Nama : Yulia Indriani

NIM : 4202220001

Kelas : PSB 20 A

1. Jelaskan hubungan keterkaitan antara teknik rekombinan dengan bioteknologi ?

Jawab : Teknik DNA rekombinan atau sering disebut juga rekayasa genetika ini adalah suatu ilmu
yang mempelajari pembentukan kombinasi materi genetik yang baru dengan cara penyisipan
molekul DNA ke dalam suatu vektor sehingga memungkinkan terjadinya integrasi dan mengalami
perbanyakan dalam suatu sel organisme lain yang berperan sebagai sel inang. Hubungan nya dengan
bioteknologi yaitu karena melibatkan rekayasa genetika sehingga menghasilkan DNA rekombinan
dan organisme transgenik yang dapat dimanfaatkan untuk menghasilkan produk yang diinginkan.

2. Jelaskan konsep replikasi DNA sebagai aliran informasi genetik suatu organisme ?

Jawab : Struktur DNA yang berbentuk heliks ganda, dengan jelas menyarankan bagaimana DNA bisa
di copy, sehingga informasi yang terdapat di dalamnya diteruskan ke generasi berikutnya. Peran DNA
sebagai templat untuk replikasi dan transmisi informasi genetik menjadi jelas: rantai yang satu
merupakan komplemen dari rantai yang lain. Aturan pasangan basa memberikan arti bahwa masing-
masing rantai berfungsi sebagai templat untuk sintesis rantai pasangannya. Replikasi DNA yaitu
proses peng-copy-an DNA induk untuk menghasilkan molekul DNA anak yang mempunyai urutan
nukleotida yang identik.

3. Buatlah bagan alur dengan keterangan rinci proses dan prinsip dasar DNA Rekombinan ?
Jawab :

- Proses DNA Rekombinan :

1). Isolasi sumber DNA

Elusi atau isolasi fragmen tunggal DNA adalah proses pemisahan fragmen DNA target dari campuran
fragmen-fragmen DNA pengotornya. Hal ini penting dalam rekayasa genetik karena fragmen
tersebut dapat digunakan untuk pelacak dalam mendeteksi gen DNA lain dan dapat dicangkokkan ke
fragmen DNA lainnya. Fragmen DNA yang tidak tercampur dengan fragmen DNA lainnya diperoleh
melalui beberapa tahap.
Tahap pertama adalah pemisahan fragmen yang ingin diisolasi dari fragmen lainnya dengan
pemotongan menggunakan enzim restriksi atau hasil PCR, yang dilanjutkan dengan elektroforesis
menggunakan gel agarose. Tahap selanjutnya adalah mendeteksi fragmen yang akan diisolasi dan
memotong gel agarose yang mengandung fragment tersebut. Tahap terakhir adalah mengisolasi
fragmen DNA dari gel agarose dengan cara melewatkannya pada membran Hybon N netral dan
memberi larutan buffer elusi yang berisi Tris buffer dan Sodium Dodesil Sulfat.

2). Pemotongan Gen

Restriksi plasmid merupakan proses pemotongan fragmen DNA pada situs tertentu sesuai yang
diinginkan dengan menggunakan enzim restriksi. Molekul DNA rekombinan tidak dapat dibuat
dengan mudah tanpa adanya dua jenis enzim, yaitu: enzim restriksi endonuklease yang berperan
sebagai “gunting” untuk memotong DNA pada situs spesifik. Setiap enzim restriksi mengenali urutan
spesifik dan memotong hanya di tempat-tempat tertentu dari urutan basa tersebut. Enzim restriksi
memotong DNA double strands dengan memutus ikatan kovalen di antara phosphat dari satu
deoksiribonukleotida dengan gula dari deoksiribonukleotida yang berbatasan dengannya.

