Reza Hafidz Irawan 163112620120070-Dikonversi

INTERAKSI SENYAWA-SENYAWA BIOAKTIF DALAM
TUMBUHAN SELASIH (Ocimum basilicum L.) DENGAN

BEBERAPA RESEPTOR SARS-CoV-2: STUDI IN SILICO UNTUK
MENEMUKAN OBAT BARU COVID-19
INTERACTION OF BIOACTIVE COMPOUNDS IN Ocimum basilicum

L WITH SARS-CoV-2 RECEPTORS: IN SILICO STUDY
TO DISCOVER NEW DRUG OF COVID-19
SKRIPSI SARJANA SAINS
Oleh
REZA HAFIDZ IRAWAN
FAKULTAS BIOLOGI
UNIVERSITAS NASIONAL
JAKARTA
2021
FAKULTAS BIOLOGI UNIVERSITAS NASIONAL
Skripsi, Jakarta September 2021

Reza Hafidz Irawan
x + 57 halaman, 9 tabel, 7 gambar, 2 lampiran

SARS-CoV-2 merupakan coronavirus jenis baru yang pertama kali ditemukan di
Wuhan, Cina pada tahun 2019. Penyakit yang disebabkan oleh virus ini dinamakan Covid-
19. World Health Organization (WHO) menyatakan terdapat 219 juta kasus orang yang
terkonfirmasi positif Covid-19 dan 4,55 juta yang meninggal pada 21 Januari 2020 sampai 4
September 2021 di seluruh dunia. Di Indonesia terdapat 4,16 juta kasus terkonfirmasi
positif Covid-19 dengan 138 ribu kematian sampai dengan 4 September 2021. Sampai saat
ini belum ditemukan obat untuk Covid-19. Penelitian pencarian obat terus dilakukan
termasuk yang berasal dari bahan alam. Salah satu tumbuhan obat Indonesia yang sudah
terbukti bersifat antivirus adalah Ocimum basilicum L. Dalam penelitian ini dilakukan
skrining in silico senyawa-senyawa dari Ocimum basilicum L. dengan tujuan untuk
mengetahui kekuatan dan model interaksi senyawa-senyawa bioaktif dalam tumbuhan
selasih. Dilakukan penambatan molekuler 28 senyawa-senyawa bioaktif dari tumbuhan
Ocimum basilicum L. dengan tiga protein drug target dalam virus SARS-CoV-2, yaitu main
protease (Mpro), RNA-dependent RNA polymerase, dan chimeric receptor-binding domain
yang fungsinya berikatan dengan reseptor ACE-2. Sebagai senyawa pembanding digunakan
senyawa-senyawa obat yang saat ini dianggap potensial sebagai obat Covid-19, yaitu
klorokuin, remdesivir, favipiravir, dan lopinavir. Bersamaan dengan itu juga dilakukan
analisis druglikeness dari senyawa-senyawa tersebut. Hasil penelitian menunjukkan bahwa
tumbuhan Ocimum basilicum L. memiliki 12 senyawa potensial diantaranya α-Amorphene,
α-Copaene, α-Cubebene, α-Humulene, β-caryophyllene, β-Cubebene, β-Elemene,
Bicyclogermacrene, cis-Calamene, δ-Cadinene, δ-Guaiene, Germacrene D. Penembatan
senyawa Ocimum basilicum L. terhadap 3 drug target SARS-COV-2 ditunjukkan dengan
nilai energi ikat yang lebih kuat dibandingkan 2 senyawa pembanding yang digunakan
(klorokuin dan favipiravir). Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa tumbuhan
selasih (Ocimum basilicum L.) mengandung senyawa-senyawa yang potensial untuk
menjadi obat Covid-19.
Kata kunci : Ocimum basilicum L, Covid-19, druglikeness, in silico, SARS-

CoV-2
ii
Daftar bacaan : 37 (2009-2021)

Skripsi ini diajukan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
SARJANA SAINS DALAM BIDANG BIOLOGI
Oleh
REZA HAFIDZ IRAWAN

163112620120070
FAKULTAS BIOLOGI
UNIVERSITAS NASIONAL
JAKARTA
2021
iii
Judul: INTERAKSI SENYAWA-SENYAWA BIOAKTIF DALAM
BEBERAPA RESEPTOR SARS-CoV-2: STUDI IN SILICO
UNTUK MENEMUKAN OBAT BARU COVID-19
Nama Mahasiswa : Reza Hafidz Irawan
Nomor Pokok : 163112620120070
MENYETUJUI
Pembimbing Pertama Pembimbing Kedua
Prof. Dr. Ernawati Sinaga, MS.Apt. Dr. Vivitri Dewi Prasasty
Dekan
Dr. Tatang Mitra Setia, M.Si
Tanggal Lulus: 16 September 2021
iv
KATA PENGANTAR
Bimillahirrahmanirrahim
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah Yang Maha Esa, atas segala
nikmat, rahmat dan karunia yang telah diberikan, sehingga penulis dapat menyelesaikan
skripsi ini yang berjudul ” INTERAKSI SENYAWA-SENYAWA BIOAKTIF
DALAM TUMBUHAN SELASIH (Ocimum basilicum L.) DENGAN BEBERAPA
RESEPTOR SARS-CoV-2: STUDI IN SILICO UNTUK MENEMUKAN OBAT
BARU COVID-19”.
Skripsi ini ditulis sebagai tugas akhir untuk menyelesaikan pendidikan program
sarjana sains konsentrasi Biologi Medik di Fakulas Biologi Universitas Nasional.
Pada kesempatan kali ini penulis ingin menyampaikan ucapan terimakasih
kepada seluruh pihak yang telah mendukung, membimbing penulis dari masa perkuliahan
hingga skripsi ini terselesaikan. Dengan segala kerendahan hati dan rasa hormat, penulis
mengucapkan terimakasih dan penghargaan kepada:
1. Orang tua tercinta yaitu Ibu Tati Hayati dan Ayah Nanang Supriatna, dan istri
tercinta Febriyanti yang telah banyak membantu dalam penulisan skripsi dan
senantiasa memberikan dukungan, nasihat serta do’a kepada penulis dalam
menempuh hidup.
2. Ibu Prof. Dr. Ernawati Sinaga, M.S.Apt. selaku dosen, pembimbing pertama yang
telah memberikan inspirasi, membuka wawasan kepada penulis serta meluangkan
waktu untuk memberikan bimbingan, nasihat, masukan serta dukungan selama
perkuliahan dan bimbingan penyusunan skripsi.
3. Ibu Dr. Vivitri Dewi Prasasty selaku dosen, pembimbing kedua yang senantiasa
sabar dan meluangkan waktu untuk memberikan bimbingan, nasihat, masukan serta
dukungan selama perkuliahan dan bimbingan penyusunan skripsi.
4. Bapak Drs. Yeremiah Rubin Camin, M.S selaku dosen, koordinator proposal skripsi
atas nasehat dan ilmu yang telah diberikan selama menempuh Pendidikan.
5. Bapak Dr. Tatang Mitra Setia, M.Si selaku Dekan Fakultas Biologi Universitas
Nasional atas nasehat dan ilmu yang telah diberikan selama menempuh Pendidikan.
6. Bapak Drs. Gautama Wisnu Budi, M.Si selaku dosen Pembimbing Akademik dan
v
Ketua Program Studi Biologi Universitas Nasional atas nasehat dan ilmu yang telah
diberikan.
7. Bapak dan Ibu Dosen UNAS yang telah memberikan ilmu pengetahuan dan
pengalaman selama masa perkuliahan. Orang-orang luar biasa yang sangat
menginspirasi penulis.
8. Jeffrey, Rizki, Rindah, Evelin yang sangat membantu selama perkuliahan, dan
sama-sama berjuang untuk menyelesaikan studi di Universitas Nasional. Dan kak
Harlinda yang juga banyak membantu dan memberi masukan dalam penyusunan
skripsi ini.
9. Rekan-rekan mahasiswa Biomedik yang selalu saling menyemangati, telah
memberikan banyak bantuan, dan sering direpotkan selama masa perkuliahan
sampai terselesaikannya skripsi ini.
10. Semua pihak yang tidak dapat disebutkan satu persatu yang telah memberikan
kontribusi dan bantuannya kepada penulis.
Penulis menyadari bahwa skripsi ini masih jauh dari kata sempurna, oleh karena
itu kritik dan saran yang bersifat membangun dari semua pihak sangat penulis harapkan
untuk melengkapi dan pengembangan penulisan skripsi ini. Semoga karya ini dapat
memberikan manfaat bagi para pembaca dan masyarakat pada umumnya. Amin.
Jakarta, September 2021
vi
DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR .......................................................................................................v

DAFTAR ISI .................................................................................................................. vii
DAFTAR GAMBAR..................................................................................................... viii
DAFTAR TABEL ........................................................................................................... ix
DAFTAR LAMPIRAN .....................................................................................................x
BAB I. PENDAHULUAN ................................................................................................1
BAB II. METODE PENELITIAN ....................................................................................4
A. Waktu Dan Tempat Penelitian ................................................................................. 4
B. Instrumen Penelitian................................................................................................. 4
C. Cara Kerja ..............................................................................................................11
D. Analisis data ...........................................................................................................16
BAB III. HASIL DAN PEMBAHASAN ........................................................................17
A. Hasil pencarian dan pengunduhan makromolekul drug target SARS-CoV-2 .......17
B. Hasil pencarian dan pengunduhan struktur senyawa bioaktif tuubuhan selasih
(Ocimum basilicum L.) ....................................................................................................18
C. Hasil pengunduhan struktur senyawa-senyawa pembanding .................................19
D. Validasi Penambatan Molekul ...............................................................................19
E. Penambatan senyawa-senyawa Ocimum Basilicum L pada reseptor SARS-CoV-2
35
F. Perbandingan interaksi senyawa bioaktif tumbuhan selasih dengan remdesivir dan
lopinavir terhadap Reseptor SARS-CoV-2 ............................................................41
G. Hasil analisis druglikeness .....................................................................................54
BAB IV. KESIMPULAN DAN SARAN ........................................................................58
A. Kesimpulan ............................................................................................................58
B. Saran .......................................................................................................................59
DAFTAR PUSTAKA ......................................................................................................60
LAMPIRAN ....................................................................................................................64
vii
DAFTAR GAMBAR
Gambar 1. Protease utama SARS-CoV-2 ........................................................................11

Gambar 2. RNA-dependent RNA polimerase SARS-CoV-2 ..........................................12
Gambar 3. . Domain spike protein SARS-CoV-2 yang berikatan dengan RBD pada ACE2
.........................................................................................................................................12
Gambar 4. Program PyRx-Autodock Vina ......................................................................15
Gambar 5. Skema Penelitian ...........................................................................................16
Gambar 6. Pengaturan Gridbox Penambatan .................................................................20
Gambar 7. Proses penambatan senyawa bioaktif pada tumbuhan selasih .......................36
viii
DAFTAR TABEL
Tabel 1. Senyawa-senyawa aktif Ocimum basilicum L. yang diuji ...................................5

Tabel 2. Definisi Operasional Variabel (DOV) ...............................................................10
Tabel 3. Struktur senyawa-senyawa pembanding yang diunduh dari PubChem ............13
Tabel 4. Hasil validasi penambatan terhadap kontrol (klorokuin, remdesivir, favipiravir,
lopinavir) dengan 6LU7, 6M71 dan 6VW1.....................................................................20
Tabel 5. Interaksi antara drug target dengan ligan pembanding .....................................27
Tabel 6. Struktur Senyawa Ocimum Basilicum L, (ZiNC dan PubChem)......................36
Tabel 7. Perbandingan interaksi remdesivir dan lopinavir dengan senyawa bioaktif
tumbuhan selasih .............................................................................................................42
Tabel 8. Perbandingan sifat fisikokimia klorokuin, remdesivir, favipiravir, lopinavir
dengan senyawa-senyawa bioaktif ocimum basilicum L. ................................................54
Tabel 9. Sifat druglikeness senyawa-senyawa pembanding dan senyawa-senyawa bioaktif
ocimum basilicum L .........................................................................................................56
ix
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1. Singkatan Asam Amino ..............................................................................65

Lampiran 2. Interaksi pada setiap ligan (ligan asli (6LU7 dan ligan uji) ................ Error!
Bookmark not defined.
x
BAB I. PENDAHULUAN
Pada akhir Desember 2019 terkonfirmasi 5 kasus pneumonia di Wuhan Provinsi

