Laporan Praktikum Biokimia Tanaman

“ISOLASI DNA”

Disusun oleh:
Nama : Navilla Miladya
NIM : 205040201111186
Kelas : P/P1
Asisten Praktikum : Rusdi Ali Sabar S.

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2021
 BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Asam nukleat merupakan suatu polimer linier yang tersusun atas
monomer-monomer nukleotida yang berikatan melalui ikatan fodfodiester.
Asam nukleat memiliki fungsi sebagai tempat penyimpanan dan
pemindahan informasi genetic. Asam nukleat terbagi menjadi 2 tipe yaitu
DNA dan RNA. DNA ditemui pada inti sel, asam ini merupakan
pengemban kode genetic dan dapat mereplikasi dengan tujuan untuk
membentuk sel-sel baru guna memproduksi organism dalam sebagian
besar organism. DNA merupakan suatu sel yang mengerahkan sintesis
molekul RNA, satu tipe RNA, yakni messenger RNA (mRNA),
meninggalkan inti sel dan mengarahkan tiosintesis daru berbagai tipe
protein dalam organism itu sesuai dengan kode DNA-nya.
1.2 Tujuan
1. Untuk mengetahui pengertian asam nukleat.
2. Untuk mengetahui pengertian isolasi DNA.
3. Untuk mengetahui struktur DNA beserta fungsinya.
4. Untuk mengetahui tahapan dari isolasi DNA
5. Untuk mengetahui manfaat isolasi DNA dalam bidang pertanian.
1.3 Manfaat
1. Mahasiswa dapat mengetahui pengertian Asam nukleat.
2. Mahasiswa dapat mengetahui pengertian isolasi DNA.
3. Mahasiswa dapat megetahui struktur DNA beserta fungsinya.
4. Mahasiswa dapat mengetahui tahapan dari isolasi DNA.
5. Mahasiswa dapat mengetahui manfaat isolasi DNA khususnya bidang
pertanian.
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Definisi Asam Nukleat (2 bahasa Indonesia + 1 bahasa Inggris)
Menurut Murwani (2007), asam nukleat merupakan biopolymer
yang memiliki bobot molekul tinggi dengan unit monomernya
mononukleotida. Asam nukleat terdapat pada semua sel hidup yang
memiliki tugas untuk menyimpan dan mentransfer materi genetic, yang
kemudian diterjemahkan secara tepat untuk mensintesis protein bagi
masing-masing sel.
Asam nukleat didefinisikan sebagai salah satu makrmolekul
biologis yang sangat penting. Asam nukleat ialah biopolymer atau
biomolekul suatu senyawa penting untuk semua bentuk kehidupan. Asam
nukleat ini meliputi DNA dan RNA, yang terbentuk dari monomer yang
dikenal sebagai nukleotida (Sumbono, 2016).
Nucleic acids are the components of core acids, first identified by
Meischer in the late 19th century. Nucleic acids are said to be polymers,
and the monomeric subunits of nucleic acids are called nucleotides. Hence
nucleic acids are polymers of nucleotides. Nucleotides consist of bases,
sugars and phosphates. The base is also pyrimidine or purine (Blackburn
et al., 2006). “Asam nukleat adalah komponen asam inti, pertama kali
diidentifikasi oleh Meischer di akhir abad ke-19. asam nukleat dikatakan
sebagai polimer, dan subunit monomerik dari asam nukleat yang disebut
nukleotida. Karenanya asam nukleat adalah polimer dari nukleotida.
Nukleotida terdiri dari basa, gula dan fosfat. Basisnya juga pirimidin atau
purin.”
2.2 Definisi Isolasi DNA (1 bahasa Indonesia + 1 bahasa Inggris)
Isolasi DNA merupakan tahap terpenting dalam analisis biologi
molekuler. Isolasi DNA merupakan suatu metode yang digunakan untuk
memisahkan DNA agar tidak tercampur dengan komponen sel lainnya
seperti protein dan karbohidrat (Murtiyaningsih, 2017).
DNA isolation is the process of purifying DNA from a sample using
a combination of physical and chemical methods. DNA isolation methods
 are designed to extract DNA from the cortex and then purify the nucleic
acids to remove inhibitors of the amplification process (Nishiguchi et al.,
2002). “Isolasi DNA adalah proses pemurnian DNA dari sampel
menggunakan kombinasi metode fisik dan kimia. metode isolasi DNA
