Plasmid, Episome, Transposable Element, Extrachromosomal Inheritance

sebagai Materi Genetik

Resume Ke-2
disusun untuk memenuhi tugas matakuliah Genetika yang dibimbing oleh Prof. Dr. Siti
Zubaidah, M. Pd dan Deny Setiawan, M.Pd

Oleh:
Offering H / Kelompok 5
Ainun Aulia Ambarsari (200342616887)
Syilfia Ayu Kurnia Romadhon (200342616880)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI

September 2020
HASIL/ISI RESUME

Plasmid dan episom

Plasmid adalah replika (unit materi genetik yang mampu bereplikasi secara independen)
yang diwariskan secara stabil dalam keadaan ekstra kromosom. Plasmid dapat dibuang, yaitu
mereka yang tidak diperlukan untuk kelangsungan hidup sel di mana mereka berada. Tiga jenis
utama plasmid bakteri telah dipelajari secara ekstensif, yaitu: (1) plasmid F, (2) plasmid R dan (3)
plasmid col.

Beberapa plasmid seperti faktor F juga sesuai dengan definisi elemen genetik yang disebut
episom P somes adalah elemen genetik yang dapat mereplikasi t salah satu dari dua keadaan
alternatif: (1) sebagai bagian terintegrasi dari kromosom utama beberapa atau (2) sebagai elemen
genetik otonom independen dari kromosom induk utama. Istilah plasmid dan episom bukanlah
suatu sinonim. Banyak plasmid yang tidak dalam keadaan terintegrasi dengan demikian itu
bukanlah episom. Kemudian, banyak kromosom fag sedang seperti genom fag, itu termasuk dalam
episom tetapi bukan plasmid.

Untuk mengetahui sifat dari plasmid dan episom pada saat ini bergantung pada keberadaan
sekuens DNA pendek yang disebut elemen IS atau sekuens penyisipan. Elemen IS ada dalam
kromosom inang utama. Urutan pendek ini (panjangnya sekitar 800 hingga 1400 pasang
nukleotida) merupakan transposable, yaitu mereka dapat berpindah dari satu posisi ke posisi lain
dalam suatu kromosom. Elemen IS juga memediasi rekomendasi elemen egentik nonhomolog di
mana mereka berada.

Elemen Genetik transposable

Elemen transposable atau disebut juga transposon hadir dalam genom di berbagai jenis
organisme. Elemen-elemen ini berpindah tempat dari satu posisi ke posisi yang lain dalam genom
juga bertanggung jawab atas ketidakstabilan genetik, termasuk juga mutasi dan kerusakan pada
kromosom.

Elemen Transposable di Bakteri

Pada bakteri, beberapa transposon membawa gen untuk resistensi anti biotik. Transposon
pada bakteri yang paling sederhada adalah elemen IS atau urutan penyisipan yang panjangnya
kurang dari 1.500 pasangan nukleotida dan hanya mengandung gen yang terlibat dalam
mempromosikan atau mengatur transposisi. Terkadang dua elemen IS homolog bergabung dengan
gen lain untuk membentuk transposon komposit yang dilambangkan dengan simbol Tn. Adapun
simbol Tn juga digunakan untuk menunjukkan transposon yang tidak mengandung elemen IS,
seperti elemen yang dikenal dengan Tn3. Elemen ini tidak diperlukan untuk transposisi, sama
seperti transposon komposit.

Elemen Transposable di Eukariot

Elemen TY Ragi

Ragi Saccharomyces cerevisiae membawa 35 salinan elemen transposabel atau disebut Ty

dalam genom haploidnya. Transposon ini memiliki panjang sekitar 5.900 pasangan nukleotida dan
masing-masing bagian ujungnya dibatasi oleh DNA yang disebut dengan urutan dengan panjang
sekitar 340 pasangan basa. Elemen Ty diapit oleh 5 pasangan nukleotida berulang yang langsung
dibuatkan oleh duplikasi DNA di tempat penyisipan Ty. Duplikasi ini tidak memiliki ukuran
standar namun mengandung pasangan basa AT.

