Virtual Screening Sintesis trifluoromethylpyrazolesulfonyl-urea dan turunan tiourea

dengan menganalisis uji aktivitas Antidiabetes

Virtual Screening Synthesis of trifluoromethylpyrazolesulfonyl-urea and thiourea
derivatives by analyzing the Anti-diabetic activity test
Abdul yusup sholikhin, Chandra Gunawanda, Eva Syarifah, Heri fauji,
Prodi Farmasi,Fakultas Ilmu Kesehatan ,Universitas Perjuangan Tasikmalaya
jalan PETA No.177 Tasikmalaya
Email :evasyarifah711@gmail.com

ABSTRAK
Diabetes merupakan suatu penyakit yang kronis ditandai dengan kadar gula darah
yang tinggi. penyebabnya adalah terdapat glukosa yang menumpuk dalam darah karena tidak
terserap dengan baik oleh tubuh. Pada umumnya pengobatan untuk penyakit diabetes dengan
cara terapi insulin agar gula darah didalam tubuh dapat teratur dan terkontrol. Sedangkan cara
untuk melakukan pencegahan penyakit diabetes dengan cara mengkonsumsi sayur-sayuran,
berolahraga, menjaga berat badan agar tetap ideal dan rutin pengecekan kadar gula darah.
Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui adanya potensi senyawa
trifluoromethylpyrazolesulfonyl-urea dan turunan tioureatiourea sebagai anti diabetes melalui
proses molecular docking, dalam penelitian ini metode yang digunakan adalah secara in
silico. Reseptor yang digunakan adalah 1c8I yang kemudian dilakukan docking dengan
senyawa induk dan senyawa turunan dengan menggunakan PyRx didapat hasil yang paling
bagus adalah pada senyawa 2A dengan nillai binding tidak jauh berbeda dari senyawa induk
dan senyawa turunannya. Dengan hasil yang didapat maka kesimpulannya adalah senyawa
dengan turunan 2A memiliki nilai aktivitas yang baik dibandingkan dengan turunan senyawa
lainnya.
Kata Kunci : AntiDiabetik,Trifluoromethyl,Doking Molekular, 1c8I ,PyRx
ABSTRACT
Diabetes is a chronic disease characterized by high blood sugar levels. The cause is
that there is glucose that accumulates in the blood because it is not absorbed properly by the
body. In general, treatment for diabetes is insulin therapy so that blood sugar in the body can
be regular and controlled. While the way to prevent diabetes is by consuming vegetables,
exercising, maintaining an ideal body weight and regularly checking blood sugar levels. The
purpose of this study was to determine the potential of trifluoromethylpyrazolesulfonyl-urea
compounds and thioureatiourea derivatives as anti-diabetes through the molecular docking
process, in this study the method used was in silico. The receptor used was 1c8I which was
then docked with the parent compound and derived compounds using PyRx. The best results
were found in compound 2A with binding values not much different from the parent
compound and its derivatives. With the results obtained, the conclusion is that compounds
with 2A derivatives have good activity values compared to other compound derivatives.
Keywords :  AntiDiabetik,Trifluoromethyl,Doking Molekular,1c8l,PyRx

