Asam Nukleat

Pendahuluan
Pada tahun 1869, FRIEDERICK MIESCHER, mengisolasi inti dari sel darah
putih dan menemukan bahwa inti mengandung suatu zat kaya fosfat , yang
dinamakannya, nuklein. Ketika diketahui bahwa senyawa ini bersifat asam,
namanya diganti menjadi asam nukleat.

Penelitian mengenai zat ini, pada dekade pertama abad ini, memenukan
bahwa asam nukleat seperti protein, yaitu suatu senyawa polimer. Unit monomerik
dari suatu asam nuklat, disebut nukleotida,oleh karena itu asam nukleat disebut
juga polinukleotida. Ternyata bahwa unit nukleotida ini terkait satu sama lain
memlalui ikatan fosfodiester membentuk struktur makromolekuler yang bobot
molekulnya dapat sampai milyaran..
Unit nukleotida ini dapat dihidrolisis, bila hidrolisis, akan terurai menghasilkan
suatu senyawaan basa nitrogen heterosiklik, gula-5-karbon, dan gugus fosforik;
Selanjutnya, diketahui bahwa asam nukleat terdiri dua kelompok, yaitu (a)
asam ribonukleat (ribonucleic acid = RNA), dan (b) asam deoksiribonukleat
(deoxyribonucleic acid = DNA). Penelitian selanjutnya ternyata menemukan bahwa
secara kimiawi DNA dan RNA berbeda. Perbedaan terdapat pada gula dan basa
nitrogen heterosiklik kedua senyawa ini, yaitu (a) gula pada DNA, adalah 2─dioksi-
D-ribosa, sedangkan pada RNA adalah D-ribosa, (b) basa nitrogenosa DNA
mengandung timin, sedangkan RNA mengandung urasil.
Walaupun penelitian terhadap asam nukleat ini banyak dilakukan setelah
penemuannya, namun baru pada tahun 1944, AVERY dan rekannya mengusulkan
bahwa DNA adalah bahan genetika, yang merupakan peranan biologi spesifik
pertama yang diajukan untuk suatu asam nukleat. Sejak itu studi tentang genetika
berkembang pesat, dan telah diketahui bahwa kromoson dalam sel adalah senyawa
pembawa sifat-sfat keturunan pada manusia, hewan, dan tumbuhan. Kemudian,
pada tahun 1951, JAMES WATSON (ahli genetika bangsa Amerika) bersama
rekannya ahli fisika dari Inggris, FRANCIS CRICK dan MAURICE WILKINS,
melakukan penelitian terhadap kromoson ini dan berhasil menjelaskan bentuk
struktur molekul DNA dengan sebuah model, tahun 1962 mereka memperoleh
hadiah Nobel.
 Asam nukleat terdapat dalam semua sel makhluk hidup, mempunyai peran,
menyimpan dan mentransfer informasi genetik kemudian menterjemahkan informasi
ini secara tepat untuk mensintesis protein yang khas bagi masing-masing sel.
Fungsi lainnya yang diketahui adalah berhubungan dengan metabolisme, karena
ada nukleotida tertentu yang bertindak sebagai (a) koenzim pembawa energi, (b)
koenzim pembawa gugus asetat, gula, amina atau molekul lain, dan (c) koenzim
dalam reaksi oksidasi-reduksi.

Nukleotida dan Nukleosida

Nukleotida memiliki tiga komponen karakteristik, yaitu basa nitrogen
heterosiklik, gula pentosa dan gugus fosfat (Gambar 6.1.a). Bila nukleotida
dihidrolisis tak-sempurna, maka dihasilkan suatu senyawaan tanpa gugus fosfat,
yang disebut nukleosida (Gambar 6.1.b) dan gugus fosfat. Selanjutnya, bila
nukleosida dihidrolisis maka akan dihasilkan suatu basa nitrogen heterosiklik, dan
gula 5-karbon (ribosa).

Gambar 6.1. Struktur komponen asam nukleat, (a) Nukleotida; (b)

Nukleosida.\

Basa nitrogen heterosiklik penyusun asam nukleat terdapat dalam dua jenis,
yaitu (a) basa pirimidin dan (b) basa purin.
 Basa pirimidin: sitosin (C), timin (T), dan Urasil (U)...Gambar 6.2, di
bawah ini menunjukkan bagaimana struktur.sitosin, timin, dan urasil, berhubungan
dengan inti pirimidin. Adenin terdapat baik dalam DNA maupun dalam RNA, timin
terutama didapat dalam DNA, sedangkan urasil didapat hanya dalam RNA

Gambar 6.2. Struktur induk pirimidin dengan ganggotanya sitosin (C), timin
(T) dan Urasil (U)

Basa purin: adenin (A) dan guanin (G). Gambar 6.3, menunjukkan
bagaimana adenin dan guanin, berhubungan dengan inti purin yang basa. Kedua
basa ini terdapat baik dalam DNA maupun dalam RNA yang terpisah dari sumber-
sumber alamiah.