Transposon Jagung

Unsur transposable telah ditemukan di beberapa tanaman terutama jagung dan snapdragon.
Investigasi yang paling luas melibatkan jagung di mana beberapa keluarga transposon telah
diidentifikasi.

Elemen Ac/Ds

Elemen ini ditemukan oleh McClintock, terdiri dari banyak elemen yang tersebar di seluruh
genom. Elemen Ac terdiri dari 4.563 pasangan nukleotida yang dibatasi oleng pengulangan
langsung 8 pasangan nukleotida. Fungsi pengaktifan elemen Ac diasosiasikan dengan protein yang
disintesisnya karena protein ini terlibat dalam transposisi, kadang-kadang disebut transposase dari
keluarga Ac/Ds. Mutasi pada gen yang mengkode protein menghilangkan sinyal pengaktif dan
menjelaskan mengapa elemen Ds yang memiliki reaksi seperti itu tidak dapat mengaktifkannya
sendiri. Namun transposase ini dapat menyebar dan satu elemen Ac dapat menyediakan untuk
semua elemen Ac dan DS dalam genom.

Elemen Spm dan dSpm

Dalam keluarga ini, Spm disebut elemen otonom sedangkan dSpm (d berarti disable atau
rusak) disebut elemen non-otonom. Elemen Spm memiliki panjang 8.287 pasangan nukleotida
dengan pengulangan terbalik pasanga 13-nukleotida. Elemen dSpm memiliki ukuran yang lebih
kecil dari elemen Spm karena bagian dari DNA telah dihapus. Penghapusan ini mengganggu
fungsi gen yang dibawa oleh elemen Spm lengkap karena itu mencegah sintesis produk gen.

Drosophila transposon

Unsur transposabel telah ditemukan pada banyak hewan, namun informasi terbaik berasal
dari penelitian dengan Drosophila, dimana 15% DNA bersifat mobile dan beberapa kelas
transposon Drosophila telah diidentifikasi.

Retrotransposon

Retrotransposon merupakan kelompok terbesar dari transposon Drosophila yang

menghasilkan elemen mirip retrovirus. Elemen ini memiliki panjang 5.000 hingga 15.000
pasangan nukleotida yang menyerupai bentuk retrovirus terintegrasi dengan ujungnya yang
dibatasi oleh urutab pengulangan terminal panjang atau LTR.

Elemen P dan Disgenesis Hibrida

Anggota keluarga elemen P memiliki banyak variasi dalam ukuran. Ukuran terbesarnya
memiliki panjang 2.907 pasangan nukleotida termasuk pengulangan terbaik terminal tetapi tidak
termasuk duplikasi situs target.

Signifikasi Genetik dan Evolusioner Dari Elemen Transposabel

Mutasi dan kerusakan kromosom

Pada bukti yang berasal dari Drosophila membuktikan bahwa banyak alel mutan yang telah
terbukti melibatkan penyisipan transposon, dari sinilah timbul sedikit keraguan bahwa elemen
transposabel bertanggung jawab atas mutasi pada berbagai macam organisme. Namun,
eksperimental bekerja dengan berbagai jenis transposabel. Ini menunjukkan bahwa terjadinya
mutasi penyisipan merupakan peristiwa yang agak jarang, mungkin juga karena banyak transposon
yang diatur dengan ketat. Jika regulasi ini terganggu, maka ledakan transposisi dapat terjadi dan
menyebabkan banyak mutasi secara bersamaan.

Masalah Evolusi
Distribusi luas elemen transposabel memainkan peran dalam evolusi. Mereka mampu
menyalin, mentranspos, mengatur ulang urutan DNA. Elemen transposabel menyebar karena
memiliki kemampuan berkembang biak secara independen dari replikasi normal. Seperti elemen
bakteri yang transpos dengan mekanisme replikatif.