LATAR BELAKANG
Diabetes merupakan suatu
kelompok penyakit metabolik dengan
karakteristik hiperglikemia yang terjadi
karena kelainan sekresi insulin, gangguan
kerja insulin atau keduanya, yang
menimbulkan komplikasi kronik pada
mata, ginjal, saraf, dan pembuluh darah
(American Diabetes Association
“ADA”,2012).
Diabetes melitus adalah suatu
penyakit kronis dimana organ pankreas
tidak memproduksi cukup insulin atau
Ketika tubuh tidak efektif dalam
menggunakannya.
PENYEBAB PENYAKIT
Penyebab diabetes disebabkan
karena adanya gangguan dalam tubuh,
sehingga tubuh tidak mampu
menggunakan glukosa darah kedalam sel,
dan berdampak pada penumpukan dalam
darah.
Pada diabetes tipe 1 penyebab
utamanya yaitu gangguan system
kekebalan tubuh yang biasanya menyerang
bakteri atau virus malah menyerang dan
menghancurkan sel penghasil insulin.dan
menyebabkan tubuh kekurangan atau
bahkan tidak dapat memproduksi insulin
sehingga gula yang seharusnya diubah
menjadi energi oleh insulin menyebabkan
penumpukan gula dalam darah.
Sedangkan diabetes tipe 2 tubuh
dapat menghasilkan insulin secara normal
tetapi tidak digunakan secara normal.
Tujuan dari penelitian ini yaitu
untuk mengetahui adanya potensi senyawa
trifluoromethylpyrazolesulfonyl-urea dan
turunan tioureatiourea sebagai anti
diabetes melalui proses molecular docking,
dalam penelitian ini metode yang
digunakan adalah secara in silico.
PREVALENSI
Penyakit diabetes secara global
diderita oleh sekitar 9% orang dewasa
berusia 18 tahun ke atas pada tahun 2014.
Diabetes menjadi penyebab besarnya
jumlah kematian pada tahun 2012
sebanyak 1,5 juta kematian. Sebanyak
90% penderita diabetes di seluruh dunia
merupakan penderita diabetes tipe II yang
sebagian besar dikarenakan kelebihan
berat badandan kurangnya aktivitas fisik.
World Health Organization ( WHO )
memproyeksikan diabetes akan menjadi
salah satu penyebab utama kematian,
karena jumlahnya yang mengalami
peningkatan sebesar 171.230.000 orang
pada tahun 2000 menjadi sebesar
366.210.100 orang pada tahun 2030, atau
naik sebesar 114% dalam kurun waktu 30
tahun. Indonesia menduduki negara
peringkat ke-4 terbesar dengan
pertumbuhan penderita diabetes sebesar
152% atau dari 8.426.000 orang pada
tahun 2000 menjadi 21.257.000 orang
pada tahun 2030 atau naik sebesar 114%
dalam kurun waktu 30 tahun. Indonesia
menduduki negara peringkat ke-4 terbesar
dengan pertumbuhan penderita diabetes
sebesar 152% atau dari 8.426.000 orang
pada tahun 2000 menjadi 21.257.000
orang pada tahun 2030 (WHO, 2015).
GEJALA PENYAKIT
Secara umum gejala penyakit
diabetes adalah sebagai berikut :
Sering buang air kecil
Diabetes cenderung akan sering kencing
karena kadar gula darah sudah terlampau
tinggi yang seharusnya gula darah dapat
tersaring oleh ginjal dan diserap kembali
namun karena sudah tinggi ginjal tidak
mampu menyerap kembali.
Sering haus
glukosa akan menumpuk di dalam
darah. Ini tentunya akan membuat ginjal
bekerja ekstra keras untuk menyaring dan
menyerap kelebihan gula sebelum
akhirnya dibuang melalui urine. Salah satu
upaya yang dilakukan oleh ginjal adalah
menyerap cairan tubuh untuk menyerap
gula berlebih, akibatnya, ginjal akan
menghasilkan urine lebih banyak dari
biasanya. Inilah yang membuat diabetesi
mudah merasa haus karena cairan
tubuhnya banyak yang hilang.
Berat badan turun drastis
Kondisi Normalnya tubuh akan
menggunakan glikogen (glukosa) sebagai
sumber energi. Tetapi karena insulin tidak
dapat mengubah glukosa menjadi sumber
energi maka tubuh terpaksa mencari
sumber lain seperti protein.
Luka yang susah sembuh
Karena tingginya kadar gula darah
dinding pembuluh darah arteri menjadi
menyempit dan keras sehingga aliran
darah menuju jantung terhambat
Lemas
Karena kinerja insulin didalam
tubuh kurang baik sumber energi dari
glukosa untuk tubuh tidak dapat digunakan
sebagai energi. Ketika pankreas tidak bisa
menghasilkan insulin dengan cukup atau
insulin yang dihasilkan tidak bisa bekerja
secara efektif, artinya gula dalam darah
tidak dapat masuk ke dalam sel-sel tubuh.
PENGOBATAN
Pasien diabetes diharuskan untuk
mengatur pola makan dengan
memperbanyak konsumsi buah, sayur,
protein dari biji-bijian, serta makanan
rendah kalori dan lemak. Bila perlu, pasien
diabetes juga dapat mengganti asupan gula
dengan pemanis yang lebih aman untuk
penderita diabetes, sorbitol. Pasien
diabetes dan keluarganya dapat
melakukan konsultasi gizi dan pola
makan dengan dokter atau dokter
gizi untuk mengatur pola makan sehari-
hari.
Untuk membantu mengubah gula
darah menjadi energi dan meningkatkan
sensitivitas sel terhadap insulin, pasien
diabetes dianjurkan untuk berolahraga
secara rutin, setidaknya 10-30 menit tiap
hari. Pasien dapat berkonsultasi dengan
dokter untuk memilih olahraga dan
aktivitas fisik yang sesuai.
Pada diabetes tipe 1, pasien akan
membutuhkan terapi insulin untuk
mengatur gula darah sehari-hari. Selain itu,
beberapa pasien diabetes tipe 2 juga
disarankan untuk menjalani terapi insulin
untuk mengatur gula darah. Insulin
tambahan tersebut akan diberikan melalui
suntikan, bukan dalam bentuk obat minum.
Dokter akan mengatur jenis dan dosis
insulin yang digunakan, serta memberitahu
cara menyuntiknya.
Pada kasus diabetes tipe 1 yang
berat, dokter dapat merekomendasikan
operasi pencangkokan (transplantasi)
pankreas untuk mengganti pankreas yang
mengalami kerusakan. Pasien diabetes tipe
1 yang berhasil menjalani operasi tersebut
tidak lagi memerlukan terapi insulin,
namun harus mengonsumsi obat
imunosupresif secara rutin.
Pada pasien diabetes tipe 2, dokter
akan meresepkan obat-obatan, salah
satunya adalah metformin, obat minum
yang berfungsi untuk menurunkan
produksi glukosa dari hati. Selain itu, obat
diabetes lain yang bekerja dengan cara
menjaga kadar glukosa dalam darah agar
tidak terlalu tinggi setelah pasien makan,
juga dapat diberikan.
Pasien diabetes harus mengontrol
gula darahnya secara disiplin melalui pola
makan sehat agar gula darah tidak
mengalami kenaikan hingga di atas
normal. Selain mengontrol kadar glukosa,
pasien dengan kondisi ini juga akan
diaturkan jadwal untuk menjalani tes
HbA1C guna memantau kadar gula darah
selama 2-3 bulan terakhir.
STRUKTUR SENYAWA
MEKANISME KERJA
Mekanisme kerja Trifluoromethyl
menempel pada reseptor yang spesifik di
sel beta pankreas dan menyekat
pemasukan kalium melalui kanal ATP-
dependent. Aksi ini kemudian
mempengaruhi peningkatan kalsium ke sel
beta pankreas yang menyebabkan
kontraksi filamen aktomiosin yang
bertugas untuk memicu eksositosis dari
insulin. (Suherman,2007).
Gugus trifluorometil adalah gugus
fungsi yang memiliki rumus -CF₃.
Penamaan gugus is diturunkan dari gugus
metil, dengan mengganti setiap atom
hidrogen dengan atom fluor. Beberapa
contoh umum adalah trifluorometana H –
CF ₃, 1,1,1-trifluoroethane H. ₃C – CF ₃,
dan hexafluoroacetone F. ₃C – CO –
CF₃. Gugus trifluorometil juga dapat
ditambahkan untuk mengubah kelarutan
molekul yang mengandung gugus minat
lain.
-Studi in silico dalam penemuan obat baru
Uji in silico adalah suatu istilah
untuk percobaan atau uji yang dilakukan
dengan metode simulasi computer. Uji in
silico telah menjadi metode yang
digunakan untuk mengawali penemuan
senyawa obat baru dan untuk
meningkatkan efisiensi dalam optimasi
aktivitas senyawa induk. kegunaan uji in
silico adalah memprediksi, memberi
hipotesis, memberi penemuan baru atau
kemajuan baru dalam pengobatan dan
terapi. (Harjono,2013)
Salah satu uji in silico dilakukan
dengan melakukan docking molekul
kandidat senyawa obat dengan reseptor
yang dipilih. docking adalah suatu upaya
untuk menselaraskan antara ligan yang
merupakan molekul protein yang besar
dengan menperhatikan sifat keduanya.
(Jensen,2007)
METODE PENELITIAN
ALAT
a) Software
Chem Draw Ultra 8.0, ADMETlab,
lilab-ecust.cn/pharmmapper,
www.rscb.org, PDBsum, Ms Excel 2013
MMV, Marvin sketch, Autodock,
Wordpad, PyRx dan Command Promt.
b) Hardware
Penelitian ini menggunakan
perangkat keras LAPTOP ASUS inte®
Core™ i3-6006U CPU @ 2.00GHz 1.99
GHz, 4,00GB RAM, 64-bit Operating
System, x64-based processor.
BAHAN fonamide
Br
3 4-(4-bromo-5-
CF3

