1.

Pendahuluan
COVID-19 merupakan penyakit menular manusia parah sindrom pernapasan akut coronavirus 2
(SARS-CoV-2). WHO telah menyatakan bahwa penyakit virus ini sebagai pandemi. Gejala yang
disebabkan oleh infeksi COVID-19 diantaranya gangguan pernapasan akut seperti batuk kering,
demam, dan sesak napas. Masa inkubasi virus ini sekitar dua hingga 14 hari. Hingga saat ini, belum
ada obat khusus yang tersedia untuk mengobati dan mencegah COVID-19. Beberapa agen sedang
digunakan dalam uji klinis berdasarkan aktivitas in vitro terhadap SARS-CoV-2 terkait dengan
pengalaman klinis yang terbatas, namun efektivitas terapi untuk semua jenis obat belum ditetapkan.
Xu et al. [8] meneliti efektivitas atlizumab, obat imunosupresif dalam analisis retrospektif dengan
hasil yaitu penurunan demam, gambaran radiologis, kebutuhan oksigen, dan penurunan protein C-
reaktif. Bian et al. , dalam uji klinis berlabel terbuka (uji klinis add-on terkontrol serentak) dari
meplazumab, menemukan median waktu pembersihan virus, waktu pengosongan, dan waktu
perbaikan yang lebih baik. senyawa ligan protein ked, nelfinavir diprediksi menjadi kandidat obat
COVID 19 sebagai inhibitor potensial terbaik terhadap protease utama (M pro) [8]. Di sisi lain,
meskipun sedikit bukti tentang efektivitas klorokuin dan hidroksiklorokuin, kedua agen antimalaria
ini telah disetujui oleh Food and Drug Administration (FDA) untuk pengobatan darurat virus corona
[6].
Karena COVID-19 adalah penyakit baru dengan masalah kesehatan global yang parah, penelitian
masih diperlukan, termasuk menemukan rejimen terapi khusus untuk mengatasi morbiditas dan
mortalitas. (Tanaman merupakan salah satu sumber senyawa aktif obat yang telah banyak digunakan
untuk mengobati penyakit yang disebabkan oleh mikroba [10-14]. (Ada banyak senyawa bioaktif
tanaman dilaporkan memiliki aktivitas sebagai antijamur [15], antibakteri [16-18] ], dan antivirus
[19, 20].(Produk alami yang telah dilaporkan memiliki aktivitas antivirus dapat digunakan sebagai
titik awal dalam menemukan kandidat senyawa bioaktif potensial terhadap SARS-CoV-2. Docking
molekuler dapat digunakan untuk memprediksi bagaimana protein (reseptor) berinteraksi dengan
senyawa bioaktif (ligan) [21, 22] Beberapa penelitian sebelumnya telah dilakukan
untuk menyelidiki senyawa bioaktif pada tanaman yang berpotensi menghambat proliferasi virus
[23-25]. penapisan potensi senyawa bioaktif untuk menemukan kandidat obat atau pencegahan
infeksi virus, penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi beberapa senyawa bioaktif yang terdapat
pada beberapa tanaman yang dikenal masyarakat dengan pendekatan molekuler docking. (Hasil
penelitian ini diharapkan dapat menjadi salah satu acuan untuk penelitian selanjutnya dalam
menemukan rejimen spesifik untuk mengatasi COVID-19.

2. Bahan dan Metode

2.1. Penentuan Ligan. (Pemilihan senyawa turunan tumbuhan yang digunakan sebagai ligan dalam
docking) Proses dalam penelitian ini didasarkan pada percobaan in silico dan in vitro yang telah kami
dan peneliti lain lakukan sebelumnya pada aktivitas antivirus dari senyawa ini (informasi diperoleh
melalui pencarian perpustakaan digital. (senyawa ini adalah kina [26], nabiximols ( kombinasi
cannabidiol [27] dan tetrahydrocannabinol [28]), hesperidin [29, 30], rhoifolin [31], pectolinarin
[31], morin [32], epigallocatechin gallate [33, 34], herbacetin [31], etil cholate [35], kaempferol [36],
tangeretin [37], chalcone [38], nobiletin [39], bis (3, 5, 5-trimethylhexyl) ftalat [35], 6-gingerol [40,
41], 6 -shogaol [42], hydroxychloroquine sulfate [43], myristicin [44], dan eugenol [45]

2.2 Penentuan Reseptor Dua SARS-CoV -2 protein dipilih sebagai target penemuan obat: protease
utama (Mpro) (juga disebut 3C-like protease-3CLpro) (kode PDB: 6LU7) dan spike glikoprotein (S)
(kode PDB: 6VXX).
2.3. Persiapan Ligan dan Reseptor. (ree-dimensional (3D) struktur Mpro dari SARS-CoV-2 diambil
dari Protein Data Bank (http://www.rcsb.org//pdb) dalam format pdb (protein ini disajikan sebagai
reseptor dalam proses docking (berkas dibuka menggunakan BIOVIA Discovery Studio Visualizer
2020. Molekul air dan ligan yang masih menempel pada reseptor dihilangkan, dan reseptor disimpan
dalam format pdb. Menggunakan Autodock Tools ditambahkan atom hidrogen polar ke reseptor.
Selanjutnya, file disimpan dalam format pdbqt.
Struktur ligan diperoleh dari situs PubChem (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov).(Pencarian
dilakukan dengan memasukkan nama ligan dalam opsi pencarian. Setiap file ligan diunduh dan
disimpan. File dalam format sdf dikonversi ke pdb menggunakan Open Babel. (Format e pdb ligan
dibuka menggunakan Autodock Tools. Penyesuaian torsi dilakukan dengan mendeteksi root dan
menyesuaikan seperti yang diinginkan. (file e disimpan dalam format pdbqt. Properti a senyawa aktif
dihitung menggunakan aturan Lipinski lima yang dihitung pada pra diktor SWISSADME
(http://www.swissadme.ch/) [46].
 Ilmiah 3