Warisan Ekstrakromosonal
Pewarisan ekstrakromosomal didefinisikan sebagai pewarisan non-mendel. Bakteri dan
virus merupakan agen pewarisan ekstranuklear.

 Kriteria Pewarisan Ekstranuklear

Terdapat lima kriteria utama yang bisa digunakan dalam membedakan antara sifat yang
dikontrol oleh gen nuclear dan sifat yang dikontrol dengan oleh ekstranuklear, diantaranya :
1. Perbedaan pada hasil dari reciprocal crosses yang menunjukkan adanya penyimpangan
dari pola transmisi gen autosom Mendel.
2. Gen kromosom menempati lokus dan sebagian tampat tertentu pada gen lain.
3. Kurangnya segregasi Mendel dan karakteristik rasio Mendel tergantung dengan transmisi
kromosom.
4. Sel reproduksi betina pada umumnya lebih dominan dengan sitoplasma dan organel
yang sitoplasmik dibandingkan dengan sel jantan.
5. Substitusi eksperimental pada nukleus memperjelas pengaruh relatif nukleus dan sitoplasma.
 Organel Sitoplasmik dan Simbon
Organel sitoplasmik sangat penting dan berfungsi untuk kelangsungan hidup. Contoh dari
organel sitoplasmik adalah mitokondria yaitu organel sitoplasmik yang menghasilkan ATP atau
produksi energi untuk respirasi sel. Pada tumbuhan klorofil dan pigmen berada di plastida.
Mitokondria membentuk simbiosis herediter dengan sel inang eukariot dan berevolusi menjadi
organel pada sel hewan dan tumbuhan. Kloroplas pada sel tumbuhan dikemukakan berasal dari
ganggang ynag hidup bebas kemudian membentuk hubungan sombiosis dengan sel eukariot yang
banyak berkontribusi pada sel inang. Klorofil ini berfungsi pada proses fotosintesis dengan
sistem sintesis termasuk DNA spesifik, mRNA, trna, ribosom dan produksi klorofil di ganggang.
Bakteri simbion ditemukan di sitoplasma protozoa Paramecium aurelia yang mana mereka
menghasilkan zat beracun. Simbion saat ini memiliki nama latin yaitu Caedobacter taenispiralis
yang mana dapat masuk ke sistem genetik inangnya dan berkembang biak dengan genotipe inang
tertentu.

 DNA di Mitokondria
Mitokondria di dalam organisme hidup muncul dari mitokondria yang ada pada
sebelumnya. Mitokondria berupa organel-organel sitoplasma kecil dengan lapisan internal.
Ukuran mitokondria sama dengan bakteri. Mitokondria terdapat pada hewam dan tumbuhan
tingkat tinggi dengan energi seluler yang mampu menopang kehidupan melalui proses oksidatif
asam sitrat dan siklus asam lemak serta gabungan proses fosforilasi-oksidatif dan transpor
elektron. Mitokondria mengandung sejumlah DNA unik yang tetap otonom di luar genom
nuklear.

Mitokondria juga mengandung aparatus sintesis protein yang spesifik dengan ribosom.
Ribosom dalam aparatus sintesis protein mitokondria berbeda dengan yang ada di sitoplasma sel
eukariota. Molekul rRNA mitokondria memiliki ukuran yang sama seperti bakteri dan lebih kecil
daripada sel eukariota. Dalam sel ragi misalnya, 10-20% DNA seluler teralokasikan dalam sayi
mitokondria. Dalam suatu studi kasus, DNA mitokondria memiliki kerapatan 1.683 g/cm3
sedangkan DNA inti 1.699 g/cm3.

