Pertemuaan Kedua Bioinformatika

String

Untuk penulisan string dalam Python menggunakan tanda kutip tunggal serta bisa
menggunakan tanda kutip ganda.

'Ini Contoh String'

"Ini Juga Contoh String"
"Hari ini adalah Jum'at"

Ketik contoh script diatas di Jupyter Notebook seperti gambar berikut ini:

Menyimpan string Variable

Untuk keperluan pemrograman, suatu saat kita harus menyimpan string dalam suatu variabel

contoh :
x = ‘Python’

untuk memanggil isi variabel x, pada Jupyter notebook cukup ketik x pada cell kemudian
jalankan notebook

Gambar : String dalam variabel

Cara lain untuk menampilkan isi variable adalah dengan perintah ​print (nama_variabel)
contoh : print (x)
Contoh lain untuk menampilkan string seperti script berikut ini :

umur = 40
nama = 'Apri'

print ('Umur saya {satu}, nama saya {dua}'.format(satu=umur,dua=nama))

Menampilkan string dalam urutan index Array

Diasumsikan kita memiliki ​Python​, dengan variabel x

seperti contoh berikut

x = ‘Python’

Jika kita ingin menampilkan satu huruf pertama dari variabel x, paka pada Jupyter Notebook
ketik script berikut :

x [0]

maka hasil yang didapatkan adalah

‘P’

Bagaimana jika kita ingin menampilkan huruf urutan ke 4 dalam x ?, maka gunakan perintah
x [3]

Mengapa harus angka 3 padahal kita ingin menampilkan urutan ke 4, karena urutan index
sebuah array dimulai dari angka 0.

Berikutnya kita akan menampilkan 3 huruf dimulai dengan index ke 2, berikut scriptnya

x [2:5]
‘tho’

Contoh script dalam bentuk Jupyter Notebook dapat dilihat dalam gambar berikut

Gambar : Penggunaan string

Gambar : Membaca String dengan index array
Input Python
Setelah mempelajari cara menampilkan string atau text di layar, dalam pemrograman kita dapat
menerima input user dari keyboard.

Python memiliki perintah ​input()​, untuk python versi 2x menggunakan perintah raw_input

berikut contoh perintah input

 
variable_nama = input("Masukkan Nama : ") 
print (variable_nama) 

Variable_nama merupakan sebuah variabel untuk menampung data nama yang diinputkan
user.

print (variable_nama), m
​ erupakan perintah untuk menampilkan isi variabel.

Gambar : script Input

Setelah program dieksekusi, user diminta untuk menginputkan teks ke keyboard, setelah
menginputkan teks maka akan didapatkan hasil seperti gambar sebagai berikut :
Contoh : Input dengan nilai integer
Pada Jupyter Notebook, ketik contoh script berikut :

Kita siapkan sebuah variabel dengan nama ​angka

angka = input("Masukkan NilaI Angka : ") 

 
saat program dijalankan kita diminta untuk memasukkan angka, ketika dimasukkan nilai 100,
maka hasil program seperti berikut :

Masukkan Angka : 100 

 

Bagaimana cara untuk memanggil nilai variabel ​angka​?, dengan menggunakan perintah ​print
kita dapat menampilkan isi nilai variabel ​angka​. seperti contoh berikut ini :

print ("Anda Menginputkan nilai : " + angka) 

setelah program dijalankan didapatkan hasil sebagai berikut:

Anda Menginputkan nilai : 100 

Nilai seratus merupakan nilai yang didapat dari variabel angka script program yang ditebalkan
dibawah ini:

print ("Anda Menginputkan nilai : " + ​angka​) 

 
setelah mendapatkan nilai 100, secara sederhana kita dapat menjumlah suatu nilai dengan
variabel angka, seperti berikut ini :

print (angka + 200) 

Tapi pada saat program dijalankan, python mengeluarkan pesan error seperti berikut ini:

TypeError​ Traceback (most recent call last) 

<ipython-input-3-6328bf25e0a7>​ in < ​ module> 
----> 1​ ​print (​ ​angka ​+​ 2
​ 00​) 
 