Hubei Cina yang diidentifikasi penyebabnya yaitu Severe Acute Respiratory Syndrome-
Corona Virus 2 (SARS-CoV2) (Handayani et al., 2020). Epidemi ini menyebar ke seluruh
bagian negara Cina dan dunia dalam kurun waktu 3 bulan, hingga akhirnya World Health
Organization resmi menyebut kasus pneumonia tersebut dengan Covid-19 dan resmi
menandai Covid-19 sebagai suatu pandemi global (WHO, 2020).
Coronavirus merupakan virus RNA beruntai tunggal dengan nukleokapsid
berbentuk heliks simetris. Coronavirus berasal dari subfamili Orthocoronavirinae dalam
keluarga Coronaviridae dan ordo Nidovirales yang dapat menginfeksi hewan dan
manusia. Coronavirus diklasifikasikan menjadi empat genera, yaitu: alphacoronavirus
(α), betacoronavirus (β), gammacoronavirus (γ), dan deltacoronavirus (δ). Hingga saat
ini, ada tujuh macam virus korona pada manusia yang telah diidentifikasi, yaitu: HCoV
229E dan HCoV NL63 (genus α), serta HCoV-OC43, HCoVHKU1, SARS-CoV, MERS-
CoV, dan SARSCoV-2 (genus β) (Zhou, Zhang, & Qu, 2020).
SARS-CoV-2 adalah virus yang memiliki selubung dengan diameter mulai dari 50
hingga 200 nm dan berbentuk bulat atau elips, seringkali pleomorfik (Setia et al., 2014).
Susilo et al (2020) mengungkapkan hasil pemodelan melalui komputer menunjukkan
bahwa SARS-CoV-2 memiliki struktur tiga dimensi pada protein spike domain receptor-
binding yang hampir identik dengan SARS-CoV. Pada SARS-CoV, protein ini
memiliki afinitas yang kuat terhadap angiotensin converting-enzyme 2 (ACE2). Data
in vitro SARS-CoV-2, mendukung kemungkinan virus ini mampu masuk ke dalam sel
menggunakan reseptor ACE2. Studi tersebut juga menemukan bahwa SARS-CoV-2 tidak
menggunakan reseptor coronavirus lainnya seperti aminopeptidase N (APN) dan
dipeptidil peptidase-4 (DPP-4) (Zhou et al.,2020).
Berdasarkan data statistik pemantauan kasus COVID-19 nasional dari 21 Januari
2020 sampai 4 September 2021 terdapat 4,16 juta kasus positif yang terkonfirmasi,
sebanyak 138 ribu meninggal dunia dan masih terus bertambah setiap harinya. Data
global hingga 4 September 2021 terdapat 219 juta kasus positif yang terkonfirmasi dan
sebanyak 4,55 juta kematian. Data tersebut menunjukkan bahwa penyakit COVID-19
1
memiliki tingkat mortalitas dan morbiditas yang sangat tinggi (Wikipedia, 2021).
Saat ini berbagai penelitian telah dilakukan dan beberapa uji klinis sedang
berlangsung atau dijadwalkan untuk mendapatkan obat Covid-19, namun belum dapat
ditemukan pengobatan yang secara efektif terbukti dapat mengobati Covid-19 (Zhou et
al., 2020). Negara Cina menggunakan pengobatan sementara Covid-19 dengan terapi
oksigen, terapi antivirus dan pengobatan tradisional. Obat-obat yang menjadi andalan
beberapa negara untuk pengobatan SARS-CoV-2, misalnya Amerika Serikat antara lain
remdesivir, yang terbukti dapat menghambat replikasi virus namun memiliki keterbatasan
dalam hal cara pemberian dan pemahaman mengenai efek sampingnya. Beberapa negara
lain mengandalkan hidroksiklorokuin dan klorokuin untuk pengobatan Covid-19. Selain
obat, uji coba terapi plasma darah dari kasus yang sudah dinyatakan sembuh mulai
dilakukan di Indonesia untuk pengobatan Covid-19, namun plasma darah bukan
merupakan pengobatan masal seperti obat-obatan yang pada umumnya dapat diberikan
kepada semua orang. Plasma darah adalah pengobatan individual dimana pendonor,
produk dan penerimanya harus sesuai dan jumlahnya terbatas. Potensi sembuh Covid-19
dengan terapi plasma darah cukup tinggi namun prosesnya perlu protokol kesehatan yang
ketat dan memerlukan persetujuan dari pasien yang akan menjadi obyek percobaan.
Penggunaan terapi plasma tersebut tidak dapat dilakukan dalam jumlah yang besar
(Yuniar, 2020).
Hingga saat ini belum terdapat obat yang benar-benar efektif untuk menghambat
Covid-19, sehingga perlu dilakukan penelitian untuk dapat menemukan obat yang efektif.
Proses pencarian atau penemuan obat baru memerlukan proses yang panjang dan biaya
yang tidak sedikit. Seiring dengan perkembangan teknologi, proses skrining untuk
mencari obat baru dapat dilakukan dengan menggunakan komputer atau biasa dikenal
dengan metode virtual screening atau metode in silico, sehingga proses skrining yang
sebelumnya membutuhkan waktu lama dan memakan biaya yang cukup besar dapat
dilakukan lebih efisien, baik dalam waktu maupun biaya. Disamping kelebihannya studi
in silico juga memiliki kekurangan karena hanya dapat digunakan sebagai pengujian awal
dengan membuat pemodelan molekuler. Untuk menemukan obat baru, metode in silico
perlu dilengkapi dengan penelitian lanjutan dengan menggunakan metode in vitro dan in
vivo pada hewan coba, yang akhirnya dilanjutkan dengan uji klinis pada manusia (Ekins
2
et al.,2007).
Dalam penelitian ini dilakukan studi in silico menggunakan beberapa senyawa dari
tumbuhan selasih (Ocimum basilicum L.) untuk mengetahui interaksinya terhadap
beberapa drug target pada virus SARS-CoV-2. Selasih (Ocimum basilicum L.) adalah
tumbuhan yang memiliki banyak manfaat karena mengandung berbagai senyawa aktif
yang memiliki potensi untuk digunakan dalam pengobatan. Ocimum basilicum L. telah
terbukti memiliki aktivitas sebagai antidepresan, antipiretik, antidiabetik,
antihiperglikemik, antiinflamatori, antioksidan, antibakteri, antifungi, sitotoksik dan
antihiperurisemia (Kindangen, Yamlean, & Wewengkang, 2018 ; Priatna et al., 2018 ;
Manasika, 2014 ; Berlian et al., 2016 ; Ratnawati et al., 2016 ; Nurhaliza, 2019 ; Warsi
& Puspitasari, 2017). Selain itu, menurut Lin et al (2014) dan Zahra & Iskandar (2017)
Ocimum basilicum L. memiliki aktivitas sebagai antivirus.
Adapun tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui kekuatan dan
model interaksi senyawa-senyawa bioaktif dalam tumbuhan selasih (Ocimum basilicum
L.) dengan beberapa reseptor SARS-CoV-2 melalui studi in silico dalam rangka mencari
obat baru Covid-19. Penelitian ini diharapkan dapat dimanfaatkan secara luas khususnya
untuk memperoleh kandidat obat Covid-19 yang berasal dari bahan alam.
3
BAB II. METODE PENELITIAN
A. Waktu Dan Tempat Penelitian

Penelitian ini dilakukan secara in silico dengan bantuan komputer pada bulan
Februari sampai dengan Agustus 2021.
B. Instrumen Penelitian
1. Alat
Alat yang digunakan dalam percobaan ini yaitu berupa perangkat keras
(hardware) dan perangkat lunak (software). Perangkat keras berupa laptop dengan
spesifikasi RAM (Random Acces Memory) minimal satu gigabyte, Intel pentium
processor, dan perangkat lunak yang digunakan yaitu aplikasi PyRx dengan fitur 3D
Viewer, Virtual Screening, Computer-Aided Drug Design, AutoDock 4, dan AutoDock
Vina dan aplikasi Discovery Studio 2019 serta koneksi internet.
2. Bahan
Struktur 3 dimensi dari 3 protein SARS-CoV-2 yang dijadikan drug target dalam
penelitian ini diunduh dari Bank Data Protein (www.rscb.org) dengan identitas 6LU7
(reseptor inhibitor N3), 6M71 (reseptor RNA-dependent RNA polymerase) dan 6VW1
(reseptor biding domain kompleks dengan reseptor ACE). Struktur senyawa-senyawa
dalam tumbuhan Ocimum basilicum L. diunduh dari laman PubChem
(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/). Senyawa-senyawa aktif tumbuhan Ocimum
basilicum L. yang diuji ditampilkan dalam Tabel 1
4
Tabel 1. Senyawa-senyawa aktif Ocimum basilicum L. yang diuji
No Nama Ligan Kode Ligan Struktur Ligan
1 α - amorphene 350078256
2 α - copaene 442335
3 α – cubebene 86609
4 α – guaiene 5317844
5 α – humulene 6753986
5
6 α - pinene 6654
α – terpineol
7 17100
8 β – caryophyllene 23204
9 β – cubebene 93081
10 β – elemene 69138391
11 β – farnesene 341163522
6
12 β – ocimene 5281553
13 β – pinene 14896
14 Bicyclogermacrene 13894537
15 Borneol 223772437
16 Camphor 2537
17 Cis-calamenene 386983824
7
18 Cis-sabinene hydrate 101629935
19 γ - cadinene 441005
20 γ - guaiene 94275
21 eugenol 3314
22 germacrene D 5317570
8
23 linalool 6549
24 linalyl propionate 61098
25 methyleugenol 7127
26 myrcene 31253
27 nerol 643820
9
28 sabinene 18818
3. Definisi Operasional Variabel (DOV)

Adapun definisi operasional variabel disajikan pada Tabel 2.
Tabel 2. Definisi Operasional Variabel (DOV)
No Variabel DOV Sumber
PDB
1 Drug target Protease 6LU7, 6M71, 6VW1
(www.rscb.org)
a-morphene, a-copaene, a-
cubebene, a-guaiene, a-humulene,
a-pinene, a-terpineol, β-
caryophyllene, β – cubebene, β –
elemene, β – farnesene, β –
ocimene, β – pinene, Pubchem
Bicyclogermacrene, Borneol, (https://pubchem
2 Senyawa uji
Camphor, Cis-calamenene, Cis- .ncbi.nlm.nih.gov
sabinene hydrate, δ – cadinene, δ )
– guaiene, Eugenol, germacrene
D, linalool, linalyl propionate,
methyleugenol, Myrcene, Nerol,
sabinene
10
No Variabel DOV Sumber
Senyawa klorokuin, remdesivir, PDB

3 Senyawa pembanding
favipiravir, lopinavir (www.rscb.org)
Prediksi konstanta inhibisi, residu
4 Energi bebas Gibbs asam amino dan jumlah ikatan (Pratama, 2016)
hidrogen
C. Cara Kerja
1. Pencarian dan pengunduhan struktur protein SARS-CoV-2
Struktur tiga dimensi dari protein SARS-CoV-2 yang dijadikan drug target
dalam penelitian ini, yaitu protease utama atau main protease (Mpro) SARS-CoV-2,
RNA-dependent RNA polymerase, dan protein SARS-CoV-2 chimeric receptor-binding
domain yang fungsinya berikatan dengan reseptor ACE-2, dicari dan diunduh dari
Protein Data Bank (PDB) (www.rscb.org), kemudian disimpan dalam format .pdb.
Gambar 1. Protease utama SARS-CoV-2
11
Gambar 2. RNA-dependent RNA polimerase SARS-CoV-2
Gambar 3. . Domain spike protein SARS-CoV-2 yang berikatan dengan RBD pada ACE2
2. Pencarian dan pengunduhan struktur senyawa-senyawa bioaktif tumbuhan

Ocimum basilicum L.
Kandungan senyawa aktif dalam tumbuhan Ocimum basilicum L. dicari dari
berbagai rujukan yang tersedia. Dari berbagai senyawa tersebut dilakukan pencarian
strukturnya pada laman penyedia struktur kimia, yaitu website PUBCHEM
(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/). Struktur senyawa-senyawa tersebut kemudian
diunduh dan disimpan dalam format .sdf.
a. Pengunduhan struktur senyawa-senyawa pembanding
Struktur senyawa-senyawa pembanding, yaitu klorokuin, remdesivir, favipiravir,
dan lopinavir diunduh dari website PUBCHEM (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/),
kemudian disimpan dalam format .sdf.
12
Tabel 3. Struktur senyawa-senyawa pembanding yang diunduh dari PubChem
Nama Ligan Kode ligan Struktur ligan
Klorokuin 2719
Remdesivir 121304016
Favipiravir 492405
13
Nama Ligan Kode ligan Struktur ligan
Lopinavir 92727
b. Pemisahan reseptor protease SARS-CoV-2 dengan ligan asli