Gambar 6.3. Struktur induk purin dengan anggotanya basa adenin (A)
dan guanin (G).

Meskipun Adenin, Guanin, Sitosin, Timin, dan Urasil, bertanggung jawab atas
basa-basa utama yang ditemukan dalam satuan-satuan mononukleotida dari DNA
dan RNA,tetapi beberapa jenis RNA ditemukan mengandung basa-basa yang bila
dilihat dari strukturnya merupakan turunan dari basa-basa utama.
Sifat-sifat dari basa-basa purin dan pirimidin penyusun unit nukleotida asam
nukleat adalah:
1. Mampu berada dalam dua bentuk atau lebih yaitu bentuk tautomerik dalam
keseimbangan kimia, tetapi bentuk basa-basa purin dan pirimidin utama yang
terdapat dalam pH 7 yang berperan membentuk nukleotida DNA dan RNA, dan
2. Basa-basa purin dan pirimidin dari asam nukleat mengandung gugus-gugus
fungsional yang memungkinkan terjadinya ikatan hidrogen. Karena sifat struktural
molekular ini, maka pasangan-pasangan basa tertentu yang terikat secara ikatan
hidrogen jauh lebih menguntungkan dalam hal energi dari pada yang lain.
Selektivitas ikatan hidrogen antara basa-basa ditunjukkan dalam Gambar 6.4.

Gambar 6.4. Ikatan hidrogen antara basa-basa purin dan pirimidin (proses
berpasangan basa), akibat perbedaan dalam struktur molekular pasangan-
pasangan hidrogen basa tertentu berikatan jauh lebih kuat dripada yang lain.

Gula pentosa penyusun nukleotida memiliki bentuk furanosa. Dalam

nukleotida penomoran atom karbon pada gula pentosa menggunakan tanda prime
(‘). Gula pentosa penyusun asam nukleat yaitu 2-deoxy-D-ribosa penyusun DNA,
dan D-ribosa penyusun RNA (Gambar 6.4.). Basa nitrogen heterosiklik terikat
secara kovalen dengan pentosa dalam ikatan N-β-glikosil. Ikatan N-β-glikosil terjadi
antara karbon 1’ pada pentosa dengan nitrogen nomor 1 pada pirimidin dan nitrogen
nomor 9 pada purin. Gugus fosfat terikat pada karbon 5’ gula pentosa melalui
mekanisme esterifikasi sehingga dinamakan ikatan fosfoester.

Gambar 6.4. Struktur Gula D-ribosa dan 2-deoksi-D-ribosa

 Ribonukleosida dan deoksinukleosida dalam sel tidak hanya berbentuk 5’-
monofosfat tetapi juga dapat berbentuk 5’-difosfat dan 5’-trifosfat (Gambar 6.5.)..
Nukleosida 5’-difosfat dan 5’-trifosfat (NDP dan NTP) merupakan asam kuat yang
terdisosiasi dengan tiga dan empat proton dari kondensasi gugus fosforik. Oleh
karena itu, NDP dan NTP dapat membentuk kompleks divalen dengan Mg2+ dan
Ca2+. Dalam sitoplasma, NDP dan NTP ditemukan dalam bentuk kompleks Mg2+.

Gambar 6.5. Struktur dari NMP, NDP dan NTP

Gambar 6.5. Struktur dari NMP, NDP, dan NTP

Tabel 6.1. memperlihatkan basa nitrogen yang berikatan dengan gula

membentuk ribonukleosida dan deoksiribonukleosida, yang berikatan dengan gugus
mono-, di-, dan trifosfat.

Tabel 6.1. Ribonukleosida dan Deoksiribonukleosida 5’-fosfat

Basa-N Nukleosida Mono Di Tri
Ribonukleosida 5’-fosfat Adenin Adenosin AMP* ADP ATP
Guanin Guanosin GMP* GDP DTP
Sitosin Sitidin CMP* CDP CTP
Urasil Uridin UMP* UDP UTP
Deoksiribonukleosida 5’- Adenin Deoksiadenoisin dAMP** dADP dATP
fosfat
Guanin Deoksiguanosin dGMP** dGDP dGTP
Sitosin Deoksisitidin dCMP** dCDP dCTP
Timin Deoksitimidin dTMP** dTDP dTTP
Keterangan: *) penyusun RNA, dan **) penyusun DNA

