Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

Jurnal Autoimunitas 126 (2022) 102779

Daftar isi tersedia di SainsLangsung

Jurnal Autoimunitas

beranda jurnal: www.elsevier.com/locate/jautimm

Varian Omicron SARS-CoV-2: Fitur unik dan dampaknya terhadap antibodi yang
sudah ada sebelumnya

Saathvik R. Kannan sebuah, Austin N. Spratt sebuah, Kalicharan Sharma B, Hitendra S. Chand C,
Siddappa N. Byrareddy D,e, F,G,*, Kamal Singh sebuah,B,G,H,**
sebuah Pusat Ilmu Hayati Bond, Universitas Missouri, Columbia, MO, AS
B Delhi Pharmaceutical Sciences and Research University, New Delhi, India
C Departemen Imunologi dan Nano-Kedokteran, Fakultas Kedokteran Herbert Wertheim, Universitas Internasional Florida, Miami, FL, 33199, AS
D Departemen Farmakologi dan Ilmu Saraf Eksperimental, Pusat Medis Universitas Nebraska, Omaha, NE, AS
e Departemen Genetika, Biologi Sel dan Anatomi, Pusat Medis Universitas Nebraska, Omaha, NE, AS
F Departemen Biokimia dan Biologi Molekuler, University of Nebraska Medical Center, Omaha, NE, USA

G Divisi Mikrobiologi Klinis, Departemen Kedokteran Laboratorium, Institut Karolinska, Stockholm, Swedia

H Departemen Patobiologi Veteriner, University of Missouri, Columbia, MO, USA

INFO ARTIKEL ABSTRAK

Kata kunci: Virus Corona Pernafasan Akut Parah (SARS-CoV-2) telah muncul dalam bentuk varian yang berbeda sejak pertama
B.1.1.529 kali muncul pada awal Desember 2019. Varian baru yang menjadi perhatian (VOC) bernama varian Omicron
varian Omikron (B.1.1.529) dilaporkan baru-baru ini. Varian ini memiliki sejumlah besar mutasi pada protein S. Hingga saat ini, ada
SARS-CoV-2
informasi terbatas tentang varian Omicron. Di sini kami menyajikan analisis distribusi mutasi, hubungan evolusioner
COVID-19
Omicron dengan varian sebelumnya, dan kemungkinan dampak struktural mutasi pada pengikatan antibodi.
Varian
Analisis kami menunjukkan adanya 46 mutasi prevalensi tinggi khusus untuk Omicron. Dua puluh tiga di antaranya
terlokalisasi dalam protein spike (S) dan sisanya terlokalisasi pada 3 protein struktural virus lainnya, amplop (E),
membran (M), dan nukleokapsid (N). Analisis filogenetik menunjukkan bahwa Omikron berkerabat dekat dengan
varian Gamma (P.1). Analisis struktural menunjukkan bahwa beberapa mutasi terlokalisasi ke wilayah protein S yang
merupakan target utama antibodi, menunjukkan bahwa mutasi pada varian Omicron dapat mempengaruhi afinitas
pengikatan antibodi terhadap protein S.

