Regulasi Ekspresi Gen Pada Makhluk Hidup Eukariot

RQA 2
disusun untuk memenuhi tugas matakuliah Genetika 2
Yang dibina oleh Prof. Dr Hj. Siti Zubaidah, M. Pd dan Deny Setiawan M.Pd

Oleh Kelompok 13/Off G :

Annasa Sabatia (170342615589)
Nur Raiyan Jannah (180342618004)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
September 2020
BERBAGAI LEVEL REGULASI EKPRESI GEN, SERTA FAKTOR LINGKUNGAN
DAN BIOLOGIS REGULASI EKSPRESI GEN

Dimensi Dari Regulasi Gen Eukariot

Seperti pada prokariota, ekspresi gen pada eukariota melibatkan transkripsi DNA
menjadi RNA dan translasi selanjutnya dari RNA itu menjadi polipeptida. Namun, sebelum
translasi, kebanyakan RNA eukariotik masih "diproses". Selama prosesing, RNA dibatasi pada
ujung 5’, terpolidenilasi pada ujung 3’, dan dengan kehilangan urutan intron noncoding.
Ekspresi gen lebih rumit pada eukariota daripada pada prokariota karena sel eukariotik
dikelompokkan oleh sistem membrane. Pengelompokan ini membagi sel menjadi organel
terpisah yaitu mitokondria, kloroplas (pada tumbuhan), dan reticulum endoplasma. Nukleus
tempat menyimpan materi genetic, terdapat mitokondria dan kloroplas sebagai pengumpul
energy dan RE sebagai transport material dalam sel. Transkrip RNA dimodifikasi dalam
nukleus dengan capping, polyadenylasi, dan penghapusan intron. RNA messenger yang
dihasilkan kemudian diekspor ke sitoplasma di mana mereka menjadi terkait dengan ribosom,
beberapa di antaranya terletak di membran retikulum endoplasma. Setelah dikaitkan dengan
ribosom, mRNA ini diterjemahkan menjadi polipeptida. Ekspresi gen mungkin terjadi regulasi
di tempat yang berbeda. Regulasi dapat terjadi pada nukleus di baik pada tingkat DNA atau
RNA, atau dalam sitoplasma baik di RNA atau tingkat polipeptida.

Transkripsi DNA Yang Terkendali

Kontrol transkripsi lebih kompleks pada eukariota daripada di prokariotes. Salah satu
alasannya adalah karena gen terasingkan atau disendirikan di dalam nukleus. Sebelum sinyal
dapat berpengaruh pada tingkat transkripsi, sinyal harus dikirim dari permukaan sel, dimana
mereka biasanya menerima, melalui sitoplasma dan membrane inti ke kromosom, oleh karena
itu sel eukariot membutuhkan sistem internal yang cukup rumit untuk mengontrol transkripsi
DNA. Komunikasi antar sel merupakan sebuah aspek penting dari regulasi transkripsi
eukariot. Regulasi transkripsi pada eukariot diperantarai oleh interaksi protein-DNA. Positif
dan negative protein regulator mengikat pada daerah tertentu dari DNA dan merangsang atau
bahkan dapat menghambat transkripsi (biasa disebut dengan faktor transkripsi).

Mengubah Splicing Dari RNA

Setiap intron harus dihapus dari proses transkrispsi RNA suatu gen agar urutan saat
mengkode dapat diekspresikan dengan benar. Proses ini melibatkan penggabungan kode
dengan urutan yang tepat atau ekson menjadi RNA messenger. Pembentukan mRNA yang
diperantarai oleh organel inti disebut spliceosomes. Gen dengan intron yang lebih banyak akan
mengganggu pada saat splicing RNA. Fenomena splicing pada transkripi RNA dengan cara
berbeda nampaknya merupakan cara meringkas informasi genetik. Mengubah splicing dari
transkripsi memungkinkan untuk gen tunggal mengkode polipeptida yang berbeda. Salah satu
contoh perubahan terjadi selama ekspresi gen untuk troponin T, protein di otot rangka
vertebrata. Ukurannya dari sekitar 150 hingga 250 asam amino. Pada tikus, gen troponin T
lebih dari 16 kb panjang dan berisi 18 ekson berbeda. Transkripsi gen ini disambung dengan
berbagai cara untuk membuat mRNA yang lebih besar. Semua ini polipeptida berbagi asam
amino dari ekson 1–3, 9–15, dan 18. Namun, daerah dikodekan oleh ekson 4–8 mungkin ada
atau tidak ada, tergantung pada pola penyambungan, dan tampaknya dalam kombinasi apa pun.

