BIOKIMIA
SEMESTER GANJIL TA. 2021-2022
BAGIAN BIOKIMIA
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER
FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS
MUHAMMADIYAH SUMATERA UTARA
TAHUN 2021
1
Penyusun:
Penyunting:
Prodi Pendidikan Dokter
BAGIAN BIOKIMIA
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER
FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS
MUHAMMADIYAH SUMATERA UTARA
TAHUN 2021
2
KATA PENGANTAR
3
DAFTAR ISI
Halaman
Kata Pengantar .................................................................... 3
Daftar Isi ............................................................................ 4
Visi, Misi, dan Tujuan Prodi Pendidikan Dokter FK
5
UMSU..................................................................................
Tata Tertib Praktikum......................................................... 7
Sistem Penilaian Praktikum................................................ 10
Penuntun Praktikum Semester I Blok Cells, Molecular
11
Biology and Hematology.....................................................
1. Pengenalan Alat Laboratorium Dan Latihan
12
Menggunakan Pipet-Pipet Dan Timbangan.............
2. Pengaruh Kadar Enzim Dan Kadar Substrat
18
Terhadap Aktivitas Enzim.......................................
3. Pengaruh Suhu Terhadap Aktivitas Enzim dan
22
Pengukuran Kadar Amilase Pankreas......................
4. Pemeriksaan Resistensi Osmotik Darah Cara
31
Visual / Hemolisis Darah.........................................
Penuntun Praktikum Semester I Blok Embriology and
38
Genetics................................................................................
1. Isolasi (Ekstraksi) DNA........................................... 39
2. PCR (Polymerase Chai Reaction)........................... 44
Penuntun Praktikum Semester 5 Blok Growth and
51
Development........................................................................
1. PCR (Polymerase Chai Reaction............................. 52
Daftar Pustaka...................................................................... 60
4
Visi, Misi dan Tujuan
Prodi Pendidikan Dokter FK UMSU
Visi
Menjadi pusat unggulan bagi pendidikan kedokteran dalam
pengembangan ilmu pengetahuan dan sumber daya manusia
yang profesional dan berorientasi komunitas berdasarkan nilai-
nilai al-Islam dan kemuhammadiyahan di Indonesia pada tahun
2030.
Misi
1. Menyelenggarakan pendidikan dan pengajaran ilmu
kedokteran yang berbasis kompetensi dan berdasarkan
nilai-nilai Islam dan kemuhammadiyahan.
2. Menyelenggarakan penelitian dan pengembangan ilmu
pengetahuan di bidang ilmu kedokteran berdasarkan
nilai-nilai Islam dan kemuhammadiyahan.
3. Menyelenggarakan pengabdian kepada masyarakat
berkelanjutan di bidang ilmu kedokteran berdasarkan
nilai-nilai Islam dan kemuhammadiyahan.
Tujuan
1. Membentuk mahasiswa yang cerdas, kreatif, inovatif,
beretika dan memiliki kemampuan belajar mandiri dan
belajar sepanjang hayat.
2. Menghasilkan lulusan yang profesional, kompeten,
berdedikasi, berwawasan islami sesuai dengan Standar
Kompetensi Dokter Indonesia (SKDI) dan Standar
Kompetensi dan Karakteristik Dokter Muhammadiyah
(SKKDM).
3. Meningkatkan jumah penelitian berbasis hibah dan
kompetisi.
4. Meningkatkan jumlah publikasi ilmiah di jurnal nasional
dan internasional yang bereputasi.
5. Meningkatkan jumlah pengabdian kepada masyarakat
untuk mewujudkan masyarakat yang sehat dan
berpengetahuan.
6. Mewujudkan tata kelola yang transparan dan akuntabel.
5
7. Meningkatkan kinerja dosen dan pegawai.
8. Meningkatkan kualitas sumber daya manusia.
9. Meningkatkan kuantitas dan kualitas sarana dan
prasarana penunjang kegiatan akademik.
10. Membangun atmosfer akademik.
6
Tata Tertib Praktikum
8
Tata tertib praktikum daring/online
1. Mahasiswa wajib mengunduh bahan ajar/video
praktikum di elearning FK UMSU dan belajar mandiri
untuk persiapan kegiatan praktikum.
2. Mahasiswa wajib hadir minimal 10 menit sebelum
kegiatan dimulai pada zoom meeting atau pada
laboratorium. Mahasiswa yang terlambat lebih dari 10
menit tidak diperkenankan mengikuti kegiatan
praktikum.
3. Pada praktikum online (zoom meeting):
Mahasiswa wajib mengaktifkan kamera (terlihat jelas
seluruh wajah) dan tidak melakukan aktifitas lain
saat kegiatan berlangsung, seperti berkendara, makan
dan lain-lain.
Mahasiswa wajib mengenakan busana yang sopan
dan sesuai dengan peraturan busana kegiatan
praktikum Fakultas Kedokteran UMSU
Mahasiswa wajib mempersiapkan perangkat dan
jaringan internet sebelum mengikuti kegiatan
praktikum. Mahasiswa yang keluar zoom karena
masalah jaringan, maka wajib segera masuk kembali
ke link zoom dan melapor kepada petugas laboran
laboratorium terkait (Kak Putri/082363501993), dan
petugas laboran laboratorium terkait wajib mencatat
di berita acara praktikum di hari yang sama
praktikum berlangsung.
Kehadiran mahasiswa dihitung berdasarkan durasi
mengikuti kegiatan praktikum zoom meeting. Durasi
kehadiran mahasiswa yang kurang dari 75 menit
dianggap tidak hadir.
