Nama : Zachra Aghnia Faza

NPM : 150510180192

Mata Kuliah : Metode Pemuliaan Tanaman

Kelas :A

1. Sebutkan salah satu dasar pemanfaatan marka molekuler dibandingkan dengan pemuliaan
tanaman konvensional !
Jawab :
- Manfaat marka molekular sebagai alat bantu seleksi Marker Assisted Selection (MAS)
memiliki banyak keuntungan jika dibandingkan dengan menggunakan seleksi secara
fenotipik yang merupakan produk kumulatif dari genotip dan lingkungan. Seleksi dengan
cara menggunakan penanda molekular didasarkan pada sifat genetik saja yang tidak
dipengaruhi oleh faktor lingkungan. Rekayasa yang dilakukan dapat jauh lebih terarah
sehingga hasil yang diperoleh dapat lebih atau sepenuhnya dikendalikan, Marka molekuler
ditentukan secara langsung pada materi genetik yaitu DNA itu sendiri. Dengan demikian
hasil yang diperoleh dari teknik marka molekuler secara total independen dari pengaruh
lingkungan dimana materi tersebut ditanam.
- Sedangkan Pemuliaan Konvensional dimana Penentuan karakteristik merupakan hal
yang krusial dalam deskripsi tanaman. Karakteristik yang paling tua dan paling umum
digunakan adalah sifat morfologi dan fisiologi seperti bentuk batang dan daun, ada atau
tidak ada bulu, waktu berbunga, ketahanan penyakit dan lain-lain. Sifat-sifat ini sekarang
digunakan untuk registrasi varietas. Kerugian menggunakan tipe ini adalah ekspresinya
sangat bervariasi terhadap kondisi lingkungan.

2. Apakah alasan utama dibalik pemanfaatan Marker Assisted Breeding ?

Jawab :
Karena teknologi pemuliaan konvensional telah terbukti memiliki keterbatasan, terutama
dalam hal waktu yang diperlukan untuk mengintrogresikan gen-gen yang diinginkan.
Selain itu, jumlah genotipe yang harus ditangani, terutama pada saat awal seleksi sangat
besar sehingga tenaga kerja yang dibutuhkan juga banyak. Teknologi maju diperlukan
untuk mengatasi keterbatasan penerapan teknik pemuliaan konvensional dan mempercepat
pencapaian tujuan akhir suatu program pemuliaan. Hal ini sangat penting dan mendesak
 dilakukan untuk mengatasi permasalahan-permasalahan pangan di masa yang akan datang.
Pemecahan kendala dalam pemuliaan konvensional mulai mendapat titik terang dengan
ditemukannya markah molekuler. Markah molekuler yang pertama kali dikenal adalah
markah protein yang secara genetik dikenal sebagai markah isozim). Meskipun markah ini
telah banyak digunakan dalam analisis genetik tanaman, namun dalam perkembangannya,
markah isozim masih sangat terbatas jumlahnya. Selain itu, beberapa sistem enzim ter-
tentu dipengaruhi oleh regulasi perkembangan jaringan, yaitu hanya mengekspresikan
suatu sifat pada jaringan tertentu. Kedua faktor tersebut merupakan kendala utama
penggunaan markah isozim dalam mengeksploitasi potensi genetik tanaman.

3. Diskusikan mengenai kunci utama keberhasilan pengembangan marka molekuler sehingga

bisa dilakukan Marker Assisted Selection !
Jawab :
Kunci utama keberhasilan marka molekuler sehingga dapat dilakukan Marker Assisted
Selection adalah hasil pencampuran lingkungan sekitar dengan faktor genetik tanaman.
Dengan adanya hasil pencampuran tersebut, marka molekuler menjadi penting adanya
karena dapat mengetahui karakter dan gen penyusun suatu tanaman.

4. Komponen apa saja yang dibutuhkan agar MAS dapat dilakukan lebih efisien ?
Jawab :
Dalam konteks MAS, markah berbasis DNA dapat menjadi efektif jika 3 komponen
terlaksana, yaitu (1) galur-galur tetua yang tepat untuk perbaikan suatu karakter untuk
tujuan khusus, (2) alel-alel yang sesuai (favorable) dominan atau resesif pada tiap generasi
persilangan, dan (3) individu-individu sasaran sesuai dengan karakter yang diinginkan di
antara turunan yang bersegregasi, berdasarkan pada komposi.

