NPM : 062130401201
KELAS : 1KA
MK : TEKNOLOGI BIOPROSES
Fermentasi merupakan suatu cara untuk mengubah substrat menjadi produk tertentu yang
dikehendaki dengan menggunakan bantuan mikroba. Produk-produk tersebut biasanya
dimanfatkan sebagai minuman atau makanan. Fermentasi suatu cara telah dikenal dan digunakan
sejak lama sejak jaman kuno. Sebagai suatu proses fermentasi memerlukan:
3. Substrat sebagai tempat tumbuh (medium) dan sumber nutrisi bagi mikroba.
Bioteknologi fermentasi menyngkut hal-hal yang berkaitan dengan proses industri fermentasi
yang meliputi:
1. Sifat Fermentasi
4. Desain Media
6. Tenik Pengukuran
8. Peningkatan Skala
b. Prinsip-prinsip Fermentasi
Agar fermentasi dapat berjalan dengan optimal, maka harus memperhatikan faktor-faktor
berikut ini:
3. Penyiapan inokulum
4. Kultur
c. Sifat Fermentasi
d. Desain Bioreaktor
Istilah fermenter (bioreaktor) digunakan untuk tempat fermentasi. Pada prinsipnya fermenter
harus menjamin pertumbuhan mikroba dan produk dari mikroba di dalam fermenter. Semua
bagian di dalam fermenter pada kondisi yang sama dan semua nutrien termasuk oksigen harus
tersedia merata pada setiap sel dalam fermenter dan produk limbah seperti; panas, CO2, dan
metabolit harus dapat dikeluarkan (remove). Masalah utama fermenter untuk produksi skala
besar adalah pemerataan medium kultur dalam fermenter. Harus homogen artinya medium kultur
harus tercampur merata. Oleh karena itu, wadah perlu didesain sedemikian rupa sehingga proses
dalam wadah dapat dimonitor dan dikontrol. Wadah (fermenter) memberikan kondisi lingkungan
fisik yang cocok bagi katalis sehingga dapat berinterkasi secara optimal dengan substrat. Desain
fermenter mulai dari yang sederhana (tangki dengan putaran) sampai yaang integrated system
dengan komputer.
3. Fase padat.
Prinsip kultivasi mikroba dalam sistem cair Mikroba berada dalam cairan yang mengandung
nutrien sebagai substrat untuk tumbuh dan berkembang bercampur dengan produk-produk yang
dihasilkan termasuk limbah. Nutrien dan oksigen yang diperlukan untuk pertumbuhan optimal
mikroba harus tercampur merata (homogen) pada semua bagian fermenter. Untuk mendapatkan
sistem fermentasi yang optimum, maka fermenter harus memenuhi syarat sebagai berikut:
1. Terbebas dari kontaminan
4. Kondisi lingkungan seperti: suhu, pH harus terkontrol. Stirred tank reactor system model yang
banyak dipakai.
1. Tertutup, semua nutrien ditambahkan pada awal fermentasi dan pada akhir fermenetasi
dikeluarkan bersama produknya. Sebagai contoh: pembuatan bir (brewing), antibiotik, dan
enzym.
2. Terbuka, secara kontinyu (terus menerus) terjadi pemasukan medium kultur dan pengeluaran
medium bersama produk. Sebagai contoh: SCP (petrokimia). Tipe Fermenter ada 2: septis dan
aseptis.
2. Aseptis untuk memproduksi fine porduct seperti: antibiotik, asam amino, polisakarida dan
single cell protein (SCP). Skala fermenter
1. Skala kecil (small scale); untuk industri rumah tangga (home industri).
2. Skala besar (large scale); untuk industri skala besar (petrokimia industri).
Masalah utama fermenter untuk produksi skala besar adalah pemerataan medium kultur dalam
fermenter. Harus homogen artinya medium kultur harus tercampur merata.
