Linda Octaviani

14104001

Tugas Pengantar Ilmu Tanah

Rhizosfer (Hiltner,1904)

Rhizosfer adalah selapis tanah yang menyelimuti permukaan akar

tanaman yang masih di pengaruhi oleh aktivitas akar. Permukaan akar
tanaman disebut rhizoplane. Jadi, rhizosfer adalah selapis tanah yang
menyelimuti rhizoplane yang masih dipengaruhi oleh aktivitas akar dan
merupakan habitat yang sangat baik bagi pertumbuhan mikroba oleh karena
akar tanaman menyediakan berbagai bahan organik yang umumnya
menstimulir pertumbuhn mikroba.

Rhizosfer digunakan untuk menunjukkan bagian tanah yang dipegaruhi

oleh perakaran tanaman yang di cirikan oleh lebih banyaknya kegiatan
mikrobiologis di bandingkan kegiatan di dalam tanah yang jauh dari
perakaran tanah. Laju kegiatan metabolik mikroorganisme rhizosfer berbeda
dengan laju kegiatan metabolik mikroorganisme dalam tanah non-rhizosfer.

Efek rhizosfer menunjukkan pengaruh keseluruhan perakaran tanaman

terhadap mikroorgnisme tanah yang terkandung banyak jumlah bakteri,
jamur, dan actinomycetes. Hal itu di pengruhi oleh beberapa faktor yaitu tipe
tanah, kelembapan tanah, pH tanah, temperature tanah, umur tanah, serta
umur tanah.

Beberapa keuntungan yang di peroleh dari mikroba rhizosfer yautu:

1. Mikroba dapat melarutkan dan menyediakan mineral seperti : N, P, Fe,

dan unsur lain
2. Mikroba dapat menghasilkan vitamin, asam amino, auxin dan giberelin
yang dapat menstimulir pertumbuhan tanaman seperti
Pseudomonadaceae.
3. Mikroba yang patogenik dengan menghasilkan antibiotik.

Rao,N.S.Subba. 2007.Mikroorganisme tanah dan pertumbuhan tanaman.

Universitas Indonesia Press.Jakarta.

Filosfer

Filosfer merupakan salah satu habitat mikroorganisme saprofit yaitu

daerah pada daun yang di huni oleh mikroorgnisme. Hal ini di karenakan
bagian tanaman pada daun terdedah pada debu dan aliran udara yang
menyebabkan terbentuknya kehidupan tumbuhan khusus pada permukaan
daun dengan bantuan kutikula, lapisan lilin, dan bentukan-bentukan
tambahan yang membantu penempelan mikroorganisme. Mikroorganisme
epifit penghuni permukaan daun tersebut di kenal sebagai asam indol asetat
dan dapat mengfiksasi nitrogen.

Permukaan daun disebut “filoplen” dan daerah pada daun yang di huni
oleh mikroorganisme di sebut “filosfer”. Mikrobiologiwan Belanda Ruinen
menciptaan kata ‘filosfer’ dari pengamatannya pada tumbuhan di hutan-
hutan di indonesia yang memiliki daun-daun berpenghuni mikroba epifit yang
tebal di permukaanya. Mikroorganisme tersebut berupa berupa bakteri
pemfiksasintrogen seperti Beijerinckia dan Azotobacter.

Rao,N.S.Subba. 2007.Mikroorganisme tanah dan pertumbuhan tanaman.

Universitas Indonesia Press.Jakarta.

Mikroorganisme pelarut fosfat (Phosphate soluable microorganism)

Mikroorganisme pelarut fosfat merupakan mikroorganismedalam tanah

yang hidup bebas yang dapat melarutkan fosfat anorganik tanah dari bentuk
yang tidak tersedia bagi tanaman menjadi bentuk-bentuk yang tersedia bagi
tanaman.mikroorganisme tanah yang dapat melarutkan fosfat memegang
peranan penting dalam memperbaiki tanaman budidaya yang mengalami
defisiensi fosfor. Defisiensi kemungkinan tumbuh pada tanah-tanah yang
mengandung fosfat dalam jumlah yang cukup. Hal ini di karenakan tanaman
hanya bisa menyerap fosfor dalam bentuk yang tersedia. Fosfat tanah baru
dapat dijadikan tersedia oleh perakaran tanaman atau oleh mikroorganisme
tanah melalui sekresi asam organik.

Pelarutan fosfat oleh perakaran tanaman dan mikroorganisme

tergantug pada PH tanah. Pada tanah netral atau basa yang memiliki
kandungan kalsium yang tinggi, terjadi pengendapan kalsium fosfat (CaPO 4).
Sedangkan tanah yang asam umumnya miskin akan ion kalsium sehingga
fosfatnya di endapkan dalam bentuk senyawa besi atau alumunium yang
tidak mudah di larutkan oleh perakaran tanaman atau mikroorganisme tanah
sehingga memicu terjadinya dfisiensi fosfor pada tanaman. Salah satu cara
untuk memperbaiki defisiensi fosfor pada tanaman ialah dengan
menginokulasi biji atau tanah dengan mikroorganisme pelarut fosfat bersama
– sama dengan pupuk berfosfat.

