Berkaitan dengan dibunuhnya 30 jenderal dalam peristiwa 30 September 1965 (G30S/PKI),
pemerintahan Orde Baru menuding PKI sebagai biang keroknya. Pada saat itu, pemerintah melakukan operasi pembersihan PKI dan simpatisannya untuk membubarkan organisasi komunis tersebut. Komnas HAM memperkirakan ada sekitar 500 ribu hingga 3 juta warga tewas terbunuh dalam operasi tersebut.
2. Penembakan Misterius (1982-1986)
Kasus penembakan misterius (Petrus) alias operasi clurit merupakan operasi rahasia yang dilakukan pada masa pemerintahan Presiden Soeharto. Operasi tersebut berdalih untuk menekan tingkat kejahatan yang begitu tinggi pada saat itu. Secara umum, operasi ini merupakan penangkapan dan pembunuhan terhadap orang-orang yang diduga mengganggu ketenteraman masyarakat. Hingga saat ini, pelakunya tidak pernah tertangkap dan tidak pernah diadili.
3. Tragedi Talangsari (1989)
Tragedi Talangsari yang terjadi di Lampung pada 7 Februari 1989 termasuk dalam salah satu pelanggaran HAM berat di Indonesia. Pada masa tersebut Soeharto mengadakan program Pedoman Penghayatan dan Pengamalan Pancasila(P-4). Program ini banyak menyasar masyarakat Islam yang kritis terhadap pemerintahan Orde Baru. Sampai akhirnya hal tersebut memancing reaksi kelompok Islam di Indonesia, termasuk kelompok Warsidi di Lampung. Akhirnya kelompok Warsidi dituduh radikal dan mendapat perlakuan represif dari militer serta polisi yang menyebabkan tragedi pembantaian. Dalam tragedi tersebut, ada sekitar 130 orang tewas dan 229 dianiaya.