SKRIPSI

IDENTIFIKASI JUMLAH BAKTERI Bacteroides sp. PADA SALURAN

CERNA BALITA STUNTING DI KECAMATAN BARAKA
KABUPATEN ENREKANG MENGGUNAKAN
METODE REAL TIME PCR

Diajukan sebagai syarat dalam meraih Sarjana Terapan Kesehatan (S.Tr,Kes)

Pada Program Studi Diploma Empat (DIV) Teknologi Laboratorium Medis,
Fakultas Teknologi Kesehatan Universitas Megarezky Makassar

HERMAN
17 3145 353 126

PROGRAM STUDI DIV TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIS

FAKULTAS TEKNOLOGI KESEHATAN
UNIVERSITAS MEGAREZKY
MAKASSAR
2021
 HALAMAN JUDUL

SKRIPSI

Identifikasi Jumlah Bakteri Bacteroides sp. Pada Saluran Cerna Balita

Stunting Di Kecamatan Baraka Kabupaten Enrekang Menggunakan Metode
Real Time PCR

IDENTIFICATION OF Bacteroides sp. BACTERIA IN STUNTING

TODDLERS IN ENREKANG DISTRICT BARAKA SUB- DISTRICT
USING THE REAL TIME PCR METHOD

HERMAN
17 3145 353 126

Dibimbing Oleh
Syahruni Hidayatullah, S.Si., M.Kes
Pembimbing I

Indas Wari Rahman, S.Si., M.Kes

Pembimbing II

Penguji
Dr. Mashuri, S.Si., M.Kes

PROGRAM STUDI DIV TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIS

FAKULTAS TEKNOLOGI KESEHATAN
UNIVERSITAS MEGAREZKY
MAKASSAR
2021

ii
 PERSETUJUAN SKRIPSI

Penelitian ini berjudul ‘Identifikasi Jumlah Bakteri Bacteroides sp. Pada Saluran
Cerna Balita Stunting Di Kecamatan Baraka Kabupaten Enrekang Menggunakan
Metode Real Time PCR” yang disusun oleh Saudara Herman dengan NIM 17
3145 353 126, telah diujikan dalam seminar Proposal yang diselenggarakan pada
hari Jumat, 29 Juni 2021, karenanya Pembimbing 1, Pembimbing 2 dan Penguji
memandang bahwa Skripsi tersebut telah memenuhi syarat- syarat ilmiah dan
dapat disetujui untuk menempuh seminar hasil.

PENGUJI

1. Dr. Mashuri, S.Si., M.Kes (.....................................................)

PEMBIMBING :

1. Syahruni Hidayatullah, S.Si., M.Kes (......................................................)

2. Indas Wari Rahman, S.Si., M.Kes (......................................................)

Mengetahui,

Dekan Ketua Program Studi

Fakultas Teknologi Kesehatan DIV- Teknologi Laboratorium Medis

Prof. Dr. Dra. Hj. Asnah Marzuki, M,Si.,Apt Nirmawati Angria, S.Si.,M.Kes
NUPN : 8879223419 NIDN : 09 180687 02

iii
PLAGIARISM SCAN REPOT

iv
 HALAMAN PERSEMBAHAN

Ku persembahkan Skripsi ini untuk yang selalu bertanya :

“ kapan LULUS ?”

Terlambat lulus atau lulus tidak tepat waktu bukan sebuah kejahatan, bukan
sebuah aib. Alangkah kerdilnya jika mengukur kepintaran seseorang hanya dari
siapa yang paling cepat lulus. Bukankah sebaik- baik skripsi adalah skripsi yang
selesai ? Baik itu selesai tepat waktu maupun di waktu yang tepat.

v
 MOTTO

“ Kamu tidak bisa apa- apa tanpa Allah,

Tapi kamu bisa meraih segalanya dengan izin Allah”

vi
 CURRICULUM VITAE

HERMAN
17 3145 353 126
Program Studi : DIV- Teknologi Laboratorium Medis

Alamat : Jl. Perintis Kemerdekaan III, BTN Hamzy, Blok F, No.34

Orang Tua

a. Bapak : H. Walinono
b. Ibu : Hj. Hawang
c. Alamat : Jl. Pesantren Hidayatullah, Kab. Nunukan, Kalimantan Utara

Riwayat Pendidikan

a. SD : SD Sungai Anib II Sandakan

b. SMP : SMP Negeri 1 Nunukan Selatan
c. SMA : SMK Negeri 1 Nunukan

Prinsip Hidup : Hiduplah seperti Padi, semakin berisi semakin menunduk

Kesan disaat kuliah

Terkhusus teman kelas saya kelas 17D, terima kasih kasih telah memberikan
kepercayaan kepada saya untuk memimpin kalian selama 8 (delapan) semester
sebagai ketua tingkat. Menjadi ketua tingkat merupakan pengalaman sekaligus
tantangan yang sangat berkesan bagi saya. Mengenal teman- teman yang berasal

vii
dari daerah yang berbeda- beda, agama, suku dan ras yang membuat kita
menghargai satu sama lain.

viii
 KATA PENGANTAR

Assalamualaikum warahmatullahi wabarakatuh

Alhamdulillahirabbil’alamin puji dan syukur penulis panjatkan kehadirat

Allah SWT atas berkat rahmat dan karunia-Nyalah sehingga penulis dapat
menyelesaikan proposal penelitian yang berjudul Identifikasi Jumlah Bakteri
Bacteroides sp. Pada Saluran Cerna Balita Stunting Di Kabupaten Enrekang
Menggunakan Metode Real Time- Polymerase Chain Reaction (qRT- PCR) yang
diajukan sebagai salah satu syarat dalam menyelesaikan studi pada program studi
DIV Teknologi Laboratorium Medis, shalawat serta salam tetap tercurahkan kepada
Nabi Muhammad SAW, Sahabat-sahabat beliau, serta pengikut ajaran-ajaran beliau.

Pada kesempatan ini, penulis hendak menyampaikan terima kasih kepada

semua pihak yang telah memberikan dukungan moril maupun materil sehingga
proposal penelitian ini dapat selesai. Ucapan terima kasih ini penulis tujukan kepada:

1. Bapak Prof. Dr. dr. Ali Aspar Mappahya, Sp.PD., Sp.JP(K) selaku Rektor
Universitas Megarezky Makassar
2. Bapak Dr. H. Alimuddin, SH., MH., M.Kn selaku Pembina Yayasan
Universitas Megarezky Makassar
3. Ibu Hj. Suryani, SH., MH selaku Ketua Yayasan Universitas Megarezky
Makassar
4. Ibu Prof. Asnah Marzuki, M.Si., Apt. selaku Dekan Fakultas Teknologi
Kesehatan Universitas Megarezky Makassar
5. Ibu Nirmawati Angria, S.Si., M.Kes selaku Ketua Program Studi DIV
Teknologi Laboratorium Medis Universitas Megarezky Makassar

ix
6. Ibu Resi Agestia Waji, S.Si., M.Si. Selaku Pembimbing Akademik (PA) yang
telah memberikan bimbingan, nasehat, dan mendidik dari awal menjadi
mahasiswi sampai saat ini
7. Ibu Syahruni Hidayatullah, S.Si., M.Kes selaku Pembimbing I atas
kesempatan, bantuan, dan membimbing penulis dalam Proses Penyusunan
Proposal penelitian ini

8. Ibu Indas Wari Rahman, S.Si.,M.Kes selaku pembimbing II atas bimbingan,

arahan, dorongan, serta semangat yang diberikan sehingga proposal ini dapat
terselesaikan
9. Bapak Dr. Mashuri, S.Si.,M.Kes selaku Penguji yang telah meluangkan waktu,
tenaga, dan pikiran untuk memberikan ilmu, masukan/saran, serta arahan untuk
memperbaiki proposal ini
10. Seluruh Staf dan Dosen Pengajar program Studi DIV Teknologi Laboratorium
Medis Universitas Megarezky Makassar atas ilmu, pengetahuan, fasilitas, dan
Pendidikan yang telah diberikan selama masa perkuliahan
11. Terkhusus dan teristimewa kepada orang tuaku ayahanda H. Walinono, ibunda
Hj. Hawang serta semua Keluarga saya yang tidak bisa penulis sebutkan satu
persatu, yang selama ini telah membantu penulis dalam bentuk perhatian, kasih
sayang, semangat, serta doa yang tidak henti-hentinya mengalir demi kelancaran
dan kesuksesan penulis dalam menyelesaikan proposal.
12. Seluruh rekan Angkatan 2017 DIV Teknologi Laboratorium Medis Universitas
Megarezky Makassar terkhususnya Kelas 2017 D terima kasih atas dukungan
moral dari kalian semua
13. Seluruh team Stunting (Fizal, Ririn, Diyah, Anna) yang sangat berperan penting
dalam proses sampling ke Desa Bone- Bone & Desa Pepandungan Kecamatan
Baraka Kabupaten Enrekang, analisis sampel, pengolahan data hingga selesainya
penelitian ini
14. Serta masih banyak lagi pihak-pihak yang sangat berpengaruh dalam proses
penyelesaian proposal ini yang tidak bisa penulis sebutkan satu persatu

x
15. Last but not least, I wanna thank me, I wanna thank me for believing in me, I
wanna thank me for doing all this hard work, I wanna thank me for having no
days off, I wanna thank me for never quitting, for just being me at all times.

Semoga Allah SWT senantiasa membalas semua kebaikan yang telah

diberikan dan dapat bernilai ibadah disisi-Nya. Penulis menyadari bahwa
penyusunan proposal ini masih ada kekurangan dan masih jauh dari kesempurnaan,
olehnya itu saran dan kritikan yang sifatnya konstruktif senantiasa penulis harapkan
dari semua pihak demi perbaikan dan penyempurnaan segala kekurangan dalam
penyusunan proposal penelitian ini.

Akhir kata, penulis berharap semoga penelitian ini dapat bermanfaat bagi
peneliti, para pembaca khususnya bagi masyarakat luas. Semoga kita semua
senantiasa diberikan perlindungan oleh Allah SWT. Amin

Wassalamualaikum Warahmatullahi Wabarakatuh

Makassar, September 2021

Herman

xi
 DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL...............................................................................................ii
PERSETUJUAN SKRIPSI.....................................................................................iii
PLAGIARISM SCAN REPOT...............................................................................iv
HALAMAN PERSEMBAHAN..............................................................................v
MOTTO..................................................................................................................vi
CURRICULUM VITAE........................................................................................vii
KATA PENGANTAR..........................................................................................viii
DAFTAR ISI...........................................................................................................xi
ABSTRAK............................................................................................................xiii
ABSTRACK.........................................................................................................xiv
DAFTAR TABEL..................................................................................................xv
DAFTAR GAMBAR............................................................................................xvi
DAFTAR LAMPIRAN........................................................................................xvii

BAB I.PENDAHULUAN........................................................................................1
A. Latar Belakang.............................................................................................1
B. Rumusan Masalah........................................................................................5
C. Tujuan Penelitian.........................................................................................6
D. Manfaat Penelitian.......................................................................................6
BAB II.TINJAUAN PUSTAKA..............................................................................7
A. Stunting........................................................................................................7
1. Definisi Stunting........................................................................................7
2. Faktor Penyebab Stunting..........................................................................8
3. Dampak Stunting.....................................................................................10
4. Upaya Pencegahan Stunting....................................................................11
5. Pengukuran Antropometri.......................................................................13
B. Mikrobiota Saluran Cerna..........................................................................14
1. Definisi Mikrobiota Saluran Cerna.........................................................14
2. Perkembangan dan Keragaman Bakteri Saluran Cerna..........................18
3. Dampak Kesehatan Yang Ditimbulkan Oleh Bakteri Saluran Cerna......21

xii
 4. Penyakit Yang Berkaitan Dengan Bakteri Saluran Cerna.......................23
5. Bacteroides sp.........................................................................................27
C. Real Time- Polymerase Chain Reaction (qRT- PCR)................................31
1. Definisi Real Time- Polymerase Chain Reaction (qRT- PCR)...............31
2. Prinsip Kerja Real Time- Polymerase Chain Reaction (qRT- PCR).......32
3. Reaksi Real Time- Polymerase Chain Reaction (qRT- PCR).................34
4. Modifikasi Real Time- Polymerase Chain Reaction (qRT- PCR)..........35
5. Kelebihan dan Kekurangan Real Time- Polymerase Chain Reaction
(qRT-PCR)......................................................................................................36
D. Kerangka Teori...........................................................................................37
E. Kerangka Konsep.......................................................................................38
F. Alur Penelitian...........................................................................................38
G. Definisi Operasional...................................................................................39
H. Variabel/ Fokus Penelitian.........................................................................39
I. Relevansi Penelitian Sebelumnya..............................................................40
BAB III.METODE PENELITIAN........................................................................42
A. Desain Penelitian........................................................................................42
B. Lokasi dan Waktu Penelitian.....................................................................42
C. Populasi dan Sampel Penelitian.................................................................42
D. Alat dan Bahan...........................................................................................43
E. Cara Kerja..................................................................................................44
F. Analisis Data..............................................................................................46
G. Etika Penelitian..........................................................................................46
BAB IV.HASIL DAN PEMBAHASAN PENELITIAN.......................................47
A. Selayang Pandang Lokasi Penelitian.........................................................47
B. Hasil Penelitian..........................................................................................49
C. Pembahasan................................................................................................56
BAB V.KESIMPULAN DAN SARAN................................................................55
A. Kesimpulan................................................................................................55
B. Saran...........................................................................................................55
DAFTAR PUSTAKA............................................................................................56
LAMPIRAN...........................................................................................................59

xiii
 ABSTRAK

Herman, 2021. Identifikasi Jumlah Bakteri Bacteroides sp. pada Saluran Cerna
Balita Stunting Di Kecamatan Baraka Kabupaten Enrekang Menggunakan Metode
Real Time PCR. Dibimbing oleh Syahruni Hidayatullah dan Indas Wari Rahman.

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah terdapat bakteri

Bacteroides sp. dan berapa jumlah populasi bakteri Bacteroides sp. pada saluran
cerna balita stunting di Kecamatan Baraka Kabupaten Enrekang menggunakan
metode Real Time PCR.
Jenis penelitian ini merupakan penelitian deskriptif dengan menggunakan
desain penelitian cross sectional study (potong lintang) dengan mengidentifikasi
jumlah bakteri Bacteroides sp. yang terdapat pada feses balita stunting di
Kecamatan Baraka Kabupaten Enrekang menggunakan metode Real Time PCR.
Teknik pengambilan sampel yaitu Total Sampling dimana semua populasi
menjadi sampel yaitu sebanyak 31 anak balita usia 12- 48 bulan.
Hasil penelitian menunjukkan sebanyak 13 sampel yang terdeteksi bakteri
Bacteroides sp. dan jumlah rata- rata populasi bakteri Bacteroides sp. adalah 4,02
Log DNA Copies untuk kelompok stunting dan 5,18 Log DNA Copies untuk
kelompok normal.

Kata Kunci: Bacteroides sp, Stunting, Real Time PCR

xiv
ABSTRACK

xv
 DAFTAR TABEL

Tabel 2.1. Indeks Antropometri.........................................................................12

Tabel 4.1. Nilai Rata- Rata Jumlah Bakteri Bacteroides sp. Pada Saluran Cerna
Balita Stunting & Normal.................................................................47

xvi
 DAFTAR GAMBAR

Gambar 2.1.Perbedaan Tinggi Balita Stunting Dengan Balita Normal..........7

Gambar 2.2. Distibusi Mikrobiota Saluran Cerna........................................15
Gambar 2.3. Bacteriodes sp. yang Dikultur Pada Agar Darah.....................26
Gambar 2.4. Alat Real Time- Polymerase Chain Reaction..........................30
Gambar 2.5. Tahapan Dan Prinsip PCR.......................................................33
Gambar 2.6. Kerangka Teori........................................................................36
Gambar 2.7. Kerangka Konsep.....................................................................37
Gambar 2.8. Alur Penelitian.........................................................................37
Gambar 4.1. Peta Administrasi Kecamatan Baraka Kabupaten Enrekang...48

xvii
 DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1. Data Sampel (Anak Balita) di Desa Bone- Bone dan Desa
Pepandungan................................................................................59
Lampiran 2. Karakteristik Responden (Ibu/ Pengasuh)...................................63
Lampiran 3. Karakteristik Sampel (Anak Balita).............................................64
Lampiran 4. Karakteristik Sampel Anak Balita Berdasarkan Indeks
Antropometri...............................................................................65
Lampiran 5. Karakteristik Asupan Gizi Anak Balita.......................................66
Lampiran 6. Karakteristik Sampel Feses..........................................................67
Lampiran 7. Nilai Cq Bacteroides sp Pada Sampel Feses Anak Balita...........68
Lampiran 8. Kurva Amplifikasi Bacteroides sp...............................................69
Lampiran 9. Kurva Melt...................................................................................70
Lampiran 10. Kurva Standar Jumlah Bakteri....................................................71
Lampiran 11. Surat Ijin Penelitian Provinsi......................................................72
Lampiran 12. Surat Rekomendasi Penelitian dari LPPM..................................73
Lampiran 13. Surat Ijin dari Kabupaten Enrekang............................................74
Lampiran 14. Surat Keterangan Bukti Pengambilan Sampel............................75
Lampiran 15. Surat Keterangan Penelitian dari RSUP Hasanuddin.................76
Lampiran 16. Surat Keterangan Bebas Keuangan.............................................77
Lampiran 17. Dokumentasi Pengambilan Sampel di Desa Bone- Bone
dan Desa Pepandungan Kecamatan Baraka Kabupaten
Enrekang......................................................................................78
Lampiran 18. Dokumentasi Ekstraksi/ Isolasi DNA.........................................79
Lampiran 19. Dokumentasi Amplifikasi di Real- Time PCR............................80

xviii
 1

BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Stunting menurut World Health Organization (WHO) merupakan kondisi

dimana balita memiliki panjang atau tinggi badan yang kurang jika dibandingkan

dengan umur. Kondisi ini diukur dengan panjang atau tinggi badan yang lebih dari

-2 SD (standar deviasi) pertumbuhan anak dari WHO. Stunting merupakan salah

satu kondisi abnormal yang disebabkan oleh masalah gizi pada bayi. Hal tersebut

dapat menyebabkan anak mengalami kesulitan dalam perkembangan fisik dan

kognitif yang optimal [ CITATION Kem20 \l 1057 ].

