BIOKIMIA

Biomolekul dalam Perspektif Al-Qur’an

UU No 19 Tahun 2002 Tentang Hak Cipta

Fungsi dan Sifat hak Cipta Pasal 2

1. Hak Cipta merupakan hak eksklusif bagi pencipta atau pemegang Hak
Cipta untuk mengumumkan atau memperbanyak ciptaannya, yang
timbul secara otomatis setelah suatu ciptaan dilahirkan tanpa
mengurangi pembatasan menurut peraturan perundang-undangan yang
berlaku.

Hak Terkait Pasal 49

1. Pelaku memiliki hak eksklusif untuk memberikan izin atau melarang
pihak lain yang tanpa persetujuannya membuat, memperbanyak, atau
menyiarkan rekaman suara dan/atau gambar pertunjukannya.

Sanksi Pelanggaran Pasal 72

1. Barangsiapa dengan sengaja dan tanpa hak melakukan perbuatan
sebagaimana dimaksud dalam pasal 2 ayat (1) atau pasal 49 ayat (2)
dipidana dengan pidana penjara masing-masing paling singkat 1 (satu)
bulan dan/atau denda paling sedikit Rp 1.000.000,00 (satu juta rupiah),
atau pidana penjara paling lama 7 (tujuh) tahun dan/atau denda paling
banyak Rp 5.000.000.000,00 (lima miliar rupiah).
2. Barangsiapa dengan sengaja menyiarkan, memamerkan, mengedarkan,
atau menjual kepada umum suatu ciptaan atau barang hasil pelanggaran
Hak Cipta sebagaimana dimaksud dalam ayat (1), dipidana dengan
pidana penjara paling lama 5 (lima) tahun dan/atau denda paling
banyak Rp 500.000.000,00 (lima ratus juta rupiah)

ii
 BIOKIMIA
Biomolekul dalam Perspektif Al-Qur’an

iii
 Jl. Rajawali, G. Elang 6, No 3, Drono, Sardonoharjo, Ngaglik, Sleman
Jl.Kaliurang Km.9,3 – Yogyakarta 55581
Telp/Faks: (0274) 4533427
Hotline: 0838-2316-8088
Website: www.deepublish.co.id
e-mail: deepublish@ymail.com

Katalog Dalam Terbitan (KDT)

JULIANTO, Tatang S.
Biokimia: Biomolekul dalam Perspektif Al-Qur’an/oleh Tatang S
Julianto.--Ed.1, Cet. 2--Yogyakarta: Deepublish, Maret 2015.
viii, 101 hlm.; Uk:15.5x23 cm

ISBN 978-602-280-154-2

1. Biokimia I. Judul
572
Cetakan Pertama November 2013

Desain cover : Herlambang Rahmadhani

Penata letak : Ika Fatria Iriyanti

PENERBIT DEEPUBLISH
(Grup Penerbitan CV BUDI UTAMA)
Anggota IKAPI (076/DIY/2012)
Copyright © 2015 by Deepublish Publisher
All Right Reserved
Isi diluar tanggung jawab percetakan
Hak cipta dilindungi undang-undang
Dilarang keras menerjemahkan, memfotokopi, atau
memperbanyak sebagian atau seluruh isi buku ini
tanpa izin tertulis dari Penerbit.

iv
 KATA PENGANTAR

Assalamu alaikum warahmatullahi wabarokatuh,

Alhamdulillahirobbil’alamin. Segala puji syukur ke hadirat

Allah SWT yang dengan segala limpahan rahmat dan karunia-Nya,
akhirnya buku ini dapat tersusun.
Buku ini disusun sebagai buku ajar Matakuliah Biokimia
dengan sajian yang berbeda dengan buku ajar Biokimia lainnya.
Dalam buku ini penulis mencoba untuk menghadirkan sisi religius
Islam khususnya firman-firman Allah yang termaktub dalam ayat-
ayat Al-Qur’an kaitannya dengan bahasan Biokimia yang selama
ini cenderung mengesampingkan pesan-pesan Al-Qur’an yang
seharusnya justru menjadi sumber ilmu dan petunjuk bagi manusia
termasuk bagi para peminat Biokimia. Banyak fenomena dan
peristiwa biokimia yang sebenarnya telah Allah sampaikan melalui
firman-firman-Nya dalam Al-Qur’an tanpa kita sadari. Betapa besar
dan agungnya Allah dengan segala ciptaan-Nya. Seluruh
biomolekul penyusun makhluk hidup tunduk dan patuh terhadap
hukum-hukum kimia dan fisika yang merupakan sunnah-Nya
sehingga walaupun terlihat sangat rumit namun terorganisasi
dengan rapih dan sempurna.
Semoga buku ini dapat bermanfaat bagi para pembaca
dalam memahami biomolekul sebagai pemeran utama dalam reaksi
biokimia serta menggugah untuk mengkaji Al-Qur’an lebih
mendalam khususnya yang berkaitandengan bidang biokimia.
Buku ini merupakan bahasan pendahuluan Biokimia yang khusus
membahas biomolekul penyusun makhluk hidup. Materi

v
metabolisme biomolekul akan dibahas pada jilid lainnya dengan
tetap menghadirkan Al-Qur’an sebagai rujukannya.
Penulis menyadari masih banyak kekurangan dalam buku
ini. Oleh karenanya penulis berharap adanya masukan dan kritikan
untuk kesempurnaan buku ini di masa mendatang.
Penulis mengucapkan terima kasih kepada Badan
Pengembangan Akademik (BPA) Universitas Islam Indonesia (UII)
Jogjakarta yang telah memberi dukungan melalui Program Hibah
Kompetisi Program Studi (PHKPS) sehingga buku ini dapat
terwujud. Semoga Allah membalasnya dengan ganjaran yang
berlimpah.

Wassalamu alaikum warahmatullahi wabarokatuh.

Jogjakarta, 20 November 2013

Tatang S Julianto

vi
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR............................................................................. v
DAFTAR ISI...........................................................................................vii
BAB 1. Falsafah Biokimia ............................................................... 1
BAB 2. Pengantar Biomolekul ....................................................... 9
BAB 3. Air....................................................................................... 19
BAB 4. Karbohidrat ....................................................................... 31
BAB 5. Asam Amino dan Protein ............................................... 45
BAB 6. Enzim ................................................................................. 59
BAB 7. Lipida ................................................................................. 67
BAB 8. Asam Nukleat ................................................................... 75
BAB 9. Energetika Sel ................................................................... 87
BAB 10. Pengantar Metabolisme................................................... 95

vii
viii
BAB 1. Falsafah Biokimia

Di dalam matakuliah biokimia kita mempelajari proses

kimia yang terjadi di dalam zat hidup. Berbagai penelitian yang
telah dilakukan terhadap sel hidup suatu organisme menunjukkan
bahwa sel hidup itu tidak lain adalah kumpulan zat tak hidup. Zat
ini dapat diisolasi dan dipelajari dengan berbagai cara kimia dan
fisika seperti yang biasa dilakukan terhadap senyawa kimia
lainnya. Di dalam sel hidup organisme, zat tersebut bercampur,
bereaksi, dan berinteraksi satu dengan yang lain membentuk suatu
susunan yang rumit tetapi terorganisasi dengan rapih.
Organisme merupakan rangkaian rumit dan menakjubkan
dari berbagai senyawa kimia yang secara tetap berperan dalam
sederetan reaksi kimia yang saling berkaitan. Kenyataan bahwa
ilmu biokimia memungkinkan kita menata kerumitan ini ke dalam
sejumlah pola yang dapat dipahami merupakan daya tarik yang
besar dalam mempelajari ilmu biokimia. Banyak yang harus
dipelajari, tetapi bersama dengan bertambahnya pengetahuan yang
terinci dengan baik orang dapat mempelajari berbagai kebenaran
mengenai semua makhluk hidup sebagai tanda-tanda kebesaran
Allah SWT. Allah berfirman dalam Al-Qur’an Surat Ali-Imran: 190
– 191.

1
            

190. Sesungguhnya dalam penciptaan langit dan bumi, dan silih

bergantinya malam dan siang terdapat tanda-tanda bagi orang-orang yang
berakal,

          

          

191. (yaitu) orang-orang yang mengingat Allah sambil berdiri atau

duduk atau dalam keadan berbaring dan mereka memikirkan tentang
penciptaan langit dan bumi (seraya berkata): "Ya Tuhan kami, tiadalah
Engkau menciptakan Ini dengan sia-sia, Maha Suci Engkau, Maka
peliharalah kami dari siksa neraka.
Ilmu biokimia merupakan hal yang pokok untuk dapat
mempelajari wujud kehidupan ini. Pengetahuan biokimia, seperti
pengetahuan matematika, sudah merupakan sarana yang umum
bagi para peminat pada berbagai cabang ilmu, yang pada
gilirannya sering memberikan sumbangan yang berarti bagi
pengetahuan itu sendiri.
Apa yang dapat ditawarkan dengan menggunakan ilmu
biokimia sebagai media untuk menjelaskan kehidupan?
Ilmu biokimia dapat menjelaskan asal-usul suatu bentuk.
Unsur kimia penyusun dan gaya yang timbul di antara mereka
menentukan susunan mikroskopik yang menentukan sifat dasar sel
dan organel sel penyusunnya. Asas biokimia merupakan sarana
pilihan untuk menjelaskan hal tersebut. Ilmu biokimia memerikan
tentang berbagai gaya yang berperan dalam penggabungan sel.

2
Bahasa biokimia melebur ke dalam bahasa anatomi apabila
bahasannya menyangkut tingkat organisasi yang lebih kompleks.
Dalam Al-Qur’an, Allah menggambarkan suatu peristiwa
bagaimana bentuk manusia diciptakan.

QS. Al-Mu’minun (23) : 13 – 14

      

13. Kemudian kami jadikan saripati itu air mani (yang disimpan) dalam
tempat yang kokoh (rahim).

         

            

14. Kemudian air mani itu kami jadikan segumpal darah, lalu segumpal
darah itu kami jadikan segumpal daging, dan segumpal daging itu kami
jadikan tulang belulang, lalu tulang belulang itu kami bungkus dengan
daging. Kemudian kami jadikan dia makhluk yang (berbentuk) lain. Maka
Maha sucilah Allah, Pencipta yang paling baik.

Ilmu biokimia juga menjelaskan hereditas, yaitu penurunan

sifat-sifat dari induk kepada keturunannya. Informasi tentang sifat
dan perilaku organisme yang diturunkan dari generasi ke generasi
dan cara penyampaiannya ternyata bersifat molekular. Gabungan
dari berbagai informasi tersebut menyusun ilmu genetika, tetapi
rinciannya ada dalam ilmu biokimia.

3
QS. Ar-Ruum (30): 20

           

20. Dan di antara tanda-tanda kekuasaan-Nya ialah dia menciptakan

kamu dari tanah, Kemudian tiba-tiba kamu (menjadi) manusia yang
berkembang biak.

QS. As-sajdah (32) : 8 – 9

        

8. Kemudian dia menjadikan keturunannya dari saripati air yang hina.

             

  

9. Kemudian dia menyempurnakan dan meniupkan ke dalamnya roh

(ciptaan)-Nya dan dia menjadikan bagi kamu pendengaran, penglihatan
dan hati; (tetapi) kamu sedikit sekali bersyukur.

Gerakan adalah gejala molekular yang dihasilkan oleh daur

pembentukan dan pemutusan ikatan kimia. Energi didapatkan dari
metabolisme berbagai senyawa yang memasuki organisme dengan
aliran tetap, sedangkan produk reaksi tersebut dieksresikan ke
lingkungan sekitar. Ilmu biokimia menjelaskan keseluruhan proses
pembentukan dan penggunaan energi.

