Hidayaturrahmi & Tirthaningsih Peran FISH pada diagnostik genetik

PERAN TEHNIK SITOGENETIK MOLEKULER FLUORESCENT IN SITU HYBRIDIZATION

(FISH) PADA DIAGNOSTIK GENETIK
1
Hidayaturrahmi, 2Ni Wajan Tirthaningsih
1
Bagian Anatomi Histologi, Fakultas Kedokteran Universitas Syiah Kuala, Aceh
2
Departemen Anatomi dan Histologi, Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga, Surabaya
2
Unit Genetika Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga/ RSUD Dr. Soetomo, Surabaya

ABSTRACT
Fluorescent in situ hybridization techniques (FISH) is a molecular cytogenetic technique used to detect
chromosomal abnormalities using fluorescence microscope. This technique bridges the gap between
conventional metaphase chromosome analysis with molecular genetic analysis (DNA). FISH technique has
sensitivity, specificity, and high speed in the implementation process, so that it becomes the technique of
choice to detect the microdeletion and microduplication syndrome (deletion < 4Mb), along with mental
retardation characteristic. FISH provide useful information for the genetic counseling of affected families.
In general, FISH can be used to diagnose genetic disorders and estimate prognosis. However, FISH cannot
be used as a screening test for chromosomal rearrangement.
Keywords: FISH, genetic disorder, microdeletion, microduplication

ABSTRAK
Teknik Fluorescent In Situ Hybridization (FISH) merupakan teknik molekuler sitogenetik yang digunakan
untuk mendeteksi kelainan kromosom dengan menggunakan mikroskop fluoresens. Teknik ini menjembatani
jarak antara analisis kromosom metafase konvensional dengan analisis genetik molekuler (DNA). Teknik
FISH mempunyai sensitifitas, spesivisitas dan kecepatan yang tinggi dalam proses pelaksanaannya,
sehingga teknik ini menjadi pilihan untuk mendeteksi sindroma mikrodelesi dan mikroduplikasi (delesi <
4Mb) yang disertai dengan ciri retardasi mental. FISH sangat membantu konseling kepada keluarga yang
terkena menjadi tepat sasaran. Secara umum, FISH dapat digunakan untuk mendiagnosis banyak kelainan
genetik dan memperkirakan prognosis. Namun, FISH tidak dapat digunakan sebagai screening test untuk
chromosomal rearrangement.
Kata kunci: FISH, kelainan genetik, mikrodelesi, mikroduplikasi

Korespondensi: Hidayaturrahmi, Bagian Anatomi Histologi, Fakultas Kedokteran, Universitas Syiah Kuala,
Jl. Tanoh Abee, Kopelma Darussalam, Banda Aceh, Propinsi Aceh, email: hidayaturrahmi.dr@gmail.com

Latar belakang reproduksi, infertilitas, kematian pada saat lahir,

Perkembangan teknik sitogenetik selama 30 tahun
terakhir telah menentukan teknik yang semakin
sensitif alam mendeteksi kelainan kromosom,
yaitu teknik Fluorescent In Situ Hybridization
(FISH) (Bishop, 2010). Teknik FISH merupakan
awal dari sebuah era baru studi kromosom terkait
struktur dan fungsi (Ivan, et al., 2005),
menggunakan gabungan pendekatan molekuler
dan sitologi (Ivan, et al., 2005). Teknik FISH
diperkenalkan pada akhir tahun 1980-an (Jeffrey,
et al., 2003; Bishop, 2010).
Pada tahun 1956 ditemukan bahwa jumlah
kromosom manusia adalah 46, maka mulai saat
itu era baru sitogenetika klinis mulai berkembang
dengan pesat (Luthardt & Keitges, 2001).
Beberapa sindroma kromosom mayor mulai
dilaporkan dan kontribusinya terhadap penyakit
genetik yang mengakibatkan masalah pada
kelainan kongenital, retardasi mental dan
patogenesis malignancy. Kelainan kromosom
terdeteksi sekitar 2% dari seluruh kehamilan dan
ditemukan pada wanita berusia 35 tahun atau
lebih. Dengan angka kejadian pada sekitar 50%
dari aborsi spontan, 6% pada saat dilahirkan, 5%
pada pasangan dengan riwayat keguguran dan
0,5% dari bayi yang baru lahir (Luthardt &
Keitges, 2001).
Kromosom merupakan bahan genetik dari suatu
organism dan senyawa organik yang paling stabil
mempertahankan jumlah dan strukturnya, namun
9okikromosom dapat mengalami aberasi
(kelainan) yang dapat menyebabkan kelainan
jumlah dan struktur (Obe, et al., 2002; Volpi &
Bridger, 2008). Kelainan jumlah dan fungsi
tersebut dapat menyebabkan kelainan genetik
(Moore & Best, 2001). Kelainan jumlah seperti

