Penulis : Viol Dhea Kharisma, S.Si.

, AMRSB
Link Publikasi : https://scholar.google.com/citations?user=N4yoWQUAAAAJ&hl=en
Afiliasi : Divisi Biologi Molekuler dan Genetika, Generasi Biologi Indonesia Foundation
Topik Seminar : Bioinformatika
Tanggal : Sabtu, 4 April 2020

SLIDE 1

Selamat malam, terimakasih yang sebesar-besarnya terhadap pihak yang telah

bersedia memberikan saya kesempatan untuk mengisi acara diskusi pada malam ini.
Semoga informasi yang dalam acara ini dapat memiliki manfaat yang besar bagi Bapak/Ibu
sekalian. Pada acara ini saya akan menyampaikan terkait "Strategi Komputasi
Pengembangan Antivirus COVID-19", yang mana akhir-akhir ini di seluruh dunia
sedangan mengalami kasus pandemik Coronavirus tipe baru atau COVID-19. Sehingga
penelitian terkait obat dan vaksin untuk melakukan kontrol penyebaran terhadap virus
tersebut sangat diperlukan, melalui berbagai macam pendekatan seperti in vitro, in
vivo, dan in silico.
Ketiga pendekatan penelitian tersebut sangat penting dan tidak dapat dipisahkan,
namun pada acara ini saya hanya menjelaskan pendekatan in silico saja, yang mana
pendekatan tersebut menjadi fokus utama riset penelitian saya dalam bidang Virologi. Pada
beberapa slide menjelaskan mengapa pentingnya melakukan riset melalui pendekatan in
silico, namun sebelum itu kita harus mengenal sebuah agen biologis yang menjadi objek
utama pembahasan kali ini yaitu COVID-19.

SLIDE 2

Penyebutan Coronavirus jenis baru terdapat 2 versi yaitu menurut ICTV (SARS-CoV-
2) dan WHO (COVID-19). Bapak/Ibu sekalian tidak masalah jika menggunakan salah
satunya atau bahkan dua-duanya, karena hanya terjadi perbedaan pendapat saja pada
dua lembaga internasional tersebut. COVID-19 termasuk dalam keluarga Coronavirus
memiliki material genetik berupa RNA, virus ini termasuk memiliki amplop (enveloped) yang
berasal dari membran sel inang. Kebanyakan dari virus ini memiliki diameter berukuran
50-200 nm, beberapa hewan yang dicurigai sebagai reservoir alami dari virus SARS-
CoV-2 adalah salah satunya kelelawar.
COVID-19 memiliki 4 protein struktur penting yang terdiri atas bagian S (spike),
E (envelope/amplop), M (membrane glycoprotein), dan N (nucleocapsid protein).
Selain itu terdapat protein non-struktural yang mana tidak di tampilkan dalam gambar,
namun protein ini berperan dalam proses replikasi virus dan menginisiasi terjadinya
manifestasi klinis yang telah kita kenal saat ini saat seseorang telah terinfeksi COVID-
19.
 SLIDE 3-4

Bagian struktural pada virion COVID-16 yang terpenting dalam menginisiasi

interaksi terhadap sel inang adalah spike protein. Bagian tersebut digunakan virus untuk
berikatan pada reseptor sel inang, dan memicu mekanisme cell entry. Kompleks molekuler
yang terbentuk menghasilkan afinitas rendah sehingga memicu terjadinya respon biologis
berupa endositosis virion. Proses entry COVID-19 terhadap sel inang melalui reseptor
spesifik yaitu ACE2, dapat disimulasikan secara Bioinformatika untuk memprediksi
besarnya energi pengikatan total yang terjadi sehingga memicu respon biologi endositosis,
prediksi tersebut menggunakan beberapa parameter jenis interaksi ikatan kimia lemah yang
terlibat.
Simulasi tersebut dapat digunakan untuk mempelajari beberapa strategi
pengembangan desain antivirus COVID-19 yang terdiri atas obat dan vaksin. Namun
sebelum itu, kita haru mengenal dahulu bagaimana COVID-19 ini melakukan replikasi pada
sel inang.

SLIDE 5-6.

 Replikasi COVID-19 terdiri atas fase entry, internalisasi, translasi awal dan akhir,
perakitan, dan penyebaran ke sel tetangga.

 Pada fase awal yaitu entry, ditandai dengan penempelan spike glikoprotein dari virus
terhadap reseptor sel inang yang mengakibatkan terjadi reaksi termodinamika
spontan (exergonic reaction) disertai perubahan energi.

 Kemudian virion mengalami endositosis ke dalam sel dan virus melepaskan materi
genetik berupa RNA pada organel ribosom yang berada pada sitoplasma maupun
retikulum endoplasma.

 Setelah itu virus melakukan translasi awal untuk melakukan ekspresi gen protein
non struktural dan regulasi gen pengkode translasi akhir. Regulasi translasi awal
yaitu dimulai aktivasi enzim RNA replikasi virus dan ekspresi protein nonstruktural,
protein tersebut berperan dalam menghasilkan dampak manifestasi klinis, mengecoh
sistem imum, atau menginisiasi pelepasan sitokin berlebih pada sel yang
terinfeksi (badai sitokin).

 Translasi akhir yaitu pembentukan materi genetik virus dan protein struktural, fase ini
disebut pembentukan virus baru, setelah itu diteruskan pada mekanisme perakitan
melalui vesikel.

 Virus menggunakan bilayer fosfolipid untuk menyelubunginya agar tidak dapat

dikenali sebagai antigen oleh sistem imun.