Kontrol Sitoplasma Pada Stabilitas RNA messenger

Messenger RNAs diekspor dari nukleus ke sitoplasma, tempat yang tersedia templat
untuk sintesis polipeptida. Di dalam sitoplasma, mRNA tertentu dapat diterjemahkan dengan
beberapa ribosom yang bergerak di sepanjang itu secara berurutan. Jalur perakitan translasi
berlanjut sampai mRNA harus terdegradasi karena merupakan titik kontrol lain dalam
keseluruhan proses ekspresi gen. mRNA yang terdegradasi dengan cepat harus diisi ulang
dengan transkripsi tambahan, jika tidak, polipeptida yang dikode akan berhenti disintesis.
Penelitian terbaru telah mengungkapkan bahwa stabilitas mRNA dan translasi mRNA menjadi
polipeptida juga diatur oleh molekul RNA tanpa kode yang biasa disebut RNA interfering
(siRNA) atau mikroRNA (miRNA), panjangnya antara 21 dan 28 nukleotida, dihasilkan dari
RNA untai ganda yang lebih besar dalam berbagai organisme eukariotik, termasuk jamur,
tumbuhan, dan hewan. Interfering pendek dan pasangan basa mikroRNA dengan urutan pada
mRNA tertentu; setelah dipasangkan, keduanya menyebabkan mRNA terpotong dan
subterdegradasi secara berurutan, atau mereka mencegah mRNA diterjemahkan menjadi
polipeptida.

Suhu: Kejutan Panas Pada Gen

Ketika organisme mengalami tekanan suhu tinggi, mereka menganggapi dengan

mensintesis sekelompok protein yang membantu menstabilkan sel internal. Perbandingan
urutan asam amino protein hasil dari kejutan panas dari organisme beragam, seperti E. coli dan
Drosophilla menunjukkan bahwa mereka mempunyai 40%-50% kemiripan. Ekspresi protein
dari kejutan panas ini diatur dalam transkripsi yang mengkode protein tersebut. Misalnya pada
Drosophilla satu protein kejutan panas disebut HSP70 (HSP: Heat Shock Protein, dengan
molekul seberat 70 kilodalton). Ketika suhu melebihi 33C, transkripsi gen HSP70 yang
diinduksi diperantarai oleh polipeptida yang disebut faktor transkripsi kejut panas, atau HSTF,
yang ada di inti sel. Ketika Drosophila mengalami tekanan panas, HSTF diubah secara kimiawi
dengan fosforilasi. Dalam keadaan yang berubah ini, ia mengikat secara khusus ke urutan
nukleotida gen HSP70 dan membuat gen lebih mudah diakses oleh RNA polimerase II, enzim
yang mentranskripsi sebagian besar gen pengkode protein. Transkripsi gen HSP70 kemudian
distimulasi dengan kuat. Urutan yang difosforilasi Ikatan HSTF disebut Heat-Shock Response
Elements (HSE).
Molekul Sinyal: Gen Yang Menanggapi Hormon

Pada eukariota multiseluler, satu jenis sel dapat memberi sinyal pada yang lain dengan
mengeluarkan hormon. Hormon bersirkulasi ke seluruh tubuh, melakukan kontak dengan sel
targetnya, dan kemudian memulai serangkaian peristiwa yang mengatur ekspresi gen tertentu.
Pada hewan ada dua kelas hormon yang umum. Pertama, hormon steroid, adalah molekul kecil
yang larut dalam lemak yang berasal dari kolesterol. Karena sifat lipidnya, mereka memiliki
sedikit atau tidak ada kesulitan untuk melewati membran sel. Contohnya adalah estrogen dan
progesteron, yang berperan penting dalam siklus reproduksi wanita; testosterone, hormon
diferensiasi dan perilaku pada laki-laki; glukokortikoid, yang terlibat dalam mengatur kadar
gula darah; dan ecdysone, hormon yang mengontrol peristiwa perkembangan pada serangga.
Begitu hormon ini memasuki sel, mereka berinteraksi dengan protein sitoplasma atau nuklir
yang disebut reseptor hormon . Reseptor / kompleks hormon yang terbentuk kemudian
berinteraksi dengan DNA dimana ia bertindak sebagai transkripsi faktor untuk mengatur
ekspresi gen tertentu. Hormon kedua, hormon peptida , adalah rantai asam amino linier. Seperti
semua polipeptida lainnya, molekul ini dikodekan oleh gen. Contohnya adalah insulin, yang
mengatur kadar gula darah, somatotropin, yang merupakan hormon pertumbuhan, dan
prolaktin, yang menargetkan jaringan di payudara mamalia betina. Karena peptida hormon
biasanya terlalu besar untuk melewati membran sel dengan bebas, sinyal yang mereka
sampaikan harus ditransmisikan ke bagian dalam sel oleh reseptor yang terikat membran
protein. Ketika hormon peptida berinteraksi dengan reseptornya, itu menyebabkan perubahan
konformasi pada reseptor yang pada akhirnya mengarah pada perubahan proteins di dalam sel.
Melalui serangkaian perubahan tersebut, sinyal hormonal yang ditransformasikan terpancarkan
melalui sitoplasma sel dan masuk ke dalam nukleus, yang pada akhirnya memiliki efek
mengatur ekspresi gen tertentu. Proses transmisi ini sinyal hormonal melalui sel dan masuk ke
inti disebut transduksi sinyal.
KONTROL MOLEKULER TRANSKRIPSI PADA EUKARIOT SERTA KONTROL
POSTTRANSCRIPTIONAL REGULATION BY RNA INTERFERENCE