Pada tahun 2017, sekitar 150,8 juta (22,2%) balita di dunia mengalami

stunting. Data prevalensi stunting yang dikumpulkan WHO, Indonesia termasuk

ke dalam negara ketiga dengan prevalensi tinggi di regional Asia Tenggara

[ CITATION WHO18 \l 1057 ] . Rata- rata prevalensi stunting di Indonesia tahun 2005-

2017 adalah 36,4%. Berdasarkan data Pemantauan Status Gizi (PSG) selama tiga

tahun terakhir, stunting memiliki prevalensi tertinggi dibandingkan dengan

masalah gizi lainnya seperti kurang gizi, kurus, dan gemuk. Prevalensi stunting

mengalami peningkatan dari tahun 2016 yaitu 27,5% menjadi 29,6% pada tahun

2017 [ CITATION Kem18 \l 1057 ].

Berdasarkan data Riset Kesehatan Dasar (Riskesdas) Provinsi Sulawesi

Selatan masuk ke dalam 10 besar dengan angka stunting tertinggi secara nasional.

Dari 24 kabupaten/ kota di Sulawesi Selatan, ada lima daerah dengan angka

stunting tertinggi yakni Kabupaten Enrekang, Bone, Jeneponto, Takalar dan

 2

Bantaeng. Kabupaten Enrekang pada tahun 2019 menjadi daerah dengan angka

stunting tertinggi di Provinsi Sulawesi Selatan dengan tiga kecamatan yang

menjadi daerah stunting tertingi yaitu kecamatan Baraka, kecamatan Buntu Batu

dan kecamatan Malua. Pada tahun 2019, Kecamatan Baraka menjadi kecamatan

yang memiliki prevalensi stunting paling tinggi di Kabupaten Enrekang yakni

42,9% [ CITATION Din19 \l 1057 ].

Berdasarkan data yang didapatkan di Puskesmas Baraka Kabupaten

Enrekang, pada tahun 2016 Kecamatan Baraka memiliki prevalensi stunting

sebesar 41,06%. Tahun 2017 mengalami sedikit penurunan dan menunjukkan

prevalensi stunting sebesar 39,1%. Tahun 2018 angka prevalensi stunting sebesar

36,4%. Tahun 2019 terjadi peningkatan prevalensi sebesar 42,9% [ CITATION Pus21

\l 1057 ].

Pada tahun 2020, prevalensi stunting di Kecamatan Baraka naik menjadi

46%. Dari 15 desa/ kelurahan yang terdapat di Kecamatan Baraka, ada dua desa

yang memiliki prevalensi stunting yang sangat tinggi yaitu Desa Bone- Bone dan

Desa Pepandundangan. Sebanyak 27 anak balita (40%) yang terdapat di Desa

Bone- Bone sedangkan sebanyak 50 anak balita (47%) yang terdapat di Desa

Pepandungan dengan rentang usia antara 1-5 tahun [ CITATION Pus21 \l 1057 ].

Kabupaten Enrekang merupakan sentra perkebunan dan pertanian

khususnya sayur- sayuran seperti cabai rawit, kentang, kubis, Petsai, tomat,

bawang daun, bawang merah, wortel, buncis, cabai besar, kacang merah, labu dan

lain sebagainya yang ada di Sulawesi Selatan. Kondisi geografis dan kondisi tanah

yang subur sehingga banyak jenis tanaman pangan yang dikembangkan seperti
 3

padi, jagung, ubi kayu, ubi jalar, kacang tanah, kedelai dan kacang hijau. Namun

demikian, hal tersebut sangat bertolak belakang dengan status gizi balita yang ada

di Kabupaten Enrekang yang banyak terkonfirmasi stunting [ CITATION Din21 \l

1057 ].

Faktor penyebab stunting dibagi menjadi dua faktor, yaitu faktor langsung

dan tidak langsung. Faktor langsung meliputi faktor makanan dan penyakit

infeksi, keduanya saling berpengaruh. Kemudian faktor tidak langsung meliputi

sanitasi, ketersediaan air bersih, ketersediaan pangan, pola asuh, kualitas

pelayanan kesehatan, tingkat pendidikan, tingkat pendapatan keluarga dan akses

informasi [CITATION Uni18 \l 1057 ]. Salah satu penyakit yang timbul akibat sanitasi

yang buruk adalah diare, yang memiliki peranan dalam kejadian stunting. Anak

yang mengalami stunting mempunyai episode kejadian diare yang sering.

Komposisi mikrobiota saluran cerna pada saat diare di mana bakteri patogen

komposisinya menjadi lebih tinggi dibandingkan bakteri flora normal di dalam

saluran cerna (Helmyati et al, 2017).

Mikrobiota saluran cerna merupakan tempat koloni mikrobiota terbanyak,

sekitar 70% dari jumlah mikrobiota seluruh tubuh. Menurut penelitian yang telah

dilakukan, terdapat sekitar 35.000 jenis bakteri di dalam saluran cerna [CITATION

Sai15 \l 1057 ]. Jumlah bakteri normal pada orang sehat beragam, 101- 103 pada

lambung dan duodenum, meningkat menjadi 104- 107 pada jejenum dan illeum,

dan meningkat 1011- 1012 pada usus besar (colon). Bacteroides sp. merupakan

salah satu bakteri flora normal yang dominan berada di saluran cerna. Bakteri

flora normal dalam saluran cerna berfungsi untuk memberikan manfaat kesehatan,
 4

misalnya memproteksi dari bakteri patogen, berperan pada metabolisme inang dan

zat gizi, serta modulasi sistem imun [ CITATION Hel19 \l 1057 ].

Bacteroides sp. mengandung sfingolipida dan mengandung campuran

asam lemak bercabang antaeso- metil dan iso- metal yang berperan dalam banyak

metabolik dalam usus besar (colon) manusia, meliputi fermentasi karbohidrat,

penggunaan substansi nitrogen, dan biotransformasi dari asam empedu dan steroid

lain. Keberadaan Bacteroides sp. di saluran cerna sangat mempengaruhi

penyerapan zat gizi dan nutrisi [ CITATION Sum18 \l 1057 ].

Bacteroides sp. merupakan bakteri flora normal yang ada dalam saluran

cerna manusia. Adanya infeksi saluran cerna bisa dilihat dari jumlah populasi

bakteri flora normal, dimana jumlah populasi bakteri flora normal akan

mengalami penurunan dan jumlah bakteri patogen akan mengalami peningkatan

sehingga terjadi infeksi terutama pada usus halus. Komposisi bakteri patogen

yang banyak menyebabkan inflamasi dan malabsorbsi zat gizi sehingga

menghambat pertumbuhan linear lalu menyebabkan stunting [ CITATION INe20 \l

1057 ].

Berdasarkan hasil penelitian yang telah dilakukan (Dong Fang, 2020) yang

meneliti terkait hubungan ketidakseimbangan Bacteroides sp. dengan kejadian

stunting pada anak malnutrisi di China menemukan bahwa terjadi

ketidakseimbangan populasi jumlah mikrobiota saluran cerna anak malnutrisi

dibandingkan anak normal, dimana populasi Bacteroides sp. relatif lebih sedikit

jika dibandingkan bakteri patogen. [ CITATION Rob20 \l 1057 ] juga menemukan

tingginya phylum Probacteria pada anak gizi kurang dan rendahnya Bacteroides
 5

sp. sedangkan genus bakteri seperti Klebsiella dan Escherchia Coli tinggi pada

anak kurang gizi.

Identifikasi Bacteroides sp. bisa dilakukan dengan beberapa metode

seperti metode kultur media dan metode molekuler. Salah satu metode molekuler

yang dapat digunakan untuk mengidentifikasi dan mengukur jumlah bakteri yaitu

dengan real time- polymerase chain reaction (qRT- PCR). Real time- polymerase

chain reaction (qRT- PCR) merupakan metode modifikasi dari PCR yang

memungkinkan hasilnya dapat dilihat secara real dan dapat dilihat secara

langsung pada saat itu. Keunggulan dari metode real time- polymerase chain

reaction (qRT- PCR) adalah memiliki spesifitas dan sensivitas yang tinggi dalam

menentukan jumlah target menggunakan primer yang spesifik [ CITATION Wex07 \l

1057 ].

Berdasarkan permasalahan tersebut sehingga membuat peneliti tertarik dan

bermaksud untuk melakukan penelitian tentang identifikasi jumlah bakteri

Bacteroides sp. pada saluran cerna balita stunting di Kecamatan Baraka

Kabupaten Enrekang menggunakan metode Real Time PCR.

B. Rumusan Masalah

Berdasarkan uraian dari latar belakang tersebut maka dapat

dirumuskan masalah dalam penelitian ini adalah sebagai berikut :

1. Apakah terdapat bakteri Bacteroides sp. pada saluran cerna balita

stunting di Kabupaten Enrekang menggunakan metode Real Time PCR ?

 6

2. Berapakah jumlah populasi bakteri Bacteroides sp. pada saluran cerna

balita stunting dan balita normal di Kabupaten Enrekang menggunakan

metode Real Time PCR ?

3. Adakah hubungan Bacteroides sp. dengan kejadian stunting ?

C. Tujuan Penelitian

Berdasarkan uraian rumusan masalah tersebut maka tujuan dari

penelitian ini adalah sebagai berikut :

1. Untuk mengetahui apakah terdapat bakteri Bacteroides sp. pada saluran

cerna balita stunting di Kabupaten Enrekang menggunakan metode Real

Time PCR ?

2. Untuk mengetahui jumlah populasi bakteri Bacteroides sp. pada saluran

cerna balita stunting dan balita normal di Kabupaten Enrekang

menggunakan metode Real Time PCR ?

3. Untuk mengetahui hubungan Bacteroides sp. dengan kejadian stunting ?

D. Manfaat Penelitian

1. Manfaat Praktis

Dengan didapatkannya hasil penelitian ini, orang tua atau pengasuh

anak balita stunting bisa melakukan terapi probiotik untuk meningkatkan

jumlah bakteri flora normal pada saluran cerna anak dan juga sebagai

pencegahan sebelum anak teridentifikasi stunting.

2. Manfaat Teoritis

Dapat memberi informasi tentang pengembangan penelitian

berikutnya tentang kasus stunting dan sebagai sumbangsih kepustakaan

 7

ilmiah bagi almamater program studi DIV- Teknologi Laboratorium

Medis.
 8

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

A. Stunting

1. Definisi Stunting

Stunting merupakan kondisi dimana terjadi gagal tumbuh pada anak

balita (bawah lima tahun) disebabkan oleh kekurangan gizi kronis sehingga

anak terlalu pendek untuk usianya. Kekurangan gizi terjadi sejak bayi di

dalam kandungan dan pada masa awal setelah bayi dilahirkan. Akan tetapi,

kondisi stunting baru akan muncul setelah anak berusia 2 tahun. Balita

stunting adalah balita dengan panjang badan (PB) atau tinggi badan (TB)

menurut umurnya (U) dibandingkan dengan standar baku WHO- MRGS

(Multicentre Growth Reference Study) 2006, sedangkan menurut Kementrian

Kesehatan (Kemenkes) stunting adalah anak balita dengan nilai z- scorenya

kurang dari -2sd/ standar deviasi (stunted) dan kurang dari -3SD (severely

stunted) [ CITATION Kem20 \l 1057 ].

Stunting adalah kondisi gagal tumbuh pada anak balita yang mana

disebabkan oleh kekurangan gizi kronis sehingga anak terlalu pendek untuk

usianya (lihat gambar 2.1), kekurangan gizi terjadi pada saat bayi masih

berada di dalam kandungan dan pada masa awal setelah anak lahir, akan

tetapi baru tampak setelah anak berusia 2 tahun. Stunting berdampak pada

tingkat kecerdasan anak, kerentanan terhadap penyakit, menurunkan

 9

produktivitas dan kemudian menghambat pertumbuhan ekonomi serta

meningkatkan kemiskinan [ CITATION Ris18 \l 1057 ].

Gambar 2.1 Perbedaan tinggi balita stunting dengan balita normal

Sumber : [ CITATION Kem20 \l 1057 ]

2. Faktor Penyebab Stunting

Menurut Kemenkes (2017) stunting disebabkan oleh faktor multi

dimensi:

a. Praktik pengasuhan yang tidak baik, meliputi kurang pengetahuan

tentang kesehatan dan gizi sebelum dan pada saat masa kehamilan,

60% anak usia 0-6 bulan tidak memperoleh ASI Eksklusif, 2 dari 3

anak usia 0- 24 bulan tidak menerima MP- ASI.

b. Terbatasnya layanan kesehatan termasuk layanan ANC- Ante Natal

Care, Post- Natal dan pembelajaran dini yang berkualitas, meliputi 1

dari 3 anak usia 3-6 tahun tidak terdaftar PAUD, 2 dari 3 ibu hamil

belum mengkonsumsi suplemen zat besi yang memadai,

 10

menurunnya tingkat kehadiran anak di posyandu, tidak mendapat

akses yang memadai ke layanan imunisasi.

c. Kurangnya akses ke air bersih dan sanitasi, meliputi 1 dari 5 rumah

tangga masih BAB di ruang terbuka, 1 dari 3 rumah tangga belum

memiliki akses ke air minum yang bersih.

WHO (2018) membagi penyebab terjadinya stunting pada anak menjadi

4 kategori besar yaitu faktor keluarga dan rumah tangga, makanan

tambahan/ komplementer yang tidak adekuat, menyusui, dan infeksi.

a. Faktor keluarga dan rumah tangga dibagi lagi menjadi faktor

maternal dan faktor lingkungan rumah. Faktor maternal berupa

nutrisi yang kurang pada saat perkonsepsi, kehamilan dan laktasi,

tinggi badan ibu yang rendah, infeksi, kehamilan pada usia remaja,

kesehatan mental, Intrauterine Growth Restriction (IUGGR),

kelahiran pretern, jarak kehamilan yang pendek, dan hipertensi.

Faktor lingkungan rumah berupa stimulasi dan aktivitas anak yang

tidak adekuat, perawatan yang berkurang, sanitasi dan pasukan air

yang tidak adekuat, akses dan ketersediaan pangan yang kurang,

alokasi makanan dalam rumah tangga yang tidak sesuai, dan edukasi

pengasuh yang rendah.

b. Faktor kedua penyebab stunting adalah makanan komplenter yang

tidak adekuat, yang dibagi menjadi tiga, yaitu kualitas makanan yang

rendah, cara pemberian yang tidak adekuat, dan keamanan makanan

dan minuman. Kualitas makanan yang rendah dapat berupa kualitas

 11

mikronutrien yang rendah, keragaman jenis makanan yang

dikonsumsi dan sumber makanan hewani yang rendah, makanan

yang tidak mengandung nutrisi, dan makanan komplementer yang

mengandung energi rendah. Cara pemberian yang tidak adekuat

berupa frekuensi pemberian makanan yang rendah, pemberian

makanan yang tidak adekuat ketika sakit dan setelah sakit,

konsistensi makanan yang terlalu halus, pemberian makan yang

rendah dalam kuantitas. Keamanan makanan dan minuman dapat

berupa makanan dan minuman yang terkontaminasi, kebersihan yang

rendah, penyimpanan dan persiapan makanan yang tidak aman.

c. Faktor ketiga yang dapat menyebabkan stunting adalah pemberian

ASI (Air Susu Ibu) yang salah, karena inisiasi yang terlambat, tidak

ASI eksklusif, dan penghentian penyususan yang terlalu cepat.

d. Faktor keempat adalah infeksi klinis dan sub klinis seperti infeksi

usus : diare, environmental enteropathy, infeksi cacing, infeksi

pernafasan, malaria, nafsu makan yang kurang akibat infeksi, dan

inflamasi.

3. Dampak Stunting

Masalah gizi terutama masalah balita stunting dapat menyebabkan

proses tumbuh kembang menjadi terhambat, dan memiliki dampak negatif

yang akan berlangsung untuk kehidupan selanjutnya. Sebuah penelitian

menunjukkan bahwa balita pendek sangat berhubungan dengan prestasi

 12

pendidikan yang kurang dan pendapatan yang rendah sebagai orang dewasa

[ CITATION Sut18 \l 1057 ].

