Nama : AYU AJIMATUL MAKH BULLAH

NPM : 230110160118

SOAL UJIAN AKHIR SEMESTER GANJIL 2018/2019

Mata Kuliah : Bioteknologi Perikanan
Kelas : B

Jawablah soal di bawah dengan uraian teori dan interprestasi dengan Gambar !

1. Pembuatan ikan transgenik memerlukan tahapan panjang, dimulai dari isolasi RNA gen
yang akan disisipkan, pemilihan vektor kloning dan vektor ekspresi, penyisipan gen yang
diinginkan, kloning pada sel kompeten, isolasi vektor yang mengandung konstruksi gen
yang disisipkan, hingga transfer gen tersebut menggunakan sperma sebagai mediator
transfer gen. Coba anda jelaskan :
a. Rincian skema gambar urutan pembuatan ikan transgenik, misalnya mengandung gen
hormon pertumbuhan (growth hormone/GH) secara utuh !
Jawab:

b. Masing-masing tahapan yang dijelaskan diatas, anda uraikan dengan penjelasan

gambar.
Jawab:

c. Gambarkan prinsip dasar tahapan kloning gen hingga diperoleh gen yang fungsional.
Jawab:
d. Mekanisme ligasi dan transformasi selalu terlibat dalam proses kloning vektor
ekspresi, jelaskan secara detail kedua mekanisme tersebut, dan uraikan mengapa
kedua mekanisme tersebut harus ada!
Jawab:
Ligasi adalah suatu proses penggabungan fragmen DNA yang saling berlinier
dengan menggunakan ikatan kovalen. Ikatan kovalen yang dimaksud adalah ikatan
fosfodiester antara ujung 3’ dari fragmen yang satu dan ujung 5’ dari fragmen yang
lain (Anonymous, 1999).
Proses ligasi ini dilakukan oleh enzim DNA ligase dengan bantuan dari ATP. Proses
ligasi ini merupakan salah satu teknik penting yang diperlukan dalam melakukan
rekombinan DNA, termasuk protein untuk menghasilkan konstruksi DNA yang
diinginkan (Powell & Gannon, 2001)
Transformasi merupakan teknik dasar dalam biologi molekuler yang
bertujuan untuk memasukkan DNA asing kedalam host, dan selanjutnya
menggunakan host tersebut untuk memperbanyak jumlah plasmid secara in vivo
 (Anonymous, 2005a). Metode transformasi kimiawi lebih sering digunakan dalam
pengerjaan kloning gen.
Transformasi kimiawi merupakan suatu metode yang digunakan untuk memasukkan
DNA asing kedalam sel kompeten.
Kedua mekanisme tersebut harus ada dalam proses kloning gen karena ligasi
diperlukan dalam melakukan rekombinan DNA untuk digabungkan nukleotidanya
yang kemudian ditransformasi (dimasukkan) DNA asing yang dikehendaki tersebut
kedalam sel kompeten untuk dikloning dan diinjeksikan ke target yang membutuhkan
unsur DNA yang dibutuhkan.

e. Apa yang dimaksud dengan sel kompeten? Berikan contohnya, dan bagaimana
mekanisme sel kompeten dapat digunakan untuk keperluan kloning gen.
Jawab:
Sel kompeten merupakan sel yang dapat dengan mudah diubah dinding selnya
sehingga DNA asing dapat dengan mudah masuk kedalam sel, dalam hal ini adalah sel
E. coli (Anonymous, 2005b).
2. Penggunaan teknologi transgenesis dalam perakitan ikan lele transgenik-GH memerlukan
primer yang cocok untuk memverifikasi apakah gen GH dapat terintegrasi dalam genom
ikan tersebut. Coba saudara selesaikan beberapa pertanyaan di bawah ini :
a. Uraikan secara garis besar bagaimana anda mendesain primer gen GH untuk membuat
ikan lele transgenik? Gunakan software secara on-line, gambarkan tahapannya!
b. Bagaimana anda mengidentifikasi GH endogen pada ikan lele non-transgenik dan GH
eksogen pada ikan lele transgenik? Gambarkan dengan teknik apa anda akan
mendeteksi GH endogen dan GH eksogen, serta urutan tahap tersebut.
c. Gambarkan dengan sketsa, bagaimana anda menginterprestasikan bahwa pada genom
ikan lele transgenik terdaat dua gen (GH endogen dan GH eksogen) serta kontrol
positif yang digunakan untuk memverifikasi gen GH eksogen?
d. Apa yang dimaksud dengan over-ekspresi gen? Pengaturan ekspresi gen diatur oleh
apa? Jelaskan secara prinsip, bagaimana gen yang disisipkan terekspresi sehingga
dapat meningkatkan performa fenotip ikan sebagai akibat over ekspresi gen!
3. Gambarkan secara garis besar teknik elektroporasi sperma sebagai salah satu teknologi
transgenesis, yang dimulai dengan perlakuan kejut elektrik menggunakan elektroporator!
Dan gambarkan secara garis besar, bagaimana produksi galur keturunan ikan transgenik
pada setiap generasi yang dihasilkan dan sistem deteksi ikan transgenik!