Halaman 39–46
DOI: 10.14692/jfi.14.2.39
ISSN: 0215-7950
ABSTRAK
Aphelenchoides besseyi merupakan nematoda parasit tumbuhan penting pada padi dan dapat
menyebabkan kehilangan hasil hingga 54%. Nematoda ini dapat bertahan selama 8 bulan hingga
3 tahun setelah panen dan dapat ditularkan melalui benih. Penelitian ini bertujuan mengamati tingkat
infestasi nematoda A. besseyi pada benih dari lima varietas padi (Pak Tiwi 1, IR64, Ciherang, IPB 3S,
dan SL 8 SHS), mengidentifikasi A. besseyi secara morfologi dan molekuler dengan teknik polymerase
chain reaction (PCR), dan sikuensing. Nematoda diekstraksi dari 5 g benih setiap varietas menggunakan
metode Baermann yang dimodifikasi. Identifikasi morfologi dilakukan menggunakan preparat
semipermanen nematoda dewasa. Identifikasi molekuler dengan PCR menggunakan pasangan primer
ITS rDNA dilanjutkan dengan sikuensing produk amplifikasi. Hasil pengamatan menunjukkan bahwa
A. besseyi didapatkan pada 5 varietas dengan jumlah yang bervariasi. Nematoda ini memiliki ciri khas
yang dapat dibedakan dari spesies lain, yaitu mukro (tonjolan pada ujung ekor) berbentuk bintang
dan berjumlah 2–4. Amplifikasi DNA menghasilkan pita DNA yang berukuran sekitar 830 pb. Hasil
sikuensing menunjukkan bahwa A. besseyi Indonesia (isolat Pak Tiwi 1) mempunyai homologi yang
tinggi dengan isolat A. besseyi India Drr Ab1 dan India Kolkata yaitu sebesar 98.1%, isolat India
Hyderabad 98.0%, Cina HB 97.8%, Taiwan HW 97.7%, dan Cina AB11 97.5%.
Kata kunci: amplifikasi DNA, homologi, mukro, polymerase chain reaction, primer ITS rDNA
ABSTRACT
Aphelenchoides besseyi is an important plant parasitic nematode on rice and causes yield loss up
to 54%. The nematodes are able to survive for 8 months to 3 years after harvest and can be transmitted
through seeds. The research was conducted to determine infestation of A. besseyi on seeds of five
rice cultivars, namely Pak Tiwi 1, IR64, Ciherang, IPB 3S, and SL 8 SHS; and to identify A. besseyi
by morphological and molecular techniques using polymerase chain reaction (PCR), and nucleotide
sequensing. The nematodes were extracted from 5 g seeds of each cultivar by modified Baermann funnel
method. Morphological identification was done by observing semipermanent slide of adult nematodes.
Molecular identification by PCR used universal primers to amplify ITS rDNA followed by nucleotide
sequencing. The result showed that A. besseyi were found on 5 rice cultivars in varies numbers. A. besseyi
has specific morphological character, i.e. it has 2–4 mucro (tail tip) arranged in a star shaped that can be
distinguished from other species. DNA fragments with approximately 830 bp in length was successfully
amplified. Further nucleotide sequence analysis showed that A. besseyi Indonesia (isolate Pak Tiwi 1)
*Alamat penulis korespondensi: Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor.
Jalan Kamper, Kampus IPB Darmaga, Bogor 16680
Tel: 0251-8621267, Faks: 0251-8621267, Surel:munif73@gmail.com
39
J Fitopatol Indones Rahman et al.
had the higest homology level of 98.1% with A. besseyi isolat India Drr Ab 1 and Kolkata, 98.0% with
India Hyderabad, 97.8% with China HB, 97.7% with Taiwan HW, and 97.5% with Cina AB11.
Key words: DNA amplification, homology, ITS rDNA primer, mucro, polymerase chain reaction
40
J Fitopatol Indones Rahman et al.
41
J Fitopatol Indones Rahman et al.
yang ditemukan bertubuh ramping, silindris, berbentuk seperti duri (Gambar 1 f), sedangkan
anulasi tidak kasar, dan posisi tubuh pada saat betinanya memiliki vulva yang terletak 60-75%
inaktif atau mati lurus atau sedikit melengkung dari panjang tubuh (didelfik) (Gambar 1 c).
(Gambar 1 a–b), bibir set off dan stilet dengan Hal ini sesuai dengan yang dilaporkan oleh
tipe stomatostilet (Gambar 1 d). Fortuner (1970), EPPO (2004), dan Kurniawati
Nematoda A. besseyi memiliki bulbus dan Supramana (2016).
median yang berukuran besar, sekitar ¾ dari
lebar tubuhnya (Gambar 1 g). Ekor nematoda Amplifikasi DNA A. besseyi dengan PCR
bebentuk seperti kerucut dan memiliki tonjolan A. besseyi berhasil dideteksi dengan
(mukro) pada ujung ekor yang berjumlah 2–4 PCR. Hasil amplifikasi pada 5 varietas padi
dan sering tampak seperti bintang sehingga menunjukkan reaksi positif yang dapat
disebut sebagai star shaped mucro (Gambar 1 e). dibuktikan dengan keberadaan pita DNA
Nematoda jantan memiliki spikula yang berukuran ± 830 pb (Gambar 2).