BIOKIMIA
BIOKIMIA
Proses-proses yang ada di dalam tubuh dan yang berhubungan dengan organisme hidup.[1]
Sebagai subdisiplin dari biologi dan kimia, biokimia dapat dibagi menjadi tiga bidang: biologi
struktural, enzim, dan metabolisme. Selama beberapa dekade terakhir pada abad ke-20, biokimia
telah berhasil menjelaskan proses kehidupan melalui tiga subdisiplin ilmu ini. Hampir semua
bidang ilmu hayat sedang ditemukan dan dikembangkan melalui metodologi dan penelitian
biokimia.[2] Biokimia berfokus pada pemahaman dasar kimiawi yang memungkinkan molekul
biologis memunculkan proses-proses yang terjadi di dalam sel hidup dan di antara sel,[3] yang
pada gilirannya berkaitan erat dengan pemahaman jaringan dan organ, serta struktur dan fungsi
organisme.[4] Biokimia berkaitan erat dengan biologi molekuler yang mempelajari mekanisme
molekuler dari fenomena biologi.
Sebagian besar biokimia berhubungan dengan struktur, fungsi, dan interaksi makromolekul
biologis, seperti protein, asam nukleat, karbohidrat, dan lipid. Molekul-molekul ini membangun
struktur sel dan melakukan banyak fungsi yang berhubungan dengan kehidupan.[6] Sifat kimiawi
sel juga bergantung pada reaksi molekul dan ion kecil. Mereka dapat berupa senyawa anorganik
(misalnya air dan ion logam) atau organik (misalnya asam amino yang digunakan untuk
menyintesis protein).[7] Mekanisme yang digunakan oleh sel untuk memanfaatkan energi dari
lingkungannya melalui reaksi kimia dikenal sebagai metabolisme. Temuan biokimia diterapkan
terutama di bidang kedokteran, nutrisi, dan pertanian. Dalam pengobatan, ahli biokimia
menyelidiki penyebab dan penyembuhan penyakit.[8] Ilmu gizi mempelajari bagaimana menjaga
kesehatan dan kebugaran serta pengaruh dari kekurangan gizi.[9] Di bidang pertanian, ahli
biokimia menyelidiki tanah dan pupuk. Meningkatkan budidaya tanaman, penyimpanan
tanaman, serta pengendalian hama juga merupakan tujuan penerapan biokimia.
Istilah "biokimia" sendiri berasal dari gabungan antara biologi dan kimia. Pada tahun 1877,
Felix Hoppe-Seyler menggunakan istilah ini (biochemie dalam bahasa Jerman) sebagai sinonim
untuk kimia fisiologis dalam kata pengantar untuk edisi pertama Zeitschrift für Physiologische
Chemie (Jurnal Kimia Fisiologis) ketika ia menyarankan untuk mendirikan lembaga yang
didedikasikan untuk bidang studi ini.[18][19] Ahli kimia Jerman Carl Neuberg sering dikutip
bahwa telah menciptakan kata tersebut pada tahun 1903,[20][21][22] sementara beberapa orang
lain mengkreditkannya ke Franz Hofmeister.[23]
Peristiwa bersejarah penting lainnya dalam biokimia adalah penemuan gen dan perannya
dalam mentransfer informasi di dalam sel. Pada tahun 1950-an, James D. Watson, Francis Crick,
Rosalind Franklin, dan Maurice Wilkins berperan penting dalam penemuan struktur DNA dan
menunjukkan hubungannya dengan transfer informasi genetik.[27] Pada tahun 1958, George
Beadle dan Edward Tatum menerima Hadiah Nobel atas penelitian mereka mengenai fungi yang
menunjukkan bahwa satu gen menghasilkan satu enzim.[28] Pada tahun 1988, Colin Pitchfork
adalah orang pertama yang terbukti melakukan pembunuhan dengan digunakannya DNA sebagai
alat bukti, yang mendorong perkembangan ilmu forensik.[29] Belum lama ini, Andrew Z. Fire
dan Craig C. Mello menerima Hadiah Nobel 2006 untuk menemukan peran interferensi RNA
(RNAi) dalam membungkam ekspresi gen
Biomolekul
Ada empat kelas molekul utama dalam biokimia (sering disebut biomolekul), yaitu
karbohidrat, lipid, protein, dan asam nukleat.[33] Banyak molekul biologis merupakan
"polimer"; dalam terminologi ini, monomer merupakan makromolekul yang relatif kecil yang
bergabung menjadi satu untuk membentuk makromolekul berukuran lebih besar, yang kemudian
disebut sebagai polimer. Ketika banyak monomer bergabung untuk menyintesis sebuah polimer
biologis, mereka melalui proses yang disebut dengan sintesis dehidrasi.
1. Karbohidrat
Dua fungsi utama karbohidrat adalah sebagai penyimpan energi dan penyedia struktur.