Pengelompokan mikroba pelarut fosfat erdiri dari:

1. Bakteri pelarut fosfat (BPF)

 2. Fungi pelarut fosfat (FPF)

Contoh beberapa bakteri pelarut fosfat adalah Pseudomonas, Bacillus, dll.

Rao,N.S.Subba. 2007.Mikroorganisme tanah dan pertumbuhan tanaman.

Jakarta.Universitas Indonesia Press.

Mikroorganisme penambat N(Nitrogen)

Bakteri penambat Nitrogen di golongkan menjadi dua yaitu bakteri

penambat Nitrogen simbiosis dan non-simbiosis. Bakteri penambat Nitrogen
simbiotik meliputi: a) Rhizobium; hidup dalam bintil akar leguminose dan , b)
Anabaena azollae ; hidup daam daun azollaa pinnata. Sedgkan bakteri
penambat Nitrogen non-simbiotik meliputi: a) Azotobacter; hidup di rhizosfer
tanaman di lahan kering, b) Clostridium ; hidup di tanah tergenang/ tanah
sawah dan, c) Azospirillum; hidup di permukaan atau dalam akar, d)
Cynobacteria, BGA, hidup di tanah tergenang/tanah sawah (Dewi,2007).

Nitrogen adalah unsur yang diperlukan untuk membentuk senyawa

penting di dalam sel, termasuk protein, DNA dan RNA. Tanaman harus
mengekstraksi kebutuhan nitrogennya dari dalam tanah. Sumber
nitrogen yang terdapat dalam tanah, makin lama makin tidak
mencukupi kebutuhan tanaman, sehingga perlu diberikan pupuk
sintetik yang merupakan sumber nitrogen untuk mempertinggi
produksi. Keinginan menaikkan produksi tanaman untuk mencukupi
kebutuhan pangan, berakibat diperlukannya pupuk dalam jumlah yang
banyak.

Industri pupuk yang ada belum dapat memenuhi kebutuhan pupuk yang
semakin meningkat. Untuk itu perlu dicari pupuk nitrogen alternatif dan
rekayasa gen hijau kelihatannya dapat memberikan harapan untuk
memenuhi kebutuhan pupuk di masa yang akan datang. Udara yang
menyelubungi bumi mengandung gas nitrogen sebanyak 80 %,
sebahagian besar dalam bentuk Nyang tidak dapat dimanfaatkan.
Tanaman dan kebanyakan mikroba tidak mempunyai cara untuk
mengikat nitrogen menjadi senyawa dalam selnya. Tanaman dan mikroba
umumnya mendapatkan nitrogen dari senyawa seperti ammonium
(NH4+) dan nitrat (NO3). Untukmemanfaatkannitrogendalam bentuk gas,
pakar bioteknologi memusatkan perhatiannya pada hubungan antara
tanaman dengan jenis mikroba tertentu yang dapat menambat nitrogen
dari udara dan menyusun atom nitrogen kedalam molekul ammonium,
nitrat, atau senyawa lain yang dapat digunakan oleh tumbuhan (Prentis,
1984).

Tanaman kacang-kacangan seperti buncis dan kedelai, akarnya mempunyai

bintil– bintil berisi bakteri yang mampu menambat nitro gen udara, sehingga
nitrogen tanah yang telah diserap tanaman dapat diganti. Simbiosis
antara tanaman dan bakteri saling menguntungkan untuk kedua pihak.
Bakteri mendapatkan zat hara yang kaya energi dari tanaman inang
sedangkan tanaman inang mendapatkan senyawa nitrogendari bakteri
untuk melangsungkan kehidupannya. Bakteri penambat nitrogen yang
terdapat didalam akar kacang-kacangan adalah jenis bakteri Rhizobium.
Bakteri ini masuk melalui rambut-rambut akar dan menetap dalam akar
tersebut dan membentuk bintil pada akar yang bersifat khas pada kacang –
kacangan. Belum diketahui sepenuhnya bagaimana rhizobium masuk
melalui rambut – rambut akar, terus ke dalam badan akar dan
selanjutnya membentuk bintil – bintil akar.