Menurut WHO (2017), dampak yang terjadi akibat stunting dibagi

menjadi dampak jangka pendek dan jangka panjang.

Dampak jangka pendek yaitu :

a. Peningkatan kejadian kesakitan dan kematian

b. Perkembangan kognitif, motorik dan verbal pada anak tidak optimal

c. Peningkatan biaya kesehatan

Dampak jangka panjang, yaitu :

a. Postur tubuh yang tidak optimal saat dewasa (lebih pendek bila

dibandingkan pada umumnya)

b. Meningkatnya risiko obesitas dan penyakit lainnya

c. Menurunnya kesehatan reproduksi

d. Kapasitas belajar dan performa yang kurang optimal saat masa sekolah

4. Upaya Pencegahan Stunting

Stunting merupakan salah satu target Sustainable Development Goals

(SDGs) yang termasuk pada tujuan pembangunan berkelanjutan ke- 2 yaitu

menghilangkan kelaparan dan segala bentuk malnutrisi pada tahun 2030 serta

mencapai ketahanan pangan. Target yang ditetapkan adalah menurunkan

angka stunting hingga 40% pada tahun 2025 [ CITATION Kin20 \l 1057 ].

Untuk mewujudkan hal tersebut, pemerintah menetapkan stunting

sebagai salah satu program prioritas. Berdasarkan Peraturan Menteri

Kesehatan Nomor 39 Tahun 2016 tentang Pedoman Penyelenggaraan

 13

Program Indonesia Sehat dengan Pendekatan Keluarga, upaya yang dilakukan

untuk menurunkan prevalensi stunting di antara sebagai berikut:

a. Ibu Hamil dan Bersalin

1) Intervensi pada 1.000 hari pertama kehidupan

2) Mengupayakan jaminan mutu ante natal care (ANC) terpadu

3) Meningkatkan persalinan di fasilitas kesehatan

4) Menyelenggarakan program pemberian makanan tinggi kalori,

protein dan mikronutrien (TKPM)

5) Deteksi dini penyakit (menular dan tidak menular)

6) Pemberantasan kecacingan

7) Meningkatkan transformasi Kartu Menuju Sehat (KMS) ke dalam

Buku KIA

8) Menyelenggarakan konseling inisiasi Menyusu Dini (IMD) dan ASI

Eksklusif

9) Penyuluhan dan Pelayanan KB

b. Balita

1) Pemantauan pertumbuhan balita

2) Menyelenggarakan kegiatan Pemberian Makanan Tambahan (PMT)

untuk balita

3) Menyelenggarakan stimulasi dini perkembangan anak

4) Memberikan pelayanan kesehatan yang optimal

c. Anak Usia Sekolah

1) Melakukan revitalisasi Usaha Kegiatan Sekolah (UKS)

 14

2) Menguatkan kelembagaan Tim Pembina UKS

3) Menyelenggarakan Program Gizi Anak Sekolah (PROGAS)

4) Memberlakukan sekolah sebagai kawasan bebas rokok dan narkoba

d. Remaja

1) Meningkatkan penyuluhan untuk perilaku hidup bersih dan sehat

(PHBS), pola gizi seimbang, tidak merokok dan mengonsumsi

narkoba

2) Pendidikan kesehatan reproduksi

e. Dewasa Muda

1) Penyuluhan dan pelayanan keluarga berencana (KB)

2) Deteksi dini penyakit (menular dan tidak menular)

3) Meningkatkan penyuluhan untuk PHBS, pola gizi seimbang, tidak

merokok/ mengonsumsi narkoba

5. Pengukuran Antropometri

Berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia No.

1995/MENKES/SK/XII/2010 tentang Standar Antropometri Penilaian Status

Gizi Anak adalah sebagai berikut :

Tabel. 2.1 Indeks Antropometri

Indeks Kategori Status Ambang Batas (Z-Score)

Gizi
Berat Badan menurut Gizi Buruk <-3 SD
Umur (BB/U) Anak
Gizi Kurang -3 SD sampai dengan <-2 SD
 15

Umur 0-60 Bulan Gizi Baik -2 SD sampai dengan 2 SD

Gizi Lebih >2 SD

Panjang Badan menurut Sangat Pendek <-3 SD
Umur (PB/U) atau Tinggi
Badan menurut Umur Pendek -3 SD sampai dengan <-2 SD
(TB/U) Anak Umur 0-60
Normal -2 SD sampai dengan 2 SD
Bulan
Tinggi >2 SD
Berat Badan menurut Sangat Kurus <-3 SD
Panjang Badan (BB/PB)
atau Berat Badan Kurus -3 SD sampai dengan <-2 SD
menurut Tinggi Badan
Normal -2 SD sampai dengan 2 SD
(BB/TB) Anak Umur 0-
60 Bulan Gemuk >2 SD
Indeks Masa Tubuh Sangat Kurus <-3 SD
menurut Umur (IMT/U)
Anak Umur 0-60 Bulan Kurus -3 SD sampai dengan <-2 SD

Normal -2 SD sampai dengan 2 SD

Gemuk >2 SD
Indeks Masa Tubuh Sangat Kurus <-3 SD

menurut Umur (IMT/U) Kurus -3 SD sampai dengan <-2 SD

Anak Umur 5- 18 Tahun Normal -1 SD sampai dengan 2 SD

Gemuk >2 SD

B. Mikrobiota Saluran Cerna

1. Definisi Mikrobiota Saluran Cerna

Mikrobiota didefinisikan sebagai kumpulan mikroorganisme yang

hidup pada tubuh inang (host). Dapat terdiri dari bakteri, archae, virus, dan

organisme eukorita sel satu lainnya. Kolonisasi bakteri terdapat pada seluruh

permukaan tubuh yang memiliki kontak dengan dunia luar, yaitu kulit,

saluran urin, saluran cerna, dan saluran napas. Tinjauan ini menekankan pada
 16

bakteri, salah satu jenis mikrobiota yang telah sering diteliti perannya untuk

kesehatan manusia dibanding jenis lain. Kolonisasi mikrobiota terbanyak

berlokasi di saluran cerna dengan jumlah dan komposisi yang bervariasi

[ CITATION Ard16 \l 1057 ].

Bakteri saluran cerna merupakan bagian integral dari kehidupan

manusia yang menghuni sepanjang saluran pencernaan manusia. Bakteri

saluran pencernaan memulai proses kolonisasi begitu bayi dilahirkan. Selama

masa kolonisasi lebih lanjut, konsorsium bakteri ini mengalami perubahan

secara dinamis sepanjang kehidupan manusia dan dapat dipengaruhi oleh

faktor internal dan eksternal dan bersifat spesifik pada individu. Komposisi

bakteri saluran cerna bersifat spesifik pada individu, berubah secara dinamis

sepanjang kehidupan manusia dan dapat dipengaruhi oleh faktor internal dan

eksternal, yang memegang peranan penting pada fungsi fisiologis dari aspek

nutrisi sampai pada perilaku dan stres [ CITATION INe20 \l 1057 ].

Disamping berperan penting dalam aspek yang luas meliputi fungsi

fisiologis, nutrisi, perilaku bahkan stres pada individu, bakteri saluran cerna

berkontribusi tidak hanya pada kondisi kesehatan tetapi juga terhadap

kemunculan penyakit terkait saluran pencernaan serta diluar sistem

pencernaan. Fungsi dan peran bakteri saluran cerna bagi kesehatan

dipengaruhi oleh keseimbangan komposisi bakteri saluran cerna. Gangguan

pada keseimbangan bakteri saluran cerna dapat menyebabkan berbagai

penyakit [CITATION Hel19 \l 1057 ].

 17

Sepanjang usia manusia, populasi mikrobiota dapat terus mengalami

perubahan. Faktor- faktor yang diduga memengaruhi variasi ini adalah

kolonisasi maternal, asupan, pajanan lingkungan, dan terapi antimikroba.

Gangguan keseimbangan mikrobiota pada saluran cerna berhubungan dengan

berbagai penyakit, di antaranya inflammatory bowel disease (IBD), irritable

bowel syndrome (IBS), penyakit metabolik (obesitas dan diabetes) dan alergi

[ CITATION Ele19 \l 1057 ].

Saluran cerna individu dapat dinyatakan sehat jika mengandung

mikrobiota dengan jumlah cukup untuk memberikan manfaat kesehatan,

misalnya memproteksi dari bakteri patogen, berperan pada metabolisme inang

dan zat gizi, serta modulasi sistem imun. Pemeriksaan mikrobiota saluran

cerna dilakukan dalam feses, dengan metode bacterial gene sequencing,

meliputi analisis metagenomik DNA yang mengkode 16s r RNA dan analis

bioinformatika. Jumlah dan distribusi mikrobiota bervariasi dalam saluran

cerna. Kolon merupakan tempat koloni mikrobiota terbanyak, meliputi 70%

dari jumlah mikrobiota seluruh tubuh. Saluran cerna diduga mengandung

sebanyak 35.000 jenis bakteri [ CITATION Sai15 \l 1057 ].

 18

Gambar 2.2. Distribusi mikrobiota saluran cerna

Sumber : [ CITATION Sai15 \l 1057 ].
Sebagian besar mikrobiota saluran cerna mendapatkan makanannya

dari asupan karbohidrat inang, terutama berupa oligosakarida yang tidak lagi

dapat dicerna (misalnya galaktooligosakarida dan inulin), yang juga disebut

prebiotik. Prebiotik mendukung pertumbuhan bakteri yang menguntungkan

sehingga berpotensi meningkatkan kesehatan saluran cerna. Prebiotik ini akan

difermentasi secara selektif oleh bakteri usus (seperti Bacteroides, Roseburia,

Bifidobacterium, Enterobacteria) untuk mensintesis asam lemak rantai

pendek (short chain fatty acid/ SCFA) yang menjadi sumber energy

[ CITATION INe20 \l 1057 ].

Selain prebiotik, terdapat makanan yang mengandung flora atau

bakteri hidup dan dinyatakan bermanfaat bagi saluran cerna yang disebut

probiotik, contohnya yoghurt dan susu formula yang diperkaya dengan

bakteri asam laktat. Meskipun demikian, probiotik oral dianggap belum

menyediakan jumlah bakteri yang cukup untuk mempengaruhi populasi

dalam kolon [ CITATION Ard16 \l 1057 ].

Mikrobiota saluran cerna turut membantu dalam pengolahan zat gizi

dari asupan yang dikonsumsi inang. Pada metabolisme karbohidrat,

Bacteroides thetaiotaomicron berperan untuk ekspresi enzim glycosyl

transferases, glycoside hydrolases, polysaccharide lyases. Bakteri ini juga

berperan pada metabolisme lipid dengan cara membantu efisiensi hidrolisis

lipid melalui peningkatan ekspresi colipase yang dibutuhkan oleh lipase

 19

pancreas untuk mencerna lipid. Metabolisme protein dilakukan secara efisien

menggunakan microbial proteinases dan peptidases yang berperan bersama

human proteinases. Dinding sel bakteri mengandung transporter- transporter

asam amino yang memfasilitasi masuknya asam amino ke bakteri dari dalam

lumen usus. Konversi L-Histidine menjadi histamine dibantu oleh enzim

bakteri histamine decarboxylases yang dikode gen hdcA bakteri. Konversi

glutamate menjadi gamma amino butyric acid (GABA) dibantu oleh enzim

glutamate decarboxylases yang dikode oleh gen gadB bakteri. Selain itu,

mikrobiota saluran cerna juga berperan pada sintesis vitamin K dan beberapa

komponen vitamin B, serta membantu pemecahan polyphenols dari asupan

untuk menjadi senyawa aktif dalam tubuh [ CITATION Ele19 \l 1057 ].

2. Perkembangan dan Keragaman Bakteri Saluran Cerna

Mikroorganisme tumbuh subur pada seluruh permukaan kulit, saluran

pencernaan, saluran pernafasan dan saluran pencernaan sebagai barrier tubuh

dalam menghadapi invasi dari luar. Tubuh manusia diperkirakan mengandung

1014 sel bakteri dan jumlah ini diperkirakan 100 kali dari seluruh gen tubuh

manusia(human genome), sehingga dengan kapasitas genetis yang sangat

besar ini, maka gen mikroba dipandang sebagai gen kedua dalam tubuh

manusia (second human genome). Dilihat dari populasi mikroorganisme,

maka saluran pencernaan utamanya usus besar adalah bagian paling banyak

dihuni oleh bakteri, dan perkirakan menampung 75% dari seluruh

mikroorganisme dalam tubuh manusia. Hal ini juga didukung oleh luas

permukaan saluran pencernaan yang diperkirakan 200m 2, sehingga

 20

merupakan bentangan yang luas yang dikolonisasi oleh mikroorganisme

[ CITATION INe20 \l 1057 ].

Bakteri saluran cerna dihuni oleh golongan bakteri anaerob, fakultatif

anaerob dan aerob. Bakteri anaerob mendominasi bakteri fakultatif dan aerob

dengan kepadatan populasi dua orde (ratusan kali) dibandingkan dengan

bakteri fakultatif anaerob dan aerob. Penelitian menunjukkan bahwa saluran

cerna dihuni oleh lebih dari 50 phyla bakteri, tetapi sampai saat ini hanya 2

phyla dominan yaitu Bacteroides dan Firmicutes, dimana Probacteria,

Verrucomicrobia, Actinobacteria, Fusobacteria dan Cyanobacteria berada

dalam jumlah yang terbatas. Spesies bakteri saluran cerna sangat bervariasi

diperkirakan mengandung 500- 1000 spesies. Tetapi penelitian terkini

menunjukkan bahwa bakteri saluran cerna terdiri dari lebih dari 35.000

spesies bakteri [ CITATION Ele19 \l 1057 ].

Komposisi bakteri saluran cerna tidak homogen pada seluruh bagian

saluran pencernaan. Populasi beragam 101- 103 pada lambung dan duodenum,

meningkat menjadi 104- 107 pada jejenum dan illeum, dan meningkat 1011-

1012 pada usus besar (colon). Bagian saluran pencernaan yang berbeda

didominasi oleh jenis bakteri yang berbeda, dan dinamika proporsi bakteri

utama ini dipengaruhi oleh kondisi fisiologis dan kesehatan individu. Variasi

bakteri saluran cerna berbeda baik dari permukaan horizontal maupun

permukaan vertikal saluran pencernaan. Epitel saluran pencernaan dipisahkan

dari lumen oleh lapisan tebal dan kompleks mukus. Konsorium bakteri yang

terdapat dalam lumen berbeda dengan mikroba yang pada mukus. Hal serupa
 21

juga terlihat, bahwa komposisi bakteri pada bagian atas saluran cerna berbeda

dengan yang menghuni ujung distal saluran pencernaan seperti Bacteroides,

Bifidobacteria, Streptococcus, golongan Enterobacteriaceae, Enterococcus,

Clostridium, Lactobacilluss dan Ruminococcus merupakan kelompok bakteri

utama yang terdapat pada feses, tetapi hanya Clostridium, Lactobacillus dan

Enterococcus yang terdeteksi pada lapisan mukus dan krip epitel pada usus

halus [ CITATION Sai15 \l 1057 ].

Kolonisasi mikroorganisme terjadi segera setelah bayi dilahirkan.

Selama dalam proses persalinan melalui saluran persalinan normal, bayi

mengalami kontak dengan populasi mikroorganisme yang kompleks. Bukti

bahwa kontak dengan lingkungan vagina berpengaruh terhadap

perkembangan awal mikroba pada saluran pencernaan bayi terlihat dari

komposisi bakteri saluran cerna bayi sangat mirip dengan komposisi mikroba

pada vagina ibu yang melahirkannya. Bayi yang dilahirkan melalui operasi

sesar mempunyai komposisi bakteri saluran pencernaan berbeda dengan bayi

yang lahir normal. Setelah perkembangan awal dari bakteri saluran cerna

selama tahun pertama kehidupan manusia, komposisi bakteri saluran cerna

relatif sederhana yang pada awalnya diperkaya oleh air susu ibu [ CITATION

Ard16 \l 1057 ].

Setelah berusia satu tahun, bakteri saluran cerna bayi mulai

menyerupai anak muda dan mulai stabil, dan diduga bahwa kondisi ini

dianggap sebagai perubahan bakteri saluran cerna ke arah dewasa, dan terlihat

hubungan kekerabatan berpengaruh terhadap kondisi bakteri saluran cerna.

 22

Lebih lanjut disebutkan bahwa bakteri saluran cerna dari bayi yang terlahir

kembar, komposisi bakteri saluran cerna lebih banyak dipengaruh si ibu

daripada genetic mark up. Di samping pengaruh dari ibu dan proses

kelahiran, komposisi bakteri saluran cerna dipengaruhi oleh berbagai faktor

yaitu genetik, diet dan lingkungan [ CITATION INe20 \l 1057 ].