Urutan DNA Yang Terlibat Dalam Pengendalian Transkripsi

Transkripsi dimulai di promotor gen, wilayah yang dikenali oleh RNA polimerase.
Inisiasi yang akurat pada transkripsi dari promotor gen eukariotik membutuhkan beberapa
protein tambahan, atau faktor transkripsi basal. Masing-masing protein ini mengikat urutan di
dalam promotor untuk memfasilitasi penyelarasan RNA polimerase yang tepat pada template
untai DNA. Transkripsi gen eukariotik juga dikendalikan oleh berbagai faktor transkripsi
khusus, seperti yang terlibat dalam regulasi panas dan gen yang diinduksi hormon. Faktor ini
mengikat elemen respons atau urutan yang disebut enhancer terletak di sekitar gen. Enhancer
menunjukkan tiga sifat yang cukup umum: (1) mereka bertindak pada jarak yang relatif besar
hingga beberapa ribu pasangan basa dari gen yang diatur; (2) mereka pengaruh pada ekspresi
gen dan tidak tergantung pada orientasi, berfungsi sama dalam orientasi normal atau terbalik
di dalam DNA; (3) efeknya tidak bergantung pada posisinya. Tiga karakteristik ini yang
membedakan enhancer dari promotor, yang biasanya berlokasi di bagian hulu gen dan yang
berfungsi hanya pada satu orientasi. Contoh kekhususan jaringan ini berasal dari studi tentang
gen kuning di Drosophila. Lalat tipe liar menunjukkan pigmen warna hitam kecoklatan gelap
pada semua struktur tersebut, sedangkan lalat mutan menunjukkan pigmen warna coklat
kekuningan yang lebih terang. Namun pada beberapa mutan terdapat pola mosaik, hitam
kecoklatan di beberapa jaringan dan coklat kekuningan di beberapa jaringan. Pola mosaik ini
disebabkan mutasi yang mengubah transkripsi gen kuning di beberapa jaringan tetapi tidak
pada strain lain. Pamela Geyer dan Victor Corces telah menunjukkan bahwa gen kuning itu
diulas oleh beberapa enhancer, beberapa di antaranya terletak di dalam intron, dan masing-
masing enhancer mengaktifkan transkripsi di jaringan yang berbeda.

Bagaimana enhancer mempengaruhi transkripsi gen, hasil studi menunjukkan bahwa

protein yang mengikat enhancer mempengaruhi aktivitas protein yang mengikat promotor,
termasuk faktor transkripsi basal dan RNA polimerase. Kedua jenis protein tersebut dibawa ke
dalam kontak fisik oleh multimerik kompleks yang terdiri dari setidaknya 20 protein berbeda.
Mediator kompleks ini tampak membengkokkan DNA sedemikian rupa sehingga protein yang
terikat pada suatu enhancer dapat disejajarkan dengan yang terikat pada promotor. Dengan cara
ini, protein terikat ke enhancer melakukan kontrol atas transkripsi, yang dimulai di promotor.

