Replikasi Gen

Informasi Genetik
- DNA merupakan molekul yang membawa informasi genetik yang terletak di dalam
sel
- Ketika sel membelah diri menjadi 2 (mitosis), DNA akan terbagi pula sama
banyaknya pada setiap sel anak
- Gen merupakan sekuens dari molekul DNA yang mengandung informasi genetik
(suatu unit pewarisan sifat)
- Genom: keseluruhan informasi genetik yang dimiliki suatu sel atau organisme
(kumpulan gen)
- Kromosom merupakan struktur yang terdiri dari satu untai molekul DNA dan protein
basa (Histon), terdapat pada inti sel eukariota
- DNA berinteraksi dengan Histon (banyak mengandung arginin dan lisin). Ada 5
kelas:
- H1, H2A, H2B, H3, H4
- Nukleosom : butir-butir histon yang dikelilingi oleh DNA
- Kromsom merupakan pembawa gen
- Prokariota tidak memiliki histon dan nukleus, umumnya hanya memiliki 1 kromsom

Pada DNA eukariot terdapat beberapa ‘sequence’:

● Unique Sequence / non-repetitif
 - Terdapat pada ± 64% DNA
- Terdapat 1 atau beberapa kopi dalam genom
- Ditranskrip → mRNA yang kemudian ditranslasi untuk

menghasilkan protein
● Repetitive Sequence
- Terdapat pada ± 20-30% DNA
- Sequence DNA yang terdapat berulang-ulang
- Ada 2 macam :
a. Highly repetitive sequence
→ Terulangnya ratusan ribu jutaan kopi
b. Moderately repetitive sequence
→ Terulang beberapa puluhan ribu kopi

→ Ditranskrip → tRNA, rRNA

● Intervening Sequence (Intron)
- Terdapat di sela-sela bagian DNA yang memberi kode genetik (exon)
- Tidak memberi kode genetik tetapi di transkrip (disingkirkan sebelum
translasi)

Fungsi DNA
- Sumber informasi untuk sintesis semua molekul protein dalam sel/ organisme.
Peranan protein:
- Sebagai transporter: contoh. Hemogoblin
- Sebagai enzim/ bio katalisator
- Sebagai reseptor membran
- Sebagai penyusun membran sel dll.
- Molekul DNA berperan sebagai ‘template’ (tempat cetakan) untuk proses transkripsi
informasi membentuk RNA
- Menyediakan informasi genetik yang diturunkan ke sel generasi selanjutnya melalui
proses replikasi

DNA dan RNA (polinukleotida/asam nukleat)

- Unit monomer DNA dan RNA : Nukleotida
 - Terdiri atas: basa purin/primidin (A, G, C, T, U), gula pentosa
(deoksiribosa, ribosa) dan fosfat

-
- DNA berbentuk → untaian ganda (double helix) linear

- RNA berbentuk → untai tunggal linear

-
- Chargaff
- Pada molekul DNA jumlah A = T dan G = C → A+G = T+C (jumlah basa

purin = basa pirimidin)

- A : T = 1 : 1 dan G : C = 1 : 1
- Watson & Crick
- DNA terdiri dari 2 rantai polinukleotida, membentuk double helix secara
antiparalel (arah berlawanan
- Arah berkas pertama: 3’ - 5’
- Arah berkas kedua: 5’ - 3’
 - Maksud arah berkas 5’ - 3’: terhadap satu deoksiribosa berikatan
dengan fosfat pada C5’ dan satu lagi pada C3’

-
- Ikatan G-C lebih kuat (±50%) dibandingkan ikatan A-T
- Elektron dari pasangan basa saling berinteraksi, menghasilkan kekuatan yang
bersama-sama ikatan H mengstabilkan bentuk spiral
- Untai ganda → untail tunggal: denaturasi / melting

-
- Faktor-faktor yang dapat menyebabkan denaturasi:
- pH yang berbeda (DNA stabil pada pH 4-10)
- Pemanasan (70 - 90℃)
- Kadar garam rendah
- Senyawa merusak ikatan H (urea, fomamida)
- Senyawa yang dapat menyisip diantara 2 basa (heliks terenggang →

lebih lurus, mudah terpisah): etidium bromida, zat warna gol,

akridin
Tm adalah suhu di mana separuh dari untai ganda terpisah
- Tm (suhu melting) dipengaruhi oleh:
- Komposisi basa DNA
 - DNA yang banyak mengandung pasangan G-C, Tm-nya lebih tinggi
dibandingkan dengan DNA yang banyak mengandung pasangan A-T
- Kadar garam dalam larutan: peningkatan 10x lipat kadar kation monovalen
meningkatkan Tm (sebesar 16.6℃)
- Formamida (mengganggu stabilitas ikatan H) → menurunkan ™
Dogma Sentral