Struktur makromolekul protein SARS-CoV-2 yang diunduh dari laman PDB
(www.rscb.org) masih terikat dengan ligan, karena itu perlu dipisahkan. Proses
pemisahan reseptor dan ligan tersebut dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak
Discovery Studio 2020 Client dengan cara sebagai berikut:
1) Struktur 3D makromolekul SARS-CoV-2 yang sebelumnya sudah diunduh
ditampilkan dengan menggunakan perangkat lunak Discovery Studio 2020 Client.
2) Untuk memisahkan ligan dari reseptor SARS-CoV-2, dilakukan penghapusan ligan
dengan cara klik Scripts → Selection → Select Ligands, kemudian ligan tersebut
dihapus dengan menekan tombol delete pada keyboard.
3) Setelah protein SARS-CoV-2 berhasil dipisahkan dari ligan, maka file di simpan
dengan format .pdb.
c. Optimasi reseptor protein SARS-CoV-2
Optimasi reseptor SARS-CoV-2 dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak
Discovery Studio 2020 Client. Optimasi tersebut meliputi penghapusan residu non
standar yang melekat pada reseptor SARS-CoV-2. Residu yang ada pada senyawa yang
telah didownload adalah molekul air yang tersebar di sekeliling makromolekul, sehingga
perlu dihapus karena molekul air tersebut dapat mengganggu ikatan pada proses docking,
ada kemungkinan ligan akan terikat dengan molekul air melalui ikatan hidrogen.
Dilakukan dengan cara klik View → Hierarchy → Select water, hetatm and ligand
14
group→ Delete→ Save dalam format .pdb
3. Penambatan molekul
Dilakukan proses penambatan molekul antara ligan uji yaitu senyawa-senyawa
yang ada pada tumbuhan Ocimum basilicum L. dengan makromolekul drug target
menggunakan software PyRx-Autodock Vina
4. Validasi Penambatan Molekul
Dilakukan proses penambatan molekul antara senyawa-senyawa pembanding,
yaitu klorokuin, remdesivir, favipiravir, dan lopinavir, dengan makromolekul drug target
menggunakan software PyRx-Autodock Vina
Gambar 4. Program PyRx-Autodock Vina

5. Visualisasi hasil penambatan molekul
Untuk melihat hubungan ligan dan reseptor hasil penambatan yang telah
dilakukan digunakan perangkat lunak yang dapat membaca hasil penambatan dan
menyajikannya dalam bentuk struktur dua dan tiga dimensi. Pada penelitian ini
perangkat lunak yang digunakan adalah Discovery Studio 2020 Client. File hasil
penambatan berupa format .pdb dibuka dengan software tersebut kemudian
divisualisasikan interaksi antara molekul dan ligan dalam bentuk dua dan tiga dimensi.
6. Analisis druglikeness senyawa-senyawa bioaktif pada tumbuhan Ocimum
basilicum L.
Untuk penentuan sifat fisikokimia dan sifat-sifat obat (druglikeness) seperti daya
absorpsi, distribusi, metabolisme dan ekskresi obat (ADME) senyawa dianalisis
menggunakan webtools Swiss ADME (www.swissadme.ch)
15
D. Analisis data
Data dianalis berdasarkan energi bebas (∆G), prediksi konstanta inhibisi, residu
asam amino dan jumlah ikatan hidrogen (Pratama, 2016). Kemiripan aktivitas dan jenis
interaksi dari ligan uji dan ligan asli (kontrol positif) ditunjukkan dari hasil residu asam
amino dan ikatan hidrogen yang semakin mendekati ligan asli (kontrol positif) sebagai
ligan pembanding.
Secara keseluruhan, rangkaian kegiatan penelitian disajikan pada Gambar 5.
Pengunduhan struktur
protein SARS-CoV-2
Pemisahan reseptor protease

SARS-CoV-2 dengan ligan asli
Pengunduhan struktur
Optimasi reseptor senyawa-senyawa bioaktif
protein SARS-CoV-2 tumbuhan Ocimum
basilicum L. dan senyawa
pembanding
Penambatan molekul
(Protein SARS-CoV-2
dengan ligan uji) Analisis
Druglikeness
Validasi
Penambatan
Molekul
Visualisasi
Gambar 5. Skema Penelitian
16
BAB III. HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Hasil pencarian dan pengunduhan makromolekul drug target SARS-CoV-2

Penelitian ini dilakukan dengan beberapa tahap seperti tahap melakukan
pencarian dan pengunduhan makromolekul SARS-CoV-2 sebagai target penambatan.
Pencarian dilakukan melalui laman Protein Data Bank (https://www.rcsb.org/). Struktur
yang berikatan dengan ligannya merupakan struktur makromolekul yang dipilih sehingga
memiliki konformasi dalam bentuk aktif. Didapatkan 3 struktur protein dari virus SARS-
CoV-2 yaitu 6LU7 main protease (Mpro) Covid-19 dalam bentuk kompleks dengan
inhibitor N3 (Gambar 1), 6M71 (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase dalam
bentuk kompleks dengan kofaktornya) (Gambar 2), dan 6VW1 (protein SARS-CoV-2
chimeric receptor-binding domain dalam bentuk kompleks dengan reseptor ACE
manusia) (Gambar 3).
Pada penelitian ini, pemilihan protein 6LU7 sebagai reseptor karena proterin
tersebut merupakan enzim protease utama (Mpro) yang berperan aktif dalam memediasi
replikasi dan trasnkripsi pada virus SARS-CoV-2 (Jin et al., 2020). Struktur protein
6LU7 merupakan struktur kristal interaksi main protease Covid-19 dengan inhibitor N3
berdasarkan metode X-ray Diffraction pada resolusi 2.16 Å. Terdapat 3 molekul dalam
struktur kristal ini, yaitu main protease, inhibitor N3, dan air. Main protease adalah suatu
molekul protein dengan sekuen sepanjang 306 residu. Selain itu, inhibitor N3 adalah
inhibitor akseptor Michael ireversibel yang berperan untuk membentuk ikatan kovalen
dengan protein target melalui reaksi Michael. Ikatan kovalen akan dibentuk jika inhibitor
N3 diaktivasi pada situs alami seperti main protease sehingga dapat menghalangi aktivasi
virus lain, mencegah adanya katalisis berlebihan, dan dapat mengikat secara permanen ke
situs main protease. Inhibitor N3 memiliki sekuen yang pendek, yaitu sepanjang 6 residu
dan tidak terdapat kandungan hidrogen maupun deuterium didalamnya (dua isotop
hidrogen stabil) dalam struktur kristal 6LU7 (Griffin, 2020).
RNA-dependent RNA polymerase dari SARS-CoV-2 adalah struktur protein
6M71 yang berbentuk kompleks dengan kofaktornya pada resolusi 2.90 Å. Terdapat 3
molekul dalam struktur ini, yaitu NSP 12, NSP 7, dan NSP 8. NSP 12 adalah molekul
protein dengan sekuen sepanjang 859 residu dan disusun atas 4424 atom karbon, 1154
atom nitrogen, 1279 atom oksigen, dan 46 atom sulfur (Gao et al., 2020). Sementara itu,
17
NSP 7 adalah molekul protein dengan sekuen sepanjang 70 residu dan tersusun atas 341
atom karbon, 89 atom nitrogen, 103 atom oksigen, dan 5 atom sulfur, sedangkan NSP 8
adalah molekul protein dengan sekuen sepanjang 43 residu dan tersusun atas 199 atom
karbon, 51 atom nitrogen, 60 atom oksigen, 5 atom sulfur. Molekul NSP 12, NSP 7 dan
NSP 8 berfungsi untuk membantu polimerase tetap pada jalurnya dan menyalin bagian
panjang dari rantai RNA. Polimerase ini membuat untai RNA baru menggunakan RNA
sebagai template dengan cara menyandikan polimerase dalam genom RNA-nya,
kemudian polimerase dibuat oleh ribosom seluler segera setelah infeksi dan mulai
mereplikasi RNA virus untuk membuat virus baru. Hasil analisis struktur dari RCSB PDB
juga menunjukkan tidak terdapat kandungan hidrogen maupun deuterium dalam struktur
6M71 (Hillen et al., 2020).
Struktur protein 6VW1 adalah struktur protein SARS-CoV-2 chimeric receptor-
binding domain dalam bentuk kompleks dengan reseptor ACE manusia berdasarkan
metode X-ray diffraction pada resolusi 2,68 Å. RBD chimeric memiliki afinitas ACE2-
binding yang lebih tinggi, sehingga dapat mengenali reseptor angiotensin coverting
enzyme 2 (ACE2) pada manusia. Struktur 6VW1 menunjukkan bahwa SARS-CoV-2
RBD mengandung motif pengikat reseptor (receptor-binding motif = RBM) yang
didalamnya memiliki dua hotspot pengikat virus untuk pengikatan SARS-CoV-2.
Kenaikan jumlah virus SARS-CoV-2 diikuti dengan adanya salah satu perubahan RBM
berikut: 481-487 (481- NGVEGFN-487 dalam SARS-CoV-2 dimutasi menjadi TPPALN
seperti pada SARS-CoV), Q493N (Gln493 dalam SARS-CoV-2 dimutasi menjadi
asparagin seperti pada SARS-CoV manusia), Q4493Y (Gln493 dalam SARS-CoV-2
dimutasi menjadi tirosin seperti pada kelalawar RaTG13) dan N501T (Asn501 dalam
SARS-CoV-2 bermutasi menjadi treonin seperti pada manusia SARS-CoV) (Shang et al.,
2020).
B. Hasil pencarian dan pengunduhan struktur senyawa bioaktif tumbuhan selasih
(Ocimum basilicum L.)
Tumbuhan selasih mengandung berbagai senyawa aktif dalam aktivitas farmakologi
diantaranya analgesic, sedative, anti-inflamasi, antioksidan, anti-aging, antimikroba,
antifungi dan antivirus (Zahra & Iskandar, 2017). Tumbuhan selasih memiliki kandungan
nutrisi vitamin C, vitamin A, kalsium, zink, zat besi, protein, lemak, karbohidrat, fosfor,
18
dan mengandung klorofil juga fitonutrien (Pattanayak, Behera, Das, & Panda, 2010).
Daun selasih memiliki kandungan senyawa aktif seperti minyak atsiri, alkaloid, saponin,
flavonoid, titerpenoid, steroid, tannin dan fenol (Larasati & Apriliana, 2016). Beberapa
komponen senyawa yang telah diisolasi dari tumbuhan Ocimum Basilicum L.
diantaranya a-morphene, a-copaene, a-cubebene, a-guaiene, a-humulene, a-pinene, a-
terpineol, β- caryophyllene, β – cubebene, β – elemene, β – farnesene, β – ocimene, β –
pinene, Bicyclogermacrene, Borneol, Camphor, Cis-calamenene, Cis- sabinene hydrate,
δ – cadinene, δ – guaiene, Eugenol, germacrene D, linalool, linalyl propionate,
methyleugenol, Myrcene, Nerol, sabinene. Senyawa Linalool dari Ocimum Basilicum L.
telah diteliti memiliki aktivitas antivirus herpes simplex virus-1 (HSV-1) (Romeilah et
al., 2010).
C. Hasil pengunduhan struktur senyawa-senyawa pembanding

Hasil pengunduhan struktur senyawa-senyawa pembanding, yaitu klorokuin,
remdesivir, favipiravir, dan lopinavir yang diunduh dari laman PUBCHEM disajikan
dalam Tabel 3.
D. Validasi Penambatan Molekul

