Nama : Kurnia Cahyati

Bp : 1910611077
Matkul : Bioteknologi Ternak
Paralel : 03
Dosen : Dr. Jaswandi, MS

1. Penggunaan kemajuan dalam bioteknologi molekuler terhadap peternakan

a.Inseminasi Buatan
Dikenal dengan nama kawin suntik, suatu teknik untuk memasukkan sperma yang telah dicairkan
dan diproses terlebih dahulu yang berasal dari ternak jantan ke dalam saluran alat kelamin betina
dengan menggunakan metode dan alat khusus.
b. Transfer Embrio
Apabila kawin suntik memfokuskan pada sperma jantan, maka transfer embrio tidak hanya potensi
dari jantan saja yang dioptimalkan, melainkan potensi betina berkualitas unggul juga dapat
dimanfaatkan secara optimal. Teknik TE ini, betina unggul tidak perlu bunting tetapi hanya
berfungsi menghasilkan embrio yang untuk selanjutnya bisa ditransfer pada induk titipan dengan
kualitas yang tidak perlu bagus tetapi memiliki kemampuan untuk bunting. Embrio yang didapat
dapat langsung di transfer ke dalam sapi resipien atau dibekukan untuk disimpan dan di transfer
pada waktu lain.

2. DNA terutama terdapat di inti sel dan sejumlah kecil diluar inti seperti mitokondria dan
khloroplas (tumbuhan)
Pada inti sel, DNA membentuk untaian polinukleotida yang dikenal sebagai kromosom. DNA
menyusun 30-60% struktur kromosom yang dibungkus oleh protein-protein struktural yaitu
histon.

3. Struktur kimia DNA terdiri :

1. Senyawa gula yang mengandung lima buah unsur carbon (pentosa) membentuk struktur
Deoksiribosa
2. Senyawa Phosphat
 3. Basa organik : Adenin , Purin,Guanin,Cytosin,Pirimidin, Tymin
Struktur kimia RNA
Di dalam tubuh, RNA biasanya ditemukan dalam nukleolus dan sitoplasma. Pada RNA,
ribosa berperan sebagai gula pentosa, sementara urasi sebagai pengganti timin. Bentuk RNA
berupa untai tunggal atau single-stranded. RNA juga memiliki peran dalam sintesis protein.
Perbedaan struktur kimia DNA dan RNA
1. Dari namanya saja, DNA merupakan gula deoksiribosa, sementara RNA adalah gula
ribosa. Struktur DNA berupa dua untai komplementer antiparalel satu sama alin, sementara
RNA hanya memiliki satu untai.
2. Basa nitrogen yang terdapat pada DNA adalah adenin, guanin, sitosin, dan timin. Pada
RNA, basa nitrogennya berupa adenin, guanin, sitosin, dan urasil.
3. DNA tidak memiliki struktur sekunder, sementara RNA dapat membentuk struktur
sekunder.
4.DNA juga tidak katalik dan bersifat stabil. Kebalikannya, RNA bersifat katalik dan sangat
reaktif.
Perbedaan antara DNA dan Gen
DNA
Molekul DNA (deoxyribose nucleic acid, asam deuksiribo nukleat) adalah struktur berbentu
heliks ganda di dalam kromosom.
DNA membawa kode genetik atau gen yang menentukan karakteristik makhluk hidup.Selain
pada orang kembar identik, DNA masing-masing orang unik. Inilah sebabnya mengapa
orang dapat diidentifikasi menggunakan DNA.
Gen,
Gen adalah bagian DNA yang membawa informasi tentang sifat tertentu, misalnya warna
kulit, golongan darah dan lainya. Setiap gen menentukan sifat makhluk hidup dengan
mengkodekan pembuatan protein tertentu dengan menentukan bagaimana urutan asam
amino harus digabungkan.

4. Isolasi DNA adalah upaya untuk membebaskan materi genetik dari dinding sel dan ikatan
protein histon yang terutama sekali terletak dalamsel dengan mengupayakantingkat kerusakan
mekanis/fisik seminimal mungkin.
Perlunya Isolasi DNA : karena bakteri menghasilkan enzim restriksi untuk memotong dan
menghancurkan DNA virus yang menginfeksinya.

5. Elektroforesis adalah pemisahan molekul molekul menggunakan medan listrik berdasarkan

ukurannya.
Faktor yang mempengaruhi kerja elektroforesis
a.Sampel
Sampel yang akan dipisahkan sangat memungkinkan memberi pengaruh lajuperpindahan ditinjau
dari muatan, ukuran, dan bentuk molekul. Jumlah muatan totalakan berbanding lurus dengan laju
perpindahan, konsentrasi muatan yang bermigrasitergantung pada pH. Untuk ukuran molekul
apabila yang diperoleh lebih besarmenyebabkan perpindahan molekul menurun dan membutuhkan
energi perpindahanyang cukup besar dibandingkan dengan bentuk molekul yangberbeda dengan
ukuranyang sama.
b.LarutanBuffer
Larutanbufferberfungsi untuk mempertahankan pH di dalam medium pemisah, danberfungsi
sebagai media penyedia elektrolit pada proses pergerakan aliran listrik.Larutan buffer harus
memiliki interkasi dengan molekul yang dipisahkan, dan pH yangdigunakan menjadi perhatian
sehingga kumpulan molekul dapat dipisahkan satu samalain tetapi tidak mengalami perubahan
struktur. Larutan penyangga harus dipilih dengancermat, keterkaitan ionbufferdalam berinteraksi
dengan senyawa yang diteliti, pHdipilih berdasarkan jenis campuran yang akan dipisahkan.
Umumnya pemisahan dapatdicapai pada titik isolistrik (yaitu titik ketika pH suatu makromolekul
bermuatan nolakibat bertambahnya atau kehilangan muatan), salah satu senyawa yang dipilih.

