Sebagian besar organel ini umum untuk semua sel eukariotik, tetapi
ada beberapa pengecualian. Misalnya, amuba parasit Entamoeba
histolytica, yang menyebabkan disentri amuba pada manusia, tidak memiliki aparatus golgi, organel yang bertanggung jawab untuk memodifikasi dan mengangkut protein, menurut sebuah studi tahun 2005 yang diterbitkan dalam The Journal of Biological Chemistry. Para peneliti menemukan bahwa E. histolytica malah mengandung kompartemen atau vesikel seperti golgi – kantong kecil berisi cairan – yang menjalankan fungsi serupa.
Ada juga amuba yang tidak memiliki mitokondria, organel yang
bertanggung jawab untuk menghasilkan energi seluler, karena mereka hidup di lingkungan yang kekurangan oksigen, atau "kondisi anoksik," Sutherland Maciver, seorang pembaca di departemen ilmu biomedis di Universitas Edinburgh , kepada Live Science.
Menurut tinjauan 2014 yang diterbitkan dalam jurnal Biochemie,
organisme tanpa mitokondria ini dapat mengandung organel yang disebut hidrogenosom atau mitosom, yang terkait dengan mitokondria tetapi dianggap sebagai versi organel yang sangat berubah. Ini adalah kasus untuk E. histolytica dan amuba yang hidup bebas Mastigamoeba balamuthi, yang tidak bergantung pada organisme lain untuk bertahan hidup.