TypeError​: can only concatenate str (not "int") to str 
Script lengkap dapat dilihat pada gambar berikut ini :

Gambar : inputkan angka dan error

untuk mengatasi error di atas dapat dilakukan dengan script berikut :

angka = int(input("Masukkan NilaI Angka : ")) 

print(angka + 200) 
 
Pada script diatas ada perbaikan dengan menambahkan ​int ​sebelum input, perintah ini
digunakan untuk mengkonversi inputan string menjadi integer, sehingga perintah ​print(angka 
+ 200) d
​ apat dijalankan.

sehingga didapatkan hasil sebagai berikut :

Gambar : Memperbaiki error pada konversi string ke integer.

Dictionary

Dictionary dapat menampung data seperti dalam array, pembuatan Dictionary bisa
menggunakan format berikut ini:

NamaDictionary = { “key” : “value”} 

sehingga jika ditulis dalam bentuk code python menjadi seperti berikut :

# Membuat Dictionary 
data = {'nama' : 'Apri Junaidi'} 
 
#Menampilkan isi dictionary 
data['nama'] 
 
Jika script diatas dijalankan maka akan dapat hasil sebagai berikut :

'Apri Junaidi' 

Gambar : Script membuat Dictionary

Pembuatan dictionary dapat dilakukan dengan banyak key dan value seperti contoh berikut :

# Dengan banyak key dan value 

 
data = {'nama' : 'Apri Junaidi', 
'alamat' : 'Purwokerto', 
'hobby' : 'apa ya...' } 
 
untuk menampilkan isi dari dictionary

print ('Nama saya : %s' % data['nama']) 

print ('Alamat saya : %s' % data['alamat']) 
print ('Hobby saya : %s' % data['hobby']) 

Gambar : Dictionary dengan banyak key dan value

Cara lain untuk menampilkan isi dari dictionary adalah dengan menggunakan perintah loop

#Menampilkan isi dictionary dengan cara looping 

 
for key in data: 
print(data[key]) 
 
Sehingga dapat hasil seperti berikut :

Apri Junaidi 
Purwokerto 
apa ya... 
 Gambar : Menampilkan dictionary dengan looping

# Menampilkan isi dictionary dengan looping 

 
for key, val in data.items(): 
print("%s : %s" % (key, val)) 

Gambar : Looping menampilkan key dan value dictionary

List

List merupakan salah satu tipe data yang dapat menampung data, struktur pembentuk list :

nama_list = [‘isi list pertama’,’isi list kedua’, 10,20]

dari contoh pembuatan list diatas dapat dipahami bahwa data list bisa dalam bentuk string dan
integer, jika dalam bentuk string penulisan dalam struktur list harus di dalam tanda petik,
sedangkan untuk data yang dalam bentuk integer tanpa tanda kutip, di antara data list
dipisahkan dengan koma.

contoh list

# Membuat List 
list_kawan = ['Jerry', 'Aldean', 'David'] 
 

List gabungan dari beberapa tipe data

List dapat dibuat dengan beberapa tipe data seperti string, integer, dan boolean, juga berisi list
lain, seperti contoh berikut.

## List Gabungan
list_gabungan = [2019,"Corona",True, 1,24,list_kawan, [56,77]]

## Tampilkan list Gabungan 

print (list_gabungan) 

[2019, 'Corona', True, 1, 24, ['Apri Junaidi', 'Jerry', 'Aldean', 'David', 'Restu'], [56, 77]]

## tampilkan list Gabungan 

list_gabungan 

[2019, 
'Corona', 
True, 
1, 
24, 
['Apri Junaidi', 'Jerry', 'Aldean', 'David', 'Restu'], 
[56, 77]] 
 

Gambar : List Gabungan

Cara lain untuk menggabungkan list adalah dengan menambahkan

Menampilkan List
Menampilkan isi list bisa dilakukan dengan perintah ​print​ di ikuti dengan nama list
 
Contoh :
# Print List 
list_kawan 

['Jerry', 'Aldean', 'David']