Validasi penambatan dilakukan menggunakan senyawa pembanding yaitu
klorokuin, remdesivir, favipiravir, dan lopinavir yang berfungsi sebagai kontrol terhadap
protein-protein SARS-CoV-2 yang menjadi drug target dalam penelitian ini. Validasi
penambatan dilakukan dengan pengaturan grid box (Gambar 5) kemudian dilanjutkan
analisis menggunakan program Pyrx-autodock Vina sehingga dihasilkan RMSD (Root
Mean Square Deviation). Secara umum, RMSD menunjukkan jarak atom pada suatu
konformasi, semakin kecil nilai RMSD nya maka semakin baik posisi ligan karena
mendekati konformasi asal ligan tersebut (Ferencz & Muntean, 2015). Nilai RMSD
tergantung pada interaksi ikatan dan energi antara protein dengan ligan, Semakin kecil
nilai RMSD maka semakin mirip struktur ligan yang direaksikan. Nilai RMSD yang
masih diterima yaitu kurang dari dua Å (Pradiana, 2019).
19
Gambar 6. Pengaturan Gridbox Penambatan
Hasil validasi penambatan terhadap kontrol (klorokuin, remdesivir, favipiravir,

lopinavir), interaksi yang terjadi dan residu asam amino yang terlibat disekitar interaksi
disajikan pada Tabel 4.
Tabel 4. Hasil validasi penambatan terhadap kontrol (klorokuin, remdesivir, favipiravir,

lopinavir) dengan 6LU7, 6M71 dan 6VW1.
Drug Ligan Energi Konstanta Ikatan Ikatan

target bebas inhibisi Hidrogen Hidrofobik
(kkal/mol) (µM)
6LU7 Klorokuin -5,1 180,94 - His163A,
Gln166A,
His164A,
Gln189A,
Met165A,
His41A,
Met49A,
Lys145A,
Gly143A,
20
(kkal/mol) (µM)
Asn142A,
Arg188A
6LU7 Remdesivir -6,9 8,64 His41A Thr24A,
Cys145A Thr25A,
Thr26A Thr45A,
Ser46A,
Gly143A,
Asn142A,
Leu27A,
Asp187A,
Arg188A,
Met49A,
Met165A,
Gln189A,
Gln166A
6LU7 Favipiravir -5,6 77,73 Asp29A, Gln127A,
Asn151A, Phe8A,
Thr292A, Phe112A,
Thr11A Phe294A,
gln110A,
Ile106A,
Gln107A
6LU7 Lopinavir -8,6 0,49 Gln110A, Arg105A,
Phe294A Ile106A,
Gln107A,
Ser158A,
Lys102A,
His246A,
21
(kkal/mol) (µM)
Val104A,
Val202A,
Ile249A,
Asp153A,
Asn151A,
Phe8A,
Leu253A,
Val297A,
Thr292A,
Pro293A,
Pro252A
6M71 Klorokuin -5,9 46,82 - Lys545A,
Asn414A,
Thr409A,
Val410A,
Leu544A,
Tyr546A,
Asp845A,
Pro412A,
Ser15C,
Met87D,
Gln19C,
Asp846A,
Gln18C,
Lys411A
6M71 Remdesivir -7,9 1,60 Tyr129A, Gly774A,
Lys780A, Thr710A,
Lys47A Asp711A,
22
(kkal/mol) (µM)
Leu775A,
Ala706A,
Tyr32A,
Asn,138A,
Ser709A,
Asn781A,
Gln773A,
His133A,
Lys714A,
Ile715A,
Ser784A,
Asp135A
6M71 Favipiravir -5,4 108,99 Met3C, Lys430A,
Ser4C, Tyr420A,
Phe429A, Lys2C,
Glu431A Val424A
6M71 Lopinavir -8,9 0,29 Asp208A, Eu119A,
Asn209A, Thr123A,
Thr206A Tyr217A,
Lys50A,
Arg116A,
Lys73A,
Asp218A,
Val72A,
Thr120A,
Lys121A,
Val71A,
Arg33A,
23
(kkal/mol) (µM)
Phe35A,
Asp36A,
Ile37A,
Tyr38A,
Val204A,
Asp221A
6VW1 Klorokuin -6 39,54 - Ala99A,
Leu391A,
Asn394A,
Arg393A,
Gly352A,
Phe390A,
Asp350A,
Trp69A,
Phe32A,
Leu73A,
Leu100A
6VW1 Remdesivir -8,1 1,14 Asp350A, Thr347A,
His401A, Arg514A,
Ala348A, Asn397A,
Asp382A Gly395A,
Glu398A,
Ile379A,
His378A,
Tyr385A,
Phe390A,
Arg393A,
Phe40A,
24
(kkal/mol) (µM)
Trp349A,
Ser47A
6VW1 Favipiravir -5,1 180,94 Ser43A, Leu351A,
Ser44A Asp350A,
Trp349A,
Ser47A,
Phe40A
6VW1 Lopinavir -9,6 0,13 Glu398A, Leu351A,
His401A, Ser44A,
Arg514A, Ser47A,
Gly395A, Trp349A,
Asp350A Phe40A,
Ala348A,
Thr347A,
Phe390A,
Arg393A,
Asp382A,
Tyr385A,
His378A,
Glu402A
Nilai RMSD (Root Mean Square Deviation) dari hasil penambatan antara klorokuin,
remdesivir, favipiravir, dan lopinavir dengan ketiga reseptor SARS-CoV-2 adalah nol
yang menunjukkan kestabilan interaksi (ikatan) ligan dengan reseptor serta kemiripan
struktur ligan. Hasil interaksi ini sesuai dengan hukum termodinamika ketiga yang
mengungkapkan bila ∆G < 0 berarti reaksi tersebut berjalan spontan (reaksi berjalan ke
produk), ∆G = 0 menunjukkan reaksi berjalan reversibel dan bila ∆G > 0 menunjukkan
reaksi tidak terjadi (reaksi menuju arah reaktan). Sehingga semakin kecil nilai ∆G
menunjukan semakin kuat ikatan yang terjadi antara ligan dengan reseptor, dan semakin
25
stabil pula reaksi yang terjadi (Pradiana, 2019)
Dari keempat senyawa pembanding yang diuji, lopinavir menunjukkan interaksi

yang paling kuat terhadap semua drug target, baik main protease (Mpro) SARS-CoV-2,
SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase, maupun protein SARS-CoV-2
chimeric receptor-binding domain, dibandingkan dengan ketiga senyawa pembanding
lainnya (klorokuin, remdesivir, dan favipiravir). Energi ikat antara lopinavir dengan
ketiga drug target yaitu main protease (Mpro) SARS-CoV-2, SARS-CoV-2 RNA-
dependent RNA polymerase, dan protein SARS-CoV-2 chimeric receptor-binding
domain dari spike protein yang fungsinya berikatan dengan reseptor ACE-2 memiliki
kekuatan yang sama, karena hanya sedikit perbedaan nilai energi ikatnya. Remdesivir
juga menunjukkan interaksi cukup kuat dengan ketiga drug target. Sedangkan senyawa
pembanding klorokuin dan favipiravir cukup jauh perbedaan kekuatan interaksinya
dibandingkan dengan kedua senyawa pembanding lopinavir dan remdesivir.
Perangkat lunak penyaringan virtual untuk penemuan obat berbasis komputer yang
digunakan pada penelitian ini adalah PyRx, yang cara kerjanya yaitu dengan menyaring
senyawa terhadap target obat yang berpotensial. Aplikasi PyRx ini dapat digunakan oleh
siapapun yang ingin melakukan skrining virtual, dan langkah kerjanya dapat dipelajari
dengan mudah dan dapat dikerjakan pada komputer pribadi (personal computer). PyRx
termasuk docking wizard dengan antarmuka pengguna yang mudah digunakan yang
membuatnya menjadi alat yang berharga untuk Computer-Aided Drug Design (CADD).
PyRx juga mencakup fungsi seperti spreadsheet kimia dan mesin visualisasi yang kuat
yang sangat penting untuk desain obat rasional (Ounthaisong & Prasan
Tangyuenyongwatana, 2018). Docking mengaplikasikan konsep jigsaw puzzle, dimana
dua bagian dicocokkan dengan memilih satu bagian dan mencari bagian lain yang saling
melengkapi. Docking melibatkan prediksi konformasi dan orientasi ligan (atau pose)
dalam situs pengikat yang ditargetkan. Studi docking, secara umum digunakan untuk
melakukan pemodelan struktural yang akurat dan prediksi aktivitasnya. PyRx
berkonsentrasi pada pola yang unik untuk mencari pola yang cocok dibagian lainnya
untuk melengkapi elemen yang diperlukan setelah itu, penambat pelengkap dicocokkan
untuk menghasilkan transformasi kandidat yang akan dievaluasi lebih lanjut dengan
26
fungsi penilaian yang mempertimbangkan kesesuian geometris dan energi desolvasi
atom. Root Mean Square Deviation (RMSD) diterapkan untuk membuang solusi yang
berlebihan (Duhovny & J.Wolfson, 2020).
Interaksi yang terjadi antara senyawa-senyawa pembanding (klorokuin, remdesivir,

favipiravir, dan lopinavir) dengan reseptor SARS-CoV-2 dapat dilihat pada Tabel 5.
Tabel 5. Interaksi antara drug target dengan ligan pembanding
Drug Ligan Interaksi

Target Pembanding
6LU7 Klorokuin
6LU7 Remdesivir
27
Target Pembanding
6LU7 Favipiravir
6LU7 Lopinavir
28
Target Pembanding
6M71 Klorokuin
6M71 Remdesivir
29
Target Pembanding
6M71 Favipiravir
6M71 Lopinavir
30
Target Pembanding
6VW1 Klorokuin
6VW1 Remdesivir
31
Target Pembanding
6VW1 Favipiravir
6VW1 Lopinavir
Berdasarkan hasil uji validasi yang disajikan dalam Tabel 5 didapatkan interaksi
32
antara reseptor SARS-CoV-2 dan ligan pembanding sebagai berikut:
1. 6LU7
a. Klorokuin: Interaksi yang diperoleh pada penambatan klorokuin dengan

Main Protease SARS-CoV-2 adalah tidak ada interaksi hidrogen terjadi
interaksi van der Waals yang terdapat pada Rantai A (His163A,
Gln166A, His164A, Gln189A, Met165A, His41A, Met49A, Lys145A,
Gly143A, Asn142A, Arg188A).
b. Remdesivir: Interaksi yang diperoleh pada penambatan remdesivir

dengan Main Protease SARS-CoV-2 adalah interaksi hidrogen dengan
residu His41, Cys145, Thr26 pada rantai A. Selain interaksi hidrogen
terjadi interaksi van der Waals yang terdapat pada Rantai A (Thr24A,
Thr25A, Thr45A, Ser46A, Gly143A, Asn142A, Leu27A, Asp187A,
Arg188A, Met49A, Met165A, Gln189A, Gln166A).
c. Favipiravir: Interaksi yang diperoleh pada penambatan favipiravir

dengan Main Protease SARS-CoV-2 adalah interaksi hidrogen dengan
residu Asp29, Asn151, Thr292, dan Thr11 pada rantai A. selain interaksi
hidrogen adapun interaksi van der Waals yang terdapat pada Rantai A
(Gln127A, Phe8A, Phe112A, Phe294A, gln110A, Ile106A, Gln107A) .
d. Lopinavir: Interaksi yang diperoleh pada penambatan lopinavir dengan

Main Protease SARS-CoV-2 adalah interaksi hidrogen dengan residu
Gln110 dan Phe294 pada rantai A. selain interaksi hidrogen adapun
interaksi van der Waals yang terdapat pada Rantai A (Arg105A,
Ile106A, Gln107A, Ser158A, Lys102A, His246A, Val104A, Val202A,
Ile249A, Asp153A, Asn151A, Phe8A, Leu253A, Val297A, Thr292A,
Pro293A, Pro252A) .
2. 6M71
a. Klorokuin: Interaksi yang diperoleh pada penambatan klorokuin dengan SARS-

CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase adalah tidak ada interaksi hidrogen
terjadi interaksi van der Waals yang terdapat pada Rantai A (Lys545A, Asn414A,
33
Thr409A, Val410A, Leu544A, Tyr546A, Asp845A, Pro412A,Asp846A,
Lys11A), rantai C (Ser15C, Gln19C, Gln18C) dan rantai D (Met87D).
b. Remdesivir: Interaksi yang diperoleh pada penambatan remdesivir dengan

SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase adalah interaksi hidrogen
dengan residu Tyr129, Lys780 dan Lys47 pada rantai A. selain interaksi hidrogen
adapun interaksi van der Waals yang terdapat pada Rantai A (Gly774A,
Thr710A, Asp711A, Leu775A, Ala706A, Tyr32A, Asn,138A, Ser709A,
Asn781A, Gln773A, His133A, Lys714A, Ile715A, Ser784A, Asp135A)
c. Favipiravir: Interaksi yang diperoleh pada penambatan favipiravir dengan SARS-

CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase adalah interaksi hidrogen dengan residu
Phe429, Glu431 pada rantai A dan Met3, Ser4 pada rantai C. selain interaksi
hidrogen adapun interaksi van der Waals yang terdapat pada Rantai A (Lys430A,
Tyr420A, Val424A), Rantai C (Lys2) .
d. Lopinavir: Interaksi yang diperoleh pada penambatan lopinavir dengan SARS-

CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase adalah interaksi hidrogen dengan residu
Asp208, Asn209, Thr206 pada rantai A. selain interaksi hidrogen adapun
interaksi van der Waals yang terdapat pada Rantai A (Eu119A, Thr123A,
Tyr217A, Lys50A, Arg116A, Lys73A, Asp218A, Val72A, Thr120A, Lys121A,
Val71A, Arg33A, Phe35A, Asp36A, Ile37A, Tyr38A, Val204A, Asp221A) .
3. 6VW1
a. Klorokuin: Interaksi yang diperoleh pada penambatan klorokuin dengan protein

