan memberikan gangguan fisik terhadap sel bakteri berupa
pemanasan dengan suhu tinggi (95-100°C).
Pemanasan dengan suhu tinggi dapat meningkatkan permeabilitas dinding sel
sehingga mengakibatkan masuknya cairan dan molekul di sekitar sel dan keluarnya
materi materi dari dalam sel. Kemudian DNA dipisahkan untuk selanjutnya digunakan
sebagai DNA dalam cetakan proses PCR.
Fungsi dari isolasi DNA metode boiling yaitu, visualisasi DNA dengan
elektroforesis gel, isolasi DNA genomik dalam rangka pembuatan pustaka genomik,
isolasi plasmid atau DNA fage dalam prosedir rutin peminakan DNA, untuk isolasi DNA
yang diperlukan sebagai cetakan (template) dalam prosedur perbanyakan DNA secara in
vitro melalui teknik PCR.
7. Alat dan bahan :
 Mikrosentrifuge
 Hot Plate
 Freezer
 Oven
 Vortex
 Mikro pipet
 Microtube 1,5 mL
8. Prosedur :
 Ambil sebanyak 250 μL sampel, masukan kedalam microtube 1,5 mL.
 Sentrifuge 3000 rpm selama 5 menit, buang supernatant.
 Tambahkan 50 μL TAE Buffer 1 kali.
 Tambahkan 1 μL Proteinase K (10 mg/m L).
 Bekukan 15 menit pada -80°C agar jaringan sel rusak.
 anaskan selama 15 menit pada 60°C dan didikan selama 15 menit pada 95°C.
  Simpan suspense DNA yang terbentuk pada -20°C atau dpat digunakan langsung untuk
amplifikasi.
Kelebihan dan Kekurangan :
a. Kelebihan
 Prosesnya mudah
 Cepat
 Murah
 Ramah lingkungan

b. kekurangan
 Konsentrasi lebih rendah
 Kemurniaan lebih rendah

Kesimpulan :
Pada praktikum kali ini yaitu mengenai isolasi DNA dengan metode boiling. Isolasi DNA
bakteri ini merupakan pemisahan molekul DNA dari sel bakteri. Isolasi yang dilakukan pada
praktikum ini menggunakan metode boiling. Metode boiling yaitu metode ekstraksi DNA
sederhana dengan memberikan gangguan fisik terhadap sel bakteri dengan pemanasan suhu
tinggi (95-100°C). Pemanasan dengan suhu tinggi dapat meningkatkan permeabilitas dinding sel
hingga sehingga mengakibatkan masuknya cairan dan molekul disekitar sel dan keluarnya
materi-materi dari dalam sel. Kemudian DNA dipisahkan untuk selanjutnya digunakan sebagai
DNA dalam cetakan proses PCR
Tanda tangan praktikkan

Muhammad Luthfi
 LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER
ISOLASI RNA METODE TRIZOL

Hari, tanggal : Rabu, 18 Agustus 2021

Jenis : Isolasi RNA metode Trizol
Metode : Metode Trizol
Tujuan : Mengisolasi RNA
Prinsip : Ekstraksi RNA dengan penambahan reagen trizol yang akan memisahkan RNA dari
komponen – komponen nya.
Dasar Teori :
Asam ribonukleat atau RNA amerupakan asam nukleat beruntai tunggal yang tersusun
atas monomer-monomer nukleotida dengan gula ribosa. RNA merupakan polimer yang disebut
polinukleotida. Setiap polinukleotida tersusun atas monomer-monomer yang disebut nukleotida.
Setiap nukleotida tersusun atas tiga bagian, yaitu basa nitrogen, gula pentosa, dan gugus fosfat.
Basa nitrogen pada RNA terdiri dari adenin, guanin, sitosin, dan urasil. Urutan basa-basa
nitrogen tersebut dapat mengkode informasi genetik. RNA digunakan dalam semua langkah
sintesis protein di semua sel hidup dan membawa informasi genetik untuk banyak virus.
 Isolasi RNA dengan kualitas tinggi adalah langkah penting yang diperlukan untuk
melakukan berbagai eksperimen biologi molekuler. TRIzol Reagen adalah reagen siap pakai
yang digunakan untuk isolasi RNA dari sel dan jaringan. TRIzol bekerja dengan menjaga
integritas RNA selama homogenisasi jaringan, sementara pada saat yang sama mengganggu dan
memecah sel dan komponen sel. Penambahan kloroform, setelah sentrifugasi, memisahkan
larutan menjadi fase berair dan organik. RNA hanya tersisa dalam fase air.
Setelah mentransfer fase berair, RNA dapat diperoleh kembali dengan presipitasi dengan
isopropil alkohol. Tetapi DNA dan protein dapat pulih dengan pemisahan berurutan setelah
penghilangan fase berair. Pengendapan dengan etanol membutuhkan DNA dari interfase, dan
presipitasi tambahan dengan isopropil alkohol membutuhkan protein dari fase organik. Total
RNA yang diekstraksi oleh TRIzol Reagent bebas dari kontaminasi protein dan DNA. RNA ini
dapat digunakan dalam analisis Northern blot dan lain-lain.
Alat dan bahan :
 Microtube 1,5 mL
 Mikropipet 50 μL, 200 μL, 500 μL, 1000 μL dengan tips yang sesuai
 Mikrosentrifuse
 Sampel (suspense sel kultur yang telah ditanami virus)
 Ethanol 75%
 Kloroform
 Isopropanol
 RNAse Free Water

Prosedur :
 Campurkan kedalam mikrotube 1,5 mL Trizol dan 250 μL suspense sampel, kocok dan
inkubasi 5 menit pada suhu kamar.
 Tambahkan 200 μL Kloroform, kocok dan inkubasi pada suhu kamar 10-15 menit.
 Sentrifuse 13.000 rpm selama 15 menit pada 2-8°C.
 Pindahkan cairan bening berisi RNA kedalam tabung 1,5 μL yang baru.
  Tambahkan 500 μL Isopropanol, kocok dan inkubasi pada suhu kamar selama 10 menit.
 Sentrifuse 13.000 rpm selama 10 menit pada 4°C Presipitasi RNA akan membentuk
pellet seperti gel pada dasar tabung.
 Buang supermatan secara hati hati dengan menggunakan mikropipet.
 Cuci pellet dengan menambahkan 1 mL etanol 75% dingin.
 Sentrifuse 13.000 rpm selama 15 menit pada 2-8°C.
 Buang supermatan secara hati hati dengan menggunakan mikropipet.
 Keringkan pellet di udara hingga tidak ada residu etanol.
 Larutkan RNA dalam 10-100 μL RNAse Free Water (Depc Water).
Kelebihan dan Kekurangan :
a. Kelebihan
 Hemat biaya

b. kekurangan
 Waktu yang digunakan cukup lama

Kesimpulan :
Isolasi merupakan prosedur yang digunakan untuk memisahkan suatu bagian dari bagian
lain dengan tujuan tertentu. Tujuan isolasi RNA digunakan untuk memisahkan RNA dari zat lain
sehingga dihasilkan RNA murni. Guanidin tiosianat (Trizol) adalah salah satu senyawa yang
paling efektif dalam mendenaturasi protein dan mampu menginaktivikasi RNase selama proses
ektraksi
Tanda tangan praktikkan

Muhammad Luthfi