3. Dampak Kesehatan Yang Ditimbulkan Oleh Bakteri Saluran Cerna

Selama perjalanan masa hidup manusia, bakteri saluran cerna

mengalami co-evolusi dari struktur yang sederhana pada saat lahir,

mengalami peningkatan dan semakin stabil di usia remaja, stabil di usia

dewasa walaupun secara proporsional mengalami perubahan. Proses co-

evolusi dan adaptasi pada lingkungan saluran cerna telah dibuktikan bahwa

transplantasi bakteri saluran cerna dapat dilakukan dan hasil transplantasi

menunjukkan komposisi mikrobial bakteri saluran cerna yang serupa dengan

donor, sehingga dampak menyehatkan dari bakteri saluran cerna adalah

kombinasi, interaksi dengan hospes serta persaingan antar komposisi bakteri

saluran cerna. Saluran cerna adalah area yang sangat luas di mana selalu

terjadi kontak antara bakteri saluran cerna dengan bahan makanan serta

interaksi dengan mikroba lainnya, demikian juga kontak dengan antigen

sehingga menstimulasi reseptor imunologis pada sel epitel salura cerna

[ CITATION INe20 \l 1057 ].

Dilaporkan bahwa bakteri saluran cerna berperan dalam menginduksi

sistem imun. Peningkatan kemampuan ekspresi sel imun (CD4+T-cell) pada

dikus dapat dilakukan dengan pemberian bakteri saluran cerna (Bacteroides

 23

thetaiotaomicon). Namun demikian, ditemukan bahwa bakteri yang berbeda

memberikan dampak yang berbeda dalam kemampuannya menginduksi

sistem imun. Lactobacillus sp (bakteri gram positif) ditemukan mempunyai

mekanisme sebagai imun modulator yang berbeda dengan Bacteroides

thetaiotaomicon (bakteri gram negatif), khususnya pada regulasi sel dendritik

[ CITATION Ele19 \l 1057 ].

Manfaat kesehatan dari bakteri saluran cerna juga dapat disebabkan

melalui konsumsi bahan makanan. Konsorsium bakteri saluran cerna

mempunyai struktur yang berbeda, tingkat keragaman yang tinggi, sehingga

membawa mengekspresikan enzim yang dapat mendegradasi komponen

bahan pangan yang berbeda mulai dari yang paling komplek (polisakarida)

menjadi molekul yang sederhana (monosakarida). Golongan polymer

hydrolyzing bacteria dari golongan Bifidobacterium dan Bacteroides

menghasilkan senyawa yang lebih sederhana sehingga dapat dikonversi

menjadi energi oleh kelompok bakteri tertentu. Selanjutnya pelepasan energi

akan berdampak pada penimbunan lemak yang cenderung menyebabkan

kegemukan (diet induced obesity). Individu dengan diet induced obesity

mempunyai komposisi bakteri saluran cerna berbeda dengan individu normal,

sehingga kejadian ini dilaporkan dapat dikembalikan melalui stimulasi bakteri

saluran cerna [CITATION Hel19 \l 1057 ].

Disamping pentingnya bakteri saluran cerna bagi kesehatan individu,

dominasi salah satu jenis bakteri pada bakteri saluran cerna dapat

menyebabkan beberapa pengaruh buruk, sehingga hospes mempunyai

 24

mekanisme pengaturan untuk mengurangi pertumbuhan yang dramatis pada

salah satu spesies guna menjaga keseimbangan flora normal. Salah satu

mekanisme hospes untuk mengontrol keseimbangan populasi bakteri saluran

cerna adalah produksi sIgA pada sel mukosa usus. Produksi sIgA diaktivasi

oleh keberadaan bakteri saluran cerna melalui induksi sel dendritik.

Terbentuknya sIgA akan dapat mencegah peningkatan populasi bakteri

merugikan seperti bakteri filamentous (gram positif). Di samping melalui

mekanisme ekpresi sIgA, pengaturan komposisi bakteri saluran cerna

dilakukan melalui produksi antimicrobial proteins (AMP) yang diproduksi

oleh beberapa jenis bakteri. Beberapa bakteri telah ditemukan memproduksi

bacteriocin (peptida rantai pendek) yang dapat membunuh pertumbuhan

bakteri lainnya. Pengaturan bakteri saluran cerna dapat dilakukan oleh

beberapa jenis bakteri melalui competitive exclusion, di mana terjadi

perebutan tempat perlekatan pada sel epitel usus. Hal ini umumnya terjadi

manakala terjadi infeksi oleh bakteri dari luar (bakteri patogen) melalui

konsumsi bahan makanan [ CITATION Sai15 \l 1057 ].

4. Penyakit Yang Berkaitan Dengan Bakteri Saluran Cerna

Ketidakteraturan pada keseimbangan mukosa dapat menyebabkan

gangguan berbagai fungsi dan dapat memicu penyakit seperti irretabel bowel

diseases (IBD) dan atopi serta yang lainnya. Spesies pada konsorium bakteri

saluran cerna bersifat stabil, tetapi jumlah populasi individual spesies sangat

dinamis yang dipengaruhi oleh diet,, fisiologis dan utamanya akibat

penggunaan antibiotik. Kelainan komposisi bakteri saluran cerna dapat

 25

berlangsung lama bahkan setelah pemberian antibiotik dihentikan yang

diperkirakan terjadi akibat interaksi host-microbial-organ. Sebagai salah satu

contoh gangguan bakteri saluran cerna akibat terapi antibiotika adalah

munculnya antibiotic- associated diarhhea sebagai akibat pertumbuhan

Clostridium difficile. Beberapa penelitian menunjukkan bahwa terapi

C.difficile dengan vancomycin yang dikombinasikan dengan probiotik (yeast,

Saccharomyces boulardi) lebih efektif dibandingkan dengan hanya

menggunakan antibiotika. Penggunaan probiotik bakteri yang voluntir yang

menggunakan amoxicillin, secara nyata dapat menurunkan kejadian diare. Hal

ini menunjukkan bahwa keseimbangan bakteri saluran cerna dapat

dikembalikan dengan mempergunakan probotik [ CITATION INe20 \l 1057 ].

Beberapa patogen (bakteri dan virus) yang masuk ke dalam saluran

cerna dapat memicu terjadinya respon inflamasi yang berlebihan yang justru

dapat menyebabkan terjadinya gangguan keseimbangan bakteri saluran cerna

yang berakibat pada kolonisasi patogen pada bagian yang sebelumnya dihuni

oleh flora normal. Beberapa patogen seperti Escherichia coli, Salmonella

thypimurim, Salmonella enterica, dan beberapa Enterobacteriaceae

menyebabkan inflamasi yang selanjutnya semakin meningkat yang dimediasi

oleh semakin menurunnya populasi bakteri saluran cerna dan sebagai

akibatnya meningkatkan keberhasilan pertumbahan patogen. Penelitian

menunjukkan bahwa peningkatan kecocokan dan kemampuan perlekatan/

attachment patogen pada saluran cerna sebagai akibat dari respon inflamasi.

Inflamasi berlebihan yang cenderung mengganggu keseimbangan bakteri

 26

saluran cerna serta kemampuan pemanfaatan nutrisi dari mukosa saluran

pencernaan yang lebih baik oleh patogen dibandingkan dengan flora normal

menyebabkan peningkatan kecocokan dan perkembangan yang lebih baik dari

bakteri patogen. Kejadian yang serupa di mana ketidakseimbangan bakteri

saluran cerna yang memicu perlekatan patogen lebih baik pada permukaan

saluran cerna juga telah dilaporkan seperti pada penyakit akibat infeksi

Helocobacter pylori. Ketidakseimbangan (disbiosis) bakteri saluran cerna

yang berdampak pada peningkatan inflamasi, peningkatan populasi patogen,

dan sekaligus juga kejadian beberapa penyakit teramasuk IBDs (Helmyati,

2017).

Telah dilaporkan bahwa bakteri saluran cerna memegang peranan

penting tidak hanya karena dapat menyebabkan penyakit pada saluran cerna

dan infeksi, tetapi juga ada beberapa penyakit yang diakibatkan oleh banyak

faktor di luar organ saluran cerna. Hal ini kemungkinan pengaruh berbagai

faktor terkait metabolisme global yang terjadi dalam tubuh manusia, yang

mungkin lebih dikenal sebagai penyakit tidak menular (non- communicable

diseases). Trend masyarakat yang cenderung menuju ke arah modernisasi dan

masyarakat industri, sudah terbukti mendorong munculnya penyakit terkait

gaya hidup, penyalahgunaan alkohol dan tembakau, kurangnya aktivitas fisik

serta pola makan. Hal ini juga tidak dipungkiri telah merambah beberapa

belahan dunia khususnya terjadi di negara- negara yang berkembang

[ CITATION Sai15 \l 1057 ].

 27

Pola makan dapat menginduksi terjadinya kegemukan (diet induced

obesity). Penelitian menunjukkan bahwa makanan yang dikonsumsi dapat

memicu pertumbuhan bakteri saluran cerna. Tergantung dari jenis bahan

makanan, maka pangan rendah serat dan tinggi lemak (western type diet)

menyebabkan pertumbuhan bakteri saluran cerna yang berbeda dengan

pangan oriental (high fiber low fat). Hasil penelitian menunjukkan bahwa

bakteri saluran cerna berperan langsung terhadap keseimbangan energi pada

manusia. Penelitian dengan hewan coba yang direkayasa obese (mutasi pada

gen leptin) menunjukkan bahwa terjadi penurunan 50% populasi Bacteroides

dan terjadi peningkatan populasi Firmicutes, dibandingkan dengan tikus

normal (kurus). Golongan bakteri saluran cerna didominasi oleh 2 kelas

bakteri yaitu Bacteroides dan Firmicutes. Penurunan dramatis dari populasi

Bacteroides dan peningkatan Firmicutes menunjukkan bahwa terjadi

perubahan fungsi dalam ekosistem bakteri saluran cerna. Lebih jauh

ditunjukkan bahwa pada hewan coba yang dibuat obese, analisis metagonik

menunjukkan bahwa terjadi peningkatan aktivitas gen pendegradasi

polisakarida pada obese. Pada obese juga ditemukan kandungan energi yang

lebih sedikit pada feses yang menunjukkan terjadi pemanfaatan energi yang

lebih baik pada obese dibandingkan dengan yang normal, disertai dengan

penimbunan lemak pada tikus yang dilakukan transplantasi dengan feses

[CITATION Hel19 \l 1057 ].

Telah ditemukan juga bahwa bakteri saluran cerna berkontribusi

dalam kemunculan beberapa penyakit seperti alergi, diabetes tipe I, liver,

 28

autis, aterosklerosis dan sebagainya yang pada hakikatnya terletak jauh dari

saluran cerna. Peranan bakteri saluran cerna juga telah berhasil memunculkan

beberapa hipotesis baru seperti alergi yang pada awalnya lebih banyak

dipercaya sebagai akibat kurang banyaknya kontak dengan lingkungan yang

kurang bersih (hygiene hypothesis). Akhirnya dipahami bahwa bakteri saluran

cerna memegang peranan penting dalam penyakit alergi (mycroflora

hypothesis), dimana gangguan pada saat perkembangan bakteri saluran cerna

akibat pengaruh makan dan pemberian antibiotik. Perkembangan bakteri

saluran cerna yang kurang sempurna (immature) memperlambat

perkembangan sistem imun sehingga meningkatkan reaksi alergi. Pemberian

Bifidobacteria dan Lactobacilli dilaporkan dapat menanggulangi gangguan

alergi, atopi pada anak- anak [ CITATION Ard16 \l 1057 ].

5. Bacteroides sp.

a. Klasifikasi

Bakteri Bacteroides sp. menurut [ CITATION Wex07 \l 1057 ]

memiliki klasifikasi ilmiah sebagai berikut :

Kingdom : Bacteria

Pylum : Bacteroidetes

Class : Bacteroidia

Order : Bacteroidales

Family : Bacteroidaceae

Genus : Bacteroides
 29

Gambar 2.3 Bacteroides sp. yang dikultur pada Agar Darah

Sumber : [ CITATION Wex07 \l 1057 ].

b. Morfologi

Secara mikroskopis, bakteri ini berbentuk basil, relatif pendek,

gram negatif dengan ujung bulat sehingga penampakannya seperti

coccobacillus. Memiliki ukuran dari 0,5 hingga 0,8 µm dengan diameter

1,5 hingga 9 µm. Bakteri ini juga memiliki polimorfisme tertentu (baik

dalam ukuran dan bentuk) ketika berasal dari kultur cair dan juga

menunjukkan ketidakaturan dalam pewarnaan dan beberapa vakuola.

Bakteri ini tidak membentuk spora dan tidak memiliki flagella, yaitu

mereka tidak bergerak. Koloni berwarna putih sampai abu- abu semi

buram, halus dan non- hemolitik. Mereka menyajikan belokan atau

struktur berbentuk lingkaran dalam koloni [ CITATION Wex07 \l 1057 ].

Bacteroides sp. merupakan bakteri anaerob obligat, gram negatif,

sakarolitik serta menghasilkan asetat dan suksinat sebagai hasil akhir

metabolik yang terpenting, mempunyai susunan basa DNA pada kisaran

 30

40- 48 mol% GC, membrannya mengandung campuran asam lemak

bercabang antaeso- metil dan iso- metal. Mereka berperan dalam banyak

aktivitas metabolik yang penting dalam kolon manusia, meliputi

fermentasi karbohidrat, penggunaan substansi nitrogen dan

biotransformasi dari asam empedu dan steroid lain. Banyak bakteri

intestinal merupakan sakarolitik, di mana mereka mendapatkan karbon

dan energi dengan hidrolisis dari molekul karbohidrat [CITATION Sum18 \l

1057 ].

c. Patologi Klinis

Bacteroides sp. menyebabkan diare inflamasi, meskipun

kolonisasi asimptomatik sering terjadi. Penelitian pada manusia

menunjukkan hubungan antara infeksi oleh Bacteroides fragilis

enterotoksigenik dengan penyakit radang usus dan kanker usus besar.

Sering ditemukan pada infeksi polimikroba [ CITATION Hon08 \l 1057 ].

d. Pemeriksaan Laboratorium

Sampel yang diperlukan berasal dari urin, feses atau sekresi

pernapasan. Spesimen feses harus di amati adanya darah atau lendir.

Bacteroides sp.. dapat di isolasi menggunakan media MacConkey, EMB

(Eosin Metilen Blue) atau BAP (Blood Agar Plate) dan dilanjutkan uji

biokimia untuk proses identifikasi spesies Bacteroides sp. Identifikasi

 31

Bacteroides sp. juga bisa menggunakan tes PCR (Polymese Chain

Reaction) [ CITATION Wex07 \l 1057 ].

Bacteroides sp. pada media MacConkey terindentifikasi dengan

penampakan membentuk koloni berlendir besar yang berwarna merah

muda karena fermentasi laktosa. Bacteroides sp. dibiakkan pada media

Eosin Metilen Blue (EMB) yang merupakan media selektif untuk bakteri

gram negatif. Pada TSIA, Bacteroides sp. membentuk warna pada lereng

dan dasar menjadi kuning, membentuk gas dan H 2S negatif. Untuk uji

indol dan adonitol mayoritas hasilnya negatif, uji arabinosa hasilnya

positif dan untuk uji serbitol sebagian ada yang positif, dan sebagian ada

yang hasilnya negatif. Pada pengujian sitrat hasilnya positif. Untuk uji

VP hasilnya positif dan uji MR semua Enterobacter sp. hasilnya negatif [

CITATION Hon08 \l 1057 ].

e. Karakteristik Biokimia

Bacteroides sp. tumbuh di media dengan 20% empedu, sukrosa

fermentasi, tidak menghasilkan pigmen, menghidrolisis esculin,

mengurangi nitrat dan indol negatif. Demikian juga dengan asam yang

dihasilkan Bacteroides sp. dari kaldu glukosa ragi pepton adalah asam

asetat, asam propionat, asam suksinat dan asam fenilasetat. Katalase

positif, yang merupakan fitur yang tidak biasa pada bakteri anaerob. Ini

adalah mekanisme infeksi polimikroba lebih menyukai

perkembangbiakan bakteri anaerob lainnya, karena mikroorganisme ini

 32

bekerja sama dalam menghilangkan zat beracun yang berasal dari

oksigen [ CITATION Wex07 \l 1057 ].

f. Perawatan atau Antibiotik

Bacteroides sp. adalah bakteri yang tahan terhadap empedu dan

juga memiliki daya tahan atau resisten yang tinggi terhadap agen

antimikroba. Resistansi ini terjadi terutama terhadap antibiotik beta-

laktam (penicillin dan sefalosporin) karena produksi beta- laktamase,

diantaranya yang mendominasi cephalosporinase. Namun, antibiotik

beta- laktam tertentu tahan terhadap serangan enzim- enzim dan karena

itu kadang- kadang bermanfaat melawan jenis bakteri dari genus

Bacteroides sp. antibiotik ini adalah Tikarcillin, Piperacillin, Cefoxitin

dan Imipenem [ CITATION Wex07 \l 1057 ].

C. Real Time- Polymerase Chain Reaction (qRT- PCR)

1. Definisi Real Time- Polymerase Chain Reaction (qRT- PCR)

Polymerase Chain Reaction adalah teknik biologi molekuler untuk

mengamplifikasi sekuen DNA spesifik menjadi ribuan sampai jutaan copy

sekuen DNA. Teknik ini menggunakan enzimatis yang diperantai primer.