6. PCR merupakan suatu reaksi in vitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target
tertentu dengan cara mensintesis molekul DNA baru yang komplemen dengan molekul target
dengan bantuan enzim dan oligopeptida sebagai primer dalam thermocycler. Panjang DNA target
berkisar puluhan- ribuan yang dibatasi oleh primer. Primer diawal DNA target disebut forward
dan bagian ujung disebut Reverse.Enzim yang digunakan untuk mencetak rangkaian molekul
DNA baru disebut enzim polimerase.
Prinsip/tahap kerja PCR
Denaturasi.
Pada temp 94 - 95 0C molekul DNA untai ganda (DNA template) mengalami denaturasi
membentuk dua untai tunggal. Bila DNA target banyak mengan dung basa GC, temperatur
denaturasi dapat dinaikan. Waktu denaturasi berlangsung beberapa menit. Denaturasi tidak
menyebabkan renaturasi (unatai gandan terbentuk lagi. Sedangkan waktu denaturasi terlalu lama
dapat mengurangi aktifitas ensim polimerase.
Penempelan Primer (Annealing).
Terciptanya untaian tunggal setelah denaturasi memfasilitasi penempelan primer pada DNA
template. Pada temperatur 50 – 60 0C, primer forward akan menempel pada posisi komplemennya
dari untaian DNA tunggal, dan primer reverse akan menempel pada untai lainnya.
Suhu annealing bisa diperkirakan berdasar kan rumus titik didih primer :
Tm : (G+C) x 4 0C + (A+T) x 20C.
Penempelan Primer (Annealing).
Bila primer adalah : CATAAGTCTGATACTTGCTG
Jumlah C = 4, G= 4, A= 5 dan T= 7
Tm adalah = (4+4) x 4 + (5+7) x2 = 56 0C
Suhu annealing diperkirakan 54-58 0C
Suhu anealing tinggi kemungkinan primer tidak menempel pada DNA template sehingga tidak tdk
ada DNA baru
Suhu anealing yang rendah kemungkinan akan terjadi ikatan non spesifik, sehingga terbentuk
produk yang tidak diharapkan.

7. Di dalam proses PCR, primer berfungsi sebagai pembatas fragmen DNA target yang akan
diamplifikasi dan sekaligus menyediakan gugus hidroksi (-OH) pada ujung 3' yang diperlukan
untuk proses eksistensi DNA.
Kriteria Primer yang baik
Primer sebaiknya berukuran 18-25 basa ada yang merekomendasikan 15-35 basa.
Tm primer forward dan reverse hampir sama
Sekuen kedua primer tidak saling berkomplemen
Tidak membentuk struktur sekunder dengan pasangannya.
Mengandung 50-60 % basa G dan C.
Untuk mendesign primer sekarang sudah banyak tersedia sofware diantaranya. Primer Tree, Oligos
3.0
8. Suhu annealing dapat diperkirakan dengan rumus titik didih primer dimana nantinya suhu
annealing tidak boleh tinggi kemungkinan primer tidak menempel pada DNA template sehingga
tidak ada DNA baru sedangkan jika terlalu rendah kemungkinan akan terjadi ikatan non spesifik,
sehingga terbentuk produk baru yang tidak diharapkan.
Temperatur titik didih :
Jumlah c = 7, a = 6, g =3, t =4
TM = (G+C) x 4 0C + (A+T) x 2 0C
TM =(3+7) x 4 (6+4) x 2 =60
Suhu annealing : 68-62 0C

9. Untuk memotong dan menghancurkan DNA virus yang menginveksi suatu bakteri. Enzim
tersebut mengenal dan memotong DNA pada sekuen spesifik yang panjangnya 4 sampai 6 pasang
basa nitrogen.
Salah satu contoh enzim restriksi ini adalah enzim EcoRI yang telah diisolasi pertama kali oleh
Herbert Boyer pada tahun 1969 dari bakteri Escherichia coli. Enzim EcoRI memotong DNA pada
bagian yang urutan basanya adalah GAATTC (sekuens pengenal bagi EcoRI adalah GAATTC).
Di dalam sekuens pengenal tersebut, enzim EcoRI memotongnya tidak pada sembarang situs tetapi
hanya memotong pada bagian atau situs antara G dan A.
Secara umum, enzim restriksi dapat dibedakan ke dalam 3 tipe, berdasarkan pada komposisi sub
unit, posisi pemotongan, spesifisitas sekuen DNA, dan perlu tidaknya kofaktor.
1. Enzim tipe I merupakan enzim yang kompleks, multisubunit, kombinasi antara restriksi dan
pemodifikasi yang memotong DNA pada area random yang jauh dari sisi pengenalan. Enzim
ini secara biokimia mungkin banyak berfungsi di dalam sel, tetapi kurang menguntungkan
untuk digunakan dalam percobaan di laboratorium.
2. Enzim tipe II memotong DNA pada posisi tertentu yang dekat atau berada di antara sekuen
yang dikenalnya. Enzim ini menghasilkan fragmenfragmen tertentu dengan pola pita-pita
yang spesifik pada gel agarosa. Enzim tipe inilah yang dipakai untuk berbagai percobaan
dalam analisis DNA dan kloning gen.
3. Enzim tipe III juga merupakan kombinasi restriksi dan enzim pemodifikasi. Enzim ini
memotong DNA di luar sekuen yang dikenal dan memerlukan 2 sekuen yang sama pada
orientasi yang berlawanan pada untai DNA yang sama untuk dapat memotong. Enzim-enzim
ini jarang menghasilkan potongan yang sempurna.
Enzim Restriksi yang umum digunakan berasal dari tipe II