0362-028x-67 10 2302.en - Id
0362-028x-67 10 2302.en - Id
com
2302
Jurnal Perlindungan Pangan, Vol. 67, No. 10, 2004, Halaman 2302–2305
hak cipta Q, Asosiasi Internasional untuk Perlindungan Pangan
Catatan Penelitian
35042 Rennes, Prancis; 2Unité de microbiologie, Département de pathologie générale, Ecole Nationale Vétérinaire, La Chantrerie, BP 40706, 44307
Nantes cedex 3, Prancis; dan3Genesystems, 1 rue du Courtil, pusat Cicea, Bâtiment 4, 35170 Bruz, Prancis
ABSTRAK
Kehadiran dari Stafilokokus intermedius dalam makanan masih belum jelas karena analisis laboratorium rutin tidak membedakan
antara S. intermedius dan stafilokokus aureus, penyebab utama keracunan makanan. Kedua spesies memiliki banyak karakteristik fenotipik,
termasuk produksi koagulase dan termonuklease. Pada kedua spesies, beberapa strain dapat menghasilkan enterotoksin dan oleh karena
itu dapat menjadi penyebab wabah keracunan makanan. Meskipun Sistem Staph ID32 (bioMérieux, SA, Marcy l'Etoile, Prancis), berdasarkan
karakterisasi fenotipik miniatur, memberikan hasil yang memuaskan untuk membedakan antara dua spesies ini, beberapa metode berbasis
PCR molekul cepat telah dikembangkan untuk mengidentifikasiS. aureus secara khusus, tetapi mereka tidak mengidentifikasi S. intermedius.
Di sini, kami mengembangkan metode PCR multipleks yang cepat, akurat, dan diskriminatif yang menargetkan sekuens spesifik spesies
dalam inti gen, yang mengkode thermonuclease dalam dua spesies. Tes ini mencakup kontrol positif internal yang menargetkan wilayah gen
16S ribosomal RNA (rDNA) yang sangat terkonservasi. Sebanyak 116 strain digunakan untuk memvalidasi pengujian kami. Tes tidak
memberikan sinyal pada yang berikut:Stafilokokus jenis: S. epidermidis, S. chromogenes, S. hyicus, S. warneri, S. xylosus, S. lentus, dan S.
sciuri. Itu memungkinkan diskriminasi yang berhasil 100% antara S. aureus (44 strain diuji) dan S. intermedius (57 strain) diisolasi dari asal
yang berbeda.
Stafilokokus aureus merupakan patogen oportunistik yang listrik tidak jelas karena dapat dikacaukan dengan S. aureus dalam
menyebabkan berbagai infeksi mulai dari abses hingga septikemia. analisis laboratorium rutin (27).
Beberapa strain dariS. aureus mampu menghasilkan enterotoksin Dalam praktek laboratorium rutin, produksi asam dari
stafilokokus dan karena itu terlibat dalam wabah keracunan manitol dalam kondisi anaerobik, aseton, dan hialuronidase,
makanan (17). S. aureusadalah salah satu dari tiga mikroorganisme protein A, dan B-aktivitas galaktosidase direkomendasikan
utama yang bertanggung jawab atas penyakit bawaan makanan di untuk membedakan S. aureus dan S. intermedius (22, 23).
Prancis (9) dan di negara lain. Penggunaan sistem ID32 Staph (bioMérieux, SA, Marcy
Stafilokokus intermedius berhubungan erat dengan l'Etoile, Prancis), kit yang tersedia secara komersial,
S.aureus. Kedua spesies koagulase dan thermonuclease positif. memberikan hasil yang memuaskan tetapi didasarkan pada
Beberapa strain dariS. intermedius juga mampu menghasilkan karakterisasi fenotipik mini yang interpretasinya mungkin
enterotoksin stafilokokus (3). S. intermediusdiakui pada rumit. Karakterisasi fenotipik memiliki keterbatasan yang
dasarnya sebagai komponen umum dari flora kulit, mulut, atau sebagian disebabkan oleh ekspresi karakter yang bervariasi
hidung anjing sehat dan juga telah ditemukan di berbagai dan ambiguitas dalam interpretasi reaksi titik akhir.
spesies hewan lainnya (10). S. intermediusjarang ditemukan Baru-baru ini, metode molekuler seperti analisis
pada manusia, bahkan di antara individu yang sering terpapar polimorfisme situs pembatasan gen rRNA (1), Urutan gen
hewan. Namun, itu bertanggung jawab atas infeksi yang terkait RNA ribosom (rDNA) 16S (19), PCR spacer intergenik 16S–23S
dengan luka gigitan anjing(21, 25). S. intermediustelah terlibat rDNA (20), dan hibridisasi DNA (8, 15) digunakan untuk
dalam keracunan makanan yang melibatkan produk yang mengidentifikasi spesies stafilokokus. Metode ini berfokus
dicampur mentega, yang mengakibatkan 265 kasus infeksi di
pada pengembangan tes untuk studi filogenetik atau untuk
pengenalan spesifik dariS.aureus. Selain itu, mereka
Amerika Serikat bagian barat (13). Jasper dkk.