Bahan yang digunakan berupa senyawa b (5- N

Trifluoromethyl terkait pyrazol formylfuran-

O
O
N

benzenesulfonamide yang berjumalah 10 2-yl)-3- H

senyawa yang diambil dari jurnal (trifluorometh

‘Synthetis and biological evalution of new yl)-1H- SO2NH2

3-trifluoromethylpyrazolessulfonyl-urea pyrazol-1-
and thiourea derivatives as antidiabetic and yl)benzenesul
antimicrobial agents’. fonamide
H
4 1-(4-(5-
CF3

b methyl-3- N

(trifluorometh H3C N

yl)-1H-
pyrazol-1-
yl)phenylsulf SO2NHCONHPh

onyl)-3-
phenylurea
H

4 1-(4-(5-(5-
CF3

f formylfuran- O
O
N
N

2-yl)-3- H

(trifluorometh
Gambar 1. yl)-1H- SO2NHCONHPh

pyrazol-1-
Struktur senyawa 4-(4-bromo-5-methyl-3-
yl)phenylsulf
(tryfluoromethyl)-1H-pyrazol-1- onyl)-3-
y)benzenesufonamide phenylurea
Br

5 1-(4-(4-
CF3

a bromo-5- H3C N
N

Nama senyawa struktur methyl-3-

(trifluorometh
yl)-1H-
1,2- OH SO2NHCONHPh

pyrazol-1-
dihydronapht yl)phenylsulf
halen-2-ol onyl)-3-
H phenylurea
2 4-(5-(5-
CF3
Br
5 1-(4-(4-
CF3

b formylfuran- O
N
N
d bromo-5-(5-
2-yl)-3- O

formylfuran-
O
N
N

(trifluorometh
H O

2-yl)-3- H

yl)-1H- (trifluorometh
SO2NH2

pyrazol-1- yl)-1H-
yl)benzenesul pyrazol-1-
SO2NHCONHPh

fonamide yl)phenylsulf
Br

3 4-(4-bromo-5-
CF3

onyl)-3-
a methyl-3- H3 C N
N

phenylurea
(trifluorometh
yl)-1H-
pyrazol-1- SO2NH2

yl)benzenesul
 Prediksi ADME dan Toksisitas
H
6 1-(4-(5- CF3

a methyl-3- N

(trifluorometh
H3C
N Pada penelitian ini dilakukan
yl)-1H- prediksi ADME pada senyawa antidabetik
pyrazol-1- turunan benzothiazole. Struktur senyawa
yl)phenylsulf SO2NHCSNHPh
ini dikonversi menjadi mol file (*.mol)
onyl)-3- lalu disubmit pada program Pre ADMET,
phenylthioure akan secara otomatis yang menghitung
a penyerapan prediksi untuk sel Caco-2,
H
6 1-(4-(5-(5- CF3
HIA (Human Intestinal Absorption), dan
c formylfuran- O N protein plasma yang terikat. Dan dilakukan
2-yl)-3- N
O
H uji toksisitas terhadap senyawa turunan β-
(trifluorometh Amino Ketone mengandung Nabumetone
yl)-1H-
(Arif, 2017).
pyrazol-1- SO2NHCSNHPh

yl)phenylsulf Preparasi Ligan

onyl)-3-
phenylthioure Ligan digambar menggunakan
a software Marvin Sketch 5.2.5.1 dalam
7 1-(4-(4-
Br CF3
bentuk dua dimensi selanjutnya dilakukan
a bromo-5- N
optimasi geometri pada ligan, diprotonasi
methyl-3- H3C N
pada pH 7,4. Ligand disimpan dengan
(trifluorometh format file.mrv. Kemudian dilakukan
yl)-1H- Comformational search lalu simpan hasil
pyrazol-1- SO2NHCSNHPh pencarian konformasi dengan format
yl)phenylsulf file .mol2 (Ruswanto, 2015).
onyl)-3-
phenylthioure Validasi Metode Docking
a
6 1-(4-(4-
Br CF3 Parameter yang digunakan untuk
a bromo-5-(5- N
validasi docking ini adalah nilai Root
formylfuran-
O