Tabel 1. Beberapa spesies Rhizob ium dan tanaman simbiosanya

Spesies Rhizobium Tanaman Simbiosisnya

R. Pea (Pisum spp), lentil ( Lens culinaris)Kacang buncis

leguminasorumR. (Phaseolus vulgaris)Clover ( Trifolium subteranim)
phaseoliR. trifolii
Alfafa (Medicago sativa)
R. melioti
Lupin (Lupinus, spp)
R. lupini
Kedelai ( Glycine max)
R. japonicum
Cowpea (Vigna, spp), kacang tanah (Desmodium
Rhizobium. Spp spp)

Untuk menambat nitrogen, bakteri ini menggunakan enzim

nitrogenase, dimana enzim ini akan menambat gas nitrogen di udara dan
merubahnya menjadi gas amoniak dan kemudian asetylen menjadi ethylen.
Gen yang mengatur proses penambatan ini adalah
gennif (Singkatan nitrogen – fixation). Gen – gen nif ini berbentuk suatu
rantai , tidak terpencar kedalam sejumlah DNA yang sangat besar yang
menyusun kromosom bakteri, tetapi semuanya terkelompok dalam suatu
daerah. Hal ini memudahkan untuk memotong bagian untaian DNA yang
sesuai dari kromoson Rhizobium dan menyisipkanya ke dalam
mikroorganisme lain (Prentis, 1984). Dengan rekayasa genetik telah berhasil
ditransfer gen nif dari bakteri Rhizobium kedalam bakteri Escherechia coli ,
sehingga E. coli mampu untuk menambat nitrogen. Beberapa kelompok
bakteri yang dapat dimanfaatkan untuk meningkatkan produksi tanaman
adalah : (a) Rhizobium (bakteri penambat N2 yang bersimbiosis dengan
kacang – kacangan, (b) Azotobakter, Azospirillum (bakteri penambat N2 yang
tidak bersimbiosis dengan tanaman, (c) Bacillus subtilis, B. polymixa (bakteri
penghasil senyawa yang dapat melarutkan fosfat tanah), (d) Clostridium dan
(e)Pseudomonas fluorescens dan P. putia. Potensi penggunaan rizobakteria
sebagai inokulan telah banyak mendapat perhatian dari pakar mikrobiologi
tanah dan penyakit tanaman, karena sifat dari rizobakteria ini sangat agresif
dalam mengkolonisasi akar menggantikan tempat mikroorganisme yang
dapat menimbulkan penyakit pada tanaman. (Burr, 1978). Hubungan antara
tanaman dan mikroorganisme terjadi di daerah rizosfer, mikroorganisme
dapat hidup dari substrak yang dikeluarkan oleh tanaman melalui akar
ataupun tanaman yang mati, disamping itu dapat juga merangsang
pengeluaran unsur hara dari akar (Vancura, 1964), dapat menghasilkan
senyawa – senyawa yang mempercepat pertumbuhan (Bowen dan Rovira,
1961).

Beberapa keuntungan dengan memanfaatkan kelompok mikroorganisme ini

adalah :

1. tidak mempunyai bahaya atau efek sampingan,

2. Efisiensi penggunaan yang dapat ditingkatkan sehingga bahaya

pencemaran lingkungan dapat dihindari,

3. harganya yang relatif murah

4. Teknologinya yang sederhana. Pemanfaatan kelompok mikroorganisme

ini telah diterapkan di negara – negara maju dan beberapa negara
berkembang.

1.2 Mikrobia penambat nitrogen

Sumber utama N berasal dari gas N2 dari atmosfir. Kadar gas nitrogen
di atmosfir bumi sekitar 79% dari volumenya. Walaupun jumlahnya sangat
besar tetapi belum dapat dimanfaatkan oleh tanaman tingkat tinggi, kecuali
telah menjadi bentuk yang tersedia. Proses perubahan tersebut: (1).
Penambatan oleh mikrobia dan jazad renik lain. Jazad renik ada yang hidup
simbiotis dengan tanaman tanaman legum (kacang-kacangan) maupun
tanaman non legum, (2). Penambatan oleh jazad-jazad renik yang hidup
bebas di dalam tanah atau yang hidup pada permukaan organ tanaman
seperti daun, dan (3). Penambatan sebagai oksida karena terjadi pelepasan
muatan listrik di atmosfir.

Jumlah nitrogen yang ditambat oleh rhizobia sangat bervariasi

tergantung strain, tanaman inang serta lingkungannya termasuk
ketersediaan unsur hara yang diperlukan. Selandia Baru merupakan negara
yang sangat mementingkan penggunaan pupuk nitrogen berasal dari
penambatan N dari atmosfir.

Banyak genus rhizobia yang hanya dapat hidup menumpang pada tanaman
inang tertentu (spesifik). Sebagai contoh bakteri yang bersimbiosis dengan
kedelai (Soybean) umumnya tidak dapat bersimbiosis dengan dengan
tanaman alfalfa (Medicago). Agar kemampuan menambat nitrogen tinggi
maka tanaman inang harus dinokulasi dengan inokulan yang sesuai.

