Anda di halaman 1dari 8

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

A. DNA Repair Sistem


1. Sistem Perbaikan DNA (DNA Repair System)
Sebuah sel umumnya hanya memiliki satu atau dua set DNA genom.
Protein dan molekul RNA yang rusak dapat dengan cepat diganti dengan
menggunakan informasi yang dikodekan dalam DNA, tetapi molekul
DNA itu sendiri tidak tergantikan. Menjaga integritas informasi dalam
DNA adalah keharusan seluler, yang didukung oleh seperangkat sistem
perbaikan DNA yang rumit.
DNA repair merupakan suatu mekanisme perbaikan DNA yang
mengalami kerusakan/kesalahan yang diakibatkan oleh proses
metabolisme yang tidak normal, radiasi dengan sinar UV, radiasi ion,
radiasi dengan bahan kimia, atau karena adanya kesalahan dalam
replikasi DNA. Mekanisme perbaikan yang terdapat ditingkat selular
secara garis besar disesuaikan dengan jenis kerusakan yang tentu saja
terkait erat dengan jenis faktor penyebabnya. Sel-sel menggunakan
mekanisme-mekanisme perbaikan DNA untuk memperbaiki kesalahan-
kesalahan pada sekuens basa molekul DNA. Kesalahan dapat terjadi saat
aktivitas selular normal, ataupun dinduksi. DNA merupakan sasaran
untuk berbagai kerusakan: baik eksternal agent maupun secara spontan.
Apabila ada kesalahan/kerusakan DNA, sel mempunyai dua pilihan,
yaitu:
a. Kesalahan tersebut diperbaiki dengan cara mengaktifkan DNA
repair. Namun apabila kesalahan yang ada sudah tidak mampu lagi
ditanggulangi, sel memutuskan untuk beralih ke pilihan kedua.
b. Apabila DNA tidak mampu diperbaiki lagi, akibat dari adanya
kesalahan yang fatal maka akan di apoptosis daripada hidup
membawa pengaruh yang buruk bagi lingkungan sekelilingnya.
Kemudian sel dengan DNA yang normal akan meneruskan
perjalanan untuk melengkapi siklus yang tersisa yaitu S (sintesis),
G2 (Gap 2), dan M (Mitosis).
2. Mekanisme DNA Repair
DNA Repair dapat dibagi menjadi mekanisme yang mengidentifikasi
dan memperbaiki kerusakan pada molekul DNA. Ada dua jenis umum
DNA Repair, pembalikan langsung dari proses kimia yang menghasilkan
kerusakan dan penggantian basa nukleotida yang rusak. Pada mekanisme
DNA repair ini dibagi menjadi 3 mekanisme, yaitu:
a. Damage reversal
Damage reversal yaitu penggantian secara langsung dimana
mekanisme perbaikan ini tidak memerlukan template dan diterapkan
ke dua jenis kerusakan utama. Sinar UV menginduksi pembentukan
dimer pirimidin yang dapat merusak struktur rantai DNA, memblokir
transkripsi di luar area kerusakan setalah itu akan mengaktifkan
suatu proses perbaikan dimana suatu kompleks protein enzim
fotoreaktif akan memutuskan ikatan hydrogen tetapi tanpa
memutuskan ikatan fosfodiester antar nukleotida. Pembalikan
langsung melalui fotoreaktivasi dapat membalikkan dimerisasi ini
reaksi dengan memanfaatkan energi cahaya untuk penghancuran
kovalen abnormal ikatan antara pangkalan pirimidin yang
berdekatan. Jenis photoreactivation tidak terjadi pada manusia.
b. Damage removal
Damage removal yaitu proses yang lebih kompleks karena
melibatkan replacing atau penggantian dengan dipotong-potong.
Pada excision repair diawali dengan proses pengidentifikasian
ketidaksesuaian sekuen/urutan DNA dalam suatu proses pengawasan
yang dilakukan oleh endonuklease perbaikan DNA. Kompleks enzim
tersebut akan menginisiasi proses pemisahan DNA heliks utas ganda