4. Mahasiswa yang tidak hadir karena alasan yang dapat
dibenarkan sesuai Panduan Akademik dapat mengikuti
kegiatan susulan (inhal) sesuai dengan peraturan yang
berlaku.
5. Mahasiswa yang tidak mengikuti kegiatan praktikum
secara lengkap tidak diperkenankan untuk ujian
praktikum (post test) dan selanjutnya tidak memenuhi
syarat untuk mengikuti ujian blok.
9
SISTEM PENIALAIAN PRAKTIKUM
Komponen Penilaian:
No Kegiatan Persentase
1 Pre test 20%
2 Tugas 20%
3 Post test 50%
4 Attitude 10%
10
Penuntun Praktikum Biokimia
Semester I
Block Cells, Molecular Biology and
Hematology
Bagian Biokimia
Fakultas Kedokteran
Universitas Muhammadiyah Sumatera Utara
2021
11
PRAKTIKUM I
PENGENALAN ALAT LABORATORIUM DAN
LATIHAN MENGGUNAKAN PIPET-PIPET DAN
TIMBANGAN
1. TUJUAN PRAKTIKUM:
Setelah mengikuti praktikum ini, mahasiswa diharapkan
dapat mengetahui dan mengenal alat-alat di ruangan praktikum
biokimia serta mampu menggunakan alat-alat dasar praktikum
dengan baik dan benar.
2. LANDASAN TEORI
Praktikum biokimia menggunakan alat-alat laboratorium
yang sebagian besar belum pernah dikenal oleh mahasiswa.
Sehingga perlu diperkenalkan kepada mahasiswa alat-alat yang
akan dipraktekkan secara langsung pada praktikum biokimia
selama menempuh program pendidikan dokter.
Alat yang selalu digunakan pada praktikum biokimia
adalah pipet yaitu terutama pipet mohr dan pipet otomatik.
Selain itu bahan yang digunakan juga selalu ditimbang dengan
timbangan digital. Oleh sebab itu pada praktikum ini mahasiswa
akan dilatih untuk menggunakan berbagai jenis pipet dan
timbangan sehingga pada praktikum selanjutnya hasil yang
diperoleh sesuai dengan yang diharapkan.
3. PROSEDUR KERJA
13
2. Pengunaan pipet: mahasiswa akan menggunakan
timbangan digital untuk mengukur berat aquadest, yaitu
1 ml aquadest yang diukur dengan pipet tetes, pipet
mohr, spuid dan pipet otomatik (densitas H2O = 1 g/ml)
a. Sediakan beaker glass yang sedang dan isilah
dengan aquades
b. Sediakan kaca arloji dan letakkan di atas
platform timbangan digital
c. Nulkan alat timbangan
d. Pakailah satu macam pipet dan ambil 1 ml
aquades dari beaker
e. Keluarkan aquades dari pipet pada kaca arloji
dan bacalah beratnya pada display digital
f. Masukkan hasilnya pada tabel
g. Nulkan alat timbangan dan ulang 4 kali lagi
langkah d-f dengan pipet yang sama (supaya
mendapat 5 hasil untuk pipet yang digunakan)
h. Ulangi langkah c-f dengan tiga macam pipet
yang lain (buang terlebih dahulu aquadest di kaca
arloji jika sudah terlalu penuh)
I. Alat Laboratorium
4. TUGAS
Membuat grafik penggunaan pipet
Buatlah gambar grafik hasil pipet2
Buat laporan praktikum, satu per kelompok. Jelaskan tujuannya
dengan kata-kata Anda sendiri. Kalau ada perubahan dari yang
ditulis di buku penuntun praktikum ini, catatlah dalam laporan.
Tulis beberapa kesimpulan yang bisa kita dapat dari grafik yang
Anda buat (harus lebih dari 3 kesimpulan dan harus didukung
dengan jelas dari data2 yang dilihat dalam grafik Anda)
15
Jelaskan grafik-grafik yang anda buat pada praktikum ini.
Gunakanlah data pada praktikum ini untuk menjawab
pertanyaan-pertanyaan yang berikutnya.
1. Apakah ada perbedaan hasil pipet antara anggota kelompok?
Berikan 2-3 penjelasan atas perbedaan tersebut.
2. Berikanlah saran atas praktikum ini dan usulan supaya untuk
praktikum selanjutnya lebih baik lagi.
B. Laporan Logbook
Buatlah Logbook untuk setiap pertemuan praktikum dengan
cara diketik kemudian di upload pada e-learning FK UMSU
dalam bentuk pdf (maksimal 2 mb) dan filenya harus dapat
dibuka saat diperiksa. Selain itulogbook juga di posting pada
blogspot bagian biokimia FK UMSU (alamat blogspot:
16
http://departemenbiokimiaumsu.blogspot.com/) dalam bentuk
link google drive yang wajib open acsess.
Laporan paling lama dikumpul 3 hari terhitung dari hari
pelaksanaan praktikum untuk masing-masing grup.
Format laporan:
1. Cover
2. Nama
3. NPM
4. Kelompok
5. Judul
6. Tujuan
7. Landasan Teori (Bukan dari panduan Praktikum)
8. Alat dan Bahan
9. Cara Kerja
10. Hasil
11. Kesimpulan
12. Daftar Pustaka
13. Laporan Sementara
14. Dokumentasi
17
Praktikum II
PENGARUH KADAR ENZIM DAN KADAR SUBSTRAT
TERHADAP AKTIVITAS ENZIM
1. TUJUAN PRAKTIKUM:
Setelah mengikuti praktikum ini, mahasiswa diharapkan
dapat mengetahui dan membuktikan bahwa kadar enzim
mempengaruhi aktivitas kerja enzim dan membuktikan bahwa
kadar substrat juga mempengaruhi aktivitas kerja enzim
2. LANDASAN TEORI
Enzim adalah protein yang merupakan konfigurasi tiga
dimensi dan bertindak sebagai katalisator yaitu mempercepat
reaksi biokimia tertentu. Seperti molekul protein yang lain,
fungsi enzim sangat dipengaruhi oleh berbagai faktor fisiko dan
kimia seperti suhu, pH, oksidasi dan radiasi. Kerja enzim
dipengaruhi oleh beberapa faktor, antara lain dipengaruhi oleh
konsentrasi enzim itu sendiri maupun konsentrasi substratnya.
