See discussions, stats, and author profiles for this publication at: https://www.researchgate.

net/publication/319976864

MENGENAL KERAGAMAN MIKROBA RUMEN PADA PERUT SAPI SECARA

MOLEKULER

Article · January 2017

CITATIONS READS

2 13,899

Some of the authors of this publication are also working on these related projects:

Rumen Microbes View project

All content following this page was uploaded by Nurul Fitri Sari on 22 September 2017.

The user has requested enhancement of the downloaded file.

 BioTrends Vol.8 No.1 Tahun 2017

MENGENAL KERAGAMAN MIKROBA RUMEN PADA PERUT

SAPI SECARA MOLEKULER

NURUL FITRI SARI

Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI
Jl Raya Bogor Km 46 Cibinong 16911
Telp. 0218754587; Fax. 0218754588
E-mail korepondensi: nuru024@lipi.go.id

T ernak ruminansia adalah

kelompok ternak mamalia
yang bisa memamah
(memakan) dua kali sehingga
disebut juga sebagai hewan
pemamah biak. Pada ternak
ruminansia seperti sapi memiliki
empat kompartemen perut yang
terdiri dari rumen, retikulum,
omasum, dan abomasum (Gambar
1). Masing-masing ruang pada
perut sapi memiliki fungsi yang
berbeda-beda. Rumen berfungsi
sebagai sebagai tempat
penyimpanan sementara bagi
makanan yang telah ditelan.
Retikulum berfungsi sebagai
tempat pengadukan dan
pencampuran makanan
menggunakan enzim-enzim
sehingga makan tersebut menjadi
gumpalan-gumpalan kasar (bolus).
Omasum berfungsi membantu
penghalusan makanan secara
kimiawi. Abomasum berfungsi
sebagai perut yang sebenarnya
karena di organ inilah sistem
pencernaan hewan ruminansia
secara kimiawi bekerja dengan
bantuan enzim-enzim
pencernaan.
Diantara keempat kompartemen
ini, rumen merupakan
kompartemen terbesar dan
memiliki komunitas mikroba yang
beragam yang terdiri dari bakteri,
archaea, protozoa, dan jamur.
Mikroba rumen memiliki peran
yang sangat penting bagi ternak
karena mereka dapat
memanfaatkan nutrisi tanaman
secara efisien sebagai sumber
energy. Mikroba ini terlibat dalam
menginisiasi konversi polimer
pakan tumbuhan menjadi
monomer dan berujung pada
pembentukan VFA (Volatile fatty
acid) yang berfungsi untuk
memenuhi kebutuhan karbon dan
menjadi sumber energi bagi
ruminansia (Krause et al. 2003).
Sampai saat ini, pemahaman
mengenai keragaman mikroba
rumen dan interaksinya masih
sangat terbatas. Hal ini
disebabkan karena banyak faktor,
salah satunya adalah sulitnya
mengkultur mikroba rumen yang
cenderung bersifat anaerobik.
Mikroba rumen yang sudah
teridentifikasi dan terkarakterisasi
melalui kultur dan dapat dilihat
secara mikroskopis hanya sekitar
15 – 20%. Pendekatan klasik
melalui penghitungan bakteri
melalui kultur dan mikroskopis
sangat membutuhkan banyak
waktu dan tingkat keahlian yang
tinggi. Salah satu contohnya
adalah untuk mengidentifikasi
satu jenis fungi membutuhkan
lebih dari satu media untuk fungi
karena ciri morfologinya sangat
bergantung pada komposisi dari
media (Dagar et al. 2011). Selain
itu, tidak semua mikroba dapat 1.
ditumbuhkan dengan media yang
sama. Hal ini menghambat proses
5
karakterisasi komunitas mikroba
rumen. Padahal, dengan
mengetahui keberadaan mikroba
rumen dan bagaimana
interaksinya di dalam suatu
ekosistem rumen akan banyak
membawa manfaat, salah satunya
adalah strategi formulasi pakan
yang efisien sehingga dapat
meningkatkan produktivitas
ternak.
Oleh karena itu, selama dua
dekade terakhir paradigma
penguraian mikroba rumen mulai
berubah dari metode kultur
konvensional mengarah kepada
pendekatan molekuler. Metode
ini dianggap lebih unggul dalam
mengidentifikasi mikroba rumen
karena beberapa hal diantaranya :
mikroba tidak perlu dikultur
karena dapat diidentifikasi
berdasarkan urutan spesifik basa
DNA, hasil identifikasi lebih cepat
dan jumlah sampel yang
digunakan sangat sedikit. Melalui
tulisan ini, akan dijelaskan lebih
lanjut mengenai beberapa
metode molekuler yang dapat
digunakan untuk mengeksplorasi
komunitas mikroba pada rumen.
Berikut ini adalah beberapa teknik
molekuler yang dapat
diaplikasikan untuk menjelajahi
mikroba pada ekosistem rumen:
1. Sekuensing DNA berdasarkan
gen 16S/18SrRNA
BioTrends Vol.8 No.1 Tahun 2017