2.4. Penentuan Situs Aktif. (Lokasi asam amino sebagai situs aktif di wilayah reseptor
tempat ligan ditambatkan ditentukan menggunakan Autodock Tools. Untuk alasan ini, peta
tiga dimensi kotak kotak dibuat di wilayah reseptor. (e penentuan peta ini) berdasarkan
jenis docking yang digunakan.Peta tiga dimensi dibuat selebar ukuran reseptor (spike glyco
protein) itu sendiri sehingga kemungkinan besar ligan dapat di-docking ke seluruh bagian
reseptor (blind docking). Dalam Mpro/ 3CLpro docking, peta tiga dimensi hanya seukuran
area yang akan dilabuhkan (targeted docking).

2.5. Validasi Struktur Kompleks Protein-Ligan Target. Validasi dilakukan dengan

melakukan redocking ligan native pada protein target, dimana ligan native terlebih dahulu
dipisahkan dari reseptor menggunakan BIOVIA Discovery Studio Visual izer 2020. Dalam
hal ini, reseptor Mpro (PDB ID: 6LU7) di-docking untuk dikokristalisasi. penghambat ligan
asli N3 N-[(5- methylisoxazol-3-yl) karbonil] alanyl-L-valyl-N∼1∼-((1R, 2Z)-4-
(benzyloxy)-4-oxo-1-{[ (3R)-2-oxopyrrolidin-3-yl] metil} tetapi-2-enil)-L-leusinamida
[47]. (Hasil penambatan akan menunjukkan senyawa dengan energi ikatan paling rendah
saat berikatan dengan protein target, sehingga diperoleh nilai RMSD (root mean-square
distance) senyawa penambatan. ( Metode e dikatakan valid jika nilai RMSD diperoleh 2A 2.6.Receptor , sehingga dapat
dilakukan docking senyawa uji dengan protein target pada area grid box yang sama [48, 49]

-Ligand Docking. (docking dilakukan menggunakan Autodock Vina (AV ). Ligan dan
reseptor yang telah disimpan dalam format pdbqt disalin ke dalam folder Vina.(en, file
konfigurasi Vina diketik ke notepad, disimpan dengan nama “conf.txt.” Program Vina
dijalankan melalui command prompt(

2.7 Analisis dan Visualisasi Hasil perhitungan docking ditampilkan dalam output dalam
format notepad. (Konformasi docking ligan ditentukan dengan memilih pose dengan
afinitas tertinggi (energi bebas ikat Gibbs paling negatif/Δ)G)

2.8 Metode DFT Komputasi (e kuantum teoretis perhitungan kimia dilakukan dengan
Program Gaussian 09 rata-rata (Revisi E.01) [50] melalui gauss view 6.0.10 program
perangkat lunak visualisasi molekuler [51] pada komputer pribadi Pentium IV/3.02 Hz (4
GB RAM), dengan Windows (10.0 versi) platform. ( ab initio digunakan untuk
mengoptimalkan geometri menggunakan basis set DFT/6-31G [52] dan menggunakan
fungsi pertukaran Becke (B) [53] yang menggabungkan fungsional korelasi Lee, Yang, dan
Parr (LYP) [54]. (e properti elektronik, seperti energi yang dioptimalkan, grup titik, momen
dipol, EHOMO, ELUMO, celah energi HOMO-LUMO, potensial elektrostatik molekul, dan
deskriptor reaktivitas global, dihitung menggunakan metode DFT/B3LYP, berdasarkan
pada struktur dalam fasa gas
3. Hasil

3.1. ATURAN LIMA

Aturan Lipinski lima (Ro5) dari senyawa docking dihitung pada prediktor SWISSADME
ditunjukkan pada Tabel 1. Sebagian besar senyawa yang digunakan dalam penelitian ini tidak
melanggar Ro5. Namun, hesperidin, nabiximols, pectolinarin, epigallocatechin gallate, dan
rhoifolin tidak memenuhi R05.

3.2. DOCKING MOLEKUL.

Estimasi energi bebas ikatan antara inhibitor potensial dan reseptor dilakukan dengan
menggunakan eksperimen docking. Tabel 2 dan Gambar 1 menunjukkan hasil analisis
docking antara senyawa terpilih dengan MPro (3CLPro) dan protein S. Hasil docking
menunjukkan bahwa beberapa senyawa dari tumbuhan yang memiliki posisi ikat lebih baik
dengan protein S dibandingkan nelfinavir adalah hesperidin, nabiximols, pectolinarin,
epigallocatechin gallate, dan rhoifolin. Senyawa lain cenderung lebih baik posisinya
dibandingkan klorokuin dan hidroksi klorokuin sulfat, kecuali 6-shogaol. Pose pengikatan
MPro yang lebih baik atau setara dengan nelfinavir adalah hesperidin, rhoifolin, dan
pectolinarin. Beberapa senyawa menunjukkan pose pengikatan yang lebih baik daripada
klorokuin dan hidroksiklorokuin pada MPro.
3.3. VALIDASI DOK.

Untuk mengevaluasi apakah nilai docking dapat dipertanggungjawabkan, dilakukan validasi

dengan melakukan redocking reseptor MPT° tanpa ligan dan dengan ligan yang telah
dipisahkan sebelumnya. Hasil validasi disajikan pada Gambar 2 dan 3.
3.4. VISUALISASI HASIL DOCKING.