3. PROSEDUR KERJA
3.1 Bahan dan Alat:
1. Liur 2 ml
2. Larutan pati 10%, 5%, 1%, 0,5%, 0,1%
3. Larutan iodium
4. Air Suling
5. Pipet Tetes
6. Pipet Mohr
7. Pipet Otomatik
8. Tabung Reaksi
9. Beaker Glass
10. Waterbath
11. Mixer
18
3.2 Cara kerja:
1. Pengaruh Kadar Enzim Terhadap Aktivitas Enzim
1) Encerkan liur 3x, 10x, 30x, 100x, dan 300x dengan NaCl
0.5 %
Contoh : liur 10x sebanyak 3 ml = 0,3 ml liur + 2,7 ml
NaCl 0,5%
2) Siapkan 5 pasang tabung reaksi yang bersih dan kering.
Tiap pasangan tabung diberi tanda B untuk blanko dan U
untuk uji
3) Tiap pasangan tabung diberi tanda B untuk blanko dan U
untuk uji.
4) Pipetkan ke dalam masing-masing tabung:
Larutan Tabung B Tabung U
Larutan pati 1% 1 mL 1mL
Keram pasangan tabung pada suhu 37 0C paling sedikit 5 menit
Liur (diencerkan 3x, 10x, 30x, 100x, - 200
300x)
Campurkan baik-baik, catat waktu, keram kembali tepat 1menit
Larutan iodium (catat waktu ) 3 tetes 3 tetes
Air suling 8mL 8mL
Campurkan baik-baik dan analisis hasil
B. Laporan Logbook
Buatlah Logbook untuk setiap pertemuan praktikum dengan
cara diketik kemudian di upload pada e-learning FK UMSU
dalam bentuk pdf (maksimal 2 mb) dan filenya harus dapat
dibuka saat diperiksa. Selain itulogbook juga di posting pada
blogspot bagian biokimia FK UMSU (alamat blogspot:
http://departemenbiokimiaumsu.blogspot.com/) dalam bentuk
link google drive yang wajib open acsess.
Laporan paling lama dikumpul 3 hari terhitung dari hari
pelaksanaan praktikum untuk masing-masing grup.
Format laporan:
1. Cover
2. Nama
20
3. NPM
4. Kelompok
5. Judul
6. Tujuan
7. Landasan Teori (Bukan dari panduan Praktikum)
8. Alat dan Bahan
9. Cara Kerja
10. Hasil
11. Kesimpulan
12. Daftar Pustaka
13. Laporan Sementara
14. Dokumentasi
21
Praktikum III
PENGARUH SUHU TERHADAP AKTIVITAS ENZIM
1. TUJUAN PRAKTIKUM:
Setelah mengikuti praktikum ini, mahasiswa diharapkan
dapat mengetahui dan membuktikan bahwa suhu mempengaruhi
aktivitas kerja enzim.
2. LANDASAN TEORI
Enzim adalah protein yang merupakan konfigurasi tiga
dimensi dan bertindak sebagai katalisator yaitu mempercepat
reaksi biokimia tertentu. Seperti molekul protein yang lain,
fungsi enzim sangat dipengaruhi oleh berbagai faktor fisiko dan
kimia seperti suhu, Ph, oksidasi dan radiasi. Selain itu kerja
enzim dipengaruhi oleh suhu dan pH.
3. PROSEDUR KERJA
3.1 Bahan dan Alat:
1. Liur 2 ml
2. Larutan pati 1%
3. Larutan iodium
4. Air Suling
5. Pipet Tetes
6. Pipet Mohr
7. Pipet Otomatik
8. Tabung Reaksi
9. Beaker Glass
10. Waterbath
11. Mixer
1. TUJUAN PRAKTIKUM
Setelah mengikuti praktikum ini, mahasiswa diharapkan
dapat mengenal alat spektrofotometri, mengetahui prinsip kerja
alat serta dapat mengukur kadar enzim dengan menggunakan
alat spektrofotometri.
2. LANDASAN TEORI
Spektrofotometer sesuai dengan namanya adalah alat
yang terdiri dari spectrometer dan fotometer. Spektrometer
menghasilkan sinar dari spektrum dengan panjang gelombang
tertentu dan fotometer adalah alat pengukur intensitas cahaya
yang di transmisikan atau yang di absorpsi.
Spektrofotometer bekerja berdasarkan penyerapan
sinar yang dihasilkan oleh sampel yang bewarna pada panjang
gelombang tertentu. Spektrofotometer dapat mengidentifikasi
sampel bila sampel itu bewarna, namum sulit diidentifikasi pada
sampel yang tidak menghasilkan perubahan warna atau kadar
sampel sangat kecil sekali.
23
Komponen dari suatu spektrofotometer berkas tunggal:
1. Sumber cahaya.
2. Monokromator, yaitu suatu piranti untuk mengecilkan
pita sempit panjang gelombang dari spektrum lebar yang
dipanaskan oleh sumber cahaya.
