Laporan Praktikum Nama: Bariq Fajar Tsani..

BIO 205. Genetika Dasar NIM : G34190008

Modul IV: Genetika Molekular
Materi 2 : PEMOTONGAN DNA DENGAN ENZIM RESTRIKSI

HASIL PERCOBAAN

1. Menyiapkan alat dan bahan seperti, enzim restriksi Eco R1, enzim restriksi Hindi
3, enzim restriksi Pst I, lambda (sampel)? DNA, larutan buffer 2x, microtube 4
buah, mikropipet dan tip, sentrifugasi
2. Melabeli setiap microtube. 1 microtube untuk enzim EcoR1, 1 microtube untuk
enzim Hindi3, 1 microtube untuk enzim Pst1, 1 microtube hanya berisi sampel
DNA yang diberi buffer.
3. Memasukkan sampel DNA sebanyak 4 mikroliter ke setiap microtube
menggunakan mikropipet
4. Menambahkan larutan buffer 2x pada setiap microtube yang sebelumnya
diberikan sampel DNA, menggunakan mikropipet. 6 mikroliter untuk 1 tabung
yang hanya berisi sampel DNA, dan 5 mikroliter untuk 3 tabung yang nantinya
ditambahkan enzim restriksi
5. Menambahkan setiap enzim restriksi sebanyak 1 mikroliter pada setiap
microtube yang sudah dilabeli dengan enzimnya masing-masing, menggunakan
mikropipet
6. Menggoyangkan sedikit setiap microtube agar enzim bisa tercampur, kemudian
memasukkannya ke dalam sentrifugasi
7. Menginkubasi setiap microtube selama 30 menit di dalam inkubator atau
waterbath dengan suhu 37 ℃ atau semalaman dengan kondisi suhu ruangan

Pembahasan
Enzim restriksi merupakan enzim yang berasal dari bakteri atau organisme prokariot,
contohnya E.coli. Enzim restriksi digunakan oleh bakteri, sebagai upaya pertahanan
terhadap infeksi yang menyerang bakteri, dengan memotong bagian DNA yang
terinfeksi. Contoh enzim restriksi adalah Eco RI, Sma I, Pst I.

Enzim restriksi dapat memotong DNA dengan ujung blunt-end dan sticky-end. Ujung
blunt-end merupakan ujung fragmen DNA dengan bentuk tumpul yang ditunjukkan
kondisi setiap basa nitrogen memiliki pasangan basa nitrogennya masing-masing.
Ujung sticky-end merupakan ujung fragmen DNA dengan bentuk lancip yang
ditunjukkan kondisi beberapa basa nitrogen tidak memiliki pasangan basa nitrogen.
Tujuan penggunaan enzim restriksi adalah untuk memotong daerah spesifik pada
suatu urutan DNA, sehingga tidak perlu mengamati seluruh urutan DNA.
Laporan Praktikum Nama: Bariq Fajar Tsani..

BIO 205. Genetika Dasar NIM : G34190008

Modul IV: Genetika Molekular

Materi 2 : IDENTIFIKASI DNA DENGAN ELEKTROFORESIS

HASIL PERCOBAAN

1. Menyiapkan alat dan bahan seperti mikropipet, sampel DNA yang sudah diberi
nomor, mini sub cell, gel agarose, larutan buffer, power supply.
2. Menempatkan gel agarose ke ruang gel pada alat mini sub cell .
3. Menuangkan larutan buffer pada mini sub cell, yang dimulai dari ruang tempat
elektroda hingga merendam gel agarose kira-kira 2 mm.
4. Mengambil sampel DNA menggunakan mikropipet, dan dilakukan secara
perlahan.
5. Mengeluarkan sampel DNA ke dalam sumur yang sesuai dengan nomor sampel
pada gel agarose, dengan menembus larutan buffer yang menutupi gel agarose
dan dilakukan secara tegak lurus agar tip pada mikropipet tidak menusuk pada
sumur gel agarose.
6. Menutup alat mini sub cell dengan tutupnya. Pastikan terminal cocok dengan
elektrodanya dengan cara melihat warna kabel yang sama dengan warna
elektrodanya.
7. Menghubungkan elektroda dengan power supply.
8. Menyalakan power supply, dan mengatur tegangan sesuai protokol lab.
Mengatur timer dengan waktu yang sesuai, apabila power supply memiliki
timer. Menekan tombol start pada power supply
9. Mengamati sampel yang bergerak dari elektroda negatif ke elektroda positif.
Sampel akan terbagi ke dalam fragmen DNA. Fragmen dengan ukuran molekul
DNA yang lebih kecil, akan terlihat lebih cepat bergerak ke arah elektroda
positif. Dan fragmen dengan ukuran molekul DNA yang lebih besar, akan lebih
lambat bergerak ke arah elektroda positif.

Jawaban Pertanyaan

a) Media yang digunakan untuk migrasi DNA pada proses elektroforesis.

b) Untuk menjaga kadar pH DNA dan mengalirkan arus listrik untuk migrasi DNA
c) Karena molekul DNA memiliki muatan negatif, dan prinsip elektroforesis adalah
migrasi DNA dari muatan negatif ke positif. Sehingga agar sampel DNA dapat
melakukan migrasi, maka sampel perlu diletakkan pada bagian anion
d) Agar mampu mengaktifkan sisi anion dan kation, sehingga sampel DNA dapat
bermigrasi dari anion ke kation.
e) Perbedaan kecepatan migrasi fragmen DNA akibat ukuran molekul fragmen
yang berbeda. Fragmen dengan ukuran molekul yang lebih kecil, akan lebih
cepat bermigrasi ke arah kation.
f) Karena ukuran molekul DNA memengaruhi berat molekul, semakin panjang
suatu fragmen DNA, maka waktu yang dibutuhkan untuk sampai di ujung
kation akan lebih lama.
Laporan Praktikum Nama: Bariq Fajar Tsani..