menjadi suatu segmen utas tunggal. Proses ini akan diakhiri dengan
pertautan kembali antara dua utas tunggal tersebut untuk kembali
menjadi bagian dari heliks utas ganda, dengan perantaraan enzim
DNA ligase. Damage Removal memiliki 3 tipe, yaitu:
1) Base excision repair
Hanya 1 basa yang rusak dan digantikan dengan yang lain.
Basa-basa DNA dapat dirusak melalui deaminasi. Tempat
kerusakan basa tersebut dinamakan dengan”Abasic site” atau
“AP site”. Pada E.coli enzim DNA glycosilase dapat mengenal
AP site dan membuang basanya. Kemudian AP endonuklease
membuang AP site dan Nukleotida sekitarnya. Kekosongan
akan diisi dengan bantuan DNA Polymerase I dan DNA Ligase.
DNA polymerase I berperan didalam mensintesis atau
menambahkan pasangan basa yang sesuai dengan pasangannya,
sedangkan DNA Ligase berperan dalam menyambungkan
pasangan basa yang telah disintesis oleh DNA polymerase I.
2) Nucleotide excision repair
Nucleotide excision repair adalah memotong pada bagian /
salah satu segmen DNA, dari DNA yang mengalami kerusakan.
Kerusakan nukleotida yang disebabkan oleh sinar UV, sehingga
terjadi kesalahan pirimidin dimer (kesalahan dua basa tetangga).
Pada E. Coli terdapat protein yang terlibat dalam proses
pembuangan atau pemotongan DNA yang mengalami
kerusakan, protein tersebut adalah UVrA, UVrB, UVrC, setelah
protein tersebut mengenali kesalahan, maka nukleotida yang
rusak tersebut dihilangkan (dipotong) sehingga terjadi
kekosongan pada segmen untaian nukleotida tersebut.
Selanjutnya untuk mengisi kekosongan tersebut maka RNA
polymerase I mensintesis nukleotida yang baru untuk
dipasangkan pada segmen DNA yang mengalami kekosongan
tadi, tentu saja dengan bekerja sama dengan DNA ligase dalam
proses penyambungan segmen DNA tersebut.
3) Mismatch repair
Pada tahap ini yaitu memperbaiki kesalahan-kesalahan yang
terjadi ketika DNA disalin. Selama replikasi DNA, DNA
polymerase sendirilah yang melakukan perbaikan salah pasang.
Polimerase ini mengoreksi setiap nukleotida terhadap
cetakannya begitu nukleotida ditambahkan pada untaian. Dalam
rangka mencari nukleotida yang pasangannya tidak benar,
polymerase memindahkan nukleotida tersebut kemudian
melanjutkan kembali sintesis, (tindakan ini mirip dengan
mengoreksi kesalahan pada pengolah kata dengan menggunakan
tombol “delete” dan kemudian menuliskan kata yang benar).
Protein-protein lain selain DNA polymerase juga melakukan
perbaikan salah pasang. Para peneliti mempertegas pentingnya
protein-protein tersebut ketika mereka menemukan b ahwa suatu
cacat herediter pada salah satu dari protein-protein ini terkait
dengan salah satu bentuk dari kanker usus besar. Rupanya cacat
ini mengakibatkan kesalahan penyebab kanker yang
berakumulasi di dalam DNA. Pada intinya mekanisme
perbaikan mismatch ini mendeteksi terlebih dahulu pasangan
basa yang tidak “cocok (matched)” atau tidak berpasangan
dengan benar. Kesalahan berpasangan basa atau mismatch dapat
terjadi saat replikasi ataupun rekombinasi DNA, dimana untuk
memperbaiki basa yang tidak berpasangan, terlebih dahulu harus
diketahui pasangan basa mana yang mengalami kesalahan basa
pada untai DNA. Caranya segmen DNA yang membawa basa
yang salah dibuang, sehingga terdapat celah (gap) di dalam untai
DNA. Selanjutnya dengan bantuan enzim polymerase celah ini
akan diisi oleh segmen baru yang membawa basa yang telah