 Virus keluar dari sel inang melalui peristiwa eksositosis dan menginfeksi sel lainnya.
 SLIDE 7-9

Strategi pengembangan antivirus untuk saat ini pada dasarnya dibagi

menggunakan 2 cara, yaitu melalui obat dan vaksin. Strategi mekanisme obat untuk
mengatasi infeksi virus dapat melalui desain penghambatan beberapa fase replikasi sebuah
virus. Seperti contohnya yaitu inhibitor entry, obat ini bekerja untuk mem-blocking
proses terjadinya fusi agar virion tidak dapat masuk ke dalam sel. Molekul obat
berikatan pada domain reseptor inang yang digunakan untuk berinteraksi dengan virus.
Selain itu terdapat pula protease inhibitor, obat golongan ini berperan menghambat
beberapa enzim virus yang berperan dalam mekanisme translasi protein fungsional
saat replikasi berlangsung.
Kedua tipe obat yang saya contohkan dapat digunakan untuk strategi dalam
mendesain antivirus COVID-19. Pengembangan vaksin COVID-19 mungkin sekarang
sedang dilakukan, beberapa jenis vaksin seperti vaksin virus hidup/mati, peptida,
virus-like particle (VLP), dan DNA/RNA vaccine. Namun kendala yang dihadapi dalam
melakukan penelitian terkait obat dan vaksin yaitu masalah rentang waktu penelitian yang
lama, untuk menuju uji preklinis membutuhkan waktu 5 tahunan, itu pun minimal. Tetapi
dengan menggunakan pendekatan baru dalam riset yaitu melalui in silico, waktu tersebut
dapat dipangkas. Sehingga uji in vitro dan in vivo dapat digunakan dalam tahapan pre klinik,
meski terkadang normalnya berada pada ranah basic research.

SLIDE 10-11

Pendekatan penelitian secara in silico dalam biologi dikenal sebagai Bioinformatika.

Cabang ini berfokus pada kegiatan analisis, pengumpulan, penyimpanan, dan intepretasi
data biologis melalui perangkat komputasi. Analisis yang dilakukan dalam bidang
Bioinformatika disebut in silico karena mengacu pada komponen logam silikat yang
dominan menyusun perangkat komputasi yang digunakan.
Pada Bioinformatika terdapat beberapa ranah penelitian seperti simulasi
mutasi 3D, filogenetik, pemodelan struktur 3D, desain vaksin, desain obat, dan
simulasi dinamika molekuler. Namun pada acara ini saya akan sedikit menjelaskan
beberapa blue print metode in silico yang biasa digunakan dalam proses desain obat
maupun vaksin.

SLIDE 12 - 14

Pemodelan protein berperan untuk konstruksi 3D protein target, analisis ini

membutuhkan sampel sekuens protein dalam format fasta pada database. Server
pemodelan protein yang sangat umum digunakan yaitu swissmodel.expasy.org.
Pemodelan ini berkontribusi misalnya untuk pembuatan struktur 3D dari sebuah
protein target desain vaksin maupun obat misalnya protease virus maupun spike
glikoprotein.
Analisis molecular docking bertujuan untuk mengetahui interaksi antara
molekul satu dengan lainnya. Metode ini digunakan untuk mempelajari mode action dari
sebuah ligan terhadap target, yang mana dapat menghasilkan prediksi pola interaksinya.
Informasi yang diperoleh dari molecular docking juga terkait energi pengikatan sebuah ligan
ketika berinterkasi terhadap targetnya. Hal tersebut digunakan sebagai acuan untuk prediksi
mode action kandidat vaksin dan obat.Beberapa software docking seperti hex, autodock,
vina, dan yyrx dapat diperoleh secara free karena bersifat open source.
Epitope mapping adalah sebuah metode yang digunakan untuk memprediksi
region pada agen infeksius dapat berpotensi dikenali oleh sel imun yaitu sel T dan B.
Saya akan menjelaskan terkait epitope mapping sel B, yang mana mengacu pada imunitas
direct yaitu pengenalan langsung sel B terhadap antigen sehingga dapat memproduksi
antibodi spesifik untuk menetralisasi antigen tersebut. Prediksi epitope mapping pada sel
B dapat dilakukan berdasarkan pengenalan secara linier dan konformasi, linier karena
urutan sekuens dikenali reseptor sel B bersifat kontinyu sedangkan konformasi
mengacu pada region epitop target bersifat diskontinyu atau dalam bentuk folding.
Prediksi ini sering saya lakukan pada IEDB (https://www.iedb.org/) untuk keperluan
penelitian desain vaksin. Bagian struktural virus dapat diuji epitope mapping sel B, dalam
mekanisme simulasi kandidat vaksin.

SLIDE 15-17

Contoh penelitian Bioinformatika strategi desain obat yang telah saya lakukan (referensi
terlampir pada slide akhir). Sedangkan beberapa slide selanjutnya menampilkan contoh
data-data penelitian saya bersama rekan peneliti, terkait desain kandidat vaksin COVID-19,
yang mana artikel tersebut sedang di-review oleh pihak publisher.

“Sekian dari materi yang saya sampaikan, dipersilahkan kepada Bapak/Ibu

peserta seminar untuk mengajukan pertanyaan. Penjelasan terkait materi
tersebut dapat diperdalam ketika Bapak/Ibu mengikut workshop atau kelas
Bioinformatika tahunan yang diadakan oleh Divisi Biologi Molekuler dan
Genetika, Generasi Biologi Indonesia Foundation”.