Keragaman mikroba rumen telah clone yang akan disekuen. komunitas yang kompleks,
banyak dipelajari menggunakan perbandingan dan interpretasi
amplifikasi PCR (polymerase chain 2. Amplified ribosomal DNA pola pita DNA menjadi sulit
reaction) gen 16S/18S rRNA dari restriction analysis (ARDRA) and (Chaudhary et al. 2012).
sampel DNA yang diisolasi dari PCR-RFLP
cairan rumen dan diikuti oleh 3. Terminal
Terminal-restriction fragment
konstruksi pustaka gen Amplified ribosomal DNA length polymorphism (T (T- RFLP)
berdasarkan sekuen clone terpilih, restriction analysis (ARDRA) and
dan menganalisis filogenetik PCR restriction fragment length Terminal-restriction
restriction fragment
menggunakan bioinformatika. polymorphism (PCR-RFLP) length
gth polymorphism (T- RFLP)
Berdasarkan sejumlah operational merupakan teknik fingerprinting fingerprinting adalah metode yang
taxonomic units (OTUs), kehadiran yang melibatkan handal, sensitif dan high
dan kelimpahan genus pengamplifikasian troughput untuk pemantauan
mikroba/spesies di dalam rumen komunitas/DNA murni yang diikuti keanekaragaman, struktur, dan
dinamika populasi mikroba
(Schutte et al 2008). Fernando et
al. (2010) menentukan perbedaan
komunitas bakteri anantara yang
hewan yang diberi makan hijauan
dan diadaptasikan dengan pakan
tinggi konsentrat. Analisis TT-RFLP
mampu mengidentifikasi lebih
dari 115 total genus bakteri yang
berbeda. Secara filogenetik,
diamati bahwa tidak ada
perubahan signifikan terjadi pad
pada
rasio pada filum Firmicutes/
Bacteroidetes antara ternak
Gambar 1. Saluran pencernaan pada sapi dengan pemberian pakan tinggi
(http://blog.ssis.edu.vn/105447/2014/03/21/what
http://blog.ssis.edu.vn/105447/2014/03/21/what- hijauan dan tinggi konsentrat.
digestive-system- pig-a-cow-or-a-human/) Beberapa peneliti telah
have-a-better-digestive
menggunakan Teknik ini untuk
berbagai tujuan, misalnya
telah ditemukan (Skillman et al. oleh elektroforesis gel. Hasil
Khafipour et al. (2009)
2006; McSweeney et al. 2007; pemotongan fragmen DNA hasil
mengaplikasikan teknik ini untuk
Janssen and Kirs 2008; Zhou et al. amplifikasi dengan enzim restriksi
menentukan asidosis subacute
2011; Chaudhary et al. 2012). Gen divisualisasi dengan bantuan gel
rumen pada sapi perah dan
mcrA berdasarkan analisis agarose. Pola pita-pita DNA yang
mengungkapkan penurunan
keragaman rumen metanogenesis unik digunakan sebagai penanda
Gram-negatif
negatif Bacteroidetes
telah dilakukan pada sapi untuk mengidentifikasi mikroba
selama asidosis subacute rumen,
(Tatsuoka et al. 2004; Denman et atau perbandingan komunitas
(Yanez-Ruiz
Ruiz et al 2010; Vasta et al
al. 2007). mikroba (McSweeney et al. 2007;
2010)menggunakan teknik ini
Zhou et al. 2011). Singh et al.
untuk mengevaluasi pembentukan
Bagaimanapun, untuk (2011) mempelajari keragaman
bakteri dan metanogen dalam
mengkonstruk clone libraries rumen protozoa di kerbau Surti
rumen domba.
dibutuhkan jumlah clone yang berdasarkan ARDRA dan
sangat banyak untuk dianalisis menemukan bahwa Dasytricha,
4. Denaturing gradient gel
sehingga pendekatan melalui Isotricha, Ostracodinium, dan
electrophoresis (DGGE)
teknik ini dianggap rumit. Oleh Polyplastron yang dominan.
karena itu, clone libraries biasanya Teknik ARDRA dianggap tepat jika
DGGE/ Denaturing Gradient Gel
dikonstruksi secara paralel dengan digunakan untuk melihat
Electrophoresis adalah metode
teknik DNA fingerprinting yang keragaman mikroba yang
yang paling baik digunakan saat
memungkinkan keputusan didominasi oleh beberapa anggota
ini untuk mempelajari struktur
informasi yang baik pada sejumlah saja. Namun, dalam kasus
6