4
 Demikian Allah menciptakan bentuk dan fungsi-fungsi
suatu makhluk hidup dalam suatu organisasi yang rumit namun
terorganisasi dengan sempurna.

Ciri zat hidup

Benda hidup tersusun atas molekul-molekul yang tidak
bernyawa. Bila komponen benda hidup diisolasi dan diteliti satu
persatu, molekul-molekul ini tidak bertentangan dengan semua
hukum fisika dan kimia yang berlaku bagi benda-benda mati.
Al-Qur’an telah memberikan informasi ini melalui firman
Allah dalam Surat Al-An’am ayat 95.

QS. Al-An’am (6): 95

              

      

95. Sesungguhnya Allah menumbuhkan butir tumbuh-tumbuhan dan biji

buah-buahan. dia mengeluarkan yang hidup dari yang mati dan
mengeluarkan yang mati dari yang hidup. (yang memiliki sifat-sifat)
demikian ialah Allah, Maka Mengapa kamu masih berpaling?
Namun demikian, organisme hidup mempunyai sifat-sifat
khusus yang tidak diperlihatkan oleh benda mati.

Ciri-ciri Materi Hidup

No Benda hidup Benda mati
1 Kompleks dan terorganisasi Terdiri dari campuran acak dari
dengan baik senyawa kimia yang sederhana
2 Mempunyai fungsi atau Senyawa-senyawa penyusunnya
tujuan tertentu kebetulan saja berada pada benda
tersebut

5
 No Benda hidup Benda mati
3 Mempunyai kemampuan Energi yang diserap akan
untuk mengambil energi dari menyebabkan berkurangnya
sekelilingnya; mengubah dan kemantapan zat tersebut sehingga
menggunakan energi dapat terjadi proses penguraian
tersebut untuk
mempertahankan struktur
oganisasi komponen
(molekul) penyusunannya
4 Mempunyai kemampuan Tidak dapat mereplikasi diri
mereplikasi diri

Pengertian Biokimia dalam makhluk hidup

Jika memang zat hidup terdiri atas zat tak hidup yang
berupa molekul kimia, lalu bagaimanakah mungkin bahwa zat
hidup itu berbeda secara radikal dari zat tak hidup?
Para filsafat pernah menjawab bahwa organisme hidup
dikaruniai suatu kekuatan hidup yang misterius dan ilahi (doktrin
vitalisme). Tetapi doktrin ini ditolak oleh ilmu pengetahuan
modern yang sekuler, yang mencari fenomena yang rasional.
Menurut mereka jawaban dari pertanyaan di atas merupakan
tujuan dari ilmu biokimia, yaitu mengetahui bagaimana kumpulan
zat tak hidup tersebut bercampur, bereaksi dan berinteraksi satu
dengan yang lain untuk mempertahankan dan melangsungkan
keadaan hidup. Mereka tidak mengetahui bahwa suatu urusan
ghoib yang menjadi penentu bentuk kehidupan. Urusan tersebut
adalah Ruh. Ketika Allah berkehendak memisahkan Ruh dari suatu
jasad makhluk hidup, maka tidak yang mampu menghalangi suatu
kematian walaupun jasad tersebut dalam keadaan yang baik. Jasad
yang telah terpisah dari Ruh-nya telah menjadi suatu bentuk
makhluk tak hidup.

6
QS. Al-an’am (6) : 59

               

             

    

59. Dan pada sisi Allah-lah kunci-kunci semua yang ghaib; tidak ada
yang mengetahuinya kecuali dia sendiri, dan dia mengetahui apa yang di
daratan dan di lautan, dan tiada sehelai daun pun yang gugur melainkan
dia mengetahuinya (pula), dan tidak jatuh sebutir biji-pun dalam
kegelapan bumi, dan tidak sesuatu yang basah atau yang kering,
melainkan tertulis dalam Kitab yang nyata (Lauh Mahfudz)"

Di dalam biokimia kita mempelajari proses biokimia yang

terjadi dalam zat hidup. Jadi semua hukum kimia dan fisika yang
berlaku dalam proses kimia juga berlaku dalam zat hidup (proses
biologi mengikuti prinsip kimia dan fisika). Biologi adalah kimia,
dengan pengertian bahwa biologi bukanlah cabang ilmu kimia,
seperti kimia organik, kimia anorganik, ataupun kimia fisika.
Di sini molekul kimia yang terdapat dalam zat hidup itu
tidak hanya bercampur dan bereaksi membentuk biomolekul dan
berbagai komponen zat hidup lainnya, akan tetapi juga
mengadakan interaksi satu dengan yang lainnya mengikuti prinsip
lain dari hukum kimia dan fisika yang telah kita kenal. Prinsip ini
disebut prinsip azas logika molekul zat hidup (Principles of
molecular logic of living state).

7
8
BAB 2. Pengantar Biomolekul

Hanya 27 dari 92 unsur kimia alami yang penting bagi

berbagai makhluk hidup. Kebanyakan unsur di dalam makhluk
hidup mempunyai bilangan atom yang relatif rendah; hanya tiga
yang mempunyai bilangan atom di atas 34. Senyawa kimia yang
mengandung karbon, hidrogen, oksigen dan nitrogen merupakan
unsur yang paling utama di dalam organisme hidup.
Kimiawi organisme hidup terorganisasi di sekitar unsur
karbon yang mencapai lebih dari setengah berat keringnya.

Beberapa keistimewaan atom karbon tersebut diantaranya

adalah:
1. Membentuk empat (4) ikatan kovalen dengan atom lain
2. Dapat membentuk ikatan tunggal dan ganda dengan atom
oksigen dan nitrogen
3. Kemampuan memakai bersama pasangan elektron dengan
sesama karbon sehingga membentuk ikatan tunggal dan
ganda karbon-karbon yang stabil
4. Atom karbon yang terikat secara kovalen dapat disambung
membentuk berbagai jenis struktur (rantai linier, rantai
bercabang, struktur siklik dan bujur sangkar, dan kombinasi
struktur-struktur ini) untuk membentuk kerangka berbagai
jenis molekul organik.
Keistimewaan atom karbon tersebut menghasilkan jutaan
senyawa-senyawa kimia yang mampu berinteraksi satu dengan

9
lainnya dalam kaidah hukum fisika dan kimia menghasilkan fungsi
hidup yang menakjubkan.
QS. Al-Dzariyat (51) : 49

       

49. Dan segala sesuatu Kami ciptakan berpasang-pasangan supaya kamu

mengingat kebesaran Allah.

QS. Yasin (36) : 36

           

 

36. Maha Suci Tuhan yang Telah menciptakan pasangan-pasangan

semuanya, baik dari apa yang ditumbuhkan oleh bumi dan dari diri
mereka maupun dari apa yang tidak mereka ketahui.

Pasangan-pasangan ikatan yang dibentuk atom karbon

tersebut menghasilkan zat yang disebut sebagai biomolekul.

Sifat Biomolekul:
1. Biomolekul mempunyai bentuk dan ukuran yang spesifik.
Hal ini disebabkan keempat ikatan kovalen tunggal atom
karbon terpisah di dalam suatu susunan tetrahedral dengan
sudut kira-kira 109,5o di antara dua ikatannya. Sudut ini
bervariasi pada molekul organik yang berbeda. Karena sifat

10
 ini, senyawa karbon organik yang berbeda dapat berbeda
pula struktur tiga dimensinya.
2. Kebebasan sempurna dalam rotasi terhadap setiap ikatan
tunggal karbon, kecuali jika ada gugus berukuran besar atau
bermuatan tinggi yang terikat pada kedua atom karbon,
yang dapat menghambat rotasi.
3. Ikatan kovalen karbon mempunyai panjang yang khas.
Ikatan tunggal karbon-karbon mempunyai panjang rata-rata
0,154 nm (1,54 Å), ikatan ganda memiliki panjang ikatan
yang lebih pendek kira-kira 0,134 nm.

QS. Al-Furqon (25):2

            

      

2. Yang kepunyaan-Nya-lah kerajaan langit dan bumi, dan dia tidak

mempunyai anak, dan tidak ada sekutu baginya dalam kekuasaan(Nya),
dan dia Telah menciptakan segala sesuatu, dan dia menetapkan ukuran-
ukurannya dengan serapi-rapinya*.
[*] Maksudnya: segala sesuatu yang dijadikan Tuhan diberi-Nya
perlengkapan-perlengkapan dan persiapan-persiapan, sesuai
dengan naluri, sifat-sifat dan fungsinya masing-masing dalam
hidup.

Sifat-sifat di atas memberikan konformasi tiga dimensi pada

biomolekul. Konformasi tiga dimensi biomolekul organik
merupakan hal yang paling penting dalam banyak aspek biokimia,
contohnya:

11
 1. Dalam reaksi katalitik suatu enzim dan substratnya
2. Dalam pengikatan hormon oleh reseptornya dalam
permukaan sel
3. Dalam replikasi DNA
Biomolekul yang terdapat di dalam zat hidup berbeda dari
senyawa kimia yang ada di sekelilingnya (O2, CO2, N2, garam-
garam anorganik, ion-ion logam, daln lain-lain), karena berat
molekulnya jauh lebih besar dan strukturnya yang kompleks.
Jasad hidup yang paling sederhana, yaitu jazad bersel satu,
misalnya bakteri, terdiri dari berbagai senyawa kimia organik yang
mempunyai berat molekul besar dalam jumlah banyak sekali
dengan struktur yang kompleks.
Diperkirakan ada 1.200.000 spesies di atas bumi kita ini,
mulai dari organisme bersel satu (bakteri) sampai supermultisel
(manusia). Jika dihitung, maka di dalam seluruh organisme itu
terdapat kira-kira 1010 sampai 1012 macam protein dan 1010 asam
nukleat. Kira-kira satu juta macam senyawa kimia organik yang
telah diketahui oleh manusia sampai sekarang. Dapat dibayangkan
bahwa untuk mencoba mengisolasi, mengidentifikasi, dan
mensintesa semua senyawa tersebut seakan-akan kita berputus asa.
Namun tidaklah demikian halnya. Kita mengetahui bahwa setiap
molekul protein terdiri atas senyawa sederhana yang merupakan
molekul pembentuk yaitu asam amino yang banyaknya ada 20
macam. Asam amino terususun membentuk suatu rantai polimer
yang panjang yang disebut sebagai protein. Jadi setiap jenis
molekul protein dari 3000 macam protein dalam E. Coli, dibentuk
hanya oleh 20 macam asam amino. Demikian juga dengan molekul
asam nukleat merupakan suatu rantai panjang yang terdiri dari
beberapa satuan pembentuknya, yaitu lima macam

12
mononukleotida yang tersusun dalam urutan yang beraneka
ragam.
Karbohidrat dan lipid (lemak) merupakan dua biomolekul
lain yang merupakan komponen utama dalam sel hidup. Seperti
juga protein dan asam nukleat, kedua biomolekul ini merupakan
molekul besar yang dibentuk oleh satuan-satuan pembentuknya.
Monosakarida merupakan satuan pembentuk karbohidrat
(polisakarida) dan asam lemak merupakan pembentuk lipid.

Molekul-Molekul Sederhana Dan Keanekaragaman Selular

Studi ilmu biokimia akan kita mulai dengan memperhatikan
jenis-jenis dasar sel dan susunannya.