diperbaiki, yang kemudian dilekatkan dengan bantuan enzim
ligase.
3. Damage tolerance
Damage tolerance adalah mentoleransi kesalahan. Hal ini
dilakukan bila kesalahan tidak dapat diperbaiki sehingga kesalahan
terpaksa ditoleransi dan yang terpotong adalah kedua strand.
Mekanisme ini adalah sebuah bentuk replikasi rawan kesalahan
(error-phone) yang memperbaiki kerusakan-kerusakan pada DNA
tanpa mengembalikan sekuens basa awal. Tipe perbaikan ini bisa
dipicu oleh kerusakan DNA dalam tingkat tinggi. Pada bakteri E.
Coli, system tersebut diatur oleh gen-gen recA dan umu yang
dihipotesiskan mengubah fidelitas (ketepatan) polymerase DNA
setempat. Dalam rose situ, polymerase melakukan replikasi melewati
kerusakan DNA, sehingga memungkinkan sel untuk bertahan hidup
atau sintas. Jika sel tersebut berhasil sintas melalui seluruh
kerusakan DNA, besar kemungkinan sel itu mengandung satu atau
lebih mutasi.
B. Kanker
Menurut WHO, kanker adalah istilah umum untuk satu kelompok besar
penyakit yang dapat mempengaruhi setiap bagian dari tubuh. Istilah lain yang
digunakan adalah tumor ganas dan neoplasma. Salah satu fitur
mendefinisikan kanker adalah pertumbuhan sel-sel baru secara abnormal
yang tumbuh melampaui batas normal, dan yang kemudian dapat menyerang
bagian sebelah tubuh dan menyebar ke organ lain. Proses ini disebut
metastasis. Metastasis merupakan penyebab utama kematian akibat kanker
(WHO, 2009).
Menurut National Cancer Institute(2009), kanker adalah suatu istilah
untuk penyakit di mana sel-sel membelah secara abnormal tanpa kontrol dan
dapat menyerang jaringan di sekitarnya. Kanker adalah istilah umum yang
dipakai untuk menunjukkan neoplasma ganas, dan ada banyak tumor atau
neoplasma lain yang tidak bersifat kanker (Price et al., 2006).
Neoplasma secara harfiah berarti “pertumbuhan baru”. Suatu neoplasma,
sesuai definisi Wills, adalah “massa abnormal jaringan yang pertumbuhannya
berlebihan dan tidak terkoordinasikan dengan pertumbuhan jaringan normal
serta terus demikian walaupun rangsangan yang memicu perubahan tersebut
telah berhenti” (Kumar et al., 2007).
Istilah tumor kurang lebih merupakan sinonim dari istilah neoplasma.
Semua istilah tumor diartikan secara sederhana sebagai pembengkakan atau
gumpalan, dan kadang-kadang istilah “tumor sejati” dipakai untuk
membedakan neoplasma dengan gumpalan lainnya. Neoplasma dapat
dibedakan berdasarkan sifat-sifatnya; ada yang jinak, ada pula yang ganas
(Price et al., 2006).
C. Mutasi DNA Repair dan Kanker
Cara terbaik untuk menggambarkan pentingnya perbaikan DNA adalah
dengan mempertimbangkan efek kerusakan DNA yang tidak diperbaiki (lesi).
Hasil yang paling serius adalah perubahan urutan dasar DNA, yang, jika
direplikasi dan ditransmisikan ke generasi sel masa depan, menjadi permanen.
Perubahan permanen dalam urutan nukleotida DNA disebut mutasi. Mutasi
dapat melibatkan penggantian satu pasangan basa dengan yang lain
(substitution mutation) atau penambahan atau penghapusan satu atau
beberapa pasangan basa (insertion or deletion mutations). Jika mutasi
mempengaruhi DNA non-esensial atau jika memiliki efek yang dapat
diabaikan pada fungsi suatu gen, itu dikenal sebagai silent mutation. Mutasi
jarang memberikan beberapa keuntungan biologis. Namun, kebanyakan non
silent mutation merusak.