komunitas bakteri tanpa
membutuhkan proses kultivasi,
berdasarkan keanekaragaman gen
pengkode untuk RNA ribosom,
dimana pola denaturasi DNA pada
suhu tinggi menjadi dasar dari
metode ini. Dengan menggunakan
DGGE, fragmen DNA hasil
amplifikasi PCR dari campuran
mikroba dapat dipisahkan
berdasarkan spesies/ jenis untuk
melihat diversitas/
keanekaragamannya.
Pada umumnya DGGE digunakan
untuk mengetahui variasi yang
terjadi pada DNAsehingga teknik
ini dapat digunakan untuk
mendeterminasi biodiversitas
sampel mikroba dari rumen. Suhu
denaturasi (melting point)
fragmen DNA dipengaruhi oleh
perbandingan komponen basa GC
dan AT. Semakin banyak jumlah
GC pada sekuen DNA, semakin
tinggi suhu yang diperlukan untuk
mendenaturasinya. Amplifikasi
pada PCR-DGGE menggunakan
primer yang mengandung GC-
clamp (GC rich sequence) yang
berfungsi sebagai clamp saat
elektroforesis (Muyzer et al.
1993). Gradien konsentrasi
denaturan sepanjang gel
akrilamida berfungsi menaikkan
suhu denaturasi saat
elektroforesis. Oleh karena itu,
amplikon hasil PCR-DGGE yang
dielektroforesis pada gel
bergradien denaturan akan
terpisah berdasarkan urutan
nukleotidanya.
Prinsip kerja DGGE adalah untuk
memisahkan suatu fragmen DNA
yang memiliki ukuran yang sama
berdasarkan perbedaan konten
GC ketika mengalami denaturasi.
DGGE membutuhkan suatu
denaturan bahan kimia seperti
urea dan formamide. Ketika suatu
fragmen double stranded DNA
bermigrasi di dalam gel dan
mencapai daerah yang
mengandung denturan, rantai
DNA mulai mengalami denaturasi,
pada titik ini migrasi dari fragmen
DNA tersebut terhenti. Perbedaan
sekuen GC diantara fragmen yang
memiliki ukuran sama tersebut
menyebabkan perbedaan
karakteristik dari masing masing
fragmen ketika terjadi denaturasi
sehingga menyebabkan fragmen
DNA yang memiliki ukuran yang
sama dapat terpisah (Muyzer,
1999). Selanjutnya hasil
elektroforesis ini akan dipotong
dan kemudian dilakukan
sekuensing terhadap tiap-tiap pita
yang ada pada gel elektroforesis.
Kemudian akan dilakukan analisis
dengan menggunakan software
Bioinformatika (BLASTn, Bioedit
dan Mega 6) terhadap hasil
sekuensing tersebut.
5. Quantitative real-time PCR
Real Time PCR (qPCR) adalah
suatu metode analisis yang
dikembangkan dari reaksi
PCR. Dalam ilmu biologi
molekular, Real Time PCR (juga
dikenal sebagai quantitative real
time polymerase chain
reaction (Q-PCR/qPCR)
atau kinetic polymerase chain
reaction), adalah suatu teknik
pengerjaan PCR di laboratorium
untuk mengamplifikasi
(memperbanyak) sekaligus
menghitung (kuantifikasi) jumlah
target molekul DNA hasil
amplifikasi tersebut. Real Time
PCR (qPCR) atau dapat pula
disebut kuantitatif PCR real time
(qPCR) atau PCR kinetik adalah
teknik laboratorium berdasarkan
PCR, yang digunakan untuk
mengamplifikasi dan secara
simultan mengukur molekul DNA
target. Real Time-PCR
memungkinkan deteksi dan
kuantifikasi secara bersamaan
7
BioTrends Vol.8 No.1 Tahun 2017
untuk satu atau lebih urutan
tertentu dalam sampel DNA.