Posisi pengikatan pada MPro dievaluasi dan dibandingkan berdasarkan ligan asli. Hasil
penelitian menunjukkan bahwa keempat senyawa aktif memiliki afinitas yang berbeda
terhadap reseptor, tetapi terikat secara spesifik pada tempat pengikatan (Gambar 4).
Disarankan bahwa ligan menghambat aktivitas MPro. Data ini juga didukung oleh
analisis interaksi molekuler yang mengungkapkan interaksi spesifik antara ligan dan
MPro (Tabel 1.) Interaksi antara senyawa aktif dan reseptornya terutama distabilkan
oleh ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik. Empat kandidat senyawa timbal
menunjukkan pose terbaik dengan MPro dan protein spike, yaitu hesperidin, nabiximols,
pectolinarin, dan epigallocatechin gallate.
Situs pengikatan pada protein spike juga dievaluasi secara rinci (Gambar 5). Interaksi
rinci dievaluasi untuk menunjukkan kompleks distabilkan oleh banyak jenis interaksi
(Tabel 2). Proses docking pada protein spike tidak menggunakan ligan asli karena
kurangnya data pada bank data protein. Oleh karena itu, kami menjelaskan potensi
berdasarkan skor docking saja. Ikatan hidrogen konvensional memiliki peran utama
untuk menstabilkan interaksi dalam kompleks. Hasilnya menunjukkan bahwa asam
amino yang terlibat dalam interaksi umumnya serupa. Mereka mengikat pada wilayah
antara 140-180 untuk menunjukkan situs pengikatan yang sama. Interaksi molekuler
pada protein spike menunjukkan bahwa ligan memiliki situs pengikatan yang berbeda.
Interaksi Van der Waals adalah jenis interaksi utama untuk semua kompleks. Data ini
hanya dijelaskan untuk stabilitas docking didukung oleh interaksi yang berbeda dan juga
residu berinteraksi yang berbeda.
3.5. PERHITUNGAN KIMIA KUANTUM TEORETIS.

Struktur molekul yang dioptimalkan dihitung pada tingkat DFT/B3LYP/6-31G dan

penomoran atom dari skor docking terbaik selektif senyawa diberikan pada Gambar 6, dan
energi dengan nilai momen dipol disajikan pada Tabel 3. senyawa menunjukkan momen
dipol 8.310, 8.441, 3.220, 4.761, dan 7.630 Debye untuk hesperidin, pektolinarin,
epigallocatechin gallate, rhoifolin, dan morin, masing-masing. Juga, semua struktur
menunjukkan konformasi yang stabil, dengan simetri Cl dan kohesi struktural yang baik
mengungkapkan nilai energi -2215.06062 au (-5815642.10 kJ/mol) untuk hesperidin, -
2253.13700 au (-5915611,64 kJ/mol) untuk pektolinarin, -1676.10542 au (-4400615.11
kJ/mol) untuk epigallocatechin gallate, -2099.37177 au (-5511901.00 kJ/ mol) untuk
rhoifolin, dan -1103.83213 au (-2898111.47 kJ/ mol) untuk morin.

Tabel 4 menunjukkan nilai deskriptor reaktivitas global skor docking terbaik senyawa pada
fasa gas. Fitur ikatan kuantum untuk hesperidin, pektolinarin, epigallocatechin gallate,
rhoifolin, dan morin digambarkan oleh plot HOMO dan LUMO dengan celah pita, seperti
yang ditunjukkan pada Gambar 7, dihitung dengan tingkat teori DFT/B3LYP/6-31G di fase
gas.
 Peta MEPS untuk skor selektif terbaik docking senyawa diprediksi dengan metode
DFT/B3LYP/6-31G dengan nilai isosurface 0,0005 ditunjukkan pada Gambar 8 dengan
menggunakan perangkat lunak komputer Gauss view 6.0.10. Warna yang berbeda mewakili
nilai potensial elektrostatik yang berbeda pada area positif maksimum, situs yang disukai
untuk serangan nukleofilik, dan warna hijau mewakili area potensial nol. benar dalam hal
gradasi warna. Nilai potensial untuk permukaan. Warna merah mewakili area negatif
maksimum, tempat yang menguntungkan untuk serangan elektrofilik. Warna biru
menunjukkan MEPS menampilkan ukuran dan bentuk molekul, serta daerah potensial
elektrostatik positif, negatif, dan netral secara simultan senyawa terpilih seperti hesperidin,
pektolinarin, epigallocatechin gallate, rhoifolin, dan morin berkisar dari -9.184e hingga
+9.184ea,u, -7.614e au hingga +7.614e -8.501ea.u hingga +8.501ea.u, -8,68lea.u hingga
+8.68le dan -9.145eau hingga +9.145ea. u, masing-masing.
3.6. TUMBUHAN YANG MENGANDUNG SENYAWA DOCKING.

