Meraih masa depan berkualitas bersama Sekolah Pascasarjana IPB

MIKROBIOLOGI

Ketua Program Studi/Koordinator Mayor: Dr. Ir. Gayuh Rahayu

Staf Pengajar:
Dr. Anja Meryandini, MSi
Prof. Dr. Antonius Suwanto, MSc
Dr. Aris Tri Wahyudi, MSi
Dr.Ir. Gayuh Rahayu
Dr. Iman Rusmana, MSi, SSi
Dr. Ir. Lisdar I. Sudirman
Dr. Nisa Rachmania Mubarik, MSi
Dr. Ir. Nampiah Sukarno
Prof. Dr. Okky Setyawati Dharmaputra
Dr. dr. Sri Budiarti
Dr. Ir. Yulin Lestari

Tujuan Pendidikan:
1. Menghasilkan lulusan Magister dan Doktor yang profesional dan berakhlak
tinggi,
2. Mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi dalam bidang Mikrobiologi
Tropika guna memanfaatkan sumber daya alam secara berkelanjutan bagi
kesejahteraan manusia,
3. Membina kehidupan akademik yang berkualitas.

Kompetensi Lulusan S2:

Mampu mengeksplorasi mikrob indigenos sebagai bagian pengembangan
ilmu dan pengembangan teknik mikrobiologi yang mendasari bioteknologi
pertanian, lingkungan, industri, dan kesehatan.

Kompetensi Lulusan S3:

Mampu mengevaluasi prospek dari mikrob indigenos sebagai bagian
pengembangan pengetahuan dan pengembangan teknik mikrobiologi yang
mendasari pemanfaatannya dalam bioteknologi pertanian, lingkungan, industri dan
kesehatan.

Kompetensi Minor:
Bioteknologi Mikrob
Mampu mengeksplorasi mikrob indigenos sebagai bagian pengembangan
teknik mikrobiologi yang mendasari bioteknologi pertanian, lingkungan, dan
industri.

Katalog 2012 - 493

Sekolah Pascasarjana Institut Pertanian Bogor

KURIKULUM

Program Magister Sains

39 SKS, ditawarkan 3 semester (MK SPs + MK Wajib Mayor + MK Pilihan Mayor)

Kode Mata Kuliah SKS Semester

Mata Kuliah Wajib SPs 6 SKS (15%)
PPS 500 Bahasa Inggris 3 Ganjil
STK 511 Analisis Statistika 3 Ganjil
Mata Kuliah Wajib Mayor 25 SKS (62,5%)
BIO 511 Mikrobiologi Lanjut 2(2-0) Ganjil
BIO 513 Fisiologi Mikrob 2(2-0) Ganjil
BIO 515 Genetika Mikrob 2(2-0) Ganjil
BIO 517 Praktik Mikrobiologi 2(0-4) Ganjil
BIO 512 Bioteknologi Mikrob 3(3-0) Genap
BIO 522 Bioteknologi Cendawan 3(2-3) Genap
BIO 590 Metode Ilmiah 3(2-1) Ganjil
PPS 601 Kolokium 1 Ganjil
PPS 690 Seminar 1 Ganjil
PPS 699 Penelitian dan Tesis 6 Ganjil
Mata Kuliah Pilihan Mayor 9 SKS (22,5%), 2 Paket

a. Bioprospeksi
BIO 514 Mikrob dan Potensinya 3(2-3) Genap
BIO 516 Bioteknologi Molekular 3(2-3) Genap
BIO 621 Bioteknologi Senyawa Antimikrob 3(2-3) Ganjil
b. Mikrobiologi Lingkungan
BIO 524 Interaksi Mikrob-Inang 3(2-3) Genap
Cendawan Perusak Bahan Pangan dan
BIO 526 3(2-3) Genap
Mikotoksinnya
BIO 611 Mikrobiologi Lingkungan 3(2-3) Ganjil
Jumlah SKS 40

494 - Katalog 2012

 Meraih masa depan berkualitas bersama Sekolah Pascasarjana IPB

Mata Kuliah Minor (10 SKS) Bioteknologi Mikrob

Kode Mata Kuliah SKS Semester
BIO 511 Mikrobiologi Lanjut 2(2-0) Ganjil
BIO 515 Genetika Mikrob 2(2-0) Ganjil
BIO 512 Bioteknologi Mikrob 3(3-0) Genap
BIO 522 Bioteknogi Cendawan 3(2-3) Genap

Program Doktor
42 SKS (MK SPs + MK Wajib Mayor + MK Pilihan Mayor)