3. Kuvet atau wadah larutan yang akan diuji.
4. Detector, alat yang mengubah energi cahaya menjadi
suatu isyarat listrik.
5. Amplifier (penggandaan) dan rangkaian yang berkaitan
membuat isyarat listrik itu memadai untuk dibaca.
6. Piranti pembaca yang memprogramkan besarnya isyarat
listrik, yang menyatakan dalam persen (%) maupun
adsorbansi (A).
Prinsip Kerja
Sinar polikromatis yang berasal dari sumber sinar
akan disejajarkan oleh lensa colimator kemudian masuk melalui
celah masuk menuju prisma atau kisi difraksi. Sinar
monokromatis yang sesuai dengan panjang gelombang akan
keluar melalui celah keluar, sinar yang tidak sesuai akan ditahan
oleh sekat pada celah keluar. Sinar akan diteruskan ke PI dan
melalui kuvet terus ke detektor yang akan mengubah sinar
menjadi energi listrik dan diperkuat oleh Amplifier dan dibaca
sebagai %T oleh Indikator.
24
Penerapan spektrofotometrik
Hukum Beer: Absorbans, log (Po/P), radiasi
monokromatik berbanding lurus dengan konsentrasi sutu spesies
penyerap dalam larutan. Sehingga besar kecilnya intensitas sinar
yang diserap larutan sangat bergantung pada konsentrasi larutan
yang dilewati sinar.
Hukum Bouguer (Lambert): Bayangkan suatu medium
penyerap yang homogen dalam lapisan-lapisan yang sama tebal.
Tiap lapisan menyerap radiasi monokromatik yang memasuki
lapisan itu dalam fraksi yang sama seperti lapisan-lapisan lain.
Dengan semuanya yang lain sama, maka absorbans itu
berbanding lurus dengan panjang jalan yang melewati medium.
Sehingga besar kecilnya intensitas sinar yang diserap sangat
bergantung pada panjang gelombang yang yang dilewati sinar.
25
3. PROSEDUR KERJA
PEMERIKSAAN KADAR ENZIM ALPHA AMYLASE:
26
27
28
4. TUGAS
Laporan Kerja Praktikum
Laporan praktikum terdiri dari 2, yaitu:
A. Laporan Sementara
Laporan ini tersusun atas:
1. Nama
2. NPM
3. Kelompok
4. Tanggal Praktikum
5. Judul
6. Tujuan
7. Alat dan Bahan
8. Cara Kerja (menggunakan bahasa pasif)
9. Hasil
10. Kesimpulan
B. Laporan Logbook
Buatlah Logbook untuk setiap pertemuan praktikum dengan
cara diketik kemudian di upload pada e-learning FK UMSU
dalam bentuk pdf (maksimal 2 mb) dan filenya harus dapat
dibuka saat diperiksa. Selain itulogbook juga di posting pada
blogspot bagian biokimia FK UMSU (alamat blogspot:
http://departemenbiokimiaumsu.blogspot.com/) dalam bentuk
link google drive yang wajib open acsess.
Laporan paling lama dikumpul 3 hari terhitung dari hari
pelaksanaan praktikum untuk masing-masing grup.
29
Format laporan:
1. Cover
2. Nama
3. NPM
4. Kelompok
5. Judul
6. Tujuan
7. Landasan Teori (Bukan dari panduan Praktikum)
8. Alat dan Bahan
9. Cara Kerja
10. Hasil
11. Kesimpulan
12. Daftar Pustaka
13. Laporan Sementara
14. Dokumentasi
30
Praktikum IV
PEMERIKSAAN RESISTENSI OSMOTIK DARAH CARA
VISUAL
(HEMOLISIS DARAH)
1. TUJUAN PRAKTIKUM
Setelah mengikuti praktikum ini, mahasiswa diharapkan
dapat mengetahui pemeriksaan resistensi osmotik darah
secara visual dan dapat mengetahui perbedaan osmotik yang
mulai lisis dengan yang lisis sempurna.
2. LANDASAN TEORI
Hemolisa adalah peristiwa keluarnya hemoglobin dari
dalam sel darah merah menuju ke cairan di sekelilingnya.
Keluarnya hemoglobin ini disebabkan karena pecahnya
membrane sel darah merah. Membranesel darah merah mudah
dilalui atau ditembus oleh ion-ion H+, OH-, NH4+, PO4,
HCO3-, Cl-, dan juga oleh substansi-substansi yang lain seperti
glukosa, asam amino, urea, dan asam urat. Sebaliknya
membrane sel darah merah tidak dapat ditembus oleh Na+, K+,
Ca++, Mg++, fosfat organic dan juga substansi lain seperti
hemoglobin dan protein plasma. Secara umum, membran yang
dapat dilaui atau ditembus oleh suatu substansi dikatakan bahwa
membran ini permeabel terhadap substansi tersebut. Membran
yang betul-betul semi permeabel adalah membran yang hanya
dapat ditembus oleh molekul air saja, tetapi tidak dapat
ditembus oleh substansi lain. Tidak ada membran pada
organisme yang bersifat betul-betul semi permeabel, yang ada
adalah membran yang bersifat permeabel selektif, yaitu
membrane yang dapat ditembus oleh molekul air dan substansi-
substansi lain, tetapi tidak dapat ditembus oleh substansi yang
lain lagi.Jadi membran sel darah merah termasuk yang
permeabel selektif.
