ANALISIS MULTIGEN DENGAN UGENE

Gayuh Rahayu

Pelatihan Identifikasi Cendawan Mikotoksin

SEAMEO BIOTROP
Bogor, 3 - 6 September 2019
SUBTOPIK:

1. Landasan teori penggabungan: multigene vs single gen

2. Latihan
Multigen vs Gen Tunggal

1. Setiap pohon filogenetik yang dibangun dari set data yang

berbeda akan memberikan gambaran proses evolusi yang
berbeda
2. Multigen dianggap lebih mendekati keadaan sesungguhnya
daripada gen tunggal
3. Jika ketika 2 set data digabungkan konflik, maka ada cara
penyelesaiannya dengan uji heterogeneity atau uji disparity
4. Keputusan hasil uji tersebut adalah 2 set data:
- Dapat digabungkan
- Tidak dapat digabungkan
Solusi terhadap konflik data

Gabungkan data untuk dianalisis

Terima Ho:
Homogen

Uji
Sebab-sebab heterogenisitas diketahui:
Homogeneity
Ganti model rekonstruksi pohon
untuk set data
Tolak Ho:
Tidak
Homogen

Sebab-sebab heterogenisitas tidak diketahui:

Data tidak digabungkan
Kekuatan Cabang memengaruhi pohon gabungan

Dua pohon filogenetik untuk OTU yang sama

Bentuk pohon gabungan yang mungkin terbentuk

Jika salah satu lokus lebih kuat Jika kedua lokus sama kuat
Penggabungkan didasarkan pada uji Kesesuaian (homogeneity
partition pada PAUP atau disparity index test pada MEGA)

Langkah Kerjanya:
1. Persiapkan file (File data harus sudah dalam bentuk sekuen
gabungan). Untuk mempersiapkan file sekuen gabungan, file
sekuen tunggal sudah harus diperiksa kualitas sekuen dan
disejajrkan dan di trimming)
2. Kerjakan perintah Uji ILD (Incongruence Length Difference)
pada PAUP atau perintah disparity index test pada MEGA
3. Lihat hasilnya:
Jika P>0.05---------------digabungkan
Jika P<0.05---------------tidak digabungkan
I. Membuat project……….lihat slide pada materi kualitas DNA
II.Menggabungkan 2 sekuens dari daerah yang berbeda
(RPB1 dan RPB2)
1. Klik File, pilih open dan muncul layar
2. Buka file sekuens
Setelah klik open muncul layar berikut
3. Pilih Merge sequences into a single sequence, klik ok
Pada layar ini
4. Tempatkan kursor pada layar yang menunjukkan posisi basa (1), dan
tarik sampai dengan basa terakhir di ujung kanan
Pada layar ini, sekuens kombinasi dua daerah disimpan
5. Klik action, pilih export dan pilih export selected region

Daerah 1 Daerah 2
Pada layar ini, sekuens kombinasi dua daerah disimpan
5. Klik pada tanda panah, sesuai urutan dari atas ke bawah
(Check pada folder saudara akan muncul file fasta)
LATIHAN dengan UGENE:
1. Buat pohon filogenetik pohon menggunakan gen tunggal
pada file yang dibagikan
2. Buat pohon filogenetik menggunakan 2 gen tsb

SEMOGA BERHASIL
2. Tempatkan file hasil kerja saudara dalam folder yang berisi 17
file *.fasta yang diberikan oleh panitia
III. Pensejajaran Sekuens Multigen
1. Buka folder saudara yang berisi 22 file *.fasta
Dengan cara klik file dan pilih open folder ……………………..
2. Pada layar ini, pilih Join sequences into alignment dan tulis nama
dokumennya…… Sambucium
2. Pada layar ini, sekuens-sekuens disejajarkan
Dengan cara klik tools, pilih Multiple sequence alignment, pilih
metode alignment yang saudara inginkan (pakai MUSCLE saja
dulu)
2. Pada layar ini,
sekuens-
sekuens
disejajarkan
dengan cara
klik tools, pilih
Multiple
sequence
alignment, pilih
metode
alignment yang
saudara
inginkan (pakai
MUSCLE saja
dulu)
Klik Align
Pada layar saudara, sekuens-sekuens menjadi sudah sejajar dan
sudah tersimpan dalam file sambucinum. aln
BERHASIL
IV. ANALISIS FILOGENETIK
1. Buat project adalah pilihan
2. Buka file sambucinum align.aln
3. Tentukan daerah kerja kita membuat pohon dengan cara
memotong tepi kanan dan kiri (Trimming) dengan menggunakan
cara block dan delete
4. Rekonstruksi pohon filogenetik
dengan cara klik Action, pilih Tree dan Build Tree
5. Pilih metode rekonstruksi pohon, dan kelengkapannya.
Jika saudara ragu-ragu gunakan standar yang tersedia (kecuali
bootstrap value)
6. Setelah selesai dengan pengaturan, klik Build
Inilah pohon filogenetiknya.
Pohon filogenetik dapat diperbaiki tampilannya dengan menggunakan
TreeGraph
SEMOGA BERMANFAAT
 BLAST MENGGUNAKAN UGENE
1. Mulailah dengan membuat project baru dengan nama praktikumblast
2. Buatlah database BLAST dengan langkah 2a-2c, sampai muncul layar 3

2a 2b

2c

3
4. Isilah input file (4a-b)

4a

4b
 5. Lengkapi semua yang harus
disi/dipilih (5a) dan klik 5e
6. Cek dalam folder yang saudara
pilih muncul file-file yang
berhubungan dgn kegiatan
BLAST

5a

5b
6
5c

Path sama dengan input file

5d Tulis
seperti ini
5e
7. Buka file sekuens yang akan diblast

7a

7b

7c
8. Tampilan layar setelah file sekuens dibuka
9. Pilih daerah yang akan diblast dengan cara klik dan drag kursor

9
10. Lakukan BLAST dengan melakukan 10 a-e
10a

10b

10 d

10c

10 e
11. Saudara juga dapat mengubah parameter pada advance
options, kemudian klik search

11

Tunggu, proses dapat dilihat pada layar kanan bawah

11. Jika proses selesai muncul layar berikut, klik pada tombol
dengan tanda panah merah, dan bacacatatan tentang hasil
blast