Pengusutan kasus kkn mantan presiden soeharto selalu mengalami
hambatan karena keluarga dan kaki tangan dari pak soeharto pasti langsung "bertindak" ketika terendus adanya pengusutan yang dilakukan individu maupun kelompok rahasia dalam rangka melindungi citra soeharto di mata publik. "bertindak" yang dapat berarti: -) Menyembunyikan/ menghilangkan bukti atau literatur yang menyebutkan adanya KKN yang dilakukan mantan presiden soeharto.
-) Memburu, mengancam dan melenyapkan pihak-pihak yang hendak
mengusut KKN mantan presiden soeharto. 2. Politik memiliki perubahan yang sangat signifikan , seperti bertumbuh jamurnya partai politik dalam berbagai ideologinya dan membagi bagi kekuasaan yang ada di kantor wakil rakyat 3. Percepatan infrastruktur Perkembangan sektor ekonomi potensial Perkembangan sektor industri Pengembangan sektor pertanian Pengembangan sektor pariwisata 4. Terjadi perang Saudara (pihak yang terus ingin bergabung dengan Indonesia dengan pihak yang ingin merdeka) yang berkepanjanganLebih dari 200.000 jiwa Timor Timur tewas akibat pergolakanTerjadinya pembantaian masal yang dilakukan pihak Fretilin (pihak anti bergabung dengan Indonesia) Pada tanggal 4 September 1999 SekJen PBB mengumumkan hasil referendum di Timor Timur sebanyak 79% memilih untuk merdeka, dan 21% memilih untuk tetap bergabung dengan Indonesia. 5. alasan gus dur membubarkan departemen sosial dan departemen penerangan adalah agar kabinet lebih ramping, apalagi menurutnya tugas- tugas atau kegiatan yang dilakukan kedua kabinet tersebut dapat dilakukan oleh masyarakat sendiri. 6. Karena pada saat itu KPK tidak berjalan dengan semestinya padahal pada masa Megawati lah KPK itu dibentuk. Jadi timbullah kritik-kritik bahwa dalam pelaksanaan KPK ada yang tidak beres 7. presiden sby melalui pemilu sedangkan presiden sebelum nya di pilih oleh rakyat langsung dan mpr