Kode Mata Kuliah SKS Semester

Mata Kuliah Wajib SPs 2 SKS (4.7%)
PPS 702 Falsafah Sains 2(2-0) Ganjil
Mata Kuliah Wajib Mayor 26 SKS (62%)
BIO 711 Fisiologi Mikrob Lanjut 3(2-3) Ganjil
BIO 721 Biologi Cendawan Lanjut 3(2-3) Ganjil
BIO 713 Biologi Molekuler Keragaman Prokariot 3(2-3) Ganjil
BIO 712 Rekayasa Genetika Mikrob 3(2-3) Genap
PPS 701 Kolokium 1 Ganjil
PPS 790 Seminar 1 Ganjil
PPS 799 Penelitian & Disertasi 12 Ganjil
Mata Kuliah Pilihan Mayor 14 SKS (33.3%)
BIO 715 Biologi Bakteri Patogen 2(2-0) Ganjil
BIO 714 Ekspresi Gen dan Pengendaliannya 3(2-3) Genap
BIO 716 Biologi Aktinomiset dan Produktivitasnya 3(2-3) Genap
BIO 722 Biologi Mikoriza 3(2-3) Genap
BIO 724 Biologi Makrofungi dan Produktivitasnya 3(2-3) Genap
Total SKS 42

*) Mahasiswa yang belum mendapatkan mata kuliah Metodologi Penelitian/Metode Ilmiah

atau yang setara pada jenjang S2 harus mengambil mata kuliah-mata kuliah tersebut.
**) Pilihan mata kuliah harus disesuaikan dengan minat, topik penelitian dan seizin komisi
pembimbing

Katalog 2012 - 495

Sekolah Pascasarjana Institut Pertanian Bogor

SILABUS MATA KULIAH

BIO 511 Mikrobiologi Lanjut 2(2-0) 1

Mata kuliah ini mencakup perkembangan terkini bidang mikrobiologi seperti
kehidupan dan prinsip biologi molecular; memberikan penekanan pada evolusi,
sistematika, biologi sel mikrob prokariot dan eukariot mikrob eukariot, dan
spesiasinya. Diskusi kelas secara aktif akan menekankan pada ekosistem,
pengaruh faktor lingkungan pada pertumbuhan mikrob dan pengendaliannya.
Mata kuliah ini juga membahas pentingnya imunologi dan peran mikrob dalam
industri. Penelitian-penelitian terkini dalam bidang dasar dan aplikasi mikrobiologi
juga akan didiskusikan.
Yulin Lestari & Tim

BIO 512 Bioteknologi Mikrob 3(3-0) 2

Mata kuliah ini menjelaskan tentang teknologi DNA rekombinan pada
mikroorganisme yang dapat digunakan untuk memproduksi berbagai produk yang
bermanfaat. Topik pada kuliah ini mencakup revolusi bioteknologi mikroba,
teknologi DNA rekombinan, manipulasi ekpresi gen, produksi senyawa terapeutik
dan diagnostik, vaksin dan antibiotik, biopolimer, pemanfaatan untuk bioremediasi,
bioinsektisida, fiksasi nitrogen, dan regulasi dari patent produk bioteknologi
mikroba.
Iman Rusmana dan Tim

BIO 513 Fisiologi Mikrob 2(2-0) 1

Mempelajari struktur subseluler, pertumbuhan, dan diferensiasi sel mikrob
khususnya bakteri, serta mempelajari struktur dan proses metabolisme dan
sintesis makromolekul yang terdapat di dalam sel, serta respon mikrob terhadap
cekaman dan interaksi inang-parasit.
Nisa Rachmania Mubarik dan Tim

BIO 514 Mikrob dan Potensinya 3(2-3) 2

Mata kuliah ini membahas ciri-ciri dan kemampuan mikrob yang
memungkinkannya mempunyai potensi luar biasa yang dapat dimanfaatkan,
seperti untuk fermentasi, biokonversi (biotransformasi), dan menghasilkan enzim
hidrolitik, protein sel tunggal, biopolimer, asam amino, nukleotida, serta vitamin.
Nisa Rachmania Mubarik dan Tim

BIO 515 Genetika Mikrob 2(2-0) 1

Mata kuliah ini menjelaskan dasar-dasar genetika mikrob khususnya bakteri
yang akan digunakan sebagai sistem model. Topik-topik yang akan didiskusikan
mencakup karakteristik DNA, biologi plasmid, elemen loncat (transposon),
bakteriofage, serta ekspresi gen dan pengendaliannya. Transfer gen pada bakteri
seperti konjugasi, transformasi, dan transduksi; pustaka genom dan metagenom,
mutan dan analisisnya, kloning DNA, pemetaan fisik dan genetik genom, rekayasa
genetika dan perkembangannya juga akan didiskusikan.
Aris Tri Wahyudi dan Tim