O
N
Mean Square Deviation (RMSD). Metode
2-yl)-3- H docking dikatakan valid apabila nilai
(trifluorometh RMSD yang diperoleh adalah ≤ 2 (Trott,
yl)-1H- SO2NHCSNHPh 2009).
pyrazol-1-
yl)phenylsulf Docking Ligan Uji Terhadap Reseptor
onyl)-3- Untuk melakukan docking dari
phenylthioure
senyawa turunan Benzothiazole,
a
digunakan software Autodock. Reseptor
hasil validasi dimasukkan kedalam
software tersebut lalu digunakan ligan
alami yang digunakan untuk proses
PROSEDUR
validasi, selanjutnya diatur grid boxnya
Studi In Silico sesuai dengan yang telah dipakai untuk
proses validasi. Hasil yang diperoleh ini
Studi In Silico senyawa Turunan berupa binding affinity terendah dan
Benzothiazole dilakukan dengan beberapa konstanta inhibisi (Ruswanto, 2015).
tahap.

Gambar 2. Hasil Preparasi Protein 1c8I
Screening Dengan PyRx
Buka software PyRx, setting penyimpanan
terlebih dahulu dengan cara klik autodock
wizard lalu setting pada menu edit lalu
pilih preferences. Set penyimpanan dengan
cara copy paste-kan folder penyimpanan
pada succesfulll completed) berarti
running telah sukses. Selanjutnya atur
parameter docking dengan cara klik
Lamarckian GA pada bagian docking
algorithm, ubah number of GA runs sesuai
kebutuhan kemudian set. Lakukan running
dengan cara klik run autodock dan sistem
akan otomatis melakukan running dengan
tanda hijau progress yang menandakan
data sedang dalam proses running dan
selesainya prosses running ditandai dengan
munculnya data lalu save file tersebut.
Protein-Protein Interaction
Analisis dilakukan dengan cara
mensubmit kode reseptor 1C8I diweb
rcsb.org. Kemudian nama protein yang
muncul dikolom macromolekul yaitu
PROTEIN (PEROXIDASE) dicopy dan dipastekan
ke web string-db.org. Copy-kan nama protein
pada kolom protein name. lalu klik search Pilih
organisem yang palng atas, kemudian klik
Continue dan yang terakhir Akan muncul
diagram seperti disamping, beserta
penjelasannya mengenai reseptor apa saja
yang berinteraksi dengan reseptor 1C8I.
HASIL DAN PEMBAHASAN
Tryfluoromethyl menunjunkan
aktivitas Anti diabetik yang kuat, dua belas
turunan tryfluoromethy dijuji sebagai nilai
aktivitas Anti Diabetik untuk mencari
kandidat obat baru, terhadap aktivitas obat
diidentifikasi sebagai agen antidiabetik
yang kuat, selektif dan aktif sebagai
antidiabetic.
ANALISIS FARMAKOKINETIK
Pada penelitian ini dilakukan
analisis Farmakokinetik pada senyawa
turunan Trifluoromethyl Strukur senyawa
di copy as smiles kan pada program
ADMET lab dan pilih parameter yang
akan dicari kemudian di submit. ADMET
lab akan secara otomatis menghitung
penyerapan energy dari parameter yang
kita cari.
Farmakokinetika adalah cabang
ilmu dari farmakologi yang mempelajari
tentang perjalanan obat mulai sejak
diminum hingga keluar melalui organ
ekskresi di tubuh manusia. Umumnya
sejumlah fase yang dilalui ketika obat
masuk ke dalam tubuh dan memulai
kontak dengan organ tubuh terbagi
menjadi proses absorpsi, distribusi, dan
biotransformasi.
ADME merupakan singkatan dari
Absorbsi, distribusi, metabolisme dan
ekskresi,parameter adme,nilai yang dicari
meliputi Caco2 dengan ketentuan ; <4
permeabilitas rendah ,4-70 = permeabilitas
sedang,>70 =cukup terabsorpsi dengan
baik.hasil yang didapat pada percobaan
yang telah dilakukan dapat dilihat pada
table 1,yang hasilnya rata-rata nilai 4.
Prediksi farmakokinetik ini
dilakukan dengan 14 senyawa yang
terdapat pada turunan senyawa
trifluoromethylpyrazolesulfonyl-urea
adalah sebagai berikut ;
 penyerapan
Nama Kelarutan Permeabilitas Penyerapan Permeabilitas Substrat Substrat Pengha
Senya air Caco2 usus Kulit P- P- mbat
wa (manusia) glikoprot glikoprote P-
ein in glikopr
otein II

2a -4.097 1,116 92,732 -3,246 Tidak Tidak Tidak

2b -4,136 0,886 85,618 -2,963 Iya Tidak Tidak
3a -4.969 1,102 91,809 -3,213 Iya Tidak Tidak
3b -4,546 0,895 86,517 -2,91 Iya Iya Tidak
4b -4,958 1,009 90,079 -2,832 Iya Iya Iya
4f -4.541 0,427 94,023 -2.747 Iya Iya Iya
5a -5,283 0,681 90,973 -2.796 Iya Iya Iya
5d -4,59 0,386 94,923 -2.741 Iya Iya Iya
6a -5,086 0,978 89,251 -2,826 Iya Iya Iya
6c -4,62 0,49 92,762 -2.747 Iya Iya Iya
7a -5,398 0,707 88,328 -2,791 Iya Iya Iya
7d -4,661 0,45 93,661 -2.741 Iya Iya Iya