SARS-CoV-2 chimeric receptor-binding domain adalah tidak ada interaksi
hidrogen terjadi interaksi van der Waals yang terdapat pada Rantai A (Ala99A,
Leu391A, Asn394A, Arg393A, Gly352A, Phe390A, Asp350A, Trp69A,
Phe32A, Leu73A, Leu100A).
b. Remdesivir: Interaksi yang diperoleh pada penambatan remdesivir dengan

protein SARS-CoV-2 chimeric receptor-binding domain adalah interaksi
hidrogen dengan residu Asp350, His401, Ala348 dan Asp382 pada rantai A.
selain interaksi hidrogen adapun interaksi van der Waals yang terdapat pada
rantai A (Thr347A, Arg514A, Asn397A, Gly395A, Glu398A, Ile379A,
34
His378A, Tyr385A, Phe390A, Arg393A, Phe40A, Trp349A, Ser47A).
c. Favipiravir: Interaksi yang diperoleh pada penambatan favipiravir dengan protein

SARS-CoV-2 chimeric receptor-binding domain adalah interaksi hidrogen
dengan residu Ser43 dan Ser44 pada rantai A. selain interaksi hidrogen adapun
interaksi van der Waals yang terdapat pada rantai A (Leu351A, Asp350A,
Trp349A, Ser47A, Phe40A).
d. Lopinavir: Interaksi yang diperoleh pada penambatan lopinavir dengan protein

SARS-CoV-2 chimeric receptor-binding domain adalah interaksi hidrogen
dengan residu Glu398, His401, Arg514, Gly395 dan Asp350 pada rantai A. selain
interaksi hidrogen adapun interaksi van der Waals yang terdapat pada rantai A
(Leu351A, Ser44A, Ser47A, Trp349A, Phe40A, Ala348A, Thr347A, Phe390A,
Arg393A, Asp382A, Tyr385A, His378A, Glu402A).
E. Penambatan senyawa-senyawa Ocimum Basilicum L pada reseptor SARS-CoV-
2
Aplikasi PyRx-Virtual Screening Tools diciptakan sebagai sistem komputer yang
dapat melakukan virtual screening, yang didalamnya terdapat beberapa program
untuk melakukan docking. Diantaranya program autodock tools yang digunakan
untuk preparasi ligan dan makromolekul sebelum dilakukan penambatan, program
autodock vina yang digunakan untuk melakukan penambatan, dan program open
babel yang digunakan untuk mengkonversi format file protein atau ligan, sehingga
format yang ada dapat disesuaikan dengan kebutuhan program autodock vina pada
saat penambatan (Aziz, 2020).
Pengujian dilakukan terhadap dua puluh delapan senyawa bioaktif pada tumbuhan
selasih yang strukturnya diambil dari database PubChem
(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/). Pada aplikasi Pyrx-Autodock Vina, nilai grid
box pada proses penambatan terhadap 28 senyawa Ocimum Basilicum L sama dengan
nilai grid box pada proses penambatan terhadap senyawa-senyawa pembanding
(validasi). Karena penambatan diproses dengan perlakuan yang sama, sehingga
diharapkan tidak terjadi penyimpangan. Proses penambatan dapat dilihat pada
Gambar 7.
35
Gambar 7. Proses penambatan senyawa bioaktif pada tumbuhan selasih
Dari hasil pencarian struktur senyawa-senyawa kandungan tumbuhan selasih

(Ocimum basilicum L.), diperoleh 28 senyawa yang dijadikan ligan dalam penelitian ini.
Struktur senyawa-senyawa tersebut diunduh dari laman PubChem (Tabel 6).
Tabel 6. Struktur Senyawa Ocimum Basilicum L, (ZiNC dan PubChem)
Drug Energi bebas Ki

No Senyawa
Target (kkal/mol) (μM)
6LU7 1 Alpha amorphene -5,7 6,56
2 Alpha copaene -5,8 5,54
3 Alpha cubebene -5,9 4,68
4 Alpha guaiene -5,5 9,20
5 Alpha humulene -6,0 3,95
6 Alpha pinene -5,0 2.14
7 Alpha terpineol -5,1 1,81
8 Beta caryophyllene -6,4 2,01
9 Beta cubebene -5,9 4,68
10 Beta elemene -7,8 1,89
36
No Senyawa
11 Beta farnesene -4,8 3,00
12 Beta ocimene -4,3 6,99
13 Beta pinene -5,0 2,14
14 Bicyclogermacren
-6,4 2,01
e
15 Borneol -5,5 9,20
16 Camphor -5,5 9,20
17 Cis-calamenene -6,1 3,34
18 Cis-sabinene
-4,6 4,21
hydrate
19 Delta cadinene -6,0 3,95
20 Delta guaiene -6,0 3,95
21 Eugenol -5,1 1,81
22 Germacrene D -5,9 4,68
23 Linalool -4,3 6,99
24 Linalyl propionate -4,9 2,54
25 Methyleugenol -4,6 4,21
26 Myrcene -4,1 9,80
27 Nerol -4,5 4,99
28 Sabinene -4,8 3,00
6M71 1 Alpha amorphene -6,9 8,64
6 Alpha pinene -6,0 3,95
37
No Senyawa
14 Bicyclogermacren
-7,6 2,65
e
15 Borneol -5,0 2.14
16 Camphor -5,1 1,81
18 Cis-sabinene
-5,0 2.14
hydrate
21 Eugenol -5,1 1,81
23 Linalool -4,7 3,56
25 Methyleugenol -5,0 2.14
26 Myrcene -4,7 3,56
27 Nerol -4,7 3,56
28 Sabinene -5,1 1,81
6VW1 1 Alpha amorphene -6,5 1,70
38
No Senyawa
6 Alpha pinene -5,3 1,29
14 Bicyclogermacren
-6,7 1,21
e
15 Borneol -5,1 1,81
16 Camphor -5,2 1,53
18 Cis-sabinene
-5,1 1,81
hydrate
21 Eugenol -5,7 6,56
23 Linalool -4,2 8,28
25 Methyleugenol -5,4 1,09
26 Myrcene -4,8 3,00
27 Nerol -5,4 1,09
28 Sabinene -5,3 1,29
Hasil penambatan terhadap 28 senyawa-senyawa ocimum basilicum L dengan ketiga
39
drug target, sebagaimana yang disajikan pada tabel 6 menunjukkan bahwa terdapat 1
senyawa yang energi ikatnya yang lebih rendah terhadap main protease SARS-COV-2
dibandingkan ketiga senyawa pembanding yang digunakan, yaitu klorokuin, favipiravir,
dan remdesivir, namun tidak melebihi kekuatan interaksi lopinavir. Senyawa yang
memiliki energi bebas (∆G) paling rendah pada penambatannya dibandingkan 3 senyawa
pembanding (klorokuin, favipiravir, dan remdesivir) terhadap drug target 6LU7 adalah
Beta elemene (-7,8 kkal/mol), namun nilai interaksinya tidak lebih baik dari lopinavir (-
8,6 kkal/mol) sebagai senyawa pembanding dengan RMSD (Root Mean Square
Deviation) adalah 0 (nol).
Pada penambatan dengan drug target RNA-dependent RNA polymerase SARS-

CoV-2 (6M71), terdapat 1 senyawa yang memiliki nilai energi bebas lebih rendah
dibandingkan 3 senyawa pembanding (klorokuin, favipiravir, remdesivir) yaitu Beta
elemene (-8,5 kkal/mol) dengan RMSD (Root Mean Square Deviation) 0 (nol), namun
afinitasnya tidak lebih baik dari lopinavir (-8,9 kkal/mol) sebagai senyawa pembanding
terbaik dengan RMSD (Root Mean Square Deviation) 0 (nol).
Pada penambatan dengan drug target chimeric receptor-binding domain SARS-
CoV-2 (6VW1), tidak terdapat satupun senyawa dari ocimum basilicum L yang
memiliki energi bebas lebih rendah dibandingkan dengan 2 senyawa pembanding
terbaik (remdesivir, dan lopinavir). Beta elemene (-6,6 kkal/mol) dengan RMSD (Root
Mean Square Deviation) 0 (nol) sebagai senyawa yang interaksinya cukup baik terhadap
main protease SARS-COV-2 (6LU7) dan terhadap RNA-dependent RNA polymerase
SARS-CoV-2 (6M71), kali ini tidak lebih baik dibandingkan 2 senyawa pembanding
terbaik remdesivir (-8,1 kkal/mol) dan lopinavir (-9,4 kkal/mol) dengan RMSD (Root
Mean Square Deviation) 0 (nol).
Ikatan antara ligan dengan makromolekul atau protein ditunjukkan dalam bentuk
energi bebas (∆G), semakin negatif nilai energi tersebut maka semakin besar nilai ikatan
yang terbentuk antara ligan dan reseptor pada makromolekul (Artinda, 2016 ; Pradiana,
2019). Disisi lain, nilai RMSD (Root Mean Square Deviation) menunjukkan nilai jarak
atom pada suatu konformasi dengan atom terdekat yang memiliki tipe yang sama dengan
atom tersebut pada konformasi lain. Semakin kecil nilai RMSD menunjukkan semakin
baik posisi ligan yang terbentuk karena mendekati konformasi asal ligan tersebut (Ferencz
40
& Muntean, 2015).
Nilai konstanta inhibisi (Ki) menunjukkan konsentrasi yang diperlukan ligan
dalam menghambat suatu makromolekul atau protein. Ligan yang bagus ditunjukkan
dengan semakin kecilnya nilai konstanta inhibisi (Ki) (Nurfitriyana, 2010). Nilai
konstanta inhibisi dihitung dengan menggunakan rumus (Morris et al., 1998).
Ki = Kd = exp(∆G/RT)
Keterangan:
∆G = Energi bebas (kal/mol)
R = Konstanta Gas (1.986 kal/mol)
T = Suhu (25oC = 298 Kelvin)
Dengan menggunakan persamaan di atas didapatkan hasil nilai konstanta inhibisi
masing-masing senyawa bioaktif pada tumbuhan selasih (tabel 6) dan dapat dikatakan
bahwa hanya terdapat 1 senyawa bioaktif tumbuhan selasih memiliki konformasi
mendekati senyawa pembanding (lopinavir dan remdesivir) dan berpotensi menjadi
inhibitor SARS-CoV-2 dilihat dari besarnya energi bebas dan konstanta inhibisi dari
senyawa tersebut.
F. Perbandingan interaksi senyawa bioaktif tumbuhan selasih dengan remdesivir

dan lopinavir terhadap Reseptor SARS-CoV-2
Dari hasil penambatan yang dilakukan terhadap drug target 6LU7 didapatkan 1
senyawa bioaktif pada ocimum basilicum L yang memiliki energi bebas sama dengan atau
lebih rendah dari dua senyawa pembanding terbaik (remdesivir dan lopinavir), terhadap
drug target 6M71 didapatkan 1 senyawa bioaktif yang memiliki energi bebas sama dengan
atau lebih kecil dari dua senyawa pembanding terbaik (remdesivir dan lopinavir), dan
terhadap drug target 6VW1 tidak didapatkan senyawa bioaktif pada tumbuhan selasih
yang memiliki energi bebas sama dengan atau lebih kecil dari dua senyawa pembanding
terbaik (remdesivir dan lopinavir), yang menunjukkan hanya 1 senyawa yang berpotensi
sebagai kandidat obat Covid-19 yaitu Beta elemene.
Hasil penambatan senyawa ini dianalisis dengan menggunakan program
Discovery Studio 2020 sehingga dapat dianalisis interaksi yang terjadi antara senyawa
dan reseptor SARS-CoV-2 serta residu yang ada di sekitar permukaan protein yang
41
mengalami interaksi. Perbandingan interaksi yang terjadi pada hasil penambatan senyawa
pembanding (remdesivir dan lopinavir) dengan hasil penambatan senyawa bioaktif
tumbuhan selasih terbaik disajikan pada Tabel 7 dan Gambar Lampiran I.
Tabel 7. Perbandingan interaksi klorokuin dan favipravir dengan senyawa

bioaktif tumbuhan selasih
Drug No Senyawa Energi Ikatan Interaksi Pi-sigma/ Pi-Alkyl

Target bebas Hidrogen Van der Pi-anion
Waals
6LU7 1 Klorokuin -5,1 - His163A, His41A Cys145A,

Gln166A, Met49A
His164A,
Gln189A,
Met165A,
His41A,
Met49A,
Lys145A,
Gly143A,
Asn142A,
Arg188A
2 Favipiravir -5,6 Asp29A, Gln127A, - -

Asn151A, Phe8A,
Thr292A, Phe112A,
Thr11A Phe294A,
gln110A,
Ile106A,
Gln107A
3 α- amorphene -5,7 - Gly275A, - Leu272A,

Leu271A, Leu287A.
Leu286A, Tyr239A
42
Waals
Met276A,
Thr199A,
Tyr237A
4 α - copaene -5,8 - Phe506A Trp509A Ala375A,

Leu371A,
Leu514A,
Phe368A,
Tyr515A
5 α – cubebene -5,9 - Ala375A, Trp509A Leu514A,

