PENCARIAN LOKASI DAN DESAIN PRIMER GEN BIOSURFAKTAN

PADA BAKTERI Bacillus cereus DAN Brevundimonas spp.

MENGGUNAKAN METODE BIOINFORMATIKA

Nama : Debora Wati

NPM : A172004
ABSTRAK

Biosurfaktan merupakan senyawa permukaan aktif yang dihasilkan oleh mikroba yang
bersifat biodegradable dan menggunakan sumber yang dapat diperbaharui. Produksi
biosurfaktan skala industri masih belum maksimal karena produktivitasnya yang rendah.
Dengan mengetahui genetika penghasil biosurfaktan dari suatu mikroba diharapkan dapat
meningkatkan produksi biosurfaktan. Pada penelitian ini dilakukan analisis bioinformatika
untuk mengetahui jenis, lokasi dan desain primer gen biosurfaktan pada bakteri Bacillus
cereus dan Brevundimonas spp.. Sekuen dari genom bakteri dan gen biosurfaktan dianalisis
pada program Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) untuk mengetahui tingkat
kesamaan dari kedua sekuen tersebut. Analisis penyelarasan antara genom bakteri dengan
sekuen nukleotida biosurfaktan diperoleh hasil yang signifikan pada enam jenis biosurfaktan
pada bakteri Bacillus cereus MGJa3, Bacillus cereus galur DLOU-Changhai dan Bacillus
cereus galur TG1-6, sedangkan pada penyelarasan dengan sekuen protein biosurfaktan hasil
yang signifikan diperoleh pada tiga belas jenis biosurfaktan pada bakteri Bacillus cereus
galur MBGJa3 dan Brevundimonas nasdae galur A30. Primer dirancang menggunakan
Primer-BLAST kemudian dari kesepuluh kandidat primer yang diperoleh pada masing-
masing gen dipilih satu primer dengan karakteristik terbaik. Primer yang didesain akan
menghasilkan amplikon sebesar 887 pasang basa untuk surfaktin, 897 pasang basa untuk
iturin dan 808 pasang basa untuk fengycin.

Kata Kunci: biosurfaktan, bioinformatika, penyelarasan sekuen, BLAST