Protein Yang Terlibat Dalam Pengendalian Transkripsi: Faktor Transkripsi

Penelitian selama tiga dekade terakhir telah mengidentifikasi sejumlah besar eukariotik
protein yang merangsang transkripsi. Banyak dari protein ini tampaknya memiliki setidaknya
dua domain kimia penting: domain pengikat DNA dan aktivitas transkripsi. domain vation.
Domain ini dapat menempati bagian molekul yang terpisah, atau mereka mungkin tumpang
tindih. Dalam reseptor protein hormone steroid yang merupakan faktor transkripsi pada hewan,
domain pengikat DNA terletak pada pusat dan tampak tumpang tindih dengan domain aktivasi
transkripsional yang menuju ujung asam amino. Banyak faktor transkripsi eukariotik memiliki
struktur karakteristik motif tural yang dihasilkan dari asosiasi antara asam amino di dalam
rantai polipeptida mereka. Salah satu motifnya adalah zinc finger, sebuah lingkaran peptida
pendek yang terbentuk ketika dua sistein dalam satu bagian polipeptida dan dua histidin di
bagian lain yang berdekatan mengikat bersama ion zink; segmen peptida antara dua pasang
asam amino kemudian keluar dari tubuh utama protein sebagai semacam jari. Analisis
mutasional telah menunjukkan hal ini, jari memainkan peran penting dalam pengikatan DNA.
Motif kedua dalam banyak faktor transkripsi adalah helix-turn-helix, bentangan tiga heliks
pendek asam amino dipisahkan satu sama lain secara bergiliran. Genetik dan biokimia
menganalisis telah menunjukkan bahwa segmen heliks paling dekat dengan ujung carboxy
diperlukan untuk pengikatan DNA; heliks lainnya tampaknya terlibat dalam pembentukan
dimer protein. Di banyak faktor transkripsi, motif helix-turn-helix bertepatan dengan suatu
daerah yang sangat terlestarikan sekitar 60 asam amino yang disebut homeodomain, dinamai
demikian karena terjadi dalam protein yang dikodekan gen homeotik Drosophila. Analisis
klasik menunjukkan menyatakan bahwa mutasi pada gen ini mengubah nasib perkembangan
kelompok sel. Motif struktural ketiga yang ditemukan dalam faktor transkripsi adalah leucine
zipper, hamparan asam amino dengan leusin di setiap ketujuh posisi. Polipeptida dengan fitur
ini dapat terbentuk dimer dengan interaksi antara leusin di masing-masing wilayah zipper.
Biasanya, urutan zipper berbatasan dengan positif bentangan bermuatan asam amino. Ketika
dua zipper berinteraksi, daerah bermuatan membentang ke arah berlawanan, membentuk
permukaan yang dapat mengikat DNA bermuatan negatif. Motif struktural keempat ditemukan
di beberapa bagian transkripsitors adalah helix-loop-helix, bentangan dua daerah heliks asam
amino dipisahkan oleh lingkaran nonhelikal. Daerah helix memungkinkan dimerisasi antara
dua polipeptida. Terkadang motif helix-loop-helix bersebelahan dengan hamparan basic
(secara positif bermuatan) asam amino, sehingga bila terjadi dimerisasi, asam amino tersebut
dapat berikatan untuk DNA bermuatan negatif. Protein dengan fitur ini dilambangkan dengan
basic HLH, atau bHLH, protein. Faktor transkripsi dengan motif dimerisasi seperti leucine
zipper atau helix-loop-helix, pada prinsipnya, bergabung dengan polipeptida seperti mereka
untuk membentuk homodimer, atau dapat digabungkan dengan polipeptida berbeda untuk
membentuk heterodimer.
Jalur RNAi

Fenomena interferensi RNA melibatkan molekul RNA kecil yang disebut RNA
interferensi pendek (siRNA) atau microRNA (miRNA). Molekul-molekul ini, panjangnya 21
sampai 28 pasang basa, dihasilkan dari molekul yang lebih besar, molekul RNA untai ganda
oleh aksi enzimatis protein yang merupakan endonuklease spesifik RNA yang terdampar.
Karena endonuklease ini "memotong" RNA yang besar menjadi potongan-potongan kecil,
mereka disebut enzim Dicer. Dalam sitoplasma, siRNA dan miRNA tergabung dalam
ribonukleoprotein partikel. SiRNA beruntai ganda atau miRNA dalam partikel-partikel ini
tidak terikat, dan salah satu untaiannya dihilangkan secara istimewa. Untai tunggal RNA yang
masih hidup kemudian dapat berinteraksi dengan molekul RNA pembawa pesan tertentu.
Interaksi ini diperantarai oleh pasangan basa antara untai tunggal RNA di RNA-protein
kompleks dan urutan komplementer dalam molekul RNA kurir karena interaksi ini mencegah
ekspresi gen yang menghasilkan mRNA, the Partikel RNA-protein disebut RNA-Induced
Silencing Complex (RISC). RISC dari organisme berbeda memiliki variasi dalam ukuran dan
komposisinya. Kapanpun pasangan basa antara RNA di dalam RISC dan urutan target di
mRNA sempurna atau hamper jadi, RISC memotong mRNA target di tengah wilayah yang
berpasangan. mRNA yang terbelah kemudian terdegradasi, RISC mungkin berasosiasi dengan
molekul mRNA lain dan menyebabkan pembelahan karena RISC dapat digunakan berulang
kali tanpa kehilangan kemampuannya untuk menargetkan dan membelah mRNA, ia berlaku
menjadi katalis. RNA terkait dengan RISC mengakibatkan pembelahan mRNA biasanya
disebut dengan short interfering RNA. Jika RNA dalam RISC berpasangan secara tidak
sempurna dengan urutan target, mRNA biasanya tidak dibelah, sebaliknya mRNA malah akan
terhambat, yang memiliki efek ini biasanya disebut dengan microRNA.
Sumber RNA Interfering Pendek dan MicroRNA