5. Apa saja hal-hal yang perlu diperhatikan dan perlu dipenuhi untuk marka DNA dalam
MAS?
Jawab :
Keberhasilan penggunaan suatu markah penyeleksi dalam kegiatan pemuliaan bergantung
pada tiga syarat utama yang harus dipenuhi, yaitu (1) peta genetik dengan jumlah markah
polimorfik yang cukup memadai, sehingga dapat mengidentifikasi QTL atau gen-gen
mayor sasaran dengan akurat, (2) markah terkait erat antara QTL atau gen mayor target
 pada peta genetik yang sudah dikonstruksi, dan (3) kemampuan menganalisis sejumlah
besar tanaman dalam waktu dan biaya secara efektif.

6. Apa yang dimaksud dengan marka dominan dan ko-dominan ?

Jawab :
 Marka dominan (dominant marker) adalah penanda yang dapat menandai adanya
lokus target, tetapi tidak bisa membedakan homozigot dengan heterozigot.
 Marka ko-dominan (co-dominant marker) penanda yang dapat menandai adanya lokus
target homozigot atau lokus target heterozigot.

7. Kemukakan alasan mengapa dibutuhkan peta molekuler dengan kerapatan tinggi pada
MAS!
Jawab :
Ketersediaan peta molekuler dengan tingkat resolusi tinggi akan mempermudah penentuan
lokus suatu gen dalam kromosom, jumlah gen, dan kekuatan gen yang bertanggung jawab
terhadap karakter tertentu. Gen yang bertanggung jawab terhadap karakter kualitatif
maupun kuantitatif (QTLs). Makin banyak marka DNA yang digunakan dalam analisis
segregasi, peluang untuk mendapatkan peta genetik yang lebih lengkap akan makkin
tinggi. Kontruksi peta genetik terdiri dari sejumlah marka molekuler pada populasi
tertentu. Tersedianya marka DNA dalam jumlah besar dan tersebar pada seluruh
kromosom suatu tanaman akan sangat membantu kesuksesan kontruksi peta genetik
dengan kerapatan tinggi.

8. Mengapa perlu mengetahui Polymorphism information content (PIC) value dalam MAS?
Jawab :
Dengan mengetahui nilai Polymorphism information content (PIC) kita dapat mengetahui
tingkat polimorfisme marker. Nilai PIC berfungsi untuk menentukan marker-marker yang
tersedia untuk digunakan dalam analisis tingkat keragaman/jarak genetik/clustering antar
genotipe-genotipe yang digunakan.

9. Sebutkan apa saja keuntungan yang bisa didapat dengan menggunakan MAS!
Jawab :
 - Lebih sederhana dibandingkan seleksi fenotipik
 Terutama untuk sifat yang membutuhkan banyak tenaga dan langkahnya rumit
 Dapat menghemat waktu dan sumberdaya
- Dapat dilakukan pada fase awal perkembangan
 Penting untuk sifat kualitas hasil
 Dapat dilakukan seleksi pada tahap bibit
- Meningkatkan akurasi
 Tidak dipengaruhi lingkungan
 Dapat memisahkan homozigot dan heterozigot

10. Diskusikan mengenai studi kasus berikut! Seorang mahasiswa ingin melakukan seleksi
untuk karakter ketahanan tanaman padi terhadap wereng coklat. Mahasiswa tersebut telah
memiliki bahan tanaman dan serangga wereng untuk pengujian. Kemudian ia melakukan
pengujian ketahanan dengan melakukan ekstraksi DNA, amplifikasi PCR, marker
genotyping dan melakukan analisis statistik. Apakah langkah yang dilakukan mahasiswa
tersebut sudah benar ?
Jawab : sudah benar

11. Apa alasan yang mendasari seorang pemulia untuk melakukan tandem selection (dapat
mengambil contoh kasus dari literatur pengembangan populasi mentimun dengan dengan
pemanfaatan tandem selection)
Jawab :
Seleksi tandem dilakukan untuk memperoleh keunggulan sifat atas dasar pencapaian taget
seleksi (batas seleksi standar yang harus dipenuhi). Seleksi dikerjakan terhadap satu sifat
yang paling penting. Seleskinya dilaksanakan dari generasi ke generasi berikutnya secara
kontinu sampai sifat tersebut mencapai performans yang maksimal. Efektif apabila dilihat
dari segi progres masing-masing sifat yang dikehendaki.

