METODE KONSERVASI DAN

KAJIAN KONSERVASI
BIODIVERSITAS INDONESIA
Metode Genetika
Tubagus Aqaly Dahru (210661674)
Outline
Metode Genetika
• Strategi Genetika (Jatna, 2021)
❑ Pentingnya Genetika Konservasi
❑ Status dan tangtangan Genetika Konservasi
❑ Rekomendasi dan Langkah Lanjut untuk genetika konservasi

• Metode Analisis Keragaman Genetik (Jatna, 2021)

❑ - Isolasi DNA , RNA dan Protein
❑ - PCR
❑ - Elektroforesis
❑ - DNA barcoding
❑ - DNA sekuensing

• Forensik Hidupan Liar (Jatna, 2021)

❑ Karakteristik Sampel Forensik
❑ Ekstraksi materi genetik
❑ Metode Salting Out dan Presitipasi Etanol
Pendahuluan

“Biologi molekuler merupakan ilmu

pengetahuan merupakan multi disiplin
ilmu dari biokimia, biologisel, dan
genetika yang mempelajari aktivitas
biologi pada level molekular, termasuk
interaksi antara perbedaan tipe DNA,
RNA, protein, dan biosintesisnya
(Astikawati, 2011)“
Strategi Genetika
Konservasi dalam
Melindungi
Keanekaragaman
Hayati di
Indonesia
Genetika Konservasi

Gambar : Skema rekomendasi untuk

riset genetika konservasi nasional
Status dan tantangan Genetika Konservasi

1. Kebijakan konservasi yang lebih proaktif memasukan faktor genetik

dalam pengelolaan konservasi.
2. Komitmen dan koordinasi yang kuat antarlembaga.
3. Ketersediaan infrakstrukur dalam melakukan penelitian genetik.
4. Keterseduaan ruang atau skema pendanaan berkelanjutan untuk
para peneliti genetika konservasi.
5. Sumber daya manusia yang memadai.
Rekomendasi dan Langkah Lanjut untuk
genetika konservasi

Gambar : Skema rekomendasi

untuk riset genetika konservasi
nasional
Metode Analsis
Keragaman Genetik

• Isolasi DNA
• Isolasi RNA
• Isolasi Protein
• PCR
• Elektroforesis

• DNA barcoding
• DNA sekuensing
Prinsip Dasar

• Sel
• Gen dan Kromosom
• DNA dan RNA
• Protein

Gambar : Kromosom, DNA,

Nukleotit (vitaminegitim.com)
Sel
Unit kehidupan secara struktural dan fungsional dan berisi
semua infrastruktur yang diperlukan untuk berjalanya suatu
funsi sistem kehidupan

Sel terbagi menjadi 2 berdasarkan karakternya

• Sel eukariot
• Sel prokariot
 Tabel perbedaan
sel eucariota dan
prokariota

Sumber :
(Shirzadfar, 2014)
Gen & Kromosom
• Kromosom -> Materi genetik yang bentuknya serupa
benang halus (kromatin) yang berfungsi sebagai pembawa
informasi genetik.

• Gen -> Substansi kimia yang terdapat pada kromosom yang

berfungsi untuk mempengaruhi ataupun menentukan sifat
atau karakteristik setiap makhluk hidup
Ekspresi Gen
▪ Transkripsi -> Proses penyalinan urutan nukleotida pada DNA menjadi
RNA
▪ Translasi - > Proses penerjemahan urutan nukleotida yang ada pada
molekul mRNA menjadi rangkaian asam amino yang Menyusun suatu
polipeptida atau protein.
▪ Replikasi -> Proses penggandaan Rantai Ganda DNA
Sumber :
(Slideplayer.info)
DNA & RNA
Proses pemurnian DNA dari sampel denga menggunakan
metode fisika dan kimia.
▪ DNA (Deoxyribonucleic) -> Material gen yang terdapat
instruksi untuk pembentukan suatu organisme

▪ RNA (Ribonulceic Acid) -> Material gen yang berisi

instruksi – instruksi yang selanjutnya perlu diartikan
menjadi protein
•v
DNA VS RNA
Protein
Protein adalah zat alami yang sangat kompleks yang terdiri dari
ratusan atau ribuan unit yang lebih kecil yang dikenal sebagai asam
amino yang dihubungkan oleh ikatan peptida. (Salahuddin, 2017)
▪ Struktur dasar
▪ Fungsi
▪ Macam – macam protein
Struktur Protein
Fungsi
▪ Enzim
▪ Penyusun Jaringan
▪ Alat angkut Transpor
▪ Storage/ sebagai cadangan
▪ Reseptor/ pengendali pertumbuhan
Isolasi DNA
Proses pemurnian DNA dari sampel denga menggunakan
metode fisika dan kimia.

Tujuan : Memisahkan DNA dari bahan dalam sel yang

tidak diinginkan.
Prinsip dasar : Lisis, Memisahkan DNA dari bahan lain dan
Memurnikan DNA
Metode

Gambar : DNA isolation kit (Tissue)

Sumber : (fairbiotech.com)
Isolasi RNA
Proses pemurnian RNA dari sampel denga menggunakan
metode fisika dan kimia.