Fiksasi nitrogen sangat penting untuk lingkungan dan pertanian berkelanjutan

(Sustainabele agriculture). Sebagian besar tanaman mengasimilasi nitrogen
hanya dari tanah melalui penambahan pupuk. Sumber alternatif lain adalah
Rhizobia yang mampu meyebabkan pembentukan nodula pada akar dari
tanaman legum sebagai tanaman inang. Organ tanaman khusus diserang
oleh bakteria yang memfiksasi nitrogen dalam keadaan bakteroid
endosimbiotik dalam sel tanaman. Proses ini melibatkan pengenalan spesifik
dan diferensiasi berkembang baik bakteri dan sel tanaman inang. Rhizobia
berhadapan dengan bermacam-macam kondisi lingkungan seperti bakteria
yang hidup bebas dalam tanah, selama proses infeksi dan seperti diferensiasi
bakteroid dalam sel tanaman. Kapasitas rhizobia untuk beradaptasi terhadap
perubahan kondisi lingkungan adalah sangat penting untuk keberadaanya
dalam ekosistem dan interaksi simbiotik

http://kasiono.wordpress.com/2011/07/20/rhizobium-bakteri-symbiotik-
penambat-n/

Mikroorganisme tanah

Mikrobiologi tanah (J.B. Boussingault) merupakan cabang ilmu yang

mempelajari kehidupan dan kegiatan organisme dalam tanah.
Mikroorganisme penghuni tanah dapat di kelompokkan menjadi bakteri,
aktinomycetes, jamur, alga, dan protozoa. J.B. Boussingault dalam
penelitiannya menunjukkan bahwa legum dapat memperoleh nitrogen dari
udara apabila ditumbuhkan dalam tanah yang tidak di panaskan. Organisme
tanah atau biota tanah merupakan semua mahluk hidup baik hewan (fauna)
maupun tumbuhan (flora) yan seluruh atau sebagian dari fase hidupnya
berada dalam sistem tanah.

Mikroorganisme terdapat di segala macam lingkungan sebagai bagian

dari seluruh ekosistem alam. Sebagian dari mikroorganisme itu adalah
produsen, sebagian konsumen pertama, dan sebagian lagi konsumen ke dua
serta ketiga. Kita dapat menemukan mikroorganisme di darah kutub, di
daerah tropik, di dalam air, di dalam tanah, dalam debu di udara. Ada
mikroorganisme yng dapat hidup di satostfer bila terangkat oleh arus udara.
Ada mikroorganisme yang dapat hidup meskipun tidak ada oksigen, misalnya
pada dasar laut dan danau – danau yang sangat dalam. Bahkan ada yang
hidup di sumber air panas dengan temperatur yang sedemikian tinggi hingga
akan mematikan organisme yang lebih besar. Miroorganisme memegang
peranan penting sebagai penghubung jaring – jaring makanan dalam
ekosistem darat, laut, danau, sungai dan kolam. Mereka merupakan pengurai
utama dari berbagai zat dan senyawa ( Sastrodinoto, 1980 ).
Mikroorganisme biasanya dianggap mencakup semua prokariota, protista dan
alga renik. Fungi terutama yang berukuraarn kecil dan tidak membentuk hifa,
dapat pula dianggap sebagai bagiannya meskipun banyak yang tidak
menyepakatinya ( Anonymousa, 2009 ).
Kebanyakan orang beranggapan bahwa yang dapat dianggap
mikroorganisme adalah semua organisme sangat kecil yang dapat dibiakkan
dalam cawan petri atau inkubator di dalam laboratorium dan mampu
memperbanyak diri secara mitosis ( Anonymousb, 2009 )

2.1 Pengertian Mikroorganisme

Mikroorganisme atau mikroba adalah mikroorganisem yang berukuran sangat
kecil ( biasanya kurang dari 1 mm ) sehingga untuk mengamatinya
diperlukan alat bantuan. Mikroorganisme seringkali bersel tunggal ( uniselular
) meskipun beberapa protista bersel tunggal masih terlihat oleh mata
telanjang dan ada beberapa spesies multisel tidak terlihat mata telanjang.
Ilmu yang mempelajari mikroorganisme disebut mikrobiologi. Orang yang
bekerja dibidang ini disebut mikrobiolog ( Anonymousc, 2009 ).

2.2 Macam – Macam Mikroorganisme Perairan

Menurut Zubaidah ( 2006 ), macam – macam mikroorganisme adalah sebagai
berikut :
1.Bakteri berbentuk basil dan koki gram negatif aerob
Ciri – cirinya adalah :
bersifat aerobik
ditemukan pada makanan berupa flora normal pada tanah dan air
dapat mengoksidasi gula
Contohnya : biucella, gluconobacter, acetobacter, dan lain – lain.
2.Bakteri basil gram positif, tidak berspora
Ciri – cirinya adalah :
berbentuk batang panjang
anaerobik fakultatif
katalase negatif
dapat mensintesa vitamin khususnya jenis lactobacillus
Contohnya : Clostridium, lactobacillus, botalinum
3.bakteri dengan sel bercabang atau bertunas
Ciri – cirinya ;
tidak berspora
sangat tahan panas
bersifat patogen
jarang ditemukan pada makanan
Contohnya : corybacterium, microbacterium, propionibacterium sp.