Distribusi Metabolisme

VDss Pecahan Permeab Permeabili CYP2D6 CYP3 CYP1A2 CYP2C19

tidak ilitas tas SSP substrat A4 mengham mengham
(manusi terikat BBB substra bat bat
a) (manusia t
)
-0,593 0,312 -0,924 -2.939 Tidak Tidak Iya Iya
-0,451 0,238 -1,411 -3,02 Tidak Iya Iya Tidak
-0,515 0,251 -1,118 -2.945 Tidak Iya Tidak Iya
-0,249 -0,249 -1,608 -3,026 Tidak Iya Iya Tidak
-0,687 0,038 -0,898 -2,178 Tidak Iya Tidak Iya
-0,298 0,074 -1,282 -2,329 Tidak Iya Tidak Iya
-0,579 0,013 -1,074 -2,044 Tidak Iya Iya Iya
-0,101 0,088 -1.463 -1.463 Tidak Iya Iya Tidak
-0,517 0,033 -0,827 -2,071 Tidak Iya Iya Iya
-0,148 0,073 -1.211 -2,222 Tidak Iya Tidak Iya
-0,409 0,008 -1.003 -1.937 Tidak Iya Iya Iya
0,0467 0,088 -1,392 -2,088 Tidak Iya Tidak Iya
 Pengeluaran
Izin Total Substrat OCT2 ginjal

0,716 Tidak
0,75 Tidak
-0,091 Tidak
-0,193 Tidak
0,186 Tidak
0,068 Tidak
-0,27 Tidak
-0,358 Tidak
-0,428 Tidak
-0,374 Tidak
-0,416 Tidak
-0,503 Tidak

toksisitas
Toksis Max.  HER Pengha Toksis Toksis Hepatotok Sensiti Toksisitas T.P
itas dosis G I mbat itas itas sisitas sasi yriformis
AME yang inhib hERG Akut Kroni Kulit
S ditoler itor II Mulut s
ansi Tikus Tikus
(manu (LD50 Mulut
sia) ) (LOA
EL)

Iya 0,466 Tida Tidak 2,646 1,762 Tidak Tidak 1,082

k
Tidak -0,36 Tida Tidak 2,525 0,781 Iya Tidak 0,413
k
Tidak 0,341 Tida Tidak 2,697 1,689 Tidak Tidak 1,126
k
Tidak -0,422 Tida Tidak 2,568 0,719 Iya Tidak 0,375
k
Tidak -0,04 Tida Iya 2,281 1,129 Iya Tidak 0,462
k
Tidak 0,382 Tida Iya 2,982 2,982 Iya Tidak 0,292
k
Tidak 0,027 Tida Iya 2,372 1,294 Iya Tidak 0,425
k
Tidak 0,465 Tida Iya 3,066 1,217 Iya Tidak 0,289
k
Tidak -0,035 Tida Iya 2,31 1,442 Iya Tidak 0,514
k
Tidak 0,392 Tida Iya 2,982 1,582 Iya Tidak 0,295
k
ANALISIS PROTEIN RESEPTOR Reseptor merupakan suatu protein
yang berfungsi untuk menerima sinyal
berupa senyawa kimia ( chemical
messenger) dari sel lain sehingga diketahui
pharmacophore dari suatu senyawa.
Reseptor yang digunakan yaitu 1c8l yang
di download dari link RCSB. Syarat yang
harus diperhatikan dalam pemilihan
reseptor yaitu parameter yang digunakan
yaitu RMSD ( Root Mean Square
Deviation), metode docking dikatakan
valid jika memiliki nilai RMSD ≤ 2A
( Ruswanto, 2015). Nilai RMSD ≤ 2A
menunjukan bahwa semakin kecil
kesalahan dari perhitungan, sehingga dapat
dikatakan lebih akurat perhitungannya.
Namun jika nilai RMSD > 2A menunjukan
bahwa penyimpangan dari hasil
perhitungan lebih besar, sehingga hasil
yang didaptkan tidak akurat. (Ferwadi,
dkk. 2017).
Suatu protein memiliki suatu
struktur yang baik atau buruk tergantung
dari sedikit atau banyaknya residu non-
glisin yang berada pada daerah favoured
region (daerah yang disukai) dan
disallowed region (daerah yang tidak
diperbolehkan).semakin besar presentasi
residu asam amino pada daerah favoured
region maka akan semakin baik kualitas
struktur protein. (Lovell S.C,2002).
PEMILIHAN RESEPTOR PREPARASI
PROTEIN DAN VALIDASI DOCKING
Reseptor yang telah memenuhi
syarat yaitu 1c8l kemudian dilakukan
preparasi protein menggunakan Autodock
Tools 1.5.6. Preparasi protein dilakukan
dengan memisahkan protein dengan native
ligand sehingga tersedia ruang
(pocket/cavity) yang nantinya digunakan
saat proses docking thiadiazole pada
protein tersebut. Preparasi protein 1c8l
menggunakan chain A yang mengandung
native ligand inhibitor 4-(4-bromo-5-
methyl-3-(tryfluoromethyl)-1H-pyrazol-1-
y) benzenesufonamide.
Hasil dari preparasi protein adalah
struktur protein tanpa native ligand dan
native ligand yang disimpan dalam bentuk
file pdb.
Kemudian dilakukan validasi
metode docking dengan menggunakan
command prompt. Moeculer docking
dilakukan untuk menguji interaksi antara
ligand dengan proteinnya. Karena protein
yang ada di dalam pdb.org semua ligan
sudah terikat dengan reseptornya.
Keberhasilan program docking tergantung
kepada komponen (Mukesh & Rakesh,
2011). Dilakukan penghilangan air pada
reseptor dengan tujuan supaya tidak
mengganggu pada saat simulasi docking
dilakukan dan untuk memastikan bahwa
yang benar-benar berinteraksi adalah
ligand dan reseptor. Dilakukan
penambahan hydrogen dengan tujuan
untuk memunculkan kembali atom
hydrogen pada makromolekul sehingga
ikatan hydrogen yang terbentuk dapat
teramati.
Pemisahan ligand dan protein
dengan menggunakan aplikasi MMV. File
protein dan ligand yang sudah di pisahkan
harus di simpan dengan format file pdb
yang artinya ligand dan protein sudah terisi
muatan. Yang kemudian dilakukan
penentuan titik koordinasi pada gridbox
dengan ukuran number of points in x
dimesion :18, number of points in y
dimension :10 dan number of points in x
dimension :16, sedangkan center
gridboxnya yaitu x center : 23.454, y
center : 7.993 dan z center : 14.475
Nilai RMSD dikatakan baik jika
kurang dari 2 artinya posisi ligand copy
setelah superimpose semakin dekat dengan
posisinya menduduki native ligand begitu
juga pada jarak ikatan dengan reseptor
yang semakin dekat sebanding dengan
semakin kecilnya nilai RMSD. Selain itu,
hal ini juga dipengaruhi oleh resolusi
protein dan pemodelan reseptor yang Pyrx adalah perangkat
digunakan ( Puspaningtyas, 2013 ). perpustakaan senyawa terhadap target obat
potensial.Dari hasil running pada aplikasi
PyRx didapatkan hasil senyawa yang
memiliki nilai binding affinity yang paling
baik pada senyawa 3 karena memiliki nilai
terkecil diantara yang lainnya yaitu -5.23.
PYRX adapun table data hasil sebagai berikut :