31
Ada 2 macam hemolisa yaitu:
1. Hemolisa Osmotik
Hemolisa osmotik terjadi karena adanya perbedaan yang
besar antara tekanan osmosa cairan di dalam sel darah merah
dengan cairan di sekelilingnya sel darah merah. Dalam hal mini
tekanan osmosa isi sel jauh lebih besar daripada tekanan osmosa
di luar sel. Tekanan osmosa isi sel darah merah adalah sama
dengan tekanan osmosa larutan NaCl 0.9%. bila sel darah merah
dimasukkan ke dalam larutan 0,8 % belum terlihat adanya
hemolisa tetapi sel darah merah yang dimasukkan ke dalam
larutan NaCl 0,4 % hanya sebagian saja dari sel darah merah
yang mengalami hemolisa sedangkan sebagian sel darah merah
yangt lainnya masih utuh. Perbedaan ini disebabkan karena
umur sel darah merah berbeda-beda.Sel darah merah yang sudah
tua, membrane sel mudah pecah sedangkan sel darah merah
yang muda, membran selnya kuat. Bila sel darah merah
dimasukkan ke dalam larutan NaCl 0,3%, semua sel darah
merah akan mengalami hemolisa. Hal ini disebut hemolisa
sempurna. Larutan yang mempunyai tekanan osmosa lebih kecil
daripada tekanan osmosa isi sel darah merah disebut larutan
hipotonis, sedangkan larutan yang mempunyai tekanan osmosa
lebih besarisi sel darah merah disebut larutan hipertonis. Suatu
larutan yang mempunyai tekanan osmosa yang sama besar
dengan tekanan osmosa isi sel disebuit larutan isotonis.
2. Hemolisa Kimiawi
Pada hemolisa kimiawi, membran sel darah merah
dirusak oleh macam-macam substansi kimia. Seperti telah
disinggung sebelumnya bahwa dinding selm darah merah
terutama terdiri dari lipid dan protein membentuk suatu lapisan
yang disebut lipoprotein.J adi setiap substansi kimia yang dapat
melarutkan lemak (pelarut lemak) dapat merusak atau
melarutkan membran sel darah merah.Kita mengenal
bermacam-macam pelarut lemak yaitu kloroform, aseton,
alcohol, benzene dan eter.Substansi lain yang dapat merusak
membran sel darah merah diantaranya adalah bisa ular, bisa
kalajengking, garam empedu, saponin, nitrobenzene, pirogalol,
asam karbon, resi, dan senyawa arsen.
32
Sel darah merah yang ditempatkan dalam larutan garam
yang isotonis tidak akan mengalami kerusakan dan tetap
utuh.Tetapi bila sel darah merah ditempatkan dalam air
distilata,sel darah merah akan mengalami hemolisa,karena
tekanan osomose isi sel darah merah jauh lebih besar daripada
tekanan osomose di luar sel sehingga mengakibatkan banyak air
masuk ke dalam sel darah merah(osmosis).Selanjutnya air yang
banyak masuk ke dalam sel darah merah itu akan menekan
membran sel darah sehingga membran pecah.
METODE
Daya Tahan Osmotik Cara Visual
3. PROSEDUR KERJA
Sel darah merah akan mengalami lisis bila ditempatkan
pada larutan (osmotic fragility of the erythrocytes) bertalian
dengan bentuk sel darah merah. Pemeriksaan ini bermakna pada
bermacam-macam kelainan seperti pada anemia hemolitik, Hb
abnormal dll.
Bahan
Larutan NaCl 0,5 %
Larutan NaCl 0,9 %
Reagen EDTA
3 cc darah vena
Aquades
33
3.2 CARA KERJA
1. Susunlah sebanyak 14 tabung reaksi pada rak dan dibagi
menjadi 12 tabung uji, dan 1 tabung control positif dan 1
tabung control negatif.
2. Masing-masing tabung tersebut diberi nomor dari kiri
kekanan dengan urutan sebagai
berikut:25,24,23,22,21,20,19,18,17,16,15,14.
3. Kemudian diteteskan NaCl 0,5% dengan pipet kapiler
yang banyaknya disesuaikan dengan nomor tabung.
4. Diteteskan pula aquades pada tiap tabung, sampai
volumenya berjumlah 25 tetes tiap tabung. Contoh 24
tetes NaCl 0,5% + tetes aquades,23 tetes NaCl 0,5% + 2
tetes aquades.
5. Konsentrasi NaCl pada masing-masing larutan menjadi
sebagai berikut:
0,5%;0,48%;0,46%;0,44%;0,42%;0,40%;0,38%;0,36%;0
,34%;0,32%;0,30%;0,28%.
6. Pada tabung kontrol negatif diteteskan NaCl 0,9%
sebanyak 25 tetes.
7. Pada tabung kontrol positif diteteskan aquadest sebnayak
25 tetes.
8. Diambil 3cc darah vena dan diberi 2 tetes EDTA lalu
pada masing-masing tabung ditetesi 1 tetes darah,
dicampur serta didiamkan 2 jam, pada temperatur kamar.
9. Baca hasil tabung uji dimana terjadi permulaan
hemolisis dan tabung dimana terjadi hemolisis yang
sempurna (complete hemolisis)
10. Hasil dibandingkan dengan tabung kontrol.
34
No. Konsentrasi
NaCl 0,5% Aquadest Darah
Tabung
25 25 tetes 0 tetes 0,50%
3.4 HASIL
Nilai Normal:
Mulai lisis pada NaCl 0,44% (0,42% ± 0,02 % NaCl)
Hemolisis sempurna pada NaCl 0,34% (0,34% ± 0,02% NaCl).