Gambar : Membuat list dan menampilkan isi list

Menampilkan list dengan index

Untuk menampilkan list bisa dengan memanggil index dari list tersebut, index sebuah list
dimulai dengan index 0, dari data list_kawan di atas, maka kita dapat menulis script python
seperti berikut :

print (list_kawan[0]) 

Jerry

Gambar : Menampilkan isi list

Append List

Append list dilakukan jika kita ingin menambahkan data kedalam list

#Update List 
list_kawan.append("Restu") 

Jika dilihat isi list setelah melakukan perintah append maka data list bertambah satu.

print (list_kawan) 

Gambar : Append list

Insert List

Kita juga dapat menyisipkan list berdasarkan urutan index list yang kita inginkan, contoh kita
ingin menyisipkan data pada index 0 maka kita dapat kita lakukan perintah sebagai berikut :

#Insert List 
list_kawan.insert(0,'Apri') 

Gambar : Insert list pada index 0

Kita juga dapat melakukan insert list pada index tertentu, contoh kita akan melakukan insert
pada index ke 2.
#Insert List Index tertentu, contoh index ke 2 
list_kawan.insert(2,'Junaidi') 

Hapus data list

kita dapat menghapus data list yang ada, dengan menggunakan perintah remove, berikut
contoh :

# Remove data list 

list_kawan.remove('Junaidi') 

Update data list

Dari data yang ada, biasanya kita ingin mengganti data, contoh dalam list_kawan ada nama
Apri, kita cek isi list dengan memberikan perintah

list_kawan 
 
['Apri', 'Jerry', 'Aldean', 'David', 'Restu'] 

Dari nama Apri yang ada di dalam list, di ubah menjadi Apri Junaidi dengan perintah

# Update list, index 0 dengan data Apri diubah menjadi Apri Junaidi 
list_kawan[0] = 'Apri Junaidi' 

Code diatas, memanggil list dengan index 0, untuk diubah langsung dengan data Apri Junaidi.

Menghapus semua List dengan perintah del

Untuk latihan ini, kita buat sebuah list dengan nama list_range dengan jumlah index 20

list_range = list(range(20)) 
 
jika nama list dipanggil, menghasilkan list dengan nilai seperti berikut :

list_range 
[0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19]

dengan asumsi bahwa awal index dimulai dengan 0 dan akhir index -1

Gambar : list dengan range tertentu

Setelah list dibuat saatnya untuk menghapus list menggunakan perintah ​del

del list_range[3] 

Pada saat list dipanggil, menghasilkan list dengan index ke 3 sudah terhapus.

Gambar : Menghapus list dengan index ke 3

berikut kita akan coba hapus data list dengan index -1 dengan nilai 19

del list_range[-1] 
 Gambar : Menghapus list dengan index -1

Menghapus list dapat dilakukan dengan cara memulai dari index tertentu sampai index tertentu.

script berikut memberikan contoh untuk menghapus data list dengan range tertentu

del list_rang[4:7] 
 
Dalam contoh diatas range index dari 4 sampai index 7.

Gambar : Delete dalam range tertentu

Menghapus semua elemen

Untuk menghapus semua elemen yang ada didalam list kita dapat menggunakan perintah
clear, ​ contoh

list_range.clear() 

Jika diberikan perintah untuk menampilkan elemen list dengan perintah

list_range 

maka elemen list sudah terhapus semuanya.

Gambar : Clear list

Menghapus elemen list Pop.

Penggunaan pop dapat menghapus elemen berdasarkan index list, jika penggunaan pop tanpa
menggunakan nomor index, maka yang akan dihapus adalah index yang terakhir.

Contoh, kita buat sebuah list baru dengan nama ​list_pop

# Pop 
# Membuat list_pop 
list_pop = ['C++','Basic','Basica','Python','Rubby'] 
 
# Menghapus elemen terakhir 
list_pop.pop() 
'Rubby' 
 

maka python akan melakukan penghapusan elemen Rubby didalam list, untuk melihat hasil
setelah perintah pop, panggil list_pop

list_pop 

['C++', 'Basic', 'Basica', 'Python'] 

saat ini elemen Rubby sudah tidak ada lagi didalam list.