Selama beberapa tahun terakhir, pengujian PCR real time yang berdasarkan

fluoresensi menjadi suatu metode pengujian yang sering digunakan untuk

deteksi RNA, DNA dan Cdna. Teknik ini sangat sensitif yang memungkinkan

amplifikasi terjadi secara bersama- sama serta kuantitas sekuens asam nukleat

dapat diketahui. Disamping memiliki sensivitas lebih tinggi, kelebihan

pengujian PCR real time jika dibandingkan PCR konvensioanal adalah lebih
 33

dinamis, risiko kontaminasi silang lebih sedikit, kemampuan aplikasi

penggunaannya untuk pengujian lebih banyak [CITATION Dya14 \l 1057 ].

Gambar 2.4. Alat Real Time- Polymerase Chain Reaction (qRT- PCR)

Sumber : (ScienceDirect.com)

Real Time- Polymerase Chain Reaction (qRT- PCR) tepat untuk

berbagai aplikasi seperti analisis ekspresi gen, penentuan jumlah virus,

deteksi organisme yang mengalami mutasi genetik, diskriminasi alel dan

genotipe single nucleotida polymorphisms (SNP). Penggunaan probe yang

spesifik membantu peningkatan spesifitas pada pengujian PCR real time jika

dibandingkan dengan pengujian PCR konvensional. Namun demikian, PCR

real time juga memiliki kelemahan yaitu memerlukan peralatan dan reagen

yang mahal serta pemahaman teknik yang benar untuk hasil yang akurat

[ CITATION BSr13 \l 1057 ].

 34

2. Prinsip Kerja Real Time- Polymerase Chain Reaction (qRT- PCR)

Prinsip Kerja PCR real time adalah mendeteksi dan mengkuantifikasi

reporter fluoresen. Sinyal fluoresen akan meningkat seiring dengan

bertambahnya amplifikasi DNA PCR dalam reaksi. Reaksi selama fase

eksponensial dapat dipantau dengan mencatat jumlah emisi fluoresen pada

setiap siklus. Peningkatan hasil amplifikasi PCR pada fase eksponensial

berhubungan dengan jumlah inisiasi target gen. Makin tinggi tingkat ekspresi

targert gen maka deteksi emisi fluoresen makin cepat terjadi. Kuantitas urutan

DNA target dicapai dengan menentukan jumlah siklus amplifikasi. Jumlah

siklus amplifikasi diperlukan untuk menghasilkan produk PCR berdasarkan

fluoresensi di awal fase eksponensial PCR serta untuk melewati garis ambang

fluoresensi/ siklus threshold (Ct). Jumlah siklus yang diperlukan untuk

mencapai ambang batas disebut Ct. [ CITATION Bak15 \l 1057 ].

Siklus Ct adalah prinsip dasar dari PCR real time dan sebagai bagian

yang sangat penting untuk memperoleh data yang akurat. Nilai Ct PCR real

time sangat berkorelasi dengan kuantitas urutan DNA target. Apabila

kuantitas urutan DNA target tinggi di awal reaksi, nilai Ct akan lebih cepat

diketahui. Namun demikian, nilai Ct akan lebih sering ditemukan pada fase

eksponensial di setiap siklus amplifikasi PCR. Hal ini yang menjadi alasan

utama bahwa nilai Ct lebih mampu mengukur jumlah amplifikasi DNA targer

dari awal reaksi [ CITATION Ari13 \l 1057 ].

 35

Ada tiga tahapan penting dalam proses PCR yang selalu terulang

dalam 30- 40 siklus dan berlangsung dengan cepat [ CITATION Bak15 \l 1057 ],

antara lain sebagai berikut:

a. Denaturasi

Tahap pertama pada amplifikasi PCR adalah denaturasi DNA dimana

terjadi proses DNA yang beruntai ganda akan didenaturasi dengan suhu

tinggi yaitu pada suhu 970C sehingga menghasilkan DNA berunttai

tunggal, selain itu pada proses ini terjadi linearisasi atau pelurusan DNA.

b. Annealing

Tahap kedua pada amplifikasi PCR adalah annealing, penempelan primer

pada DNA target membutuhkan suhu sekitar 55- 600C, suhu tersebut

adalah hasil optimalisasi tetapi setiap penelitian memiliki suhu yang

berbeda- beda.

c. Extention (Elongasi)

Tahap ketiga pada amplifikasi PCR adalah DNA Ekstensi. Pada tahap ini

terjadi proses pemanjangan untai baru DNA, dimulai dari posisi primer

yang telah menempel di urutan basa nukleotida DNA target yang akan

bergerak dari ujung 5’ menuju ujung 3’ dari untai tunggal DNA. Tahap

ini membutuhkan suhu 720C sehingga siklus ekstensi akan lebih optimal.
 36

Gambar 2.5. Tahapan dan Prinsip PCR

Sumber : (ScienceDirect.com)

3. Reaksi Real Time- Polymerase Chain Reaction (qRT- PCR)

Reaksi PCR real time dapat dilakukan satu tahap (one step real time

PCR) maupun dua tahap (two step real time PCR). Keseluruhan reaksi

sintesis cDNA sampai amplifikasi PCR dalam PCR real time satu tahap

dilakukan dalam satu tabung. Real Time- Polymerase Chain Reaction (RT-

PCR) saatu tahap dapat meminimalkan variasi perlakuan laboratorium karena

rekasi kedua enzim terjadi dalam satu tabung. Reaksi reverse transciptase

pada proses PCR real time dua tahap dilakukan terpisah dari pengujian PCR

real time. Prosedur PCR real time dua tahap akan bekerja lebih baik ketika

menggunakan suatu DNA binding dye seperti SYBR green I karena akan

lebih mempermudah untuk mengeliminasi primer- dimer melalui manipulasi

Tm [CITATION Azm13 \l 1057 ].

SYBR green I merupakan salah satu jenis DNA binding dye yang

mempunyai kemampuan mengikat 100 kali lebih tinggi dan relatif lebih

ramah lingkungan jika dibandingkan dengan ethidium bromide. Bahkan,

 37

DNA binding dye ini lebih mudah diterapkan karena tidak memerlukan

adanya probe yang spesifik dan biaya yang dibutuhkkan lebih relatif

terjangkau. PCR real time dua tahap memberikan kemungkinan untuk

terjadinya peningkatan kontaminasi DNA [CITATION Azm13 \l 1057 ].

4. Modifikasi Real Time- Polymerase Chain Reaction (qRT- PCR)

Berbagai modifikasi PCR real time telah dikembangkan untuk

meningkatkan kerja dari PCR real time multiplek. Saat ini, telah tersedia kit

komersial untuk PCR real time multiplek yang memungkinkan yang

memungkinkan untuk kombinasi beberapa pengujian dalam suatu reaksi.

Polymerase Chain Reaction (PCR) multiplek adalah amplikfikasi secara

berkelanjutan dua atau lebih DNA atau cDNA target dalam suatu reaksi

tabung dan hanya dapat dilakukan dengan menggunakan probe berlabel

spesifik pada setiap urutan DNA target. Kelebihan dari PCR multiplek adalah

jumlah sampel yang dibutuhkan lebih sedikit sehingga berguna apabila

jumlah sampel yang tersedia dalam jumlah terbatas dan kemampuannya untuk

menggabungkan pengujian dalam satu sistem internal kontrol. Meskipun

demikian, pengujian ini harus dioptimasi terlebih dahulu untuk

meminimalkan adanya interaksi kompetitif yang akan sangat berpengaruh

terhadap sensivitas pengujian [CITATION Dya14 \l 1057 ].

Penggunaan teknologi probe novel fluoresensi dapat meningkatkan

sensivitas dan spesifitas PCR real time. Terdapat tiga tipe metode PCR real

time yang sering digunakan untuk mendeteksi asam nukleat dalam

mikrobiologi klinik, yaitu TaqMan probe, molecular beacon dan

 38

Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET) probe hibridisasi. TaqMan

probe adalah probe fluoresen real time yang pertama kali dikembangkan dan

merupakan oligonukleotida pendek yang mengandung 5’ fluorescent dye dan

3’ quenching dye yang terpisah. Fluorescent dye yang terpisah terakumulasi

setelah setiap suhu siklus PCR dan dapat diukur di setiap waktu selama

tahapan siklus PCR termasuk tahap hibridasi. Hal ini berbeda dengan probe

molecular beacon dan FRET hibridasi karena fluoresensi hanya dapat diukur

selama tahap hibridasi [ CITATION Azm13 \l 1057 ].

5. Kelebihan dan Kekurangan Real Time- Polymerase Chain Reaction

(qRT-PCR)

Real Time- Polymerase Chain Reaction (qRT- PCR) memiliki

kelebihan yaitu memiliki sensivitas lebih tinggi, kelebihan pengujian PCR

real time jika dibandingkan PCR konvensioanal adalah lebih dinamis, risiko

kontaminasi silang lebih sedikit, kemampuan aplikasi penggunaannya untuk

pengujian lebih banyak. Disamping memiliki kelebihan, Real Time-

Polymerase Chain Reaction (qRT- PCR) juga memiliki kekurangan yaitu

resiko kontaminasi masih dapat terjadi walaupun sangat kecil karena

amplifikasi PCR real time dilakukan dalam sistem yang tertutup dan tidak

memerlukan tahapan- tahapan yang panjang seperti yang dilakukan pada PCR

konvensional. Kontaminasi paling sering terjadi antar sampel jika

dibandingkan dengan kontaminasi produk amplifikasi. Kontaminasi antar

sampel dapat terjadi pada saat memasukkan sampel ke tabung PCR atau

tabung ekstraksi DNA atau DNA. Teknik pemipetan harus dilakukan dengan
 39

hati- hati untuk menghindari adanya aerosol yang dapat menimbulkan

kontaminasi. Tahapan – tahapan prosedur PCR membutuhkan ruangan kerja

yang terpisah dari laboratorium. Selain itu, penetapan alur kerja searah

praktik kerja laboratorium yang benar harus dijalankan untuk memperoleh

hasil yang akurat [ CITATION Ari13 \l 1057 ].

D. Kerangka Teori

Stunting

Pertumbuhan Linear Sanitasi Buruk

Terganggu
Asupan Gizi Buruk

Saluran Cerna Inflamasi Saluran Cerna

Malabsorbsi Zat Gizi

Bacteroides sp.

Gambar 2.6 Kerangka Teori

E. Kerangka Konsep

Faktor Gizi Buruk &

Stunting Bacteroides sp.
Sanitasi Buruk

Keterangan :
: Variabel Dependen
: Variabel Independen
 40

Gambar 2.7 Kerangka Konsep

F. Alur Penelitian

Studi Data

Kriteria Inklusi/
Kriteria Eksklusi

Feses

Isolasi

Amplifikasi Total
Bakteri

Analisis Data

Gambar 2.8. Alur Penelitian

G. Definisi Operasional

1. Bacteroides sp. merupakan bakteri anaerob obligat, gram negatif,

sakarolitik serta menghasilkan asetat dan suksinat sebagai hasil akhir

metabolik yang terpenting, mempunyai susunan basa DNA pada kisaran

40- 48 mol% GC.

2. Stunting merupakan kondisi dimana terjadi gagal tumbuh pada anak

balita (bawah lima tahun) disebabkan oleh kekurangan gizi kronis

sehingga anak terlalu pendek untuk usianya.

 41

3. Polymerase Chain Reaction adalah teknik biologi molekuler untuk

mengamplifikasi sekuen DNA spesifik menjadi ribuan sampai jutaan

copy sekuen DNA.

4. Real Time- Polymerase Chain Reaction (RT- PCR) adalah metode yang

didasarkan pada deteksi dan mengkuantifikasi reporter fluoresen. Sinyal

fluoresen akan meningkat seiring dengan bertambahnya amplifikasi DNA

PCR dalam reaksi.

H. Variabel/ Fokus Penelitian

1. Variabel Dependen

Variabel Dependen dalam penelitian ini adalah faktor gizi buruk dan

sanitasi buruk

2. Variabel Independen

Variabel Independen dalam penelitian ini adalah bakteri Bacteroides sp.


I. Relevansi Penelitian Sebelumnya
No Judul
1 Pengaruh Konsumsi
Probiotik Indigenous Powder
Lactobacillus Pada Anak
Malnutrisi Di Sekolah Dasar
Belanting, Lombok Timur
Terhadap Indeks Massa
Tubuh dan Populasi
Prevotella, Bacteroides
fragillis dan Clostridium
coccoides
2 Keadaan Mikrobiota Saluran
Cerna Pada Anak Sekolah
Dasar Yang Mengalami
Stunting Di Lombok Barat
3 Hubungan
ketidakseimbangan
Bacteroides sp. dengan
kejadian stunting pada anak
malnutrisi di China
4 Hubungan Bacteroides sp.
Nama Penulis Tahun Tujuan
Ahmad et al. 2018 Untuk mengetahui pengaruh
konsumsi probiotik powder
Lactabacillus plantarum
Dad- 13 terhadap Massa
Tubuh (IMT) dan populasi
mikrobiota usus Prevotella,
Bacteroides fragillis dan
Clostridium coccoides pada
anak- anak malnutrisi di
Sekolah Dasar Belanting,
Lombok Timur
Helmyati et al. 2017 Untuk membandingkan
populasi mikrobiota saluran
cerna antara kelompok anak
yang memiliki tinggi badan
normal dan anak pendek
(stunting) di Sekolah Dasar
di Kabupaten Lombok Barat
Dong Fang et al. 2020 Untuk mengidentifikasi
Bacteroides sp. dengan
kejadian stunting pada anak
malnutrisi di China
Anita et al. 2021 Untuk mengetahui
40
Hasil
Hasil penelitian menunjukkan peningkatan
yang signifikan pada IMT kelompok
probiotik sebesar 0,89A± 0,36 dari nilai
awal 14,09A± 1,31 menjadi 14,98A± 1,30
(p=0,000). Secara statistik, menunjukkan
tidak ada perubahan yang signifikan
terhadap jumlah populasi Prevotella,
Bacteroides dan Clostridium pada sampel
feses.
Kecenderungan jumlah koloni patogen
lebih banyak pada anak yang stunting
(7,82±0,68 dan 7,03±0,97 log CFU/g)
dibandingkan anak normal (7,71±0,81 dan
6,96±1,22 log CFU/g)
Ketidakseimbangan populasi mikrobiota
saluran cerna anak malnutri dibandingkan
anak normal, dimana populasi Bacteroides
sp relatif lebih sedikit jika dibandingkan
bakteri patogen
Hasil penelitian jumlah Bacteroides sp.

Saluran Cerna dengan Status
Gizi Balita
5 Analisis Determinan
Kejadian Growth Failure
(Stunting) Pada Anak Balita
Usia 12-36 Bulan Di Wilayah
Pegunungan Desa Bontongan
Kecamatan Baraka
Kabupaten Enrekang
6 Hubungan Mikrobiota
Saluran Cerna Dengan Status
Gizi Anak Balita di Lombok,
Nusa Tenggara Barat,
Indonesia
7 Hubungan Mikrobiota
Duodenum dengan kejadian
Stunting Anak di Bangladesh
yang Kekurangan Gizi
dengan Enteropati
41
hubungan Bacteroides sp. pada feses balita dengan status gizi kurang,
Saluran Cerna dengan dan baik memiliki hubungan yang kuat.
Status Gizi Balita Penurunan jumlah bakteri Bacteroides sp.
lebih tinggi pada anak dengan gizi buruk
dibandingkan anak sehat.
Irviani et al. 2018 Untuk menganalisis Faktor determinan yang berhubungan
determinan kejadian growth dengan kejadian stunting adalah faktor
failure (stunting) pada anak gizi, faktor sanitasi. Faktor yang tidak
balita usia 12-36 bulan di berhubungan dengan kejadian stunting
Wilayah Pegunungan Desa adalah jenis kelamin dan jumlah keluarga
Bontongan Kecamatan
Baraka Kabupaten Enrekang
Setyo 2019 Untuk mengetahui Hasil penelitian menyatakan bahwa
hubungan Mikrobiota mikrobiota saluran cerna pada anak
Saluran Cerna dengan status berbeda- beda komposisinya tergantung
gizi anak Balita di Lombok, status gizi. Semakin buruk status gizi
Nusa Tenggara Barat, seorang anak, maka kompoisi mikrobiota
Indonesia yang ada di dalam saluran cerna lebih
banyak mikrobiota patogen
Robert et al. 2020 Untuk mengetahui Teridentifikasi tingginya phylum
hubungan Mikrobiota Protebacteria pada anak gizi kurang dan
Duodenum dengan kejadian rendahnya Bacteroidetes. Genus bakteri
Stunting anak di Bangladesh seperti Klebsiella dan Escherchia tinggi
yang Kekurangan Gizi pada anak gizi kurang.
dengan Enteropati
 42

BAB III

METODE PENELITIAN

A. Desain Penelitian

Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif dengan menggunakan

desain penelitian cross sectional study (potong lintang) dengan mengidentifikasi

jumlah bakteri Bacteroides sp. yang terdapat pada feses balita stunting di

Kecamatan Baraka Kabupaten Enrekang menggunakan metode Real Time PCR.