Sindrom Pernafasan Akut Parah Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), patogen
penyebab Penyakit Coronavirus 19 (COVID-19), pertama kali muncul di kota
Wuhan di Cina hampir dua tahun lalu [1]. SARS-CoV-2 adalah virus RNA untai
positif dengan ~30 kb nukleotida yang mengkodekan 29 protein dari 15
kerangka baca terbuka (ORF) [2,3]. Seperti semua virus RNA, SARS-CoV-2
terus berevolusi melalui mutasi pada gen virus yang berbeda, mungkin
menghasilkan peningkatan penularan dan infektivitas seperti yang diamati
di antara varian terbaru yang menjadi perhatian (VOC). Contoh mencolok
adalah munculnya varian Delta yang menyebabkan lonjakan infeksi di
banyak bagian dunia, yang menyebabkan jutaan kausalitas [4].
Baru-baru ini, varian baru SARS-CoV-2 bernama Omicron telah dilaporkan.5–7
]. Awalnya diidentifikasi di Botswana (11 November 2021), varian Omicron dengan
cepat menyebar ke negara-negara tetangga, dan sekarang telah
telah ditemukan di setidaknya 26 negara di seluruh dunia, termasuk kasus
pertama yang dilaporkan di California, AS, pada 1 Desember 2021. Jumlah
mutasi yang belum pernah terjadi sebelumnya, terutama pada protein Spike
(S) varian Omicron, telah dikaitkan untuk penularan dan infektivitasnya yang
tinggi. Oleh karena itu, kami menganalisis urutan varian Omicron yang
tersedia dan data struktural pada protein Spike baik dalam bentuk apo atau
dalam kompleks dengan antibodi penawar untuk mendapatkan wawasan
tentang (i) prevalensi mutasi pada gen SARS-CoV-2, (ii ) koeksistensi mutasi
pada Spike dan gen virus lainnya, (iii) hubungan evolusioner dengan VOC
lain, dan (iv) kemungkinan dampak mutasi pada pengikatan antibodi ke
protein S.
Kami menggunakan urutan berkualitas tinggi dan lengkap (n = 77)
dari varian Omicron (B.1.1.529) yang diunduh dari repositori GISAID (26
November 2021) [8], dan memproses urutan menggunakan

* Penulis yang sesuai. Departemen Farmakologi dan Ilmu Saraf Eksperimental, Pusat Medis Universitas Nebraska, Omaha, NE, AS.
* * Penulis yang sesuai. Pusat Ilmu Hayati Bond, Universitas Missouri, Columbia, MO, AS. Alamat email:
sid.byrareddy@unmc.edu (SN Byraredy), singhka@missouri.edu (K.Singh).

https://doi.org/10.1016/j.jaut.2021.102779
Diterima 3 Desember 2021; Diterima dalam bentuk revisi 6 Desember 2021; Diterima 10 Desember 2021
Tersedia online 13 Desember 2021 0896-8411/© 2021 Elsevier
Ltd. Hak cipta dilindungi undang-undang.
SR Kannan dkk. Jurnal Autoimunitas 126 (2022) 102779

Gambar 1. Kelimpahan relatif (RA) dari mutasi varian tanda tangan Omicron. Panel A menunjukkan RA dari mutasi tanda tangan Spike dan mutasi lazim tinggi pada
OFR1a dan ORF1b. Panel B menunjukkan RA mutasi varian Omikron pada ORF1a dan ORF1b dan mutasi tanda tangan pada protein struktural E, M, dan N. Harap dicatat
ORF1b:P314L sesuai dengan mutasi nsp12 nsp12:P323L. Panel C menunjukkan hubungan filogenetik antara varian SARS-CoV-2 yang berbeda. Nomor identifikasi GISAID
untuk urutan yang digunakan di Panel B adalah sebagai berikut.1_Alfa hingga 10_Alfa: EPI_ISL_5803029, EPI_ISL_6000214, EPI_ISL_6026865, EPI_ISL_6027306,
EPI_ISL_6141708, EPI_ISL_6227805, EPI_ISL_6229383, EPI_ISL_6251101, EPI_ISL_6383583_ISL_6383583 1_Beta1 hingga 10_Beta: EPI_ISL_5053750, EPI_ISL_5274500,
EPI_ISL_5430264, EPI_ISL_5515861, EPI_ISL_5524663, EPI_ISL_6422293, EPI_ISL_6699711, EPI_ISL_6751445, EPI_ISL_6774033, EPI_ISL_6774035ISL_6; 1_Gamma sampai
10_Gamma: EPI_ISL_6121588, EPI_ISL_6121598, EPI_ISL_6121603, EPI_ISL_6569634, EPI_ISL_6689781, EPI_ISL_6689782, EPI_ISL_6689786, EPI_ISL_6689787, EPI_ISL_66897;
1_Delta ke 10_Delta: EPI_ISL_6739692, EPI_ISL_6739693, EPI_ISL_6761790, EPI_ISL_6763188, EPI_ISL_6769723, EPI_- ISL_6772657, EPI_ISL_6775864, EPI_ISL_6775870,
EPI_ISL_679520_68PI_679520_ 1_ Mu hingga 10_Mu: EPI_ISL_6526278, EPI_ISL_6526285, EPI_ISL_6569586, EPI_ISL_6569593, EPI_ISL_6569599, EPI_ISL_6569609,
EPI_ISL_6569625, EPI_ISL_6569673, EPI_ISL_66ISL15_66PI_66_ISL 1_Omikron hingga 10_ Omikron: EPI_ISL_6752026, EPI_ISL_6774086, EPI_ISL_6699747, EPI_ISL_6699744,
EPI_ISL_6699751, EPI_ISL_6752027, EPI_ISL_6699728, EPI_ISL_6699764, EPI_ISL_6699734, EPI_6699734, EPI_ISL_6699764, EPI_ISL_6699734,