1
Majalah Biomorfologi
polyploidy dan aneuploidy (Bishop, 2010), dan
kelainan struktur terjadi karena kerusakan segmen
kromosom atau crossing over yang tidak merata
yang menyebabkan terjadinya delesi, ring
chromosom, duplikasi, translokasi, insersi dan
inversi (Moore & Best, 2001). Dalam konteks ini
terdapat banyak kondisi kelainan struktur
kromosom yang ditandai dengan retardasi mental
dan telah terbukti berhubungan dengan
mikrodelesi dan mikroduplikasi kromoson
tertentu, kondisi ini disebut sindroma mikrodelesi
dan sindroma mikroduplikasi (Angelovska, et al.,
2007), dimana kelainan struktur kromosom pada
kedua sindroma ini adalah < 4Mb, mendekati
limit resolusi analisis kromosom konvensional
(Halder, et al., 2013). Sehingga untuk mendeteksi
kelainan genetik seperti ini tidak dapat dilakukan
dengan menggunakan analisis kromosom
konvensional namun dibutuhkan analisis genetik
molekuler (DNA) (Jeffrey et al., 2003). Oleh
karena itu, FISH sangat berperan untuk dapat
mendeteksi dengan cepat berbagai kasus yang
dicurigai sebagai suatu sindroma mikrodelesi dan
mikroduplikasi (Halder, et al., 2013).
Selain dapat digunakan untuk membantu
penegakan diagnostik kelainan genetik tersebut
diatas, FISH juga dapat digunakan pada diagnosis
preimplantasi dan prenatal (Jeffrey et al., 2003;
Ivan, et al., 2005), dapat diaplikasikan ke dalam
kegiatan penelitian gen mapping dan identifikasi
jenis onkogen terbaru atau kelainan genetik yang
terdapat pada beberapa jenis sel kanker (Bishop,
2010).
Diskusi
FISH adalah teknik sitogenetik molekuler yang
mampu mendeteksi kelainan struktur kromosom
yang sangat kecil < 4Mb, dengan menggunakan
mikroskop fluoresens (Bishop, 2010). Teknik ini
sangat spesifik karena hibridisasi hanya terjadi
antara probe dan spesimen yang akan dianalisis
dalam lokus target yang spesifik dari suatu
kromosom (Angelovska, et al., 2007), juga
memiliki sensitivitas sangat tinggi hingga 10 kb
serta kecepatan tes dari material FISH dapat
berproses dalam 4-24 jam (Bishop, 2010).
Sehingga teknik ini dapat menjembatani jarak
antara teknik analisis kromosom metafase
konventional dengan analisis molekuler (DNA)
(Angelovska, et al., 2007). Secara umum, teknik
ini telah disepakati sebagai alat laboratorium
klinis (Bishop, 2010). Secara konseptual, teknik
FISH sangat sederhana yang pada dasarnya terdiri
2
Volume 28 No. 1 Februari 2015
dari hibridisasi probe (Volpi & Bridger, 2008) dan
menjadi teknik pilihan untuk menentukan lokasi
sekuen dari nucleic acid yang spesifik (Jeffrey et
al., 2003).
Gambar 1. Prinsip kerja teknik FISH
(Bishop, 2010).
Prinsip kerja dari teknik FISH adalah dengan
mempersiapkan elemen dasar probe DNA dan
urutan target yang diinginkan (Gambar 1A) dalam
hal ini probe yang dipilih harus spesifik, sensitif
dan mudah untuk masuk dalam jaringan (Moter &
Gobel, 2000), karena pemilihan probe sangat
penting dalam menganalisis kelainan genetik
(Bishop, 2010). Sebelum dilakukan tahap
hibridisasi, probe DNA diberi label secara tidak
langsung dengan hapten atau diberi label secara
langsung dengan menggunakan penggabungan
fluorophore (gambar 1B) (Bishop, 2010). Cara
yang umum dipakai adalah cara langsung karena
tidak memerlukan langkah deteksi lanjut setelah
dihibridisasi sehingga lebih mudah, murah dan
cepat (Moter, & Gobel, 2000). Selanjutnya probe
DNA berlabel dan DNA target didenaturasi untuk
menghasilkan untaian DNA tunggal (gambar 1C).
Kemudian probe DNA dan DNA target
digabungkan, memungkinkan annealing of
complementary urutan DNA (gambar 1D) pada
probe yang dilabel secara tidak langsung maka
