Pada ikan, sebagian besar asam amino diserap dari protein yang dicerna sebagai di- dan tri-peptida yang diangkut secara aktif melalui membran sel-sel usus. Oligo-peptida juga merupakan substrat untuk enzim – aminopeptidase – di mukosa usus. Oleh karena itu, kebutuhan asam amino pada ikan muda dapat ditentukan dengan menggunakan umpan di mana asam amino terbatas disediakan dalam bentuk diand tripeptida sebagai substrat untuk transporter peptida tertentu. Anti-nutrisi dari bahan baku protein nabati menghadirkan tantangan sehubungan dengan gangguan dalam proses pencernaan. Pada tanaman, zat-zat ini merupakan kelompok komponen struktural yang heterogen dan / atau pertahanan kimiawi terhadap herbivora. Karenanya, anti-nutrisi sering ditemukan dalam bahan nabati olahan rendah, misalnya bungkil kedelai, sumber protein yang murah dan mudah diakses. Kacang kedelai dan kacang-kacangan lainnya mengandung protein yang mengikat diri secara kovalen ke situs aktif dalam protease pankreas seperti trypsine dan chymotrypsine. Percobaan in vitro menunjukkan bahwa asam fitat (myo-inositol-6-fosfat) juga menghambat aktivitas trypsine salmon kationik dan anionik. Selain itu, anti-nutrisi ini menghambat aktivitas proteolitik dalam isi usus, yang pada gilirannya menyebabkan peningkatan kehilangan protease melalui feses. Ini menunjukkan bahwa tingkat tinggi bungkil kedelai dalam pakan menyebabkan penipisan enzim yang mengandung butiran dalam sel pankreas eksokrin dalam ikan rainbow trout. Bungkil kedelai juga mengandung anti-nutrisi tak dikenal yang menyebabkan peradangan pada selaput lendir hindgut salmon Atlantik. Pada saat yang sama, aktivitas enzim dalam selaput lendir usus batas sikat berkurang, tergantung pada jumlah bungkil kedelai dalam pakan. Transpor aktif asam amino ke dalam enterosit berkurang, dan aktivitas enzim sitosol dalam selaput lendir usus berkurang, yang menunjukkan berkurangnya pembentukan super nuklir vakuola dan karenanya mengurangi penyerapan molekul makro (protein) yang utuh oleh endositosis. Secara keseluruhan, ini akan mengurangi kemampuan ikan untuk mencerna dan menyerap protein. Hal ini tampaknya disebabkan oleh peningkatan pertukaran sel di permukaan selaput lendir usus sebagai respons terhadap peradangan usus. Selaput lendir usus ikan sangat terlipat, tetapi tidak memiliki vili.
Konsep Pemanfaatan nutrisi pakan
Pakan yang masuk kedalam tubuh ikan akan melewati banyaknya proses mulai dari mulut,kerongkongan,lambung,usus dan seterusnya. Pakan ini dirombak menjadi materi yang sederhana sehingga dapat dengan mudah diserap dan dimanfaatkan oleh ikan sebagai agen dalam pertumbuhannya. Nutrisi pada pakan inilah yang dikonsumsi ikan yang akan menentukan besarnya energi yang digunakan untuk berbagai kebutuhan pada tubuh ikan.