CLI Klade berikutnya [9] dan/atau skrip Python internal untuk
menghitung prevalensi mutasi. Mengingat mutasi dengan>Prevalensi
50% sebagai mutasi tanda tangan, total 30 mutasi (A76V, T95I, Y145del
, G339D, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R,
N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y,
N856K, Q954H, N969K, L981F, L212I, S371L, S373P, S375F, K417N)
diidentifikasi sebagai mutasi tanda tangan dalam varian Omicron. Dari
30 mutasi tanda tangan ini, 23 (berwajah tebal) unik untuk varian
Omicron,yaitu, mutasi ini tidak diidentifikasi dalam varian yang
dilaporkan sebelumnya. Selanjutnya, kami juga mengidentifikasi
sembilan mutasi tambahan pada gen lain yang>85% lazim di semua
urutan Omicron (n = 70). Mutasi tersebut adalah ORF1a:K856R,
ORF1a:L2084I, ORF1a:A2710T, ORF1a:T3255I, ORF1a:P3395H,
ORF1a:I3758V, ORF1b:P314L, ORF1b:I1566V, dan ORF9b:P10S. Dari
jumlah tersebut, hanya dua mutasi (ORF1a:T3255I atau nsp4:T492I dan
ORF1b: P314L atau nsp12:P323L) yang diamati pada varian Delta dan
Delta Plus yang hadir dengan prevalensi yang signifikan (>40%) [4].
Mutasi P323L di nsp12 telah berevolusi bersama dengan D614G [10,11].
Secara keseluruhan, hasil kami menunjukkan 46 mutasi unik pada gen
ORF1a, ORF1b, dan S dari varian Omikron SARS-CoV-2 yang lazim pada
frekuensi lebih dari 50%. Selain itu, kami mengidentifikasi mutasi E: T9I,
M:D3G, M:Q19E, M:A63T, N: P13L, N:R203K, dan N:G204R di hampir
semua sekuens yang dianalisis (yaitu, ~100% lazim).
Tiga puluh mutasi tanda tangan pada protein S digunakan untuk mengidentifikasi mutasi
yang berevolusi bersama dan prevalensinya di semua (n = 77) sekuens yang dianalisis. Kami
menghitung kelimpahan relatif menggunakan skrip Python internal untuk memeriksa apakah
mutasi yang disebutkan di atas telah berevolusi bersama. Seperti yang ditunjukkan padaGambar
1A, semua mutasi spesifik Omikron pada protein S tampaknya
telah berevolusi bersama. Selain itu, mutasi yang lazim tinggi pada gen
selain protein S juga tampaknya telah berevolusi bersama (Gambar 1B).
Selanjutnya, untuk menentukan hubungan evolusioner Omicron dengan
varian lain, kami secara acak memilih 10 urutan berkualitas tinggi dan
cakupan tinggi dari dataset kami (n = 77) dari Omicron dan diselaraskan
dengan urutan terbaru, berkualitas tinggi, cakupan tinggi dari Varian Alpha
(n = 10), Beta (n = 10), Gamma (n = 10), Delta (n = 10), dan Mu (n = 10)
menggunakan program MAFFT [12]. Analisis filogenetik menunjukkan
bahwa varian Omicron terkait erat dengan varian Gamma (P.1) (Gambar 1C)
yang muncul secara bersamaan di Brasil dan Jepang, seperti yang
dilaporkan di tempat lain [13]. Penting untuk dicatat bahwa beberapa
penelitian yang lebih baru menunjukkan bahwa protein Spike SARS-CoV-2
mungkin memiliki urutan penyisipan yang mungkin berasal dari coronavirus
lain atau turunan inang [14]. Temuan ini memiliki implikasi penting untuk
penggunaan reseptor yang berbeda untuk masuknya virus dan potensi
kegagalan antibodi untuk menetralisir varian baru ini. Jelas, studi tambahan
diperlukan untuk mengkonfirmasi temuan baru ini.
Kami selanjutnya memeriksa apakah mutasi pada varian Omicron akan
mempengaruhi pengikatan antibodi yang dihasilkan oleh infeksi atau
imunisasi sebelumnya. Kami menggunakan skrip R internal untuk mencari
Protein Data Bank (PDB) (www.rcsb.org) untuk struktur protein S yang akan
mempengaruhi pengikatan antibodi. Pada 1 Desember, total 194 struktur
protein S atau domain pengikat reseptor protein S (S-RBD) dalam kompleks
dengan antibodi/nanobodi telah disimpan di dalam PDB. Dari jumlah
tersebut, 81 struktur telah ditentukan oleh kristalografi sinar-X dan sisanya
dengan cryo-Electron Microscopy (cryo-EM). Kami memilih struktur kristal
antibodi IGHV3-53 dalam kompleks dengan SARS-CoV-2 S-RBD karena
struktur ini diselesaikan pada tingkat tinggi