35
4. TUGAS
Laporan Kerja Praktikum
Laporan praktikum terdiri dari 2, yaitu:
A. Laporan Sementara
Laporan ini tersusun atas:
1. Nama
2. NPM
3. Kelompok
4. Tanggal Praktikum
5. Judul
6. Tujuan
7. Alat dan Bahan
8. Cara Kerja (menggunakan bahasa pasif)
9. Hasil
10. Kesimpulan
B. Laporan Logbook
Buatlah Logbook untuk setiap pertemuan praktikum dengan
cara diketik kemudian di upload pada e-learning FK UMSU
dalam bentuk pdf (maksimal 2 mb) dan filenya harus dapat
dibuka saat diperiksa. Selain itulogbook juga di posting pada
blogspot bagian biokimia FK UMSU (alamat blogspot:
http://departemenbiokimiaumsu.blogspot.com/) dalam bentuk
link google drive yang wajib open acsess.
Laporan paling lama dikumpul 3 hari terhitung dari hari
pelaksanaan praktikum untuk masing-masing grup.
36
Format laporan:
1. Cover
2. Nama
3. NPM
4. Kelompok
5. Judul
6. Tujuan
7. Landasan Teori (Bukan dari panduan Praktikum)
8. Alat dan Bahan
9. Cara Kerja
10. Hasil
11. Kesimpulan
12. Daftar Pustaka
13. Laporan Sementara
14. Dokumentasi
37
Penuntun Praktikum Biokimia
Semester I
Blok Embriology and Genetics
Bagian Biokimia
Fakultas Kedokteran Universitas
Muhammadiyah Sumatera Utara
2021
38
PRAKTIKUM I
ISOLASI (EKSTRAKSI) DNA
1. TUJUAN PRAKTIKUM
Setelah mengikuti praktikum ini, mahasiswa
diharapkan dapat membuktikan keberadaan DNA yang
berasal dari sel darah manusia dan dapat melakukan tekhnik
isolasi DNA secara mandiri.
2. LANDASAN TEORI
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi
genetik dan berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis
seluruh bentuk kehidupan.DNA terdapat di nukleus,
mitokondria, dan kloroplas. Satu sel memiliki DNA yang
merupakan materi genetik dan akan diturunkan pada
keturunannya. DNA dapat diisolasi, baik pada manusia maupun
tumbuhan.Isolasi DNA merupakan langkah tepat untuk
mempelajari DNA.Molekul DNA dalam suatu sel dapat
diekstraksi atau diisolasi untuk berbagai macam keperluan
seperti amplifikasi dan analisis DNA melalui elektroforesis.
Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan
DNA dari bahan lain seperti protein, lemak, dan karbohidrat.
Prisnsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran
(lisis), ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti
selulosa dan protein, serta pemurnian DNA. Ada beberapa hal
yang perlu diperhatikan dalam proses isolasi DNA antara lain
harus menghasilkan DNA tanpa adanya kontaminan seperti
protein dan RNA; metodenya harus efektif dan bisa dilakukan
untuk semua spesies metode yang dilakukan tidak boleh
mengubah struktur dan fungsi molekul DNA; dan metodenya
harus sederhana dan cepat.
3. PROSEDUR KERJA
3.1 Alat dan Bahan:
1. Tabung microcentrifuge 1,5 ml steril
2. Zat anti coagulant (EDTA, heparin atau Citrate)
3. 1-2 ml darah (whole blood)
4. Micropipette
39
5. 900 µl “Cell Lysis Solution”.
6. sentrifuge 13.500 rpm (13.000 – 16.000 x g)
7. vortex
8. Pipet otomatis
9. 300 l “Nuclei Lysis Solution”
10. Inkubator 100 µl “Protein Precipitation Solution”
11. larutan RNA-ase 1,5 ml
12. 300 µl isopropanol
13. ethanol
14. kertas absorbent
15. 100 ml “DNA Rehydration Solution”
4. TUGAS
Laporan Kerja Praktikum
Laporan praktikum terdiri dari 2, yaitu:
A. Laporan Sementara
Laporan ini tersusun atas:
1. Nama
2. NPM
3. Kelompok
4. Tanggal Praktikum
5. Judul
6. Tujuan
7. Alat dan Bahan
8. Cara Kerja (menggunakan bahasa pasif)
9. Hasil
10. Kesimpulan
Pada saat praktikum Offline, draft laporan ini telah ditulis
terlebih dahulu pada selembar kertas dan dikerjakan dirumah (1-
8) kecuali hasil dan kesimpulan yang akan diisi setelah
pelaksanaan praktikum. Laporan ini dikumpulkan setiap akhir
praktikum.
B. Laporan Logbook
Buatlah Logbook untuk setiap pertemuan praktikum dengan
cara diketik kemudian di upload pada e-learning FK UMSU
42
dalam bentuk pdf (maksimal 2 mb) dan filenya harus dapat
dibuka saat diperiksa. Selain itulogbook juga di posting pada
blogspot bagian biokimia FK UMSU (alamat blogspot:
http://departemenbiokimiaumsu.blogspot.com/) dalam bentuk
link google drive yang wajib open acsess.
Laporan paling lama dikumpul 3 hari terhitung dari hari
pelaksanaan praktikum untuk masing2 grup.
Format laporan:
1. Cover
2. Nama
3. NPM
4. Kelompok
5. Judul
6. Tujuan
7. Landasan Teori (Bukan dari panduan Praktikum)
8. Alat dan Bahan
9. Cara Kerja
10. Hasil
11. Kesimpulan
12. Daftar Pustaka
13. Laporan Sementara
14. Dokumentasi
43
PRAKTIKUM II
PCR (Polymerase Chai Reaction)
1. TUJUAN PRAKTIKUM:
Setelah mengikuti praktikum ini, mahasiswa diharapkan
mengenal dan mampu mengidentifikasi serta melakukan
pemeriksaan DNA manusia dengan menggunakan alat PCR.