Leu371A, Phe368A,
Leu372A, Tyr515A
Phe506A,
Ser518A
6 α – humulene -6,0 - Asn151A, - Phe294A

Asp153A,
Gln110A,
Ile106A,
Lys102A,
Val104A
7 β – caryophyllene -6,4 - Gly275A, - Leu287A

Leu271A,
Leu272A,
Leu286A,
Met276A,
Thr199A,
Tyr237A,
43
Waals
Tyr239A
8 β – cubebene -5,9 - Asn151A, - Phe294A,

Asp153A, Val104A
Gln110A,
Ile106A,
Ile152A,
Lys102A,
Phe8A,
Ser158A
9 β – elemene -7,8 - Arg279A, - Leu271A,

Asn221A, Trp218A
Glu270A,
Phe219A,
Phe223A,
Ser267A
10 Bicyclogermacrene -6,4 - Arg4A, - Phe291A,

Glu288A, Trp207A
Gly283A,
Leu282A,
Lys5A,
Phe3A,
Ser284A
11 Cis-calamenene -6,1 Lys5A Arg4A, - -

Glu288A,
Leu282A,
Phe3A,
44
Waals
Phe291A,
Ser284A,
Trp207A
12 δ - cadinene -6,0 - Ala285A, - Leu272A,

Gly275A, Leu286A,
Leu271A, Leu287A
Met276A,
Thr199A,
Tyr237A,
Tyr239A
13 δ - guaiene -6,0 - Arg105A, - Phe294A,

Asn151A, Val104A
Asp153A,
Gln107A,
Ile106A,
Ser158A,
Thr111A,
Thr292A
14 germacrene D -5,9 - Asn151A, - Phe294A

Asp153A,
Gln110A,
Ile106A,
Ile152A,
Phe8A,
Ser158A,
val104A
45
Waals
6M71 1 Klorokuin -5,9 - Lys545A, - Ala706A,

Asn414A, Lys714A,
Thr409A, Ile715A
Val410A,
Leu544A,
Tyr546A,
Asp845A,
Pro412A,
Ser15C,
Met87D,
Gln19C,
Asp846A,
Gln18C,
Lys411A
2 Favipiravir -5,4 Met3C, Lys430A, - -

Ser4C, Tyr420A,
Phe429A, Lys2C,
Glu431A Val424A
3 α- amorphene -6,9 - Leu372A, Trp509A Ala375A,

Phe368A, Leu371A
Phe506A,
Tyr515A
4 α - copaene -6,5 - Phe506A Trp509A Ala375A,

Leu371A,
Leu372A,
Leu514A,
46
Waals
Phe368A,
Tyr515A
5 α – cubebene -6,8 - Ala375A, Trp509A Leu514A,

Leu371A, Phe368A,
Leu372A, Tyr515A
Phe506A,
Ser518A
6 α – humulene -7,3 - Ala375A, - Trp509A

Leu371A,
Leu372A,
Leu514A,
Phe506A,
Tyr515A
7 β – caryophyllene -6.8 - Arg116A, - Arg33A,

Asp208A, Phe35A
Asp218A,
Lys50A,
Thr123A,
Tyr217A
8 β – cubebene -6,9 - Ala375A, Trp509A -

Leu371A,
Leu372A,
Leu514A,
Phe368A,
Phe506A,
Tyr515A
47
Waals
9 β - elemene -8.5 Asp845A, - Lys411A,

Asp846A, Tyr546A
Ile847A,
Pro412A
10 Bicyclogermacrene -7,6 - Asp484A, - Lys574A

Gln492A,
Gln573A,
Ile488A,
Lys577A
11 Cis-calamenene -7,3 - Leu371A, - Ala375A

Leu372A,
Phe368A,
Phe506A,
Tyr515A
12 δ - cadinene -7,0 - Ala375A, Trp509A Leu371A,

Phe506A, Leu372A,
Ser518A Leu514A,
Phe368A,
Tyr515A
13 δ - guaiene -7,1 - Leu372A, - Ala375A,

Leu514A, Trp509A
Phe368A,
Phe506A,
Ser518A,
Tyr515A
48
Waals
14 germacrene D -6,3 - Ala375A, - Phe368A,

Leu371A, Trp509A,
Leu372A, Tyr515A
Leu514A,
Phe506A
6VW1 1 Klorokuin -6,0 Asp350A, Ala99A, Trp349A Phe40A

His401A, Leu391A,
Asp382A, Asn394A,
Ala348A Arg393A,
Gly352A,
Phe390A,
Asp350A,
Trp69A,
Phe32A,
Leu73A,
Leu100A
2 Favipiravir -5,1 Ser43A, Leu351A,

Ser44A Asp350A,
Trp349A,
Ser47A,
Phe40A
3 α- amorphene -6,5 - Glu232A, Phe592A Leu236A,

Glu589A Leu585A,
Pro235A
4 α - copaene -6,6 - Ala99A, Phe390A Arg393A,

Phe32A, leu73A,
49
Waals
Phe40A, Leu391A
Trp69A
5 α – cubebene -6,6 - Asn149A, - His345A,

Glu145A, His505A,
Ser128A, Leu144A,
Trp271A Phe504A,
Tyr127A
6 α – humulene -7,1 - Ala348A, - Trp347A

Asp350A,
Leu351A,
Phe40A,
Ser37A,
Ser44A,
Thr347A
7 β – caryophyllene -6,6 - Ala99B, - Leu391B,

Asn394B, Phe390B
Leu73B,
Phe32B,
Phe40B,
Trp69B
8 β – cubebene -6,6 - Asn149A, - His345A,

Glu145A, Leu144A,
His505A, Phe504A,
Ser128A, Tyr127A
Trp271A
50
Waals
9 β - elemene -6,6 - Asn149A, - His345A,

Glu145A, Leu144A,
His505A, Phe504A,
Ser128A, Tyr127A
Trp271A
10 Bicyclogermacrene -6,7 - Gln102A, - Leu73A

Gly104A,
Lys74A,
Ser70A,
Ser74A,
Ser77A,
Ser105A,
Tyr202A
11 Cis-calamenene -7,2 - Asn586A, Leu585A Leu236A

Glu232A,
Glu589A,
Phe588A,
Pro235A
12 δ - cadinene -7,3 - Asn210B, - Leu95B,

Gln98B, Leu95B,
Glu208B, Lys94B,
Glu564B, Pro565B,
Lys562B, Val212B
Ser563B,
Trp566B,
Val209B
51
Waals
13 δ - guaiene -6,9 - Asn210B, - Leu91B,

Gln98B, Leu95B,
Glu208B, Lys94B,
Val212B Pro565B,
Val209B
14 germacrene D -7,1 - Arg582a, - Leu236A,

Asn586A, Leu585A,
Glu232A, Phe592A
Glu589A,
Pro235A
Pada tabel 7 menunjukkan perbandingan hasil penambatan klorokuin, remdesivir,

favipiravir, lopinavir sebagai senyawa pembanding dengan hasil penambatan senyawa-
senyawa bioaktif pada ocimum basilicum L. Pada penambatan klorokuin terhadap
protease SARS-CoV-2 (6LU7) didapatkan hasil energi bebas (∆G) sebesar -5.1,
remdesivir -6.9, favipiravir -5.6, lopinavir -8.6 dengan RMSD masing-masing sebesar
0. Pada penambatan klorokuin terhadap RNA-dependent RNA polimerase SARS-CoV-
2 (6M71) didapat hasil energi bebas (∆G) sebesar -5.9, remdesivir -7.9, favipiravir -5.4,
lopinavir -8.9 dengan RMSD masing-masing sebesar 0. Kemudian pada penambatan
klorokuin terhadap reseptor biding domain kompleks dengan reseptor ACE (6VW1)
didapat hasil energi bebas (∆G) sebesar -6, remdesivir -8.1, favipiravir -5.1, lopinavir -
9.6 dengan RMSD masing-masing sebesar 0, yang dapat diartikan terdapat kemiripan
struktur yang diukur berdasarkan jarak atom sejenis.
Sedangkan pada hasil penambatan senyawa-senyawa bioaktif pada Ocimum

Basilicum L terhadap protease SARS-CoV-2 (6LU7), didapatkan hasil sebanyak 15
senyawa yang menunjukkan bahwa energi bebas yang dimiliki lebih negatif dari
52
klorokuin (∆G < -5.1). kemudian pada penambatan senyawa–senyawa bioaktif pada
Ocimum Basilicum L terhadap RNA-dependent RNA polimerase SARS-CoV-2 (6M71)
didapatkan hasil sebanyak 13 senyawa yang menunjukkan bahwa energi bebas yang
dimiliki lebih negatif dari favipiravir (∆G < -5.6). Dan pada hasil penambatan senyawa–
senyawa bioaktif pada Ocimum Basilicum L terhadap reseptor biding domain kompleks
dengan reseptor ACE (6VW1) didapatkan hasil sebanyak 24 senyawa yang
menunjukkan bahwa energi bebas yang dimiliki lebih negatif dari favipiravir (∆G < -
5.1). Dan dari hasil analisis terdapat 12 senyawa Ocimum Basilicum L yang ditambatkan
terhadap ke tiga drug target dan interaksinya lebih baik dari senyawa pembanding
(klorokuin dan favipiravir), diantaranya diantaranya α-Amorphene, α-Copaene, α-
Cubebene, α-Humulene, β-caryophyllene, β-Cubebene, β-Elemene, Bicyclogermacrene, cis-
Calamene, δ-Cadinene, δ-Guaiene, Germacrene D.
Dari hasil penambatan terdapat satu senyawa bioaktif pada Ocimum Basilicum L
yang memiliki energi bebas lebih baik dibandingkan klorokuin, remdesivir dan
favipiravir yaitu β – ocimene. Energi bebas yang dibentuk yaitu (-7.8 kkal/mol) terhadap
protease SARS-CoV-2 (6LU7) dan (-8.5 kkal/mol) terhadap RNA-dependent RNA
polimerase SARS-CoV-2 (6M71). Namun senyawa β – ocimene afinitasnya tidak lebih
baik dari lopinavir yang memiliki hasil penambatan lebih baik terhadap ke 3 drug target,
dengan nilai energi bebas masing-masing (-8,6 kkal/mol (6LU7), -8,9 kkal/mol (6M71),
dan -9,6 kkal/mol (6VW1)).
Energi bebas dipengaruhi oleh perubahan entalfi dan entrofi (Garrett M. Morris et
al., 1998), yang dapat diartikan bahwa afinitas ikatan yang terjadi tidak lepas dari
pengaruh interaksi molekul-molekul yang terdapat pada permukaan ligan dan reseptor
SARS-CoV-2, ikatan yang terbentuk yaitu berupa ikatan hidrogen ataupun ikatan lain
yang saling mempengaruhi seperti interaksi van der Waals dan interaksi-interaksi yang
lainnya. Semakin banyak interaksi yang terjadi maka akan semakin kuat juga afinitas
ikatan yang terbentuk antara ligan dengan reseptor (Bernaldez et al.,2018).
Interaksi yang terjadi antara reseptor protease SARS-CoV-2 dengan ligan dianalisa
dengan menggunakan perangkat lunak Discovery Studio 2020. Perangkat lunak ini dipilih
selain penggunaannya yang free, juga dapat memvisualisasikan interaksi baik secara 2
dimensi maupun visualisasi 3 dimensi (Aziz, 2020).
53
Data seluruh hasil penambatan senyawa-senyawa bioaktif Ocimum Basilicum L
terhadap resptor protease SARS-CoV-2 ini disajikan pada lampiran tabel 4 dan tabel 8.
Interaksi yang terbentuk antara ligan dengan reseptor berkontribusi dalam peningkatan
afinitas ikatan yang terjadi (Bernaldez et al. 2018).
G. Hasil analisis druglikeness
Dalam kaitannya sebagai kandidat obat, tidak hanya ditentukan oleh afinitas serta
ikatan yang terjadi antara ligan dengan reseptor (drug target), namun perlu diperhatikan
juga sifat-sifat fisikokimia senyawa tersebut untuk menilai dan memperkirakan proses
ADME (Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, Eksresi) dari kandidat obat (Price, 2009).
Penelusuran sifat fisikokimia dan druglikeness dari senyawa pembanding dan
ligan uji dilakukan menggunakan webtools Swiss ADME
(http://www.swissadme.ch/index.php) dan hasilnya disajikan pada Tabel 8 dan Tabel 9.
Tabel 8. Perbandingan sifat fisikokimia klorokuin, remdesivir, favipiravir, lopinavir

dengan senyawa-senyawa bioaktif ocimum basilicum L.
Bobo
t
No Senyawa molek Akseptor Donor TPSA
Log P
ul HB HB (Å²)
(g/mol)
1 Klorokuin 319,87 2 1 4,15 28,16
2 Remdesivir 602,58 12 4 1,53 213,3
6
3 Favipiravir 157,10 4 2 -0,27 88,84
4 Lopinavir 628,80 5 4 4,53 120,0
0
5 α - amorphene 204,35 0 0 4,07 0,00
6 α - copaene 204,35 0 0 4,30 0,00
7 α – cubebene 204,35 0 0 4,31 0,00
8 α – guaiene 204,35 0 0 4,30 0,00
9 α – humulene 204,35 0 0 4,26 0,00
10 α - pinene 136,23 0 0 3,44 0,00
11 α – terpineol 154,25 1 1 2,58 20,23
12 β – caryophyllene 204,35 0 0 4,24 0,00