Gambar : Menghapus elemen list dengan pop

Menghapus list dengan pop menggunakan index

Menghapus list dapat dilakukan dengan memberikan nilai index pada pop, contoh kita akan
menghapus elemen list pada index 2, maka kita dapat memberikan perintah sebagai berikut:

list_pop.pop(2)
# Menghapus menggunakan index pop 
list_pop.pop(2) 
'Basica' 
 
Jika kita panggil list setelah penghapusan melalui index, kita dapatkan hasil sebagai berikut :
list_pop 
['C++', 'Basic', 'Python'] 

 
Gambar : Menghapus elemen list dengan pop index

 
 

Tuple
Tuple merupakan tipe data yang mirip dengan list, pembacaan data yang ada dalam tuple
berdasarkan index, seperti tipe data lain, index dimulai dari 0, pembacaan elemen data bisa
pada bagian akhir element dengan index -1.

Membuat Tuple
contoh_tuple = ("Junaidi",74) 
contoh_tuple 
('Junaidi', 74) 

Membaca Element Tuple

# Membaca Tuple Index ke 0 
contoh_tuple[0] 
'Junaidi' 

# Membaca Tuple Index ke 1

contoh_tuple[1] 
74 

Gambar : Membuat dan membaca Tuple

Dalam database tuple disebut juga dengan record yang memiliki field yang saling terhubung
sehingga memberikan informasi tentang suatu entitas, contoh : Mahasiswa memiliki field NIM,
nama, alamat, nomor_telepon,

Untuk membuat record data mahasiswa ini bisa dilakukan dengan cara:

mahasiswa = ('16047471','Apri Junaidi','08121415xxx') 

mahasiswa 
('16047471', 'Apri Junaidi', '08121415xxx') 
 
#memberikan nama field pada tuple 
nim,nama,nomor_telepon = mahasiswa 
nim 
'16047471' 
nama 
'Apri Junaidi' 
 

Gambar : tuple mahasiswa

Element Tuple tidak bisa dihapus, karena tuple bersifat immutable, namun tuple bisa dihapus
secara keseluruhan beserta element tuple dengan perintah ​del​ diikuti dengan nama tuple.
Contoh :

del_tuple = (1,2,3,4,5,6,7) 
del_tuple 
(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7) 
 
#Menghapus tuple secara keseluruhan 
del del_tuple 
 
# Tes Panggil Tuple yang sudah dihapus 
del_tuple 
 
--------------------------------------------------------------------------- 
NameError​ Traceback (most recent call last) 
<ipython-input-16-94f56944b204>​ in <
​ module> 
1​ ​# Tes Panggil Tuple yang sudah dihapus 
----> 2​ d
​ el_tuple 
 
NameError​: name 'del_tuple' is not defined 
 
Didapatkan error pada saat tuple yang sudah dihapus dipanggil ulang dengan penyebutan error
NameError​: name 'del_tuple' is not defined. 
 
 

Gambar : Menghapus Tuple

File
Dalam dunia komputer ada dua jenis file, ada file text dan file binary. File text adalah file yang kita buat
sendiri menggunakan text prosesor seperti text editor yang bisa dalam bentuk txt, html, xml dan lain lain.
File Binary merupakan file yang terbentuk dari proses pembuatan aplikasi seperti file exe, com, pkg dan
lain lain.

Melalui pemrograman kita bisa membuat file tersebut seperti yang akan kita pelajari, beberapa kegiatan
yang dapat kita lakukan pada file adalah:
 - Open File
- Read File
- Close File
- Write File
- Change File Name
- Delete File

untuk melakukan semua operasi file tersebut kita harus mempelajari beberapa mode pada proses
pembuatan file seperti r,w,a dan x.

Open File
Open File atau membuka file merupakan suatu kegiatan pertama kali yang kita lakukan saat kita akan
melakukan operasi file, seperti untuk menulis file. Syarat untuk melakukan perintah open file, file tersebut
harus sudah ada.