Gula (contoh umumnya adalah glukosa) merupakan karbohidrat, tetapi tidak semua karbohidrat
adalah gula. Jumlah karbohidrat di Bumi lebih banyak daripada jumlah biomolekul mana pun;
mereka digunakan untuk menyimpan energi dan informasi genetik, serta berperan penting dalam
interaksi dan komunikasi dari sel ke sel.
2. Monosakarida
adalah monosakarida, yang antara lain mengandung atom karbon, hidrogen, dan oksigen,
kebanyakan dengan perbandingan 1:2:1 (rumus umumnya CnH2nOn, dengan n paling kecil
adalah 3). Contoh monosakarida adalah glukosa (C6H12O6), salah satu karbohidrat terpenting;
contoh lainnya yaitu fruktosa (C6H12O6), gula yang diasosiasikan dengan rasa manis buah-
buahan,[34][a] serta deoksiribosa (C5H10O4), yang menjadi komponen DNA. Monosakarida
dapat beralih antara bentuk asiklik (rantai terbuka) dan bentuk siklik. Bentuk rantai terbuka dapat
diubah menjadi cincin atom karbon yang dijembatani oleh atom oksigen yang dibuat dari gugus
karbonil di satu ujung dan gugus hidroksil di ujung lainnya. Molekul siklik memiliki gugus
hemiasetal atau hemiketal, bergantung pada apakah bentuk liniernya adalah aldosa (mempunyai
grup aldehida di akhir rantainya, contohnya glukosa) dan ketosa (mempunyai grup keton di
rantainya, contohnya fruktosa).
3. Disakarida
Dua monosakarida dapat digabungkan oleh ikatan glikosidik atau eter menjadi disakarida
melalui sintesis dehidrasi. Dalam reaksi ini, satu atom hidrogen dan satu grup hidroksil (OH-)
akan dilepaskan dan bergabung membentuk molekul air (H-OH atau H2O) sehingga proses ini
disebut "reaksi dehidrasi". Reaksi kebalikannya (reaksi pemecahan), ketika satu molekul air
digunakan dalam pemecahan ikatan glikosidik pada satu molekul disakarida menghasilkan dua
molekul monosakarida, disebut dengan hidrolisis. Jenis disakarida yang terkenal adalah sukrosa,
yang juga dikenal sebagai gula tebu. Satu molekul sukrosa terdiri dari satu molekul glukosa dan
satu molekul fruktosa. Contoh disakarida yang lain adalah laktosa dalam susu, yang terdiri dari
satu molekul glukosa dan satu molekul galaktosa. Laktosa dapat dihidrolisis oleh enzim laktase.
Defisiensi enzim ini mengakibatkan gangguan pencernaan yang disebut intoleransi laktosa.
4. Oligosakarida dan polisakarida
Lipid
Lipid terdiri dari beragam molekul dan sampai batas tertentu merupakan sebutan untuk
semua senyawa yang relatif tidak larut dalam air atau nonpolar yang berasal dari materi biologis,
termasuk lilin, asam lemak, fosfolipid, serta turunan asam lemak seperti sfingolipid, glikolipid,
dan terpenoid (misalnya retinoid dan steroid). Beberapa lipid merupakan molekul alifatik rantai
terbuka yang linier, sementara lipid yang lain memiliki struktur cincin. Beberapa lipid bersifat
aromatik (dengan struktur siklik [cincin] dan planar [datar]) sementara yang lainnya tidak.
Beberapa di antara mereka fleksibel, sementara yang lain kaku.
Lipid biasanya terbentuk dari satu molekul gliserol yang bergabung dengan molekul lain.
Pada trigliserida, kelompok utama sebagian besar lipid, ada satu molekul gliserol dan tiga
molekul asam lemak. Dalam hal ini, asam lemak merupakan monomer dan bisa saja bersifat
jenuh (tidak memiliki ikatan rangkap dalam rantai karbonnya) atau tak jenuh (memiliki satu
ikatan rangkap atau lebih dalam rantai karbonnya).
Meskipun secara umum bersifat nonpolar, mayoritas lipid juga memiliki beberapa sifat
polar. Sebagian besar strukturnya bersifat nonpolar atau hidrofobik ("takut air"), sedangkan
bagian lain dari strukturnya bersifat polar atau hidrofilik ("suka air"). Hal ini menjadikan lipid
sebagai molekul amfifilik (memiliki bagian hidrofobik dan hidrofilik). Pada kolesterol, gugus
polarnya hanyalah –OH (hidroksil atau alkohol). Pada fosfolipid, gugus polarnya jauh lebih besar
dan lebih polar.