2
SR Kannan dkk.
resolusi (1,71 ) (entri PDB 7JMP) [15] untuk menilai implikasi mutasi Omicron
S-RBD pada pengikatan antibodi. Alasan di balik pemilihan struktur ini
didasarkan pada fakta bahwa atom Cα dari S-RBD dari struktur ini ketika
ditumpangkan ke atom Cα dari S-RBD yang dikodekan oleh kandidat vaksin
Pfizer BNT162b1 (ditinggalkan untuk digunakan setelah uji klinis) dalam
kompleks dengan ACE-2 (berkas PDB 7L7F) [16] menghasilkan root-mean-
square-deviation (RMSD) sebesar 1,26 . Analisis kami menunjukkan bahwa
posisi 8 residu yang sesuai dengan mutasi tanda tangan varian Omicron
(T478, E484, Q493, G496, G446, Q498, N501, dan Y505) berada di antarmuka
S-RBD (dikodekan oleh BNT162b1)/ACE2 (Gambar 2.SEBUAH). 8 residu yang
identik (T478, E484, Q493, G496, G446, Q498, N501, dan Y505) juga terdapat
pada antarmuka kompleks S-RBD/IGHV3-53 (Gambar 2.B). Mutasi seperti
G446S, Q493R, dan G496S dapat menciptakan interferensi sterik untuk
pengikatan antibodi ke S-RBD, sedangkan mutasi seperti E484A dan Y505H
dapat mengakibatkan hilangnya interaksi dengan antibodi. Tampaknya hasil
akhir dari mutasi adalah berkurangnya afinitas antara S-RBD dan antibodi
yang mengikat domain ini, yang menunjukkan bahwa imunisasi yang sudah
ada sebelumnya mungkin tidak memberikan perlindungan yang diperlukan
dan optimal untuk mencegah infeksi oleh varian Omicron.
Kami juga menganalisis struktur cryo-EM dari antibodi penetral yang
diarahkan ke NTD dalam kompleks dengan glikoprotein lonjakan SARS-CoV-2
prefusi (entri PDB 7L2D) [15]. Kami memilih struktur ini karena RMSD antara atom
Cα dari domain pengikatan antibodi dari struktur ini dan atom Cα yang sesuai dari
protein S yang dikodekan oleh vaksin Pfizer BNT162b2 yang saat ini digunakan
(entri PDB 7L7K) [16] adalah 1,8 . Penting untuk dicatat bahwa struktur protein S
yang dikodekan BNT162b2 tidak termasuk antibodi terikat. Seperti yang
ditunjukkan padaGambar 2.C, Y145 membentuk interaksi hidrofobik dengan
residu antibodi A97 dan V98. Mutasi penghapusan (Y145del), seperti yang terlihat
pada varian Omicron, akan mengakibatkan hilangnya interaksi ini dan dengan
demikian mengurangi afinitas pengikatan antibodi yang sesuai. Khususnya,
Y145del berada di sekitar posisi di mana beberapa mutasi tanda tangan di Delta
dan Delta Plus telah
3
Jurnal Autoimunitas 126 (2022) 102779
Gambar 2. Distribusi posisi residu asam amino pada
antarmuka Spike/ACE atau Spike/antibodi. Panel A
menunjukkan distribusi residu asam amino yang
bermutasi dalam varian Omicron di kompleks yang
terbentuk antara S-RBD yang dikodekan oleh BNT162b1
dan ACE2. Angka ini telah dihasilkan oleh entri PDB
7L7F.Panel B menunjukkan posisi residu pada
antarmuka S-RBD dan antibodi IGHV3-53, di mana