Klasifikasi (pengelompokan) sel secara umum

Semua organisme paling sedikit terdiri dari satu sel. Setiap
sel merupakan satu satuan hidup pokok yang mampu memenuhi
semua ukuran perseyaratan bagi benda hidup.
Kita dapat mengelompokkan sel menjadi dua kelas besar:
a. Prokariot
Organisme kecil bersel tunggal, mengandung semua
perangkat biokimia yang diperlukan untuk reproduksi dan
untuk mengambil dan memanfaatkan energi dari
sekelilingnya
b. Eukariot
Lebih rumit dan lebih besar ukurannya dibandingkan sel
prokariot.

13
Struktur Dasar dan Fungsi Sel
Struktur Sel Prokariot sel prokariot
a. Nukleoplasma
Nukleoplasma terdiri dari satu molekul tunggal DNA
berbentuk koil heliks-rangkap, yang merupakan pembawa
informasi genetik dalam semua sel
b. Sitoplasma
Sitoplasma merupakan suatu larutan yang mengandung
protein, asam nukleat dan zat-zat lainnya yang diperlukan
dalam metabolisme sel.
c. Dinding Sel dan Membran Sel

Struktur Sel Eukariot

a. Inti (nukleus)
Inti mengandung perangkat genetik sel. DNA sel eukariotik
lebih panjang dan lebih banyak molekulnya dibandingkan
dengan DNA prokariotik. DNA bergabung dengan protein
tertentu untuk membentuk struktur yang disebut
kromosom. Inti sel manusia biasanya mengandung 46
kromosom.
b. Retikulum Endoplasma (RE)
RE merupakan struktur tiga dimensi saluran membran
berliku-liku yang kompleks, membentuk banyak lipatan dan
belokan ke seluruh sitoplasma.
Ruangan di dalamnya disebut sisterna, yang berfungsi
sebagai saluran untuk mengangkut berbagai produk ke
seluruh bagian sel. Beberapa sel berfungsi sebagai
penyimpan.

14
 Dua jenis RE adalah:
1. RE kasar
Permukaan membran dipenuhi oleh ribosom. Ribosom
terlibat di dalam biosintesis protein yang akan disimpan
sementara atau diangkut ke luar sel.
2. RE halus
Permukaan tidak dilengkapi oleh ribosom
c. Membran Sel
Membran sel bekerja sebagai rintangan permeabilitas.
Terbuat dari lapisan lipida dan protein (lipoprotein)
d. Dinding Sel
Materi struktur primer dari dinding sel tumbuhan adalah
selulosa yang terikat dalam matriks karbohidrat dan
protein. Dinding sel mempunyai kekuatan mekanik yang
besar. Lapisan luar ini bertanggung jawab terhadap sifat-
sifat imunologik sel dan juga terhadap sifat-sifat adesif yang
memungkinkan jaringan tersusun dari kumpulan sel.
e. Mitokondria
Mitokondria berukuran kira-kira sebesar bakteri. Dapat
dikatakan sebagai rumah tenaga sel eukariotik, oleh karena
merupakan tempat terjadi oksidasi karbohidrat, lemak, dan
asam amino.
f. Peroksisom
Rongga-rongga kecil seperti gelembung. Disebut juga
vesikel. Struktur ini mengandung bermacam-macam
enzim oksidatif seperti katalase.
g. Butir Glikogen
Merupakan suatu ciri istimewa sel hati, karena hati
merupakan tempat utama untuk sintesa glikogen dalam
tubuh. Glikogen merupakan karbohidrat yang tersimpan.

15
 h. Badan Golgi
Badan golgi merupakan vesikel membran yang pipih, yang
berguna sebagai zat pembungkus yang dikeluarkan oleh sel
hati.
i. Lisosom
Lisosom merupakan kantung atau gelembung bulat yang
dikelilingi membran dan berada dalam sitoplasma.
Ukurannya bervariasi, tetapi biasanya tidak lebih besar
daripada mitokondria.
j. Vakuola
k. Kloroplas

Gambar 1. Perbandingan organel-organel dalam sel hewan dan

tumbuhan

16
 Bila kita tinjau lebih jauh kandungan bagian-bagian sel yang
dijelaskan di atas, maka kita akan menemukan molekul-molekul
kimia dasar penyusun organel tersebut. Molekul inilah yang
dinamakan biomolekul. Gambar 2 merupakan gambaran ikhtisar
biomolekul dari bagian-bagian sel.

Gambar 2. Ikhtisar Biomolekul

Level 1 merupakan gambaran utuh makhluk hidup baik

yang bersel tunggal maupun bersel banyak. Level 2 meupakan
gambaran organel-organel sel yang merupakan gabungan
biomolekul-biomolekul yang memberikan fungsi-fungsi tertentu,
misalnya kromosom sebagai bagian utama dalam inti sel (nukleus).
Level 3 menjelaskan biomolekul utama penyusun suatu organel sel.
Sebagai contoh, kromosom disusun biomolekul yang dinamakan

17
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid), membran sel disusun oleh
biomolekul protein dan lipida, dan dinding sel disusun oleh
biomolekul selulosa. Level 4 memberikan gambaran monomer-
monomer penyusun biomolekul Level 3. DNA merupakan polimer
yang disusun oleh suatu asam nukleat, polimer protein disusun
oleh suatu asam amino, dan polimer selulosa disusun oleh glukosa.
Biomolekul menjadi sangat penting dipelajari untuk dapat
memahami peristiwa-peristiwa biokimia yang terjadi dalam tubuh
makhluk hidup. Pengetahuan ini dapat diterapkan dalam segala
hal yang berkaitan dengan fungsi-fungsi dalam makhluk hidup
seperti bidang kesehatan, pertanian, industri bioteknologi dan
sebagainya. Oleh sebab itu dalam bab-bab selanjutnya akan
dipelajari sifat-sifat fisika dan kimia biomolekul yang meliputi air,
protein dan asam amino, karbohidrat, lipida, dan asam nukleat.

18
BAB 3. Air

Air meliputi kira-kira 70% berat bersih dari sel dan

merupakan komponen yang menentukan. Air merupakan senyawa
yang berlimpah di dalam sistem hidup (70 % berat bersih sel). Air
merupakan biomolekul istimewa yang dianugerahkan oleh Allah
kepada manusia dan makhluk hidup lainnya. Allah berfirman
dalam Surat Al-Anbiya (30) dan Surat Ibrahim (32) tentang
keistimewaan air tersebut.

QS. Al-Anbiya’ (21) : 30

           

        

30. Dan apakah orang-orang yang kafir tidak mengetahui bahwasanya

langit dan bumi itu keduanya dahulu adalah suatu yang padu, Kemudian
kami pisahkan antara keduanya. dan dari air kami jadikan segala
sesuatu yang hidup. Maka mengapakah mereka tiada juga beriman?

19
QS. Ibrahim (14) : 32

           

             

 

32. Allah-lah yang Telah menciptakan langit dan bumi dan menurunkan
air hujan dari langit, Kemudian dia mengeluarkan dengan air hujan itu
berbagai buah-buahan menjadi rezki untukmu; dan dia Telah
menundukkan bahtera bagimu supaya bahtera itu, berlayar di lautan
dengan kehendak-Nya, dan dia Telah menundukkan (pula) bagimu
sungai-sungai.

Air merupakan medium beberapa fungsi dalam makhluk

hidup, diantaranya:
- Medium berlangsungnya transport nutrient
- Medium dalam reaksi enzimatis metabolisme
- Medium transfer energi kimia
Oleh karena itu semua aspek struktur dan fungsi sel harus
beradaptasi dengan sifat-sifat fisik dan kimia air

Tabel 2. Keistimewaan air bagi sistem hidup

Sifat Harga Akibat
Kalor penguapan yang 9700 kal/mol Ini sangat tinggi bagi cairan,
tinggi membuat air suatu zat
(kalor yang diperlukan pendingin dengan
untuk menguapkan 1 penguapan yang luar biasa
mol air fasa cair) baiknya (melalui keringat)

20
 Sifat Harga Akibat
Kalor jenis 1 kal/g.der Air merupakan penyangga
(kalor yang diperlukan panas yang baik –
untuk menaikkan temperatur suatu system
temperatur 1 berair tidak naik dngan
gram H2O 1oC cepat walaupun temperatur
sekeliling dengan cepat
berubah
Titik didih 100oC Ini sangat tinggi untuk
suatu zat dengan bobot
molekul 18. Air tetp cair
pada temperature fisiologik

Apa yang menyebabkan hal tersebut terjadi ?

Struktur H2O :
Karena perbedaan keelektronegatifan antara hidrogen dan
oksigen, maka molekul air bersifat dwikutub. Oksigen menarik
elektron-elektron dalam molekul lebih kuat daripada hidrogen
yang membuat oksigen bermuatan parsial negatif dan hidrogen
parsial positif. Dalam keadaan cair dan padat antara molekul-
molekul air terjadi asosiasi secara luas yang disebabkan tarikan
dwikutub antara hidrogen positif dan oksigen negatif. Jenis asosiasi
intermolekular disebut ikatan hidrogen. Air adalah contoh suatu
cairan polar.

21
Keterangan:
a. model ball and stick
b. model space-filling

Gambar 3. Bentuk geometri H2O

Jumlah ikatan hidrogen air

Karena susunan yang hampir tetrahedral dari elektron di
sekitar atom oksigen, tiap-tiap molekul air secara teoritis dapat

22
membentuk ikatan hidrogen dengan sebanyak-banyaknya 4
molekul air tetangga.

Gambar 4. Ikatan Hidrogen antar molekul H2O

Ikatan hidrogen pada air cairan dan es

Pada setiap saat, suhu kamar tiap-tiap molekul air
membentuk ikatan hidrogen 3,4 molekul air lainnya. Karena
molekul air bergerak secara kesinambungan dalam keadaan cair,
ikatan hidrogen ini diuraikan dan dibentuk secara cepat dan terus
menerus sehingga air tidak bersifat kental, tetapi bersifat cair.
Pada struktur es, tiap molekul air bersifat tetap dalam ruang
dan berikatan hidrogen dengan maksimum 4 molekul air lainnya,
menghasilkan struktur kisi biasa. Hal inilah yang menyebabkan
tingginya titik cair es.

23
 Gambar 5. Ikatan hidrogen antar molekul air dalam es

Ikatan hidrogen bersifat lemah dibandingkan ikatan kovalen

(energi ikatan air dalam bentuk cair hanya 4,5 kkal/mol,
dibandingkan dengan 110 kkl/mol bagi ikatan kovalen H-O pada
molekul air. Namun karena jumlahnya banyak, ikatan hidrogen
memberikan gaya kohesi internal yang tinggi bagi air.

Air pelarut polar

Air merupakan pelarut yang baik bagi larutan ionik dan
polar, dan pelarut yang tidak baik bagi larutan non-polar.

24
Beberapa contoh ikatan hidrogen dalam sistem hidup:
a. gugus hidroksil pada alkohol dan air

b. gugus karbonil pada keton dan air

c. diantara rantai polipeptida

d. pasangan basa yang saling komplementer pada dua untai

DNA

25
Air mempunyai sifat-sifat pelarut yang istimewa
Air merupakan pelarut yang jauh lebih baik. Kelompok
senyawa yang dapat terlarut dalam air :
a. Kristal garam: natrium klorida (ion-ion terhidrasi)

Gambar 6. Hidrasi molekul NaCl dalam air

26
b. Senyawa organik netral yang mempunyai gugus fungsional
(like dissolved like)

c. Senyawa amfipatik (mempunyai gugus hidrofil dan

hidofob), terdispersi di dalam air membentuk misel

Gambar 7. Pembentukan misel

27
Senyawa terlarut mengubah sifat-sifat air
Terdapat sifat utama air (sifat koligatif) yang tergantung
pada zat terlarut
1. Penurunan titik beku
2. Kenaikan titik didih
3. Penurunan tekanan uap
4. Tekanan osmosis

Contoh pengaruh zat terlarut terhadap sifat-sifat air

terhadap biologi
- Ikan air tawar tetap aktif dalam air pada suhu beku karena
konsentrasi total zat terlarut dalam dara ikan cukup tinggi
dan menekan titik beku darah lebih rendah dari tiitk beku
air
- Adanya senyawa terlarut dalam darah terutama protein
memberikan darah tekanan osmosis yang lebih tinggi
daripada tekanan cairan luar sel. Akibatnya air cenderung
berdifusi ke dalam kapiler darah dari bagian ektraselular,
membuat system vascular bertahan penuh dan mencegah
dari kerusakan.
- Pengaruh garam netral terlarut dapat digunakan untuk
memisahkan berbagai protein yang berbeda, karena
molekul-molekul ini bervariasi dalam kecenderungannya
untuk mengendap.