Daftar tanaman yang memiliki senyawa aktif yang digunakan sebagai ligan disajikan pada
Tabel 5. Tabel tersebut menunjukkan bahwa buah jeruk memiliki banyak senyawa aktif yang
berpotensi sebagai anti-SARS-CoV-2, antara lain hesperidin, rhoifolin, nobiletin, tangeretin,
dan kalkon. Tabel tersebut menunjukkan bahwa hanya pektolinarin, epigallocatechin gallate,
myristicin, dan eugenol yang memiliki bioavailabilitas tinggi bila diberikan secara oral.
4. Diskusi

4.1. Keserupaan Narkoba. Beberapa kelas yang berbeda dari molekul bioaktif yang diisolasi
dari banyak tanaman telah terbukti memiliki aktivitas antivirus [74, 75). Dalam menentukan
suatu senyawa berpotensi sebagai obat, salah satu caranya adalah dengan mengikuti aturan
lima (Ro5). Menurut aturan ini, obat yang aktif secara oral tidak boleh memiliki lebih dari
satu pelanggaran kriteria yang ditetapkan (76). Oleh karena itu, apakah setiap senyawa
docking memenuhi RO5 Lipinski diperiksa. Beberapa senyawa yang menunjukkan
pelanggaran terhadap RO5 adalah hesperidin (3). nabiximols (2), pektolinarin (3),
epigallocatechin gallate (2), dan rhoifolin (3) (Tabel 1). Aturan tersebut digunakan untuk
evaluasi kemiripan obat, serta penentuan apakah senyawa kimia tertentu memiliki sifat kimia
dan fisik untuk digunakan sebagai obat aktif, yang dapat dikonsumsi secara oral pada
manusia [46]. Ini juga bertindak sebagai dasar untuk memprediksi probabilitas tinggi
keberhasilan atau kegagalan satu senyawa dengan farmakologis atau biologis tertentu
aktivitas untuk dikembangkan sebagai obat. Aturan ini juga menyarankan bahwa jika
senyawa menunjukkan dua atau lebih pelanggaran Ro5, maka hasilnya, M" di-redocked. Luas
situs pengikatan redocking ini adalah x 7,808, y: 18,739, dan z 65.479 dengan kotak kotak
tengah 24 x 24 x 24. Parameter metode validasi menunjukkan kelarutan atau permeabilitas
yang rendah [77]

4.2 Validasi Proses Molecular Docking Untuk memvalidasi RMSD (Akar Rata-Rata
Penyimpangan Kuadrat). RMSD menunjukkan derajat deviasi dari hasil docking ligan
eksperimental ke ligan kristalografi pada situs pengikatan yang sama. Semakin tinggi nilai
RMSD, semakin besar deviasi, yang menunjukkan semakin tinggi kesalahan prediksi
interaksi ligan-protein [78]. Sebaliknya semakin kecil nilai RMSD yang diperoleh
menunjukkan konformasi yang lebih baik karena posisi ligan redocking lebih dekat dengan
posisi ligan hasil kristalografi [79). Hasilnya menunjukkan bahwa RMSD nilai yang
diperoleh dari ligan asli dengan reseptor MPro adalah 1,281 , sehingga dapat dikatakan
bahwa metode yang digunakan untuk docking pada penelitian ini valid dan dapat digunakan
terhadap ligan yang diuji dengan luas tempat pengikatan yang sama. Selain menghasilkan
data berupa nilai RMSD, pada tahap validasi juga diperoleh data berupa nilai afinitas
pengikatan antara ligan dengan reseptor sebesar -7,5 kkal/mol. Ada juga jenis ikatan yang
terbentuk antara ligan asli dan residu asam amino dalam protein, seperti interaksi hidrofobik,
ikatan hidrogen, dan interaksi van der Waals.

4.3. Docking Molekul. Puluhan protein dikodekan oleh virus corona, beberapa di antaranya
terlibat dalam replikasi virus dan masuk ke dalam sel. Protease utama (MPro/3CLPro) adalah
enzim penting untuk replikasi virus corona [80], dan permukaan Spike (S) glikoprotein
(protein S) protein pengikat penting untuk fusi virus dan membran seluler melalui reseptor
seluler angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) [81].

SARS-Cov-2 mudah menular karena protein S pada permukaan virus berikatan dengan
sangat efisien dengan ACE2 pada permukaan sel manusia. Oleh karena itu, protein MPo dan
S merupakan target ideal untuk desain dan pengembangan obat. Upaya telah dilakukan
secara global untuk mendapatkan vaksin atau obat untuk pencegahan atau pengobatan infeksi
COVID-19. Sejauh ini, remdesivir adalah obat COVID-19 yang paling menjanjikan,
meskipun FDA juga telah menyetujui penggunaan klorokuin dan hidroksiklorokuin. Coutard
dkk. [82] menyarankan menemukan inhibitor untuk furin karena urutan protein S memiliki
pembelahan spesifik seperti furin. Selain itu, beberapa peneliti telah menargetkan
MPr"/3CLPr° untuk mengobati infeksi virus corona [25, 83]. Penelitian ini, yang bertujuan
untuk memprediksi kemampuan penghambatan senyawa yang ditemukan di beberapa
tanaman terhadap protein MP" dan S, telah mengungkapkan beberapa hasil. , menunjukkan
bahwa senyawa ini memiliki pose docking yang lebih baik daripada nelfinavir, chloroquine,
dan hydroxychloroquine sulfate (Tabel 2 dan Gambar 1). Jika hasilnya disandingkan, maka
calon potensial untuk menjadi obat penargetan protein S dan MPro adalah hesperidin,
nabiximols, rhoifolin, pectolinarin, morin, epigallocatechin gallate, dan herbacetin. Reseptor
glikoprotein spike (protein S) tidak memiliki struktur target yang dilengkapi dengan inhibitor
pada Protein Data Bank (PDB) karena reseptor ini merupakan reseptor yang berikatan dengan
reseptor ACE2 manusia (HACE2). Penghambatan tidak menargetkan reseptor protein S.
Namun, itu terjadi pada permukaan antara dua reseptor (protein S HACE2), sehingga area
situs pengikatan tidak lagi pada reseptor glikoprotein spike tetapi di antara dua reseptor [84,
85). Oleh karena itu, metode blind docking digunakan untuk reseptor protein S dalam
analisis molekuler docking. Ada tiga kriteria utama untuk melakukan molekuler docking:
intensitas ikatan, keterkaitan molekul, dan karakterisasi ikatan. Senyawa timbal memiliki
energi ikatan, ikatan hidrogen, dan interaksi van der Waals yang sangat kecil serta profil
ADME yang baik [86]. Oleh karena itu, empat ligan dipilih sebagai senyawa timbal yang
cocok untuk menghambat kinerja MPro dan dalam penelitian lebih lanjut berdasarkan kriteria
yang disebutkan di atas. Senyawa tersebut adalah hesperidin, nabiximols, pectolinarin, dan
epigallocatechin gallate. Menurut penelitian Tahir ul Qamar dkk. [25], area situs pengikatan
MPTO terletak di situs aktif Cys-145 dan His-41. Ligan yang mengikat situs aktif reseptor
ini dapat secara signifikan menghambat kinerja reseptor. Interaksi ligan yang memiliki
terendah