Senyawa-senyawa ribonukleosida mono-, di-, dan trifosfat, banyak dijumpai

dalam sel tumbuhan, yang berperan sebagai,
1. Pemindah energi kimia, ATP merupakan pembawa utama dari energi kimia di
dalam sel. Ini dihasilkan dari fosforilasi ADP melalui proses-proses
metabolisme, respirasi dan fotosintetis. Selain itu, UTP, GTP, dan CTP juga
bekerja sebagai pembawa energi dalam reaksi biosintetik spesifik.
2. Pembawa gugus-gugus reaktif dalam biosintesis. Nukleosida fosfat dapat
bekerja sebagai pembawa unit-unit pembangun di dalam biosintesis suatu
biomolekul. Misal UDP, sebagai pembawa spesifik untuk sisa gula dalam
biosintesis polisakarida.

3. Biosintesis asam nukleat,. Nukleosida trifosfat merupakan jenis zat monomer

yang reaktif dalam pembentukan asam-asam nukleat.

4. Bertindak sebagai suatu ko-enzim pada enzim tertentu,. Adenin

nukleositida merupakan bagian dari struktur molekul beberapa ko-enzim yang
penting, seperti NAD+ , NADP+ , FAD , ko-enzim A , dan ko-enzim B12

5. Pengatur metabolik,. Nukleotida bekerja sebagai pengatur intra-selular dari

metabolisme. AMP merupakan molekular pang paling umum dari penyampai
atau penerus perintah kimia, sedangkan ATP dan ADP bekerja sebagai
pengatur umpan balik pusat dalam metabolisme selular.

Asam deoksiribonukleat (DNA)

Molekul nukleotida akan membentuk asam nukleat dengan membentuk ikatan
fosfodiester dimana gugus 5’-fosfat pada unit nukleotida akan berikatan dengan
gugus 3’- hidroksil pada unit nukleotida lainnya (Gambar 6.6).

Gambar 6.6. Reaksi Pembentukan Ikatan Fosfodiester

 Ikatan kovalen pada asam nukleat terdiri atas gugus fosfat dan gula pentosa
yang linear dengan basa nitrogen heterosiklik sebagai interval cabangnya. Semua
ikatan fosfodiester dapat membentuk rantai panjang yang linear dengan polaritas
spesifik pada 5’-end dan 3’-end. Ujung nukleotida yang memiliki posisi 5’ dinamakan
5’-end sedangkan ujung lainnya yang memiliki posisi 3’ dinamakan 3’-end.
Berdasarkan konvensi, rantai single asam nukleat selalu digambarkan dengan 5’-
end pada kiri dan 3’-end pada kanan sehingga arahnya 5’  3’ (Gambar 6.7).

Gambar 6.7. Ikatan fosfodiester pada rantai DNA dan RNA.

Rantai tunggal DNA selalu memiliki gugus 5’ fosfat bebas pada satu ujung
dan gugus 3’ hidroksil pada ujung lainnya. JIka suatu rantai DNA memiliki kode
GTCCAT maka susunan yang sebenarnya adalah 5’ pGpTpCpCpApT – OH 3’..
Petunjuk yang paling penting mengenai struktur DNA diperoleh dari
penemuan ERWIN CHARGAFF dan koleganya di Universitas Columbia pada tahun
1940, yaitu menemukan bahwa ke empat basa terdapat dalam nisbah yang berbeda
pada DNA berbagai organisme dan basa-basa tersebut berhubungan satu dengan
lainnya secara kuantitatif. Dari hasil penelitiannya, CHARGAFF, dan peneliti
sesudahnya mengambil kesimpulan berikut ini:
1. Potongan DNA yang diisolasi dari berbagai jaringan spesies yang sama memiliki
komposisi yang sama
2. Komposisi basa DNA bervariasi dan satu spesies ke spesies lain
3. Komposisi Basa DNA pada spesies tertentu tidak berubah dengan bertambahnya
umur organisme atau berubahnya nutrisi, atau berubahnya lingkungan.
4. Jumlah residu adenin pada semua DNA, tanpa tergantung kepada spesies, sama
dengan jumlah residu timin (A = T) dan jumlah residu guanin sama dengan
jumlah residu sitosin (G = C),dari hubungan ini nyatalah jumlah residu purin sama
dengan jumlah residu pirimidin, atau A + G = T + C.