No Nama ligan Struktur ligan Run Binding KI

affinity (u.M)
(Kca/Mol)
Ligan 1,2-dihydronaphthalen-2- OH
91 -7.41 3.71
alami ol

2b 4-(5-(5-formylfuran-2- 7 -6.37 21,33

CF3

yl)-3-(trifluoromethyl)- O
N
N

1H-pyrazol-1- O

yl)benzenesulfonamide
H

SO2NH2
Br

3a 4-(4-bromo-5-methyl-3- 82 -5.23 172.37

CF3

(trifluoromethyl)-1H- H3 C N
N

pyrazol-1-
yl)benzenesulfonamide
SO2NH2
Br
3b 4-(4-bromo-5-(5- 21 -6.23 27.22
CF3

formylfuran-2-yl)-3- N

(trifluoromethyl)-1H-
O N
O

pyrazol-1- H

yl)benzenesulfonamide
SO2NH2
H
4b 1-(4-(5-methyl-3- 61 -6.46 18.8
CF3

(trifluoromethyl)-1H- N

pyrazol-1- H3C N

yl)phenylsulfonyl)-3-
phenylurea
SO2NHCONHPh
H

4f 1-(4-(5-(5-formylfuran-2- 83 -7.74 2.11

CF3

yl)-3-(trifluoromethyl)- O
O
N
N

1H-pyrazol-1- H

yl)phenylsulfonyl)-3-
phenylurea SO2NHCONHPh

Br

5a 1-(4-(4-bromo-5-methyl- 60 -6.16 30.66

CF3

3-(trifluoromethyl)-1H- H3C N
N

pyrazol-1-
yl)phenylsulfonyl)-3-
phenylurea SO2NHCONHPh
 Br
5d 1-(4-(4-bromo-5-(5- 81 -7.00 7.40
CF3

formylfuran-2-yl)-3- O N

(trifluoromethyl)-1H- O
N

pyrazol-1- H

yl)phenylsulfonyl)-3-
phenylurea SO2NHCONHPh
H
6a 1-(4-(5-methyl-3- CF3
22 -6.08 35.03
(trifluoromethyl)-1H- H3C
N

pyrazol-1- N

yl)phenylsulfonyl)-3-
phenylthiourea
SO2NHCSNHPh
H
6c 1-(4-(5-(5-formylfuran-2- CF3
4 -7.02 7.18
yl)-3-(trifluoromethyl)- O N

1H-pyrazol-1- N
O
H

yl)phenylsulfonyl)-3-
phenylthiourea
SO2NHCSNHPh
Br
7a 1-(4-(4-bromo-5-methyl- 62 -6.72 11.84
CF3