B. Lokasi dan Waktu Penelitian

Pengambilan sampel di Desa Bone- Bone dan Desa Pepandungan

Kecamatan Baraka Kabupaten Enrekang dan pengujian identifikasi Bacteroides

sp dilakukan di Laboratorium Hasanuddin University Medis Research Center

(HUM-RC) Fakultas Kedokteran Universitas Hasanuddin. Sedangkan rencana

penelitian ini akan dilaksanakan pada bulan Agustus - September 2021.

C. Populasi dan Sampel Penelitian

Populasi penelitian ini adalah semua anak balita stunting yang berusia 1

sampai 4 tahun di Desa Bone- Bone dan Desa Pepandungan Kecamatan Baraka

Kabupaten Enrekang yaitu sebanyak 31 anak balita. Teknik pengambilan sampel

yaitu Total Sampling dimana semua populasi menjadi sampel yaitu sebanyak 31

anak balita usia 1- 4 tahun. Responden dalam penelitian ini adalah seseorang yang

sepanjang hari bertanggungjawab sebagai pengasuh utama anak balita tersebut.

 43

Sampel penelitian ini adalah feses balita stunting dengan kriteria sampel

sebagai berikut :

1. Kriteria Inklusi :

a. Feses anak berusia 1- 4 tahun yang tinggal di Kecamatan Baraka

Kabupaten Enrekang yang tercatat sebagai penderita stunting di

puskesmas dan bersedia menjadi sampel penelitian.

b. Feses hasil buang air besar pada pagi hari atau siang hari.

2. Kriteria Eksklusi

a. Feses tercampur dengan air seni atau air kloset.

b. Balita stunting yang mengkonsumsi antibiotik.

c. Diare

D. Alat dan Bahan

1. Alat

Adapun alat yang akan di gunakan dalam penelitian ini yaitu : Mesin

PCR CFX96 System (Biorad USA), Vortex Thermolyne Type 37600 Mixer

(Barnstead), Mikropipet (Eppendorf USA), Sentrifudge Biofuge Pico

(Heraeus USA), Magnetic Lyser Magna Lyser (Roche USA), Biomedical

Freezer (Sanyo), Rak Tabung

2. Bahan

Adapun bahan yang akan di gunakan dalam penelitian ini yaitu:

Feses beku, Stool DNA Isolation Kit (Norgen Biotek Corp), Primer

Bacteroides sp, Primer Forward (5’- CCG TTT ATG CGG AAC ACC TA-
 44

3’Forward) dan Primer Reverse (5’- TCG GGA TTA CCA ATC AC-

3’Reverse), Tip 25µL, Tip 200 µL, Tip 500 µL, Nuclease Free Water (Biorad

USA), SsoFast Supermix Evagreen® (Biorad USA).

E. Cara Kerja

1. Preparasi Sampel

Feses didapatkan dari hasil buang air besar balita stunting yang

dimasukkan ke dalam tabung steril yang telah di sediakan. Feses yang

dimasukkan sekitar 2- 5 gr lalu diberi label berupa kode sampel, nama

responden, tanggal dan jam pengambilan sampel. Sampel yang telah

didapatkan akan dibekukan di freezer lalu dimasukkan ke dalam coolbox

sebagai media transportasi dari Kabupaten Enrekang menuju Kota Makassar,

lalu setibanya di Makassar sampel akan dipindahkan ke tabung eppendorf dan

disimpan di lemari es dengan 40C- 80C sampai dilakukan analisis.

2. Ektraksi DNA

Dalam bead tube dimasukkan 200 mg sampel dan ditambahkan

sebanyak 1000 µL Lysis Buffer L dan 100 µL Lysis Additive A kemudian di

vorteks selama 10-15 detik hingga homogen. Kemudian dipindahkan ke alat

magnetik lyser dengan kecepatan alat 6000 selama 4 menit dan di sentrifus

selama 4 menit dengan kecepatan 12.000 rpm. Pindahkan supernatan yang

jernih ke microtube 1,5 mL sebanyak 600 µL. Ditambahkan 100 µL Binding

Buffer I lalu di vortex 5-10 detik dan di inkubasi di kulkas/es selama 10

menit, kemudian disentrifus di 12.000 rpm selama 4 menit. Pindahkan 500 µL

 45

supernatan ke microtube 1,5 mL yang baru, ditambahkan 500 µL etanol 96%

lalu di vortex 5-10 detik.

Dipindahkan 500 µL ke tabung spin column yang sudah dipasangkan

dengan collection tube, disentrifus 12.000 rpm selama 2 menit, dibuang

supernatan yang ada dalam collection tube kemudian dipasang kembali lalu

dipipet kembali sisa supernatan pada tahap penambahan etanol dan

disentrifus lagi pada kecepatan 12.000 rpm selama 2 menit, dibuang

supernatannya dan pasang kembali collection tubenya. Ditambahkan 500 µL

Binding Buffer C kemudian sentrifus 12.000 rpm selama 2 menit, buang

supernatan dan pasang kembali collection tubenya. Selanjutnya, ditambahkan

500 µL Wash Solution A, disentrifus selama 2 menit di kecepatan 12.000

rpm, buang supernatan dan pasang kembali collection tubenya, lalu diulangi

kembali tahap ini satu kali. Kemudian disentrifus pada 12.000 rpm selama 2

menit tanpa penambahan reagen apapun lalu buang supernatan dan collection

tubenya. Dipindahkan spin colum ke elution tube lalu ditambahkan 100 µL

Elution Buffer B, diinkubasi selama 1 menit di suhu ruang, kemudian

disentrifus selama 2 menit di kecepatan 12.000 rpm, buang spin column, dan

supernatan yang sudah berpindah posisi ke elution tube siap digunakan pada

tahap selanjutnya atau disimpan dalam freezer di suhu -20℃ (Norgen Biotek

Corp)

3. Amplifikasi dengan Real Time PCR

Pada penelitian ini dilakukan amplifikasi menggunakan Mesin Real

Time PCR, namun sebelum sampel DNA dimasukkan ke dalam mesin,

 46

terlebih dahulu akan dibuat master mix. Untuk masing- masing sampel

DNA akan dibuat larutan master mix solution yang terdiri dari SsoFast

Supermix Evagreen® (Biorad USA) sebanyak 5 µL, Primer Forward 1 µL,

Primer Reverse sebanyak 1 µL dan Nuclease Free Water PCR sebanyak 1

µL. Campuran master mix tersebut dicampur lalu dihomogenkan dan dibagi

ke dalam masing- masing tabung PCR dalam jumlah yang tepat. Cetakan

DNA yang telah diisolasi dari sampel dimasukkan ke dalam larutan master

mix sebanyak 2 µL. Tabung PCR yang berisi PCR mix dan DNA kemudian

dimasukkan ke dalam mesin PCR dengan siklus sebagai berikut ; initial PCR

activation selama 10 menit pada suhu 950C, denaturasi pada suhu 950C

selama 15 detik, annealing atau penempelan primer pada suhu 58,50C selama

30 detik, extension atau pemanjangan selama 30 detik pada suhu 72 0C dengan

jumlah 40 siklus selama 1 jam 15 menit.

F. Analisis Data

Analisis data dilakukan dengan mengolah data yang disajikan dalam

bentuk tabel dan gambar serta disertakan narasi untuk menjelaskan tabel dan

gambar tersebut.

G. Etika Penelitian

Penelitian ini menggunakan manusia sebagai subjek sehingga dalam

pelaksanaannya tidak boleh bertentangan dengan etika penelitian :

1. Nominity, yaitu nama responden tidak dicantumkan melainkan menggunakan

metode atau inisial pada lembar pengumpulan data dan hasil penelitian.
 47

2. Confidentialy, yaitu data atau informasi yang didapat selama penelitian akan

dijaga kerahasiannya dan hanya dapat melihat data tersebut serta hanya data

tertentu yang dilaporkan pada hasil penelitian.

 48

BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN PENELITIAN

A. Selayang Pandang Lokasi Penelitian

Kabupaten Enrekang secara geografis terletak antara 3014’36” – 3050’0”

Lintang Selatan dan antara 119040’53” – 12006’33” Bujur Timur. Sedangkan

ketinggiannya bervariasi antara 47 meter sampai 3.329 meter diatas permukaan

laut. Batas wilayah Kabupaten Enrekang adalah Sebelah Timur : Kabupaten

Luwu, Sebelah Selatan : Kabupaten Sidrap. Sebelah Barat Kabupaten Pinrang.

Luas wilayah kabupaten Enrekang adalah 1.786,01 km2 atau sekitar 2,83

persen dari luas Provinsi Sulawesi Selatan. Wilayah ini terbagi lagi dalam satuan

wilayah yang lebih kecil yaitu terdiri dari 129 wilayah desa/ kelurahan. Luas

masing- masing kecamatan yaitu Maiwa (392.87 km2), Bungin (236.84 km2),

Enrekang (291.19 km2), Cendana (91.01 km2) Baraka (159.15 km2), Buntu Batu

(126.65 km2) Anggeraja (125.34 km2), Malua (40.36 km2), Alla (34.66 km2),

Curio (178.51 km2), Masalle (68.35) dan Baroko (41.08 km2).

Kecamatan Baraka merupakan salah satu kecamatan yang terdapat di

Kabupaten Enrekang yang memiliki luas wilayah yaitu 159.15km2. Kecamatan

Baraka terdiri dari 15 desa/ kelurahan yaitu Desa Banti, Desa Bone- Bone, Desa

Bontoangan, Desa Janguamara, Desa Kadingeh, Desa Kandenan, Desa

Pepandungan, Desa Parangian, Desa Parading, Desa Salukanan, Desa Tirowali,

 49

Kelurahan Balla, Kelurahan Baraka dan Kelurahan Tomenawa. Rata- rata desa/

kelurahan yang ada di Kecamatan Baraka berada di wilayah pegunungan.

Gambar 4.1. Peta Administrasi Kecamatan Baraka Kabupaten Enrekang

Sumber : [ CITATION Din21 \l 1057 ]

Tanaman pangan merupakan sumber karbohidrat utama sebagai makanan

pokok di kabupaten Enrekang. Jenis tanaman pangan yang banyak dikembangkan

adalah padi, jagung, ubi kayu, ubi jalar, kacang tanah, kedelai dan kacang hijau.
 50

Dataran tinggi di kabupaten Enrekang menjadi sentra perkebunan dan pertanian

khususnya sayur- sayuran seperti cabai rawit, kentang, kubis, Petsai, tomat,

bawang daun, bawang merah, wortel, buncis, cabai besar, kacang merah, labu dan

lain sebagainya. Mengingat Kabupaten Enrekang merupakan daerah pegunungan

yang jauh dari laut sehingga potensi perikanan yang dimiliki yakni perikanan

darat melalui budi daya dan penangkaran diperairan umum dengan luas area

sekitar 1.794,10 hektare [ CITATION Din21 \l 1057 ].

B. Hasil Penelitian

Setelah dilakukan pengambilan sampel di Desa Bone- Bone dan Desa

Pepandungan Kecamatan Baraka Kabupaten Enrekang, diperoleh sebanyak 31

sampel sesuai dengan kriteria yang diinginkan. Kemudian sampel diidentifikasi di

Laboratorim Hasanuddin University Medical- Research Center (HUM-RC)

menggunakan metode Real Time PCR dan didapatkan hasil yang disajikan dalam

bentuk tabel sebagai berikut :

No Karakteristik Kriteria Objektif Kelompok Kelompok

Responden Stunting Normal
N (%) N (%)
1 Umur 15- 25 9 (29%) 3 (9%)
26- 35 7 (23%) 5 (16%)
35- 39 5 (16%) 2 (6%)
2 Pendidikan Tamat SD 13 (42%) 2 (6%)
Tamat SMP 7 (23%) 2 (6%)
Tamat SMA 1 (3%) 4 (13%)
Diploma D1/ D2/ D3 - 2 (6%)
3 Pekerjaan IRT 5 (16%) 6 (19%)
Petani 16 (52%) 2 (6%)
Tenaga Kesehatan - 2 (6%)
 51

4 Status Ekonomi Pendapatan - 10 (32%)

(≥Rp. 2.500.000)
Pendapatan
(≤Rp. 2.500.000) 21 (68%) -
5 Jumlah Anggota ≥ 4 orang 10 (32%) 2 (6%)
Keluarga ≤4 orang 11 (35%) 8 (26%)
6 Sanitasi Sanitasi Baik - 10 (32%)
Lingkungan Sanitasi Buruk 21 (68%) -
Rumah
Tabel 4.1. Karakteristik Responden (Ibu/ Pengasuh)

Sumber : Data Primer (2021)

Berdasarkan tabel 4.1 kita dapat melihat distribusi karakteristik responden

ibu/ pengasuh dari kelompok stunting dan kelompok normal gabungan antara

Desa Bone- Bone dan Desa Pepandungan Kecamatan Baraka Kabupaten

Enrekang. Karakteristik umur yang paling tinggi berada di kisaran usia 15- 25

tahun sebanyak 9 orang (29%) untuk kelompok stunting dan usia 26-35 tahun

sebanyak 5 orang (16%) untuk kelompok normal sedangkan untuk karakteristik

umur yang paling rendah berada di kisaran usia 35- 39 tahun sebanyak 5 orang

(16%) untuk kelompok stunting dan usia 35- 39 tahun sebanyak 2 orang (6%)

untuk kelompok normal. Karakteristik pendidikan yang paling tinggi yaitu tamat

SD sebanyak 13 orang (42%) untuk kelompok stunting dan Diploma sebanyak 2

orang (6%) untuk kelompok normal sedangkan karakteristik pendidikan yang

paling rendah yaitu tamat SMA sebanyak 1 orang (3%) untuk kelompok stunting

dan Tamat SD sebanyak 2 orang (6%) untuk kelompok normal. Karakteristik

pekerjaan yang paling tinggi yaitu petani sebanyak 16 orang (52%) untuk
 52

kelompok stunting dan IRT sebanyak 6 orang (19%) untuk kelompok normal

sedangkan karakteristik pekerjaan yang paling rendah yaitu IRT sebanyak 5 orang

(16%) untuk kelompok stunting dan tenaga kesehatan sebanyak 2 orang (6%)

untuk kelompok normal. Karakteristik status ekonomi tertinggi yaitu sebanyak 10

orang (32%) dengan pendapatan di atas Rp.2.500.000 untuk kelompok normal

sedangkan status ekonomi rendah sebanyak 21 orang (68%) dengan pendapatan di

bawah Rp.2.500.000 untuk kelompok stunting. Karakteristik jumlah anggota

keluarga terbanyak yang berjumlah lebih dari 4 orang sebanyak 10 orang (32%)

untuk kelompok stunting dan sebanyak 2 orang (6%) untuk kelompok normal

sedangkan karakteristik jumlah anggota keluarga terendah yang berjumlah kurang

dari 4 orang sebanyak 11 orang (35%) untuk kelompok stunting dan sebanyak 8

orang (26%) untuk kelompok normal. Karakteristik sanitasi lingkungan rumah

dengan kriteria sanitasi baik sebanyak 10 orang (32%) untuk kelompok normal

sedangkan sanitasi buruk sebanyak 21 orang (68%) untuk kelompok stunting.

No Karakteristik Kriteria Kelompok Kelompok

Responden Objektif Stunting Normal
N (%) N (%)
1 Jenis Kelamin Laki- Laki 14 (45%) 4 (13%)
Perempuan 7 (23%) 6 (19%)
2 Umur 1 Tahun 6 (19%) 5 (16%)
2 Tahun 3 (10%) 2 (6%)
3 Tahun 7 (23%) 1 (3%)
4 Tahun 5 (16%) 2 (6%)

Tabel 4.2. Karakteristik Sampel (Anak Balita)

Sumber : Data Primer (2021)

 53

Berdasarkan tabel 4.2 diatas kita dapat melihat distribusi karakteristik

sampel anak balita dari kelompok balita stunting dan kelompok balita normal

gabungan antara Desa Bone- Bone dan Desa Pepandungan Kecamatan Baraka

Kabupaten Enrekang. Karakteristik berdasarkan jenis kelamin sebanyak 14 orang

(45%) berjenis kelamin laki- laki dan sebanyak 7 orang (23%) berjenis kelamin

perempuan untuk kelompok balita stunting, sedangkan sebanyak 4 orang (13%)

berjenis kelamin laki- laki dan 6 orang (19%) berjenis kelamin perempuan untuk

kelompok balita normal. Berdasarkan karakteristik umur anak balita yang paling

tinggi sebanyak 7 orang (23%) berumur 3 tahun untuk kelompok balita stunting

dan sebanyak 5 orang (16%) berumur 1 tahun untuk kelompok balita normal

sedangkan karakteristik umur anak balita yang paling rendah sebanyak 3 orang

(10%) berumur 2 tahun untuk kelompok balita stunting dan sebanyak 1 orang

(3%) berumur 3 tahun untuk kelompok balita normal.