Asam basa mencerminkan sifat-sifat air

Pengukuran pH adalah salah satu prosedur yang paling
penting dan sering digunakan di dalam biokimia, karena pH
menentukan banyak peranan penting daris struktur dan aktivitas
makromolekul biologi seperti aktivitas katalitik enzim. Pengukuran
pH darah dan urin umum dilakukan dalam mendiagnosis penyakit.

28
pH plasma darah seorang yang menderita diabeters kronis sering
lebih rendah daripada pH normal 7,4 (asidosis). Bila lebih rendah
dari pH normal disebut alkalosis.

Fosfat dan bikarbonat adalah buffer biologi penting

Cairan intra selular dan ekstra selular semua organisme
cenderung mempunyai pH dan konstanta yang khas, yang diatur
oleh berbagai aktivitas biologi. Akan tetapi garis pertahanan
pertama organisme hidup terhadap perubahan pH internalnya
diberikan oleh sisitem buffer.
Dua buffer yang paling penting pada mamalia adalah
system fosfat (pH 6,9 – 7,4) dan bikarbonat (pH 7,4)

Sistem buffer fosfat

H2PO4- H+ + HPO42-
Donor proton akseptor proton

Sistem buffer bikarbonat

H2CO3 H+ + HCO3- ( dalam darah)
CO2 (d) + H2O H2CO3
CO2 (g) CO2 (d) (dalam rongga paru-paru)

pH darah dipertahankan pada nilai tetap dan cermat.

Plasma darah manusia secara normal menunjukkan pH mendekati
7,4. Jika terjadi kesalahan di dalam mekanisme pengaturan pH,
dapat menyebabkan kerusakan berat dan kematian. Bagian yang
tertama sangat sensitif adalah aktivitas katalitik enzim yang hanya
dapat bekerja optimal pada pH optimum.
Suatu kelebihan asam dalam darah akan bereaksi dengan
buffer bikarbonat membentuk asam karbonat (H2CO3) yang

29
selanjutnya dengan cepat akan terurai membentuk CO2 terlarut dan
air. Peristiwa ini terjadi dalam paru-paru. CO2 terlarut akan keluar
bersama uap air melalui paru-paru berupa gas CO2.
Gambaran mekanisme kerja buffer bikarbonat ditunjukkan
oleh gambar di bawah ini.

Gambar 8. Peran buffer bikarbonat dalam darah

30
BAB 4. Karbohidrat

Nama karbohidrat berasal dari kenyataan bahwa

kebanyakan senyawa dari golongan ini mempunyai rumus empiris
yang menunjukkan bahwa senyawa tersebut adalah karbon
”hidrat” dan memiliki perbandingan karbon terhadap hidrogen
dan terhadap oksigen sebagai 1:2:1. Walaupun banyak karbohidrat
yang umum sesuai dengan rumus empiris (CH2O)n , yang lain tidak
memperlihatkan perbandingan ini dan beberapa yang lain juga
mengandung nitrogen, fosfor, atau sulfur.

Fungsi biologi karbohidrat

a. Tongkat kehidupan bagi kebanyakan organisme.
b. Pusat metabolisme tanaman hijau dan organisme
fotosintetik lainnya
c. Pati dan glikogen berperan sebagai penyedia sementara
glukosa
d. Polimer protein berperan sebagai unsur structural dan
penyangga dalam dinding sel bakteri dan tumbuhan dan
pada jaringan pengikat dan dinding sel organisme hewan
e. Karbohidrat berfungsi sebagai pelumas sendi kerangka
f. Karbohidrat berfungsi sebagai perekat diantara sel
g. Karbohidrat berfungsi sebagai pemberi spesifisitas biologi
pada permukaan sel hewan

31
 Al-Qur’an memberikan contoh sumber karbohidrat dalam
tanaman yang merupakan nikmat yang diberikan oleh Allah
kepada makhluk-nya.

QS. Ar-Ra’d (13) : 4

          

            

    

4. Dan di bumi Ini terdapat bagian-bagian yang berdampingan, dan

kebun-kebun anggur, tanaman-tanaman dan pohon korma yang bercabang
dan yang tidak bercabang, disirami dengan air yang sama. kami
melebihkan sebahagian tanam-tanaman itu atas sebahagian yang lain
tentang rasanya. Sesungguhnya pada yang demikian itu terdapat tanda-
tanda (kebesaran Allah) bagi kaum yang berfikir.

Penggolongan karbohidrat
Golongan karbohidrat didasarkan atas jumlah monomer gula
1. Monosakarida
Satuan karbohidrat tersederhana; taka dapat dihidrolisis
menjadi molekul karbohidrat yang lebih kecil

32
 contoh: glukosa, fruktosa, galaktosa, ribose, dektrosa,
laktosa, maltosa

2. Disakarida
Karbohidrat yang tersusun atas dua (2) satuan
monosakarida
Contoh: sukrosa (tersusun atas glukosa dan fruktosa)

3. Oligoskarida
Karbohidrat yang tersusun dari tiga sampai sepuluh (3 – 10)
satuan monosakarida
contoh: glikoprotein, proteoglikan (oligoskarida lebih dari 2
rantai monosakarida biasanya tak terdapat secara bebas,
biasa sebagai rantai samping ikatan peptida)

4. Polisakarida
Karbohidrat yang tersusun dari lebih delapan satuan
monosakarida
contoh: pati, selulosa

Karbohidrat yang berlebih dapat diubah menjadi:

- Lemak
- Steroid (kolesterol)
- Protein (terbatas)
Dan sebaliknya melalui aktivitas asetil koenzim A

Monosakarida
Dapat digunakan sebagai energi oleh organisme atau
disimpan sebagai glikogen. Bila organisme memerlukan energi,
glikogen diubah lagi menjadi glukosa.

33
 Monosakarida tidak berwarna, merupakan kristal padat
yang bebas, larut dalam air tetapi tak larut dalam pelarut non polar.
Kebanyakan memiliki rasa manis.

Rumus empiris (CH2O)n dimana n = 3 – 7. kerangka

monosakarida merupakan rantai karbon berikatan tunggal yang
tidak bercabang. Salah satu atom karbon tersebut berikatan ganda
dengan satu atom oksigen, membentuk gugus karbonil dan atom
karbon yang lain berikatan dengan gugus karboksil.
Jika gugus karbonil berada pada ujung rantai karbon,
monosakarida tersebut merupakan suatu aldehida dan disebut
sebagai suatu aldosa. Tetapi jika gugus karbonil berada pada posisi
lain, monosakarida tersebut menjadi suatu keton dan disebut
ketosa.

Monosakarida segera mereduksi senyawa pengoksidasi

seperti ferisianida, hidrogen peroksida atau Cu2+, sifat ini berguna
dalam analisa gula. Karbohidrat yang mempunyai sifat ini disebut
sebagai gula pereduksi.

34
 Dengan mengukur jumlah senyawa pengoksidasi yang
tereduksi oleh suatu larutan gula tertentu, dapat dilakukan
pendugaan konsentrasi gula. Dengan cara ini, darah dan air seni
dapat dianalisa kandungan gulanya pada diagnosa diabetes mellitus.
Penderita penyakit ini menunjukkan tingkat gula darah yang tinggi
secara abnormal, dan pengeluaran gula pada air seni berlebih.

Monosakarida : Stereokimia
a. Stereoisomer
Semua monosakarida, kecuali dihidroksiaseton,
mengandung satu atau lebih atom karbon asimetri atau kiral (atom
karbon yang mengikat empat gugus yang berbeda), dan karenanya
terdapat dalam bentuk isomer yang bersifat optik aktif.
Aldosa yang paling sederhana, yaitu gliseraldehida,
mengandung hanya satu atom karbon kiral, dan karenanya,
memiliki dua bentuk isomer optik yang berbeda atau enantiomer.
Aldoheksosa mempunyai empat atom karbon kiral dan dapat
berada dalam 2n = 24 = 16 bentuk stereoisomer yang berbeda.

35
36
 Jika dua gula berbeda hanya dalam konfigurasi di sekitar
satu atom karbon spesifik, senyawa-senyawa tersebut dinamakan
epimer.

D-glukosa dan D-manosa adalah epimer bila dilihat dari atom karbon 2
D-glukosa dan D-galaktosa adalah epimer jika dilihat dari atom karbon 4

b. Notasi D dan L
D dan L digunakan untuk menunjukkan konfigurasi dari
atom karbon kiral yang paling jauh dari atom karbon gugus
karbonil.
Jika gugus hidroksil pada atom karbon kiral yang paling
jauh mengarah ke kanan pada rumus proyeksi maka gula tersebut
menunjukkan suatu gula D
Jika gugus hidroksil pada atom karbon kiral yang paling
jauh mengarah ke kiri pada rumus proyeksi maka gula tersebut
menunjukkan gula L

37
 c. Bentuk cincin
Aldehida dan keton bereaksi dengan alkohol membentuk
masing-masing hemiasetal dan hemiketal.

Karena monosakarida mempunyai gugus baik gugus

aldehida maupun keton ditambah gugus alkohol (hidroksil), maka
pembentukan hemiasetal dan hemiketal dapat terjadi,
menghasilkan suatu struktur cincin. Karena alasan sterik sudut
ikatan, struktur cincin lima dan enam lebih memungkinkan.

38
 Sebagai contoh, D-glukosa yang berada sebagai larutan
mengalami pembentukan hemiasetal intramolekuler dimana gugus
hidroksil bebas pada C-5 bereaksi dengan C-1 aldehida. Senyawa
cincin enam ini selanjutnya disebut sebagai piranosa, sebab
mempunyai kesamaan dengan senyawa piran yang memiliki enam
cincin. Nama secara sistimatik senyawa cincin dari D-glukosa
adalah α-D-glukopiranosa dan β-D-glukopiranosa.

β-D-glukopiranosa
α-D-glukopiranosa

39
 Aldoheksosa yang berada dalam bentuk larutan juga
membentuk senyawa cincin lima. Karena mempunyai kesamaan
struktur dengan senyawa furan yang bercincin 5 maka senyawa
cincin bentukannya disebut furanosa. (coba saudara jelaskan
mekanisme reaksi pembentukannya!).

Cincin aldopiranosa lebih stabil dibandingkan dengan

aldofuranosa.

Bentuk isomer monosakarida yang hanya dibedakan oleh

konfigurasi atom karbon hemiasetal dan hemiketalnya disebut
anomer. Atom karbon hemiasetalnya (atau karbonilnya) disebut
sebagai karbon anomerik. Peristiwa perubahan anomer α dan β
dari D-glukosa dalam larutan berair disebut sebagai proses
mutarotasi.

d. Reaksi
Aldosa merupakan gula pereduksi yang berarti bahwa
fungsi aldehida gula mempunyai kemampuan mereduksi ion
logam atau mengalami oksidasi menjadi gugus asam karboksilat.