memakan waktu. Di sisi lain, dua metode berdasarkan tes
(12) dan Langlois dkk. (16) mempelajari spesies stafilokokus yang diisolasi
PCR dikembangkan: satu metode untuk mengidentifikasiS.
dari susu sapi dan tidak menemukan S. intermedius.Namun, frekuensi
aureus berdasarkan amplifikasi fragmen 270-bp di inti, gen
sebenarnya dari S. intermedius dalam makanan kembali
yang mengkode produksi thermonuclease
(5), dan metode lain untuk mengidentifikasi S.
* Penulis untuk korespondensi. Telp: 33 2 23 48 56 94; Faks: 33 2 23 48 55 78; intermedius khusus berdasarkan amplifikasi fragmen
Email: baron@agrorennes.educagri.fr. 901-bp pada gen RNA ribosom 16S (rDNA) (28). keduanya
J. Food Prot., Vol. 67, No. 10 PERBEDAAN ANTARA S. AUREUS DAN S. INTERMEDIUS 2303
TABEL 1. Spesies dan strain stafilokokus diuji dengan PCR Desain primer. Penjajaran urutan untuk analisis komparatif
diperoleh dengan menggunakan Multalin 5.4.1 (7). Nomor aksesi
Spesies bakteri
GenBank dari inti urutannya adalah N315, 15926905; Mu50,
(jumlah isolat) Sumber (jumlah isolat)
21204379; dan MW2, 15924314 untukS. aureus dan 47146
S. aureus (44) Strain referensi ATCC 27735, ATCC (6) untuk S. intermedius. Nomor aksesi GenBank dari urutan DNA
20231, ATCC 12600 ribosom 16S (lengkap atau sebagian) adalah N315, SArRNA01;
Susu sapi (28) Mu50, SAVRRNA01; MW2, MWrRNA01; FU16A2, 1199935; Kitami,
Kulit ayam (8) 1199936; OA1, 1199938; dan ATCC 12600T, 1199939 untukS. aureus
kulit kalkun (4) dan ATCC 29663T, 1199951; CE5, 6635425; CE79, 6635426; dan CE80,
Anjing (1) 6635427 untukS. intermedius.Primer dirancang dengan perangkat
S. intermedius (57) Strain referensi ATCC 49052, ATCC lunak Primer3 (24). Setiap primer diuji dengan yang lain untuk
29663, CIP 81,60, CIP 81,77 memastikan bahwa setiap primer dari himpunan tidak mengandung
Anjing (pioderma, telinga, mata, urin, abses, wilayah interkomplementer dengan primer dari pasangan yang
Ukuran dari
Meleleh diperkuat
suhu pecahan
Nama Urutan 59 ke 39 (8C) (bp)
digunakan untuk identifikasi spesies spesifik S. aureus dan urutan tujuh S. aureus dan empat S. intermedius
S. intermedius pada percobaan PCR tunggal. Karena hanya satu disejajarkan dan urutan umum dipilih. Sepasang primer
SIinti urutan tersedia di GenBank, kami memperkuat fragmen kemudian dirancang (16S1, 16S2) yang dianil ke gen RNA
internal SIinti dengan PCR dengan menggunakan DNA ribosom 16S dari kedua spesies. PCR multipleks
kromosom dari lima S. intermedius strain (dua strain referensi mengharuskan primer berbagi suhu leleh yang sama
dan tiga strain diisolasi dari anjing) sebagai template. Primer (Tm), tanpa kemungkinan hibridisasi silang. Setelah itu,
yang digunakan untuk PCR ini dirancang dari SI . yang analisis produk PCR dengan elektroforesis gel
diterbitkaninti urutan (6). NUCSEQ1 dan NUC-SEQ2 (Tabel 2) membutuhkan ukuran fragmen amplifikasi yang jelas
berhasil digunakan untuk memperkuat fragmen 455-bp di SIinti berbeda. Nama, urutan primer, suhu leleh, dan ukuran
(sesuai dengan 89% dari intigen) untuk lima strain. Fragmen fragmen diberikan pada Tabel 2.