Lipid merupakan bagian integral dari makanan sehari-hari. Sebagian besar minyak dan
produk susu yang digunakan untuk memasak dan makan seperti mentega, keju, minyak samin,
dan semacamnya terdiri dari lemak. Minyak nabati kaya akan berbagai asam lemak tak jenuh
ganda (PUFA). Makanan yang mengandung lipid menjalani pencernaan di dalam tubuh dan
dipecah menjadi asam lemak dan gliserol, yang merupakan produk degradasi akhir dari lemak
dan lipid. Lipid, terutama fosfolipid, juga digunakan dalam berbagai produk farmasi, baik
sebagai pelarut bersama (misalnya dalam infus parenteral) atau sebagai komponen pembawa
obat (misalnya, dalam liposom atau transfersom).
Protein
Protein merupakan molekul yang sangat besar (biopolimer makro) yang tersusun dari
monomer yang disebut asam amino. Ada 20 asam amino standar, yang masing-masing terdiri
dari atom karbon alfa yang berikatan dengan empat gugus, yaitu gugus amino (-NH2), gugus
asam karboksilat (-COOH; meskipun gugus ini juga ada sebagai -NH3+ dan -COO - dalam
kondisi fisiologis), atom hidrogen sederhana, dan rantai samping (biasanya dilambangkan
sebagai "-R"). Gugus "R" inilah yang menjadikan setiap asam amino berbeda, dan sifat rantai
samping akan sangat memengaruhi bentuk tiga dimensi suatu protein.
Struktur protein bisa dijelaskan melalui empat tingkatan. Struktur primer protein terdiri
dari rangkaian linier asam amino, misalnya, "alanin-glisin-triptofan-serin-glutamat-asparagin-
glisin-lisin-…". Struktur sekunder lebih berkaitan dengan morfologi lokal (morfologi adalah
studi tentang struktur). Beberapa kombinasi asam amino akan cenderung membentuk gulungan
yang disebut dengan uliran alfa (α-helix) atau menjadi lembaran yang disebut dengan lembaran
beta (β-sheet). Struktur tersier merupakan bentuk tiga dimensi protein secara keseluruhan.
Bentuk ini ditentukan oleh urutan asam amino. Jika ada satu perubahan saja, keseluruhan
struktur dapat berubah. Sebagai contoh, rantai alfa pada hemoglobin terdiri dari 146 residu asam
amino; jika residu glutamat di posisi ke-6 digantikan dengan valin, sifat hemoglobin akan
berubah dan mengakibatkan penyakit anemia sel sabit. Terakhir, struktur kuartener berkaitan
dengan struktur protein dengan beberapa subunit peptida, misalnya hemoglobin dengan keempat
subunitnya. Tidak semua protein memiliki lebih dari satu subunit.[40]
Asam Nukleat
Asam nukleat merupakan makromolekul biokimia yang kompleks dan memiliki berat
molekul tinggi, yang dapat menyampaikan informasi genetik di semua sel hidup dan virus.[41]
Penamaan asam nukleat diberikan karena awalnya ditemukan di nukleus (meskipun juga
ditemukan di mitokondria dan kloroplas). Monomernya disebut nukleotida dan masing-masing
terdiri dari tiga komponen: basa heterosiklik nitrogen (baik purin ataupun pirimidin), gula
pentosa (gula dengan lima atom karbon), dan gugus fosfat.
Asam nukleat yang paling umum adalah asam deoksiribonukleat (DNA) dan asam
ribonukleat (RNA). Gugus fosfat dan gula dari masing-masing nukleotida saling terikat dan
terhubung untuk membentuk "tulang punggung" asam nukleat yang sering disebut dengan
"unting", sedangkan urutan basa nitrogen menentukan informasi genetik yang disimpannya. Basa
nitrogen yang paling umum adalah adenin, sitosin, guanin, timin, dan urasil. Basa nitrogen dari
setiap unting asam nukleat akan membentuk ikatan hidrogen dengan basa nitrogen pada unting
lainnya secara berpasangan (mirip dengan ritsleting). Adenin berpasangan dengan timin dan
urasil, timin hanya berpasangan dengan adenin, sementara sitosin dan guanin hanya dapat
berpasangan satu sama lain.