Pada analisis PCR konvensional
deteksi keberadaan DNA
dilakukan pada akhir reaksi dan
pengamatan keberadaan DNA
hasil amplifikasi dilakukan di gel
agarose setelah dilakukan proses
elektroforesis, sedangkan analisis
menggunakan Real Time PCR
memungkinkan untuk dilakukan
pengamatan pada saat reaksi
berlangsung, keberadaan DNA
hasil amplifikasi dapat diamati
pada grafik yang muncul sebagai
hasil akumulasi fluoresensi dari
probe (penanda). Pada Real Time
PCR pengamatan hasil tidak lagi
membutuhkan tahap
elektroforesis sehingga tidak lagi
dibutuhkan gel agarose dan
penggunaan Ethidium Bromide
(EtBr) yang merupakan senyawa
karsinogenik.
qPCR sering digunakan untuk
mengkuantifikasi mikroba didalam
rumen untuk mengetahui
perubahan ekosistem mikroba
selama pemberian pakan
tertentu. Tajima et al (2001)
berhasil mengkuantifikasi bakteri
dalam rumen selama transisi
pemberian pakan. Klieve et al
(2003) dan Ouwerkerk et al (2002)
menggunakan metode ini untuk
menentukan populasi
Megasphaera elsdeniiand
Butyrivibrio fibrosolvens dalam
rumen sapi. Beberapa
keterbatasan dari teknik ini adalah
biaya yang tinggi dan
ketidakmampuan untuk
mendeteksi dua atau lebih target
dalam sampel tunggal.
KESIMPULAN
Rumen merupakan kompartemen
perut di sapi yang sangat penting
karena di dalam rumen terdapat
mikroba yang dapat mendegradasi
BioTrends Vol.8 No.1 Tahun 2017
pakan menjadi sumber energi
yang dapat dimanfaatkan oleh
tubuh sapi. Namun, sejauh ini
hanya kurang dari 20% mikroba
yang dapat dikultur, hal ini
dikarenakan sulitnya
menumbuhkan mikroba rumen
yang cenderung bersifat
anaerobik. Oleh karena itu,
beberapa teknik molekuler
digunakan untuk mengungkap
ekosistem mikroba rumen,
diantaranya adalah sekuensing
DNA berdasarkan gen 16S/18S
rRNA, ARDRA, PCR-RFLP, T- RFLP,
DGGE, dan qPCR. Namun
demikian, penggunaan teknik
molekuler bukan berarti tidak
memerlukan teknik mikroba
konvensional. Sebaliknya, ini
dapat digunakan secara kombinasi
untuk memperoleh penilaian yang
luas dan akurat dari mikroba
rumen dan keragamannya.
Daftar Pustaka
Chaudhary PP, Sirohi SK, Saxena J
(2012) Diversity analysis of
methanogens in rumen of
Bubalus bubalis by 16S
riboprinting and sequence
analysis. Gene 493:13–17
Dagar SS, Kumar S, Mudgil P,
Singh R, Puniya AK (2011)
D1/D2 domain of large-
subunit ribosomal DNA for
differentiation of
Orpinomyces spp. Appl
Environ Microbiol 77:6722–
6725
Denman SE, Tomkins NW,
McSweeney CS (2007)
Quantitation and diversity
analysis of ruminal
methanogenic populations in
response to the
antimethanogenic compound
bromochloromethane. FEMS
Microbiol Ecol 62:313–322
Fernando SC, Purvis HT 2nd, Najar
FZ, Sukharnikov LO, Krehbiel
CR, Nagaraja TG, Roe BA,
Desilva U (2010) Rumen
microbial population
dynamics during adaptation
to a high-grain diet. Appl
Environ Microbiol 76:7482–
7490
Janssen PH, Kirs M (2008)
Structure of the archaeal
community of the rumen.
Appl Environ Microbiol
74:3619–3625
Khafipour E, Li S, Plaizier JC,
Krause DO (2009) Rumen