13 β – cubebene 204,35 0 0 4,40 0,00
14 β – elemene 204,35 0 0 4,65 0,00
54
Bobo
t
No Senyawa molek Akseptor Donor TPSA
Log P
ul HB HB (Å²)
(g/mol)
15 β – farnesene 204,35 0 0 4,97 0,00
16 β – ocimene 136,23 0 0 3,40 0,00
17 β – pinene 136,23 0 0 3,42 0,00
18 Bicyclogermacren 204,35 0 0 4,14 0,00
e
19 Borneol 154,25 1 1 2,42 20,23
20 Camphor 152,23 1 0 2,37 17,07
21 Cis-calamenene 202,34 0 0 4,57 0,00
22 Cis-sabinene 136,25 0 0 3,42 0,00
hydrate
23 δ - cadinene 204,35 0 0 4,14 0,00
24 δ - guaiene 204,35 0 0 4,30 0,00
25 eugenol 164,20 2 1 2,25 29,46
26 germacrene D 204,35 0 0 4,30 0,00
27 linalool 154,35 1 1 2,66 20,23
28 linalyl propionate 210,31 2 0 3,61 26,30
29 methyleugenol 178,23 2 0 2,58 18,46
30 myrcene 136,23 0 0 3,43 0,00
31 nerol 154,25 1 1 2,78 20,23
32 sabinene 136,23 0 0 3,25 0,00
Sifat fisikokimia suatu senyawa sangat penting karena dapat dengan cepat
memperkirakan proses farmakokinetik (ADME) terutama pada penyerapan atau absorpsi
senyawa obat oleh tubuh (Daina et al.,2017). ADME mencakup proses absorpsi obat oleh
tubuh (absorption), distribusi obat dalam tubuh (distribution), metabolisme obat di dalam
tubuh (metabolism) dan pengeluaran obat dari tubuh (excretion) (Doogue & Polasek,
2013). Suatu senyawa dikatakan memiliki permeabilitas tinggi apabila memenuhi 2
kriteria atau lebih dari aturan Lipinski, yaitu pertama bobot molekul tidak lebih dari 500
Dalton, koefesien partisi oktanol/air (Log P) kurang dari 5, donor ikatan hidrogen tidak
lebih dari 5, dan akseptor ikatan hidrogen tidak lebih dari 10 ( CA, 2001 ; Benet et
al.,2016).
55
Dari Tabel 8 dihitung penyimpangan aturan Lipinski masing-masing senyawa,
baik senyawa pembanding maupun senyawa aktif Ocimum Basilicum L (tabel 9).
Tabel 9. Sifat druglikeness senyawa-senyawa pembanding dan senyawa-senyawa
bioaktif ocimum basilicum L
Kelarutan Penyimpangan Skor

No Senyawa (Log S) hukum Bioavailabilitas
Lipinski
1 Klorokuin -4,55 0 0,55
2 Remdesivir -4,12 2 0,17
3 Favipiravir -0,80 0 0,55
4 Lopinavir -6,64 1 0,55
5 α - amorphene -3,61 1 0,55
6 α - copaene -3,86 1 0,55
7 α – cubebene -3,86 1 0,55
8 α – guaiene -3,93 1 0,55
9 α – humulene -3,97 1 0,55
10 α - pinene -3,51 1 0,55
11 α – terpineol -2,87 0 0,55
12 β – caryophyllene -3,87 1 0,55

13 β – cubebene -4,01 1 0,55
14 β – elemene -4,76 1 0,55
15 β – farnesene -4,44 1 0,55
16 β – ocimene -3,17 0 0,55
17 β – pinene -3,31 1 0,55
18 Bicyclogermacrene -3,72 1 0,55
19 Borneol -2,51 0 0,55
20 Camphor -2,16 0 0,55
21 Cis-calamenene -4,55 1 0,55
22 Cis-sabinene -3,09 1 0,55
hydrate
23 δ - cadinene -3,43 1 0,55
24 δ - guaiene -3,95 1 0,55
25 eugenol -2,46 0 0,55
26 germacrene D -4,03 1 0,55
27 linalool -2,40 0 0,55
28 linalyl propionate -3,45 0 0,55
29 methyleugenol -2,61 0 0,55
56
Kelarutan Penyimpangan Skor
No Senyawa (Log S) hukum Bioavailabilitas
Lipinski
30 myrcene -3,05 0 0,55
31 nerol -2,78 0 0,55
32 sabinene -2,57 1 0,55
Dari hasil analisis sifat-sifat fisikokimia dan druglikeness (Tabel 8 dan 9), tampak
bahwa keempat senyawa pembanding memiliki permeabilitas yang tinggi dan memiliki
sifat druglikeness yang baik. Permeabilitas yang tinggi berpengaruh pada proses eksresi,
makin tinggi permeabilitas suatu zat, maka akan lebih mudah diekskresikan, sedangkan
permeabilitas itu sendiri dipengaruhi oleh sifat fisikokimia zat (Benet et al., 2016).
57
BAB IV. KESIMPULAN DAN SARAN
A. Kesimpulan
Dari hasil penelitian yang dilakukan dapat disimpulkan beberapa hal sebagai
berikut:
1. Empat senyawa pembanding yang digunakan dalam penelitian ini (klorokuin,

remdesivir, fapipiravir, dan lopinavir), yang memiliki afinitas paling kuat
terhadap ketiga drug target (main protease SARS-CoV-2, RNA-dependent
RNA polymerase, dan protein SARS-CoV-2 chimeric receptor-binding
domain dari spike protein yang fungsinya berikatan dengan reseptor ACE-2)
adalah lopinavir dengan energi ikat berturut-turut sebesar -8,6 kkal/mol, -8,9
kkal/mol, dan -9,6 kkal/mol, diikuti oleh remdesivir dengan energi ikat
berturut-turut sebesar -6,9 kkal/mol, -7,9 kkal/mol, dan -8,1 kkal/mol.
2. 28 senyawa bioaktif tumbuhan Ocimum Basilicum yang diuji terhadap main

protease SARS-CoV-2 didapatkan hasil sebanyak 15 senyawa yang
menunjukkan bahwa energi bebas yang dimiliki lebih negatif dari klorokuin
(∆G < -5.1).
3. 28 senyawa bioaktif tumbuhan Ocimum Basilicum L. yang diuji, terdapat 13

senyawa yang memiliki afinitas terhadap RNA-dependent RNA polimerase
SARS-CoV-2 (6M71) yang menunjukkan bahwa energi bebas yang dimiliki
lebih negatif dari favipiravir (∆G < -5.6), yaitu
4. Pada penambatan dengan drug target chimeric receptor-binding domain

SARS-CoV-2 (6VW1), tidak terdapat satupun senyawa dari ocimum
basilicum L yang memiliki energi bebas lebih rendah dibandingkan dengan 2
senyawa pembanding terbaik (remdesivir, dan lopinavir). Β-elemene (-6,6
kkal/mol) dengan RMSD (Root Mean Square Deviation) 0 (nol) sebagai
senyawa yang interaksinya cukup baik terhadap main protease SARS-COV-2
(6LU7) dan terhadap RNA-dependent RNA polymerase SARS-CoV-2
(6M71), namun Β-elemene tidak lebih baik dibandingkan dengan 2 senyawa
pembanding terbaik remdesivir (-8,1 kkal/mol) dan lopinavir (-9,4 kkal/mol)
58
dengan RMSD (Root Mean Square Deviation) 0 (nol).
5. 28 senyawa ocimum basilicum L yang di uji dengan ketiga drug target terdapat
1 senyawa yang energi ikatnya lebih rendah terhadap main protease SARS-
COV-2 dibandingkan ketiga senyawa pembanding yang digunakan
(klorokuin, favipiravir, dan remdesivir) namun tidak melebihi kekuatan
interaksi lopinavir yaitu senyawa Beta elemene (-7,8 kkal/mol).
B. Saran
Disarankan untuk melakukan uji lanjutan, baik in vitro maupun in vivo terhadap
kandidat obat potensial hasil uji in silico dalam penelitian ini.
59
DAFTAR PUSTAKA
Artinda, S. A. (2016). Kajian Docking 3- [( Asetiloksi ) Metil ] -7- [( 4-Hidroksi-3-

