Nanomaterials Based on

DNA
Pablo Gracia González
David Montpeyó Garcia-Moreno
Jordi Pujols Pujol
Diego Velázquez Sánchez
1.- Introducción. Prerrequisitos para la
nanotecnología del DNA estructural

Características propicias del DNA:

- Diámetro de 2 nm.
- Pitch de 3.5 nm

Perfecto para crear entramados en 2D y 3D

(«lattice»)
2.- Pilares de la nanotecnología del
DNA
A) Hibridación

B) establecimiento de DNA ramificado (branched)

C) Síntesis de secuencias diseñadas

 A) HIBRIDACIÓN
«Sticky ends»: Extremos cohesivos

Saber qué estructura formarán ciertas secuencias

Hibridación concreta ! Topología deseada

$%&'()*'+%()%
!"
,-.%(/01)%
2314&)%&/*%
)567)8/+% #"
&/2)+49/+
;7)'&4<*%()%*=)9/+%
>=)*6)+%()%24(7<?)*/

:'+%(/+%&'()*'+%
24074('('+
 B) DNA ramificado
(branched DNA)
Cuadrilaterales ! propician entramados 2D, 3D

Solo intervienen los «sticky ends» internos

Pueden formarse infinitos Cuadrilaterales

Matriz/entramado de DNA
Extremo 3’

Extremo cohesivo, 5’
 Extremos Extremos cohesivos
Punto de
cohesivos externos!siguen
unión enlazándose con
internos otros cuadrilaterales
Subunidad de los
entramados de
DNA: 4
cuadrilaterales.
 C) Síntesis de secuencias
diseñadas
Base ! «Branch migration»: Isomerización por
migración de ramas ! Recolocación del punto de unión

Las 4 hebras son dos parejas de hebras de misma

secuencia ! Simetría

Si no hay simetría ! No hay «branch migration»

2.- Pasos iniciales del
proceso
Diseñar SECUENCIA

Autoensamblaje en el Motivo
Estructural deseado para el
entramado de 3D
 A) Diseño de Motivos
Base: Intercambio Recíproco:

- Cambiar una hebra de una hélice por una de otra hélice

! Cambio de conectividad

- Ordenador ! Laboratorio: síntesis

- Las hebras intercambiadas pueden ser de igual o distinta

polaridad ! MEJOR CON POLARIDAD OPUESTA

- 1 solo intercambio ! confórmeros

- 2 ó más ! Diferentes topologías

 Texto

Hélice A Hélice B
Hélice B-A Hélice A-B
 Algunos motivos de DNA
Motivo DX: 2 intercambios de motivos de doble
hélice. Doble longitud que el DNA – B
Motivo DX + J: Como el DX pero con otro motivo
perpendicular al eje. Este dominio, saliente del eje de
las dobles hélices anteriores, es un marcador
topográfico mirado en AFM.

Texto

Dominio
perpendicular
Dominio TX: 3 dominios en situación 1-3: parte superior
de 1 toca con inferior de 3. Tiene CAVIDADES muy
útiles como entramado 2D.

Cavidades
Dominios PX y JX2: Son Topoisómeros. «Reciprocal
exchange» en hebras de misma polaridad ! hay
intercambios en toda posición donde la hélice puede
yuxtaponerse. JX2 tiene dos intercambios menos
! CAVIDADES

De los motivos más

empleados en la
nanotecnología del
DNA
 B) Diseño de secuencias.
Minimización de la Simetría
Motivos requeridos = termodinámicamente algo
desfavorables: no son la doble hélice natural

Reducción de Simetría ! mayor probabilidad de

obtener estos motivos.
Ejemplo de Cuadrilateral
Hay 12
tetrámeros en
torno al punto de
unión ! según
esta «ley» de
simetría mínima,
ninguna
secuencia podría
ser
complementaria
en este punto
Ejemplo de motivo
complejo
12 ramificaciones,
1punto de unión: no
podemos tener
distintos nt’s en
cada extremo de
cada hebra que
toca el punto de
unión, los
repetiremos cada 4
posiciones.
Timina, posición n

Timina,
posicicón n+4
Para evitar asociaciones incorrectas de
nt’s

a) Evitar secuencias de muchas G’s ! pueden

formar otras estructuras no deseadas

b) Evitar Homopolímeros, Poly-pur, Poly-pyr,

alternancia de Pyr-Pur

*ESPECIAL CUIDADO EN TORNO AL PUNTO

DE UNIÓN
Construcciones
individuales
DNA Origami
 Matrices Cristalinas

2 TIPOS:

Cristales en 2
Dimensiones

Cristales en 3
Dimensiones
3D
OTROS TIPOS DE NANOMATERIALES
BASADOS EN ADN

Organización de otras
especias.

Ensamblaje algorítmico

ADNs análogos

Construcciones
seminaturales
APARATOS NANOMECÁNICOS
BASADOS EN ADN

Aparatos basados en transiciones estructurales

Aparatos dependientes de seqüencias

 OTRAS
CONSIDERACIONES
1) Estructuras tridimensionales con DNA desorganizado

Niemeyer: DNA + Proteínas

Mirkin: crearon una estructura de consistencia

semejante a una “cola” formada por DNA +
nanopartículas de oro

Gang’s: Estructuras tridimensionales con DNA

desorganizado
2) Simetría

Mao: Maximización de la simetría comporta una

minimización de la pureza de nuestra estructura.
Obtenemos productos con capacidad de extensión
mayor. Consiguieron un chip bidimensional con una
sola cadena de DNA.

- Yan: Construcciones finitas con simetrías

específicas de DNA, obtenemos una estructura en
la que usamos un número menor de colas de DNA