BIO 205. Genetika Dasar NIM : G34190008

Teknik Polymerase Chain Reaction

Hasil Percobaan

1. Menyiapkan bahan dan alat yaitu mikropipet, mortar dan pistil, makanan non-
GMO dan GMO, insta gene matrix, plant master mix, GMO master mix, air
distilasi, microtube, tabung screw cap, timbangan.
2. Melabeli tutup tabung yang berisi insta gene matrix dan tabung non-GMO.
3. Mengukur massa makanan menggunakan timbangan.
4. Memasukkan makanan ke mortar. Menambahkan 5 mL air distilasi untuk setiap
1 gram makanan, dan makanan dihancurkan dengan pistil setidaknya selama
2 menit.
5. Menambahkan lagi 5 mL air distilasi untuk setiap 1 gram makanan dan
kemudian dihancurkan dengan pistil. Hal tersebut dimaksudkan untuk
memudahkan pengambilan sampel dengan pipet.
6. Memindahkan 50 mikroliter sampel ke tabung yang berisi insta gene matrix
menggunakan pipet, dan dicampurkan dengan cara di goyang atau di putar.
7. Melakukan teknik ekstraksi yang sama, namun dengan bahan yang berbeda
yaitu makanan yang tersertifikasi non-GMO. Memasukan sampel non-GMO ke
dalam tabung non-GMO. Jangan lupa untuk membersihkan pistil dan mortar
menggunakan sabun dan membilas nya dengan air biasa dan air distilasi pada
bilasan terakhir.
8. Mengikubasi tabung yang berisi sampel dengan insta gene matrix dan non-
GMO dengan kondisi suhu 95℃ selama 5 menit.
9. Menaruh tabung yang sudah di inkubasi ke dalam sentrifugasi selama 5 menit,
dan menyalakan sentrifugasi dengan kecepatan maksimum.
10. Menyimpan sampel yang sudah di sentrifugasi, dalam suhu 4℃ dan dapat
bertahan hingga 1 bulan.
11. Sebelum melakukan teknik PCR, menyiapkan ekstrak DNA template dari
makanan non-GMO, ekstrak DNA sampel yang positif GMO, dan 6 micro tube.
12. Menyiapkan mikropipet dengan tip ukuran 20 mikroliter. Memasang penahan
aerosol pada mikropipet, untuk menjaga agar aerosol dari pipet tidak masuk ke
sampel.
13. Memindahkan 20 mikroliter plant master mix berwarna hijau yang sebelumnya
disimpan di dalam bak es, ke 6 microtube yang sudah disediakan.
14. Memindahkan 20 mikroliter GMO master mix berwarna merah ke dalam 6 micro
tube
15. Memindahkan 20 mikroliter DNA template makanan non-GMO ke setiap
microtube. Pastikan tidak mengambil bagian yang ada di bawah, karena insta
gene matrix dapat terambil oleh pipet dan bisa menghambat kerja PCR.
16. Menutup setiap microtube untuk menghindari kontaminasi.
17. Melakukan teknik yang sama untuk setiap sampel DNA yang lain.
Laporan Praktikum Nama: Bariq Fajar Tsani..

BIO 205. Genetika Dasar NIM : G34190008

Gambar 1 Hasil simulasi PCR virtual menggunakan website http://virtual-pcr.ico2s.org/pcr/

Pembahasan
Berdasarkan hasil simulasi, simulasi dengan jumlah siklus 35 memiliki jumlah yield
yang lebih banyak dibandingkan jumlah siklus 15. Hal tersebut karena pengulangan
replikasi DNA terjadi lebih banyak pada siklus berjumlah 35, sehingga menghasilkan
yield yang lebih banyak.

Berdasarkan hasil simulasi, penggunaan Phusion polimerase memiliki lebih banyak

jumlah yield dan nilai purity yang lebih tinggi dibandingkan penggunaan Taq
polimerase. Hal tersebut karena phusion polimerase memiliki semacam ”penjepit”
yang membuat enzim tersebut lebih kuat melekat pada DNA dan mampu mengerjakan
replikasi dengan lebih efektif, dan enzim tersebut memiliki kemampuan ”koreksi
domain” sehingga memiliki error rate yang lebih rendah dari Taq polimerase.
Laporan Praktikum Nama: Bariq Fajar Tsani..

BIO 205. Genetika Dasar NIM : G34190008

Jawaban Pertanyaan

a) Fenomena replikasi DNA.

b) Utas DNA target yaitu utas fragmen DNA yang ingin diamati.
c) Sebagai titik acuan awal replikasi yang nanti dilakukan enzim polimerase.
d) Untuk membentuk DNA replikasi yang acuannya berasal dari primer.
e) DNA dapat terpisah pada suhu 95℃, dan DNA disintesis kembali pada suhu
72℃.
f) 34.359.738.298 molekul.
g) Agar dapat melakukan proses annealing, yaitu penempelan primer pada utas
DNA yang terpisah. Dan proses membutuhkan suhu yang lebih rendah dari
suhu sebelumnya.
h) Karena suhu denaturasi 50℃ tidak mampu memutuskan ikatan hidrogen
DNA, sehingga prosduk PCR tidak terbentuk.
i) Suhu, penggunaan enzim polimerase, kemurnian sampel
j) Jumlah siklus 35, suhu denaturasi 94℃, suhu annealing 68℃, jumlah
plasmid 100 ng, dan jenis DNA polimerase Phusion.