Terdapat dua tipe hasil pemotongan, ujung rata (blunt end) dan ujung kohesif (sticky end). Ujung
rata (blunt end) dihasilkan ketika dua utas molekul dipotong pada posisi yang sama, bagian akhirnya
rata dan tidak ada nukleotida yang tidak berpasangan. Ujung kohesif (sticky end) dihasilkan ketika
setiap molekul DNA dipotong pada posisi yang tidak sama sehingga salah satu utas (5’ atau 3’)
menggantung dengan beberapa nukleotida. Akhiran single strand yang tidak rata ini dapat
berpasangan secara spontan dengan basa pasangannya sehingga disebut “sticky” (mudah lengket)
atau kohesif.

3). Penggabungan Gen

Ligasi adalah proses penyambungan antara satu fragmen DNA dengan fragmen DNA lainnya. Di
dalam pengklonan gen, DNA insert disambungkan dengan vector pengklonan. Terdapat beberapa
jenis vector, diantaranya vector untuk bakteri adalah plasmid, phage dan cosmid, serta beberapa
vector lain yang digunakan untuk organisme selain bakteri, yaitu Yeast Artificial Chromosomes (YAC),
Bacterial Artificial Chromosomes (BAC), Plant Cloning Vectors dan Mammalian Cell Vectors (Barnum,
2005).

Faktor yang sangat berperan dalam proses ligasi adalah Enzim Ligase. Ligasi berhasil bila kedua ujung
yang akan disambungkan berkomplemen. Kecocokan yang sangat spesifik dibutuhkan bila fragmen
DNA yang akan disambungkan mempunyai ujung tidak rata (sticky end), karena penyambungannya
harus mengikuti kaidah Chargaff, yaitu T berpasangan dengan A dan G berpasangan dengan C.
Sedangkan fragmen DNA yang mempunyai ujung rata (blunt end) dapat disambungkan dengan
sembarang fragmen DNA lain yang berujung rata. Oleh karena itu untuk mengklon suatu fragmen
DNA yang spesifik menggunakan ujung tidak rata sedangkan pengklonan DNA yang tidak
memerlukan spesifikasi tertentu menggunakan ujung rata (Suharsono, 2000).

4). Penyisipan Gen ke dalam Bakteri

Penyisipan gen dapat dilakukan melalui dua cara yaitu:

 Konjugasi : perpindahan DNA dari satu sel (sel donor) ke dalam sel bakteri lainnya
(sel resipien) melalui kontak fisik antara kedua sel

 Transformasi : pengambilan DNA oleh bakteri dari lingkungan di sekelilingnya.

 Transduksi : cara pemindahan DNA dari satu sel ke dalam sel lainnya melalui
perantara fage.

DNA yang masuk ke dalam bakteri dapat berintegrasi dengan DNA atau kromosom bakteri sehingga
terbentuk DNA rekombinan atau kromosom rekombinan.

5). Memasukkan DNA Rekombinan ke Sel Target

Memasukkan DNA Rekombinan ke Sel Target / Sel Hidup dapat dilakukan dengan tiga cara yaitu:

 Transformasi : pengambilan DNA rekombinan dari lingkungan di sekelilingnya.

 DNA-packaging : memasukkan molekul DNA-phage ke dalam partikel phage.

 Minkroinjection : memakai jarum super kecil untuk menginjekasikan DNA rekombinan

langsung ke inti sel yang ditransformasi.
- Prinsip dasar DNA Rekombinan : menyisipkan gen yang mengkode sifat yang diinginkan dari
organisme donor ke dalam DNA vector baik berupa bakteri atau virus untuk kemudian dimasukkan
ke organisme tujuan.

4. Buatlah bagan alur dengan keterangan rinci proses dan prinsip dasar proses enzim restriksi,
enzim ligase, dan transformasi DNA ?

Jawab :

- Enzim Restriksi : merupakan suatu enzim yang berasal dari mikroba yang bisa memotong sekuens
atau urutan DNA untai ganda. Enzim restriksi ini memiliki nama lain yaitu endonuklease restriksi.
Mekanisme Kerja Enzim Restriksi :

1. Hasil pemotongan berujung tumpul (blunt atau flush end)

Enzim ini memotong secara simetris antara kedua utas DNA maka menciptakan ujung tumpul.
Contoh enzim yang menghasilkan pola seperti ini ialah SmaI

2. Hasil pemotongan berujung lancip atau lengket (sticky atau cohesive ends)

Pola seperti ini lebih mudah melekat (annealing) dengan pasangan DNA nya sebab adanya ikatan
basa antara ujung-ujung yang menggantung.