3-(trifluoromethyl)-1H- N

pyrazol-1- H3C N

yl)phenylsulfonyl)-3-
phenylthiourea
SO2NHCSNHPh
Br
6a 1-(4-(4-bromo-5-(5- 22 -6.08 35.03
CF3

formylfuran-2-yl)-3- N
O
(trifluoromethyl)-1H- O
N

pyrazol-1- H

yl)phenylsulfonyl)-3-
phenylthiourea SO2NHCSNHPh

no. Lipinski
Molecule Massa Hydrogen Hidrogen LOGP Molar Refracivity
Name bond donor bond
acceptors
1. senyawa 146 1 1 1.616800 45.186794
2a
2. senyawa 385 2 6 3.882399 83.235901
2b
3. senyawa 383 2 4 3.880819 72.583405
3a
4. senyawa 463 2 6 4.644899 90.935905
3b
5. senyawa 502 0 8 5.780901 115.204498
4b
6. senyawa 424 2 6 4.981319 99.292389
4f
7. senyawa 500 0 6 5.779322 104.551994
 5a
8. senyawa 580 0 8 6.543401 122.904495
5d
9. senyawa 439 1 5 5.005020 105.350693
6a
10. senyawa 519 1 7 5.769101 123.703201
6c
11. senyawa 517 1 5 5.767521 113.050697
7a
12. senyawa 597 1 7 6.531601 131.403229
7d

PROTEIN-PROTEIN
INTTERACTION
Interaksi protein-protein (PPI) adalah
kontak fisik kekhususan tinggi yang
didirikan antara dua atau lebih molekul
protein sebagai akibat dari peristiwa
biokimia yang dikemudikan oleh interaksi
yang mencakup kekuatan elektrostatik,
ikatan hidrogen dan efek hidrofobik
(Fontanillo,2010).
Pada analisis ini digunakan protein
RNASE3 yang diperoleh dari data kode
reseptor 1C8I dan hasilnya didapat suatu
Protein kationik Eosinofil (ECP)
merupakan mediator dalam respon imun
pejamu terhadap parasit, bakteri, dan virus,
Eosinofil adalah sejenis sel darah putih
yang membantu melawan penyakit.
Dari hasil string diperoleh interaksi dengan
beberapa protein dan memungkinkan
untuk dapat berinteraksi secara optimal.hal
ini menunjukan bahwa turunan
trifluoromethylpyrazolesulfonyl-urea dan
turunan tioureatiourea dapat berinteraksi
dengan protein RNASE3, RNASE2, PRG2, IL5,
RNASE6, CCL11, APELA, GADD45GIP1,
FCER1A, CCR3.Maka dapat dinyatakan bahwa
interaksi-interaksi ini dapat mengobati
Diabetes yang disebabkan oleh
mycobacterium tuberculosa
Interaksi protein-protein (PPI) memainkan
peran penting dalam fungsi seluler dan
proses biologis di semua organisme.
Identifikasi interaksi protein dapat
menyebabkan pemahaman yang lebih baik
tentang mekanisme infeksi dan
pengembangan beberapa obat obat dan
optimasi pengobatan.
Saat ini data interaksi-interaksi antar
protein yang diperlukan untuk membangun
PPI telah banyaktersimpan dalam basis
data. Salah satu basis data yang
menyimpan informasi interaksi protein
adalah STRING (string-db.org) yang
merupakan basis data dengan jumlah
organisme (5.090) dan protein (24,6 juta)
terbesar (Szklarcyzk et al, 2019). Data
interaksi protein pada STRING didapatkan
dari hasil eksperimen dan prediksi. Data
interaksi eksperimen diperoleh melalui
hasil uji lab sedangkan data interaksi
prediksi diperoleh melalui metode co-
expression analysis, text-mining, dan
lainnya (Szklarczyk et al, 2017).
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui
afinitas dan potensi dari senyawa
trifluoromethylpyrazolesulfonyl-urea dan
turunan tioureatiourea, maka dilakukan
studi in silico dengan menggunakan
metode komputasi kimia yang dilengkapi
dengan berbagai aplikasi molecular
docking.
1. Eosinofil adalah sejenis sel darah
putih yang membantu melawan
penyakit.
Fungsi Eosinofil di dalam tubuh sangat
bervariasi. Beberapa di antaranya sangat
mirip dengan sel darah putih lainnya. Jenis
sel darah putih ini terlibat dalam berbagai
proses inflamasi, terutama gangguan
alergi. Selain itu, mungkin memiliki peran
fisiologis dalam pembentukan organ.
Berikut adalah fungsi sfesifik Eosinofil :
a. Infeksi Parasit
Eosinofil sangat penting untuk
memerangi infeksi parasit dan
proses inflamasi, seperti reaksi
aleri
b. Kelangsungan Hidup Sel Plasma
c. Interaksi Eosinofil-Platelet
d. Menyediakan Antigen Patogen ke
Sel Lain
2. Ribonuklease (RNAse) merupakan
enzim yang dapat mendegradasi
RNA (Holzmann et al., 2008).
Purifikasi RNA diperlukan karena
struktur kimia RNA lebih rentan
terhadap kontaminasi RNAse dari
lingkungan, jika dibandingkan
dengan DNA.
3. Proteoglikan, sering kali, bertindak
sebagai reseptor permukaan sel
untuk enzim yang berbeda atau
inhibitor mereka. Mereka bekerja
sama dengan protein seperti
integrin dan memfasilitasi migrasi
sel, interaksi sel-sel, dan lampiran
sel.
4. Interleukin 6 (IL-6) adalah sitokin
protein yang berfungsi sebagai
pembawa pesan yang mengaktifkan
sistem kekebalan terhadap invasi
asing dan dapat membantu
melawan penyebaran kanker
5. Eotaksin Menanggapi adanya
alergen, protein ini secara langsung
meningkatkan akumulasi eosinofil,
fitur yang menonjol dari inflamasi
alergi
6. Ligan endogen awal reseptor apelin
Hormon yang dibutuhkan untuk
diferensiasi endoderm dan
morfogenesis jantung selama
perkembangan awal dan untuk
perkembangan sistem
kardiovaskular dewasa dengan
bertindak sebagai ligan untuk
reseptor apelin (APLNR).
Mendorong internalisasi reseptor
apelin.
7. Penghentian pertumbuhan dan
protein yang berinteraksi dengan
kerusakan DNA yang dapat
diinduksi kerusakan Bertindak
sebagai regulator negatif dari
perkembangan fase siklus sel G1
ke S dengan menghambat kinase
yang bergantung pada siklin.
8. subunit alfa reseptor imunoglobulin
epsilon afinitas tinggi mengikat ke
 wilayah Fc imunoglobulin epsilon.
Reseptor afinitas tinggi.
Bertanggung jawab untuk memulai
respon alergi.
9. Mengikat eotaxin, eotaxin-3, MCP-
3, MCP-4, RANTES dan delta
MIP-1. Selanjutnya mentransduksi
sinyal dengan meningkatkan
tingkat ion kalsium intraseluler.
KESIMPULAN
Metode docking dikatakan valid
apabila nilai RMSD yang diperoleh adalah
≤ 2, semakin mendekati nilai 0 maka nilai
kesejajaran semakin baik. Nilai binding
affinity tak jauh berbeda dari senyawa inti
triluoromethyl dengan senyawa
turunannya. Hal itu membuat senyawa
turunannya pun dapat digunakan untuk
obat antidiabetes.
Senyawa turunan yang paling
mendekati persyaratan nilai yang baik
adalah senyawa turunan 2a, karena nilai
resolutionnya kurang dari 2<1.80.
‘amtrong). dan dari hasil docking melalui
aplikasi Pyrx didapat hasil nilai binding
affinity terbaik adalah 3a (-5.23).
Penelitian ini mengutamakan efek
terapi yang besar dengan meminimalisir
efek samping. Optimasi geometri pada
ligan, diprotonasi pada pH 7,4 dan
dikomformasi, dengan nilai gridbox yang
seragam, yaitu X=23.454, Y=7.993, dan
Z=14.475.
Interaksi protein-protein (PPI)
adalah kontak fisik kekhususan tinggi yang
didirikan antara dua atau lebih molekul
of the Royal Society.10(20120835):1-27
protein sebagai akibat dari peristiwa
biokimia yang dikemudikan oleh interaksi
yang mencakup kekuatan elektrostatik,
ikatan hidrogen dan efek hidrofobik.
Interaksi protein-protein (PPIs)
memainkan peran penting dalam fungsi
seluler dan proses biologis di semua
organisme. Identifikasi interaksi protein
dapat menyebabkan pemahaman yang
lebih baik tentang mekanisme infeksi dan
pengembangan beberapa obat obat dan
optimasi pengobatan.
Berdasarkan hasil analisis yang
dilakukan dengan menggunakan website
string terjadi interaksi antara protein glpG
dengan protein RNASE3, RNASE2,
PRG2, IL5, RNASE6, CCL11, APELA,
GADD45GIP1, FCER1A, CCR3.
Maka dapat dinyatakan bahwa
interaksi-interaksi ini diprediksi dapat
mengatasi diabetes karena Eosinofil adalah
sejenis sel darah putih yang membantu
melawan penyakit diabetes melitus.
Protein RNASE3 memiliki interaksi paling
tinggi dengan skor 0.906 dan protein
CCR3 memiliki interaksi paling rendah
dengan skor 0.643.
DAFTAR PUSTAKA
Graves AP, Brenk Ruth, Shoichet BK.
2005. Decoys for Docking. J. Medicinal
Chemistry. 48(11): 3714-3728.
Harijanto, PN., 2010 Malaria,
Epidemiologi, Patogenesis, Manifestasi,
klinis dan Pengobatan.EGC, Jakarta.
Kastritis PL,Bonvin AMJJ.2012 On the
binding affinity of macromolecular
interactions:daring
to ask why proteins interact.Journal
Luthfiyah Y.& Santoso B.
(2014).Pemodelan Tiga Dimensi