dirancang untuk mengekstrak DNA dari korteks dan kemudian
memurnikan asam nukleat untuk menghilangkan penghambat proses
amplifikasi.”
2.3 Struktur DNA beserta fungsinya
DNA merupakan molekul besar yang kompleks dengan dua pita
panjang yang salin berpilin membentuk suatu heliks ganda, dengan setiap
pitanya adalah suatu polimer dari ratusan hinngga ribuan nukleotida.
Menurur Baktir (2017), setiap nukleotida itu terdiri atas 3 komponen, yaitu
sebagai berikut.
1. Gula pentose deoksiribosa merupakan gula dengan komponen 5C yang
ditemukan dalam struktur asam nukleat.
2. Gugus fosfat dapat berfungsi sebagai tempat menyimpan energi,
aktivasi protein dan sebagai pengatur pH.
3. Basa nitrogen dalam DNA berperan sebagai pembawa materi genetic.
Basa nitrogen merupakan derivat purin dan pirimidin. Purin dalam
DNA adalah adenin (A) dan Guanin (G), serta pirimidinnya adalah
timin (T) dan sitosin (C)
2.4 Tahapan Isolasi DNA
Menurut Ardiana (2009), berikut merupakan tahapan dari isolasi DNA.
1. Lisis
Lisis merupakan tahapan awal dari isolasi DNA. Tahapan ini
dilakukan dengan proses perusakan atau penghancuran membrane dan
dinding sel yang bertujuan untuk mengeluarkan isi sel. Tahap
penghancuran sel memiliki beberapa cara yakni dengan cara fisik
seperti menggerus sampel menggunakan mortar dan pestle dalam
nitrogen cair, atau menggunakan metode freezing-thrawing dan
iradiasi. Cara lainnya ialah menggunakan kimiawi maupun enzimatik,
 seperti menggunakan detergen yang dapat melarutkan lipid pada
membrane sel.
2. Ekstraksi
Pada tahapan ini, sering kali digunakan chelating agent seperti
ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) yang berperan menginaktivasi
enzin DNase yang dapat mendenaturasi DNA yang diisolasi, EDTA
menginaktivasi enzim nuclease dengan cara mengikat ion magnesium
dan kalsium yang dibutuhkan sebagai kofaktor enzim DNase. DNA
yang sudah diekstraksi selanjutnya perlu dipisahkan dari kontaminan
komponen penyusun sel lainnya.
Fenol seringkali digunakan sebagai pendenaturasi protein,
ekstraksi dengan menggunakan fenol menyebabkan protein kehilangan
kelarutannya dan mengalami presipitasi yang selanjutnya dapat
dipisahkan dari DNA melalui sentrifugasi. Setelah sentrifugasi akan
terbentuk 2 fase yang terpisah yakni fase organik pada lapisan bawah
dan fase aquoeus (air) pada lapisan atas sedangkan DNA dan RNA
akanberada pada fase aquoeus setelah sentrifugasi sedangkan protein
yang terdenaturasi akanberada pada interfase dan lipid akan berada
pada fase organik
3. Presipitasi
Setelah proses ektrasi, DNA yang diperoleh akan dapat dipekatkan
melalui presipitasi. Pada tahapan ini digunakan etanol atau isopropanol
yang akan memprepitasi DNA pada fase aqueous sehingga DNA
menggumpal membentuk struktur fiber dan terbentuk pellet setelah
dilakukan sentrifugasi. Presipitasi juga berfungsi untuk menghilangkan
residu-residu kloroform yang berasal dari tahapan ekstrasi. Setelah
dilakukan proses presipitasi dan dilakukan pencucian dengan etanol,
makaetanol kemudian dibuang dan pellet dikeringanginkan, perlakuan
tersebut bertujuan untukmenghilangkan residu etanol dari pelet DNA.
Penghilangan residu etanol dilakukan dengan cara evaporasi karena
etanol mudah menguap.
2.5 Manfaat Isolasi DNA dalam Bidang Pertanian
 Menurut Yuwono (2019), terdapat beberapa manfaat isolasi DNA
dalam bidang pertanian, yaitu sebagai berikut.
a. Peninjauan pola fragmen DNA hasil pemotongan secara enzimatik
melalui teknik Hibridasi Southern.
b. Isolasi DNA genomic dalam rangka pembuatan pustaka genomic.
c. Isolasi DNA yang diperlukan sebagai cetakan (template) dalam
prosedur perbanyakan DNA secara in vitro melalui teknik PCR.
 BAB III
METODOLOGI
3.1 Alat dan Bahan