2. LANDASAN TEORI
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro
yang dapatmengampiifikasi bagian DNA spesifik yang terletak
di antara dua bagian DNAyang telah diketahui.PCR merupakan
teknik biokimia dan biologi molekuleruntuk isolasi dan
amplifikasi secara eksponensial fragmen atau urutan
sasaranDNA melalui replikasi enzimatik, atau tanpa
menggunakan mahluk hidup (sepertiE.coli atau ragi).Karena
PCR merupakan teknik in vitro, teknik ini dapatdigunakan tanpa
memotong DNA dan dapat dimodifikasi secara ekstensif
untukmengikuti aturan luas manipulasi genetik.
PCR ditemukan oleh Kary Muilis tahun 1983.PCR
menjadi teknik umumyang digunakan dalam laboratorium
penelitian medis dan biologi untuk berbagaikeperluan, seperti
pengurutan gen-gen dan diagnosis penyakit turunan,
identifikasisidik-jari genetik (digunakan dalam pengujian
forensik dan paternitas), deteksi dan diagnosis penyakit infeksi
dan pembentukan organisme transgenik.PCR jugadigunakan
dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi,
ekologi, biologi perkembangan, dan genetika.
PCR digunakan untuk mengamplifikasi gen tunggal,
bagian gen, atauurutan non-kode DNA. PCR akan membuat
sekitar 40 milyar salinan dan DNAcetakan. Kebanyakan metode
PCR dapat mengamplifikasi fragmen DNA sampai10 kilo
pasang basa (kb), meskipun beberapa teknik dapat
mengamplifikasi fragmen berukuran sampai 40 kb.PCR
biasanya terdiri atas 20 sampai 35 siklus.
44
Kebanyakan PCR dilakukan dalam tiga tahap, yang
didahului satu suhu tetap untuk awal dan diikuti satu suhu lagi
untuk akhir.
45
DNA polimerase dan panjang bagian DNA akan diamplifik
asi.
Tahap elongasi akhir selama 5-15 menit
(tergantung panjang cetakan DNA) setelah siklus
terakhir digunakan untuk menjamin DNA rantai tunggal
sisa diperpanjang seluruhnya. Akhirnya jaga suhu 4-15°C
selama waktu terbatas untuk penyimpanan singkat selama
reaksi misalnya jika reaksi dikerjakan semalam
46
3. PROSEDUR KERJA
3.1 Alat dan bahan yang digunakan
1. Gotaq green master mix ( Buffer, dntps, mgCl2, Taq
Polymerase)
2. Primer
3. Nucleus Free water
4. DNA
5. Thermal Cycler
Cara kerja :
Untuk Volume 1 reaksi adalah 25 µl, yang terdiri dari:
1 reaksi PCR MIX
Komponen (µl) 10 reaksi 20 reaksi
(x10) (x20)
Go Taq Green 12,5 125 250
Master Mix
Primer upstream 0.5 5 10
Primer downstream 0.5 5 10
Nucleus Free water 9.5 95 190
Volume total PCR 23 230 460
Mix
DNA template 2 Diambil terlebih dahulu
Total Volume pada 25 sebanyak 23 µl dari Larutan
1 tabung reaksi PCR mix. Kemudian masing-
masing reaksi ditambahkan
dengan DNA template
sebanyak 2µl sehingga volume
akhir 1 reaksi tetap 25 µl.
47
31 CYCLES STEPS: 980C 15 SECONDS, 580C 1 MINUTE, 750C 30
SECONDS
POST RUN 750C 5 MINUTES
POST HOLD 40C
4. TUGAS
Laporan Kerja Praktikum
Laporan praktikum terdiri dari 2, yaitu:
A. Laporan Sementara
Laporan ini tersusun atas:
1. Nama
2. NPM
3. Kelompok
4. Tanggal Praktikum
5. Judul
49
6. Tujuan
7. Alat dan Bahan
8. Cara Kerja (menggunakan bahasa pasif)
9. Hasil
10. Kesimpulan
Pada saat praktikum Offline, draft laporan ini telah ditulis
terlebih dahulu pada selembar kertas dan dikerjakan dirumah (1-
8) kecuali hasil dan kesimpulan yang akan diisi setelah
pelaksanaan praktikum. Laporan ini dikumpulkan setiap akhir
praktikum.
B. Laporan Logbook
Buatlah Logbook untuk setiap pertemuan praktikum dengan
cara diketik kemudian di upload pada e-learning FK UMSU
dalam bentuk pdf (maksimal 2 mb) dan filenya harus dapat
dibuka saat diperiksa. Selain itulogbook juga di posting pada
blogspot bagian biokimia FK UMSU (alamat blogspot:
http://departemenbiokimiaumsu.blogspot.com/) dalam bentuk
link google drive yang wajib open acsess.
Laporan paling lama dikumpul 3 hari terhitung dari hari
pelaksanaan praktikum untuk masing2 grup.
Format laporan:
1. Cover
2. Nama
3. NPM
4. Kelompok
5. Judul
6. Tujuan
7. Landasan Teori (Bukan dari panduan Praktikum)
8. Alat dan Bahan
9. Cara Kerja
10. Hasil
11. Kesimpulan
12. Daftar Pustaka
13. Laporan Sementara
14. Dokumentasi
50
Penuntun Praktikum Biokimia
Semester V
Blok Growth and Development
Bagian Biokimia
Fakultas Kedokteran Universitas
Muhammadiyah Sumatera Utara
2021
51
PRAKTIKUM
PCR (Polymerase Chai Reaction)
1. TUJUAN PRAKTIKUM
Setelah mengikuti praktikum ini, mahasiswa diharapkan
mengenal dan mampu mengidentifikasi serta melakukan
pemeriksaan DNA manusia dengan menggunakan alat PCR.