REPLIKASI (SINTESIS) DNA

- Sintesis DNA terjadi melalui proses replikasi (dalam inti sel)
- Selama replikasi masing-masing dari 2 untai pada DNA asli berperan sebagai
template/cetakan untuk sintesis untai baru (untai komplementer)
- Setiap molekul DNA yang dihasilkan oleh proses replikasi terdiri dari 1 untai

polinukleotida asli dan 1 untai polinukleotida baru → sifat semikonservatif

Pada proses pemisahan DNA, ada beberapa protein yang berperan:
- Helikase & topiosomerase
Helikase bekerja dengan disertai hidrolisis 2 ATP
Kedua enzim tsb memisahkan kedua rantai DNA
- Suatu protein pengikat (SSBP - single stranded binding protein)
 Bekerja

mengikat rantai polinukleotida yang sudah terpisah → menghambat penyatuan

kembali
- Sintesis untai polinukleotida memerlukan enzim DNA polimerase
- Arah sintesis DNA dari 5’ → 3’ sesuai dengan arah mekanisme kerja enzim DNA

polimerase :

● Rantai 3’ - 5’ untai lama membentuk untai baru 5’ - 3’ (anti paralel) →

sintesis dengan arah ke pangkal garpu terjadi secara langsung disebut

‘Leading strand’

● Rantai 5’ - 3’ untai lama membentuk untai 3’ - 5’ (anti paralel) → sintesis

dengan arah menjauh dari garpu terjadi secara terputus-putus disebut

‘Lagging strand’

- Potongan-potongan ini disebut fragmen okazaki

Fragmen itu akan disambung menjadi satu utas utuh oleh enzim DNA ligase
- Sintesis polinukleotida (DNA) diawali dengan pembentukan suatu ‘primer’ di pangkal
garpu, yaitu primer RNA dengan gugus OH 3’ yang bebas (baik pada Leading Strand
maupun Lagging Strand)
- Primer RNA disintesis secara de novo oleh RNA Polymerase yang spesifik: Primer
- Primer RNA ini pendek (± 10 - 20 bp) yang merupakan pasangan komplementer dari
template DNA.

- Replikasi DNA oleh DNA polymerase

- DNA polimerase mengaktalisis penambahan unit deoksiribonukleotida satu demi satu
pada ujung OH 3’ dari primer RNA.
Sintesis Lagging Strand

- DNA polimerase memerlukan :

● Template DNA
● Rantai ‘primer’ RNA dengan gugus OH 3’ bebas
● dATP, dGTP, dTTP, dCTP (dNTP)
● Mg++
 (DNA)n + dNTP → (DNA)n+1 + PPi

● Setelah Leading Strand dan Lagging Strand selesai, primer RNA dilepas →

terjadi ‘gap’, diisi dengan polinukleotida yang sesuai dan disambung oleh

DNA Ligase

-
- Pada eukariot terjadi banyak tempat mulai replikasi, membentuk ‘bubbles’ → akan

semakin membesar dan akhirnya bersatu

-
 -
- Only one replication origin in E. coli
Replikasi pada Eukariota
- Terjadi serentak pada sejumlah
tempat (20 - 80 replicon)
- Diorganisir dalam beberapa
kromosom linear dan mengandung
histon
- Kerja DNA polimerase sangat
Replikasi pada prokariota
- Terjadi pada satu tempat / asal
replikasi
- Tidak terorganisir dalam kromosom
dan tidak mengandung Histon
- Kerja DNA polimerase lebih cepat
dari eukariot, lebih sedikit enzim
 lambat, mengandung lebih banyak dalam sel. Proses replikasi lebih
enzim dalam sel → garpu replikasi lambat dari pada eukariot
yang dapat dibentuk lebih banyak: - Enzim utama
- DNA pol. I
fragmen Okazaki lebih pendek (40 - DNA pol. III
- 300 bs) → sehingga replikasi
berlangsung lebih cepat
- Enzim utama
- DNA pol α → replikasi
lagging strand
- DNA pol 𝜎 → replikasi
leading strand

- Bila pada sintesis DNA ada pasangan basa yang salah pasang, maka segera akan
diperbaiki, dengan menyingkirkan dan mengganti dengan pasangan yang benar
- DNA polimerase mempunyai aktivitas eksonuklease : mengkatalisis proses hidrolisis
polinukleotida pada ujung rantai
Aktivitasnya dapat 3’ → 5’ atau 5’ → 3’

- Bila basa nukleotida pada ujung rantai yang disintesis salah pasang maka

eksonuklease 3’ → 5’ akan melepaskan nukleotida tersebut dan mengganti dengan

nukleotida yang sesuai sebelum meneruskan pemanjangan rantai
-
Proses ini disebut ‘Proof Reading’
Proof Reading

- Setelah
replikasi, mekanisme perbaikan dapat mengganti basa nukleotida yang salah pasang
yang terlewat pada waktu ‘proof reading’
Proses ini disebut meng-edit
Eksonuklease yang berperan adalah eksonuklease 5’ → 3’