Terdapat kelebihan dan kekurangan karbon organik yaitu memiliki
kelebihan sebagai sumber zat hara yang berguna untuk menyuburkan tanah dan lahan produktif. Tanah akan melindungi bahan organik secara fisik dari proses oksidasi sedangkan tanah butuh BO untuk kesuburan fisik, kimia dan biologi. Bahan organik yang berada perairan menyebabkan peningkatan unsur yang dibutuhkan oleh ekosistem di air berupa peningkatan kesuburan perairan yang berarti peningkatan potensi perairan yang akan mengganggu keseimbangan ekosistem di air. Faktor yang mempengaruhi kabon organik pada sedimen yaitu tanaman, bakteri dan zooplankton dan ikan. Unsur-unsur tersebut sudah tersedia di perairan dalam bentuk senyawa Karbon organik dalam suatu perairan berhubungan dengan tingkat kesuburan perairan dan fitoplankton. Karbon organik merupakan sumber makanan penting bagi fauna bentik disertai dengan faktor kimia lainnya yang bervariasi dengan ukuran partikel sedimen. Nitrogen, fosfat dan karbon di perairan akan mempengaruhi ketersediaan nutrient perairan. Yang terjadi diperairan apabila terlalu kurang karbon organic di sedimen yaitu tidak suburnya sedimen. Sumber karbon utama di perairan berasal dari atmosfer selain itu juga dapat berasal dari perubahan sedimen secara terus menerus dan kandungan nutrisinya berupa transport sumber energi dan materi karbonat ke perairan pesisir baik dari aliran sungai maupun interaksi dengan laut lepas.