Tosida pada afinitas pengikatan adalah hesperidin, pektolinarin, dan epigallocatechin gallate,
yang menunjukkan bahwa ligan terikat tepat pada salah satu situs aktif residu asam amino
Cys-145 dalam bentuk ikatan hidrogen dan interaksi van der Waals. Di sisi lain, nabiximol
tidak mengikat sisi aktif enzim. Semakin banyak ikatan hidrogen yang terbentuk dengan
residu asam amino, semakin kuat ikatannya. Hal ini menyebabkan skor energi menjadi lebih
rendah, dan ikatan akan lebih stabil. Ikatan hidrogen adalah interaksi antara atom hidrogen
(H) yang terikat secara kovalen dengan atom seperti fluor (F), nitrogen (N), dan oksigen (O)
[871, Dalam penelitian ini, setiap ligan terbaik yang dipilih memiliki perbedaan jumlah
ikatan hidrogen dan terletak pada residu asam amino yang berbeda. Hesperidin memiliki
empat ikatan hidrogen dengan MP pada residu asam amino Phe-A: 140, Glu-A: 166, Cys-A:
145, dan Ser-A: 144. Nabiximol memiliki tiga ikatan hidrogen dengan Mpro, yaitu pada
residu Thr-A: 190, Met-A: 165, dan Asn-A: 142. Selanjutnya, pektolinarin adalah ikatan
hidrogen dengan MP" pada residu asam amino Glu-A: 166 , His-A: 163, Cys-A: 145, dan
Ser-A: 144. Sedangkan epigallocatechin gallate memiliki tiga ikatan hidrogen dengan MPro
pada residu Thr-A: vwith hich 190, Met-A: 165, dan Asn- A: 142. Protein lonjakan dianggap
sebagai target reseptor potensial untuk menemukan jenis obat baru [84] Protein lonjakan,
baik dalam bentuk keadaan tertutup (6VXX) dan keadaan terbuka (6VYB), memiliki ikatan
residu oksida amino dalam bentuk interaksi van der Waal, ikatan hidrogen, dan interaksi
hidrofobik. Ikatan hidrogen terjadi pada setiap ligan yang berikatan dengan reseptor protein
S. Ikatan hidrogen terdapat pada residu asam amino Asn-B: 1023, Ser-A: 1030, Thr- A:
1027, Gln-A: 762, Lys-A: 176, Ser-B: 1030, Arg-C: 1039, Asn-C: 1023, Gln-A: 762, dan
Lys-A: 776. Hidrofobik interaksi menghindari lingkungan cair dan cenderung lap dalam
struktur globular bagian dalam protein [88]. Interaksi hidrofobik dapat berupa ikatan Pi-
Sigma dan Alkil/Pi-Alkil [89]. Penelitian ini menunjukkan bahwa setiap ligan memiliki sifat
hidrofobik interaksi yang dapat mendukung penghambatan reseptor. Sedangkan untuk ikatan
van der Waals memberikan kontribusi pada ligan untuk menghambat reseptor target karena
jumlahnya yang banyak meskipun kekuatan interaksi ini tidak sekuat ikatan hidrogen. Ikatan
Van der Waals merupakan gaya tarik listrik yang relatif lemah karena adanya polaritas
molekul yang terinduksi atau permanen gaya antara dua molekul. Pembentukan ikatan ini
dapat menurunkan kestabilan jenis ikatan lain sehingga dapat mempengaruhi kestabilan ligan
yang akan digunakan sebagai kandidat obat [91]. Ligan dengan jenis ikatan ini adalah
hesperidin dan pektolinarin, terletak pada residu Arg-A:1039 dan Arg-B:1039.