Metoksifenil ) Metilidin ] Amino ] -8-Okso-5-Thia- Menggunakan Dock6 Skripsi
Diajukan untuk memenuhi salah satu syarat mencapai derajat Sarjana Farmasi ( S .
Farm ) pada Fakultas Farmasi Unive. Universitas Muhammadiyah Surakarta.
Aziz, H. A. (2020). Studi In Silico Aktivitas Penghambatan Senyawa Turunan Kuersetin
Terhadap Protease Hiv-1. Universitas Nasional.
Benet, L. Z., Hosey, C. M., Ursu, O., & Oprea, T. I. (2016). BDDCS, the Rule of 5 and
drugability. Advanced Drug Delivery Reviews, 101, 89–98.
https://doi.org/10.1016/j.addr.2016.05.007
Berlian, Z., Aini, F., & Lestari, W. (2016). AKTIVITAS ANTIFUNGI EKSTRAK
DAUN KEMANGI ( Ocimum americanum L .) TERHADAP FUNGI Fusarium
oxysporum Schlecht . Jurnal Biota, 2(1), 99–105.
Bernaldez, M. J. A., Billones, J. B., & Magpantay, A. (2018). In silico analysis of binding
interactions between GSK983 and human DHODH through docking and molecular
dynamics. AIP Conference Proceedings, 2045(December).
https://doi.org/10.1063/1.5080886
Daina, A., Michielin, O., & Zoete, V. (2017). SwissADME: A free web tool to evaluate
pharmacokinetics, drug-likeness and medicinal chemistry friendliness of small
molecules. Scientific Reports, 7(March), 1–13. https://doi.org/10.1038/srep42717
Doogue, M. P., & Polasek, T. M. (2013). The ABCD of clinical pharmacokinetics.
Therapeutic Advances in Drug Safety, 4(1), 5–7.
https://doi.org/10.1177/2042098612469335
Duhovny, D. S., & J.Wolfson, H. (2020). Modeling of Multimolecular Complexes in
Structural Bioinformatics Methods and Protocols. In Z. Gaspari (Ed.), Methods in
Molecular Biology (Vol. 2112). https://doi.org/10.1007/978-1-0716-0270-6_3
Ekins, S., Mestres, J., & Testa, B. (2007). In silico pharmacology for drug discovery:
Methods for virtual ligand screening and profiling. British Journal of Pharmacology,
152(1), 9–20. https://doi.org/10.1038/sj.bjp.0707305
Ferencz, L., & Muntean, D. L. (2015). Identification of new superwarfarin-type
60
rodenticides by structural similarity. The docking of ligands on the vitamin K
epoxide reductase enzyme’s active site. Acta Universitatis Sapientiae, Agriculture
and Environment, 7(1), 108–122. https://doi.org/10.1515/ausae-2015-0010
Gao, Y., Yan, L., Huang, Y., Liu, F., Zhao, Y., Cao, L., … Rao, Z. (2020). Structure of
the RNA-dependent RNA polymerase from COVID-19 virus. Science, 368(6492),
779–782. https://doi.org/10.1126/science.abb7498
Garrett M. Morris, Goodsell, D. S., Halliday, R. S., Huey, R., Hart, W. E., Belew, R. K.,
& Olson, A. J. (1998). Automated docking using a Lamarckian genetic algorithm
and an empirical binding free energy function. Journal of Computational Chemistry,
19(14), 1639–1662. Retrieved from %5C
Griffin, J. W. D. (2020). SARS-CoV and SARS-CoV-2 main protease residue interaction
networks change when bound to inhibitor N3. Journal of Structural Biology, 211(3),
107575. https://doi.org/10.1016/j.jsb.2020.107575
Handayani, D., Hadi, D. R., Isbaniah, F., Burhan, E., & Agustin, H. (2020). Penyakit
Virus Corona 2019. Jurnal Respirologi Indonesia, 40(1), 9–12.
Hillen, H. S., Kokic, G., Farnung, L., Dienemann, C., Tegunov, D., & Cramer, P. (2020).
Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase. Nature, 584(7819), 154–156.
https://doi.org/10.1038/s41586-020-2368-8
Jin, Z., Du, X., Xu, Y., Deng, Y., Liu, M., Zhao, Y., … Yang, H. (2020). Structure of
Mpro from SARS-CoV-2 and discovery of its inhibitors. Nature, 582(7811), 289–
293. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2223-y
Kindangen, O. C., Yamlean, P. V. Y., & Wewengkang, D. S. (2018). Formulasi Gel
Antijerawat Ekstrak Etanol Daun Kemangi (Ocimum Basilicum L.) Dan Uji
Aktivitasnya Terhadap Bakteri Staphylococcus Aureus Secara in Vitro. Pharmacon,
7(3), 283–293. https://doi.org/10.35799/pha.7.2018.20505
Larasati, D. A., & Apriliana, E. (2016). Efek Potensial Daun Kemangi (Ocimum
basilicum L.) sebagai Pemanfaatan Hand Sanitizer. Majority, 5(5), 124–129.
Retrieved from
http://webcache.googleusercontent.com/search?q=cache:YrD2YlWQUfEJ:juke.ke
dokteran.unila.ac.id
Lin, L. T., Hsu, W. C., & Lin, C. C. (2014). Antiviral natural products and herbal
61
medicines. Journal of Traditional and Complementary Medicine, 4(1), 24–35.
https://doi.org/10.4103/2225-4110.124335
Manasika, A. (2014). Uji aktivitas Antidiabetes Ekstrak Etanol Daun Kemangi (Ocimum
basilicum L.) pada Mencit Jantan Galur BALB-C yang diInduksi Aloksan. Fakultas
Farmasi Universitas Jember.
Nurfitriyana, F. (2010). Penambatan Molekuler Beberapa Senyawa Xanton Dari
Tanaman. 1–104.
Nurhaliza, S. (2019). Daun Kemangi ( Ocimum Basilicum L . ) Terhadap Tikus Kalium
Oksonat, Fakultas Farmasi Universitas Sriwijaya.
Ounthaisong, U., & Prasan Tangyuenyongwatana. (2018). Thai Journal of
Pharmaceutical Sciences ( TJPS ). Thai Journal of Pharmaceutical Sciences,
42(supplement), 93–97. Retrieved from
http://www.tjps.pharm.chula.ac.th/proceedings/backend/proceeding_file/24_PN_F
P_Sukanya Settharaksa (102-106).pdf
Pattanayak, P., Behera, P., Das, D., & Panda, S. (2010). Ocimum sanctum Linn. A
reservoir plant for therapeutic applications: An overview. Pharmacognosy Reviews,
4(7), 95–105. https://doi.org/10.4103/0973-7847.65323
Pradiana, M. (2019). Studi in silico aktivitas penghambatan in silico senyawa Turunan
kuersetin terhadap her-2. i Universitas Nasional Jakarta.
Priatna, M., Sukmawan, Y. P., & Suhendy, H. (2018). Antidepressant Activity of Some
Fractions of the Basil Leaves ( Ocimum basilicum L .) on the Swiss Webster Male
Mice ( Aktivitas Antidepresi Beberapa Fraksi Daun Selasih ( Ocimum basilicum L
.) pada Mencit Jantan Galur Swiss Webster ). Journal Ilmu Kefarmasian Indonesia,
16(2), 188–193.
Price, D. A., Blagg, J., Jones, L., Greene, N., & Wager, T. (2009). Physicochemical drug
properties associated with in vivo toxicological outcomes: A review. Expert Opinion
on Drug Metabolism and Toxicology, 5(8), 921–931.
https://doi.org/10.1517/17425250903042318
Ratnawati, D., Manaf, S., & Sari, Y. N. (2016). Aktivitas Larvasida Ekstrak Metanol
Daun Selasih ( Ocimum basilicum ) Terhadap Larva Nyamuk Aedes aegypti. Jurnal
Gradien, 12(2), 1181–1186.
62
Romeilah, R. M., Fayed, S. A., & Mahmoud, G. I. (2010). Chemical compositions,
antiviral and antioxidant activities of seven essential oils. Journal of Applied
Sciences Research, 6(1), 50–62.
Setia, T. M., Ruslan, H., Mangunjaya, F. M., & Wicaksono, G. (2014). mengungkap
Keanekaragam Hayati di Masa Pandemi COVID-19. In Paper Knowledge . Toward
a Media History of Documents. Jakarta: Lembaga Penerbitan Universitas Nasional
(LPU-UNAS).
Shang, J., Ye, G., Shi, K., Wan, Y., Luo, C., Aihara, H., … Li, F. (2020). Structural basis
of receptor recognition by SARS-CoV-2. Nature, 581(7807), 221–224.
https://doi.org/10.1038/s41586-020-2179-y
Susilo, A., Rumende, C. M., Pitoyo, C. W., Santoso, W. D., Yulianti, M., Herikurniawan,
H., … Yunihastuti, E. (2020). Coronavirus Disease 2019: Tinjauan Literatur Terkini.
Jurnal Penyakit Dalam Indonesia, 7(1), 45. https://doi.org/10.7454/jpdi.v7i1.415
Warsi, & Puspitasari, G. (2017). Aktivitas Antioksidan Ekstrak Etanol dan Fraksi Etil
Asetat Daun Kemangi (Ocimum basilicum L.) dengan Metode Fosfomolibdat.
Jurnal Farmasi Dan Ilmu Kefarmasian Indonesia, 4(2), 67–73.
World Health Organization. (2020). Virtual Press Conference on COVID-19 11 March
2020. World Health Organization, (March).
Wikipedia 2021
Yuniar, R. W. (2020). Uji Coba Plasma Darah penyitas Covid-19 sudah dimulai di
Indonesia, namun bukan sebagai Pengobatan Massal. Retrieved from BBC News
website: https://www.bbc.com/indonesia/indonesia-524409
Zahra, S., & Iskandar, Y. (2017). Farmaka Farmaka. Farmaka Journal, 15(3), 143–152.
Zhou, M., Zhang, X., & Qu, J. (2020). Coronavirus disease 2019 (COVID-19): a clinical
update. Frontiers of Medicine, 4585–4596. https://doi.org/10.1007/s11684-020-
0767-8
63
LAMPIRAN
64
Lampiran 1. Singkatan Asam Amino
No Singkatan Asam Amino
1 Asn Asparagine
2 Gly Glycine
3 Leu Leucine
4 Ala Alanine
5 Asp Aspartic Acid
6 Val Valine
7 Ile Isoleucine
8 Thr Threonine
9 Pro Proline
10 Arg Arginine
11 Lys Lysine
12 Trp Tryptophan
13 Gln Glutamine
65
Lampiran 2. Interaksi pada setiap ligan (ligan asli (6LU7 dan ligan uji)
α - copaene
α - amorphene
α-cubebene α – guaiene
α – humulene α – terpineol
66
β – cubebene
β – caryophyllene
β – farnesene
β – elemene
β – ocimene β – pinene
67
Bicyclogermacrene Borneol
Camphor Cis-calamenene
Cis-sabinene hydrate
δ - cadinene
68
δ - guaiene
eugenol
germacrene D linalool
linalyl propionate methyleugenol
69
myrcene nerol
sabinene α-pinene
70
Lampiran 3. Interaksi pada setiap ligan (ligan asli (6M71 dan ligan uji)
α - copaene
α - amorphene
α – humulene α – terpineol
71
β – cubebene
β – caryophyllene
β – farnesene
β – elemene
72
bicyclogermacrene borneol
Camphor
Cis-calamenene
δ - cadinene
73
δ - guaiene
eugenol
methyleugenol
linalyl propionate
74
myrcene nerol
sabinene α-pinene
75
Lampiran 4. Interaksi pada setiap ligan (ligan asli (6VW1 dan ligan uji)
α - amorphene α - copaene
α – terpineol
α – humulene
76
β – caryophyllene β – cubebene
β – farnesene
β – elemene
77
bicyclogermacrene borneol
Camphor Cis-calamenene
δ - cadinene
78
δ - guaiene eugenol
linalyl propionate methyleugenol
79
myrcene nerol
sabinene α-pinene
80

Reza Hafidz Irawan 163112620120070-Dikonversi

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Reza Hafidz Irawan 163112620120070-Dikonversi

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

INTERAKSI SENYAWA-SENYAWA BIOAKTIF DALAM

TUMBUHAN SELASIH (Ocimum basilicum L.) DENGAN

INTERACTION OF BIOACTIVE COMPOUNDS IN Ocimum basilicum

SKRIPSI SARJANA SAINS

REZA HAFIDZ IRAWAN

Skripsi, Jakarta September 2021

x + 57 halaman, 9 tabel, 7 gambar, 2 lampiran

Kata kunci : Ocimum basilicum L, Covid-19, druglikeness, in silico, SARS-

INTERAKSI SENYAWA-SENYAWA BIOAKTIF DALAM

SARJANA SAINS DALAM BIDANG BIOLOGI

REZA HAFIDZ IRAWAN

Nama Mahasiswa : Reza Hafidz Irawan

Nomor Pokok : 163112620120070

Pembimbing Pertama Pembimbing Kedua

Prof. Dr. Ernawati Sinaga, MS.Apt. Dr. Vivitri Dewi Prasasty

Dr. Tatang Mitra Setia, M.Si

Tanggal Lulus: 16 September 2021

Jakarta, September 2021

KATA PENGANTAR .......................................................................................................v

Gambar 1. Protease utama SARS-CoV-2 ........................................................................11

Tabel 1. Senyawa-senyawa aktif Ocimum basilicum L. yang diuji ...................................5

Lampiran 1. Singkatan Asam Amino ..............................................................................65

Pada akhir Desember 2019 terkonfirmasi 5 kasus pneumonia di Wuhan Provinsi

A. Waktu Dan Tempat Penelitian

No Nama Ligan Kode Ligan Struktur Ligan

18 Cis-sabinene hydrate 101629935

24 linalyl propionate 61098

3. Definisi Operasional Variabel (DOV)

Tabel 2. Definisi Operasional Variabel (DOV)

No Variabel DOV Sumber

Senyawa klorokuin, remdesivir, PDB

Gambar 1. Protease utama SARS-CoV-2

2. Pencarian dan pengunduhan struktur senyawa-senyawa bioaktif tumbuhan

Nama Ligan Kode ligan Struktur ligan

b. Pemisahan reseptor protease SARS-CoV-2 dengan ligan asli

Gambar 4. Program PyRx-Autodock Vina

Secara keseluruhan, rangkaian kegiatan penelitian disajikan pada Gambar 5.

Pemisahan reseptor protease

Gambar 5. Skema Penelitian

A. Hasil pencarian dan pengunduhan makromolekul drug target SARS-CoV-2

C. Hasil pengunduhan struktur senyawa-senyawa pembanding

D. Validasi Penambatan Molekul

Hasil validasi penambatan terhadap kontrol (klorokuin, remdesivir, favipiravir,

Tabel 4. Hasil validasi penambatan terhadap kontrol (klorokuin, remdesivir, favipiravir,

Drug Ligan Energi Konstanta Ikatan Ikatan

Dari keempat senyawa pembanding yang diuji, lopinavir menunjukkan interaksi

Interaksi yang terjadi antara senyawa-senyawa pembanding (klorokuin, remdesivir,

Drug Ligan Interaksi

a. Klorokuin: Interaksi yang diperoleh pada penambatan klorokuin dengan

b. Remdesivir: Interaksi yang diperoleh pada penambatan remdesivir

c. Favipiravir: Interaksi yang diperoleh pada penambatan favipiravir

d. Lopinavir: Interaksi yang diperoleh pada penambatan lopinavir dengan

a. Klorokuin: Interaksi yang diperoleh pada penambatan klorokuin dengan SARS-

b. Remdesivir: Interaksi yang diperoleh pada penambatan remdesivir dengan

c. Favipiravir: Interaksi yang diperoleh pada penambatan favipiravir dengan SARS-

d. Lopinavir: Interaksi yang diperoleh pada penambatan lopinavir dengan SARS-

a. Klorokuin: Interaksi yang diperoleh pada penambatan klorokuin dengan protein

b. Remdesivir: Interaksi yang diperoleh pada penambatan remdesivir dengan

c. Favipiravir: Interaksi yang diperoleh pada penambatan favipiravir dengan protein

d. Lopinavir: Interaksi yang diperoleh pada penambatan lopinavir dengan protein

Dari hasil pencarian struktur senyawa-senyawa kandungan tumbuhan selasih

Tabel 6. Struktur Senyawa Ocimum Basilicum L, (ZiNC dan PubChem)

Drug Energi bebas Ki

Hasil penambatan terhadap 28 senyawa-senyawa ocimum basilicum L dengan ketiga