No. Alat Fungsi

1. Mortar & pistil Untuk menghaluskan specimen

2. Beker glass Tempat untuk mencampur bahan

3. Pipet tetes Untuk mengambil bahan atau ekstrak

4. Saringan Untuk menyaring bahan atau ekstrak

5. Gelas ukur Untuk mengatur volume cairan

No. Bahan Fungsi

1. Brokoli Sebagai specimen yang akan diamati

2. Detergen bubuk Sebagai penghancur sel pada brokoli

3. Garam Sebagai penghancur sel pada brokoli

4. Alcohol 96% Untuk memisahkan DNA dari makromolekul sel

3.2 Cara Kerja

Siapkan alat dan bahan Menimbang brokoli sebanyak 5
gr dan diulang 3 kali.

Tambahkan brokoli Haluskan brokoli menggunakan

dengan aquades sebanyal mortar dan pistil.
50 ml dan lakukan pada
masing-masing ulangan
dan homogenkan.

Tandai gelas dengan menimbang garam 0,5 gr

perlakuan A, B, C sebanyak satu kali ulangan,
 menimbang deterjen 0,5 menimbang garam 1 gr
gr sebanyak satu kali sebanyak dua kali ulangan
ulangan,

menimbang deterjen 1 gr Komposisi bahan A (0,5 g garam

sebanyak dua kali : 1 g detergen), perlakuan B (1 g
ulangan garam : 1 g detergen), perlakuan
C (1 g garam : 0,5 g detergen)

Menyaring perlakuan A Campurkan komposisi bahan A

dan dimasukkan ke wadah kedalam gelas A dan
lain, lakukan hal yang sama dihomogenkan, lakukan hal yang
pada perlakuan B dan C sama pada perlakuan B dan C

Mengambil 2,5 ml larutan Mengambil 5 ml alkohol

dan memasukkannya ke dan dimasukkan ke dalam
dalam tabung reaksi pada masing-masing tabung
perlakuan A, B, dan C reaksi

Amati hasil praktikum

3.3 Analisa Perlakuan

Langkah pertama yang harus dilakukan ialah menyiapkan alat dan
bahan. Kemudian timbang brokoli sebanyak 5gr dan diulang sebanyak 3
kali. Lalu, haluskan brokoli menggunakan mortar dan pistil, setelah itu
tambahkan brokoli dengan aquades sebanyak 50 ml dan lakukan pada
masing-masing ulangan dan dihomogenkan. Tandai gelas dengan
perlakuan A, B, C. Langkah selanjutnya, timbang garam 0,5 gr sebanyak
satu kali ulangan, menimbang garam 1 gr sebanyak dua kali ulangan,
menimbang deterjen 0,5 gr sebanyak satu kali ulangan, menimbang
deterjen 1 gr sebanyak dua kali ulangan. Komposisi bahan A (0,5 g garam
: 1 g detergen), perlakuan B (1 g garam : 1 g detergen), perlakuan C (1 g
garam : 0,5 g detergen). Selanjutnya campurkan komposisi bahan A
kedalam gelas A dan dihomogenkan, lakukan hal yang sama pada
perlakuan B dan C. Saring perlakuan A dan dimasukkan ke wadah lain,
lakukan hal yang sama pada perlakuan B dan C. Ambil 2,5 ml larutan dan
memasukkannya ke dalam tabung reaksi pada perlakuan A, B, dan C.
Setelah itu ambil 5 ml alkohol dan dimasukkan ke dalam masing-masing
tabung reaksi dan terakhir amati hasil praktikum.
 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Hasil Pengamatan
No Perlakuan Banyaknya gumpalan
Garam : Detergen
A 0,5 : 1 Sedang