Selain materi genetik sel, asam nukleat juga sering berperan sebagai pembawa pesan
kedua, serta menjadi penyusun dasar adenosin trifosfat (ATP), sebuah molekul pembawa energi
primer yang ditemukan di semua organisme hidup. Jenis basa nitrogen yang ada dalam DNA dan
RNA berbeda: adenin, sitosin, dan guanin terdapat baik pada DNA maupun RNA, timin hanya
ada pada DNA, dan urasil hanya ada pada RNA.
KINETIKA FERMENTASI
Kinetika fermentasi adalah sistem pertumbuhan dan pembentukan produk oleh mikroba.
Faktor-faktor yang mempengaruhi pertumbuhan fisik dan kimiawi seperti pH, suhu, nutrisi.
1. Microbial
• Kinetika pertumbuhan
Bila suatu sel mikroorganisme ditempatkan dalam suatu medium yang mengandung nutrisi
yang diperlukan untuk pertumbuhan mikroorganismedi didalam dalam suatu suatusistem
sistemtertutup tertutup (batch system) maka pola pertumbuhannya mengikuti fase fase-fase
tertentu. Setiap jenis mikroorganisme memiliki kekhas tersendiri. Pertumbuhan jasad renik di
dalam kultur statis terdiri dari beberapa fase
• Fase Adaptasi
Jika jasad renik dipindahkan ke dalam suatu medium, mula-mula akan mengalami fase
adaptasi untuk menyesuaikan dengan substrat dan lingkungan sekitarnya. Pada fase ini belum
terjadi pembelahan sel Karena beberapa enzim mungkin belum disintesis. Jumlah sel pada fase
ini mungkin tetap tetapi mungkin belum disintesis. Jumlah sel pada fase ini mungkin tetap tetapi
kadang-kadang menurun. Lamanya fase ini bervariasi, dapat cepat atau lambat tergantung dari
kecepatan penyesuaian dengan lingkungan. Lamanya fase adaptasi dipengaruhi oleh beberapa
factor diantaranya adalah :
jika sel ditempatkan di medium yang sama dengan lingkungan sama seperti medium dan
lingkungan sebelumnya maka tidak memerlukan waktu lama untuk addaptasi tetapi jika
lingkungannya sangat berbeda maka akan memerlukan waktu yang cukup lama untuk adaptasi
2. Jumlah inukulum
Jumlah sel awal sel yang semakin tinggi akan semakin cepat fase adaptasi. Fase-fase
adaptasi mungkin berjalan lambat karena beberapa sebab, misalnya:
• Kultur yang dipindahkan dari mediun yang kaya ke medium yang kandungan nutriennya
terbatas
• Kultur yang dipindahkan dari fase statis ke medium baru dengan komposisi sama seperti
medium sebelumnya
Setelah mengalami fase adaptasi, sel akan mulai membelah dengan kecepatan yang masih
sangat rendah karena baru selesai tahap penyesuaian diri.
Pada fase ini sel jasad renik membelah dengan cepat dan konstan, dimana pertambahan
jumlahnya mengikuti kurva logaritmik. Pada fase ini kecepatan pertumbuhan sangat dipengaruhi
oleh medium tempat tumbuhnya seperti pH dan kandungan nutrient. Juga kondisi lingkungan
termasuk suhu dan kelembaban udara. Pada fase ini membutuhkan energi lebih banyak
dibandingkian dengan fase lainnya, selain itu sel paling sensitive terhadap lingkungan.
Pada fase ini pertumbuhan populasi jasad renik diperlambat karena beberapa sebab :
Pada sel ini jumlah populasi sel tetap karena jumlah yang tumbuh sama dengan jumlah
sel yang mati. Ukuran sel pada fase ini menjadi lebih kecil karena sel tetap membelah meskipun
zat nutrisi sudah habis. Karena kekuirangan zat nutrisi, sel kemungkinan mempunyai komposisi
berbeda dengan sel yang tumbuh pada fase logaritmik. Pada fase ini sel-sel menjadi lebih tahan
terhadap keadaan ekstrim seperti panas, dingin, radisasi dan bahan Kimia.
Pada fase ini sebagian jasad renik mulai mengalami kematian karena beberapa sebab :