diperlukan langkah tambahan untuk
memvisualisasi hapten non-fluoresensi dengan
menggunakan sistem deteksi enzimatik atau
imunologi, selanjutnya sinyal dapat dievaluasi
dengan menggunakan mikroskop fluoresens
(gambar 1E) (Bishop, 2010).
 Hidayaturrahmi & Tirthaningsih
Gambar 2. Fluoresensi pada FISH, 2 probe
kontrol menunjukkan kromosom 22, hilangnya
pendar warna merah menunjukkan mikrodelesi
22q11.2 pada 1 lengan homolog
(Hijau = probe kontrol. Merah= probe 22q11.2)
( Karen, E.W. & Erik, C.T., 2011)
Kemampuan penting dari teknik FISH adalah
dengan menentukan multicolor probe secara
bersamaan. Hal ini sangat berguna untuk
mendeteksi kelainan struktur yang melibatkan
daerah kromosom yang berbeda dan mendeteksi
kelainan jumlah secara paralel (Bishop, 2010;
Volpi & Bridger, 2008).
Tabel 1. Sindroma mikrodelesi dan mikroduplikasi (Moore & Best, 2001).
3
Peran FISH pada diagnostik genetik
Pada kelainan kromosom seperti sindroma
mikrodelesi dan mikroduplikasi dimana kelainan
struktur kromosom yang sangat kecil < 4Mb atau
mendekati limit resolusi analisis kromosom rutin,
maka analisis metafase konventional tidak mampu
mendeteksi kelainan kromosom tersebut
(Angelovska, et al., 2007; Moore & Best, 2001),
namun analisis genetik dengan menggunakan
teknik analisis molekuler (DNA) membutuhkan
waktu yang sangat lama dan membutuhkan biaya
yang mahal. Oleh karena itu, teknik FISH sangat
berperan untuk mendeteksi secara cepat berbagai
kasus yang dicurigai sebagai suatu sindroma
mikrodelesi dan mikroduplikasi (Halder, et al.,
2013).
Sindroma mikrodelesi dan mikroduplikasi sering
juga disebut sebagai sindroma gen yang
berdekatan karena melibatkan hilangnya
serangkaian kromosom yang terkait dengan gen,
dengan variasi ukuran delesi yang berbeda-beda
(Moore & Best, 2001). Segmen kromosom yang
hilang terjadi tumpang tindih sehingga
menimbulkan beberapa ciri-ciri klinis yang sama
(Moore & Best, 2001). Sindroma mikrodelesi
terjadi secara spontan dan dilaporkan terjadi
sekitar 5 persen dari angka retardasi mental yang
tidak dapat dijelaskan (Halder, et al., 2013) dan
sindroma mikroduplikasi angka kejadiannya lebih
langka dari pada sindroma mikrodelesi (Moore &
Best, 2001).
Majalah Biomorfologi
Tabel 2. Insiden dan variasi panjang delesi kromosom (Vogel & Fryns, 2004).
Sindroma Insiden dalam kelahiran hidup
Digorge 1/Velocardiofacial
Prader Willi
Angelman
Neurofibromatosis
Williams
Smith Magenis
FISH dapat digunakan untuk mendeteksi seluruh
kelainan yang terjadi karena kelainan genetik
terkecuali pada kasus Loss Of Heterozygosity
(paternal dan maternal) yang membutuhkan teknik
deteksi jangkauan yang cukup luas (Bishop,
2010). Namun, FISH masih memiliki
kelemahanya itu hanya dapat mendeteksi kelainan
genetik yang dikenal dan sesuai dengan probe
yang tersedia atau dengan kata lain probe untuk
kelainan genetik yang telah diketahui sebelumnya
harus hibridisasi dengan spesimen yang menjadi
target sehingga teknik FISH dapat menunjukkan
kelainan genetik tertentu saja (Bishop, 2010). Dan
FISH juga tidak dapat digunakan sebagai
screening test untuk chromosomal rearrangement
karena FISH hanya mampu mendeteksi imbalansi
yang sudah dikenal sebelumnya (Bishop, 2010).
Namun demikian FISH sangat membantu
menyelesaikan kasus retardasi mental dan
sindrom malformatif yang semakin meningkat,
sehingga konseling kepada keluarga yang terkena
menjadi tepat sasaran (Angelovska, et al., 2007).
Simpulan
FISH adalah teknik sitogenetik molekuler yang
digunakan untuk mendeteksi abnormalitas