(3D) ikatan hasil Docking Molekular
Turunan Diketopiperazin (DKP) Dengan
Bcl-2 Pada Sel MCF-7.
Morris GM, Lim-Wilby M. 2008.
Molecular docking. Methods MolBiol.
443: 365-382.
Ruswanto, 2015, Molecular docking empat
turunan isonicotino hydrazide pada
mycobacterium tubercolosis enoly-acyl
to ask why proteins interact.Journal of the
Royal Society.10(20120835):1-27
Luthfiyah Y.& Santoso
(2014).Pemodelan Tiga Dimensi
carrier protein reductase (inhA), vol13, no
1 (2015).
Suherman 2007, prediksi sifat
farmakokinetik dan toksisitas dan aktivitas
sitotoksik, jurnal ilmu kefarmasian,
Arif 2017, kimia medisinal jilid satu
Surabaya : airlangga university press
Lovel S.L 2002, robbin basic phatology
Singapore : exivier inc
B.

(3D) ikatan hasil Docking Molekular

Turunan Diketopiperazin (DKP) Dengan
Bcl-2 Pada Sel MCF-7.
Morris GM, Lim-Wilby M. 2008.
Molecular docking. Methods MolBiol.
443: 365-382.
Ruswanto, 2015, Molecular docking empat
turunan isonicotino hydrazide pada
mycobacterium tubercolosis enoly-acyl
carrier protein reductase (inhA), vol13, no
1 (2015).
Suherman 2007, prediksi sifat
farmakokinetik dan toksisitas dan aktivitas
sitotoksik, jurnal ilmu kefarmasian,
Arif 2017, kimia medisinal jilid satu
Surabaya : airlangga university press
Lovel S.L 2002, robbin basic phatology
Singapore : exivier inc