Gambar 1. Tes Ames untuk karsinogen, berdasarkan mutagenisitasnya.

Strain Salmonella typhimurium yang memiliki mutasi yang


menonaktifkan enzim dari jalur biosintesis histidin dilapisi pada media bebas
histidin. Beberapa sel tumbuh. (a) Beberapa koloni kecil S. typhimurium
yang tumbuh pada media bebas histidin membawa mutasi balik spontan yang
memungkinkan jalur biosintetik histidin untuk beroperasi. Tiga piring nutrisi
identik (b), (c), dan (d) telah diinokulasi dengan jumlah sel yang sama. Setiap
piring kemudian menerima sebuah piringan kertas saring yang mengandung
konsentrasi mutagen yang semakin rendah. Mutagen sangat meningkatkan
laju mutasi balik dan karena jumlah koloni. Area bening di sekitar kertas
saring menunjukkan di mana konsentrasi mutagen begitu tinggi sehingga
mematikan sel. Saat mutagen berdifusi menjauh dari kertas saring, mutagen
diencerkan menjadi konsentrasi subletal yang mendorong mutasi balik.
Mutagen dapat dibandingkan berdasarkan pengaruhnya terhadap tingkat
mutasi. Karena banyak senyawa mengalami berbagai transformasi kimia
setelah memasuki sel, senyawa kadang-kadang diuji mutagenisitasnya setelah
diinkubasi terlebih dahulu dengan ekstrak hati. Beberapa zat telah ditemukan
mutagenik hanya setelah perawatan ini.
Pada mamalia ada korelasi kuat antara akumulasi mutasi dan kanker. Uji
sederhana yang dikembangkan oleh Bruce Ames mengukur potensi senyawa
kimia tertentu untuk mendorong mutasi tertentu yang mudah terdeteksi pada
strain bakteri khusus. Beberapa bahan kimia yang kami temui dalam
kehidupan sehari-hari dinilai sebagai mutagen dalam tes ini. Namun, dari
senyawa yang diketahui karsinogenik dari uji coba hewan ekstensif, lebih dari
90% juga ditemukan mutagenik dalam uji Ames. Karena korelasi yang kuat
antara mutagenesis dan karsinogenesis ini, uji Ames untuk mutagen bakterial
digunakan secara luas sebagai layar yang cepat dan murah untuk
kemungkinan karsinogen manusia.
Genom sel mamalia pada umumnya mengakumulasi ribuan lesi selama
periode 24 jam. Namun, sebagai hasil dari perbaikan DNA, kurang dari 1 dari
1.000 menjadi mutasi. DNA adalah molekul yang relatif stabil, tetapi tanpa
sistem perbaikan, efek kumulatif dari banyak reaksi yang jarang terjadi tetapi
merusak akan membuat kehidupan menjadi tidak mungkin.

BAB III

KESIMPULAN

DNA repair adalah suatu mekanisme perbaikan DNA yang mengalami


kerusakan /kesalahan yang diakibatkan oleh proses metabolisme yang tidak
normal. Bila ada kesalahan/kerusakan maka sel memiliki 2 pilihan yaitu
mengaktifkan DNA repair atau diapoptosis bila DNA sudah tidak bisa diperbaiki.
Mekanisme DNA repair data dibagi menjadi 3 yaitu damage removal, damage
reversal dan damage tolerance.

Kanker adalah istilah umum untuk satu kelompok besar penyakit yang dapat
mempengaruhi setiap bagian dari tubuh. Istilah lain yang digunakan adalah tumor
ganas dan neoplasma. Kerusakan DNA telah lama diakui sebagai faktor penyebab
untuk perkembangan kanker. Salah satunya disebabkan karena adanya kesalahan
dalam proses DNA repair. Peran yang mendasari kerusakan DNA dalam
perkembangan kanker menjadi sangat jelas ketika cacat genetik dalam DNA
repair systems menyebabkan peningkatan kerentanan gen terhadap kanker. Salah
satu tahap DNA repair yang mengalami kecacatan adalah pada tahap mismatch
repair.