B 1:1 Banyak

C 1 : 0,5 Sedikit

4.2 Pembahasan
4.2.1 Perlakuan A (0,5 g garam : 1 g detergen)
Berdasarkan pada perlakuan A yang dimana terdapat komposisi
garam sebanyak 0,5 gr dengan detergen sebanyak 1 gr yang diberikan
pada larutan brokoli. Dari hasil perlakuan tersebut didapatkan
gumpalan yang jumlahnya itu sedang. Gumpalan tersebut
menunjukkan adanya keberadaan DNA. Dimana terdapat prinsip
mengisolasi DNA yaitu pemecahan dinding sel atau membrane sel.
Pada perlakuan A , jumlah detergen lebih banyak dibandingkan jumlah
garam. Hal ini menyebabkan rusaknya DNA pada brokoli. Sesuai
dengan pernyataan Maryam (2009), bahwa fungsi dari detergen ialah
untuk mengahncurkan sel brokoli, sehingga jika didapati detergen
dalam jumlah berlebih, maka akan menyebabkan kerusakan pda DNA
brokoli.
4.2.2 Perlakuan B (1 g garam : 1 g detergen)
Pada perlakuan B dengan komposisi garam sebanyak 1 gr dan
detergen juga sebanyak 1 gr, diperoleh hasil gumpalan yang banyak.
Jadi, seimbangnya komposisi pada perlakuan tersebut mengakibatkan
terdapatnya hasil gumpalan dalam jumlah yang banyak. Deterjen dan
garam pada proses isolasi DNA digunakan untuk menghancurkan sel
pada brokoli. Menurut Maryam (2009) detergen berfungsi
menggantikan sodium dodesil sulfat (SDS) dan etilendiamin tetraasetat
 (EDTA) yang berfungsi sebagai penghancur sel, sedangkan garam
digunakan untuk melisis dinding sel brokoli. Pernyataan ini juga
didukung oleh Yulianti (2006) yang menyatakan bahwa deterjen dan
garam dilarutkan dengan tujuan untuk melisiskan membran dan
menonaktifkan DNAase pada sel. Deterjen akan merusak membran
organel sehingga DNA dapat terlepas ke dalam larutan.
4.2.3 Perlakuan C (1 g garam : 0,5 g detergen)
Untuk perlakuan C dengan komposisi garam sebanyak 1 gr dan
detergen sebanyak 0,5 gr didapatkan hasil gumpalan dengan jumlah
yang sedikit. Hal ini dikarenakan julmah komposisi detergen lebih
sedikit disbanding jumlah komposisi garam. Dimana detergen
merupakan suatu senyawa yang digunakan untuk menghancurkan sel
dalam proses isolasi.
 BAB V
PENUTUP
5.1 Kesimpulan
Isolasi DNA merupakan suatu proses atau metode untuk
memisahkan DNA dari komponen molekulnye, atau pengeluaran DNA
dari tempatnya berada (ekstrasi atau lisis) yang biasanya dilakukan dengan
homogenasi dan penambahan buffer ekstrasi untuk mencegah DNA rusak.
Berdasarkan praktikum yang dilakukan, didapatkan hasil bahwa
dengan komposisi detergen yang lebih dominan daripada garam akan
menghasilkan gumpalan dalam jumlah yang sedang. Jika komposisi garam
dengan detergen sama, akan menghasilkan gumpalan yang banyak.
Sebaliknya, jika komposisi garam lebih dominan disbanding detergen,
maka jumlah gumpalannya akan sedikit. Hal ini dominan dikarenakan
jumlah komposisi detergen, dimana detergen dalam praktikum kali ini
berfungsi sebagai pemecah sel atau membrane sel.
5.2 Saran
Dalam melakukan praktikum sebaiknya praktikan lebih teliti lagi
dan megikuti prosedur yang ada agar data yang didapatkan bisa sesuai dan
relevan dengan keadaan yang sebenarnya.
 DAFTAR PUSTAKA
Ardiana, D. W. (2009). Teknik isolasi DNA genom tanaman pepaya dan jeruk
dengan menggunakan modifikasi bufer CTAB. Buletin Teknik
Pertanian, 14(1), 12-16.
Baktir, A. (2017). DNA Struktur dan Fungsi. Airlangga University Press.
Blackburn, G. M., Gait, M. J., Loakes, D., Williams, D. M., Grasby, J. A., Egli,
M., ... & Engels, J. (2006). Nucleic acids in chemistry and biology. Royal
Society of Chemistry.
Maryam, S. (2009). Ekstrak Enzim Bromelin dari Buah Nanas (Ananas sativus
Schult.) dan Pemanfaatannya pada Isolasi DNA (Doctoral Dissertation,
Universitas Negeri Semarang.
Murtiyaningsih, H. (2017). Isolasi DNA genom dan identifikasi kekerabatan
genetik nanas menggunakan RAPD (Random Amplified Polimorfic
DNA). Agritrop: Jurnal Ilmu-Ilmu Pertanian (Journal of Agricultural
Science), 15(1).
Murwani, R. (2007). Modul Perkuliahan Biokimia: Protein dan Asam
Nukleat.Universitas Diponegoro.
Nishiguchi, M. K., Doukakis, P., Egan, M., Kizirian, D., Phillips, A., Prendini, L.,
... & Giribet, G. (2002). DNA isolation procedures. In Techniques in
molecular systematics and evolution (pp. 249-287). Birkhäuser, Basel.
Sumbono, A. (2016). Biokimia Pangan Dasar. Deepublish.
Yulianti, E. (2006). Pengembangan Teknik Isolasi DNA Tumbuhan
Menggunakan Detergen Komersial. In Seminar Nasional MIPA.
Yuwono, T. (2019). Bioteknologi pertanian. UGM PRESS.
LAMPIRAN