kromosom dan kelainan genetik tertentu, dengan
menggunakan mikroskop fluoresens. Teknik FISH
diperkenalkan pada akhir tahun 1980-an sebagai
teknik yang dapat mejembatani jarak antara teknik
analisis kromosom metafase konvensional dengan
analisis genetik dengan molekuler (DNA). FISH
dapat mendeteksi delesi kromosom yang kecil <
4Mb yang dikenal sebagai mikrodelesi dan
mikroduplikasi, bila disertai dengan gejala
retardasi mental disebut sebagai sindroma
mikrodelesi dan mikroduplikasi. Teknik FISH
memiliki spesifisitas dan sensitifitas serta
kecepatan yang tinggi dalam pelaksanaanya.
Namun FISH belum mampu mendiagnosis
kelainan pada kasus Loss Of Heterozygosity
(paternal dan maternal). FISH juga tidak dapat
Volume 28 No. 1 Februari 2015
Panjang delesi kromosom
1/4000 1-3 Mb
1/20000 3 Mb kromosom paternal
1/20000 3 Mb kromosom maternal
1/3500 1.5 Mb
1/20000 1,6 Mb
1/25000 3.7 Mb
digunakan sebagai screening test untuk
chromosomal rearrangement karena FISH hanya
mampu mendeteksi imbalansi yang sudah dikenali
sebelumnya.
Daftar pustaka
Angelovska, S. et al., 2007. Implementation of
fluorescent in situ hybridization (FISH) as
method for detecting microdeletion
syndromes- our first experiences. Sec. Bio.
Med. Sci., MASA, 28(2), hal.87-97.
Bishop, R., 2010. Applications of fluorescence in
situ hybridization (FISH) in detecting
genetic aberrations of medical significance.
Bioscience Horizons, 3, hal.85-95.
Devi, et al., 2005. FISH and GISH: modern
cytogenetic techniques. Indian journal of
biotechnology, 4, hal.307-315.
Halder, A. et al., 2013. Fluorescence in situ
hybridization (FISH) using non-commercial
probes in the diagnosis of clinically
suspected microdeletion syndromes. Indian
J Med Res., 138, hal.135-142.
Ivan, Y. et al., 2005. An Approach for
quantitative assessment of fluorescence in
situ hybridization (FISH) signal for applied
human molecular cytogenetics. Journal of
histochemistry & cytochemistry, 53(3), hal.
401-408.
Jeffrey, M. et al., 2003. Fluorescence in situ
hybridization: past, present and future.
Journal of Cell Science, 116, hal.2833-
2838.
Karen, E.W. & Erik, C.T., 2011, Clinical Utility
of Chromosomal Microarray Testing,
Mayo Foundation for Medical Education
and Research. Diunduh: 20 Desember
2013 dari
http://www.mayomedicallaboratories.com/a
rticles/communique/2011/03.html
Luthardt, W.F. & Keitges, E., 2001.
Chromosomal syndrome and genetic
4
Hidayaturrahmi & Tirthaningsih
disease. Encyclopedia of life science, hal.1-
11.
Moore, M.C. & Best, G.R., 2001. Chromosomal
genetic disease: structural aberrations.
Encyclopedia Of Life Sciences. Diunduh:
17 november 2013 dari
http://www.els.net/WileyCDA/ElsArticle/re
fId-a0001452.html.
Moter, A & Gobel, U.B., 2000. Invited review
fluorescence in situ hybridization (FISH)
for direct visualization of microorganisms.
Journal of microbiological methods, 41,
hal.85-112.
Obe, G. et al., 2002. Chromosomal aberrations:
formation, identification and distribution.
Mutation research, 504, hal.17-36.
Peran FISH pada diagnostik genetik
Vogel, A & Fryns, P.J., 2004. Atlas of genetics
and cytogenetics in oncology and
haematology. Microdeletions and
Molecular Genetic, Diunduh: 28 November
2013 dari
http://AtlasGeneticsOncology.org/Educ/Mi
crodeletionID30059ES.html.Volpi, V.E. &
Bridger, M.J., 2008. FISH glossary: an
overview of the fluorescence in situ
hybridization technique. Biotechniques, 45,
hal.385-409.
Volpi, V.E. & Bridger, M.J., 2008. FISH glossary:
an overview of the fluorescence in situ
hybridization technique. Biotechniques, 45,
hal.385-409.