Hubungan kuantitatif ini didukung oleh banyak peneliti berikut, bukan hanya bersifat
penting dalam menentukan struktur 3-dimensi DNA, tetapi juga memberikan
petunjuk mengenai bagaimana informasi genetik disandi di dalam DNA dan
diturunkan dari satu generasi ke generasi berikutnya.
Pada awal tahun 1950-an penelitian kristalografik dengan diffraksi sinar-X
oleh ROSALIND FRANKLIN dan MAURICE WILKINS, menghasilkan pola difraksi
yang khas, dari pola ini disimpulkan bahwa serabut DNA memiliki dua perulangan di
sepanjang sumbu panjangnya, yang utama pada 0,34 nm dan yang kedua pada 3,4
nm. Masalahnya adalah sulitnya membentuk model 3-dimensi bagi molekul DNA
yang dapat menjelaskan bukan hanya perulangan ini, tetapi juga ekivalen A = T dan
G = C yang spesifik seperti yang ditemukan oleh Chargaff.
Pada tahun 1953, JAMES WATSON dan FRANCIS CRICK, bersama-sama
mengemukakan model 3-dimensi struktur DNA yang menjelaskan sinar-X dan
pasangan basa yang khas pada DNA (Gambar 6.8). Struktur ini terdiri dari dua
rantai DNA heliks yang berputar mengelilingi sumbu yang sama untuk membentuk
heliks ganda yang mengarah ke kanan. Pada heliks ini kedua rantai atau untai ini
bersifat antiparalel, yaitu jembatan fosfodiester antar nukleotidanya terletak pada
arah yang berlawanan. Tulang punggung hidrofiliknya, yang terdiri dari deoksiribosa
dan gugus fosfat yang bermuatan negatif, berada di sebelah luar heliks ganda,
menghadap ke air yang ada di sekelilingnya. Basa purin dan pirimidin hidrofobik
kedua untai disusun di dalam heliks ganda, sehingga molekul basa yang hampir-
hampir datar terletak amat berdekatan dan tegak lurus terhadap sumbu panjang
heliks ganda ini.
 Ruang di antara kedua untai ini membentuk suatu lekuk besar dan lekuk kecil
di antara kedua untai. Basa salah satu untai berpasangan pada bidang yang sama
dengan basa untai lain. Hanaya pasangan basa tertentu saja yang dapat dengan
tepat mengisi struktur ini, yaitu basa purin dan basa pirimidin, khususnya pasangan
A─T dan G─C, yang merupakan pasangan basa yang ditemukan oleh Chargaff
(Gambar 6.9).
;. Molekul dupleks DNA terdiri dari rantai paralel dan antiparalel dimana satu
rantai 3’ ke 5’ dan rantai lainnya. 5’ ke 3’. Struktur double heliks terjadi karena
adanya ikatan dua basa nitrogen yang ada pada dua rantai membentuk pasangan
basa. Pasangan basa membentuk ikatan planar yang menghasilkan interaksi
hidrofobik yang menstabilkan molekul. Model DNA Watson and Crick menyatakan
bahwa adenin membentuk dua ikatan hidrogen dengan timin dan guanin membentuk
tiga ikatan hidrogen dengan sitosin.

Gambar 6.8..Model DNA (a) Rosalind Franklin; (b) Watson and Crick
 Gambar 6.9...Ikatan Hidrogen pada Pasangan Basa

Asam ribonukleat (RNA)

RNA memiliki struktur yang mirip dengan DNA tetapi memiliki dua perbedaan.
Pertama, molekul RNA mengandung gula ribosa dimana karbon nomor 2 berikatan
dengan gugus hidroksil, sedangkan pada struktur DNA gugus hidroksil tersebut
diganti dengan atom hidrogen. Kedua, molekul RNA mengandung basa nitrogen
urasil sedangkan DNA mengandung timin. Jika struktur tiga dimensi DNA adalah
double heliks, maka struktur RNA adalah rantai tunggal. RNA dapat dihidrolisis oleh
alkali menjadi 2’,3’ diester siklik mononukleotida.(Gambar 6.10).

Gambar 6.10. (a) Struktur ganda heliks DNA; (b) Struktur rantai tunggal RNA

Tiga molekul RNA sitoplasmik (RNAs) adalah RNA messenger (mRNA), RNA
Ribosomal (rRNA), dan RNA transfer (tRNA), di mana ketiga RNA sitoplasmik ini
terlibah dalam sintesis protein.
 RNA messenger, bertindah sebagai “messenger” sitoplasmik dari gen dan
membawa informasi genetika (kode genetika) untuk sintesis polipeptida. RNA
ribosomal, merupakan komponen struktural dari ribosom, merupakan organella di
mana terjadi sintesis pollipeptida. RNA transfer, bertanggung jawab untuk
mengangkut asam amino yang teraktivasi ke ribosom untuk selanjutnya dimasukkan
ke dalam struktur polipeptida. Sekali peranan RNA dalam sintesis protein ditemukan,
masalah bagaimana asam amino menjadi brgabung dalam protein, yang sebelumna
diduga merupakan suatu proses yang hanya melibatkan asam amino saja, dengan
segera terselesaikan.