2.3 Faktor yang Mempengaruhi Perkembangan Mikroorganisme

Menurut Zubaidah ( 2006 ), adapun faktor yang mempengaruhi
perkembangan mikroorganisme adalah sebagai berikut :

Faktor Intrinsik
– Keasaman PH
Keasaman, kebasaan dan lingkungan mempunyai pengaruh yang signifikan
pada aktivitas dan stabilitas makro molekul seperti enzim, maka dari itu
pertumbuhan dan metabolisme dari mikroba sangat di pengaruhi PH.
Sebagaian mikroba dapat tumbuh dengan baik pada kisaran PH netral ( 6,6 –
7,5 ) dan sedikit yang dapat bertahan dibawah PH 4.0. Bakteri lebih rentan
terhadap PH ekstrim dibanding khapang dan khamir, dimana bakteri –
baskteri patogen adalah yang paling rentan. Itulah sebabnya sebagian besar
makanan seperti saurkraut dan keju, diawetkan dari bakteri patogen dengan
asam yang di produksi oleh atau melalui bakteri.

- Water Activity ( Aw )
Salah satu dari metode penyimpanan adalah pengeringan, pengeringan
dengann mengeluarkan air terikat dari bahan yang mengakibatkan mikroba
tidak dapat tumbuh. Saat ini telah diterima istilah umum untuk persyaratan
kandungan air yang digunakan oleh mikroba dengan nama water actfvity
( Aw ) lingkungan. Aw dari sebagian besar makanan segar adalah 0,91.
Secara umum bakteri memerlukan nilai Aw yang lebih tinggi dibanding jamur,
dimana bakteri gram negatif memerlukan nilai Aw yang lebih tinggi dari pada
gram positif. Sebagian besar bakteri merugikan tidak dapat tumbuh dibawah
Aw 0.91 sedangkan khapang yang merugikan dapat tumbuh pada paling
rendah 0,80.

- Potensial Oksidasi – Reduksi ( Eh )

Potensial oksidasi – reduksi dapat didefinisikan sebagai perubahan yang
diakibatkan oleh substrat yang kehilangan ( oksidasi ) ataupun mendapatkan
elektron ( reduksi ). Mikroba aerob memerlukan nilai Eh positif ( oksidasi )
sedangkan mikroba anaerob memerlukan nilai Eh negatif ( reduksi ).
Beberapa bakteri dapat tumbuh dengan baik pada kondisi sedikit reduksi,
dinamakan mikro aerofil.
 [ oksidasi ] + H+ + ne ↔ [ reduksi ]

- Komponen Antimikroba
Ketersediaan komponen antimikroba pada substrat yang akan dimakan
mikroba menjadi hambatan terpenting bagi pertumbuhannya. Beberapa
rempah – rempah diketahui mengndung minyak atsiri yang bisa dapat
bertindak sebagai komponen mikroba. Beberapa di antaranya adalah eugenol
pada cengkeh, alisin pada bawang putih.

Faktor Ekstrinsik
– Suhu
Sebagian besar mikroba tumbuh dengan baik pada suhu yang sesuai dengan
manusia. Namun, bakteri tertentu dapat tumbuh pada suhu yang ekstrim
dimana hampir semua organisme eukariot tidak tumbuh.

Jika suhu diturunkan dari suhu optimum, pertumbuhn mikroba akan

berlangsung lebih lambat, sebagan merupakan akibat dari lambatnya reaksi
enzimatik yang berlangsung di dalam sel kontribusi terpenting dari
penurunan dan penghambatan pertumbuhan mikroba pada suhu rendah
adalah perubahan struktur membran yang mengakibatkan suplai nutrisi pada
sistem enzim dari dalam sel.

- Ketersediaan dan Konsentrasi Gas Lingkungan

Perubahan konsentrasi gas yang ada dalam ruangan menjadikan faktor
penentu bagi pertumbuhan mikroba. Peningkatan konsentrasi CO2 dapat
ditingkatkan pada suhu rendah. Bakteri gram negatif lebih sensitif terhadap
CO2 dibandingkan gram positif. Dimana pseudomonas menjadi paling
sensitive dan bakteri anaerb menjadi yang paling resisten terhadap CO2.

- Relative Hamidity ( RH )
RH dari lingkungan adalah poin penting yang mempengaruhi Aw, dan
pertumbuhan mikroba pada permukaan suatu bahan. Jika Aw 0,6 adalah
sangat penting untuk menyinpan dan mempertahankan nilai Aw pada kondisi
rh yang tidak memungkinkan adanya pengambilan air dari udara menuju ke
dalam permukaan bahan.