2. LANDASAN TEORI
Reaksi berantai polimerase (PCR) adalah teknik in vitro
yang dapatmengampiifikasi bagian DNA spesifik yang terletak
di antara dua bagian DNAyang telah diketahui.PCR merupakan
teknik biokimia dan biologi molekuleruntuk isolasi dan
amplifikasi secara eksponensial fragmen atau urutan
sasaranDNA melalui replikasi enzimatik, atau tanpa
menggunakan mahluk hidup (sepertiE.coli atau ragi).Karena
PCR merupakan teknik in vitro, teknik ini dapatdigunakan tanpa
memotong DNA dan dapat dimodifikasi secara ekstensif
untukmengikuti aturan luas manipulasi genetik.
PCR ditemukan oleh Kary Muilis tahun 1983.PCR
menjadi teknik umumyang digunakan dalam laboratorium
penelitian medis dan biologi untuk berbagaikeperluan, seperti
pengurutan gen-gen dan diagnosis penyakit turunan,
identifikasisidik-jari genetik (digunakan dalam pengujian
forensik dan paternitas), deteksi dan diagnosis penyakit infeksi
dan pembentukan organisme transgenik.PCR jugadigunakan
dalam biosistematika, biologi populasi, biologi konservasi,
ekologi, biologi perkembangan, dan genetika.
PCR digunakan untuk mengamplifikasi gen tunggal,
bagian gen, atauurutan non-kode DNA. PCR akan membuat
sekitar 40 milyar salinan dan DNAcetakan. Kebanyakan metode
PCR dapat mengamplifikasi fragmen DNA sampai10 kilo
pasang basa (kb), meskipun beberapa teknik dapat
mengamplifikasi fragmen berukuran sampai 40 kb.PCR
biasanya terdiri atas 20 sampai 35 siklus.
52
Kebanyakan PCR dilakukan dalam tiga tahap, yang
didahului satu suhu tetap untuk awal dan diikuti satu suhu lagi
untuk akhir.
54
3. PROSEDUR KERJA
3.1 Alat dan bahan yang digunakan
1. Gotaq green master mix ( Buffer, dntps, mgCl2, Taq
Polymerase)
2. Primer
3. Nucleus Free water
4. DNA
5. Thermal Cycler
Cara kerja :
Untuk Volume 1 reaksi adalah 25 µl, yang terdiri dari:
1 reaksi PCR MIX
Komponen (µl) 10 reaksi 20 reaksi
(x10) (x20)
Go Taq Green 12,5 125 250
Master Mix
Primer upstream 0.5 5 10
Primer downstream 0.5 5 10
Nucleus Free water 9.5 95 190
Volume total PCR 23 230 460
Mix
DNA template 2 Diambil terlebih dahulu
Total Volume pada 25 sebanyak 23 µl dari Larutan
1 tabung reaksi PCR mix. Kemudian masing-
masing reaksi ditambahkan
dengan DNA template
sebanyak 2µl sehingga volume
akhir 1 reaksi tetap 25 µl.
55
31 CYCLES STEPS: 980C 15 SECONDS, 580C 1 MINUTE, 750C 30
SECONDS
POST RUN 750C 5 MINUTES
POST HOLD 40C
57
4. TUGAS
Laporan Kerja Praktikum
Laporan praktikum terdiri dari 2, yaitu:
A. Laporan Sementara
Laporan ini tersusun atas:
1. Nama
2. NPM
3. Kelompok
4. Tanggal Praktikum
5. Judul
6. Tujuan
7. Alat dan Bahan
8. Cara Kerja (menggunakan bahasa pasif)
9. Hasil
10. Kesimpulan
B. Laporan Logbook
Buatlah Logbook untuk setiap pertemuan praktikum dengan
cara diketik kemudian di upload pada e-learning FK UMSU
dalam bentuk pdf (maksimal 2 mb) dan filenya harus dapat
dibuka saat diperiksa. Selain itulogbook juga di posting pada
blogspot bagian biokimia FK UMSU (alamat blogspot:
http://departemenbiokimiaumsu.blogspot.com/) dalam bentuk
link google drive yang wajib open acsess. Laporan paling lama
dikumpul 3 hari terhitung dari hari pelaksanaan praktikum untuk
masing-masing grup.
58
Format laporan:
1. Cover
2. Nama
3. NPM
4. Kelompok
5. Judul
6. Tujuan
7. Landasan Teori (Bukan dari panduan Praktikum)
8. Alat dan Bahan
9. Cara Kerja
10. Hasil
11. Kesimpulan
12. Daftar Pustaka
13. Laporan Sementara
14. Dokumentasi
59
DAFTAR PUSTAKA
1. Poedjiadi, A. (1994): Dasar-Dasar Biokimia, UI Press,
Jakarta.
2. Bagian Biokimia FKUI (1983), Penuntun Praktikum
Biokimia
3. Devlin, T.M. 1992. Textbook of Biochemistry with
clinical correlation 3rd. Ed. 3. New York: Wiley Liss
Publication
4. Muray, RK Granner, DK, Mayes PA, and Rodwell, VW.
1996. Harper’s Biochemistry 24th edition. Appleton &
Lange, Stamford, UK.
5. Stryer, L. (1995) Biochemistry (4th ed). W.H.Freeman
and Co., New York
6. D.L. Nelson and M.M.Cox. 2004 Lehninger: Principle of
Biochemistry 4th ed. Palgrave Macmillan. USA
60