4.4. Perhitungan Kimia Kuantum Teoretis. Orbital molekul terisi tertinggi (HOMO)
mencirikan kemampuan menyumbangkan elektron dari suatu molekul, dan orbital molekul
kosong (LUMO) terendah menentukan kemampuan untuk menerima elektron yang juga
dikenal sebagai orbital molekul frontier (FMOS), yang penting untuk menentukan cara
molekul berinteraksi dengan spesies lain, sifat listrik dan optik, stabilitas kinetik, reaktivitas
molekul, dan deskriptor reaktivitas kimia, sebagai kelembutan dan kekerasan [92-94]. Celah
pita antara HOMO dan LUMO sangat penting dalam menentukan reaktivitas kimia molekul.
Dalam hal kekerasan kimia, celah pita HOMO-LUMO yang diperoleh dapat memberikan
informasi yang berharga, di mana celah energi yang besar menunjukkan molekul yang keras
dan lebih stabil dan celah energi yang kecil menunjukkan molekul yang lunak dan lebih
reaktif. Di antara lima senyawa yang dipilih, pektolinarin menunjukkan celah pita terendah,
menunjukkan bahwa itu lebih reaktif daripada senyawa lain. bahan kimia Urutan reaktivitas
ketiga senyawa terpilih adalah pektolinarin > hesperidin > rhoifolin > morin >
epigallocatechin gallate. Deskriptor reaktivitas global seperti kekerasan (1), kelembutan (S),
potensial kimia (1), elektronegativitas (x), dan indeks elektrofilisitas (w), yang dihitung dari
energi HOMO dan LUMO, diperoleh dengan level teori DFT/B3LYP/6-31G dan tergabung
dalam Tabel 4. Teorema Koopman [95, 96], nilai IA dan EA dapat dikorelasikan dengan
orbital frontier dengan hubungan IA = -EHOMO dan EA = -ELLUMO. Deskriptor
reaktivitas seperti kekerasan global dan kelembutan global (S) didefinisikan sebagai 1= (IA-
EA)/2 dan S= 1/1, potensial kimia digambarkan sebagai H = -X, elektronegativitas absolut
(x) diberikan oleh hubungan x= (IA +EA)/2, elektrofilisitas (w) dapat dihitung menggunakan
potensial kimia elektronik, dan kekerasan kimia digambarkan sebagai w=2121 [97-101].
Dasar asli untuk konsep kekerasan (7) dan kelembutan terletak pada pengamatan yang
dilakukan oleh ahli kimia anorganik dari kimia koordinasi dan terkait dengan reaktivitas
pound. Ion/molekul lunak adalah spesies yang lebih terpolarisasi dan lebih reaktif karena
elektron lebih jauh dari nukleus. Sebaliknya, ion/molekul keras kurang terpolarisasi dan
kurang reaktif, karena elektron lebih dekat ke micleus. Potensi kimia (u) adalah kebesaran
yang mendefinisikan aliran materi. Secara umum, suatu sistem selalu cenderung bergeser
dari potensial kimia yang lebih besar ke potensial kimia yang lebih rendah, karena ini adalah
konfigurasi yang paling stabil. Besaran yang diberikan sebagai negatif dari potensial kimia
adalah keelektronegatifan (x). Untuk sistem apapun, nilai y disebut elektronegativitas mutlak
dan berhubungan dengan daya untuk menarik elektron (102). Deskripsi penting lainnya
adalah indeks elektrofilisitas (w), indeks reaktivitas maksimum global yang mengukur
penurunan energi karena transfer muatan. Indeks elektrofilisitas memungkinkan klasifikasi
bahan organic molekul kuat dengan w>1,5 eV, sedang dengan 0,8 <w <1,5eV, dan elektrofil
marginal dengan w<0,8 eV [103). Hesperidin memiliki nilai potensial ionisasi terendah (IA
= 5,369 eV), yang menunjukkan bahwa ia adalah donor elektron terbaik. Nilai kekerasan
yang dihitung (7) untuk hesperidin (1,86 eV), pectolinarin (1,81 eV), epigallocatechin gallate
(2,10 eV), rhoifolin (2,02 eV), dan morin (2,03 eV) menunjukkan bahwa pektolinarin lebih
lunak dan lebih reaktif dan epigallocatechin gallate adalah molekul yang lebih keras dan
kurang reaktif, membenarkan bukti yang diperoleh dengan perhitungan celah pita.
Membandingkan nilai kekerasan ini dengan yang dihitung untuk alkaloid lain yang diketahui,
seperti liriodenine (17 =1,81) [104], annomontine (n= 1,94), dan N-hidrox-yannomontine (7
=1,69) [105], pektolinarin dan hesperidin nilai sekarang yang mengklasifikasikannya sebagai
molekul lunak. Potensi kimia u (eV) mengukur kecenderungan lepasnya elektron, dan dapat
dikaitkan dengan elektronegativitas molekul [106]; kemudian, ketika u menjadi lebih negatif,