2.4 Pengertian Sterilisasi

Menurut Siti ( 1999 ), pengertian sterilisasi adalah sebagai berikut :
Yang dimaksud dengan sterilisasi dalm mikrobiologi ialah suatu proses untuk
mematikan semua organisme yang terdapat pada atau di dalam suatu benda.
Ketika anda untuk pertama kalinya melakukan pemindahan biakan bakteri
secara aseptik, sesungguhnya anda telah menggunakan salah satu cara
sterilisasi, yaitu pembakaran. Namun kebanyakan peralatan atau media yang
umum dipakai dalam pekerjaan mikrobiologis akan menjadi rusak bila
dibakar. Untungnya tersedia berbagai metode lain yang efektif.
Ada tiga cara yang umum dipakai dalam sterilisasi yaitu penggunaan panas,
penggunaan bahan kimia, dan penyaringan ( filtrasi ). Bila panas digunakan
bersama – sama dengan uap air disebut sterilisasi panas lembab atau
sterilisasi basah, bila tanpa kelembapan maka disebut sterilisasi panas kering
atau sterilisasi kering. Sedangkan sterilisasi kimiawi dapat dilakukan dengan
menggunakan gas atau radiasi.
Sterilisasi adalah membunuh semua organisme beserta sporanya serta
mencegah organisme tersebut agar tidak kembali hidup ( anonymousd,
2009 ).
Suatu tindakan untuk membunuh kuman patogen dan apatogen beserta
sporanya pada peralatan perawatan dan kedokteran dengan cara merebus,
stoom, panas tinggi, atau menggunakan bahan kimia ( Anonymouse, 2009 ).

2.5 Pengertian Media PCA (plate coun agen)

PCA digunakan sebagai medium untuk mikroba aerobic dengan inakulasi di
atas permukaan.PCA dibuat dengan melarutkan semua bahan di antaranya
adalah ceasin,enzymic,hydrolisate,yeast extract,dextrose agar,hingga
membentuk suspense 22,5g/l.kemudian disterilisasi.pada autoklaf selama 15
menit pada suhu 121 C.Media PCA ini baik untuk pertumbuhan total mikroba
(semua jenis mikroba)karna didalamnya mengandung komposisi hasein
enzimic hidro lisate yang menyediakan asam amino dan substansi hitrogen
kompleks lainnya.Serta ekstrak yeast yang mensuplai vitamin B kompleks
(Ratna,2004)
Pembatasan medium potato dextrose agar.Kentang sudah ditimbang dan
durebus dengan ukuran kentang 50,31g dan agar 4,03g.Disini menggunakan
agar untuk mengentalkan medium ekstrak.kentang dan agar disetir dan
diatur suhu dan PH-nya.Sebelum dilakukan sterilisasi,medium berwarna
kuning setelah disterilisasi dalam autoklaf medium berwarna kecoklatan dan
didapat endapan berwarna putih.setelah didinginkan beberapa saat medium
dapat di Tanami bakteri (Schal,1995).
Pembuatan medium nutrient agar menggunakan bahan utama beef ekstrak 5
gr,pepton 3gr dan agar 3gr.Pada awal pengamatan medium nutrien
agar.Sebelum proses nutrilisasi berwarna kuning setelah disterilisasi
berwarna agak coklat.Pada pembuatan medium ini ditambah pepton agar
mikroba cepat tumbuh,karna mengandung banyak Na (Saputro,1994)

2.6 Cara Pengitungan Bakteri

Menurut Siti ( 1999 ), cara penghitungan koloni bakteri adalah sebagai
berikut :
Pengukuran kuantitatif populasi mikroba sering kali amat di perlukan didalam
berbagai macam penalahaan mirobiologis. Pada hakikatnya terdapat dua
macam pengukuran dasar yaitu penentuan jumlah sel dan penentuan massa
sel. Pengukuran jumlah sel biasanya dilakukan bagi organisme bersel tunggal
( misalnya bakteri ), sedangkan penentuan massa sel dapat dilakukan tidak
hanya bagi organisme bersel tunggal tetapi bagi organisme berfilamen
( misalnya khapang ).
Ada berbagai macam cara untuk mengukur jumlah sel, antara lain dengan
hitungan cawan ( plate count ), hitungan mikroskopis langsung ( direct
microscopic count ), atau secara elektronis dengan bantuan alat yang disebut
penghitung coulter ( coulter counter ).
Perhitungan jumlah bakteri dapat melaluiberbagai macam uji seperti uji
kualitatif koliform yang secara lengkap terdiri dari tiga tahap yaitu uji
penduga ( uji kualitatif, bisa dengan metode MIN ), uji penguat dan uji
pelengkap. Waktu, mutu, sampel, biaya, tujuan analisis merupakan beberapa
faktor penentu dalam uji kualitatif koliform. Bakteri koliform dapat dihitung
dengan menggunakan metode cawan petri ( metode perhitungan secara
tidak langsung yang didasarkan pada anggapan bahwa setiap sel yang dapat
hidup akan berkembang menjadi satu koloni yang merupakan suatu indeks
bagi jumlah organisme yang dapat hidup yang terdapat pada sampel ).
Koliform merupakan kelompok bakteri yang digunakan sebagai indikator
adanya polusi kotoran dan kondisi sanitasi yang tidak baik terhadap air,
makanan dan produk – produk susu. Bakteri koliform dapat dibedakan atas
dua kelompok yaitu koliform fekal ( Escherchia colii ) dan koliform non fekal
( Enterobacter aerogenes ) ( Anonymousf, 2009 ).