496 - Katalog 2012

 Meraih masa depan berkualitas bersama Sekolah Pascasarjana IPB

BIO 516 Bioteknologi Molekuler 3(2-3) 2

Pengkajian aspek molekular dari gen dan ekspresi gen dengan model
mikrob tertentu. Penjelasan mencakup struktur genom, transaksi gen, ekspresi
genom, regulasi ekspresi gen, dan teknik biologi molekuler.
Antonius Suwanto dan Tim

BIO 517 Praktik Mikrobiologi 2(0-4) 1

Mata ajaran ini memberikan ketrampilan dalam Mikrobiologi. Topik yang
akan dibahas meliputi : berbagai teknik isolasi dan kultivasi mikrob, identifikasi
karakter mikrob dan gen bakteri seperti isolasi gen, transfer gen, pemetaan gen
dan mutagenesis.
Anja Meryandini dan Tim

BIO 522 Bioteknologi Cendawan 3(2-3) 2

Membahas produk cendawan serta teknologinya seperti kapang untuk
pangan tradisional terfermentasi, jamur pangan dan jamur obat, cendawan
lignolitik, cendawan entomopatogen, cendawan nematoda, cendawan mikoriza,
cendawan agen pengendali hayati, cendawan liken dan cendawan dalam
bioremediasi dan biotransformasi dan regulasi dari paten produk bioteknologi
cendawan.
Lisdar I. Sudirman dan Tim

BIO 524 Interaksi Mikrob-Inang 3(2-3) 2

Mata kuliah ini menjelaskan tentang biologi interaksi antara mikrob dan
inang baik tumbuhan maupun hewan dan manusia yang meliputi Interaksi
mutualistik, netral dan parasitik. Materi yang diberikan meliputi biodiversitas,
ekologi, fisiologi, mekanisme interaksi dan peranannya dalam bidang pertanian,
kesehatan dan lingkungan.
Nampiah Sukarno dan Tim.

BIO 526 Cendawan Perusak Bahan Pangan dan 3(2-3) 2

Mikotoksinnya
Mata kuliah ini mencakup penjelasan dan arti tahap pascapanen, ekosistem
penyimpanan dan kerusakan (deteriorasi) bahan pangan terutama biji-bijian
setelah panen, definisi cendawan perusak bahan pangan dan faktor yang
mempengaruhi pertumbuhannya. Pengaruh cendawan terhadap kualitas bahan
pangan dan toksinnya, pencegahan dan pengendalian cendawan juga akan
didiskusikan. Menjelaskan metode pengambilan sampel: metode isolasi,
enumerasi (penghitungan) dan identifikasi cendawan, pengaruh mikotoksin
terhadap kesehatan hewan dan manusia, metode deteksi dan analisis mikotoksin
(khususnya aflatoksin). Interaksi antara serangga hama dan cendawan
pascapanen terkait dengan penyimpanan bahan pangan, pengelolaan hama dan

Katalog 2012 - 497

Sekolah Pascasarjana Institut Pertanian Bogor

biji-bijian secara terpadu, penggunan komputer sebagai alat bantu untuk

meningkatkan pengelolaan hama pascapanen juga akan dibahas.
Okky Setyawati Darmaputra dan Tim

BIO 611 Mikrobiologi Lingkungan 3(2-3) 3

Pengkajian tentang karakteristik dan aktivitas mikroorganisme di udara,
aquatik, terrestrial dan lingkungan ekstrim, prinsip siklus biogeokimia, dampak dari
siklus biogeokimia tidak terkendali, prinsip degradasi senyawa polutan organik,
toksisitas logam dan detoksifikasi oleh mikrob, interaksi mikrob menguntungan dan
mikrob patogen di pertanian, limbah domestik dan pengolahan limbah, konsep dan
proses disinfeksi dan faktor yang mempengaruhi disinfeksi.
Yulin lestari dan Tim

BIO 621 Bioteknologi Senyawa Antimikrob 3(2-3) 3

Kajian tentang bioteknologi senyawa antimikrob yang mencakup baik
senyawa antibiotik asal organisme maupun semisintetik dan senyawa bakteriosin.
Dijelaskan juga organisme penghasil senyawa tersebut, strategi seleksi dan
skrining untuk mendapatkan senyawa antimikrob tersebut yang didukung dengan
penjelasan fisiologi produksi, genetik dan perbaikan galur, mekanisme kerja,
biosintesis, metode uji aktivitas, ektraksi, purifikasi dan sifat fisikokimia yang
membantu dalam penentuan struktur molekul senyawa antimikrob tersebut.
Lisdar I. Sudirman dan Tim

BIO 711 Fisiologi Mikrob Lanjut 3(2-3) 1

Mempelajari struktur subseluler sel prokariot (bakteri dan arkaea), proses
transpor, metabolisme dan regulasi senyawa aromatik, metabolisme nitrogen,
serta respon prokariot terhadap cekaman.
Anja Meryandini dan Tim

