INDEXING TANAMAN

Indexing tanaman adalah pengujian untuk mengetahui adanya patogen sistemik

pada tanaman yang di uji dalam hal ini adalah tanaman hasil PTP. Indeksing dengan cara
pengujian serologi dan biokimia dapat dilakukan lebih cepat dibandingkan dengan
menggunakan tanaman indikator, tetapi tidak menginformasikan kuat lemahnya strain
penyakit yang ada.

Indeksing dapat dilakukan dengan pemeriksaan melalui tanaman indikator,

dengan uji serologi ELISA (Enzym Linked Immunosorbent Assay), DIBA (Dot Immono
Blot Assay) atau dengan uji dengan PCR (Polymerase Chain Reaction).
ELISA ( Enzyme-linked immunosorbent assay)

Elisa ( Enzyme-linked immunosorbent assay) atau 'penetapan kadar imunosorben

taut-enzim merupakan uji serologis yang umum digunakan di berbagai laboratorium
imunologi. Uji ini memiliki beberapa keunggulan seperti teknik pengerjaan yang relatif
sederhana, ekonomis, dan memiliki sensitivitas yang cukup tinggi. ELISA diperkenalkan
pada tahun 1971 oleh Peter Perlmann dan Eva Engvall untuk menganalisis adanya
interaksi antigen dengan antibodi di dalam suatu sampel dengan menggunakan enzim
sebagai pelapor (reporter label). Umumnya ELISA dibedakan menjadi dua jenis, yaitu
competitive assay yang menggunakan konjugat antigen–enzim atau konjugat antobodi–
enzim, dan non-competitive assay yang menggunakan dua antibodi. Pada ELISA non-
competitive assay, antibodi kedua akan dikonjugasikan dengan enzim sebagai indikator.

Uji ini dilakukan pada plate 96-well berbahan polistirena. Untuk melakukan teknik
"Sandwich" ELISA ini, diperlukan beberapa tahap yang meliputi:

1. Well dilapisi atau ditempeli antigen.

2. Sampel (antibodi) yang ingin diuji ditambahkan.
3. Ditambahkan antibodi kedua yang dikonjugasikan dengan enzim tertentu seperti
peroksidase alkali. Antibodi kedua ini akan menempel pada antibodi sampel
sebelumnya.
 4. Dimasukkan substrat enzim yang dapat menimbulkan warna tertentu saat
bereaksi.
5. Intensitas warna campuran diukur dengan spektrofotometer yang disebut ELISA
reader hingga mendapatkan hasil berupa densitas optis (OD). Dengan menghitung
rata-rata kontrol negatif yang digunakan, didapatkan nilai cut-off untuk
menentukan hasil positif-negatif suatu sampel. Hasil OD yang berada di bawah
nilai cut-off merupakan hasil negatif, dan demikian juga sebaliknya.

Uji ini memiliki beberapa kerugian, salah satu di antaranya adalah kemungkinan yang
besar terjadinya hasil false positive karena adanya reaksi silang antara antigen yang satu
dengan antigen lain. Hasil berupa false negative dapat terjadi apabila uji ini dilakukan
pada window period, yaitu waktu pembentukan antibodi terhadap suatu virus baru
dimulai sehingga jumlah antibodi tersebut masih sedikit dan kemungkinan tidak dapat
terdeteksi.

PCR (Polymerase chain reaction)

PCR (Polymerase chain reaction) merupakan teknik yang sangat berguna dalam
membuat salinan DNA. PCR memungkinkan sejumlah kecil sekuens DNA tertentu
disalin (jutaan kali) untuk diperbanyak (sehingga dapat dianalisis), atau dimodifikasi
secara tertentu. Sebagai contoh, PCR dapat digunakan untuk menambahkan situs enzim
restriksi, atau untuk memutasikan (mengubah) basa tertentu pada DNA. PCR juga dapat
digunakan untuk mendeteksi keberadaan sekuens DNA tertentu dalam sampel..PCR
memanfaatkan enzim DNA polimerase yang secara alami memang berperan dalam
perbanyakan DNA pada proses replikasi. Namun demikian, tidak seperti pada organisme
hidup, proses PCR hanya dapat menyalin fragmen pendek DNAProses PCR untuk
memperbanyak DNA melibatkan serangkaian siklus temperatur yang berulang dan
masing-masing siklus terdiri atas tiga tahapan. Tahapan yang pertama adalah denaturasi
cetakan DNA (DNA template) pada temperatur 94-96 °C, yaitu pemisahan utas ganda
DNA menjadi dua utas tunggal. Sesudah itu, dilakukan penurunan temperatur pada tahap
kedua sampai 45-60 °C yang memungkinkan terjadinya penempelan (annealing) atau
hibridisasi antara oligonukleotida primer dengan utas tunggal cetakan DNA.
TUGAS MATA KULIAH TEKNOLOGI BENIH

“INDEXING TANAMAN”

Oleh:
Arif Dimas A.
0910480020

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2011