http://sin9gih.wordpress.com/2010/08/29/mikrooganisme-pengertian-
dan-klasifikasi/

Fiksasi Nitrogen

Fiksasi nitrogen terjadi secara fotoautotrof yang di tunjukkan oleh

adanya pigmen fotosintetik dalam sel. Mekanisme fiksasi nitroge memunya
dua langkah penting : (1) aktivasi elektron oleh donor yang tepat atau
adenosin di fosfat (ADP) dan (2) reduksi substrat. Kedua langkah reaksi ini
terjadi di sisi yang berbeda dari molekul nitrogenase tetapi satu sama lain
saling bergantung. Sediaan murni nitrogenase sangat peka terhadap oksigen,
khususnya bagian enzim yang merupakan protein Fe. Walaupun demikian,
diyakini bahwa terhadap suatu sistem respirasi tidak tertentu pada
azetobacter di dekat sisi tempat fiksasi nitrogen yang secara aktif
“memakan” oksigen seingga mencega pentidakaktifan nitrogenase.

Kebutuhannergi untuk nitrogenase berasal dari daur metaboli selular

dalam bentuk adenosin trifosfat atau ATP (sekitar 12 sampai 20 mol ATP per
mol dari satu nitrogen molekuler yan direduksi). Piruvat berfungsi baik
sebagai donor elektron maupun sebagai sumber energi. Dalam reaksi
fosforoklastik, piruvat membentuk asetil fosfat yang dengan adanya adenosin
di fosfat atau ADP membentuk ATP. Pereduksinya adalah protein pembawa
elektron yang ada secara alami dan memiliki daya reduksi kuat, yaitu
feredoksin dan flafodoksin. Ditionid (Na2S2O4) dan zat warna tertentu seperti
metil filogen dan benzil filogen dapat juga berfungsi sebagai sumber donor
elektron ekstra seluler buatan. Karena semua mkroorganisme pemfiksasi
nitrogen itu mengandung hidrogenase, sistem enzim ini di dalam sel
mengkatalis transfer elektron dari piruvat atau hidrogen ke feredoksin atau
flafodoksin.

Feredoksin secara alami di jumpai pada protein pembawa elektron

yang mengandung besi-belerang (Fe-S) yang dapat melaksanakan oksidasi
dan reduki secara blak-balik. Protein ini telah di pisahkan dari tanaman, alga
hijau-biru, dan bakteri seperti clostridium pasteurianum, azotobakter
finilandii, rhizobium japonicum, anabaena cylindrica, bacillus polymyksa,
chromatium sp dan desul fobibrio gigas. Peredoksin berbeda dalam hal berat
molekul, kandungan besi dan sulfida dan kegiatan biologis. Protein pembawa
elektron seperti itu yang di pisahkan dari beberapa organisme pemfikssi
nitrogen tidak hanya dapat bereaksi dengan nitrogenasi dari mikroorganisme
tertentu, tetapi juga secara efektif dapat saling bertukar dengan
mikroorganisme lainnya.

Flafodoksin merupakan suatu flafoprotein yang pertama kali di

pisahkan ari klostridium pasterianum dalam media yang mengandung besi
dalam konsentrasi rendah dan di ketahui dapat meggantikan feredoksin
sebagai pembawa elektron dalam sejumlah besar reaksi. Sebagian besar
mikroorganisme pemfiksasi nitrogen di ketahui memiliki flafodoksin.
Selanjutnya, pembawa elektron semacam itu telah di pisahkan dari baktei
anaerob yang lain seperti peptostreptococcus elsdenii dan desulfofibrio spp.
Suatu pembawa elektron yang di sebut azotoflafin telah berhasil di pisahkan
dari azotobakter finilandii yang memiliki aktivitas biologis yang mirip dengan
feredoksin.

Rao,N.S.Subba. 2007.Mikroorganisme tanah dan pertumbuhan tanaman.

Jakarta.Universitas Indonesia Press.