Mari kita coba membuat sebuah file dengan software editor, penulis menggunakan software Sublime
Text.

Gambar : Icon Sublime Text dalam lingkaran.

 Gambar : Isi File Text yang Sudah dibuat

Untuk memudahkan untuk membaca file, simpan file dengan folder yang sama dengan program Python
yang kita buat.

Gambar : Penyimpan File

Setelah pembuatan file selesai, kita mulai membuat program untuk membuka file dengan Python.
Ketik Program pada Jupyter Notebook seperti berikut :
Keterangan Program :
FileYangAkanDibuka = nama untuk menyimpan objek akan akan dipanggil, pemberian nama ini
terserah kita sebagai pembuat program, namun harus sesuai dengan kaidah pembuatan variabel.

Open​ = merupakan sebuah fungsi dalam python untuk mengoperasikan object yang dibuat.

latihanText.txt​ = merupakan nama file yang dibuka.

r = merupakan mode pada pengaksesan file, secara default mode ini adalah r, mode r berarti ​read yang
berfungsi untuk membaca file.

print (FileYangAkanDibuka.read())​ = perintah print untuk menampilkan isi file.

jika cell Jupyter Notebook ini kita eksekusi dengan cara menekan tombol shift + enter di keyboard maka
kita akan mendapatkan hasil sebagai berikut:

Gambar : Hasil eksekusi program

Pada gambar, bagian kiri merupakan hasil program, bagian kanan merupakan isi file text yang telah
dibuat dengan text editor sublime. Sampai disini kita sudah belajar membuka sebuah file.

readlines
readlines juga merupakan cara untuk membaca file didalam python namun berbeda dengan ​read​. Pada
saat pemanggilan teks yang ada didalam sebuah file, ​read akan mengembalikan atau akan
menampilkan data dalam bentuk type ​string.
Sedangkan ​readline​ akan menampilkan data dalam bentuk type ​list

Gambar : Pembacaan data dengan readlines

File Not Found

Bagaimana jika kasusnya file yang kita buka ternyata tidak ada dalam folder tersebut?
seperti program berikut ini :

Gambar : Program File Not Found

Baris program diatas jika dieksekusi akan menghasilkan menampilkan pesan error sebagai berikut:
 Gambar : Error pada program

Pesan error di atas muncul karena file yang dipanggil didalam program tidak ditemukan. sehingga muncul
pesan FileNotFoundError.

Untuk mengatasi error ini kita bisa memodifikasi program dengan block try except seperti berikut :

Gambar : Program menangani error file yang tidak ditemukan

Keterangan :
Try dan except = merupakan block perintah untuk menguji suatu kondisi, kondisi pertama ada didalam
block try, dalam contoh program ini adalah pembacaan file.
Kondisi kedua adalah pada block ​except ​untuk menghandle error yang muncul, dialihkan menjadi pesan
None.

Program diatas jika dijalankan akan memunculkan pesan sebagai berikut

 Gambar : Program Menampilkan Pesan None.

Meskipun file tidak ditemukan, namun program tidak menampilkan pesan error, namun diganti dengan
pesan None.

Program bisa dimodifikasi menjadi seperti ini :

Gambar : Modifikasi program jadi lebih familiar

Bagaimana jika program tersebut memanggil file yang ada dalam folder kita, seperti program berikut ini :

Gambar : Program dengan file yang ada.

Hasil modifikasi program dengan cara mengganti nama file dengan file yang ada didalam program maka
block try sebagai block yang menyatakan kondisi yang terpenuhi, maka program akan menampilkan isi
dari file txt yang kita panggil yaitu file ​latihanText.txt​.

Write File
Untuk menulis sebuah file, kita tidak perlu untuk menciptakan dulu sebuah file text seperti yang kita
lakukan pada proses open file.

Mode pada write file

Untuk menulis file kita menggunakan dua mode yaitu mode ​w dan ​a, penggunaan mode w akan langsung
membuat dan menulis file tersebut.