Ketosa tidak mudah teroksidasi sehingga tidak termasuk

sebagai gula pereduksi.

Perbedaan ini merupakan dasar bagi berbagai macam uji

pendahuluan untuk glukosa sebagai suatu aldoheksosa yang
merupakan gula pereduksi.

40
Uji Tollens
O O
R C + 2Ag+ + 2OH- R C + 2Ag + H2O
H OH
Cermin
perak

Uji Fehling (Benedict)

O O
R C + 2Cu++ + 2 OH- R C + 2 Cu2O + H2O
H OH
merah
bata

Oksidasi aldosa pada umumnya menghasilkan asam

aldonat. Dalam beberapa hal asam aldonat membentuk suatu
lakton.
Beberapa asam aldonat merupakan asam organik yang kuat
dan beberapa garamnya digunakan dalam ilmu kedokteran.
Misalnya kalsium glukonat yang merupakan senyawa yang stabil
dan merupakan bentuk yang dapat diterima secara biologik untuk
memberikan kalsium dalam keadaan yang kekurangan. Asam L-
askorbat (vitamin C) merupakan lakton yang diturunkan dari asam
heksonat yang mengandung sebuah ikatan rangkap antara karbon 2
dan 3.

Monosakarida lain
Selain D-aldosa dan D-ketosa, ada banyak jenis
monosakarida yang lain yang dapat dipandang sebagai turunan
gula.
Gula amino merupakan kelas monosakarida dengan gugus
–NH2 sebagai pengganti gugus hidroksi (-OH) pada karbon nomor
2. Gula amino pada umumnya ditemukan di alam sebagai turunan

41
N-asetil yang tidak bermuatan pada pH fisiologis. Sebuah contoh
penting adalah N-asetil-D-glukosamin yang merupakan monomer
dari polisakarida kitin, komponen utama dari cangkang serangga,
kerang, udang dan kepiting.

Gula deoksi dihasilkan dari pergantian gugus –OH dalam

gula oleh –H misalnya melalui reduksi selektif. Gula deoksi yang
paling penting adalah 2-deoksiribosa yang merupakan unsur
karbohidrat DNA (Deoxyribose Nucleic Acid).

Disakarida
Disakarida terdiri dari dua unit monosakarida yang
berikatan kovalen satu sama lain, gugus hidroksil salah satu gula
bereaksi dengan karbon anomer pada gula kedua, disebut ikatan
O-glikosida, yang segera terhidrolisa oleh asam tetapi tahan
terhadap basa.

42
Disakarida yang banyak terdapat di alam :
 maltosa, terdiri dari D-glukosa – D-glukosa
 laktosa, terdiri dari D-galaktosa – D-glukosa
 sukrosa, terdiri dari D-fruktosa – D-glukosa

43
Polisakarida
Tersusun atas banyak unit monosakarida
Dua jenis polisakarida :
1. Homopolisakarida, mengandung hanya satu jenis monomer
monosakarida. Contoh : pati (hanya mengandung unit-unit
D-glukosa)
2. Heteropolisakarida, mengandung dua atau lebih jenis unit
monosakarida yang berbeda. Contoh : asam haliuronat pada
jaringan pengikat

Karbohidrat yang berlebih dapat diubah menjadi:

- Lemak
- Steroid (kolesterol)
- Protein (terbatas)
Dan sebaliknya melalui aktivitas asetil koenzim A

44
BAB 5. Asam Amino dan Protein

Protein adalah makromolekul yang paling berlimpah di

dalam sel hidup dan merupakan 50 % atau lebih berat kering sel.
Protein ditemukan di dalam semua sel dan bagian sel. Protein juga
sangat bervariasi., ratusan jenis yang berbeda dapat ditemukan
dalam satu sel.

Gambar 9. Contoh-contoh bentuk protein dalam makhluk hidup

Gambar 9 di atas merupakan beberapa contoh bentuk

protein dalam makhluk hidup. Kunang-kunang dapat
memancarkan cahaya kuning yang berkedap-kedap disebabkan
oleh adanya senyawa protein luciferin yang terlibat dapat reaksi
oksidasi dan respirasi. Sel darah merah mengandung senyawa
protein hemoglobin yang berfungsi sebagai alat transport oksigen
dalam tubuh manusia dan binatang. Cula badak merupakan
kumpulan protein keratin yang membentuk struktur yang kuat dan
berfungsi sebagai alat pertahanan.

45
 Istilah protein diperkenalkan pada tahun 1830-an oleh pakar
kimia Belanda bernama Mulder, yang merupakan salah satu dari
orang pertama yang mempelajari kimia dalam protein secara
sistimatik. Ia secara tepat menyimpulkan peranan inti protein
dalam sistem hidup dengan menurunkan nama dari bahasa Yunani
proteos, yang berarti ”bertingkat pertama”.
Protein merupakan komponen utama dalam semua sel
hidup. Fungsinya terutama sebagai unsur pembentuk struktur sel,
misalnya dalam rambut, wol, kolagen, jaringan penghubung,
membran sel dan lain-lain. Selain itu dapat pula berfungsi sebagai
protein yang aktif, seperti misalnya enzim, yang berperan sebagai
katalis segala proses biokimia dalam sel. Protein aktif selain enzim
adalah hormon, toksin, antibodi, antigen dan lain-lain.
Allah mencontohkan salah satu bentuk dan manfaat protein
bulu binatang melalui firman-Nya dalam Al-Qur’an Surat An-Nahl
ayat 5.

QS. An-Nahl (16) : 5

         

5. Dan dia Telah menciptakan binatang ternak untuk kamu; padanya ada
(bulu) yang menghangatkan dan berbagai-bagai manfaat, dan
sebahagiannya kamu makan.

Ciri molekul Protein

1. Berat molekul yang besar; ribuan sampai jutaan.
2. Umumnya terdiri dari 20 macam asam amino yang saling
terikat oleh ikatan peptida

46
 3. terdapatnya ikatan kimia lainnya selain ikatan peptida,
seperti ikatan hidrogen, ikatan Van der Waals, ikatan
polar/nonpolar, dan ikatan ionik
4. Strukturnya tidak stabil terhadap beberapa faktor seperti
pH, radiasi, temperatur, pelarut organik, dan detergen.
5. Umumnya reaktif dan sangat spesifik, disebabkan
terdapatnya gugus samping (kation, anion, hidroksil
aromatik, hidroksil alifatik, amina, amida, tiol, dan
heterosiklik) dan susunan khas struktur makromolekul.

Asam Amino
Asam amino: pembangun protein, precursor kimia bagi
senyawa yang mengandung nitrogen penting

Gambar 10. Struktur asam amino

47
 Sebagian besar asam amino memiliki struktur yang sama
(dalam bentuk tak terionisasi) karena kerangka kovalen protein
adalah tetap dan menyangkut fungsi karboksil dan amino, maka
gugus R yang memberi suatu kedudukan bagi sifat-sifat fisik dan
kimia asam amino dalam rantai protein.
Penggolongan 20 asam amino yang umum dalam protein:
a. Gugus rantai cabang hidrofobik

Alanin valin leusin

Triptofan metionin isoleusin

48
 Prolin fenilalanin

b. Gugus rantai cabang polar tak bermuatan

Serin Glisin Treonin

Sistein Asparagin Glutamine Tirosin

49
c. Gugus rantai cabang bermuatan negatif pada pH 7

Asam aspartat Asam glutamate

d. Gugus rantai cabang bermuatan positif pada pH 7

Arginin Lisin Histidin

50
Sifat Asam Basa Asam Amino
Di dalam larutan air netral, asam amino selalu dalam bentuk
ion berdwikutub (zwitter ion).

zwitter ion : ion dua kutub, disebabkan terdapatnya gugus pemberi

proton (asam) maupun gugus penerima proton (basa) dalam satu
molekul asam amino, pada batas pH tertentu (konstanta dielektrik).

asam amino bersifat amfoter; yaitu dapat bertindak sebagai asam

sekaligus sebagai basa.
Sebagai asam (donor proton)
H3N+CHRCOO- H2NCHRCOO- + H+

Sebagai basa (akseptor proton)

H3N+CHRCOO- + H+ H3N+CHRCOOH

Asam amino monokarboksilat seperti glisin merupakan suatu asam

berbasa dua

51
 Gambar 11. Titik ekuivalen titrasi glisin

Reaksi kimia asam amino

a. Reaksi ninhidrin
Untuk penentuan kuantitatif asam amino, dengan cara
memanaskan campuran asam amino dan ninhidrin,terjadi
larutan berwarna biru, intensitasnya dapat diukur dengan
spektrofotometri
b. Reaksi Sanger
reaksi antara gugus α-amino dengan 1-fluoro-2,4-
dinitrobenzen (FDNB) dalam suasana basa lemah,dipakai
untuk menentukan asam amino N-ujung suatu rantai
polipeptida

52
 c. Reaksi dansil klorida
reaksi antara gugus amino dengan 1-dimetil-amino naftalen-
5-sulfonil klorida (dansil klorida) detentukan dengan
fluorometri
d. Reaksi Edman
reaksi antara α-amino dengan fenilisotiosianat, dalam
suasana asam dengan pelarut nitrometan. hasil reaksi dapat
dipisahkan dan diidentifikasi dengan kromatografi.
Digunakan untuk penentuan asam amino N-ujung suatu
rantai polipeptida
e. Reaksi basa Schiff
reaksi reversibel antara gugus α-amino dengan gugus
aldehid
f. Reaksi dengan gugus R
gugus –SH pada sistein, hidroksifenol pada tirosin dan
guanidium pada arginin memberikan reaksi khas.

Analisis asam amino

1. Kromatografi partisi
Asam amino dapat dipisahkan dengan cara partisi karena
tiap asam amino memiliki koefisien partisi tertentu untuk
pasangan pelarut tertentu
2. Kromatografi penukar ion
Pemisahan asam amino dengan prinsip perbedaan sifat
asam basanya
3. Elektroforesis kertas
Berdasarkan harga pK’ yang berbeda daan pada pH
tertentu, asam amino bergerak dengan arah dan kecepatan
berbeda terhadap ujung kertas yang memiliki muatan listrik
berbeda, sehingga asam amino dapat dipisahkan

53
 4. kromatografi lapis tipis
PEMISAHAN didasarkan pada perbedaan kecepatan
gerakan masing-masing asam amino dalam larutan buffer
dengan pH tertentu.

PEPTIDA
Ikatan peptida merupakan ikatan antara gugus α-karboksil
dari asam amino yang satu dengan α-amino dari asam amino
lainnya.

Ikatan peptida

54
Contoh ikatan peptida pada senyawa aspartam, suatu pemanis
sintetis

PROTEIN
Protein merupakan susunan asam amino yang digabungkan
oleh ikatan peptida.