Beberapa molekul RNA kecil yang menginduksi RNAi berasal dari transkrip gen
microRNA. Gen ini, biasanya dilambangkan dengan simbol mir, ditemukan di genom dari
berbagai jenis eukariota; sekitar 100 gen mir hadir di C. elegans dan genom Drosophila, dan
sekitar 250 terdapat dalam genom vertebrata. Awalnya, beberapa gen tersebut diidentifikasi
melalui analisis mutasi itu mengubah regulasi gen lain. Saat gen mir ditentukan oleh mutasi
tersebut dianalisis pada tingkat molekuler, mereka ditemukan memiliki sedikit atau tidak ada
potensi pengkodean protein. Sebaliknya, mereka memiliki struktur yang aneh. Masing-masing
berisi bentangan pendek nukleotida yang diulang dalam orientasi berlawanan di sekitar inter-
vening segmen DNA. Ketika ditranskripsikan, struktur berulang terbalik ini dihasilkan sebuah
RNA yang dapat melipat dirinya sendiri untuk membentuk batang pendek beruntai ganda di
pangkalan dari loop beruntai tunggal. Enzim yang disebut Drosha mengenali ini stem-loop dan
mengeluarkannya dari transkrip utama gen mir. Pembebasan stem-loop yang sudah dipotong
kemudian diekspor ke sitoplasma di mana ia dibelah oleh Dicer untuk membentuknya sebuah
miRNA. Di C. elegans, tempat proses ini ditemukan, Dicer menghapus loop dan memangkas
stem dengan panjang 22 nukleotida pada setiap untaiannya. Setelah dalam RISC, miRNA —
sekarang untai tunggal — dapat menargetkan urutan di mRNA diproduksi oleh gen lain,
menunjukkan pasangan basa antara miRNA dari C. elegans mir gen lin-4 dan salah satu target
miRNA ini di 3 UTR dari mRNA dari gen penyandi protein, lin-14 . Melalui pasangan basa
ini, garis -4 miRNA merepresi terjemahan mRNA lin-14 .

Molekul RNA untai ganda yang berasal dari transkrip klon dapat dimasukkan ke dalam
sel kultur; mereka juga bisa disuntikkan ke organisme hidup. Sekali di dalam sel, RNA untai
ganda memasuki jalur RNAi. Itu dipotong dadu menjadi siRNA molekul, yang kemudian
dimasukkan ke dalam kompleks RNA-protein dan ditargetkan ke mRNA yang mengandung
urutan pelengkap. Biasanya mRNA yang ditargetkan terdegradasi. Jadi, merawat sel atau
organisme tertentu dengan tipe beruntai ganda RNA memiliki efek merobohkan atau
merobohkan ekspresi gen tersebut yang sesuai dengan RNA itu. Oleh karena itu setara dengan
menginduksi amorf atau mutasi hipomorfik pada gen. Jadi, RNAi sekarang digunakan untuk
menganalisis fungsi gen pada ikan, hewan pengerat, dan manusia, serta organisme model yang
lebih sederhana seperti C. elegans, Drosophila, dan Arabidopsis.