Berikut contoh program write file

Gambar : Write file.

Keterangan:

file = open('writeText.txt','w') : perintah untuk membuka sekaligus menulis file ​writeText.text

dengan mode ​w.​

file.write('Apri Junaidi') : perintah untuk menulis kedalam file dengan tulisan ​Apri
Junaidi

file.close : perintah untuk menutup file yang sudah dibuka

file = open('writeText.txt','r') : perintah kembali file untuk dibaca, dengan mode ​r

file.read() : perintah untuk menampilkan isi file yang sudah ditulis

Seperti sudah disebutkan diatas, pembuatan file otomatis pada saat program dieksekusi sehingga dalam
folder kita sudah terdapat sebuah file text baru dengan nama ​writeText.txt​.

Gambar : File baru hasil dari program

Berdasarkan gambar diatas, terlihat hasil dari program dengan adanya sebuah file baru tercipta pada
saat program dieksekusi.

Append
Untuk keperluan menambahkan data atau teks ke dalam sebuah file, kita dapat menggunakan mode ​a​,
atau append. Untuk keperluan latihan ini kita akan membuat sebuah file text baru, seperti dalam contoh
berikut:
 Gambar : Program membuat file

Proses selanjutnya kita tambahkan beberapa informasi ke dalam file yang sudah dibuat menggunakan
mode ​append​ atau ​a​.

Gambar : Program menambahkan data kedalam text

Dalam baris program ​dataSaya.write('Prodi : Data Science\n') ​dan beberapa baris program lainnya
yang memiliki perintah ​\n ini artinya memberikan perintah pada Python untuk ​membuat sebuah baris
baru​ atau enter, sehingga data yang ditambahkan berada pada posisi baris yang berbeda.

Membuat File dengan Mode x

Membuat file langsung dengan python yaitu menggunakan mode x, mode x ini menghasilkan sebuah file
kosong yang selanjut bisa diberikan perintah mode yang lain seperti mode w, dan mode r.

Gambar : Program untuk membuat sebuah file baru

Gambar diatas merupakan perintah untuk menciptakan sebuah file baru dengan mode x.

Gambar : File baru hasil eksekusi program mode x

Latihan
Membuat file dan menginput data dari input user.
Berikut bentuk script program, silahkan dicoba.

# Latihan input 
 
#Buat sebuah file baru yang kosong 
 
# tapi cek file, apakah sudah ada, jika belum akan dibuat file baru 
try: 
fileLatihan = open('data.txt','x') 
   
#jika sudah ada, langsung input data 
except: 
print ('Data yang diinputkan ') 
 
nama = input('Nama : ') 
prodi = input('Prodi :') 
fakultas = input('Fakultas : ') 
kampus = input('Kampus : ') 
 
data  =  'Nama  :  {}\nProdi  :  {}\nFakultas  :  {}\nKampus  :  {}\n 
\n'.format(nama,prodi,fakultas,kampus) 
 
print  
#bukaFile dan tambah data gunakan mode a (append) 
fileLatihan = open('data.txt','a') 
 
#simpan data ke file 
fileLatihan.write(data) 
 
#baca data dengan mode r 
fileLatihan = open('data.txt','r') 
print ('\n') 
 
#tampilkandata 
print ('Data hasil input\n') 
print (fileLatihan.read()) 
print('\n') 
 
#tutup file 
fileLatihan.close() 

Gambar : Script program file dan input data.

Gambar : Saat data diinputkan

 Gambar : Saat data berhasil diinputkan

Menghapus File
Setelah berhasil membuat sebuah file, serta belajar menginputkan data kedalam file kita juga
bisa menghapus file yang sudah tidak kita perlukan lagi.

Untuk menghapus file kita mengimport modul ​OS​ ke dalam program kita, kemudian
menggunakan perintah remove untuk menghapus file, kita asumsikan kita sudah punya file
untuk dihapus atau buat dulu sebuah file txt seperti gambar ada sebuah file dengan nama
Untukdihapus.txt​.

Gambar : File yang akan dihapus

Berikut contoh script untuk menghapus file.