Tabel 1 Rata-rata jumlah nematoda Aphelenchoides besseyi pada lima varietas benih padi
a b c
d e f g
Gambar 1 Morfologi A. besseyi; a, Nematoda betina; b, Nematoda jantan; c, Vulva; d, Stilet;
e, Mukro; f, Spikula, dan g, Median bulbus.
42
J Fitopatol Indones Rahman et al.
Tabel 2 Homologi runutan nukleotida spesies A. besseyi isolat Pak Tiwi 1 asal Indonesia dengan isolat-
isolat yang ada pada GenBank
43
J Fitopatol Indones Rahman et al.
Gambar 3 Pohon filogenetika A. besseyi Pak Tiwi 1 asal Indonesia dengan A.besseyi dari negara
lain yang terdapat pada GenBank berdasarkan runutan nukleotida menggunakan program MEGA
v 6.06 dengan pendekatan maximum likelihood. Skala di bawah gambar ialah nilai koefisien
jarak genetika yang menggambarkan jumlah rata-rata perubahan nukleotida di antara isolat.
Aphelenchoides sp. dan Bursaphelenchus mucronatus digunakan sebagai pembanding di luar grup.
dan daun bendera lebih pendek dibandingkan pertama (F1) (Deptan 2006). Varietas IR64
dengan tanaman normal, jumlah bulir dapat tumbuh baik di lahan irigasi dan tadah
berkurang, dan sebagian bulir mengalami hujan dataran rendah (Khush dan Virk 2005).
perubahan bentuk. Infeksi oleh A. besseyi juga Namun, ketahanan varietas ini terhadap
dapat mengurangi produksi. infeksi nematoda A. besseyi masih belum
Jumlah individu nematoda pada benih dilaporkan.Varietas Ciherang merupakan
padi yang diamati bervariasi dari 8–478 ekor. hasil persilangan antara IR64 dengan varietas
Salah satu faktor yang memengaruhi atau galur lain. Varietas ini memiliki banyak
populasi A. besseyi ialah kondisi dan lama kesamaan sifat dengan IR64, salah satunya
penyimpanan benih. Kondisi penyimpanan sifat ketahanan terhadap OPT. Menurut Luc
benih padi umumnya sangat sesuai untuk (1995) serangan dan kerusakan oleh A. besseyi
bertahannya A. besseyi pada benih. Nematoda pada pertanaman padi di dataran rendah yang
A. besseyi memiliki kemampuan bertahan berpengairan dan lahan air dalam lebih tinggi
pada suhu rendah dan populasi nematoda dari pada lahan dataran tinggi. Tamura dan
dapat mengalami penurunan selama masa Kegasawa (1958) juga menyatakan bahwa
penyimpanan. Jumlah nematoda tertinggi A. besseyi dapat ditularkan melalui air sawah
ditemukan pada penyimpanan 30 bulan pada padi yang ditanam di dataran rendah.
dan tidak berbeda secara nyata dengan Identifikasi nematoda A. besseyi
penyimpanan 24 bulan (Tenente 1994). Pada berdasarkan morfologi dapat didukung
penelitian ini kondisi benih yang diteliti ada dengan hasil identifikasi dengan PCR. Bagian
yang merupakan hasil panen langsung dari yang berhasil diidentifikasi pada amplifikasi
petani dan ada yang telah disimpan selama 12– DNA ialah ITS 1 dan 2. Hasil sikuensing
24 bulan sehingga A. besseyi yang ditemukan menunjukkan bahwa isolat A. besseyi Pak
dalam benih tersebut masih tinggi populasinya. Tiwi 1 Indonesia berkerabat dekat dan berada
Padi varietas Pak Tiwi 1 merupakan dalam kelompok yang sama dengan isolat A.
jenis padi inbrida yang tahan genangan air besseyi asal India, Cina, dan Taiwan. Tingkat
sehingga sesuai untuk pertumbuhan dan homologi yang tinggi menjadi indikasi bahwa
perkembangan A. besseyi. Varietas SL 8 nematoda tersebut adalah spesies yang sama.
SHS merupakan varietas padi hibrida yang Masuknya A. besseyi ke wilayah Indonesia
diintroduksi dari Filipina dan dilepas tahun diduga berkaitan dengan impor benih padi
2006. Varietas ini juga merupakan keturunan dari negara-negara tersebut ke Indonesia.
44
J Fitopatol Indones Rahman et al.
45
J Fitopatol Indones Rahman et al.
BA, Harris TS. 1997. The rDNA internal their movement into hills. Japan J Ecol.
transcribed spacer region as a taxonomic 8:37-42.
marker for nematodes. J Nematol. Tenente RCV, Wetzel MMVS, Manso
29(4):441–450. ESBGC, Marques ASA. 1994. Survival
Remeeus PM1, Pelazza N. 2014. Detection of of Aphelenchoides besseyi in infested rice
Aphelenchoides besseyi on Oryza sativa. seed stored under controlled conditions.
Di dalam: Kaufman B, El-Khadem R, Nematol Bras. 18(1994):85–92.
Muschick P, Taylor, J, editor. International Togashi K, Hoshino S. 2001. Distribution pattern
Rules of Seed Testing. Bassersdorf (CH): and mortality of the white tip nematode
ISTA. Aphelenchoides besseyi (Nematoda:
Tamura I. Kegasawa K. 1958. Studies Aphelenchoididae), among rice seeds.
on the ecology of the rice nematode, Nematology. 3(1):17–24. DOI: https://doi.
Aphelenchoides besseyi Christie II on the org/10.1163/156854101300106847.
parasitic ability of rice nematodes and
46