No Karakteristik Kriteria Objektif Kelompok Kelompok

Responden Stunting Normal
N (%) N (%)
1 Tinggi Badan Sangat Pendek 11 (33%) -
menurut Umur Pendek 12 (36%) -
(TB/U) Normal - 5 (16%)
Tinggi - 5 (16%)

2 Berat Badan Sangat Kurus 12 (38%) -

menurut Tinggi Kurus 9 (29%) -
Badan (BB/TB) Normal - 5 (16%)
Gemuk - 5 (16%)
3 Status Gizi Gizi Buruk 12 (38%) -
Gizi Kurang 9 (29%) -
Gizi Baik - 5 (16%)
Gizi Lebih - 5 (16%)

Tabel 4.3. Karakteristik Sampel Anak Balita Berdasarkan Indeks Antropometri

 54

Sumber : Data Primer (2021)

Berdasarkan tabel 4.3 di atas, kita dapat melihat distribusi karakteristtik

sampel anak balita berdasarkan Indeks Antropometri dari kelompok balita

stunting dan kelompok balita normal gabungan antara Desa Bone- Bone dan Desa

Pepandungan Kecamatan Baraka Kabupaten Enrekang. Karakteristik berdasarkan

tinggi badan menurut umur untuk kelompok balita stunting didapatkan kriteria

sangat pendek sebanyak 11 orang (33%) dan pendek sebanyak 12 orang (36%),

sedangkan untuk kelompok balita normal didapatkan kriteria normal sebanyak 5

orang (16%) dan tinggi sebanyak 5 orang (16%). Karakteristik berdasarkan berat

badan menurut tinggi badan untuk kelompok balita stunting didapatkan kriteria

sangat kurus sebanyak 12 orang (38%) dan kurus sebanyak 9 orang (29%),

sedangkan untuk kelompok balita normal didapatkan kriteria normal sebanyak 5

orang (16%) dan gemuk sebanyak 5 orang (16%). Karakteristik berdasarkan status

gizi untuk kelompok balita stunting didapatkan kriteria gizi buruk sebanyak 12

orang (38%) dan gizi kurang sebanyak 9 orang (29%), sedangkan untuk kelompok

balita normal didapatkan kriteria gizi baik sebanyak 5 orang (16%) dan gizi lebih

sebanyak 5 orang (16%).

No Karakteristik Kriteria Objektif Kelompok Kelompok

Responden Stunting Normal
N (%) N (%)
1 ASI Eksklusif ASI Eksklusif 2 (6%) 6 (19%)
Tidak ASI Eksklusif 29 (94%) 4 (13%)
2 Makanan Baik 5 (16%) 10 (32%)
Pendamping Kurang Baik 16 (52%) -
(MP- ASI)
3 Praktik Baik 2 (6%) 10 (32%)
Pemberian Kurang Baik 9 (61%) -
Makan
 55

Tabel 4.4. Karakteristik Asupan Gizi Anak Balita

Sumber : Data Primer (2021)

Berdasarkan tabel 4.4 diatas, kita dapat melihat distribusi karakteristik

asupan gizi anak balita dari kelompok balita stunting dan kelompok balita normal

gabungan antara Desa Bone- Bone dan Desa Pepandungan Kecamatan Baraka

Kabupaten Enrekang. Karakteristik berdasarkan ASI ekslusif untuk kelompok

balita stunting didapatkan sebanyak 2 orang (6%) dan sebanyak 29 orang (94%)

yang mengonsumsi ASI eksklusif, sedangkan untuk kelompok balita normal

didapatkan sebanyak 6 orang (19%) dan sebanyak 4 orang (13%) yang tidak

mengonsumsi ASI eksklusif. Karakteristik berdasarkan makanan pendamping

(MP-ASI) untuk kelompok balita stunting didapatkan kriteria baik sebanyak 5

orang (16%) dan kurang baik sebanyak 16 orang (52%), sedangkan untuk

kelompok balita normal didapatkan kriteria baik sebanyak 10 orang (32%).

Karakteristik berdasarkan praktik pemberian makan untuk kelompok balita

stunting didapatkan kriteria baik sebanyak 2 orang (6%) dan kurang baik

sebanyak 9 orang (61%), sedangkan untuk kelompok balita normal didapatkan

kriteria baik sebanyak 10 orang (32%).

No Karakteristik Kriteria Objektif Kelompok Kelompok

Responden Stunting Normal
N (%) N (%)
1 Warna Kuning 5 (16%) 4 (13%)
Coklat 13 (42%) 1 (3%)
Coklat Kekuningan 2 (6%) 3 (10%)
Hijau Kekuningan 1 (3%) 2 (6%)
2 Tekstur Padat 18 (58%) 6 (19%)
Lunak 3 (10%) 4 (13%)
Tabel 4.5. Karakteristik Sampel Feses
 56

Sumber : Data Primer (2021)

Berdasarkan tabel 4.6 di atas, kita dapat melihat distribusi karakteristik

sampel feses balita dari kelompok balita stunting dan kelompok balita normal

gabungan antara Desa Bone- Bone dan Desa Pepandungan Kecamatan Baraka

Kabupaten Enrekang. Karakteristik berdasarkan warna feses didapatkan kriteria

feses berwarna kuning sebanyak 5 sampel (16%) untuk kelompok balita stunting

dan 4 sampel (13%) untuk kelompok balita normal, kriteria feses berwarna coklat

sebanyak 13 sampel (42%) untuk kelompok balita stunting dan 1 sampel (3%)

untuk kelompok balita normal, kriteria feses berwarna coklat kekuningan

sebanyak 2 sampel (6%) untuk kelompok balita stunting dan 3 sampel (10%)

untuk kelompok balita normal, kriteria feses berwarna hijau kekuningan sebanyak

1 sampel (3%) untuk kelompok balita stunting dan 2 sampel (6%) untuk

kelompok balita normal. Kriteria berdasarkan tektur feses untuk kelompok

stunting didapatkan sampel feses dengan tekstur padat sebanyak 18 sampel (58%)

dan tekstur lunak sebanyak 3 sampel (10%), sedangkan untuk kelompok balita

normal didapatkan sampel feses dengan tekstur padat sebanyak 6 sampel (19%)

dan tekstur lunak sebanyak 4 sampel (13%).

Tabel 4.6. Nilai Rata- Rata Jumlah Bakteri Bacteroides sp.

No Kategori (Log DNA Copies)/ gram

1 Kelompok Stunting 4,02

2 Kelompok Normal 5,18

Sumber : Data Primer (2021)

 57

Berdasarkan tabel 4.6 di atas, kita dapat melihat nilai rata- rata jumlah

bakteri Bacteroides sp. pada saluran cerna kelompok balita stunting dan kelompok

balita normal setelah dilakukan amplifikasi pada mesin Real Time PCR. Nilai Cq

(Cycle quantification) yang didapatkan hasil dari amplifikasi dikonversi kedalam

kurva standar untuk mendapatkan jumlah Log DNA Copies/ gram untuk masing-

masing sampel. Rata- rata jumlah bakteri Bacteroides sp. yang didapatkan pada

kelompok balita stunting yaitu 4,02 Log DNA Copies/ gram sedangkan pada

kelompok balita normal yaitu 5,18 Log DNA Copies/ gram. Jumlah Bacteroides

sp. tertinggi ada pada kelompok balita normal, sedangkan jumlah bakteri terendah

ada pada kelompok balita stunting.

 58

C. Pembahasan

Pada penelitian yang telah dilakukan dalam mengidentifikasi jumlah

bakteri Bacteroides sp. pada balita stunting di Kecamatan Baraka Kabupaten

Enrekang terdapat beberapa tahap pengerjaan. Tahap pertama adalah proses

pengumpulan data. Data yang dikumpulkan adalah data balita stunting di

Kecamatan Baraka Kabupaten Enrekang yang didapatkan di Poli Gizi Puskesmas

Baraka. Setelah mendapatkan data balita stunting, data tersebut di sortir

berdasarkan prevalensi yang tertinggi pada desa/ kelurahan yang ada di

Kecamatan Baraka dan didapatkan ada dua desa yang memiliki prevalensi

stunting yang sangat tinggi yaitu Desa Bone- Bone dan Desa Pepandungan.

Tahap kedua adalah proses sampling, dimana sampling dilakukakan di

Desa Bone- Bone terlebih dahulu lalu ke Desa Pepandungan yang ada di

Kecamatan Baraka Kabupaten Enrekang. Pada tahap sampling, cara yang

dilakukan adalah pemberian pot sampel yang telah dilabel kepada responden yang

selanjutnya responden memasukkan feses anak balitanya pada pot sampel tersebut

setelah buang air besar. Pada tahap ini juga sekaligus dilakukan sesi wawancara

untuk mengetahui identitas responden (nama, umur, pekerjaaan, pendidikan,

status ekonomi, jumlah anggota keluarga) dan kondisi linkungan sekitar rumah

responden. Dari dua desa yang dilakukan sampling dikumpulkan sampel sebanyak

21 sampel feses balita stunting dari total 29 responden yang diberikan pot sampel,

8 sampel di antaranya termasuk exclude atau tidak termasuk ke dalam kriteria

karna termasuk air kencing dan air kloset. 10 sampel untuk balita normal juga

didapatkan dari kedua desa ini. Sehingga total sampel yang terkumpul sebanyak
 59

31 sampel. Setelah mendapatkan sampel feses balita stunting dan balita normal,

sampel tersebut dimasukkan ke dalam coolbox yang berisi es batu sebagai media

transportasi. Sampel yang telah dikumpulkan dibawa ke Makassar menggunakan

coolbox agar kualitas sampel terjaga.

Tahap ketiga adalah proses pengerjaan sampel, setelah mendapatkan ijin

dari bagian Diklat RSUP Hasanuddin sampel yang dibawa dari Enrekang akan

diidentifikasi lebih lanjut di Laboratorium HUM-RC (Hasanuddin University

Medical- Research Center). Pada tahap pengerjaan sampel, yang pertama kali

dilakukan adalah ekstraksi untuk mendapatkan DNA murni. Ekstraksi DNA

bertujuan untuk mengisolasi DNA yang terdapat dalam sampel feses dengan

menggunakan Kit Stool DNA Isolation (Norgen Biotek Corp). Prinsip isolasi

DNA dengan menggunakan kit komersial ini sama dengan isolasi DNA pada

umumnya. Proses yang dilakukan adalah dengan mengeluarkan DNA dari

mitokondria atau nukleus dengan cara melisiskan DNA dari kontaminan yang

lain. Isolasi DNA pada sampel feses dimulai dengan diberi larutan lysis buffer

yang berfungsi untuk melisiskan dinding sel. Selanjutnya divortex dan

dihomogenkan, kemudian dilakukan sentrifugasi untuk memisahkan DNA dari

presipitat protein. Sentrifugasi memiliki prinsip yang didasarkan pada fenomena

bahwa partikel yang tersuspensi di dalam wadah akan mengendap ke dasar suatu

wadah karena adanya pengaruh gravitasi. Setelah proses sentrifugasi selesai,

langkah selanjutnya adalah menambahkan supernatan ke dalam tabung appendorf

baru lalu dindahan ke dalam spin column. Selanjutnya adalah dengan di beri

larutan buffer wash yang befungsi untuk menyingkirkan kotoran- kotoran selain
 60

DNA yang terdapat dalam sampel. Setelah proses ekstraksi selesai, maka

didapatkan DNA murni dari sampel feses lalu disimpan ke dalam freezer dengan

suhu -200C agar kemurnian dari DNA terjaga dengan baik.

Setelah diisolasi DNA, sampel yang berisikan DNA selanjutnya akan di

amplifikasi pada Mesin Real Time PCR. Hasil ekstraksi DNA yang

diperoleh kemudian digunakan sebagai template untuk tahap amplifikasi

ini. Namun sebelum sampel DNA dimasukkan ke dalam mesin, terlebih

dahulu akan dibuat master mix. Untuk masing- masing sampel DNA akan

dibuat larutan master mix solution yang terdiri dari SsoFast Supermix Evagreen®

(Biorad USA) sebanyak 5 µL, Primer Forward 1 µL, Primer Reverse sebanyak 1

µL dan Nuclease Free Water PCR sebanyak 1 µL. Campuran master mix tersebut

dicampur lalu dihomogenkan dan dibagi ke dalam masing- masing tabung PCR

dalam jumlah yang tepat. Cetakan DNA yang telah diisolasi dari sampel

dimasukkan ke dalam larutan master mix sebanyak 2 µL. Tabung PCR yang berisi

PCR mix dan DNA kemudian dimasukkan ke dalam mesin PCR dengan siklus

sebagai berikut ; initial PCR activation selama 10 menit pada suhu 950C,

denaturasi pada suhu 950C selama 15 detik, annealing atau penempelan primer

pada suhu 58,50C selama 30 detik, extension atau pemanjangan selama 30 detik

pada suhu 720C dengan jumlah 40 siklus selama 1 jam 15 menit.

Tinginya konstrasi DNA yang diekstrak akan menentukan kecepatan untuk

mencapai garis basement- threshold pada saat amplifikasi berlangsung. Analisis

kurva amplifikasi pada real time PCR dilakukan dengan melihat kenaikan kurva

amplifikasi dan nilai Cq (quantification cycle) yakni siklus dimana fluorescent

 61

mencapai garis threshold (ambang batas), sehingga terjadi peningkatan yang

singnifikan saat pertama kali terdeteksi. Nilai Cq ini berhubungan dengan jumlah

DNA yang terdapat pada sampel yang didapatkan dari jumlah siklus pada proses

Real Time PCR yang berpotongan dengan garis threshold . Kurva amplifikasi

akan muncul dan terbentuk saat proses amplifikasi berlangsung. Fungsi dari kurva

amplifikasi ini sendiri adalah untuk menentukan apakah terjadi amplifikasi dalam

thermal cycler yang digunakan. Amplifikasi ini ditetapkan berdasarkan intenstitas

dari fluorescent, yaitu jika semakin banyak produk amplifikasi yang dihasilkan,

maka semakin besar pula akumulasi fluorescent yang akan terbaca [ CITATION

Azm13 \l 1057 ].

Hasil penelitian pada pengujian pada 31 sampel feses yang terdiri dari 21

sampel feses balita stunting dan 10 sampel balita normal menunjukkan adanya

sampel yang teramplifikasi ditunjukan dengan adanya nilai Quantification cycle

(Cq). Dari 31 sampel feses yang diamplifikasi didapatkan 13 sampel yang

menunjukkan adanya kenaikan kurva amplifikasi yang melewati ambang batas

atau garis threshold dan membentuk fase log yang menyatakan bahwa terdapat

gen target atau bakteri bacteroides sp pada sampel tersebut. Sampel yang

teramplifikasi tersebut memiliki nilai Cq yang berbeda antara satu dengan yang

lainnya. Sampel dengan nilai Cq tertinggi pada deteksi bakteri Bacteroides sp

ditunjukkan pada sampel dengan kode B-22 dengan nilai Cq mencapai 32,10,

sedangkan untuk nilai Cq terendah ditunjukkan pada sampel B-21 dengan nilai Cq

mencapai 15,23.
 62

Hasil amplifikasi dengan primer Bacteroides sp. akan menjawab inti

permasalahan dari penelitian ini, yaitu mendeteksi keberadaan bakteri Bacteroides

sp. dan berapa jumlah bakteri yang terdapat pada sampel yang teramplifikasi serta

hubungan Bacteroides sp dengan kejadian stunting. Untuk menentukan jumlah

bakteri yang terdapat dalam sampel, yaitu dengan mengkonversi nilai Cq yang

didapatkan didalam ke dalam kurva standar jumlah bakteri dengan nilai satuan

Log DNA Copies. Sampel dengan nilai Log yang tinggi ditunjukkan pada sampel

dengan kode B-21 dengan nilai 7,81 Log DNA Copies, sedangkan sampel dengan

nilai Log terendah ditunjukkan pada sampel dengan kode B-22 dengan nilai 0,53

Log DNA Copies. Hasil rata-rata jumlah bakteri yang didapatkan pada penelitian

ini adalah 4,02 Log DNA Copies untuk kelompok stunting dan 5,18 Log DNA

Copies untuk kelompok normal.

Hasil penelitian ini sejalan dengan hasil penelitian yang pernah dilakukan

oleh (Helmyati et al., 2017) yang menyatakan populasi pada bakteri Bacteroides

sp. pada saluran cerna balita stunting relatif lebih sedikit dibandingkan dengan

balita normal. Berdasarkan penelitian yang dilakukan oleh [ CITATION Hel19 \l 1057

] menyatakan bahwa mikrbiota saluran cerna pada anak berbeda- beda

komposisinya tergantung status gizi. Semakin buruk status gizi seorang anak,

maka kompoisi mikrobiota yang ada di dalam saluran cerna lebih banyak

mikrobiota patogen. Penelitian (Irviani et al, 2019) menyatakan faktor determinan

penyebab stunting adalah faktor gizi buruk dan faktor sanitasi. Lingkungan

dengan sanitasi buruk sangat berpengaruh dengan kesehatan seseorang karena

seseorang mudah terpapar penyakit apabila berada di lingkungan dengan sanitasi

 63

buruk seperti contohnya diare. Bacteroides sp. merupakan salah satu bakteri flora

normal yang dominan berada di saluran cerna. Bakteri flora normal dalam saluran

cerna berfungsi untuk memberikan manfaat kesehatan, misalnya memproteksi dari

bakteri patogen, berperan pada metabolisme inang dan zat gizi, serta modulasi

sistem imun. Komposisi bakteri patogen yang banyak menyebabkan inflamasi dan

malabsorbsi zat gizi sehingga menghambat pertumbuhan linear sehingga

menyebabkan stunting.
 55

BAB V

KESIMPULAN DAN SARAN

A. Kesimpulan

Berdasarkan hasil penelitian yang telah dilakukan, didapatkan hasil

sebagai berikut :

1. Sebanyak 13 sampel yang terdeteksi bakteri Bacteroides sp.

2. Jumlah rata- rata populasi bakteri Bacteroides sp. adalah 4,02 Log DNA

Copies untuk kelompok stunting dan 5,18 Log DNA Copies untuk

kelompok normal.