 Organisasi Genom Mitokondria

 Mitokondria adalah organel kompleks yang mengandung sejumlah protein yang dikodekan
oleh genom mitokondria melalui gen nuklear. Sejumlah besar protein larut seperti enzim
biosintetik asam amino dan protein struktural diketahui disintesis oleh ribosom sitoplasma yang
dispesifikasi oleh transkrip gen nuklir. Protein ini lalu diangkut ke mitokondria melalui peptida
transit khusus pada ujung amino polipeptida yang baru terbentuk. Peptida transit ini dipotong
dari polipeptida prekusor selama transpornya melintasi membran mitokondria. Dengan demikian,
genom mitokondria menentukan molekul rRNA dan tRNA yang dibutuhkan untuk sintesis
protein mitokondria dan beberapa protein. Sebagian besar protein mitokondria dikodekan oleh
gen nuklear.
 DNA dalam Plastida

Tahun 1908 Carl Correns mengamati perbedaan hasil dari reciprocal crosses dan menjadi orang
pertama yang menjelaskan adanya penyimpangan hereditas mendel. Sama halnya penelitian
Mendel malalui kacang polong, Corres melalui Bunga pukul empat atau Mirabilis jalapa,
mengemukakan bahwa pewarisan sifat-sifat tertentu sepenuhnya berasal dari induk benih.
Perbedaan warna terkait dengan plastida sitoplasma yang paling penting adalah kloroplas yang
membawa klorofil. Kloroplas muncul dari partikel sitoplasma (proplastida) yang mengandung
DNA dan menggandakan diri dari bagian sel lain. Meskipun sebagian proplastid ditransmisikan
ke dalam sitoplasma telur, ada juga yang ditransmisikan ke dalam serbuk sari dan sebagian besar
bagian tanaman. Maka dari hal ini, disimpulkan bahwa kloroplas berasal dari sitoplasma induk
benih.

 DNA kloroplas dan Resistensi Obat

 Ruth Sager menempatkan sel alga Chlamydomonas pada media kultur yang mengandung
antibiotik streptomycin. Sebagian besar sel Chlamydomonas terbunuh dan satu dari sejuta sel
bertahan dan berkembang biak Bearti lebih banyak yang mati daripada yang bertahan hidup seta
berkembang biak. Sel yang sedikit ini disebut dengan sel resisten terhadap antibiotik
streptomycin. Dari percobaan yang dilakukan Ruth, dikemukakan bahwa penyebab terbesar
bertahannya sel tersebut terhadap atibiotik adalah gen yang terdapat dalam inti. Penyebab
selanjutnya, disebabkan gen yang berada di luar inti. Maka, dari percobaan ini, sifat resistensi
atau pertahanan dikodekan di dalam inti atau luar inti.

 Organisasi Genom Plastid

Lebih dari 200 spesies tumbuhan tingkat tinggi dan ganggang hijau, biru, merah
memilikinya. Dalam spesies tertentu. Semua genom kloroplas yang dianalisis mengandung
kumpulan gen yang sama namun tersusun dengan cara yang berbeda di cpDNAS, materi genetik
yang ada di kloroplas. Gen-gen didalam cpDNA dapat dikelompokan menjadi 2, yaitu :
1. Kelompok yang mengkode aparatus biosintesis protein (gen-gen itu yang mengkode tRNA,
rRNA, polymerase sehingga namanya mengkode apparatus biosintesis protein).
2. Kelompok yang mengkode komponen fotosintesis (kelompok yang penyusun fotosistem 1 dan
fotosistem 2).

 DNA Plasmid dan Transfromasi Tumor

Plasmid merupakan molekul ekstrakromosom DNA yang dapat mereplikasi secara bebas
dan dapat mempertahankan diri di dalam sitoplasma sel tumbuhan. Plasmid Ti (pengiduksi
tumor) mengubah sel tanaman dikotil menjadi sel tumor dengan urutan DNA yang dibawa. Gen
yang dibawa plasmid diintegrasikan ke dalam sel tumbuhan sehingga kode untuk enzim untuk
mendorong pertumbuhan tumor yang berkelanjutan serta tidak dapat dikendalikan.