Keterkaitan Organisasi Kromatin dengan Regulasi Ekspresi Gen Eukariot

Kromosom eukariot terdiri dari bagian DNA dan protein yang sekiranya sama.
Karakteristik kimia dari kromatin bervariasi sepanjang kromosom. Pada beberapa daerah
misalnya histon yang meyusun sebagian besar protein dalam kromatin, diasetilasi dan di daerah
lain sebagian nukleotida dalam DNA dimetilasi. Modifikasi kimiawi ini dapat mempengaruhi
aktivitas transkripsi gen.
Eukromatin dan Heretokromatin
Variasi dalam kepadatan kromarin menyebabkan pewarnaan yang berbeda-beda pada
berbagai macam bagian kromosom. Bahan pewarnaan itu biasa disebut heterokromatin dan
pasangan pewarnaannya disebut eukromatin. Sebagian besar gen eukariotik terletak di
eukromatin. Ketika gen eukromatin ditransposisikan ke lingkungan heterokromatik, mereka
cenderung berfungsi tidak normal dan dalam beberapa kasus ditemukan bahwa mereka tidak
berfungsi sama sekali. Gangguan fungsi tersebut dapat menciptakan campuran karakteristik
normal dan mutan pada individu yang sama, atau biasa disebut variasi efek posisi. Istilah ini
digunakan karena keragaman fenotipe disebabkan oleh perubahan posisi gen eukromatik,
khususnya dengan merelokasi ke heterokromatin. Banyak contoh variegasi efek posisi telah
ditemukan di Drosophila, biasanya berhubungan dengan inversi atau translokasi yang
memindahkan gen eukromatik ke dalam heterokromatin. Contohnya seperti pada Drosophila
sp. tipe white. Dalam hal ini, alel tipe liar dari gen white telah dipindahkan oleh suatu inversi,
dengan satu pemutusan di dekat ekromatik putih lokus dan yang lainnya di heterokromatin
basal dari kromosobeberapa. Penataan ulang ini mengganggu ekspresi normal dari gen white
dan menyebabkan fenotipe mata belang-belang. Pada hal ini, eukromarik gen white tidak dapat
berfungsi dengan baik dalam lingkungan heterokromatik.
Perilaku gen white pada lalat dengan kromosom X yang tersusun ulang ini
menunjukkan bahwa ekspresi gen dapat dipengaruhi oleh kondisi yang tidak mengubah urutan
nukleotida gen tersebut. Apalagi karena gen white diekspresikan di beberapa bagian mata,
tetapi tidak di bagian lain. Dalam hal ini, keadaan epigenetik yang diwariskan melibatkan
beberapa aspek organisasi kromatin dekat reposisi gen white.
Organisasi Molekuler DNA Aktif Transkripsi
Pada tahun 1976, Mark Groudine dan Harold Weintrauo menunjukkan bahwa DNA
yang aktif secara transkripsi lebih sensitif terhadap DNase I daripada DNA yang tidak
ditranskripsi. Groudine dan Weintraub mengekstrak kromatin dari sel darah merah ayam dan
mencerna sebagian dengan DNase I daripada DNA yang tidak ditranskripsi. Groudine dan
Weintraub mengekstrak kromatin dari sel darah merah ayam dan mencerna sebagian dengan
DNase I. Kemudian mereka melakukan percobaan dengan sisa bahan kromatin untuk dua gen
sekuens, yaitu ꞵ-globin, yang akan aktif di transkripsikan di sel darah merah dan tidak pada
ovalbumin. Ditemukan bahwa lebih dari 50% DNA ꞵ-globin telah dicerna oleh enzim DNase
I, dibandingkan dengan 10% DNA ovalbumin. Hal ini dapat dikatakan bahwa gen yang
ditranskripsi secara aktif lebih “terbuka” untuk serangan nuclease. Penelitian selanjutnya
menunjukkan tentang sensitivitas nuclease dari gen yang aktif secara transkripsi bergantung
pada setidaknya dua protein non histon kecil, yaitu HMG14 dan HMG17. Ketika protein ini
dikeluarkan dari kromatin aktif, sensitivitas nuclease akan hilang, dan begitu juga sebaliknya.

Perlakuan kromatin terisolasi dengan konsentrasi DNase I yang sangat rendah

menyebabkan DNA terbelah di beberapa situs tertentu, yang disebut dengan tepat. Situs DNase
I sangat sensitif. Beberapa dari situs ini telah terbukti berada di hulu gen yang aktif secara
transkripsi, baik di wilayah promotor atau peningkat. Signifikansi fungsional dari situs
hipersensitif ini masih belum jelas, tetapi beberapa bukti menunjukkan bahwa mereka dapat
menandai daerah di mana DNA dilepaskan secara lokal, mungkin karena transkripsi telah
dimulai.

Gen ꞵ–globin pada manusia diatur secara spasial dan temporal. Faktanya, ciri yang luar
biasa dari kelompok gen ini adalah anggotanya diekspresikan pada waktu yang berbeda selama
perkembangan. Gen diekspresikan dalam embrio, dua gen diekspresikan pada janin, dan gen
diekspresikan pada bayi dan orang dewasa. Aktivasi sekuensial gen dari satu sisi ke sisi lain
dalam cluster tampaknya terkait dengan kebutuhan untuk menghasilkan jenis hemoglobin yang
sedikit berbeda selama perkembangan manusia. Embrio, janin, dan bayi memiliki kebutuhan
oksigen yang berbeda, sistem peredaran darah yang berbeda, dan lingkungan fisik yang
berbeda. Perpindahan temporal dalam ekspresi gen ꞵ-globin tampaknya merupakan adaptasi
terhadap berbagai kondisi yang berubah.