Fungsi Jenis Contoh

Katalik Enzim Katalase pepsin
Struktural Protein structural Kolagen, elastin,
Motil (mekanik) Protein kontraktil keratin
Penyimpanan (dari Protein angkutan Aktin, myosin
zat makanan) Kasein,ovalbumin,
Protein angkutan feritin
Pengangkutan (dari
zat makanan) Albumin serum ,
Protein hormone hemoglobin
Enzim pengatur
Pengatur (dari Antibody
metabolisme sel) Protein penggumpal Insulin
Protein toksik Fosfofruktokinase
Perlindungan Immunoglobulin
(kekebalan, darah) Trombin, fibrinogen
Tanggap toksik Toksin bisa ular,
toksin bakteri

55
Jenis protein:
 Protein sederhana: hanya asam amino
 Protein berkonjugasi: asam amino + gugus prostetik
nonprotein

Penggolongan protein berdasarkan bentuk:

 Protein globular
Rantai polipeptida berlipat menjadi bentuk bulat padat
(globular), biasanya larut dalam air,sebagian besar
mempunyai fungsi gerak. Contoh: enzim
 Protein serabut
Rantai polipeptida memanjang pada satu sumbu,
membentuk serabut panjang, tidak larut dalam air.hampir
semua protein serabut memberikan fungsi structural atau
pelindung.contoh: keratin, kolagen.
Beberapa protein tidak berbentuk bola maupun serabut,
misalnya myosin dan fibrinogen.

Tingkat organisasi struktur protein

 Struktur primer; hanya urutan asam amino dalam rantai
polipeptida dan letak suatu jembatan sulfide dalam rantai
protein. Struktur primer diselenggarakan oleh ikatan-ikatan
peptide yang kovalen.
 Struktur sekunder; banyaknya struktur helix-α atau
lembaran berlipatan β yang beraturan dan berhubungan
dengan struktur protein secara keseluruhan.
Diselenggarakan oleh ikaatan-ikatan hydrogen antara
oksigen karbonil dan nitrogen amida dari rantai polipeptida
 Struktur tersier; mengacu pada cara rantai protein dalam
protein globular yang dilekukkan dan dilipat untuk

56
 membentuk struktur tiga dimensi secara menyeluruh.
Struktur tersier diselenggarakan oleh interaksi antara gugus
R asam amino
 Struktur kuartener; penyusunan protomer dalam protein
oligomerik

Gambar 11. Struktur protein

Residu ujung-N : asam amino dalam rantai protein dengan gugus

α-amino bebas
Residu ujung-C : asam amino dalam rantai protein dengan gugus
karboksil bebas

57
Keadaan asal protein : suatu kondisi dimana suatu protein ada
dalam struktur tiga dimensi yang
memungkinkannya melaksanakan fungsi
biologiknya.

Keadaan terdenaturasi : kondisi dimana terjadi perubahan

structural reversible atau irreversible
pada suatu protein yang menyebab-
kannya kehilangan semua atau sebagian
dari fungsi biologiknya.

Cara-cara untuk melakukan denaturasi:

1. Perlakuan pemanasan
2. Perubahan pH yang besar
3. Perlakuan kimiawi
4. Perlakuan mekanik

58
BAB 6. Enzim

Enzim adalah golongan protein yang paling banyak dalam

sel hidup, dan mempunyai fungsi penting sebagai katalisator reaksi
biokimia secara kolektif membentuk metabolisme-perantara
(intermediary metabolism) dari sel.

Sejarah penelitian enzim:

1. Awal tahun 1800; penelitian mengenai pencernaan daging
oleh sekresi lambung dan perubahan pati menjadi gula oleh
air liur
2. Tahun 1950, Louis Pasteur menyimpulkan bahwa
fermentasi gula menjadi alkohol oleh ragi dikatalisis oleh
”ferment” yang secara struktural terikat pada sel ragi.
3. Tahun 1897, Eduard Buchner untuk pertama kalinya
berhasil melakukan ekstraksi enzim dari sel ragi yang
berfungsi dalam fermentasi alkohol
4. Tahun 1926, James Summer untuk pertama kalinya dapat
mengisolasi enzim urease berwujud kristal dari kacang-
kacangan. Dia menyimpulkan bahwa kristal urease terdiri
dari protein
5. Tahun 1930, John Northrop dan koleganya mengkristalkan
tripsin dan pepsin, dan kimotripsin

59
Sifat-sifat katalitik khas enzim:
1. Enzim meningkatkan laju reaksi pada kondisi biasa
(fisiologik) dari tekanan, suhu, dan pH. Hal ini merupakan
keadaan yang jarang dengan katalis-katalis lain
2. Enzim berfungsi dengan selektivitas atau spesifisitas
bertingkat luar biasa tinggi terhadap reaktan yang
dikerjakan dan jenis reaksi yang dikatalisasikan. Maka
reaksi-reaksi yang bersaing dan sampingan tidak teramati
dalam katalisasi enzim
3. Enzim memberikan peningkatan laju reaksi yang luar biasa
disbanding dengan katalis biasa.

Penamaan dan klasifikasi enzim

Penamaan enzim secara trivial, misalnya pepsin, tripsin,
katalase, tidak dapat menerangkan sifat dan macam reaksi kimia
yang terjadi.
Penamaan dan klasifikasi enzim secara sistimatik telah
ditentukan oleh suatu badan internasional bernama Commision on
Enzymes of the Intenational Union of Biochemistry (CEIUB).
Kebanyakan enzim diberi nama menurut reaksi yang
dikatalisisnya. Biasanya akhiran untuk nama enzim ialah –ase,
misalnya suatu polimerase adalah enzim sembarang yang
mengkatalisis suatu reaksi polimerisasi, suatu reduktase adalah
sembarang enzim yang mengkatalisis reaksi reduksi

Klasifikasi enzim dibagi menjadi 6 (enam) golongan yaitu:

1. Oksidoreduktase (oksidasi reduksi)
a. Bekerja pada CH-OH
b. Bekerja pada C=O
c. Bekerja pada –CH=CH-
d. Bekerja pada –CH-NH2

60
 e. Bekerja pada –CH-NH-
f. Bekerja pada N fungADH; NADPH
2. Transferase (pemindahan gugus fungsional)
a. Gugus satu-karbon
b. Gugus aldehida atau keton
c. Gugus asil
d. Gugus glikosil
e. Gugus fosfat
f. Gugus mengandung S
3. Hidrolase (reaksi hidrolisa)
a. Ester
b. Ikatan glikosidik
c. Ikatan peptide
d. Ikatan C-N lain
e. Anhidrida asam
4. Liase (adisi pada ikatan rangkap atau kebalikan reaksi
tersebut)
a. C=C
b. C=O
c. C=N
5. Isomerase (reaksi isomerisasi)
a. Rasemase
6. Ligase (pembentukan ikatan dengan pembelahan ATP)
a. Terbentuk ikatan C-O
b. Terbentuk ikatan C-S
c. Terbentuk ikatan C-N
d. Terbentuk ikatan C-C

61
Bagian-bagian Enzim
Bagian protein (tak aktif) disebut Apoenzim
Bagian bukan protein :
a. Gugus prostetik; secara kuat terikat pada apoenzim,
seringkali terikat secara kovalen. Gugus ini menentukan
jenis proses-proses kimia yang akan dikatalisis. Molekulnya
terletak pada kedudukan dalam struktur tersier dalam
enzim yang dikenal sebagai sisi aktif.
b. Koenzim; secara lemah terikat pada apoenzim dan dapat
didisosiasikan secara reversibel
c. Kofaktor ion logam

Holoenzim (aktif) = apoenzim + bagian bukan protein

Mekanisme Reaksi Enzimatik

Suatu molekul substrat berikatan dengan bagian aktif enzim
melalui suatu mekanisme khas dan selektif dalam hubungan yang
disebut lock and key.

62
Gambar 12. Mekanisme key and lock serta contoh reaksi
terkatalisis enzim

63
Inhibisi Reaksi Enzimatik
Pada umumnya proses inhibisi merupakan suatu kontrol
dari reaksi enzim
Proses inhibisi reaksi enzim ada dua macam:
1. Inhibisi bersaing (competitive inhibition)
Inhibisi ini terjadi pada sisi aktif yang sama, sehingga
substrat bersaing dengan suatu inhibitor
memperebutkan sisi aktif yang sama.

Gambar 13. Mekanisme Inhibisi kompetitif

Inhibisi bersaing dapat dihilangkan dengan memperbesar

konsentrasi substrat.

Misalnya:
Reaksi inhibisi malonat terhadap enzim
suksinatdehidrogenase. Dalam proses inhibisi ini
malonat sebagai inhibitor bersaing dengan suksinat
sebagai substrat terhadap sisi aktif yang sama pada molekul
enzim suksinatdehidrogenase.

64
2. Inhibisi tak bersaing (non competitive inhibition)
Pada reaksi inhibisi ini, substrat dan inhibitor masing-
masing berikatan dengan enzim pada tempat yang berbeda.

Gambar 13. Mekanisme Inhibisi non kompetitif

65
66
BAB 7. Lipida

Suatu lipida didefinisikan sebagai senyawa organik yang

terdapat dalam alam serta tak larut dalam air, tetapi larut dalam
pelarut organik non polar
Dalam makhluk hidup, lipida yang paling banyak adalah
lemak/minyak atau triasil gliserol (trigliserida) yang merupakan
bahan bakar bagi hampir semua makhluk hidup.

QS. Al-Mu’minun (23):20

         

20. Dan pohon kayu keluar dari Thursina (pohon zaitun), yang
menghasilkan minyak, dan pemakan makanan bagi orang-orang yang
makan.

Fungsi lipida:
1. Penyimpan energi dan transpor
2. Struktur membran
3. Kulit Pelindung, komponen dinding sel
4. Penyampaian kimia

67
Contoh lipida dalam kehidupan sehari-hari

Triacontanoylpalmitat, komponen
utama lilin lebah, suatu ester asam
palmitat dengan triacontanol.

Senyawa ini digunakan untuk membuat kerangka sarang

lebah yang kuat sebagai tempat berlindung dan menyimpan
makanan dalam bentuk madu. Allah berfirman dalam Al-Qur’an
Surat An-Nahl ayat 68,
QS. An-Nahl (16):68

            



68. Dan Tuhanmu mewahyukan kepada lebah: "Buatlah sarang-sarang di

bukit-bukit, di pohon-pohon kayu, dan di tempat-tempat yang dibikin
manusia",

Jenis lipida utama berdasarkan strukturnya dibagi menjadi:

5. Triasil gliserol
Triasil gliserol adalah ester dari alkohol gliserol dengan tiga
molekul asam lemak. Triasil gliserol adalah komponen

68
 utama dari lemak penyimpan (storage lipid) pada sel hewan
dan tumbuhan, tetapi pada umumnya tidak dijumpai pada
membran.
6. Lilin
Lilin adalah ester asam lemak berantai panjang yang jenuh
dan tidak jenuh (mempunyai dari 14 sampai 36 atom
karbon) dengan alcohol berantai panjang (mempunyai atom
karbon dari 16 – 22)
7. Fosfogliserida
a. Fosfatidiletanoalamin
b. Fosfatidilkolin
c. Fosfatidilserin
d. Fosfatidilinositol
e. Kardiolipin
8. Spingolipida
a. Spingomielin
b. Serebrosida
c. Gangliosida

69
 5. Sterol dan ester asam lemaknya

70
Gambar 14. Ikhtisar lipida
Asam Lemak
Asam lemak jarang terdapat bebas di alam tetapi terdapat
sebagai ester dalam gabungan dengan alcohol.

Sifat-sifat asam lemak:

1. Asam lemak pada umumnya adalah asam monokarboksilat
berantai lurus
2. Asam lemak pada umumnya mempunyai jumlah atom
karbon genap
3. Asam lemak dapat dijenuhkan atau dapat mempunyai satu
atau lebih ikatan rangkap

Asam lemak :
1. Jenuh (butirat, palmitat, stearat)
2. Tak jenuh (palmitoleat, oleat, linoleat, linolenat, arakidonat)

Hampir semua asam lemak yang terdapat dalam alam

mempunyai jumlah atom karbon yang genap (4 sampai 24) karena
asam ini dibiosintesis dari gugus asetil berkarbon 2 dalam asetil
koenzim A.