mutasi pada varian Omicron telah diidentifikasi. Protein
S diberikan dalam pita hijau, sedangkan antibodi
diberikan dalam pita oranye dan biru muda. Residu
asam amino yang mewakili situs mutasi dalam varian
Omicron ditampilkan sebagai bola dan tongkat.Panel C
menunjukkan interaksi Y145 protein S dengan antibodi
(1–87) residu A97 dan V98. Mutasi penghapusan
(seperti yang terlihat pada varian Omicron) akan
membatalkan interaksi ini. Gambar ini juga
menunjukkan beberapa posisi residu pada protein S di
mana terdapat mutasi pada varian Delta dan Delta Plus.
Angka untuk Panel D dan E masing-masing dihasilkan
dari entri PDB 7JMP dan 7L2D. Di kedua panel, atom-
atom residu protein S berwarna hijau – karbon, biru –
nitrogen, dan merah – oksigen. Atom antibodi
berwarna oranye – karbon, biru – nitrogen, dan merah –
oksigen.
telah dilaporkan [4].
Singkatnya, dalam laporan ini, kami menunjukkan bahwa varian Omicron
memiliki banyak mutasi pada protein S. Mutasi ini berevolusi bersama
dengan mutasi di seluruh genom virus dengan prevalensi yang sangat tinggi
dan varian Omicron terkait erat dengan varian Gamma. Analisis struktural
menunjukkan bahwa mutasi yang diposisikan secara unik pada varian
Omicron dapat mengurangi pengikatan antibodi yang ada pada individu
yang disebabkan oleh infeksi sebelumnya atau setelah vaksinasi terhadap
virus SARS-CoV-2. Namun, analisis struktural kami terbatas pada antibodi
monoklonal dan dampaknya terhadap antibodi poliklonal masih harus
dianalisis.
Pernyataan penulis
SNB dan KS mengkonseptualisasikan penelitian ini; KS menulis draf
pertama, dan KS dan SNB mengedit naskah akhir. ANS, SRK, dan KS
melakukan analisis genetik, menulis program yang diperlukan baik dalam R
atau Python; KS melakukan analisis struktural kompleks Spike/antibodi; SNB,
dan HSC mengedit naskah dan berkontribusi untuk memahami
patogenisitas CoV. Semua penulis menyetujui naskah akhir.
ketersediaan data
Data akan tersedia berdasarkan permintaan.
ucapan terima kasih
Pekerjaan ini sebagian didukung oleh National Institute of Allergy and
Infectious Diseases grants R01 AI129745, R01 AI113883, dan DA052845
kepada SNB Selanjutnya, SNB mengakui pendanaan penelitian dan
pengembangan independen (IRAD) dari National Strategic Research
Institute (NSRI) di Universitas Nebraska . K. Singh sebagian didanai oleh
Bond Life Sciences Center (hibah Konsep Awal) dan oleh
SR Kannan dkk.
Institut Nasional Alergi dan Penyakit Menular (R37 AI076119). HSC dan
SNB mengakui dukungan dari Institut Nasional Alergi dan Penyakit
Menular (3R21AI144374-02S1). KS mengakui fasilitas komputasi Inti
Interaksi Molekuler di University of Missouri, Columbia, MO 65212.
Kami berterima kasih kepada laboratorium yang telah dengan murah
hati menyimpan urutan ke dalam basis data GISAID.