microbiome composition
determined using two
nutritional models of
subacute ruminal acidosis.
Appl Environ Microbiol
75:7115–7124
Klieve AV, Hennessy D, Ouwerkerk
D, Forster RJ, Mackie RI,
Attwood GT (2003)
Establishing populations of
Megasphaera elsdenii YE 34
and Butyrivibrio fibrisolvens
YE 44 in the rumen of cattle
fed high grain diets. J Appl
Microbiol 95:621–630
Krause D, Denman AE, Mackie RI,
Morrison M, Rae AL, Attwood
GT, McSweeney CS (2003)
Opportunities to improve
fiber degradation in the
rumen: Microbiology,
ecology, and genomics. FEMS
Microbiology Rev 27:663–693 Skillman LC, Evans PN, Strompl C,
McSweeney CS, Denman SE,
Wright ADG, Yu Z (2007)
Application of recent
DNA/RNA-based techniques
in rumen ecology. Asian- Aust
J Anim Sci 20:283–294
Muyzer G, de Waal EC,
Uitterlinden AG (1993)
8
Profiling of complex microbial
populations by denaturing
gradient gel electrophoresis
analysis of polymerase chain
reaction amplified genes
coding for 16S rRNA. Appl
Environ Microbiol 59:695–
700
Muyzer, G. 1999. DGGE/TGGE a
method for identifying genes
from natural ecosystems.
Current Opinion in
Microbiology. 2(3): 317-322.
Ouwerkerk D, Klieve AV, Forster
RJ (2002) Enumeration of
Megasphaera elsdenii in
rumen contents by real-time
Taq nuclease assay. J Appl
Microbiol 92:753–758
Schutte UM, Abdo Z, Bent SJ, Shyu
C, Williams CJ, Pierson JD,
Forney LJ (2008) Advances in
the use of terminal restriction
fragment length
polymorphism (T-RFLP)
analysis of 16S rRNA genes to
characterize microbial
communities. Appl Microbiol
Biotechnol 80:365–380
Singh KM, Tripathi AK, Pandya PR,
Rank DN, Kothari RK, Joshi CG
(2011) Dasytricha dominance
in Surti buffalo rumen
revealed by 18S rRNA
sequences and real-time PCR
assay. Curr Microbiol 63:281–
288
Joblin KN (2006) 16S rDNA
directed PCR primers and
detection of methanogens in
the bovine rumen. Lett Appl
Microbiol 42:22–222
Tajima K, Nagamine T, Matsui H,
Nakamura M, Rustam I,
Aminov RI (2001)
Phylogenetic analysis of
 BioTrends Vol.8 No.1 Tahun 2017

archaeal 16S rRNA libraries Microbiol 39:257–260 persistence of bacterial and

from the rumen suggests the methanogenic archaeal
existence of a novel group of
Vasta V, Yanez-Ruiz DR, Mele M, communities residing in the
archaea not associated with
Serra A, Luciano G, Lanza M, rumen of young lambs. FEMS
known methanogens. FEMS Biondi L, Priolo A (2010) Microbiol Ecol 72:272–278
Microbiol Lett 200:67–72 Bacterial and protozoal
communities and fatty acid Zhou M, McAllister TA, Guan LL
Tatsuoka N, Mohammed N, profile in the rumen of sheep (2011) Molecular
Mitsumori M, Hara K, fed a diet containing added identification of rumen
Kurihara M, Itabashi H (2004) tannins. Appl Environ methanogenstechnologies,
Phylogenetic analysis of Microbiol 76:2549–2555 advances and prospects.
methyl coenzyme M Anim Feed Sci Technol 166–
reductase detected from the Yanez-Ruiz DR, Macias B, Pinloche 167:76–86
bovine rumen. Lett Appl E, Newbold CJ (2010) The

View publication stats