Remodelling Kromatin

Eksperimen yang menilai sensitivitas DNA terhadap pencernaan dengan DNase I telah
menetapkan bahwa DNA yang di transkripsi lebih mudah diakses. Nuclease menyerang pada
DNA yang tidak di transkripsi, namun pada DNA yang ditranskripsi, nukleosom diubah oleh
kompleks multiproein yang pada akhirnya memfasilitasi terjadinya RNA polimerase.
Perubahan nukleosom dalam persiapan transkripsi ini disebut dengan renovasi kromatin.

Jenis lain dari kompleks remodeling kromatin akan mengganggu struktur nukleosom di
sekitar promotor gen. Kompleks yang paling banyak dipelajari dari kompleks ini adalah
kompleks SWI / SNF yang ditemukan dalam ragi roti. Kompleks ini dinamai untuk dua jenis
mutasi yang mengarah pada penemuan protein penyusunnya. Kompleks terkait telah
ditemukan dalam sel-sel organisme lain, termasuk manusia. Kompleks SWI / SNF terdiri dari
setidaknya delapan protein. Ini mengatur transkripsi dengan menggeser histone octamers
sepanjang DNA terkait dalam nukleosom yang juga dapat mentransfer para oktamer ke lokasi
lain pada molekul DNA. Pergeseran nukleosom yang dikatalisis oleh kompleks SWI / SNF
tampaknya memberikan akses faktor transkripsi ke DNA. Faktor-faktor yang kemudian dapat
merangsang ekspresi gen.

Kontrol Hormon Pada Ekspresi Gen

Pada hewan tingkat tinggi, hormon disintesis pada beberapa sel sekretori terspesialis
dan dihasilkan untuk menuju aliran darah. Hormon peptida tidak dapat masuk secara normal
ke dalam sel karena ukuran relatifnya. Efeknya muncul untuk memediasi protein reseptor yang
terletak di membran sel target dan oleh level intraseluler pada AMP siklik. Hormon steroid di
sisi lain merupakan molekul yang kecil yang siap memasuki sel melalui membran plasma.
Dalam sekali masuk akan sesuai dengan sel targetnya, hormon steroid akan menjadi ikatan
yang rapat untuk protein reseptor spesific. Protein reseptor ini hanya terdapat pada sitoplasma
pada sel target (contohnya pada sel yang terdifrensiasi pada level molekular).

Aktivitas Transkripsi Oleh Hormon Steroid

J. Stein, G. Stein dan L. Kleinsmith menjelaskan bagaimana protein non histon

kromosomal dapat mengatur transkripsional pada gen tertentu. Histon disintesis, seperti DNA,
selama fase S pada siklus sel. Ketika kromatin dari fase S (fase sintesis DNA) sel
ditranskripsikan secara in vitro, mRNA bistone tersintesis. Ketika kromatin dari fase G1
(periode setelah penyelesaian mitosis, tetapi setelahnya menuju S) telah digunakan, non histon
mRNA tersintesis. Ketika non histon dihapuskan dari kromatin fase G1 dan digantukan dengan
protein krosomal non histon dari kromatin fase S, dan penyusunan kembali kromatin
ditranskripsikan secara in vitro, mRNA histon tersintesis. Pada sisi lain, ketika non histon
disusun kembali, kromatin dari fase sel G1 dan DNA dan histon dari fase sel S, non histon
mRNA tersintesis. Hasil ini mengindikasikan bahwa protein non histon pada kromatin
menentukan apakah pengkodean gen untuk histon tertranskripsi. Oleh karena itu, protein non
histon kromosomal memiliki peran penting pada regulasi ekspresi gen di eukariot. Bukti jenis
ini tentu tidak mengesampingkan keterlibatan histon pada regulasi trasnkripsi. Regulasi
tranksripsi pada eukariot mungkin melibatkan spesifik interaksi antara DNA, histon dan protein
non histon kromosomal.
 Question and Answer

Annasa Sabatia (170342615589)