3. Ada hubungan antara jumlah populasi bakeri Bacteroides sp. dengan

kejadian stunting.

B. Saran

Disarankan untuk dilakukan penelitian lanjutan terhadap komposisi

Parasit yang terdapat dalam mikrobiota saluran cerna balita stunting dengan

kriteria balita stunting berusia 1-5 tahun yang berada di Desa Bone- Bone dan

Desa Pepandungan Kecamatan Baraka Kabupaten Enrekang.

 56

DAFTAR PUSTAKA

Azmier, M. H. (2013). Lactobacillus plantarum Pada Feses Individu Dewasa

Sehat Yang Mengonsumsi Lactobacillus plantarum IS-10506 DARI
DADIH, Vol. 24 No. 2 Th. 2013. Jakarta: Departemen Mikrobiologi,
Fakultas Kedokteran, Universitas Indonesia, DOI:
10.6066/jtip.2013.24.2.154, ISSN: 1979-7788.
Bakri, Z. M. (2015). Deteksi Keberadaan Bakteri Escheria Coli 0157:h7 Pada
Feses Penderita Diare Dengan Metode Kultur dan PCR, Vol.5, No.2.
Makassar: 1Bagian Biomedik, Fakultas Kedokteran, Universitas
Hasanuddin, ISSN 2252-5416.
BAPPENAS. (2017). Laporan Baseline SDG Tentang Anak- Anak di Indonesia.
Jakarta.
Dinas Kesehatan Provinsi Sulawesi Selatan. (2019). Laporan Kinerja (LKJ)
Organisasi Perangkat Daerah. Makassar: Dinas Kesehatan Provinsi
Sulawesi Selatan.
Dinas Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu Provinsi Sulawesi
Selatan. (2021). Profil Kabupaten Enrekang. Sulawesi Selatan: DPM
PTSP.
Dyah, D. (2014). Perkembangan Teknologi Reverse Transcriptase-Polymerase
Chain Reaction dalam Mengidentifikasi Genom Avian Influenza dan
Newcastle Diseases. Bogor: Balai Besar Penelitian Veteriner.
Helmyati, E. Y. (2017). Keadaan Mikrobiota Saluran Cerna Pada Anak Sekolah
Dasar Yang Mengalami Stunting di Lombok Barat, Vol 12 No. 1.
Yogyakarta: Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat, Fakultas
Kedokteran, Universitas Gadjah Mada.
Helmyati, E. Y. (2017). Keadaan Mikrobiota Saluran Cerna Pada Anak Sekolah
Dasar Yang Mengalami Stunting di Lombok Barat, Vol.1, No.12.
Yogyakarta: Program Studi Gizi Kesehatan, Fakultas Kedokteran,
Universitas Gadjah Mada, ISSN 1978-1059 EISSN 2407-0920, DOI:
10.25182/jgp.2017.12.1.55-60.
Hong, J. H. (2008). Relative Abundance of Bacteroides spp. in Stools and
Wastewaters as Determined by Hierarchical Oligonucleotide Primer
Extension. Singapore: Division of Environmental Science and
 57

Engineering, National University of Singapore, doi:10.1128/AEM.02568-

07.
Jandhyala, R. T. (2015). Role Of The Normal Gut Microbiota. India: Department
of Gastroenterology, Asian Institute of Gastroenterology, Asian
Healthcare Foundation,ISSN 1007-9327 (print) ISSN 2219-2840 (online)
DOI: 10.3748/wjg.v21.i29.8787.
Kementerian Kesehatan Republik Indonesia. (2010). Keputusan Menteri
Kesehatan Nomor 1995/ Menkes/SK/XII/2010 Tentang Standar
Antropometri Penilaian Status Gizi Anak. Jakarta.
Kementerian Kesehatan Republik Indonesia. (2016). Buku Saku Pemantauan
Status Gizi Tahun 2015. Jakarta.
Kementerian Kesehatan Republik Indonesia. (2018). Buku Saku Pemantauan
Status Gizi Tahun 2017. Jakarta.
Kementerian Kesehatan Republik Indonesia. (2020). Indonesia Sehat Bebas
Stunting. Jakarta.
Kementerian Kesehatan Republik Indonesia. (2021). Laporan Kinerja
Kementerian Kesehatan Tahun 2020. Jakarta: Kementerian Kesehatan
Republik Indonesia.
Kurniati, A. M. (2016). Mikrobiota Saluran Cerna: Tinjauan dari Aspek
Pemilihan Asupan Makanan. Palembang: Bagian Ilmu Gizi Fakultas
Kedokteran Universitas Sriwijaya, Vol. 1 No.2.
Laksmi, J. H. (2013). Deteksi Bakteri Patogen dan Fermentatif Dari Pangan
Menggunakan Real Time- Polymese Chain Reaction, Vol. 1:292- 308.
Bandung: Dep. Ilmu dan Teknologi Pangan, Fakultas Teknologi Pertanian,
IPB. .
Muktiningsih, F. K. (2011). DETEKSI BAKTERI PENYEBAB PENYAKIT
TYPHUS PADA MANUSIA DENGAN POLYMERASE CHAIN
REACTION. Universitas Negeri Jakarta.
Niccolai, S. B. (2019). Evaluation And Comparison Of Short Chain Fatty Acids
Composition In Gut Diseases. Italy: Department of Experimental and
Clinical Medicine, University of Florence,ISSN 1007-9327 (print) ISSN
2219-2840 (online),DOI: 10.3748/wjg.v25.i36.5543.
Pertiwi. (2016). Optimasi Amplifikasi DNA Menggunakan Metode PCR
(Polymerase Chain Reaction) Pada Ikan Karang Anggota Famili
Pseudochromidae (dottyback) untuk Identifikasi spesies secara Molekular.
Puskesmas Baraka, Kabupaten Enrekang. (2021).
 58

Rahmadhita, K. (2020). Permasalahan Stunting dan Pencegahannya. Lampung:

Pendidikan Kedokteran, Fakultas Kedokteran, Universitas Lampung, Vol
11, No, 1, Juni 2020, pp; 225-229, p-ISSN: 2354-6093 dan e-ISSN: 2654-
4563, DOI: 10.35816/jiskh.v10i2.253.
Riskesdas. (2018). Stunting di Indonesia. Jakarta.
ScienceDirect.com. (2015). Clinical Applications Of Quantitative Real Time-
PCR.
Setyo, S. H. (2019). Hubungan Mikrobiota Saluran Cerna dan Obesitas Pada
Anak di Lombok Barat, Nusa Tenggara Barat, Indonesia, Vol.11, No.1.
Yogyakarta: Department of Nutrition and Health, Faculty of Medicine,
Public Health and Nursing, Universitas Gadjah
Mada,https://doi.org/10.22435/mgmi.v11i1.1738;.
Sujaya, I. N. (2020). Bakteri Saluran Cerna (Gut Mikrobiota) : Keragaman,
Dampak dan Potensi Modifikasi. Bali: UPT. Lab. Terpadu Biosain dan
Bioteknologi, PS. Kesehatan Masyarakat Fakultas Kedokteran, Unud.
Sumarni, V. H. (2018). Perbedaan DNA Mikrobiom Saluran Pencernaan Bayi
Dengan Persalinan Normal Yang Diberi ASI dan Susu Formula di RS Siti
Khadijah Makassar, Vol.8 No.2. Makassar: Bagian Kebidanan, Sekolah
Pasca Sarjana, Universitas Hasanuddin.
Sutarto, D. M. (2018). Stunting, Faktor Resiko dan Pencegahannya. Journal
Agromedicine.
UNICEF. (2018). Trends in Child Malnutrition : Key Findings of the 2018
Edition of The Joint Child Malnutrtion Estimates.
Wexler, H. M. (2007). Bacteroides : the Good, the Bad and The Nitty- Gritty, Vol.
20, No. 4. California: Wadsworth Anaerobe Laboratory, Greater Los
Angeles VA Healthcare Systems, and Department of Medicine,.
WHO. (2017). Stunted Growth adn Development. Geneva.
WHO. (2018). WHO Global Nutrition Target : Stunting Policy Brief. Geneva.
 59

LAMPIRAN

Lampiran 1. Data Sampel (Anak Balita) di Desa Bone- Bone dan Desa Pepandungan

ZS
N J Tgl Tanggal ZS ZS
Inisial Alamat Berat Tinggi BB/U TB/U BB/TB BB/T
o K Lahir Pengukuran BB/U TB/U
B
2018- DANTE Sangat
1 AL L  2020-08-11  10.2 81 Kurang -2.32 -3.3 Gizi Baik -0.67
01-25  KOA  Pendek
2018- BUNTU
2 SI P  2020-08-11  9.6 82.3 Kurang -2.38 Pendek -2.45 Gizi Baik -1.29
01-29  RIRI 
2018- DANTE
3 AD P  2020-08-11  9.5 80 Kurang -2.23 Pendek -2.76 Gizi Baik -0.84
03-25  KOA 

2018- DANTE Berat Badan

4 MU L  2020-08-11  11.8 84.5 -0.94 Pendek -2.05 Gizi Baik 0.26
03-03  KOA  Normal

2018- DANTE Berat Badan

5 AB L  2020-08-11  11.2 81 -0.92 Pendek -2.35 Gizi Baik 0.47
06-27  KOA  Normal

2018- DANTE Berat Badan

6 AL P  2020-08-11  11.3 81.8 -0.81 Pendek -2.3 Gizi Baik 0.68
03-16  KOA  Normal

2018-
7 RE L  DADA  2020-08-11  10 81.5 Kurang -2.29 Pendek -2.83 Gizi Baik -1.03
03-22 
 60

ZS
N J Tgl Tanggal ZS ZS
Nama Alamat Berat Tinggi BB/U TB/U BB/TB BB/T
o K Lahir Pengukuran BB/U TB/U
B

2018- Berat Badan

8 AB L  da'da  2020-08-11  10.1 77.8 -1.11 Pendek -2.42 Gizi Baik 0.06
11-26  Normal

2019- Sangat Sangat

9 NU  L  bt. riri  2020-08-11  7.4 68.6 -3.26 -4.69 Gizi Baik -1.12
03-23  Kurang Pendek

2019- Berat Badan

10 NU P  dante koa  2020-08-11  8.3 72.5 -1.34 Pendek -2.08 Gizi Baik -0.48
04-21  Normal

2019- DANTE Berat Badan Sangat

11 HA  L  2020-08-11  8.5 68 -1.68 -4.28 Gizi Baik 0.78
05-24  KOA  Normal Pendek

2019- BUNTU
12 IL P  2020-08-11  6.5 66.5 Kurang -2.45 Pendek -2.46 Gizi Baik -1.49
09-13  RIRI 

2019- DANTE Berat Badan

13 M.A L  2020-08-11  8.1 66.2 -0.66 Pendek -2.18 Gizi Baik 0.84
12-02  KOA  Normal

2018- Berat Badan

14 RA  L  Da da  2020-08-11  9.7 78.8 -1.54 Pendek -2.18 Gizi Baik -0.64
11-13  Normal

2019- Berat Badan

15 IN  P  Da'da  2020-08-11  8 68.8 -1.21 Pendek -2.6 Gizi Baik 0.12
06-30  Normal

N Nama J Tgl Alamat Tanggal Berat Tinggi BB/U ZS TB/U ZS BB/TB ZS

 61

BB/T
o K Lahir Pengukuran BB/U TB/U
B
2020- Sangat
16 MR L  Bt. Riri  2020-08-11  5.6 59.5 Kurang -2.83 -3.37 Gizi Baik -0.53
02-28  Pendek
Risiko
2020- Berat Badan
17 AB L  D.koa  2020-08-11  4.9 53.7 -0.89 Pendek -2.21 Gizi 1.76
06-14  Normal
Lebih

2018- PENDOKES Berat Badan Sangat

18 ZA L  2020-08-15  11.2 81.9 -1.59 -3.15 Gizi Baik 0.27
01-08  AN  Normal Pendek

2018- PENDOKES Berat Badan

19 MF L  2020-08-15  11.7 82.2 -1.05 Pendek -2.79 Gizi Baik 0.72
02-25  AN  Normal

2018- BUNTU Berat Badan Sangat

20 DZ L  2020-08-15  10 78.7 -1.87 -3.02 Gizi Baik -0.4
07-10  BILLA  Normal Pendek

2018- BUNTU Berat Badan

21 AU  P  2020-08-15  11 84 -1.32 Pendek -2.12 Gizi Baik -0.15
01-07  BILLA  Normal

2018- BONTONG Berat Badan

22 NA P  2020-08-15  9.4 76.5 -1.72 Pendek -2.95 Gizi Baik -0.18
08-03  AN  Normal

2018- Sangat
23 NA  P  BT.BILLA  2020-08-15  7.9 72 Kurang -2.45 -3.43 Gizi Baik -0.91
12-29  Pendek
 62

ZS
N J Tgl Tanggal ZS ZS
Nama Alamat Berat Tinggi BB/U TB/U BB/TB BB/T
o K Lahir Pengukuran BB/U TB/U
B

2019- Berat Badan Sangat

24 AK P  BT. BILLA  2020-08-15  7.9 69.8 -1.8 -3.13 Gizi Baik -0.31
04-18  Normal Pendek

2019- BONE- Berat Badan

25 MA  L  2020-08-15  8.5 72.5 -1.7 Pendek -2.52 Gizi Baik -0.67
05-25  BONE  Normal

2019- PENDOKES Berat Badan

26 MU L  2020-08-15  8.5 71.5 -1.7 Pendek -2.92 Gizi Baik -0.37
05-25  AN  Normal

2019- PENDOKES Berat Badan

27 HA L  2020-08-15  8.6 71.5 -1.15 Pendek -2.01 Gizi Baik -0.22
08-01  AN  Normal

2019- Sangat
28 AB L  BUNGIN2  2020-08-15  6.9 64.4 Kurang -2.93 -4.57 Gizi Baik -0.39
08-31  Pendek
Risiko
2020- BONE Berat Badan
29 AH  L  2020-08-15  7.3 61.2 -0.46 Pendek -2.54 Gizi 1.7
03-04  BONE  Normal
Lebih
 63

Lampiran 2. Nilai Cq Bacteroides sp Pada Sampel Feses Anak Balita

No Kode Sampel Nilai Cq Jumlah Keterangan
Bakteri (Log
DNA Copies)
1 B- 01 N/A - Stunting
2 B- 02 26,37 3,00 Stunting
3 B- 03 18,86 6,24 Stunting
4 B- 04 29,79 1,53 Stunting
5 B- 05 N/A - Stunting
6 B- 06 N/A - Stunting
7 B- 07 N/A - Stunting
8 B- 08 18,40 6,44 Stunting
9 B- 09 N/A - Stunting
10 B- 10 N/A - Stunting
11 B- 11 N/A - Stunting
12 B- 12 N/A - Stunting
13 B- 13 26,48 2,96 Stunting
14 B- 14 N/A - Stunting
15 B- 15 N/A - Stunting
16 B-16 N/A - Stunting
17 B- 17 N/A - Stunting
18 B- 18 26,36 3,01 Stunting
19 B- 19 N/A - Stunting
20 B- 20 30,68 1,15 Stunting
21 B- 21 15,23 7,81 Stunting
22 B- 22 32,10 0,53 Normal
23 B- 23 N/A - Normal
24 B- 24 17,81 6,69 Normal
25 B- 25 N/A - Normal
26 B- 26 19,15 6,12 Normal
27 B- 27 18,30 6,48 Normal
28 B- 28 N/A - Normal
29 B- 29 19,23 6,08 Normal
30 B- 30 N/A - Normal
31 B- 31 N/A - Normal
 64

Lampiran 3. Kurva Amplifikasi Bacteroides sp.

 65

Lampiran 4. Kurva Melt

 66

35 Kurva Standar
30 f(x) = − 2.32 x + 33.34
R² = 0.97
25

20
Cq

15

10

0
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Log DNA Copies/mL

Lampiran 5. Kurva Standar Jumlah Bakteri

 67

Lampiran 6. Surat Ijin Penelitian Provinsi

 68

Lampiran 7. Surat Rekomendasi Penelitian dari LPPM

 69

Lampiran 8. Surat Ijin dari Kabupaten Enrekang

 70

Lampiran 9. Surat Keterangan Bukti Pengambilan Sampel

 71

Lampiran 10. Surat Keterangan Penelitian dari RSUP Hasanuddin

 72

Lampiran 11. Surat Keterangan Bebas Keuangan

 73

Lampiran 12. Dokumentasi Pengambilan Sampel di Desa Bone- Bone dan Desa
Pepandungan Kecamatan Baraka Kabupaten Enrekang
 74

Lampiran 13. Dokumentasi Ekstraksi/ Isolasi DNA

 75

Lampiran 14. Dokumentasi Amplifikasi di Mesin Real- Time PCR