PCR yang dihasilkan digunakan sebagai template untuk reaksi Tes PCR tripleks kami memungkinkan diskriminasi yang
sekuensing pada kedua untai dengan NUCSEQ1 dan NUCSEQ2 berhasil 100% antara S. aureus (44 strain diuji) dan S.
sebagai primer urutan. Lima SI partial parsial baruinti urutan intermedius (57 strain) dari asal yang berbeda dan dengan
yang diperoleh disejajarkan dengan tiga SAinti urutan tersedia profil ID32 yang berbeda. Produk PCR muncul sebagai pita DNA
di GenBank untuk memilih dua wilayah internal di SIinti dan SA tunggal dengan ukuran 420 dan 125 bp untukS. aureus dan
inti, masing-masing, karena perbedaan urutan mereka. Di S. intermedius, masing-masing. Untuk dua spesies, kami juga
diterbitkanS. aureus urutan genom lengkap (N315 dan Mu50 ( mengamati pita 252-bp yang sesuai dengan kontrol positif 16S.
15) dan MW2 (2)), dua gen diberi keterangan dan diberi nama '' Ketiga fragmen mudah dipisahkan pada elektroforesis gel
inti'' Satu sesuai dengan jenis produksi termonuklease '' foggie '' agarosa 1,5% (Gbr. 1). Tidak ada amplifikasi (kecuali untuk
yang dicirikan dengan baik (24); yang lain sesuai dengan kontrol positif 16S) yang terjadi untuk spesies stafilokokus lain
produksi thermonuclease, juga. Kami memilih yang terakhir yang diuji. Di antara spesies ini, hanyaS. hyicus adalah
untuk mendesain SAintiprimer spesifik karena urutannya sesuai thermonuclease positif, tetapi semua spesies telah dilaporkan
dengan SIinti tersedia urutan dalam literatur sebagai penghasil enterotoksin potensial
(26).
SI disejajarkaninti dan SAinti urutan menyajikan homologi Tes PCR tripleks yang dijelaskan di sini memungkinkan
66%, tetapi kami mengeksploitasi zona divergensi untuk diskriminasi yang cepat, akurat, dapat direproduksi, dan
merancang dua pasangan primer (Tabel 2): satu khusus untuk nonsubjektif antara S. aureus dan S. intermedius. Tes PCR kami
S. intermedius (SInuc1, SInuc2) dan satu khusus untuk S. aureus didasarkan pada sekuens spesifik spesies dari gen thermonuclease
(SAnuc1, SAnuc2). dan mencakup kontrol positif internal yang menargetkan wilayah
Untuk mendapatkan kontrol positif pada jalur PCR yang 16S rDNA yang sangat terkonservasi sebagai pemeriksaan pada
diinginkan, gen RNA ribosom 16S yang sangat terkonservasi jalur PCR yang diinginkan. Tes ini dapat digunakan dengan mudah
dalam prosedur laboratorium rutin untuk studi epidemiologi dan untuk elektroforesis gel bidang berdenyut dengan karakterisasi
epidemiologis Stafilokokus intermedius terlibat dalam wabah
mengevaluasi frekuensi sebenarnya dari S. intermedius melawan
terkait makanan. Epidemi. Menulari.113:75–81.
S. aureus dalam makanan.
14. Kuroda, M., T. Ohta, I. Uchiyama, T. Baba, H. Yuzawa, I. Kobayashi, L.
Cui, A. Oguchi, K. Aoki, Y. Nagai, J. Lian, T. Ito , M. Kanamori, H.
UCAPAN TERIMA KASIH Matsumaru, A. Maruyama, H. Murakami, A. Hosoyama,
Terima kasih kami untuk Jane Hall untuk koreksi bahasa Inggris kami dan Y. Mizutani-Ui, NK Takahashi, T. Sawano, R. Inoue, C. Kaito, K.
Olivier Chesneau untuk diskusi yang membantu di awal pekerjaan ini. Sekimizu, H. Hirakawa, S. Kuhara, S. Goto, J. Yabuzaki, MN
Kanehisa, A. Yamashita, K. Oshima, K. Furuya, C. Yoshino, T.
REFERENSI Shiba, M. Hattori, N. Ogasawara, H. Hayashi, dan K. Hiramatsu.
2001. Sekuensing seluruh genom resisten methicillin
1. Aubert, S., A. Morvan, JL Guesdon, dan N. el Solh. 1992. Stafilokokus aureus. Lanset357:1225–1240.
Kegunaan sistem staph ID32 dan metode berdasarkan analisis 15. Kwok, AY, SC Su, RP Reynolds, SJ Bay, Y. Av.-Gay, NJ Dovichi, dan
polimorfisme situs restriksi gen rRNA untuk identifikasi spesies AW Chow. 1999. Identifikasi spesies dan hubungan filogenetik
dan subspesies isolat klinis stafilokokus.J.klin. Mikrobiol.