71
 Reaksi:
Jumlah karbon
genap

O
banyak tahap
H3CC SCoA CH3(CH2)14COO2H
asetil koenzim A asam palmitat

Lemak dan minyak

Lemak dan minyak adalah trigliserida atau triasilgliserol
(trimester dari gliserol)

O
H2C O C R
O
HC O C R
O
H2C O C R

suatu triasil gliserol

Perbedaan lemak dan minyak

1. Pada temperatur kamar lemak berbentuk padat dan minyak
berbentuk cair. Tersusun atas asam lemak-asam lemak
jenuh.
2. Sebagian besar gliserida dalam hewan adalah berupa lemak
(lemak hewani), sedangkan dalam tumbuhan cenderung
berupa minyak (minyak nabati). Tersusun atas asam lemak-
asam lemak tak jenuh

72
 Konfigurasi di sekitar ikatan rangkap apa saja dalam asam
lemak alamiah adalah cis, suatu konfigurasi yang menyebabkan
titik leleh minyak itu rendah. Asam lemak jenuh membentuk rantai
zig-zag yang dapat cocok satu dengan yang lain secara mampat
sehingga gaya tarik Van der Waals-nya tinggi. Oleh karena itu
lemak-lemak jenuh itu bersifat padat. Jika beberapa ikatan rangkap
cis terdapat dalam rantai, molekul itu tak dapat membentuk kisi
yang rapi dan mampat, tetapi cenderung melengkung, trigliserida
tak jenuh ganda (polyunsaturated) cenderung berbentuk minyak.

Gambar 15. Struktur triasil gliserol dalam bentuk lemak dan

minyak

73
 Asam karboksilat yang diperoleh dari hidrolisis lemak atau
minyak yang disebut asam lemak, umumnya mempunyai rantai
hidrokarbon panjang dan tidak bercabang.

Reaksi hidrolisis lemak/minyak:

O
H2C O C R H2C OH
O
H+
HC O C R + 3 H2O HC OH + 3 RCOOH
O
H2C O C R H2C OH

suatu triasil gliserol gliserol suatu asam lemak

74
BAB 8. Asam Nukleat

Asam nukleat merupakan rantai polimer yang tersusun dari

mononukleotida

Fungsi asam nukleat :

1. Berperan untuk menyimpan, mereplikasi dan men-
transkripsi informasi genetik
2. Berperan dalam metabolisme antara dan
3. Berperan dalam reaksi transformasi energi sebagai ko-enzim
pembawa energi, ko-enzim dalam perpindahan berbagai
biomolekul, ko-enzim dalam reaksi oksidasi reduksi

QS. Al-Furqon (25) : 54

             

54. Dan dia (pula) yang menciptakan manusia dari air lalu dia jadikan
manusia itu (punya) keturunan dan mushaharah[*] dan adalah
Tuhanmu Maha Kuasa.
[*] Mushaharah artinya hubungan kekeluargaan yang berasal
dari perkawinan, seperti menantu, ipar, mertua dan sebagainya.

Mononukleotida :
Mononukleotida terdiri dari 3 unsur yang dapat dipisahkan
dan dikenali, yaitu

75
 - Basa-basa nitrogen heterosiklik (basa purin: adenine dan
guanine ; basa pirimidin; sitosin, urasil, timin)
- Gula 5-karbon ( D-ribosa dalam RNA, 2-deoksi D-ribosa
dalam DNA)
- Fosfat

Struktur dari basa nitrogen

Sifat basa purin dan pirimidin

• Dapat membentuk ikatan Hidrogen antar basa (Pasangan
Basa)
• Sistem cincin heterosiklik nitrogen dari basa nitrogen
menyerap sinar UV dengan kuat pada daerah 250 – 280 nm

76
Ikatan hidrogen antar basa nitrogen (model Watson-Crick)

Nukleosida
Nukleosida : suatu turunan N-glikosil yang terbentuk dari
gabungan sebuah pentosa dan basa pirimidin atau
purin (tanpa gugus fosfat).

golongan nukleosida:
1. Ribonukleosida, mengandung D-ribosa
2. 2’-deoksiribonukleosida, mengandung 2-deoksi-D-ribosa.

77
Sifat nukleosida:
1. Lebih muda larut daripada basa N-nya
2. Mantap dalam alkali
3. Terhidrolisis oleh asam pada suhu tinggi, menghasilkan bsa
dan pentosa bebas
4. Terhidrolisis oleg enzim nukleaosidase
5. Nukleosida pirimidin lebih tahan hidrolisis daripada purin

Nukleotida : merupakan ester nukleosida yang asam aksinya,

yaitu asam fosfat, telah membentuk ikatan ester
dengan salah satu dari gugus-gugus –OH dari
pentosa

78
golongan nukleotida: 1. deoksiribonukleotida
2. ribonukleotida

Ikhitisar Nukleosida dan nukleotida

Basa Nukleosida Nukleotida Asam
Nama Nama Singka- nukleat
sistematik trivial tan
Purin
Adenin Adenosin - Adenosin5’- - asam AMP RNA
monofosfat adenilat d AMP DNA
- Deoksiaden - asam
Guanin Guanosin osin 5’- deoksiad GMP RNA
monofosfat enilat d GMP DNA
- Guanosin - asam
Pirimi- 5’- guanilat
din monofosfat - asam CMP RNA
Sitosin Sitidin - Deoksiguan deoksigu d CMP DNA
osin 5’- anilat
monofosfat TMP/ DNA
Timin Tymidin - asam d TMP
- Sitidin 5’- sitidilat
monofosfat - asam UMP RNA
Urasil Uridin - Doksisitidin deoksisit
5’- idilat
monofosfat - asam
- Tymidin 5’- tymidilat
monofosfat /asam
/Deoksitym deoksiti
idin 5’- midilat
monofosfat
- Uridin 5’- - asam
monofosfat uridilat

79
Polinukleotida : merupakan polimer mononuklotida

Golongan polinukleotida :
1. Asam deoksiribonukleat (Deoxyribo Nucleic Acid, DNA) :
terdiri atas unit-unit doksiribonukleotida yang
dihubungkan dengan suatu rantai dengan ikatan kovalen
2. Asam ribonukleat (Ribo Nucleic Acid, RNA) : disusun dari
unit-unit ribonukleotida

DNA : terdiri atas unti-unit mononukleotida d AMP, d GMP, d

TMP, dan d CMP yang dihubungkan dalam suatu variasi deretan
oleh ikatan fosfodiester membentuk rantai double helix.

80
Gambar 16. Rantai DNA dalam kromosom

81
 Gambar 17. Ikatan double helix DNA menurut Watson-Crick

RNA : merupakan rantai poliribonukleatida tunggal tersusun dari

mononukleotida dengan basa A, G, U, C.

Jenis RNA :
1. RNA pemindah (messenger RNA-mRNA) : disintesis dalam
inti sel dalam proses transkripsi (proses penurunan urutan
basa dari slah satu untai DNA kromosom dengan perantara
enzim, menjadi bentuk rantai tunggal mRNA), merupakan

82
 komplemen urutan basa dalam DNA yang ditranskripsi.
mRNA keluar dari inti sel menuju ribosom untuk memulai
proses biosintesin polipeptida.Urutan tripel nukleotida
(kodon) spanjang rantai mRNA menentukan urutan residu
asam aminio yang membentuk rantai polipeptida

Gambar 18. Messenger-RNA (m-RNA)

2. RNA peminda (transfer RNA- tRNA), berfungsi sebagai

pembawa asam amino spesifik dalam proses biosintesis
protein pada ribosom, merupakan molekul yang relatif
kecil

83
 Gambar 19. Transfer RNA (t-RNA)

3. RNA ribosom (r-RNA), membentuk 65% berat ribosom. r-

RNA berfungsi untuk menterjemahkan kode genetik yang
dibawa oleh m-RNA dalam bentuk asam amino-asam amino
yang selanjutnya akan disusun menjadi suatu protein.

84
 Gambar 20. Ribosom RNA (r-RNA) di dalam ribosom

Hidrolisis asam nukleat

1. Hidrolisis dengan enzim
Ikatan fiosfodiester pada DNA dan RNA dapat dihidrolisis
oleh enzim nukleas.nuklease yang menyerang hanya pada
ujung rantai polinukleotida disebut eksonuklease. Yang
menyerang di bagian dalam rantai disebut endonuklease
2. Hidrolisis dengan asam basa
Hidrolisis lemah dari DNA dengan asam pH 3,0 sangat
selektif yaitu pecahnya ikatan β-glikosida antara gugus basa
purin dan gugus deoksiribosa, tetapi ikatan pirimidin-
doksiribosa tidak akan terpengaruh. Hidrolisis ini
menghasilkan derivat DNA tanpa basa purin disebut asam
apurinat. Pada kondisi lain, dapat dihasilkan asam
apiridamat yaitu derivat DNA tanpa basa pirimidin.
DNA tidak dapat dihirolisis oleh basa, tetapi RNA bisa.

85
Nukleoprotein
Merupakan gabungan antara asam nukleat dengan protein
tertentu membentuk struktur yang sangat kompleks dan memiliki
aktivitas fungsional. Contoh : ribosom dan virus.

86
BAB 9. Energetika Sel

Sel hidup berada dalam aktivitas biokimia yang terus

menerus sebagai hasil pertumbuhan dan pemeliharaan struktur sel.
Misalnya pada suatu kultur prokariot yang sedang tumbuh seperti
E. Coli, reproduksi oleh pembagian sel terjadi kira-kira satu kali
setiap 20 menit. Sebuah kultur hanya memerlukan mengandung
glukosa untuk sumber karbon dan garam-garam anorganik untuk
memberikan nitrogen, fosfor dan zat-zatsederhana lain yang
diperlukan. Kenyataan bahwa satu sel E.Coli mampu menjadi dua
sel setiap menit yang berarti bahwa ia di dalam membran selnya
mempunyai semua kimia yang diperlukan untuk bersintesis,
dengan menggunakan hanya sedikit zat pendukung sederhana,
semua protein, asam nukleat, karbohidrat, koenzim, dan
biomolekul-biomolekul lain yang diperlukan oleh sel hidup.
Dalam bab ini dan berikutnya dapat dipelajari bagaimana
sel memperoleh energi dari zat-zat makanan dan bagaimana sel
menggunakan energi dan zat-zat makanan untuk menghasilkan
zat-zat yang dibutuhkannya. Sebelum membicarakan proses-proses
kimia secara terinci maka terlebih dahulu harus melangkah ke
beberapa pengertian dasar mengenai sel dan fungsinya.

87
Arus Energi di dalam Biosfer
Sel terbagi atas dua kelompok: heterotrop yang
memperoleh makanan dari sel lain, dan autrotrop yang
menciptakan makanannya sendiri dari zat-zat anorganik sederhana
dan cahaya matahari. Kedua jenis sel ini ada hubungan dekat oleh
proses keseluruhan dari siklus karbon.
Sel autotropik yang fotosintetik menyimpan energi cahaya
matahari dalam bentuk karbohidrat, yang kemudian dimanfaatkan
oleh sel heterotrop non fotosintetik sebagai sumber dari bukan saja
melainkan juga bahan mentah untuk biosintesis. Arus energi dari
matahari melalui bermacam-macam tahap pemanfaatan secara
skematik ditunjukkan dalam gambar.