Referensi
[1] HA Rothan, SN Byrareddy, Epidemiologi dan patogenesis wabah penyakit
coronavirus (COVID-19), J. Autoimmun. 109 (2020), 102433.
[2] D. Kim, JY Lee, JS Yang, JW Kim, VN Kim, H. Chang, Arsitektur transkriptom SARS-
CoV-2, Sel 181 (2020) 914–921 e10.
[3] G. Mariano, RJ Farthing, SLM Lale-Farjat, JRC Bergeron, Karakterisasi struktural
SARS-CoV-2: di mana kita berada, dan di mana kita perlu berada, Front Mol Biosci
7 (2020), 605236.
[4] SR Kannan, AN Spratt, AR Cohen, SH Naqvi, HS Chand, TP Quinn, dkk., Analisis
evolusi varian Delta dan Delta Plus dari virus SARS-CoV-2, J. Autoimmun. 124
(2021), 102715.
[5] E. Callaway, Varian Omicron yang sangat bermutasi membuat para ilmuwan waspada, Nature 600
(2021) 21.
[6] I. Torjesen, Covid-19: Omicron mungkin lebih menular daripada varian lain dan sebagian
resisten terhadap vaksin yang ada, para ilmuwan takut, BMJ 375 (2021) n2943.
[7] SJ Gao, H. Guo, G. Luo, varian Omicron (B.1.1.529) dari SARS-CoV-2, peringatan kesehatan
masyarakat mendesak global, J. Med. virus. (2021).
Jurnal Autoimunitas 126 (2022) 102779
[8] S. Elbe, G. Buckland-Merrett, Data, penyakit dan diplomasi: kontribusi inovatif
GISAID untuk kesehatan global, Glob Chall 1 (2017) 33–46.
[9] J. Hadfield, C. Megill, SM Bell, J. Huddleston, B. Potter, C. Callender, dkk.,
Nextstrain: pelacakan evolusi patogen secara real-time, Bioinformatika 34
(2018) 4121–4123.
[10] SR Kannan, AN Spratt, TP Quinn, X. Heng, CL Lorson, A. Sonnerborg, dkk.,
Infektivitas SARS-CoV-2: ada yang lebih dari D614G? J. Neuroimun Pharmacol. 15
(2020) 574–577.
[11] B. Korber, WM Fischer, S. Gnanakaran, H. Yoon, J. Theiler, W. Abfalterer, et al.,
Melacak perubahan lonjakan SARS-CoV-2: bukti bahwa D614G meningkatkan
infektivitas virus COVID-19, Sel 182 (2020) 812–827 e19.
[12] K. Katoh, DM Standley, MAFFT beberapa perangkat lunak penyelarasan urutan versi
7: peningkatan kinerja dan kegunaan, Mol. Biol. Evolusi 30 (2013) 772–780.
[13] AN Spratt, SR Kannan, LT Woods, GA Weisman, TP Quinn, CL Lorson, dkk., Evolusi,
korelasi, dampak struktural, dan dinamika varian SARS-CoV-2 yang muncul,
Comput. Struktur. Bioteknologi. J.19 (2001) 3799–3809.
[14] A. Venkatakrishnan, P. Anand, P. Lenehan, R. Suratekar, B. Raghunathan, M.
J. Niesen, V. Soundararajan, Omikron Varian dari SARS-CoV-2 Memiliki Mutasi
Penyisipan Unik dari Virus atau Asal Genom Manusia yang Diduga, APA; MLA,
Chicago, 2021. 3 Desember.
[15] NC Wu, M. Yuan, H. Liu, CD Lee, X. Zhu, S. Bangaru, dkk., Mode Pengikatan
Alternatif Antibodi IGHV3-53 ke Domain Pengikatan Reseptor SARS-CoV-2,
bioRxiv, 2020.
[16] AB Vogel, I. Kanevsky, Y. Che, KA Swanson, A. Muik, M. Vormehr, dkk., vaksin
BNT162b melindungi kera rhesus dari SARS-CoV-2, Nature 592 (2021) 283–289.