Kapasitas SDM dan institusi-institusi yang terlibat dalam WoG tidaklah sama. Perbedaan
kapasitas ini bisa menjadi kendala serius ketika pendekatan WoG akan diaplikasikan.
Salah satunya kurangnya kerjasama antar universitas. Seringkali terjadi ketimpangan
terutama dalam pengembangan Sumber Daya Manusia dalam lingkungan Universitas.
Adanya Program Merdeka Belajar Kampus Merdeka diharapkan menjadi potensi yang
bisa dimaksimalkan dalam rangka pengembangan kemampuan dan keterampilan
mahasiswa.
Kurang seimbang persentasi tenaga pengajar dengan mahasiswa. Hal ini membuat beban
kerja dosen semakin besar dan menjadi tidak efektif. Diharapkan dengan adanya integrasi
dalam program Merdeka Belajar Kampus Merdeka membuka ruang belajar mahasiswa
menjadi lebih luas.
Nilai dan budaya organisasi pun menjadi kendala manakala terjadi upaya kolaborasi
sampai dengan penyatuan kelembagaan. Hal ini disebabkan karena tidak bisa berpikir
komprehensif dan visioner, hanya fokus pada urusan sendiri, keengganan untuk
berinteraksi dengan orang dari unit lain, merasa tidak butuh orang lain. Melalui kerjasama
di berbagai bidang baik dari segi penelitian maupun pengabdian menjadi potensi
membaurnya nilai dan budaya antara unit maupun instansi secara perlahan yang akhirnya
akan tercipta kerjasama yang baik.