12. Sebutkan keuntungan yang bisa didapat dengan penggunaan tandem selection!
Jawab :
- Menghasilkan sifat-sifat yang unggul pada generasi pertama
- Menghasilkan sifat yang unggul dalam jumlah yang banyak dengan waktu yang lebih
cepat
13. Diskusikan mengenai prosedur yang dilakukan dalam tandem selection untuk menyeleksi
karakter yang diinginkan!
Jawab :
Sifat yang diinginkan diseleksi hingga memperoleh keunggulan sifat atas dasar pencapaian
taget seleksi. Kemudian menyeleksi sifat lain selanjutnya. Seleksi dilakukan secara
kontinu dari generasi ke generasi selanjutnya.

14. Sebutkan faktor apa saja yang menjadi pertimbangan pemilihan marka yang akan
digunakan dalam tandem selection !
Jawab :
- Marka molekuler harus berkolerasi kuat dengan karakter yang akan diseleksi
- Pemilihan gen target
- Pemilihan jenis marka molekuler yang akan digunakan harus dipertimbangkan

15. Jawab dengan singkat apa saja hal-hal yang dilakukan dalam seleksi fenotipik pada
tandem selection !
Jawab :
- Seleksi pertama dilakukan untuk sifat yang paling penting
- Setelah tujuan untuk sifat pertama telah dicapai, upaya seleksi ditargetkan sifat yang
paling penting berikutnya dan dilakukan untuk jumlah generasi tertentu.

Benar Salah

1. Penggunaan DNA Marker untuk seleksi tidak langsung memberikan manfaat terbaik untuk
karakter kuantitative dengan heritabilitas rendah (benar, penggunaan DNA marker pada
Marker Assisted Selection lebih bermanfaat untuk karakter kuantitative)
2. Seleksi dengan MAS tidak tergantung pada marka molekuler yang digunakan karena tidak
berhubungan dengan proses pengkarakterisasian (salah, seleksi MAS berhubungan
dengan marka molekuler yang digunakan)
3. Marka kodominan tidak lebih penting dibanding marka dominan dalam MAS untuk
tanaman hibrida (salah, karena marka kodominan dapat menandai adanya lokus
target hetertozigot untuk tanaman hibrida)
4. Sebaik apa marka dapat terkait dengan karakter target menjadikan faktor besar yang
mempengaruhi efisiensi dalam MAS (benar, marka molekuer yang digunakan harus
berkolerasi yang kuat dengan karakter yang menjadi target seleksi)
5. Karakterisasi dengan marka molekuler tidak terlalu berperan penting dalam
mengidentifikasi marka yang dekat dengan gen dari karakter yang dibutuhkan (salah,
karena karakterisasi marka molekuler berperan dalam identifikasi marka yang
dekat denngan gen yang dibutuhkan )
6. Semakin sedikit alel yang terdapat dalam lokus, semakin sedikit pula keragaman yang
dimiliki (benar)
7. Penggunaan MAS belum dapat memungkinkan untuk menyeleksi pada seluruh tingkat
genome (benar)
8. Tandem selection merupakan panggabungan prosedur seleksi pada pemuliaan tanaman
antara seleksi fenotipik dan seleksi berbasis marka molekuler (salah, panggabungan
prosedur seleksi seleksi fenotipik dan seleksi berbasis marka molekuler merupakan
seleksi index)
9. Pada tandem selection, karakter yang diseleksi terus ditingkatkan hingga memenuhi
indikator yang diinginkan atau memenuhi nilai kritis genotipe (benar, karena pada
seleksi tandem memilih satu sifat sampai pada tingkat perbaikan yang diinginkan,
kemudian baru memilih sifat yang selanjutnya )
10. Genotyping dan selection adalah bagian dari prosedur MAS yang dilakukan dalam tandem
selection (salah, karena genotyping digunakan untuk melihat perbedaan individu
pada tingkat DNA)