 Ujung menggantung 5’ : Enzim ini memotong secara asimetris pada situs pemotongan,
memproduksi hasil pemotongan memanjang pada ujung 5’. Contoh enzim yang
menghasilkan ujung menggantung 5’ ialah BamHI
  Ujung menggantung 3’, Enzim ini juga memotong secara asimetris pada situs pengenalan,
tetapi menciptakan hasil pemotongan memanjang pada ujung 3’. Contoh enzim yang
menghasilkan pola seperti ini ialah KpnI.

- Enzim ligase : enzim yang mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester antara ujung 5’-fosfat

dan 3’-hidroksil pada DNA yang mengalami nick. Nick pada DNA dapat terjadi pada
saat replikasi DNA, rekombinasi dan kerusakan.

Proses DNA ligase dimulai dari hidrolisis kofaktor, yaitu NAD + atau ATP. Peristiwa ini menghasilkan
kompleks enzim-adenylate AMP yang berikatan kovalen dengan grup α-amino residu lysin pada sisi
aktif dengan melepaskan pyrofosfat inorganik (PPi), jika kofaktor berupa ATP; atau nicotinamide
mononucleotide (NMN), jika kofaktor berupa NAD +. Kemudian sebagian AMP akan berpindah dari
sisi aktif lysin ke ujung bebas 5’-fosfat yang berada pada nick utas DNA. Pada akhirnya, iktan
fosfodiester akan terbentuk antara ujung 3’-OH yang berada di ujung nick dengan 5’-fosfat dan
melepaskan AMP dan enzim adenylate.

- Transformasi DNA : merupakan salah satu metode untuk memasukkan DNA ke dalam sel bakteri.
Prinsip dari transformasi adalah dengan ekstraksi DNA dari sel donor, kemudian dicampur dengan
sel resipien yang telah dibuat rentan terhadap masuknya molekul DNA melalui pori atau saluran
dalam dinding dan membran sel. Proses nya yaitu : Permukaan sel bakteri memiliki protein yang
dapat mengenali DNA dari jenis yang masih berkerabat kemudian mentransport DNA tersebut
masuk ke dalam sel. Di dalam sel, DNA asing tersebut akan menyatu dengan DNA inang dan
menyebabkan perubahan pada struktur DNA awal. Perubahan struktur DNA ini akan menyebabkan
perubahan sifat bakteri tersebut.

5. Jelaskan manfaat dan dampak penggunaan teknik DNA Rekombinan dalam bioteknologi !

Jawab :

- Manfaat : DNA Rekombinan telah memberikan banyak manfaat bagi perkembangan ilmu

pengetahuan maupun bagi kehidupam manusia sehari-hari. Beberapa jenis obat-obatan, vaksin,
bahan pangan, bahan pakaian dan lainnya telah diproduksi dengan memanfaatkan teknologi DNA
Rekombinan.

- Dampak :

1. Dampak dalam pertanian

Walaupun terlihat bahwa pangan hasil dari rekayasa genetika dapat menjawab permasalahan
pangan. Ternyata organisme ataupun makhluk hidup memiliki kecacatan dan dikhawatirkan dapat
menimbulkan permasalahan kesehatan. Adanya efek samping dari penggunaan pembasmi hama
akan berpengaruh pada kadar oksigen di dalam tanah.

2. Dampak dalam bidang kesehatan

Tanaman transgenik dicurigai dapat menyebabkan keracunan bagi manusia. Sebab tanaman
transgenik yang disisipi gen tahan hama ternyata tidak hanya bersifat racun bagi serangga, tetapi
juga racun pada tubuh manusia.