88
Arus karbon dalam biosfer

QS. Ar-Rahman (55) : 17 – 18

    

17. Tuhan yang memelihara kedua tempat terbit matahari dan Tuhan
yang memelihara kedua tempat terbenamnya.

    

18. Maka nikmat Tuhan kamu yang manakah yang kamu dustakan?

Kita dapat mencatat banyak persamaan antara proses

metabolik antara proses metabolik dalam sel-sel prokariotik
sederhana seperti bakteri dan proses dalam eukariotik yang lebih
rumit seperti pada sel dari hewan tingkat tinggi. Oleh karena

89
universalitas dari proses metabolik utama maka para cendikiawan
mampu untuk menggunakan prokariot sederhana untuk
mempelajari metabolisme perantara, dan sebenarnya dapat
mempeluas banyak dari kesimpulan yang diperoleh dari studi-
studi demikian pada proses yang bersesuaian di dalam sel hewan
bertingkat lebih tinggi.

Arus Nitrogen dalam biosfer

90
 Organisme dapat dikelompokkan berdasarkan cara
memperoleh energi, yaitu:

Sel Autotropik
Sel autrotopik dapat dibagi menjadi kemoautotrop dan
fotoautotrop.
Kemoautotrop memperoleh energi dengan mengoksidasi
molekul-molekul yang tereduksi seperti H2S, S, NH3, NO2,
dan CO, sehingga menghasilkan energi yang diperlukan
untuk mereduksi CO2 (digunakan sebagai sumber karbon
untuk menghasilkan karbohidrat) dan memberikan tenaga
pendorong bagi proses yang memerlukan energi.
Organisme non fotosintetik ini termasuk keluarga bakteri
dari pengambilan molekul-molekul anorganik sederhana.

Fotoautotrop memperoleh energi dengan mengubah sinar

matahari menjadi energi kimia. Sel-sel ini termasuk semua
sel tumbuhan fotosintetik: lumut, lumut biru-hijau yang
prokariotik, dan bakteri belerang fotosintetik.

Sel Heterotrop
Kemoheterotrop memerlukan senyawa organik baik sebagai
sumber energi. Kelas ini meliputi lapangan yang maha luas
dari organisme termasuk hewan bertingkat tinggi, jamur,
protozoa, dan kebanyakan bakteri.
Kita dapat membuat pembedaan diantara kemotrop yaitu
organisme aerobik dan anaerobik.
Organisme aerobik menggabungkanoksidasi molekul-
molekul organik dengan mereduksi O2 menghasilkan
air. Oksigen dalam hal ini sebagai penerima elektron.

91
 Organisme aerob tidak dapat hidup tanpa adanya
oksigen.

Organisme Anaerobik jauh lebih umum. Mereka terbagi

menjadi dua macam: anaerobik tegas dan anaerobik
fakultatif.

Anaerobik tegas menggunakan molekul-molekul

organik sebagai penerima elektron ujung pada
metabolisme oksidatif dan teracuni oleh adanya
oksigen. Clostridium botulinus suatu anaerob tegas
yang kadang-kadang terdapat pada makanan
berkadar asam rendah yang kurang baik dalam
proses pengalengan, menghasilkan toksin bakteri
yang mematikan yang mengakibatkan botulisme
atau keracunan makanan.

Anaerobik fakultatif dapat menggunakan O2 atau

molekul organik sebagai penerima elektron.
Manusia adalah anaerobik fakultatif. Ragi juga
anaerobik fakultatif karena dapat mengubah
glukosa menjadi CO2 dan H2O dengan keberadaan
O2. Dalam keadaan tanpa oksigen ragi mengubah
glukosa menghasilkan CO2 dan suatu molekul
organik yang direduksi seperti etanol.

Aerobi : C6H12O6 + 6H2O 6CO2 + 6H2O

Anaerobik : C6H12O6 2CO2 + 2CH3CH2OH

92
 Fotoheterotrop memerlukan senyawa organik lain dari CO2
sebagai sumber karbon. Karena senyawa organik di alam
hampir selalu berasal dari degradasi materi yang pernah
hidup, maka sel ini adalah heterotrop. Organisme demikian
termasuk bakteri non-belerang ungu.

Adenosin Trifosfat
Pemindahan-pemindahan energi selular yang lain dari
reaksi-reaksi oksidasi-reduksi memanfaatkan energi yang disimpan
pada ikatan-ikatan P-O dari asam fosfat anhidrida dan turunan
ester fosfat. Biomolekul pusat pada sistem pemindahan energi ini
adalah Adenosin Trifosfat (ATP). Struktur ATP dan zat-zat yang
ada hubungannya ditunjukkan dalam gambar di bawah ini.

93
ATP dan Energetika Selular
ATP bertugas sebagai pusat medium pertukaran yang
menghubungkan reaksi-reaksi biokimia yang menghasilkan energi
penyambung dengan proses-proses yang memerlukan energi di
dalam sel. Bekerjanya ATP berpusat pada kemantapannya untuk
menjadi donor gugus fosforil berenergi tinggi kepada akseptor
gugus fosforil seperti senyawa sejenis –OH.

94
BAB 10. Pengantar Metabolisme

Metabolisme
Pengertian metabolisme adalah segala proses kimia yang
terjadi di dalam makhluk hidup. Di dalam proses ini makhluk
mendapat, mengubah, dan menggunakan senyawa dari sekitarnya
untuk mempertahankan kelangsungan hidupnya

Jenis metabolisme dapat dibagi menjadi:

1. Katabolisme
2. Anabolisme

Katabolisme
Pencernaan
Pencernaan pada hewan tingkat tinggi pada dasarnya
merupakan proses hidrolitik. Molekul-molekul seperti polisakarida,
protein, asam nukleat dan lipida yang menyusun bagian terbesar
dari makanan harus dihancurkan menjadi molekul-molekul kecil
agar memungkinkan penyerapannya menembus lapisan usus kecil.

QS. Al-A’raf (7) : 31

             

   

95
31. Hai anak Adam, pakailah pakaianmu yang indah di setiap (memasuki)
mesjid, makan dan minumlah, dan janganlah berlebih-lebihan[*].
Sesungguhnya Allah tidak menyukai orang-orang yang berlebih-lebihan.

[*] Maksudnya: janganlah melampaui batas yang dibutuhkan oleh

tubuh dan jangan pula melampaui batas-batas makanan yang
dihalalkan.

Pencernaan dan adsorbsi Karbohidrat

Pemecahan makanan polisakarida pada manusia dimulai di
dalam mulut, tempat α-amilase air liur menghidrolisis beberapa
dari ikatan α-1 4 glikosida. Sedikit pemecahan lebih jauh dari
karbohidrat terjadi hingga makanan mencapai usus kecil. Di sini
amilase pankreas mengkatalisis reaksi hidrolisis polisakarida
berikatan α-1 4 terutama menjadi glukosa dan maltosa. Apabila
terjadi percabangan seperti pada amilopeptin atau glikogen, maka
dihasilkan pula isomaltosa suatu disakarida yang berikatan α-1 6.
Selain disakarida yang ditimbulkan oleh reaksi α-amilase, maka
makanan disakarida lain meliputi laktosa (dari susu) dan sukrosa.
Disakarida dipecah oleh enzim khusus yang terletak pada
permukaan besar yang berlipat terbentuk oleh sel-sel yang melapisi
usus kecil. Permukaan ini telah diistilahkan sebagai batas sikat dari
mukosa usus dan memberikan suatu permukaan yang luar biasa
luasnya untuk absorbsi yang efisien dari makanan yang
dicernakan.

QS. Al-A’la (87) : 2 – 3

   

2. Yang Menciptakan, dan menyempurnakan (penciptaan-Nya),

96
    

3. Dan yang menentukan kadar (masing-masing) dan memberi petunjuk,

Enzim-enzim terlibat dalam pencernaan karbohidrat

disajikan pada tabel di bawah ini:
Enzim Substrat Hasil Utama
α-amilase Polisakarida berikatan Glukosa, maltosa,
α-1 4 dan isomaltosa
Maltase I dan II Maltosa Glukosa
Maltase III dan IV Maltosa dan sukrosa Glukosa dan fruktosa
Maltase V Disakarida yang Glukosa (dari
berikatan isomaltosa), glukosa
α-1 6 dan fruktosa (dari
platinosa)
β-galaktosidase Oligosakarida berikatan- Tergantung pada
β substrat
Laktase Laktosa Galaktosa dan
glukosa

Pencernaan laktosa jarang terjadi karena laktosa hanya

ditemukan dalam susu. Pada kebanyakan mamalia enzim
pencernaan laktase yang terdapat bayi menghilang setelah
penyapihan. Kelangkaan enzim pada bayi dapat mengakibatkan
peradangan isi perut yang hebat, karena laktosa yang tidak
dicernakan dan diserap memperlancar pertumbuhan bakteri usus
yang tidak diinginkan.

Pencernaan dan Absorbsi Lemak

Metabolisme lemak memulai dengan asam lemak bebas. Ini
dihasilkan baik oleh hidrolisis intra selular dari trigliserida
simpanan maupun oleh hidrolisis lemak gizi di dalam usus kecil.

97
 Kebanyakan lipida dalam makanan kita berbentuk triasil
gliserol. Pencernaan lemak berlangsung dalam usus kecil. Di sini
lipida makanan direaksikan dengan enzim hidrolase yang disebut
dengan lipase. Karena lipase larut dalam air sedang substratnya
tidak, maka materi lipida diubah menjadi globul kecil-kecil
(teremulsikan) oleh garam-garam empedu. Empedu dihasilkan
dalam hati dan disimpan di dalam kandung empedu yang
mengeluarkannya di dalam usus kecil. Zat pengemulsi yang utama
di dalam empedu adalah garam-garam natrium asam taurokolat
dan asam glikokolit, keduanya turunan steroid. Lipase pankreas
menghidrolisis dua dari tiga sambungan ester dalam triasil gliserol.
Gliserol monoalkil dan asam lemak diserap melalui lapisan
usus dan diubah kembali menjadi triasil gliserol yang kemudian
masuk ke dalam darah melewati sistem limfa.

Lipida diangkut di dalam darah dalam beberapa bentuk:

1. Kilomikron, merupakan misel yang sebagian besar terdiri
atas triasil gliserol dan kira-kira 1% protein
2. Lipoprotein dengan densitas sangat rendah (Very Low
Density Lipoprotein, VLDL), mengandung kira-kira 10%
berat protein dan mengangkut terutama triasil gliserol
3. Lipoprotein berdensitas rendah (Low Density Lipoprotein,
LDL), mengandung kira-kira 20% protein dan penting
untuk mengangkut kolesterol. Di dalam laboratorium klinik
uji untuk derajat darah dari kolesterol penting dalam
diagnosa tahap- tahap dini dari atherosclerosis dengan
keadaan terdepositnya kolesterol pada dinding pembuluh
nadi sehingga dapat menghalangi aliran darah.
4. Lipoprotein berdensitas tinggi (High Density Lipoprotein,
HDL), mengandung kira-kira 40% protein dan penting
dalam mengangkut fosfolipida

98
 5. Serum albumin, mengikat dan mengangkut asam lemak
bebas di dalam darah.

Pencernaan dan Absorbsi Protein

Pencernaan protein dimulai dari dalam perut. Di sini enzim
proteolitik pepsin mengkatalisis reaksi hidrolisis ikatan peptida
pada protein untuk menghasilkan campuran polipeptida. Isi perut
yang asam dinetralisasikan pada suasana alkali dari usus kecil.
Polipeptida dihidrolisis oleh tripsin, khimotripsin,
karboksipeptidase, dan elastase. Enzim-enzim ini memecah protein
dan polipeptida makanan menjadi pecahan-pecahan kecil
oligopeptida dan asam amino bebas.

Ikhtisar Proses Pencernaan

99
Mulut

Lambung

100
Usus Halus

101