Nitrifikasi

Definisi nitrifikasi di dalam tanah secara umum adalah pengubahan nitrogen

secara biologis di dalam tanah dari bentuk tereduksi menjadi bentuk yang
lebih teroksidasi atau dengan kata lain oksidasi biologis garam amonium
dalam tanah menjadi nitrit dan selanjutnya oksidasi nitrit menjadi
nitrat.beberapa faktor yang mempengaruhi pertumbuhan bakteri nitrifikasi
dalam tanah yaitu tergantung dari tingkat ammonia dan
nitrit,aerasi,kelembaban,temperature ,pH dan bahan organic.
Pada tanah-tanah asam, nitrifikasi jelek karena terjadi penurunan populasi
bakteri nitrifikasi yang dapat ditanggulangi dengan pemberian kapur dan
peningkat pH tanah menjadi 6,0. Tanak yang tergenang yang kekurangan
oksigen tidak menguntungkan nitrifikasi. Demikian pula temperature tanah
yang terlalu rendah (dibawah 50C) atau terlalu tinggi (diatas 400C) tidak
menguntungkan untuk berfungsinya organism-organisme ini secara optimum

Denetrifikasi

Denitrifikasi ,transformasi nitrogen dalam tanah menyebabkan hilangnya

nitrogen molecular. Pengubahan nitrat dan nitrit menjadi nitrogen monocular
atau oksida nitrogen melalui proses mikrobia. Denitrifikasi nitrogen yang
terikat menjadi nitrogen dalam bentuk gas diperantarai oleh banyak spesies
bakteri yang secara normal menggunakan oksigen di udara sebagai akseptor
hydrogen ( secara aerob) tetapi juga memiliki kemampuan untuk
menggunakan nitrat dan nitrit sebagai ganti oksigen (secara anaerob). Jadi
bakteri-bakteri ini memiliki kemampuan untuk tumbuh secara erob bila tidak
ada nitrat tetapi biala ada nitrat tumbuh secara anaerob.

Transformasi nitrogen dalam tanah menyebabkan hilangnya nitrogen

molekular. Pengubahan nitrat dan nitrit menjadi nitrogen molekular atau
oksida nitrogen melalui proses mikroba dikenal sebagai denitrifikasi.
Hilangnya nitrogen molekular ke atmosfer, juga dikenal sebagai valatilisasi
nitrogen mengurangi ketersediaan unsur penting ini dalam tanah untuk
pertumbuhan tanaman. Denitrifikasi nitrogen yang terikat menjadi nitrogen
dalam bentuk gas diperantarai oleh banyak spesies bakteri yang secara
normal menggunakn oksigen di udara sebagai akseptor hidrogen (secara
aerob), tetapi juga memiliki kemampuan untuk menggunakan nitrat dan nitrit
sebagai ganti oksigen (secara anaerob). Jadi bakteri-bakteri ini memiliki
kemampuan untuk tumbuh secara aerob bila tidak ada nitrat tetapi bila ada
nitrat tumbuh secara anaerob. Pengubahan nitrat secara anaerob menjadi
nitrogen molekular juga dikenal sebagai respirasi nitrat. Organisme yang
mampu melakukan denitrifikasi itu dipisahkan dengan menggunakan kultur
yang diperkaya dalam media anaerob yang mengandung kalium nitrat secara
berlebihan.

Rao,N.S.Subba. 2007.Mikroorganisme tanah dan pertumbuhan tanaman.

Jakarta.Universitas Indonesia Press.

Mikoriza
 Mikoriza merupakan suatu bentuk assosiasi antara jamur tanah tertentu dengan
akar tumbuhan tinggi. Fenomena ini jamur menginfeksi dan mengkoloni akar tanpa
menimbulkan nekrosis sebagaimana biasa terjadi pada infeksi jamur patogen dan
mendapatkan pasokan nutrisi secara teratur dari tanaman ( Rohyadi, 1987).

Istilah mikoriza yang berarti : “Jamur Akar” pertama kali dikenalkan oleh Frank,
botaniwan jerman pada tahun 1855, untuk menyebutkan sebagai suatu struktur yang
terbentuk sebagai hasil assosiasi jamur tanah tertentu dengan akar tumbuhan tinggi.
Jamur akar ini diketemukan Frank pada pepohonan hutan seperti pinus. (Schenck, 1982).
Secara umum mikoriza dikelompokkan menjadi dua tipe yaitu ektomikoriza dan
endomikoriza. Ektomikoriza dicirikan oleh adanya miselia padat yang menyelimuti akar
dan infasi cendawan secara intersellular pada jaringan korteks akar. Sedangkan
endomikoriza dicirikan oleh adanya jaringan hifa eksternal dalam tanah dan tumbuh
secara intensif dalam sel korteks (Gianinazzi-Pearson, 1986).
Secara morfologi kedua tipe mikoriza tersebut dibedakan menurut jenis tanaman
dan taxa dari cendawan yang membentuk mikoriza tersebut (Gianinazzi-Pear son,1986).
Menurut Fakuara (1988), ektomikoriza dijumpai tanaman hutan dan terutama dari
anggota cendawan Ascomycetes dan basidiomycetes.

Rao,N.S.Subba. 2007.Mikroorganisme tanah dan pertumbuhan tanaman.

Jakarta.Universitas IndonesiaPress
sedangkan endomikoriza dijumpai pada tanaman perdu, rumput-rumputan, tanaman
perkebunan dan buah-buahan, dan terutama dari anggota cendawan Zygomycetes.