BIO 712 Rekayasa Genetika Mikrob 3(2-3) 2

Mata kuliah ini membahas prinsip dasar kloning molekuler, berbagai
teknik/strategi dalam kloning DNA, konstruksi pustaka cDNA, pustaka genom dan
metagenom, berbagai strategi dalam identifikasi/deteksi gen, fusi transkripsi dan
translasi, ekspresi dan ekspresi berlebih dari gen di E. coli, deteksi hasil ekspresi
gen, directed mutagenesis dan rekayasa protein, molecular farming, dan produksi
berbagai produk komersial hasil rekayasa genetika. Rekayasa genetika pada
bakteri gram positif dan khamir juga akan dibahas dalam kuliah ini.
Aris Tri Wahyudi dan Tim

BIO 713 Biologi Molekuler Keragaman Prokariot 3(2-3) 1

Mata kuliah ini menjelaskan berbagai aspek biokimia dan genetik yang
melandasi keragaman fisiologi, habitat, peranan ekologi, dan bioteknologi dari
organisme prokariot, termasuk sistem tranduksi energi, evolusi dan taksonomi
prokariot serta berbagai contoh yang mewakili sesuai dengan

498 - Katalog 2012

 Meraih masa depan berkualitas bersama Sekolah Pascasarjana IPB

perkembangan/penemuan yang terbaru dengan pendekatan biologi molekuler,

biokimia dan ekofisiologi.
Iman Rusmana dan Tim

BIO 714 Ekspresi Gen dan Pengendaliannya 3(2-3) 2

Memberikan wawasan untuk mempelajari analisis ekspresi gen dan
pengendaliannya. Meliputi aplikasi berbagai disiplin “omics” dalam mengungkap
ekspresi pada prokariot dan eukariot. Perkembangan terkini dalam bidang ini akan
diberikan dalam bentuk pembahasan kasus khusus dari jurnal.
Antonius Suwanto dan Tim

BIO 715 Biologi Bakteri Patogen 2(2-0) 1

Mengkaji biologi berbagai bakteri patogen dalam hubungannya terhadap
inang, penggunaan pendekatan model penelitian untuk menyelidiki regulasi dan
ekspresi faktor penyerang yang dimiliki oleh berbagai patogen.
Sri Budiarti dan Tim

BIO 716 Biologi Aktinomiset dan Produktivitasnya 3(2-3) 2

Pengkajian perkembangan terkini biologi dan produktivitas aktinomiset
dengan penekanan pada biologi Streptomyces, genetik, produksi antibiotik dan
senyawa metabolit lain, pertumbuhan dan preservasi, dan teknik identifikasi.
Diskusi juga akan mencakup perkembangan penelitian aktinomiset dan
bioprospeksinya.
Yulin Lestari dan Tim

BIO 721 Biologi Cendawan Lanjut 3(2-3) 1

Pengkajian pengetahuan ragam morfologi struktur somatik dan reproduksi,
sistem reproduksi dan genetika, ekologi, fisiologi, spesiasi, dan prinsip-prinsip
sistematika cendawan.
Gayuh Rahayu dan Tim

BIO 722 Biologi Mikoriza 3(2-3) 2

Mata kuliah ini menjelaskan perkembangan mutakhir dari mikoriza dan
mencakup materi dasar dan aplikasinya. Topik bahasan meliputi sejarah
perkembangan, ragam mikoriza, ragam fungi mikoriza, fisiologi, ekologi, genetika,
interaksi dengan organisme lain, peran mikoriza dalam berbagai aspek seperti
siklus nutrisi, pupuk hayati, pengendali hayati hama dan penyakit tanaman,
bioremediasi serta aspek teknologi produksi inokulum, ektomikoriza pangan dan
obat-obatan, dan rekayasa genetikanya.
Nampiah Sukarno dan Tim

Katalog 2012 - 499

Sekolah Pascasarjana Institut Pertanian Bogor

BIO 724 Biologi Makrofungi dan Produktivitasnya 3(2-3) 2

Mata kuliah ini menjelaskan pengetahuan dasar tentang makrofungi dan
peranannya bagi manusia dan lingkungan dengan mempelajari ilmu
jamur/makrofungi (mushroom science) mencakup identifikasi, ekologi, fisiologi,
genetika, syarat-syarat pertumbuhan dan perkembangan pada berbagai macam
substrat, faktor lingkungan dan nutrisi (proses dekomposisi dan enzim) dan
mempelajari bioteknologi makrofungi (mushroom biotechnology) yang
berhubungan dengan metabolisme dan produk makrofungi seperti senyawa
antimikrob, kandungan obat dan metabolit sekunder lainnya yang bermanfaat bagi
industri pangan, farmasi dan lingkungan.
Lisdar I.Sudirman dan Tim

500 - Katalog 2012