Tujuan : Memisahkan RNA dari bahan dalam sel yang

tidak diinginkan.
Prinsip dasar : Lisis, Memisahkan RNA dari bahan lain dan
Memurnikan RNA
Metode

Gambar : Total RNA isolation kit (Tissue)

Sumber : Genedirex, Inc
Isolasi Protein
Proses pemisahan protein dari makromolekul lainya hingga
didapatkan protein murni
Tujuan : Memisahkan protein dari bahan dalam sel yang
tidak diinginkan.
Metode

Gambar : TCA metode dan SDS metode isolasi protein

Sumber : (Komatsu, 2016)
PCR (Polymerase Chain Reaction)
Teknik perbanyakan DNA secara in vitro. Diperkenalkan oleh
Karry Mullis pada tahun 1985
Komponen
▪ Sampel DNA (template DNA)
▪ Primer Forward dan Primer Reverse
▪ dNTPs (Deoxynuclueotide triphosphates)
▪ Enzim Polimerase DNA (Taq, KOD, dll)
 Proses PCR
• Denaturasi >> Memisahkan DNA
untai ganda menjadi komponen
untai tunggal Memungkinkan
Hibridisasi primer untai ganda
pada sekuen targetnya
• Annealing >> Hibridisasi primer
PCR pada sekuen target suhu
annealing berasal dari suhu
annealing primer hasil kalkulasi
matematis
• Extension >> Mengamplifikasi
daerah yang sudah dihibridisasi
oleh primer
Elektroforesis
“Menganalisis asam nukleat dan mendeteksi keberadaan produk
PCR”
Prinsip :Memisahkan fragmen DNA berdasarkan ukuran fragmenya
dengan menggunakan media gel agarose dengan memanfaatkan
kemampuan migrasi DNA.
DNA bergerak dari kutub negatif (katoda) ke kutub positif (anoda)
 Elektroforesis
Komponen
▪ Medium : Agarosa, Poliakrilamid
▪ Buffer : Buffer TAE (Tris Asetat EDTA) atau Buffer TBE (Tris – Base EDTA)
▪ Marker : Dibuat dengan memotong-motong plasmid yang telah
▪ diketahui ukuran dan urutan sekuensnya.
Langkah Electrophoresis

Gambar hasil elektrophoresis

Sumber : koleksi pribadi
 Sekuensing

Gambar alat sekuensing

Gambar hasil elektrophoresis Sumber : ilumina.com
Sumber : koleksi pribadi
 DNA Sequencing
• Sekuensing DNA atau DNA sequencing adalah suatu proses penentuan urutan basa nukleotida
pada bagian atau seluruh molekul DNA (deoxyribonucleic acid).
• PT Genetika Science
Gambar hasil sekuensing dengan
program bioedit v7.5.2.
DNA Barcoding
 Tabel Hasil analisis (BLAST) sampel nematoda
berdasarkan sekuen gen COI
No Description Max Total Query E Per. Accecion
score score score value Ident

1 Anguillicola 865 865 81% 0.0 94.93% EU376661.1

crassus (Japan)

2 Anguillicoloides 861 861 81% 0.0 94.91% JF805721.1

crassus (Turkey)

3 Anguillicoloides 861 861 81% 0.0 94.91% JF805657.1

crassus (China)

4 Anguillicoloides 856 856 81% 0.0 94.73% JF805675.1

crassus (Japan)

5 Anguillicola 848 848 81% 0.0 94.55% EU376781.1

crassus (Sweden)

6 Anguillicola 848 848 81% 0.0 94.38% EU376736.1

crassus (Ireland)

7 Anguillicola 848 848 81% 0.0 94.38% EU376696.1

crassus (Finland)
Forensik Hidupan Liar
Karakteristik Sampel Forensik
Spesimen yang digunakan dalam analisis forensik hidupan liar dapat
berupa specimen hidup, awetan atau spesimen yang telah mengalami
proses mekanik dan kimiawi

Pengawetan spesimen dengan

suhu 4% atau pemberian alcohol
Sampel yang diambil dalam barang sitaan lliar dapat 70 % dan larutan penyangga
berupa suatu jaringan dari, usapan lendir, feses,
rambut bulu dan sisik (Van orrschot et al, 2016)
Ekstraksi materi genetik

McKiernan (2017)
Kappa express extract kit

Sumber : sigmaaldrich.com
 Metode Salting Out dan Presitipasi Etanol
Salting Out
▪ Lisis (Tris - EDTA dan CH3COOK)
▪ Pemecahan protein dengan kosentrasi
garam tinggi Presipitasi protein
dengan konsentrasi garam tinggi
(Proteinase K dan Dnase free Rnase )
▪ Sentrifugasi akan menghilangkan
protein terpresipitasi degan
penambahan etanol untuk purifikasi
DNA
▪ DNA yang terpresitipasi diresuspensi
dalam buffer
Sumber : Sunnucks & Hales (1996)
Studi Kasus

Ekstraksi materi genetik

menggunakan kit DNA

Gambar : Sampel Produk filet tidak diketahui

PCR Elektroforesis Hasil elektroforesis
Hasil dari sampel yang
dicoba dengan PCR
terdeteksi yaitu pada
sampel B dan C. lalu
produk PCR di
sekuensing terlebih
dahulu. Hasil sekuensing
dapat dibandingkan
dengan DNA barcode
yang ada di genbank.
Any question?