1. Sebutkan dua kelas hormone yang terdapat pada hewan beserta contohnya!
Jawab: Pada hewan terdapat dua kelas hormon umum. Kelas pertama yaitu hormon
steroid yang merupakan molekul kecil yang larut dalam lemak dan berasal dari
kolesterol. Karena sifat lipid mereka, mereka memiliki sedikit atau tidak ada kesulitan
melewati membran sel. Contohnya adalah estrogen dan progesteron, yang memainkan
peran penting dalam siklus reproduksi wanita; testosteron, hormon diferensiasi dan
perilaku pria; glukokortikoid, yang terlibat dalam mengatur kadar gula darah; dan
ecdysone, hormon yang mengontrol kejadian perkembangan pada serangga. Begitu
hormon-hormon ini memasuki sel, mereka berinteraksi dengan protein sitoplasma atau
nuklir yang disebut reseptor hormon. Reseptor /hormon kompleks yang terbentuk
kemudian berinteraksi dengan DNA di mana ia bertindak sebagai faktor transkripsi
untuk mengatur ekspresi gen tertentu. Hormon kedua yaitu hormon peptida, merupakan
rantai linier asam amino. Seperti semua polipeptida lainnya, molekul-molekul ini
dikodekan oleh gen. Contohnya pada insulin yang mengatur kadar gula darah,
somatotropin, yang merupakan hormon pertumbuhan, dan prolaktin, yang menargetkan
jaringan di payudara mamalia betina. Karena hormon peptide biasanya terlalu besar
untuk melewati membran sel, sinyal yang mereka sampaikan harus ditransmisikan ke
bagian dalam sel oleh reseptor yang terikat membrane protein). Ketika hormon peptida
berinteraksi dengan reseptornya, itu menyebabkan perubahan konformasi pada reseptor
yang akhirnya mengarah pada perubahan protein lain di dalam sel. Melalui kaskade
perubahan seperti itu, sinyal hormon ditransmisikan melalui sitoplasma sel dan ke
dalam nukleus, di mana ia akhirnya memiliki efek mengatur ekspresi gen tertentu.
Proses transmisi ini sinyal hormonal melalui sel dan masuk ke nukleus disebut
transduksi sinyal.
2. Berikan contoh tentang heterokromatin dan eukromatin!
Jawab: Contoh heterokromatin dan eukromatin dapat ditemukan pada Drosophila sp.
tipe white. Pada tipe ini, lalat memiliki mata belang-belansg putih yang dikarenakan
adanya alel tipe lain dari gen white yang dipidahkan oleh suatu inversi dan satu
pemutusan di dekat ekromatik putih lokus dan yang lainnya di heterokromatin basal
dari beberapa kromosom. Hal ini dapat mengganggu ekspresi normal dari gen white
 dan menyebabkan terjadinya mata belang-belang. Pada hal ini, eukromarik gen white
tidak dapat berfungsi dengan baik dalam lingkungan heterokromatik.

Nur Raiyan Jannah (180342618004)

1. Bagaimana prinsip kerja hormon steroid dalam aktivasi transkripsi?

Jawab: Kompleks protein reseptor hormon akan mengaktifkan transkripsi gen terget
dengan mengikat ke sekuen DNA spesifik yang ada di daerah regulator cis-acting dari
gen. Atau kompleks protein reseptor hormon akan berinteraksi berinteraksi dengan
protein protein kromosom kromosom nonhistone nonhistone spesifik spesifik (protein
(protein nonhiston spesifik hanya ada dalam kromatin sel target). Interaksi ini kemudian
merangsang transkripsi gen yang benar.
2. Bagaimana mekanisme hormone glucocorticoid dalam aktivasi ekpresi gen?
Jawab : dengan tidak dengan tidak adanya hormon, adanya hormon, reseptor
glucocorticoid reseptor glucocorticoid membentuk kompleks membentuk kompleks
dengan protein yang disebut Hsp90 dan tetap berada di sitoplasma. Saat hormon
hadir, protein protein terikat terikat (Hsp90) (Hsp90) tersebut tersebut dilepaskan,
dilepaskan, dan kompleks kompleks memasuki memasuki nucleus nucleus melalui
melalui pori-pori pori-pori di dalam nuclear. nuclear. Kompleks Kompleks reseptor
reseptor hormone hormone kemudian kemudian mengikat mengikat glucocorticoid
respon elemen (GRE) dalam elemen penambah (enhancer) yang terletak dekat dengan
masing-masing gen target. Pengikatan kompleks reseptor hormone dengan GRE entah
bagaimana menyebabkan elemen penambah (enhancer)
mengaktifkan promoter promoter gen target. gen target. Pada hasil akhirnya, asil
akhirnya, tingkat tingkat trankripsi gen trankripsi gen target sangat target sangat
meningkat meningkat dengan adanya hormon.