 Sterilitas Jantan Sitoplasmik pada Tanaman

Beberapa tanaman pangan kesuburannya dikendalikan sitoplasma. Pewarisan sifat lewat
sitoplasmik dikaitkan dengan kegagalan (lumpuhnya) serbuk sari. Hal ini banyak terjadi pada
tanaman berbunga dengan hasil jantan yang steril. Pada tanaman lain, kemandulan jantan
dikendalikan gen inti. Kemandulan pada jantan ini berguna dalam menghasilkan benih hibrida
ketika persilangan.

PERTANYAAN DAN JAWABAN

1. Jelaskan maksud dari plasmid F, plasmid R dan plasmid Col beserta fungsinya!
Jawab :
a. Plasmid fertilitas atau F, membawa gen tra sehingga plasmid dapat berpindah secara
konjugasi, contoh plasmid F pada E. coli.
b. Plasmid resisten atau R, membawa gen resistensi terhadap antibiotika, contoh:
resistensi terhadap kloramfenikol, ampisilin, dan zeocin.
c. Plasmid Col mempunyai gen pengkode protein kolisin, protein yang dapat membunuh
bakteri lain, contoh ColE1 pada E. coli.
Sumber:
Brown, T. A. 2010. Gene cloning and DNA analysis. Blackwell Publishing, Oxford.
Halaman : 95-99.

2. Bagaimana tahapan transposon elemen Tn3?

Jawab :
a. Di tahap pertama transposase memediasi peleburan dua molekul dan membentuk
struktur yang disebut kointegrasi. Selama proses ini berlangsung, transposon
direplikasi dan satu salinan disisipkan pada setiap persimpangan di kointegrasi. Dua
elemen Tn3 berotasi pada arah yang sama.
b. Pada tahap kedua, resolcase yang dikodekan mpR memediasi spesifik situs peristiwa
rekomindasi antara dua elemen Tn3. Peristiwa ini terjadi pada urutan di Tn3 yang
disebut res, situs resolusi dan menghasilkan dua molekul. Masing-masing molekulnya
dengan salinan transposon.
Sumber:
Gardner, E.J., dkk. 1991. Principle of Genetic. New York: Chichester-Brisbane-
Toronto-Singapore: John Wiley and Sons Inc.

3. Pada organisasi genom plastid, plastid secara garis besar dibagi menjadi 3 macam.
Apa saja plastid tersebut? Dan apakah kandungan tiap plastid berbeda-beda?
Jelaskan!
Jawab:
Terdapat 3 macam plastid secara garis besar dengan kandungan tiap plastid yang berbeda-
beda, yaitu:
a. Kloroplas, mengandung klorofil.
b. Kromoplas, mengandung pigmen warna.
c. Amiloplas, tidak mengandung pigmen dan fungsinya menyimpan amilum.
Sumber:
 Gardner, E.J., dkk. 1991. Principle of Genetic. New York: Chichester-Brisbane-
Toronto Singapore: John Wiley and Sons Inc.

4. Bagaimana bisa terjadi pewarisan ekstrakromosomal? Dan materi apa saja yang
terlibat dalam pewarisan ini?
Jawab:
Pewarisan ekstrakromosomal terjadi karena pewarisan partikel sitoplasma yang memiliki
kelangsungan hidup. Pewarisan ini melibatkan DNA dalam mereplikasi organel sitoplasma
seperti dengan sitoplasma atau unsur ekstranuklear sebagai agen transmisi herediter.
Sumber:
Gardner, E.J., dkk. 1991. Principle of Genetic. New York: Chichester-Brisbane-Toronto-
Singapore: John Wiley and Sons Inc.

RUJUKAN

Gardner, E.J., dkk. 1991. Principle of Genetic. New York: Chichester-Brisbane-Toronto-

Singapore: John Wiley and Sons Inc.
Brown, T. A. 2010. Gene cloning and DNA analysis. Blackwell Publishing, Oxford. Halaman :
95-99.