lebih sulit untuk kehilangan elektron tetapi lebih mudah untuk mendapatkan satu. Seperti
yang ditunjukkan pada Tabel 4, rhoifolin adalah yang paling tidak stabil di antara semua
senyawa yang diisolasi. Keelektronegatifan (x) menunjukkan kemampuan molekul untuk
menarik elektron. Nilai (x) yang ditampilkan pada Tabel 4 menunjukkan bahwa rhoifolin
memiliki nilai elektronegativitas yang lebih tinggi (4.190 eV) dibandingkan senyawa
terisolasi lainnya. Elektrofilisitas (w) memberikan gambaran tentang energi stabilisasi ketika
sistem menjadi jenuh oleh elektron, yang berasal dari lingkungan eksternal. Informasi
reaktivitas ini menunjukkan bahwa suatu molekul mampu menyumbangkan muatan. Indeks
elektrofilisitas di atas 1,5 untuk masing-masing struktur mengungkapkan bahwa senyawa
selektif memiliki kekuatan elektron menarik yang signifikan. Permukaan potensial
elektrostatik molekul (MEPS) [107] adalah plot 3D dari potensial elektrostatik untuk masing-
masing molekul yang dipetakan ke permukaan kerapatan elektron konstan. Selama bertahun-
tahun, MEPS didirikan sebagai alat interpretatif yang hebat dan efektif untuk interaksi
antarmolekul [107]. Dengan kemajuan teknologi komputasi terkini, saat ini sedang
diterapkan untuk memberikan informasi rinci untuk studi tentang reaktivitas kimia (serta
proses pengenalan biologis dan interaksi ikatan hidrogen), perilaku kristal, gugus molekul,
dan zeolit bahkan sebagai korelasi dan prediksi berbagai sifat makroskopik (108) Selain itu,
karena kontribusi teori fungsi kerapatan, MEPS didefinisikan secara ketat dalam hal
kerapatan elektron, dan secara eksplisit menentang kontribusi dari inti dan elektron [108-110
Semua senyawa yang dipilih cocok untuk serangan elektrofilik dan nukleofilik Daerah C=0
dan OH dari semua senyawa terisolasi yang dipilih kemungkinan besar masing-masing
terlibat dalam proses elektrofilik dan nukleofilik Dari perhitungan kimia kuantum yang
disebutkan di atas, dapat terlihat bahwa pektolinarin secara konfigurasi lebih stabil daripada
senyawa lain dengan momen dipol maksimum, menunjukkan pengikatan yang lebih baik
afinitas. Analisis FMOS menunjukkan bahwa baik HOMO dan LUMO adalah orbital ikatan
dan terdiri dari bagian aporfin untuk setiap struktur; namun, pektolinarin memiliki celah pita
yang lebih kecil daripada yang dihitung untuk molekul lain, menunjukkan bahwa ini
mencerminkan tektron daya tarik elektron yang signifikan, dan daerah keras dan negatif kecil
menjadi sasaran nukleofilik dan molekul lebih reaktif. Indeks elektrofilisitas di atas 1,5
untuk semua struktur menunjukkan bahwa senyawa memiliki ness (1) untuk hesperidin (1,86
eV), pektolinarin (1,81 eV), epigallocatechin gallate (2,10 eV), rhoifolin (2,02 eV), dan
morin (2,03 eV). mencerminkan polarisasi tinggi untuk setiap molekul, menunjukkan
pektolinarin sebagai yang lebih lembut dan epigallocatechin gallate sebagai struktur yang
lebih keras. Angka MEPS diprediksi mengungkapkan bahwa serangan elektrofilik positif
senyawa yang dipilih dari senyawa tersebut. kemanjuran yang tinggi dalam uji in vitro
dan/atau in vivo [111]. 4,5 ini. Potensi Setiap Senyawa Docking. Beberapa tanaman
penghasil senyawa yang merapat dengan protein target dapat dilihat pada Tabel 5. Tabel ini
juga memuat informasi bioavailabilitas oral dari senyawa yang digunakan sebagai ligan
dalam analisis ini. Namun, hanya sedikit senyawa yang memiliki bioavailabilitas tinggi bila
diberikan secara oral berdasarkan penelitian yang telah dilakukan oleh beberapa peneliti lain,
yaitu pectolinarin, kaempferol, herbacetin, eugenol, dan 6-shogaol. Dari jumlah tersebut,
hanya pektolinarin yang tidak memenuhi Ro5. Bioavailabilitas oral yang rendah telah
menjadi masalah umum dalam desain obat, karena dapat menimbulkan kegagalan obat baru
dalam uji klinis, meskipun senyawa tersebut mungkin menimbulkan masalah yang dihadapi
oleh para ilmuwan di industri farmasi [112]. Oleh karena itu, ketersediaan hayati oral suatu
senyawa sangat penting untuk diperhitungkan ketika:

memprediksi senyawa tersebut sebagai kandidat obat. Ketersediaan oral beberapa senyawa
dapat menjadi rendah jika diberikan bersama dengan makanan. Namun, ketersediaan oral
suatu senyawa juga dapat ditingkatkan dengan berbagai strategi [1 13, 114]. Flavanon
glikosida utama dalam kulit jeruk adalah hesperidin [115]. Skor docking senyawa ini dengan
protein S dan M berturut-turut adalah - 10,4 dan -83. Utomo dkk. [116] telah merapat
hesperidin terhadap protein S (-9,6) dan M* (-13,51). Chen dkk. [117] mengungkapkan
bahwa posisi hesperidin terbaik terhadap protease mirip-SARS-CoV-2 3C (3CLP) adalah -
10,1. Adem dkk. [118] menemukan bahwa kemampuan hesperidin lebih baik daripada
nelfinavir. Berdasarkan temuan ini, dapat dilihat bahwa hesperidin memiliki potensi besar
untuk menjadi kandidat obat, tetapi bioavailabilitas oralnya yang rendah menjadi masalah.
Cannabinoids adalah senyawa aktif dari Cannabis sativa dan C. indica. Skor docking
nabiximols (kombinasi protein cannabidiol berturut-turut adalah -8 dan - 10.2. Selain dikenal
sebagai virus antiherpes simplex [28], senyawa ini juga memiliki aktivitas antiinflamasi
[119]. Namun, beberapa studi penelitian menunjukkan bahwa senyawa ini dapat
meningkatkan patogenesis virus ke inang [119-121]. Hasil docking menggunakan rhoifolin
sebagai ligan masing-masing adalah -9,5 dan -8,2 untuk protein S dan MPr. Rhoifolin
merupakan flavon yang pertama kali ditemukan di daun segar Rhus dan
tetrahydrocannabinol) terhadap MPO dan S succedanea pada tahun 1952 [122]. Selain itu,
senyawa ini juga ditemukan pada Citrus grandis (123). Hasil rhoifolin docking pada protein S
adalah -9.5 dan MPT adalah -8.2. Nilai pengikatan rhoifolin untuk SARS-CoV 3CLPR
menunjukkan nilai -9.565 [31]. Hasil induced-fit docking pektolinarin terhadap SARS-COV
3CI.P"o adalah -8.054 (31). Dalam penelitian ini, pose terbaik antara pektolinarin dan protein
S adalah -9.8 dan -8.2 dengan MPro, Pektolinarin dapat ditemukan di plume thistles
(Cirsium spp) Hasil docking morin oleh Jo dkk [31] terhadap SARS-CoV 3CLPro adalah -
8,930. Skor docking terbaik morin terhadap protein S dan MPO masing-masing adalah -8,8
dan -7.8. Almond, fustik tua, dan jambu biji mengandung senyawa ini dalam jumlah yang
tinggi. Kaempferol dapat ditemukan pada bayam dan kangkung. Posisi terbaik kaempferol
terhadap protein S adalah -8,5 dan -7,8 terhadap M", sedangkan -8,526 adalah posisi
pengikatan terbaik ini senyawa terhadap 3CLP SARS-CoV [31] Hasil perhitungan Ro5
menunjukkan bahwa senyawa ini memiliki potensi yang tinggi untuk digunakan sebagai obat.
Beberapa peneliti sebelumnya telah menyatakan bahwa bioavailabilitas oralnya bervariasi
dari rendah hingga baik. Selain dilaporkan memiliki kemampuan sebagai antivirus, senyawa
ini juga menunjukkan aktivitas imunomodulator dan anti inflamasi [124, 125].
Epigallocatechin gallate ditemukan dalam jumlah tinggi dalam teh (Camellia sinensis),
terutama dalam bentuk teh hijau. Posisi pengikatan terbaik senyawa ini terhadap protein S
adalah -9,8 dan terhadap MPro adalah -7,8. Telah dilaporkan sebelumnya bahwa senyawa ini
mampu menghambat aktivitas proteolitik SARS-CoV 3CI.PTO [126], Meskipun tidak
memenuhi Ro5 dan ketersediaan oralnya rendah, ia memiliki aktivitas imunomodulator dan
anti-inflamasi. [127, 128]. Herbacetin, yang dapat ditemukan di Rhodiola sp. (akar emas),
memiliki aktivitas antivirus terhadap virus stomatitis vesikular (VSV) dan prototipe virus
RNA untai negatif seperti virus rabies dan influenza [129]. Pose pengikatan terbaik dari
senyawa ini terhadap SARS-3CLP adalah -9.263, seperti yang dilaporkan oleh Jo et al. [31],
sementara dalam penelitian ini, diperoleh skor pengikatan -8,3 terhadap protein S dan -7,2
terhadap MP". Mereka juga menyatakan bahwa herbacetin dapat bertindak sebagai inhibitor
MERS-CoV 3CLP, Herbacetin adalah kandidat yang sangat potensial. sebagai anti-SARS-
CoV-2 karena memenuhi Ro5 dan juga dilaporkan memiliki bioavailabilitas oral yang
baik.Selain itu, senyawa ini juga memiliki aktivitas antiinflamasi [130].Dua senyawa yang
terdapat dalam daun Pangi, bis (3, 5 , 5- trimetilheksil) ftalat dan etil kolat, berpotensi untuk
dikembangkan sebagai obat anti-SARS-CoV-2, karena afinitas pengikatannya yang baik
dengan protein MPr° dan S dan juga karena memenuhi Ro5. tidak ada informasi sebelumnya
tentang ketersediaan oral mereka, kedua senyawa dilaporkan menghambat protease HIV-1 in
silico.Senyawa lain seperti nobiletin, tangeretin, chalcone, 6-gingerol, myristicin, eugenol,
dan 6-shogaol memiliki cukup afinitas pengikatan yang baik dengan protein MP" dan S dan
memenuhi kriteria RO5. Senyawa ini, meskipun ketersediaan oralnya rendah, memiliki
aktivitas imunomodulator dan anti-inflamasi [40, 131-138]. mereka Penelitian kami
mengungkapkan bahwa senyawa alami hesperidin, 5. Kesimpulan nabiximols, pectolinarin,
epigallocatechin gallate, dan rhoifolin memiliki energi bebas pengikatan yang lebih baik
dengan protein MPro dan S dari SARS-COV-2. Meskipun hasil docking molekul
kaempferol, herbacetin, eugenol, dan 6-shogaol tidak sebaik senyawa tersebut, namun
memiliki ketersediaan oral yang baik dan juga memenuhi kriteria Ro5. Senyawa tersebut
berpotensi sebagai fitokimia antivirus yang dapat menghambat replikasi virus. Hasil ini
hanya skrining awal untuk memfasilitasi tes selanjutnya mulai dari in vitro dan in vivo
(dalam model hewan atau uji klinis manusia). Ketersediaan Data Data yang terkait dengan
artikel ini tersedia dari penulis yang sesuai berdasarkan permintaan. Pengungkapan Karya ini
dibuat sebagai pracetak (doi: 10.20944/ preprints202004.0102.v3), Benturan Kepentingan
Penulis menyatakan bahwa tidak ada benturan kepentingan terkait penerbitan makalah ini.
UCAPAN TERIMA KASIH Penulis mengucapkan terima kasih kepada Universitas Sam
Ratulangi, Manado, Sulawesi Utara, Indonesia, yang telah memberikan dukungan finansial
untuk publikasi penelitian ini. Penulis juga berterima kasih kepada Departemen Kimia
Teoritis dan Komputasi, Universitas Dhaka, Dhaka-1000, Bangladesh, yang telah
menyediakan paket perangkat lunak Gaussian untuk menyelesaikan studi DFT.